本仓库是一个集成了多个软件，并通过luigi进行流程管理的综合性的流程。 概括性的讲，该流程接受的输入是pair end的二代测序单菌株全基因组数据，但也可以接受single end或者从网上下载基因组数据（但需要在data_input.tab中进行区分以上两种/多种数据类型)，通过完整的流程后输出多种结果。
其中包括
拼接后的基因组序列 注释后的蛋白质序列 结合拼接后的数据和原始数据推断的质粒的基因序列 拼接前后的质量、基因组基本信息的评估 传统的pubmed的mlst分型结果 基于16s/kraken2的物种注释 基于abricate的毒力因子/耐药因子的注释 (Insertion sequence)IS区间的注释 基于roary的泛基因组分析结果
并基于以上的结果，导入geneious、plotly等可视化软件进行浏览以上的结果
总的来说，该流程执行的目的和使用的软件如下：
- 质量评估(quality accessment) (fastqc)
- 质量控制(quality control) (trimmomatic)
- 综合性的质量评估(multiqc)
- 拼接 (shovill+spades)
- 蛋白注释(prokka)
- 物种注释(kraken2)
- 基因组基本信息的评估(seqtk)
- 毒力因子/耐药因子的注释(abricate)
- (Insertion sequence)IS区间的注释(ISEscan)
- 基因组间物种距离的估计，以进行泛基因组分析前的预聚类(mash)
- 泛基因组分析(roary)
#TODO list
- 补充基于EZbio的16s物种注释，并入luigi流程中
- 补充更详细的文档
- 完善api部分，以实现分块完成
- 加入更为丰富的流程定制化策略