-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
Copy pathfunc_BCAA_Fam.R
107 lines (102 loc) · 4.09 KB
/
func_BCAA_Fam.R
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
add_column <- function(dat = NULL, nominator = NULL, denominator = NULL){
if (!is.null(dat) & !is.null(nominator) & !is.null(denominator)) {
if(all(unique(c(nominator, denominator)) %in% colnames(dat))){
nominator = sort(unique(nominator))
denominator = sort(unique(denominator))
dat = dat %>% mutate(newly_add_column = rowSums(.[nominator])/rowSums(.[denominator]))
colnames(dat)[colnames(dat) == "newly_add_column"] = paste(
paste(nominator, collapse = ""),
paste(denominator, collapse = ""),
sep = "_vs_"
)
}
} else if(!is.null(dat) & !is.null(nominator) & is.null(denominator)){
if(all(unique(nominator) %in% colnames(dat)) & length(unique(nominator))>1){
nominator = sort(unique(nominator))
dat = dat %>% mutate(newly_add_column = rowSums(.[nominator]))
colnames(dat)[colnames(dat) == "newly_add_column"] = paste(nominator, collapse = "")
}
}
return(dat)
}
keep_column <- function(dat = NULL, column = NULL){
if(is.null(dat) | is.null(column)){
return(NULL)
}
column = c(column, "Line", "line", "Taxa", "taxa", "Population", "population")
index = NULL
for(i in 1:length(column)){
if(i == 1){
index = str_detect(colnames(dat), column[i])
} else{
index = index | str_detect(colnames(dat), column[i])
}
}
if(!is.null(index)){
dat = dat[, index]
}
return(dat)
}
func_BCAA_Fam <- function(dat = NULL, type = NULL){
if(is.null(dat) | is.null(type)){
return(NULL)
}
if(type == "FAA"){
dat = add_column(dat, c("I", "V"))
dat = add_column(dat, c("I", "L"))
dat = add_column(dat, c("L", "V"))
dat = add_column(dat, c("I", "L", "V"))
dat = add_column(dat, "I", "Total")
dat = add_column(dat, "V", "Total")
dat = add_column(dat, "L", "Total")
dat = add_column(dat, "I", "V")
dat = add_column(dat, "I", "L")
dat = add_column(dat, "I", c("I", "V"))
dat = add_column(dat, "I", c("I", "L"))
dat = add_column(dat, "I", c("V", "L"))
dat = add_column(dat, "I", c("I", "V", "L"))
dat = add_column(dat, "V", "I")
dat = add_column(dat, "V", "L")
dat = add_column(dat, "V", c("I", "V"))
dat = add_column(dat, "V", c("I", "L"))
dat = add_column(dat, "V", c("V", "L"))
dat = add_column(dat, "V", c("I", "V", "L"))
dat = add_column(dat, "L", "I")
dat = add_column(dat, "L", "V")
dat = add_column(dat, "L", c("I", "V"))
dat = add_column(dat, "L", c("I", "L"))
dat = add_column(dat, "L", c("V", "L"))
dat = add_column(dat, "L", c("I", "V", "L"))
dat = keep_column(dat, c("V", "I", "L", "Total"))
return(dat)
} else if(type == "BAA"){
dat = add_column(dat, c("i", "v"))
dat = add_column(dat, c("i", "l"))
dat = add_column(dat, c("l", "v"))
dat = add_column(dat, c("i", "l", "v"))
dat = add_column(dat, "i", "total")
dat = add_column(dat, "v", "total")
dat = add_column(dat, "l", "total")
dat = add_column(dat, "i", "v")
dat = add_column(dat, "i", "l")
dat = add_column(dat, "i", c("i", "v"))
dat = add_column(dat, "i", c("i", "l"))
dat = add_column(dat, "i", c("v", "l"))
dat = add_column(dat, "i", c("i", "v", "l"))
dat = add_column(dat, "v", "i")
dat = add_column(dat, "v", "l")
dat = add_column(dat, "v", c("i", "v"))
dat = add_column(dat, "v", c("i", "l"))
dat = add_column(dat, "v", c("v", "l"))
dat = add_column(dat, "v", c("i", "v", "l"))
dat = add_column(dat, "l", "i")
dat = add_column(dat, "l", "v")
dat = add_column(dat, "l", c("i", "v"))
dat = add_column(dat, "l", c("i", "l"))
dat = add_column(dat, "l", c("v", "l"))
dat = add_column(dat, "l", c("i", "v", "l"))
dat = keep_column(dat, c("i", "v", "l", "total"))
return(dat)
}
return(NULL)
}