validate_fsATI.py

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@author : Julie Bogoin
Master 2 BIB Paris Diderot - 2019-2020
Projet Long
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## Import des modules ##
import pandas

## Fonction ##

# Selectionner les séquences avec un score Kosak=3 et PholoP>=2
def select (fsATI_file):
    
    #Lecture de fsATI.csv
    df_fsATI = pandas.read_csv(fsATI_file)
    #Reset des indexs
    df_fsATI.reset_index(drop=True)
    #Tri
    df_fsATI = df_fsATI[df_fsATI['Kosak_strength']==3 & (df_fsATI['PhyloP_score']>=2)]
    
    return df_fsATI


### MAIN ##
df_validated = select('fsATI.csv')
print('\nSelection des fsATI réalisée.')

#Export vers csv
pandas.DataFrame.to_csv(df_validated, 'fsATI_validated.csv')
print('Fichier fsATI_validated.csv généré.\n')
print('Job done.\n')