02_sesion2.Rmd

#  Introducción a Conda.

@zorbax

02 de agosto de 2022

[
```{r, echo=FALSE}
knitr::include_url("https://atgenomics.github.io/conda/conda.html", height = "380px")
```
]()


## ¿Qué es conda?

De acuerdo a la definición oficial:

> **`conda`**: 
> A package manager helps you find and install packages.

Entonces, es un gestor/instalador de paquetes. Se obtiene mediante [Anaconda](https://www.anaconda.com/products/distribution) o [Miniconda](https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html).

La [instalación](https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/install/index.html) dependerá del sistema operativo a utilizar. Aunque conda está disponible para Windows, macOS y Linux, no todos los paquetes disponibles para bioinformática son compatibles entre los tres sistemas, siendo la prioridad de paquetes Linux > macOS y en algunos casos, al final, Windows. 

## `conda` 101

```{bash, eval=FALSE}
conda info
```

**Actualizar conda**
```{bash, eval=FALSE}
conda update conda
```

**Listar todos los entornos de conda**
```{bash, eval=FALSE}
conda env list
```

**Actualizar todos los paquetes de conda (base)**
```{bash, eval=FALSE}
conda update conda --all
```

**Agregar canales**
```{bash, eval=FALSE}
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
```

**Buscar un paquete**
```{bash, eval=FALSE}
conda search PACKAGE
```

**Instalar un paquete en el entorno base**
```{bash, eval=FALSE}
conda install PACKAGE
```

**Eliminar archivos temporales**
```{bash, eval=FALSE}
conda clean --all -y
```

**Actualizar todos los paquetes del entorno actual**
```{bash, eval=FALSE}
conda update --all -y
```

**Eliminar entorno**
```{bash, eval=FALSE}
conda remove -n qiime2 --all
```

**Crear un entorno con versiones específicas**
```{bash, eval=FALSE}
conda create -y -n test3.6 python=3.6 pandas=1.0
```

**Crear entorno a partir de un archivo YAML**
```{bash, eval=FALSE}
conda env create -f environment.yml
```

**`conda` con vitaminas: `mamba`**
```{bash, eval=FALSE}
conda install -yc conda-forge mamba

mamba create -y -n testpy3.6 python=3.6 pandas=1.0

mamba create -y -n testR3.6 r-base=3.6
```