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title: "Workshop CDSB 2022: Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor."
author: "Dra. Mirna Vázquez Rosas-Landa, Dra. Yalbi Balderas-Martínez, Dra. Joselyn Chávez, M.C. Erick Cuevas-Fernández, Dra. Alejandra Medina-Rivera, Dr. Leonardo Collado-Torres, Dr. Brett Baker, Dra. Valerie de Anda"
site: bookdown::bookdown_site
documentclass: book
url: 'https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2022/'
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output:
bookdown::gitbook: default
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# Bienvenida {-}
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height = "380px")
```
](https://comunidadbioinfo.github.io/bienvenida_cdsb2022/bienvenida.html)
Les damos la bienvenida al Workshop Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor!
<p align="justify">
En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para el descubrimiento de nuevos grupos microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos, usando herramientas de software libre y paquetes de R especializados que están disponibles libremente vía Bioconductor.
Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre. Revisaremos diferentes estrategias de binning y de predicción metabólica, identificaremos áreas de oportunidad para el desarrollo de software en metagenómica, aprenderás también cómo documentar tu código utilizando RMarkdown.
## Instructores
- [Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/mirnavrl/): Estancia Postdoctoral en la Universidad de Texas en Austin.
- [Dra. Yalbi Balderas Martínez](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/yalbibalderas/): Investigadora en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.
- [Dra. Joselyn Chávez Fuentes](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/josschavezf/): Estancia Postdoctoral en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
- [M.C. Erick Cuevas Fernández](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/erickcufe/): Estudiante de Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México.
- [Dra. Alejandra Medina Rivera](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/amedina/): Investigadora Asociada en el Laboratorio Internacional de Investigación de Medicina Genómica, UNAM.
## Ponentes invitados
- [Dr. Brett Baker](https://comunidadbioinfo.github.io/authors/brettbaker/): Investigador en la Universidad de Texas en Austin.
- [Dra. Valerie de Anda](https://comunidadbioinfo.github.io/authors/valeriedeanda/): Investigadora Asociada en la Universidad de Texas en Austin.
- [Dr. Leonardo Collado-Torres](https://comunidadbioinfo.github.io/authors/lcollado/)
## Ayudantes
- M.C. Diana Oaxaca
- M.C. Marisol Navarro
- M.C. José Antonio Ovando
- Dr. Otoniel Maya Lucas
## Temario
Consulta el calendario de este curso en: <https://bit.ly/calendarcdsb2022>
### Lunes 01 de agosto
| Horario | Tema | Instructor |
|-------------|--------------------------------------------|------------------------|
| 09:00-09:30 | Bienvenida. | Comité organizador EBM 2022 |
| 09:30-10:30 | Presentación de la CDSB. | Comité organizador CDSB 2022 |
| 11:00-12:00 | Plática: La última versión del árbol de la vida y la metagenómica. | Dr. Brett Baker |
| 12:00-14:00 | Control de versiones con GitHub y RStudio. | Dra. Alejandra Medina |
| 15:00-17:00 | Generación de Reportes con R markdown. | M.C Erick Cuevas Fernández y Dra. Joselyn Chávez |
### Martes 02 de agosto
| Horario | Tema | Instructor |
|-------------|---------------------------------------------------|-----------------------------------|
| 9:00-10:00 | Plática: Convirtiendo tu flujo de análisis en un paquete de R/Bioconductor. | Dr. Leonardo Collado Torres |
| 10:00-11:00 | Introducción a Conda | Dr. Otoniel Maya Lucas |
| 11:30-13:00 | Reconstrucción de genomas. Parte I Binning | M.C. Diana Oaxaca y Dra. Mirna Vazquez Rosas Landa |
| 13:00-14:00 | Plática: Paquetes de bioconductor relacionados con la metagenómica. | Dra. Yalbi Balderas |
| 15:00-17:00 | Reconstrucción de genomas. Parte II | Dra. Yalbi Balderas |
### Miércoles 03 de agosto
| Horario | Tema | Instructor |
|-------------|-----------------------------------------------------|-------------------------|
| 9:00-10:30 | Asignación taxonómica. | Dra. Mirna Vázquez |
| 11:30-13:30 | Análisis de vías metabólicas. Parte I | Dra. Mirna Vázquez y Dra. Yalbi Balderas |
| 15:00-17:00 | Análisis de vías metabólicas. Parte II | Dra. Mirna Vázquez y Dra. Yalbi Balderas |
### Jueves 04 de agosto
| Horario | Tema | Instructor |
|-------------|---------------------------------|-------------------------------------------------------------|
| 9:00-11:00 | Un vistazo a la creación de paquetes de R/Bioconductor | Dra. Joselyn Chávez |
| 11:30-14:00 | Proyecto colaborativo. Parte I | Dra. Mirna Vázquez, Dra. Yalbi Balderas, Dra. Joselyn Chávez, M.C. Erick Cuevas |
| 15:00-17:00 | Proyecto colaborativo. Parte II | Dra. Mirna Vázquez, Dra. Yalbi Balderas, Dra. Joselyn Chávez, M.C. Erick Cuevas |
### Viernes 05 de agosto
| Horario | Tema | Instructor |
|-------------|----------------------------------|-------------------------------------------------------------|
| 9:00-11:00 | Proyecto colaborativo Parte III | Dra. Mirna Vázquez, Dra. Yalbi Balderas, Dra. Joselyn Chávez, Dra. Erick Cuevas |
| 11:30-13:30 | Presentación de proyectos | Dra. Mirna Vázquez, Dra. Yalbi Balderas, Dra. Joselyn Chávez, Dra. Erick Cuevas |
| 13:30-14:00 | Clausura | Organizadores CDSB 2022 |
## Patrocinadores
Agradecemos a nuestros patrocinadores:
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## Licencia
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Para conocer más sobre esta licencia, visite http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/