diff --git a/.circleci/config.yml b/.circleci/config.yml index b8d5467..47d815f 100644 --- a/.circleci/config.yml +++ b/.circleci/config.yml @@ -24,8 +24,7 @@ jobs: - checkout - run: pip3 install -r tests/requirements.txt - - run: pytest --git-aware --tag freebayes tests/ - - run: pytest --git-aware --tag gatk tests/ + - run: pytest --git-aware tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad release-to-github: <<: *machine_default diff --git a/.gitignore b/.gitignore index cb325bb..6506f29 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -20,3 +20,5 @@ figures_gabaritos **/__pycache__/** import_paths.txt releases/ +2023* +_LAST \ No newline at end of file diff --git a/README.md b/README.md index ce02783..d143574 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -63,4 +63,4 @@ Check more information and examples of usage in: - [updog](https://github.com/dcgerard/updog) in [cristaniguti/reads2map:0.0.1](https://hub.docker.com/repository/docker/cristaniguti/reads2map): Flexible Genotyping of Polyploids using Next Generation Sequencing Data - [polyRAD](https://github.com/lvclark/polyRAD) in [cristaniguti/reads2map:0.0.1](https://hub.docker.com/repository/docker/cristaniguti/reads2map): Genotype Calling with Uncertainty from Sequencing Data in Polyploids - [Reads2MapApp](https://github.com/Cristianetaniguti/Reads2MapApp) in [cristaniguti/reads2mapApp:0.0.1](https://hub.docker.com/repository/docker/cristaniguti/reads2map): Shiny app to evaluate Reads2Map workflows results -- [simuscopR](https://github.com/Cristianetaniguti/simuscopR) in [cristaniguti/reads2map:0.0.1](https://hub.docker.com/repository/docker/cristaniguti/reads2map): Wrap-up R package for SimusCop simulations. \ No newline at end of file +- [simuscopR](https://github.com/Cristianetaniguti/simuscopR) in [cristaniguti/reads2map:0.0.1](https://hub.docker.com/repository/docker/cristaniguti/reads2map): Wrap-up R package for SimusCop simulations \ No newline at end of file diff --git a/pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.changelog.md b/pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.changelog.md index 1b3b99f..35376ea 100644 --- a/pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.changelog.md +++ b/pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.changelog.md @@ -1,3 +1,18 @@ +# 1.2.0 + +* Add MAPpoly to build linkage maps for polyploid species +* Adjust runtimes +* Add polyploid dataset for tests + +# 1.1.0 + +2022-12-05 + +* Include optional values to skip some of the sub-workflows +* Accepts any number of VCF files as input +* Dosage calling with updog, polyRAD and SuperMASSA adapted to polyploids +* More tests and example data sets included + # 1.0.0 Initial release diff --git a/pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.wdl b/pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.wdl index 7733cc6..da6d89e 100644 --- a/pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.wdl +++ b/pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.wdl @@ -6,166 +6,230 @@ import "../../structs/population_structs.wdl" import "../../tasks/utils.wdl" as utils import "../../tasks/utilsR.wdl" as utilsR import "../../tasks/JointReports.wdl" as reports +import "../../tasks/mappoly.wdl" as mappoly_task import "../../subworkflows/genotyping_empirical.wdl" as genotyping import "../../subworkflows/snpcaller_maps_empirical.wdl" as snpcaller import "../../subworkflows/gusmap_maps_empirical.wdl" as gusmap +import "../../subworkflows/mappoly_maps_empirical.wdl" as mappoly_sub workflow Maps { input { Dataset dataset + Array[File] vcfs + Array[String] vcfs_software + Array[String] vcfs_counts_source + Boolean filter_noninfo + String replaceADbyMissing File? gatk_vcf_multi String gatk_mchap - File? gatk_vcf - File? freebayes_vcf - File? gatk_vcf_bam_counts - File? freebayes_vcf_bam_counts String? filters Int max_cores + Int ploidy } if (defined(filters)) { - call utils.ApplyRandomFilters { + call utils.ApplyRandomFiltersArray { input: - gatk_vcf = gatk_vcf, - freebayes_vcf = freebayes_vcf, - gatk_vcf_bam_counts = gatk_vcf_bam_counts, - freebayes_vcf_bam_counts = freebayes_vcf_bam_counts, + vcfs = vcfs, + vcfs_software = vcfs_software, + vcfs_counts_source = vcfs_counts_source, filters = filters, chromosome = dataset.chromosome } } - File filtered_gatk_vcf = select_first([ApplyRandomFilters.gatk_vcf_filt, gatk_vcf]) - File filtered_gatk_vcf_bamcounts = select_first([ApplyRandomFilters.gatk_vcf_bam_counts_filt, gatk_vcf_bam_counts]) - File filtered_freebayes_vcf = select_first([ApplyRandomFilters.freebayes_vcf_filt, freebayes_vcf]) - File filtered_freebayes_vcf_bamcounts = select_first([ApplyRandomFilters.freebayes_vcf_bam_counts_filt, freebayes_vcf_bam_counts]) - - PopulationAnalysis gatk_processing = {"method": "gatk", "vcf": filtered_gatk_vcf, "bam": filtered_gatk_vcf_bamcounts} - PopulationAnalysis freebayes_processing = {"method": "freebayes", "vcf": filtered_freebayes_vcf, "bam": filtered_freebayes_vcf_bamcounts} + Array[File] filtered_vcfs = select_first([ApplyRandomFiltersArray.vcfs_filt, vcfs]) # Re-Genotyping with updog, supermassa and polyrad; and building maps with onemap - scatter (analysis in [gatk_processing, freebayes_processing]) { - - Map[String, File] vcfs = {"vcf": analysis.vcf, "bam": analysis.bam} - - scatter (origin in ["vcf", "bam"]) { + scatter (idx in range(length(filtered_vcfs))) { - call utils.SplitMarkers as splitgeno { - input: - vcf_file = vcfs[origin] - } - - # Suggestion to improve performance of SuperMASSA, polyRAD and updog - call utilsR.FilterSegregation { + call utils.SplitMarkers as splitgeno { input: + vcf_file = filtered_vcfs[idx] + } + + # Suggestion to improve performance of SuperMASSA, polyRAD and updog + if(filter_noninfo){ + call utilsR.RemoveNonInformative { + input: vcf_file = splitgeno.biallelics, parent1 = dataset.parent1, - parent2 = dataset.parent2 + parent2 = dataset.parent2, + replaceADbyMissing = replaceADbyMissing } + } + + File vcf_up = select_first([RemoveNonInformative.vcf_filtered, splitgeno.biallelics]) + if(ploidy == 2) { call genotyping.onemapMapsEmp as updogMaps { input: - vcf_file = FilterSegregation.vcf_filtered, - # vcf_file = splitgeno.biallelics, - SNPCall_program = analysis.method, + vcf_file = vcf_up, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], GenotypeCall_program = "updog", - CountsFrom = origin, + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], cross = dataset.cross, parent1 = dataset.parent1, parent2 = dataset.parent2, chromosome = dataset.chromosome, multiallelics = dataset.multiallelics, multiallelics_file = splitgeno.multiallelics, - max_cores = max_cores + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy } call genotyping.onemapMapsEmp as supermassaMaps { input: - vcf_file = FilterSegregation.vcf_filtered, - # vcf_file = splitgeno.biallelics, - SNPCall_program = analysis.method, + vcf_file = vcf_up, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], GenotypeCall_program = "supermassa", - CountsFrom = origin, + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], cross = dataset.cross, parent1 = dataset.parent1, parent2 = dataset.parent2, chromosome = dataset.chromosome, multiallelics = dataset.multiallelics, multiallelics_file = splitgeno.multiallelics, - max_cores = max_cores + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy } call genotyping.onemapMapsEmp as polyradMaps { input: - vcf_file = FilterSegregation.vcf_filtered, - # vcf_file = splitgeno.biallelics, - SNPCall_program = analysis.method, + vcf_file = vcf_up, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], GenotypeCall_program = "polyrad", - CountsFrom = origin, + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], cross = dataset.cross, parent1 = dataset.parent1, parent2 = dataset.parent2, chromosome = dataset.chromosome, multiallelics = dataset.multiallelics, multiallelics_file = splitgeno.multiallelics, + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy + } + + # Build maps with GUSMap + call gusmap.gusmapMapsEmp { + input: + vcf_file = vcf_up, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], + GenotypeCall_program = "gusmap", + parent1 = dataset.parent1, + parent2 = dataset.parent2, max_cores = max_cores } + + if(vcfs_counts_source[idx] != "bam"){ + call snpcaller.SNPCallerMapsEmp { + input: + vcf_file = splitgeno.biallelics, + cross = dataset.cross, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], + GenotypeCall_program = "SNPCaller", + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], + parent1 = dataset.parent1, + parent2 = dataset.parent2, + chromosome = dataset.chromosome, + multiallelics = dataset.multiallelics, + max_cores = max_cores, + multiallelics_file = splitgeno.multiallelics, + multiallelics_mchap = gatk_vcf_multi, + mchap = gatk_mchap + } + } } - call utils.SplitMarkers as splitvcf { - input: - vcf_file = analysis.vcf - } + if(ploidy > 2){ + call mappoly_sub.MappolyMapsEmp as updogPolyMaps { + input: + vcf_file = vcf_up, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], + GenotypeCall_program = "updog", + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], + cross = "F1", + parent1 = dataset.parent1, + parent2 = dataset.parent2, + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy + } - call utils.SplitMarkers as splitbam { - input: - vcf_file = analysis.bam - } + call mappoly_sub.MappolyMapsEmp as polyradPolyMaps { + input: + vcf_file = vcf_up, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], + GenotypeCall_program = "polyrad", + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], + cross = "F1", + parent1 = dataset.parent1, + parent2 = dataset.parent2, + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy + } - # Build maps with GUSMap - call gusmap.gusmapMapsEmp { - input: - vcf_file = splitvcf.biallelics, - vcf_bam_file = splitbam.biallelics, - SNPCall_program = analysis.method, - GenotypeCall_program = "gusmap", - parent1 = dataset.parent1, - parent2 = dataset.parent2, - max_cores = max_cores + call mappoly_sub.MappolyMapsEmp as supermassaPolyMaps { + input: + vcf_file = vcf_up, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], + GenotypeCall_program = "supermassa", + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], + cross = "F1", + parent1 = dataset.parent1, + parent2 = dataset.parent2, + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy + } + + if(vcfs_counts_source[idx] != "bam"){ + call mappoly_task.MappolyReport { + input: + vcf_file = vcf_up, + SNPCall_program = vcfs_software[idx], + GenotypeCall_program = "SNPCaller", + CountsFrom = vcfs_counts_source[idx], + parent1 = dataset.parent1, + parent2 = dataset.parent2, + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy + } + } } + } + + if(ploidy == 2){ + Array[File] snpcaller_results = select_all(SNPCallerMapsEmp.tar_gz_report) - call snpcaller.SNPCallerMapsEmp { + # Compress files + call reports.JointReports { input: - vcf_file = splitvcf.biallelics, - cross = dataset.cross, - SNPCall_program = analysis.method, - GenotypeCall_program = "SNPCaller", - CountsFrom = "vcf", - parent1 = dataset.parent1, - parent2 = dataset.parent2, - chromosome = dataset.chromosome, - multiallelics = dataset.multiallelics, - max_cores = max_cores, - multiallelics_file = splitvcf.multiallelics, - multiallelics_mchap = gatk_vcf_multi, - mchap = gatk_mchap + SNPCaller = snpcaller_results, + updog = updogMaps.tar_gz_report, + polyrad = polyradMaps.tar_gz_report, + supermassa = supermassaMaps.tar_gz_report, + gusmap = gusmapMapsEmp.tar_gz_report, + max_cores = max_cores } } - # Compress files - call reports.JointReports { - input: - SNPCaller = SNPCallerMapsEmp.tar_gz_report, - updog = flatten(updogMaps.tar_gz_report), - polyrad = flatten(polyradMaps.tar_gz_report), - supermassa = flatten(supermassaMaps.tar_gz_report), - gusmap = gusmapMapsEmp.tar_gz_report, - max_cores = max_cores + if(ploidy > 2){ + Array[File] snpcaller_results_poly = select_all(MappolyReport.results) + + call reports.JointReportsPoly { + input: + SNPCaller = snpcaller_results_poly, + updog = updogPolyMaps.tar_gz_report, + polyrad = polyradPolyMaps.tar_gz_report, + supermassa = supermassaPolyMaps.tar_gz_report + } } + File Empirical_results_sele = select_first([JointReports.EmpiricalReads_results, JointReportsPoly.EmpiricalReads_results]) + output { - File EmpiricalReads_results = JointReports.EmpiricalReads_results + File EmpiricalReads_results = Empirical_results_sele } } diff --git a/pipelines/EmpiricalReads2Map/EmpiricalReads2Map.wdl b/pipelines/EmpiricalReads2Map/EmpiricalReads2Map.wdl index 1fd9150..2522d69 100644 --- a/pipelines/EmpiricalReads2Map/EmpiricalReads2Map.wdl +++ b/pipelines/EmpiricalReads2Map/EmpiricalReads2Map.wdl @@ -18,6 +18,7 @@ workflow EmpiricalReads { Boolean gatk_mchap = false Boolean hardfilters = true Boolean replaceAD = true + String replaceADbyMissing = "TRUE" # Boolean inside R Boolean run_gatk = true Boolean run_freebayes = true Int ploidy = 2 @@ -45,14 +46,15 @@ workflow EmpiricalReads { call maps.Maps { input: dataset = dataset, + vcfs = SNPCalling.vcfs, + vcfs_software = SNPCalling.vcfs_software, + vcfs_counts_source = SNPCalling.vcfs_counts_source, gatk_vcf_multi = SNPCalling.gatk_multi_vcf, gatk_mchap = gatk_mchap, - gatk_vcf = SNPCalling.gatk_vcf, - freebayes_vcf = SNPCalling.freebayes_vcf, - gatk_vcf_bam_counts = SNPCalling.gatk_vcf_bam_count, - freebayes_vcf_bam_counts = SNPCalling.freebayes_vcf_bam_count, filters = filters, - max_cores = max_cores + max_cores = max_cores, + replaceADbyMissing = replaceADbyMissing, + ploidy = ploidy } output { diff --git a/pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.changelog.md b/pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.changelog.md index 73a8c7d..ead65e4 100644 --- a/pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.changelog.md +++ b/pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.changelog.md @@ -1,3 +1,17 @@ +# 1.2.0 + +* Run freebayes parallelizing in nodes according to chromosomes and cores splitting in genomic regions +* Adjust runtimes +* Add polyploid dataset for tests + +# 1.1.0 + +2022-12-05 + +* Define default values +* Include optional values to skip some of the sub-workflows +* More tests and example data sets included + # 1.0.0 Initial release diff --git a/pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.wdl b/pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.wdl index 844db46..9d65d57 100644 --- a/pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.wdl +++ b/pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.wdl @@ -14,14 +14,14 @@ workflow SNPCalling { ReferenceFasta references Int max_cores Int chunk_size - Boolean rm_dupli - String P1 - String P2 - Boolean gatk_mchap - Boolean hardfilters - Boolean replaceAD - Boolean run_gatk - Boolean run_freebayes + Boolean rm_dupli = true + String? P1 + String? P2 + Boolean gatk_mchap = false + Boolean hardfilters = true + Boolean replaceAD = false + Boolean run_gatk = true + Boolean run_freebayes = true Int ploidy Int n_chrom } @@ -68,14 +68,17 @@ workflow SNPCalling { } } + Array[Array[File]] vcfs_sele = select_all([GatkGenotyping.vcfs, FreebayesGenotyping.vcfs]) + Array[Array[String]] software_sele = select_all([GatkGenotyping.vcfs_software, FreebayesGenotyping.vcfs_software]) + Array[Array[String]] source_sele = select_all([GatkGenotyping.vcfs_counts_source, FreebayesGenotyping.vcfs_counts_source]) + output { + Array[File] vcfs = flatten(vcfs_sele) + Array[String] vcfs_software = flatten(software_sele) + Array[String] vcfs_counts_source = flatten(source_sele) File? gatk_multi_vcf = GatkGenotyping.vcf_multi - File? gatk_vcf = GatkGenotyping.vcf_norm - File? gatk_vcf_bam_count = GatkGenotyping.vcf_norm_bamcounts File? gatk_vcfEval = GatkGenotyping.vcfEval File? Plots = GatkGenotyping.Plots - File? freebayes_vcf = FreebayesGenotyping.vcf_norm - File? freebayes_vcf_bam_count = FreebayesGenotyping.vcf_norm_bamcounts File? freebayes_vcfEval = FreebayesGenotyping.vcfEval File? merged_bam = CreateAlignmentFromFamilies.merged_bam } diff --git a/pipelines/SimulatedReads2Map/SimulatedReads2Map.wdl b/pipelines/SimulatedReads2Map/SimulatedReads2Map.wdl index 71f5588..26d489c 100644 --- a/pipelines/SimulatedReads2Map/SimulatedReads2Map.wdl +++ b/pipelines/SimulatedReads2Map/SimulatedReads2Map.wdl @@ -24,7 +24,6 @@ workflow SimulatedReads { Int chunk_size = 5 Boolean gatk_mchap = false Boolean hardfilters = true - Boolean replaceAD = true } # ProduceFamiliesSeeds just generates random seeds. It returns an @@ -50,7 +49,6 @@ workflow SimulatedReads { chunk_size = chunk_size, gatk_mchap=gatk_mchap, hardfilters = hardfilters, - replaceAD = replaceAD, n_chrom = n_chrom } } diff --git a/structs/empirical_maps_structs.wdl b/structs/empirical_maps_structs.wdl index 054b0ae..62cbbfd 100644 --- a/structs/empirical_maps_structs.wdl +++ b/structs/empirical_maps_structs.wdl @@ -6,5 +6,5 @@ struct Dataset { String parent2 String cross String chromosome - String multiallelics + Boolean multiallelics } diff --git a/subworkflows/SimulatedSingleFamily.wdl b/subworkflows/SimulatedSingleFamily.wdl index 1ff06e4..54d716a 100644 --- a/subworkflows/SimulatedSingleFamily.wdl +++ b/subworkflows/SimulatedSingleFamily.wdl @@ -26,7 +26,6 @@ workflow SimulatedSingleFamily { Int ploidy Boolean gatk_mchap Boolean hardfilters - Boolean replaceAD Int n_chrom } @@ -56,7 +55,7 @@ workflow SimulatedSingleFamily { P1 = "P1", P2 = "P2", hardfilters = hardfilters, - replaceAD = replaceAD + replaceAD = true } call freebayes.FreebayesGenotyping { @@ -67,7 +66,7 @@ workflow SimulatedSingleFamily { max_cores = max_cores, vcf_simu = CreateAlignmentFromSimulation.true_vcf, ploidy = family.ploidy, - replaceAD = replaceAD, + replaceAD = true, n_chrom = n_chrom } @@ -79,36 +78,37 @@ workflow SimulatedSingleFamily { parent2 = "P2" } - if (defined(filters)) { - call utils.ApplyRandomFilters { - input: - gatk_vcf = GatkGenotyping.vcf_norm, - freebayes_vcf = FreebayesGenotyping.vcf_norm, - gatk_vcf_bam_counts = GatkGenotyping.vcf_norm_bamcounts, - freebayes_vcf_bam_counts = FreebayesGenotyping.vcf_norm_bamcounts, - filters = filters, - chromosome = sequencing.chromosome - } - } + Array[Array[File]] vcfs_sele = select_all([GatkGenotyping.vcfs, FreebayesGenotyping.vcfs]) + Array[Array[File]] software_sele = select_all([GatkGenotyping.vcfs_software, FreebayesGenotyping.vcfs_software]) + Array[Array[File]] source_sele = select_all([GatkGenotyping.vcfs_counts_source, FreebayesGenotyping.vcfs_counts_source]) + + if (defined(filters)) { + call utils.ApplyRandomFiltersArray { + input: + vcfs = flatten(vcfs_sele), + vcfs_software = flatten(software_sele), + vcfs_counts_source = flatten(source_sele), + filters = filters, + chromosome = sequencing.chromosome + } + } - File filtered_gatk_vcf = select_first([ApplyRandomFilters.gatk_vcf_filt, GatkGenotyping.vcf_norm]) - File filtered_gatk_vcf_bamcounts = select_first([ApplyRandomFilters.gatk_vcf_bam_counts_filt, GatkGenotyping.vcf_norm_bamcounts]) - File filtered_freebayes_vcf = select_first([ApplyRandomFilters.freebayes_vcf_filt, FreebayesGenotyping.vcf_norm]) - File filtered_freebayes_vcf_bamcounts = select_first([ApplyRandomFilters.freebayes_vcf_bam_counts_filt, FreebayesGenotyping.vcf_norm_bamcounts]) + Array[File] filtered_vcfs = select_first([ApplyRandomFiltersArray.vcfs_filt, vcfs_sele]) + # Requires adaptation starting from here, to run in arrays call utils.GetMarkersPos { input: true_vcf = CreateAlignmentFromSimulation.true_vcf, - filtered_gatk_vcf = filtered_gatk_vcf, - filtered_gatk_vcf_bamcounts = filtered_gatk_vcf_bamcounts, - filtered_freebayes_vcf = filtered_freebayes_vcf, - filtered_freebayes_vcf_bamcounts = filtered_freebayes_vcf_bamcounts, + filtered_gatk_vcf = filtered_vcfs[0], + filtered_gatk_vcf_bamcounts = filtered_vcfs[1], + filtered_freebayes_vcf = filtered_vcfs[2], + filtered_freebayes_vcf_bamcounts = filtered_vcfs[3], depth = sequencing.depth, seed = family.seed } - PopulationAnalysis gatk_processing = {"method": "gatk", "vcf": filtered_gatk_vcf, "bam": filtered_gatk_vcf_bamcounts} - PopulationAnalysis freebayes_processing = {"method": "freebayes", "vcf": filtered_freebayes_vcf, "bam": filtered_freebayes_vcf_bamcounts} + PopulationAnalysis gatk_processing = {"method": "gatk", "vcf": filtered_vcfs[0], "bam": filtered_vcfs[1]} + PopulationAnalysis freebayes_processing = {"method": "freebayes", "vcf": filtered_vcfs[2], "bam": filtered_vcfs[3]} scatter (analysis in [gatk_processing, freebayes_processing]){ @@ -122,17 +122,18 @@ workflow SimulatedSingleFamily { } # Suggestion for better SuperMASSA, updog and polyRAD performance - call utilsR.FilterSegregation { + call utilsR.RemoveNonInformative { input: vcf_file = splitgeno.biallelics, parent1 = "P1", - parent2 = "P2" + parent2 = "P2", + replaceADbyMissing = "TRUE" } call genotyping.onemapMaps as updogMaps { input: simu_onemap_obj = truth_vcf.onemap_obj, - vcf_file = FilterSegregation.vcf_filtered, + vcf_file = RemoveNonInformative.vcf_filtered, #vcf_file = splitgeno.biallelics, genotyping_program = "updog", ref_alt_alleles = CreateAlignmentFromSimulation.ref_alt_alleles, @@ -145,13 +146,14 @@ workflow SimulatedSingleFamily { seed = family.seed, depth = sequencing.depth, multiallelics = sequencing.multiallelics, - multiallelics_file = splitgeno.multiallelics + multiallelics_file = splitgeno.multiallelics, + ploidy = ploidy } call genotyping.onemapMaps as supermassaMaps { input: simu_onemap_obj = truth_vcf.onemap_obj, - vcf_file = FilterSegregation.vcf_filtered, + vcf_file = RemoveNonInformative.vcf_filtered, #vcf_file = splitgeno.biallelics, genotyping_program = "supermassa", ref_alt_alleles = CreateAlignmentFromSimulation.ref_alt_alleles, @@ -164,13 +166,14 @@ workflow SimulatedSingleFamily { seed = family.seed, depth = sequencing.depth, multiallelics = sequencing.multiallelics, - multiallelics_file = splitgeno.multiallelics + multiallelics_file = splitgeno.multiallelics, + ploidy = ploidy } call genotyping.onemapMaps as polyradMaps { input: simu_onemap_obj = truth_vcf.onemap_obj, - vcf_file = FilterSegregation.vcf_filtered, + vcf_file = RemoveNonInformative.vcf_filtered, #vcf_file = splitgeno.biallelics, genotyping_program = "polyrad", ref_alt_alleles = CreateAlignmentFromSimulation.ref_alt_alleles, @@ -183,7 +186,8 @@ workflow SimulatedSingleFamily { seed = family.seed, depth = sequencing.depth, multiallelics = sequencing.multiallelics, - multiallelics_file = splitgeno.multiallelics + multiallelics_file = splitgeno.multiallelics, + ploidy = ploidy } } diff --git a/subworkflows/freebayes_genotyping.wdl b/subworkflows/freebayes_genotyping.wdl index 1128c07..d74f219 100644 --- a/subworkflows/freebayes_genotyping.wdl +++ b/subworkflows/freebayes_genotyping.wdl @@ -51,7 +51,10 @@ workflow FreebayesGenotyping { vcf_simu = vcf_simu, reference = references.ref_fasta, reference_idx = references.ref_fasta_index, - reference_dict = references.ref_dict + reference_dict = references.ref_dict, + program = program, + counts_source = "vcf", + ploidy = ploidy } Map[String, Array[File]] map_bams = {"bam": CreateChunksBamByChr.bams_chunks, "bai": CreateChunksBamByChr.bais_chunks} @@ -65,13 +68,19 @@ workflow FreebayesGenotyping { bais = map_bams["bai"], vcf = Normalization.vcf_norm, tbi = Normalization.vcf_norm_tbi, - program = program + program = program, + counts_source = "bam" } } + Array[File] freebayes_vcfs = select_all([Normalization.vcf_norm, ReplaceAD.bam_vcf]) + Array[String] freebayes_software = select_all([Normalization.software, ReplaceAD.software]) + Array[String] freebayes_counts_source = select_all([Normalization.source, ReplaceAD.source]) + output { - File vcf_norm = Normalization.vcf_norm - File? vcf_norm_bamcounts = ReplaceAD.bam_vcf + Array[File] vcfs = freebayes_vcfs + Array[String] vcfs_software = freebayes_software + Array[String] vcfs_counts_source = freebayes_counts_source File vcfEval = Normalization.vcfEval } } diff --git a/subworkflows/gatk_genotyping.wdl b/subworkflows/gatk_genotyping.wdl index 2666102..1a4375d 100644 --- a/subworkflows/gatk_genotyping.wdl +++ b/subworkflows/gatk_genotyping.wdl @@ -119,7 +119,10 @@ workflow GatkGenotyping { vcf_simu = vcf_simu, reference = references.ref_fasta, reference_idx = references.ref_fasta_index, - reference_dict = references.ref_dict + reference_dict = references.ref_dict, + program = program, + counts_source = "vcf", + ploidy = ploidy } Map[String, Array[File]] map_bams = {"bam": bams, "bai": bais} @@ -133,13 +136,13 @@ workflow GatkGenotyping { bais = map_bams["bai"], vcf = Normalization.vcf_norm, tbi = Normalization.vcf_norm_tbi, - program = program + program = program, + counts_source = "bam" } } # MCHap: micro-haplotyping if(mchap) { - call MCHapWf.MCHap { input: reference = references.ref_fasta, @@ -158,10 +161,15 @@ workflow GatkGenotyping { File vcf_norm_mchap = MCHap.haplo_vcf_merged } + Array[File] gatk_vcfs = select_all([Normalization.vcf_norm, ReplaceAD.bam_vcf]) + Array[String] gatk_software = select_all([Normalization.software, ReplaceAD.software]) + Array[String] gatk_counts_source = select_all([Normalization.source, ReplaceAD.source]) + output { + Array[File] vcfs = gatk_vcfs + Array[String] vcfs_software = gatk_software + Array[String] vcfs_counts_source = gatk_counts_source File? vcf_multi = vcf_norm_mchap - File vcf_norm = Normalization.vcf_norm - File? vcf_norm_bamcounts = ReplaceAD.bam_vcf File vcfEval = Normalization.vcfEval File? Plots = QualPlots } diff --git a/subworkflows/genotyping_empirical.wdl b/subworkflows/genotyping_empirical.wdl index c0016ed..646b56a 100644 --- a/subworkflows/genotyping_empirical.wdl +++ b/subworkflows/genotyping_empirical.wdl @@ -15,8 +15,9 @@ workflow onemapMapsEmp { String parent2 String chromosome Int max_cores - String multiallelics + Boolean multiallelics File? multiallelics_file + Int ploidy } call utilsR.ReGenotyping { @@ -26,10 +27,11 @@ workflow onemapMapsEmp { cross = cross, parent1 = parent1, parent2 = parent2, - max_cores = max_cores + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy } - if (multiallelics == "TRUE") { + if (multiallelics) { call utils.JointMarkers { input: biallelic_vcf = ReGenotyping.regeno_vcf, @@ -97,5 +99,7 @@ workflow onemapMapsEmp { output { File tar_gz_report = Compress.tar_gz_report + Array[File] maps_report = MapsReportEmp.maps_report + File regeno_vcf = ReGenotyping.regeno_vcf } } diff --git a/subworkflows/genotyping_simulated.wdl b/subworkflows/genotyping_simulated.wdl index 58255e0..b3f1f3b 100644 --- a/subworkflows/genotyping_simulated.wdl +++ b/subworkflows/genotyping_simulated.wdl @@ -20,6 +20,7 @@ workflow onemapMaps { Int depth String multiallelics File? multiallelics_file + Int ploidy } @@ -30,7 +31,8 @@ workflow onemapMaps { cross = cross, parent1 = "P1", parent2 = "P2", - max_cores = max_cores + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy } if (multiallelics == "TRUE") { diff --git a/subworkflows/gusmap_maps_empirical.wdl b/subworkflows/gusmap_maps_empirical.wdl index 7ba60ec..fc4b44c 100644 --- a/subworkflows/gusmap_maps_empirical.wdl +++ b/subworkflows/gusmap_maps_empirical.wdl @@ -5,31 +5,25 @@ import "../tasks/gusmap.wdl" workflow gusmapMapsEmp { input { File vcf_file - File vcf_bam_file String SNPCall_program String GenotypeCall_program + String CountsFrom String parent1 String parent2 Int max_cores } - Array[String] counts = ["vcf", "bam"] - Array[File] vcfs = [vcf_file, vcf_bam_file] - Array[Pair[String, File]] counts_and_vcfs = zip(counts, vcfs) - - scatter (vcf in counts_and_vcfs) { call gusmap.GusmapReport { input: - vcf_file = vcf.right, + vcf_file = vcf_file, SNPCall_program = SNPCall_program, GenotypeCall_program = GenotypeCall_program, - CountsFrom = vcf.left, + CountsFrom = CountsFrom, parent1 = parent1, parent2 = parent2, max_cores = max_cores - } } - + call gusmap.CompressGusmap { input: name = "gusmap_map", diff --git a/subworkflows/gusmap_maps_simulated.wdl b/subworkflows/gusmap_maps_simulated.wdl index 294ad8b..036b153 100644 --- a/subworkflows/gusmap_maps_simulated.wdl +++ b/subworkflows/gusmap_maps_simulated.wdl @@ -36,7 +36,7 @@ workflow gusmapMaps { } } - call gusmap.CompressGusmap { + call gusmap.CompressGusmapSimu { input: name = "gusmap_map", RDatas = GusmapReport.maps_RData, @@ -45,6 +45,6 @@ workflow gusmapMaps { } output { - File tar_gz_report = CompressGusmap.tar_gz_report + File tar_gz_report = CompressGusmapSimu.tar_gz_report } } diff --git a/subworkflows/mappoly_maps_empirical.wdl b/subworkflows/mappoly_maps_empirical.wdl new file mode 100644 index 0000000..360c5f8 --- /dev/null +++ b/subworkflows/mappoly_maps_empirical.wdl @@ -0,0 +1,47 @@ +version 1.0 + +import "../tasks/utilsR.wdl" as utilsR +import "../tasks/mappoly.wdl" as mappolyTasks + +workflow MappolyMapsEmp { + + input { + File vcf_file + String SNPCall_program + String GenotypeCall_program + String CountsFrom + String cross + String parent1 + String parent2 + Int max_cores + Int ploidy + } + + call utilsR.ReGenotyping { + input: + vcf_file = vcf_file, + GenotypeCall_program = GenotypeCall_program, + cross = cross, + parent1 = parent1, + parent2 = parent2, + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy + } + + call mappolyTasks.MappolyReport { + input: + vcf_file = ReGenotyping.regeno_vcf, + parent1 = parent1, + parent2 = parent2, + GenotypeCall_program = GenotypeCall_program, + SNPCall_program = SNPCall_program, + CountsFrom = CountsFrom, + max_cores = max_cores, + ploidy = ploidy + } + + output { + File tar_gz_report = MappolyReport.results + File regeno_vcf = ReGenotyping.regeno_vcf + } +} diff --git a/subworkflows/norm_filt_vcf.wdl b/subworkflows/norm_filt_vcf.wdl index 23ab7cb..17347fe 100644 --- a/subworkflows/norm_filt_vcf.wdl +++ b/subworkflows/norm_filt_vcf.wdl @@ -10,13 +10,18 @@ workflow Normalization { File reference File reference_idx File reference_dict + String program + String counts_source + Int ploidy } call bcftools.BiallelicNormalization { input: vcf_file = vcf_in, reference = reference, - reference_idx = reference_idx + reference_idx = reference_idx, + ploidy = ploidy, + software = program } call gatk.VariantEval { @@ -26,12 +31,15 @@ workflow Normalization { vcf_simu = vcf_simu, reference = reference, reference_idx = reference_idx, - reference_dict = reference_dict + reference_dict = reference_dict, + ploidy = ploidy } output { File vcf_norm = BiallelicNormalization.vcf_norm File vcf_norm_tbi = BiallelicNormalization.vcf_norm_tbi File vcfEval = VariantEval.vcfEval + String software = "~{program}" + String source = "~{counts_source}" } } diff --git a/tasks/BWA.wdl b/tasks/BWA.wdl index 653543b..77e1a12 100644 --- a/tasks/BWA.wdl +++ b/tasks/BWA.wdl @@ -17,7 +17,7 @@ task RunBwaAlignment { } Int disk_size = ceil(size(reads, "GiB") * 2 + size(references.ref_fasta, "GiB") + 20) - Int memory_size = 14000 + Int memory_size = 4000 * max_cores command <<< mkdir tmp diff --git a/tasks/JointReports.wdl b/tasks/JointReports.wdl index 146a692..91d88d8 100644 --- a/tasks/JointReports.wdl +++ b/tasks/JointReports.wdl @@ -2,11 +2,11 @@ version 1.0 task JointReports{ input{ - Array[File] SNPCaller - Array[File] updog - Array[File] polyrad - Array[File] supermassa - Array[File] gusmap + Array[File?] SNPCaller + Array[File?] updog + Array[File?] polyrad + Array[File?] supermassa + Array[File?] gusmap Int max_cores } @@ -103,7 +103,7 @@ task JointReports{ >>> runtime{ - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: max_cores # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -246,7 +246,7 @@ task JointReportsSimu { >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: max_cores # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -293,6 +293,9 @@ task JointTablesSimu{ Int depth } + Int disk_size = ceil(size(data1_depths_geno_prob, "GiB") * 2 + size(data2_maps, "GiB") + size(data3_filters, "GiB") + size(data5_SNPCall_efficiency, "GiB") + size(data4_times, "GiB") + size(data6_RDatas, "GiB") + size(data7_gusmap, "GiB") + size(data8_names, "GiB") + size(data9_simu_haplo, "GiB") + size(data10_counts, "GiB")) + Int memory_size = 7000 + command <<< R --vanilla --no-save <>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" - # preemptible: 3 - # cpu: 1 - # memory: "3 GB" - job_name: "JointTables" - node:"--nodes=1" - mem:"--mem=30G" - cpu:"--ntasks=1" - time:"10:00:00" - maxRetries: 5 + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" + cpu: 1 + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm + job_name: "JointTables" + mem:"~{memory_size}M" + time:"01:40:00" } output { File results = "SimulatedReads_results_depth~{depth}.tar.gz" } } + +task JointReportsPoly{ + input{ + Array[File?] SNPCaller + Array[File?] updog + Array[File?] polyrad + Array[File?] supermassa + } + + Int disk_size = ceil(size(SNPCaller, "GiB") * 1.5 + size(updog, "GiB") * 1.5 + size(polyrad, "GiB") * 1.5 + size(supermassa, "GiB") * 1.5) + Int memory_size = 4000 + + command <<< + + snpcaller=(~{sep=" " SNPCaller}) + updog=(~{sep=" " updog}) + polyrad=(~{sep=" " polyrad}) + supermassa=(~{sep=" " supermassa}) + + mkdir results_all + + for index in ${!snpcaller[*]}; + tar -xvf ${snpcaller[$index]} + mv results/* results_all + rm -r results + done + + for index in ${!updog[*]}; + tar -xvf ${updog[$index]} + mv results/* results_all + rm -r results + done + + for index in ${!polyrad[*]}; + tar -xvf ${polyrad[$index]} + mv results/* results_all + rm -r results + done + + for index in ${!supermassa[*]}; + tar -xvf ${supermassa[$index]} + mv results/* results_all + rm -r results + done + + tar -czvf EmpiricalReads_results_poly.tar.gz results_all + + >>> + + runtime{ + docker:"ubuntu:20.04" + cpu: 1 + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm + job_name: "JointReports" + mem:"~{memory_size}M" + time:"01:40:00" + } + + output{ + File EmpiricalReads_results = "EmpiricalReads_results_poly.tar.gz" + } +} \ No newline at end of file diff --git a/tasks/bcftools.wdl b/tasks/bcftools.wdl index 375ab57..160fe46 100644 --- a/tasks/bcftools.wdl +++ b/tasks/bcftools.wdl @@ -8,13 +8,21 @@ task BiallelicNormalization { File vcf_file File reference File reference_idx + Int ploidy + String software } Int disk_size = ceil(size(vcf_file, "GiB") + size(reference, "GiB") + 2) Int memory_size = 7000 command <<< - bcftools norm ~{vcf_file} --rm-dup all -Ov --check-ref w -f ~{reference} > vcf_norm.vcf + + #if [ ~{ploidy} -gt 2 ] && [ "~{software}" == "freebayes" ] # GATK returns an error when trying to split by row saying that PL has wrong number of fields + #then + # bcftools norm ~{vcf_file} -m - -Ov --check-ref w -f ~{reference} > vcf_norm.vcf + #else + bcftools norm ~{vcf_file} --rm-dup all -Ov --check-ref w -f ~{reference} > vcf_norm.vcf + #fi bgzip vcf_norm.vcf tabix -p vcf vcf_norm.vcf.gz diff --git a/tasks/chunk_lists.wdl b/tasks/chunk_lists.wdl index a94690b..003a5f6 100644 --- a/tasks/chunk_lists.wdl +++ b/tasks/chunk_lists.wdl @@ -30,7 +30,7 @@ task SepareChunksFastqString { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -84,7 +84,7 @@ task SepareChunksFastq { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -181,7 +181,7 @@ task SepareChunksBed { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: 1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -232,8 +232,12 @@ task CreateChunksBamByChr { samtools view -b ~{merged_bam} $index > sca_$index.bam done + count=`ls -1 sca_*.bam 2>/dev/null | wc -l` + if [ $count != 0 ] + then samtools merge in_scaffolds.bam sca_*.bam samtools index in_scaffolds.bam + fi >>> @@ -246,7 +250,7 @@ task CreateChunksBamByChr { # Slurm job_name: "CreateChunks" mem:"1G" - time:"00:05:00" + time:"01:00:00" } meta { diff --git a/tasks/cutadapt.wdl b/tasks/cutadapt.wdl index 36e51e5..645e167 100644 --- a/tasks/cutadapt.wdl +++ b/tasks/cutadapt.wdl @@ -7,17 +7,23 @@ task RemoveAdapt { String sequence_name } + Int disk_size = ceil(size(sequence, "GiB") * 2) + Int memory_size = 6000 + command <<< cutadapt -a ~{adapter} -o ~{sequence_name}_trim.fastq.gz ~{sequence} --minimum-length 64 >>> runtime { docker:"kfdrc/cutadapt" + cpu:1 + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm job_name: "RemoveAdapt" - node:"--nodes=1" - mem:"--mem=30G" - tasks:"--ntasks=1" - time:"24:00:00" + mem:"~{memory_size}M" + time:"10:00:00" } output { diff --git a/tasks/freebayes.wdl b/tasks/freebayes.wdl index 4983f13..9e71dd2 100644 --- a/tasks/freebayes.wdl +++ b/tasks/freebayes.wdl @@ -12,12 +12,15 @@ task RunFreebayes { } Int disk_size = ceil(size(reference, "GiB") + size(bam, "GiB") + 50) - Int memory_size = ceil(size(bam, "MiB") * 3 + 3000) + Int memory_size = ceil(size(bam, "MiB") * 25 * max_cores + 10000) command <<< + ln -s ~{bam} . + ln -s ~{bai} . + freebayes-parallel <(fasta_generate_regions.py ~{reference_idx} 100000) ~{max_cores} \ - --genotype-qualities --ploidy ~{ploidy} -f ~{reference} ~{bam} > "freebayes.vcf" + --genotype-qualities --ploidy ~{ploidy} -f ~{reference} *bam > "freebayes.vcf" >>> diff --git a/tasks/gatk.wdl b/tasks/gatk.wdl index 9e2085f..31be95b 100644 --- a/tasks/gatk.wdl +++ b/tasks/gatk.wdl @@ -15,9 +15,9 @@ task HaplotypeCaller { } Int disk_size = ceil((size(bams, "GiB") + 30) + size(reference_fasta, "GiB")) + 20 - Int memory_max = ceil(1000 * chunk_size) + Int memory_max = ceil(5000 * chunk_size) Int memory_min = memory_max / 2 - Int memory_size = memory_min * 2 + Int memory_size = memory_max + 5000 Int max_cores = ceil(chunk_size * 4 + 2) command <<< @@ -422,13 +422,14 @@ task VariantEval { File reference File reference_idx File reference_dict + Int ploidy } Int disk_size = ceil(size(vcf_norm, "GiB") + size(reference, "GiB") + size(vcf_simu, "GiB") + 2) Int memory_size = 3000 command <<< - java -jar /usr/gitc/GATK35.jar -T VariantEval -R ~{reference} -eval ~{vcf_norm} ~{"-D " + vcf_simu} -EV ValidationReport -EV CountVariants -o vcfEval.txt + java -jar /usr/gitc/GATK35.jar -T VariantEval -R ~{reference} -eval ~{vcf_norm} ~{"-D " + vcf_simu} -EV ValidationReport -EV CountVariants -ploidy ~{ploidy} -o vcfEval.txt >>> runtime { diff --git a/tasks/gusmap.wdl b/tasks/gusmap.wdl index c10be0e..471e3b4 100644 --- a/tasks/gusmap.wdl +++ b/tasks/gusmap.wdl @@ -46,7 +46,7 @@ task GusmapReport { >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: max_cores # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -153,7 +153,7 @@ task GusmapReportForSimulated { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: max_cores # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -178,6 +178,50 @@ task GusmapReportForSimulated { } task CompressGusmap { + input{ + String name + File RDatas + File maps_report + File times + } + + Int disk_size = ceil(size(RDatas, "GiB") + size(maps_report, "GiB") + size(times, "GiB")) + Int memory_size = 1000 + + command <<< + + mkdir ~{name} + cp ~{RDatas} ~{maps_report} \ + ~{times} ~{name} + + tar -czvf ~{name}.tar.gz ~{name} + + >>> + + runtime { + docker:"ubuntu:20.04" + cpu:1 + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm + job_name: "CompressGusmap" + mem:"~{memory_size}M" + time:"01:00:00" + } + + meta { + author: "Cristiane Taniguti" + email: "chtaniguti@tamu.edu" + description: "Move GUSMap resulted reports to a single directory and compress it." + } + + output { + File tar_gz_report = "~{name}.tar.gz" + } +} + +task CompressGusmapSimu { input{ String name Array[File] RDatas @@ -191,7 +235,7 @@ task CompressGusmap { command <<< mkdir ~{name} - mv ~{sep=" " RDatas} ~{sep=" " maps_report} \ + cp ~{sep=" " RDatas} ~{sep=" " maps_report} \ ~{sep=" " times} ~{name} tar -czvf ~{name}.tar.gz ~{name} diff --git a/tasks/mappoly.wdl b/tasks/mappoly.wdl new file mode 100644 index 0000000..3f528a2 --- /dev/null +++ b/tasks/mappoly.wdl @@ -0,0 +1,148 @@ +version 1.0 + +task MappolyReport { + input { + File vcf_file + String SNPCall_program + String GenotypeCall_program + String CountsFrom + String parent1 + String parent2 + Int max_cores + Int ploidy + } + + Int disk_size = ceil(size(vcf_file, "GiB") * 2) + Int memory_size = ceil(size(vcf_file, "MiB") + 2000) + + command <<< + R --vanilla --no-save <>> + + runtime { + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.5" + cpu: max_cores + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm + job_name: "MappolyReport" + mem:"~{memory_size}G" + time:"24:00:00" + } + + meta { + author: "Cristiane Taniguti" + email: "chtaniguti@tamu.edu" + description: "Build linkage map using MAPpoly" + } + + output { + File results = "~{SNPCall_program}_~{GenotypeCall_program}_~{CountsFrom}_results.tar.gz" + } +} \ No newline at end of file diff --git a/tasks/pedigree_simulator.wdl b/tasks/pedigree_simulator.wdl index c39ec8b..49d8ce3 100644 --- a/tasks/pedigree_simulator.wdl +++ b/tasks/pedigree_simulator.wdl @@ -12,11 +12,12 @@ task RunPedigreeSimulator { Int memory_size = 3000 command <<< + cp ~{parfile} parfile.txt set -e - sed -i 's+chromosome.txt+~{chromfile}+g' ~{parfile} - sed -i 's+mapfile.txt+~{mapfile}+g' ~{parfile} - sed -i 's+founderfile.txt+~{founderfile}+g' ~{parfile} - java -jar /usr/jars/PedigreeSim.jar ~{parfile} + sed -i 's+chromosome.txt+~{chromfile}+g' parfile.txt + sed -i 's+mapfile.txt+~{mapfile}+g' parfile.txt + sed -i 's+founderfile.txt+~{founderfile}+g' parfile.txt + java -jar /usr/jars/PedigreeSim.jar parfile.txt >>> diff --git a/tasks/pedigree_simulator_utils.wdl b/tasks/pedigree_simulator_utils.wdl index 22b9674..669c7ff 100644 --- a/tasks/pedigree_simulator_utils.wdl +++ b/tasks/pedigree_simulator_utils.wdl @@ -172,7 +172,7 @@ task CreatePedigreeSimulatorInputs { >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -276,7 +276,7 @@ task ConvertPedigreeSimulationToVcf { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -348,7 +348,7 @@ task Vcf2PedigreeSimulator{ >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -381,6 +381,9 @@ task ProduceFamiliesSeeds { Int global_seed } + Int disk_size = 1 + Int memory_size = 1000 + command <<< python <>> runtime { - docker: "python:3.7" - # preemptible: 3 - # cpu: 1 - # memory: "1 GB" + docker:"python:3.7" + cpu:1 + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm job_name: "ProduceFamiliesSeeds" - node:"--nodes=1" - mem:"--mem=1G" - cpu:"--ntasks=1" + mem:"~{memory_size}M" time:"01:00:00" - maxRetries: 5 } output { diff --git a/tasks/simuscop.wdl b/tasks/simuscop.wdl index 95e0978..1f588f1 100644 --- a/tasks/simuscop.wdl +++ b/tasks/simuscop.wdl @@ -36,7 +36,7 @@ task SimuscopProfile { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -113,7 +113,7 @@ task SimuscopSimulation { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" diff --git a/tasks/stacks.wdl b/tasks/stacks.wdl index 7e48206..23c8117 100644 --- a/tasks/stacks.wdl +++ b/tasks/stacks.wdl @@ -8,6 +8,9 @@ task ProcessRadTags { File? barcodes } + Int disk_size = ceil(size(fq_files, "GiB") * 2) + Int memory_size = 6000 + command <<< mkdir raw process_radtags_results mv ~{sep=" " fq_files} raw @@ -21,11 +24,14 @@ task ProcessRadTags { runtime { docker:"cristaniguti/stacks:0.0.1" + cpu:1 + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm job_name: "ProcessRadTags" - node:"--nodes=1" - mem:"--mem=30G" - tasks:"--ntasks=1" - time:"24:00:00" + mem:"~{memory_size}M" + time:"10:00:00" } output { diff --git a/tasks/utils.wdl b/tasks/utils.wdl index 013fe02..4616886 100644 --- a/tasks/utils.wdl +++ b/tasks/utils.wdl @@ -5,17 +5,20 @@ task mergeVCFs { Array[File] haplo_vcf } - Int disk_size = ceil(size(haplo_vcf, "GiB") * 1.5) - Int memory_size = 3000 + Int disk_size = ceil(size(haplo_vcf, "GiB") * 2) + Int memory_size = 5000 command <<< + vcfs=(~{sep = " " haplo_vcf}) + index=1 - for file in $(echo ~{sep = " " haplo_vcf}); do - filename=$(basename -- "$file") + for file in ${!vcfs[*]}; do + filename=$(basename -- "${vcfs[$file]}") name="${filename%.*}_$index" echo $name - bcftools sort $file --output-file $name.sorted.vcf + tabix -p vcf ${vcfs[$file]} + bcftools sort ${vcfs[$file]} --output-file $name.sorted.vcf bgzip $name.sorted.vcf tabix -p vcf $name.sorted.vcf.gz index=$(expr $index + 1) @@ -149,6 +152,59 @@ task ApplyRandomFilters { } } +task ApplyRandomFiltersArray { + input{ + Array[File] vcfs + Array[String] vcfs_software + Array[String] vcfs_counts_source + String? filters + String? chromosome + } + + Int disk_size = ceil(size(vcfs, "GiB") * 2) + Int memory_size = 3000 + + command <<< + + vcfs=(~{sep = " " vcfs}) + vcfs_software=(~{sep=" " vcfs_software}) + vcfs_counts_source=(~{sep=" " vcfs_counts_source}) + + for index in ${!vcfs[*]}; do + cp ${vcfs[$index]} temp.vcf + tabix -p vcf temp.vcf + bcftools view temp.vcf ~{filters} -r ~{chromosome} \ + -o vcf_filt_${vcfs_software[$index]}_${vcfs_counts_source[$index]}.vcf.gz + rm temp.vcf temp.vcf.tbi + echo vcf_filt_${vcfs_software[$index]}_${vcfs_counts_source[$index]}.vcf.gz >> outputs.txt + done + + >>> + + runtime { + docker:"lifebitai/bcftools:1.10.2" + cpu:1 + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm + job_name: "ApplyRandomFilters" + mem:"~{memory_size}M" + time:"01:00:00" + } + + meta { + author: "Cristiane Taniguti" + email: "chtaniguti@tamu.edu" + description: "Uses [vcftools](http://vcftools.sourceforge.net/) to filter VCF file by user-defined criterias." + } + + output { + Array[File] vcfs_filt = read_lines("outputs.txt") + } +} + + task SplitMarkers { input{ File vcf_file @@ -252,6 +308,7 @@ task ReplaceAD { File vcf File tbi String program + String counts_source } Int disk_size = ceil(size(ref_fasta, "GiB") + size(bams, "GiB") * 1.5 + size(vcf, "GiB") * 1.5) @@ -302,6 +359,8 @@ task ReplaceAD { output { File bam_vcf = "~{program}_bam_vcf.vcf.gz" File bam_vcf_tbi = "~{program}_bam_vcf.vcf.gz.tbi" + String software = "~{program}" + String source = "~{counts_source}" } } @@ -322,7 +381,7 @@ task Compress { mkdir ~{name} - mv ~{sep=" " RDatas} ~{sep=" " maps_report} \ + cp ~{sep=" " RDatas} ~{sep=" " maps_report} \ ~{sep=" " times} ~{sep=" " filters_report} \ ~{sep=" " errors_report} ~{name} @@ -445,6 +504,9 @@ task TarFiles { Array[File] sequences } + Int disk_size = ceil(size(sequences, "GiB") * 2) + Int memory_size = 6000 + command <<< mkdir results mv ~{sep=" " sequences} results @@ -453,11 +515,14 @@ task TarFiles { runtime { docker:"kfdrc/cutadapt" + cpu:1 + # Cloud + memory:"~{memory_size} MiB" + disks:"local-disk " + disk_size + " HDD" + # Slurm job_name: "TarFiles" - node:"--nodes=1" - mem:"--mem=30G" - tasks:"--ntasks=1" - time:"24:00:00" + mem:"~{memory_size}M" + time:"10:00:00" } output { diff --git a/tasks/utilsR.wdl b/tasks/utilsR.wdl index fec68ad..e30cb8f 100644 --- a/tasks/utilsR.wdl +++ b/tasks/utilsR.wdl @@ -44,7 +44,7 @@ task vcf2onemap { >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -98,7 +98,7 @@ task FiltersReport { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -150,7 +150,7 @@ task FiltersReportEmp { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -256,7 +256,7 @@ task MapsReport { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:4 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -345,7 +345,7 @@ task ErrorsReport { >>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: max_cores # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -409,7 +409,7 @@ task CheckDepths { >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: max_cores # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -472,7 +472,7 @@ task MapsReportEmp { >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu:max_cores # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -506,6 +506,7 @@ task ReGenotyping { String parent1 String parent2 Int max_cores + Int ploidy } Int disk_size = ceil((size(vcf_file, "GiB") * 4)) @@ -520,53 +521,43 @@ task ReGenotyping { cross <- "~{cross}" if(cross == "F1"){ - cross <- "outcross" - f1 = NULL - } else if (cross == "F2"){ - cross <- "f2 intercross" - f1 = "F1" + cross <- "outcross" + } else { + stop("Invalid crosstype") } out_vcf <- "regeno.vcf.gz" if (method == "updog") { - out_onemap_obj <- updog_genotype(vcf="~{vcf_file}", - vcf.par="AD", - out_vcf = out_vcf, - parent1="~{parent1}", - parent2="~{parent2}", - f1 = f1, - crosstype= cross, - recovering=TRUE, - cores="~{max_cores}", - depths=NULL, - global_error = NULL, - use_genotypes_errors = FALSE, - use_genotypes_probs = TRUE) + updog_genotype_vcf(vcf="~{vcf_file}", + vcf.par="AD", + out_vcf = out_vcf, + parent1="~{parent1}", + parent2="~{parent2}", + crosstype= cross, + cores=~{max_cores}, + ploidy = ~{ploidy}) } else if (method == "supermassa") { - out_onemap_obj <- supermassa_genotype(vcf="~{vcf_file}", - vcf.par="AD", - out_vcf = out_vcf, - parent1="~{parent1}", - parent2="~{parent2}", - crosstype= cross, - f1 = f1, - recovering=TRUE, - cores="~{max_cores}", - depths=NULL, - global_error = NULL, - use_genotypes_errors = FALSE, - use_genotypes_probs = TRUE) + supermassa_genotype_vcf(vcf="~{vcf_file}", + vcf.par="AD", + out_vcf = out_vcf, + parent1="~{parent1}", + parent2="~{parent2}", + crosstype= cross, + cores=~{max_cores}, + ploidy = ~{ploidy}) } else if (method == "polyrad") { - ex <- strsplit(basename("~{vcf_file}"), split="[.]")[[1]] - if(ex[length(ex)] == "gz") { + ex <- strsplit(basename("~{vcf_file}"), split="[.]")[[1]] + if(ex[length(ex)] == "gz") { system("gunzip -f ~{vcf_file}") vcf_in <- paste0(dirname("~{vcf_file}"), "/", paste0(ex[-length(ex)], collapse = ".")) - } else vcf_in <- "~{vcf_file}" - out_onemap_obj <- polyRAD_genotype_vcf(vcf=vcf_in, - parent1="~{parent1}", - parent2="~{parent2}", - outfile = out_vcf) + } else vcf_in <- "~{vcf_file}" + + polyRAD_genotype_vcf(vcf=vcf_in, + parent1="~{parent1}", + parent2="~{parent2}", + ploidy = ~{ploidy}, + out_vcf = out_vcf) } system("gunzip regeno.vcf.gz") @@ -576,7 +567,7 @@ task ReGenotyping { >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.5" cpu: max_cores # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -662,7 +653,7 @@ task SetProbs { >>> runtime { - 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Int memory_size = ceil(size(Total, "MiB") * 1.25) + Int memory_size = ceil(size(Total, "MiB") * 2) + 4000 command <<< R --vanilla --no-save <>> runtime { - docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker: "cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: 1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" @@ -1064,7 +1052,7 @@ task FilterMulti { >>> runtime { - docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.1" + docker:"cristaniguti/reads2map:0.0.4" cpu: 1 # Cloud memory:"~{memory_size} MiB" diff --git a/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/filtsegreg_vcfs/filtered_freebayes.vcf.gz b/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/RemoveNonInformative_results/filtered_freebayes.vcf.gz similarity index 100% rename from tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/filtsegreg_vcfs/filtered_freebayes.vcf.gz rename to tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/RemoveNonInformative_results/filtered_freebayes.vcf.gz diff --git a/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/filtsegreg_vcfs/filtered_gatk.vcf.gz b/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/RemoveNonInformative_results/filtered_gatk.vcf.gz similarity index 100% rename from tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/filtsegreg_vcfs/filtered_gatk.vcf.gz rename to tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/RemoveNonInformative_results/filtered_gatk.vcf.gz diff --git a/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/filtsegreg_vcfs/filtered_gatk_bam.vcf.gz b/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/RemoveNonInformative_results/filtered_gatk_bam.vcf.gz similarity index 100% rename from tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/filtsegreg_vcfs/filtered_gatk_bam.vcf.gz rename to tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/RemoveNonInformative_results/filtered_gatk_bam.vcf.gz diff --git a/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/genotyping_vcfs/freebayes/polyrad/regeno.vcf b/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/genotyping_vcfs/freebayes/polyrad/regeno.vcf new file mode 100644 index 0000000..e33747c --- /dev/null +++ b/tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/genotyping_vcfs/freebayes/polyrad/regeno.vcf @@ -0,0 +1,262 @@ +##fileformat=VCFv4.3 +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##fileDate=20221205 +##source=polyRADv2.0.0 +##META= +##contig= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##SAMPLE= +##FORMAT= +##FORMAT= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT II_1_37 II_1_81 II_3_08 II_3_09 II_3_10 II_3_10a II_3_11 II_3_14 II_3_15 II_3_18 II_3_19 II_3_20 II_3_23 II_3_24 II_3_25 II_3_26 II_3_27 II_3_28 II_3_29 II_3_31 II_3_39 II_3_40 II_3_43 II_3_44 II_3_59 II_3_61 II_3_63 II_3_64 II_3_65 II_3_66 II_3_68 II_3_72 II_3_73 II_3_74 II_3_75 II_3_76 II_3_77 II_3_78 II_3_79 II_5_02 II_5_03 II_5_04 II_5_08 II_5_11 II_5_12 II_5_13 II_5_14 II_5_15 II_5_17 II_5_20 II_5_21 II_5_22 II_5_23 II_5_25 II_5_27 II_5_30 II_5_31 II_5_32 II_5_33 II_5_34 II_5_36 II_5_40 II_5_42 II_5_43 II_5_45 II_5_48 II_5_51 II_5_52 II_5_54 II_5_59 II_5_61 II_5_62 II_5_72 II_5_78 II_5_80 II_81 I_3_03 I_3_06 I_3_09 I_3_12 I_3_15 I_3_27 I_3_31 I_3_32 I_3_34 I_3_38 I_3_42 I_3_45 I_3_50 I_3_53 I_3_55 I_3_56 I_3_58 I_3_59 I_3_60 I_3_66 I_3_67 I_3_70 I_3_71 I_3_72 I_3_75 I_3_77 I_3_78 I_4_01 I_4_02_48 I_4_12 I_4_15 I_4_19 I_4_21 I_4_26 I_4_28 I_4_35 I_4_39 I_4_48 I_4_51 I_4_62 I_4_65 I_4_73 I_4_76 I_4_78 I_4_79 I_4_81 PT_F PT_M +Chr10 99721 Chr10_99721 C A . . 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CGG C 50091.1 . . 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A T 5762.73 . . 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C T 5385.88 . . 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AT A 6135.34 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,9:9:27:1|1:6333_AT_A:405,27,0:6333 ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0/0:16,0:16:45:.:.:0,45,675:. 0/0:11,0:11:12:.:.:0,12,180:. 0/0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 1|1:0,3:3:9:1|1:6333_AT_A:135,9,0:6333 0/0:28,0:28:33:.:.:0,33,495:. 0|1:5,2:7:69:0|1:6333_AT_A:69,0,204:6333 0/0:14,0:14:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,2:2:6:1|1:6333_AT_A:90,6,0:6333 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,80:. 0/0:21,0:21:54:.:.:0,54,810:. 0/0:18,0:18:39:.:.:0,39,585:. 0/0:17,0:17:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,6:6:18:1|1:6333_AT_A:270,18,0:6333 0/0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0/0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0/0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,3:3:9:1|1:6333_AT_A:135,9,0:6333 ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:4,3:7:99:0|1:6333_AT_A:114,0,159:6333 ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0|1:4,2:6:72:0|1:6333_AT_A:72,0,162:6333 0/0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0/0:4,0:4:3:.:.:0,3,45:. 1|1:0,5:5:15:1|1:6333_AT_A:225,15,0:6333 0/0:16,0:16:27:.:.:0,27,405:. 0/0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 0/0:29,0:29:33:.:.:0,33,495:. 1|1:0,4:4:12:1|1:6333_AT_A:180,12,0:6333 0/0:21,0:21:33:.:.:0,33,495:. 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0/0:15,0:15:18:.:.:0,18,270:. 0/0:10,0:10:18:.:.:0,18,270:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 0/0:19,0:19:18:.:.:0,18,270:. 0/0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 0/0:7,0:7:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,9:9:27:1|1:6333_AT_A:405,27,0:6333 0/0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0/0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,3:3:9:1|1:6333_AT_A:135,9,0:6333 1|1:0,6:6:18:1|1:6333_AT_A:270,18,0:6333 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0/0:10,0:10:15:.:.:0,15,225:. 0/0:7,0:7:12:.:.:0,12,180:. 1|1:0,3:3:9:1|1:6333_AT_A:135,9,0:6333 0/0:9,0:9:6:.:.:0,6,90:. 0/0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0/0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0/0:8,0:8:15:.:.:0,15,225:. 0/0:17,0:17:39:.:.:0,39,585:. 0/0:6,0:6:12:.:.:0,12,180:. 0/0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 1|1:0,3:3:9:1|1:6333_AT_A:135,9,0:6333 0/0:9,0:9:6:.:.:0,6,90:. 0/0:18,0:18:21:.:.:0,21,315:. 0/0:16,0:16:9:.:.:0,9,135:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. .:0,0:.:.:0|1:6333_AT_A:.:6333 0/0:8,0:8:3:.:.:0,3,45:. 0/0:11,0:11:21:.:.:0,21,315:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0/0:13,0:13:18:.:.:0,18,270:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:23,0:23:48:.:.:0,48,720:. 0/0:17,0:17:33:.:.:0,33,495:. 0/0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0/0:7,0:7:15:.:.:0,15,225:. 0/0:5,0:5:12:.:.:0,12,180:. 0/0:18,0:18:36:.:.:0,36,540:. 0/0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0/0:22,0:22:27:.:.:0,27,405:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:22,0:22:27:.:.:0,27,405:. 0/0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0/0:14,0:14:21:.:.:0,21,315:. 0/0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:10,0:10:21:.:.:0,21,315:. 0/0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0/0:22,0:22:21:.:.:0,21,315:. 0|1:2,4:6:72:0|1:6333_AT_A:162,0,72:6333 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0/0:9,0:9:12:.:.:0,12,180:. 0/0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0/0:18,0:18:18:.:.:0,18,270:. 0/0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0/0:6,0:6:9:.:.:0,9,135:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:25,0:25:54:.:.:0,54,810:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:14,0:14:27:.:.:0,27,405:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:14,0:14:24:.:.:0,24,360:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0/0:9,0:9:15:.:.:0,15,225:. 0/0:17,0:17:27:.:.:0,27,405:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0/0:14,0:14:30:.:.:0,30,450:. 0/0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0/0:15,0:15:24:.:.:0,24,360:. 0/0:169,0:169:99:.:.:0,120,1800:. 1|1:1,76:77:99:1|1:6333_AT_A:3375,187,0:6333 +Chr10 6395 . T A 8721.88 . . 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C T 6881.75 . . 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A C 872.99 . . 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A G 1231.16 . . 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T A 53495.3 . . 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T C 1173.47 . . 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G T 53807.1 . . 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T C 1173.48 . . 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G T 1160.23 . . 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G T 1160.2 . . 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G T 53875.5 . . 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C A 1161.55 . . 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T C 53969.3 . . 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G A 13339.1 . . 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G A 3839.78 . . 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T TTTG 4634.61 . . 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T A 36728.1 . . 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C A 24185 . . 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A AG 24149.1 . . 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A G 6395.16 . . 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G T 1622.8 . . 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A T 9318.15 . . 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AGCGAGCGGCAT A 16129.9 . . 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A G 15798.9 . . 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T TA 2496.16 . . 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T A 2514.46 . . 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G A 24912.7 . . 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C T 11750.9 . . 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C T 45497.9 . . 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A G 4470.55 . . 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G A 23935.9 . . 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A G 4353.91 . . 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C A 4412.4 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,273:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,185:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,189:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,331:. 0/1:1,2:3:36:.:.:79,0,36:. 0/1:3,1:4:33:.:.:33,0,120:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/1:4,2:6:71:.:.:71,0,149:. 0/1:5,2:7:68:.:.:68,0,199:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,233:. 0/1:9,2:11:54:.:.:54,0,368:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,402:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,132:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,321:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,444:. 0/1:3,4:7:99:.:.:158,0,111:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,321:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,385:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,265:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,245:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,197:. 0/1:2,5:7:64:.:.:203,0,64:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,274:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0/1:5,3:8:99:.:.:106,0,196:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,249:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/1:3,6:9:99:.:.:240,0,107:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,146:. 0/1:3,2:5:74:.:.:74,0,115:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,330:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/1:1,3:4:33:.:.:122,0,33:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,90:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,169:. 0/1:5,3:8:99:.:.:110,0,196:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/1:1,2:3:36:.:.:81,0,36:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,37:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/1:4,3:7:99:.:.:111,0,146:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,6:9:99:.:.:236,0,105:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,210:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,70:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/1:1,2:3:34:.:.:81,0,34:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,321:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,391:. 0/1:4,5:9:99:.:.:195,0,150:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/1:1,2:3:36:.:.:79,0,36:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,2:5:74:.:.:74,0,117:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,117:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,428:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,229:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,227:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,187:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,445:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,283:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,290:. 0/0:10,0:10:0:.:.:0,0,352:. 0/1:2,3:5:72:.:.:115,0,72:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:5,3:8:99:.:.:110,0,192:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,225:. 0/1:4,5:9:99:.:.:193,0,113:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,4:4:12:1|1:201476_G_A:180,12,0:201476 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,169:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,247:. 0/1:2,7:9:60:.:.:276,0,60:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,270:. 0/1:1,4:5:28:.:.:160,0,28:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,3:6:99:.:.:112,0,114:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/1:9,2:11:54:.:.:54,0,350:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,235:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,3:5:70:.:.:117,0,70:. 0/0:60,0:60:99:.:.:0,120,1800:. 0/1:20,24:44:99:.:.:922,0,747:. +Chr10 204920 . A G 21695.5 . . 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AG A 11807.3 . . 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G A 11816.5 . . 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C A 17895 . . 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T G 17895 . . 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T TATTTGAAA 5719.76 . . 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T A 30036 . . 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C A 26514.3 . . 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T C 4640.44 . . 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C CAAA 33992.5 . . 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C T 4392.15 . . 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A G 23650.6 . . 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T C 8719.51 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,139:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,491:. 0/1:2,4:6:72:.:.:157,0,72:. 1/1:0,11:11:33:.:.:492,33,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 1/1:0,13:13:39:.:.:568,39,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:397,27,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,143:. 0/0:5,0:5:14:.:.:0,14,223:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,397:. 0/1:3,8:11:99:.:.:286,0,102:. ./.:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,225:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,455:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,457:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,404:. 0|0:3,0:3:10:0|1:281872_A_T:0,10,137:281872 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/1:3,7:10:99:.:.:246,0,103:. 1/1:0,7:7:21:.:.:313,21,0:. 0/1:2,3:5:75:.:.:117,0,75:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,370:. 1/1:0,4:4:12:.:.:171,12,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,341:. 1/1:0,11:11:33:.:.:475,33,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,134:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,5:5:15:.:.:222,15,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. 1/1:0,5:5:15:.:.:220,15,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,265:. 1/1:0,4:4:12:.:.:167,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1/1:0,6:6:18:.:.:265,18,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 1/1:0,3:3:9:.:.:134,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:179,12,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:82,6,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,453:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,12:12:37:.:.:535,37,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:99,9,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,400:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,41:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:267,18,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,364:. 1/1:0,7:7:21:.:.:309,21,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,7:7:21:.:.:305,21,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,51:. 1/1:0,4:4:12:.:.:179,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,177:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,298:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,387:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,591:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,3:3:9:.:.:134,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:14,0:14:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:433,30,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,35:. 1/1:0,6:6:18:.:.:265,18,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. ./.:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,278:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,4:4:12:.:.:162,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,177:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 1/1:0,4:4:12:.:.:169,12,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:446,30,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,399:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:38,0:38:99:.:.:0,114,1588:. +Chr10 281946 . G A 9054.6 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,139:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,491:. 0/1:2,4:6:72:.:.:161,0,72:. 1/1:0,11:11:33:.:.:488,33,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,13:13:39:.:.:563,39,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:401,27,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,143:. 0/0:5,0:5:16:.:.:0,16,225:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,387:. 0/1:3,8:11:99:.:.:321,0,102:. ./.:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,221:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,455:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,457:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,404:. 0|1:3,3:6:99:0|1:281872_A_T:116,0,116:281872 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/1:3,7:10:99:.:.:279,0,102:. 1/1:0,7:7:21:.:.:305,21,0:. 0/1:2,3:5:75:.:.:117,0,75:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,370:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,350:. 1/1:0,11:11:33:.:.:482,33,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,134:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,5:5:15:.:.:224,15,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,100:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. 1/1:0,5:5:15:.:.:222,15,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:124,9,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,265:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,6:6:18:.:.:269,18,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:179,12,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,453:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,12:12:35:.:.:531,35,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:131,9,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,398:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,16:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:263,18,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,364:. 1/1:0,7:7:21:.:.:309,21,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1/1:0,7:7:21:.:.:309,21,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,20:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,179:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,298:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,387:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,591:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,3:3:9:.:.:134,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:14,0:14:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:436,30,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,37:. 1/1:0,6:6:17:.:.:198,17,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:179,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,278:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:450,30,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,393:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:38,0:38:99:.:.:0,114,1588:. +Chr10 281955 . TGTGTGATTAGAA T 9017.09 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,139:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,491:. 0/1:2,4:6:72:.:.:162,0,72:. 1/1:0,11:11:33:.:.:495,33,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,13:13:39:.:.:585,39,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:405,27,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,225:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,143:. 0/1:4,5:9:99:.:.:198,0,153:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,405:. 0/1:3,8:11:99:.:.:327,0,102:. 0/0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,225:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,455:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,457:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,404:. 0|1:3,3:6:99:0|1:281872_A_T:117,0,117:281872 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,180:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/1:3,7:10:99:.:.:285,0,105:. 1/1:0,7:7:21:.:.:315,21,0:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,370:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,360:. 1/1:0,11:11:33:.:.:495,33,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,135:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,5:5:15:.:.:225,15,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,100:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. 1/1:0,5:5:15:.:.:225,15,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,270:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,6:6:18:.:.:270,18,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,453:. 0/0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0/1:1,12:13:6:.:.:501,0,6:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,225:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,405:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 1/1:0,6:6:18:.:.:270,18,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,364:. 1/1:0,7:7:21:.:.:315,21,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,7:7:21:.:.:315,21,0:. 0/0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,180:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,298:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,387:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,591:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:14,0:14:21:.:.:0,21,315:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:450,30,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,6:6:18:.:.:270,18,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,278:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,180:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,408:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,405:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:38,0:38:99:.:.:0,114,1588:. +Chr10 281986 . T A 9118.77 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,491:. 0/1:2,4:6:72:.:.:161,0,72:. 1/1:0,11:11:33:.:.:492,33,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,13:13:39:.:.:574,39,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:397,27,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,177:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,143:. 0/1:4,5:9:99:.:.:182,0,150:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,352:. 0/1:3,8:11:99:.:.:300,0,102:. ./.:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,223:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,455:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,457:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,404:. 0|0:3,0:3:8:0|1:281872_A_T:0,8,133:281872 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,169:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/1:3,7:10:99:.:.:277,0,102:. 1/1:0,7:7:21:.:.:313,21,0:. 0/1:2,3:5:75:.:.:119,0,75:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,370:. 1/1:0,4:4:12:.:.:173,12,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,348:. 1/1:0,11:11:33:.:.:468,33,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,134:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,5:5:15:.:.:220,15,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,100:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. 1/1:0,5:5:15:.:.:218,15,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,265:. 1/1:0,4:4:12:.:.:173,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1/1:0,6:6:18:.:.:267,18,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:179,12,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,451:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,12:12:36:.:.:533,36,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:131,9,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,339:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,41:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:263,18,0:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,364:. 1/1:0,7:7:21:.:.:309,21,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,7:7:21:.:.:305,21,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,23:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,179:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,298:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,387:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,591:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:14,0:14:0:.:.:0,0,19:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:434,30,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 1/1:0,6:6:18:.:.:263,18,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,280:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,4:4:12:.:.:169,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,177:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 1/1:0,4:4:12:.:.:167,12,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:434,30,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,386:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:38,0:38:99:.:.:0,114,1588:. +Chr10 282001 . A AGTT 9164.08 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,491:. 0/1:2,4:6:72:.:.:162,0,72:. 1/1:0,11:11:33:.:.:495,33,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,13:13:39:.:.:585,39,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:405,27,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,225:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,143:. 0/1:4,5:9:41:.:.:41,0,154:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,405:. 0/1:3,8:11:99:.:.:327,0,102:. 0/0:11,0:11:15:.:.:0,15,225:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,225:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,455:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,457:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,404:. 0|1:3,3:6:22:0|1:281872_A_T:22,0,118:281872 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,180:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/1:3,7:10:99:.:.:285,0,105:. 1/1:0,7:7:21:.:.:315,21,0:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,370:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,360:. 1/1:0,11:11:33:.:.:495,33,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,135:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,5:5:15:.:.:225,15,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,100:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:225,15,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,270:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,6:6:18:.:.:270,18,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,451:. 0/0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,12:12:36:.:.:540,36,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,225:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,360:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 1/1:0,6:6:18:.:.:270,18,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,412:. 1/1:0,7:7:21:.:.:315,21,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 1/1:0,7:7:21:.:.:315,21,0:. 0/0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,129:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:15:.:.:0,15,225:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,298:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,387:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,591:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:3,2:5:10:.:.:10,0,120:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:14,0:14:21:.:.:0,21,315:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:421,30,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,6:6:18:.:.:270,18,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:159,12,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,3:3:9:.:.:135,9,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,280:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,180:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 1/1:0,4:4:12:.:.:180,12,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:450,30,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,405:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:38,0:38:99:.:.:0,114,1588:. +Chr10 282025 . G A 10517.5 . . 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C A 7441.03 . . 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T C 10772.7 . . 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G A 47974.8 . . 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T A 51208.7 . . 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C G 8671.18 . . 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A AT 6481.15 . . 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G T 8287.49 . . 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A G 3588.54 . . 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A G 4003.2 . . 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T G 3668.75 . . 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G C 16296 . . 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CA C 25305.3 . . 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T C 1401.9 . . 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G GCTT 6197.72 . . 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A G 6832.85 . . 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T C 12392.5 . . 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T TGAGAAG 10662.8 . . 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T TATTA 6175.86 . . 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A G 10101.6 . . 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C T 67303.7 . . 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T TG 7087.72 . . 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C T 8512.3 . . 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T G 27116.7 . . 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A T 18751 . . 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A G 23391.2 . . 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T C 9833.06 . . 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C G 32532.3 . . 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T G 9160.63 . . 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G C 24462.4 . . 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G A 72786.8 . . 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G T 32075.9 . . 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T A 10331.6 . . 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C A 10331.6 . . 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C CTGA 75189.6 . . 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G A 3162.17 . . 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G T 5908.33 . . 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G A 3184.48 . . 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A G 3183.96 . . 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G C 5911.47 . . 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A G 10142.9 . . 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G T 5375.72 . . 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A G 3014.11 . . 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A G 11292.5 . . 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C T 10394.7 . . 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C A 9135.09 . . 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T A 23077.2 . . 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T A 10858.1 . . 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AT A 18301.1 . . 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C G 15096 . . 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G A 4621.78 . . 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G A 46116.7 . . 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C T 9090.75 . . 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T G 31011.9 . . 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CT C 13779.1 . . 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T C 3215.6 . . 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A G 4457.49 . . 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A C 26027.2 . . 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G A 11102 . . 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G T 9834.53 . . 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G T 8221.66 . . 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T C 17989.8 . . 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G C 21527.5 . . 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T A 10755.3 . . 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G T 10755.3 . . 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G A 5993.74 . . 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G A 13920.6 . . 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G A 663.73 . . 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T C 923.18 . . 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G A 5675.02 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:22,2:24:15:.:.:15,0,911:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,132:. 0/1:14,3:17:81:.:.:81,0,579:. 0/1:11,2:13:48:.:.:48,0,455:. 0/1:34,4:38:61:.:.:61,0,1409:. 0/0:36,0:36:99:.:.:0,108,1506:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,883:. 0/1:7,3:10:99:.:.:104,0,283:. 0/0:49,0:49:99:.:.:0,120,1800:. 0/1:27,4:31:46:.:.:46,0,1122:. 0/1:29,4:33:72:.:.:72,0,1206:. 0/1:16,3:19:77:.:.:77,0,662:. 0/0:39,0:39:99:.:.:0,117,1703:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,790:. 0/1:33,5:38:99:.:.:105,0,1368:. 0/1:30,3:33:35:.:.:35,0,1246:. 0/0:28,0:28:42:.:.:0,42,1121:. 0/1:33,8:41:99:.:.:231,0,1354:. 0/0:25,0:25:75:.:.:0,75,1059:. 0/1:17,4:21:99:.:.:110,0,699:. 0/0:45,0:45:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:26,0:26:78:.:.:0,78,1085:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,628:. 0/1:26,3:29:45:.:.:45,0,1080:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,683:. 0/0:29,0:29:87:.:.:0,87,1200:. 0/0:16,0:16:5:.:.:0,5,588:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,784:. 0/1:28,3:31:41:.:.:41,0,1141:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,522:. 0/1:9,5:14:99:.:.:182,0,360:. 0/0:30,0:30:90:.:.:0,90,1283:. 0/1:17,3:20:74:.:.:74,0,689:. 0/1:19,5:24:99:.:.:153,0,783:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,756:. 0/0:30,0:30:90:.:.:0,90,1245:. 0/0:40,0:40:76:.:.:0,76,1617:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,716:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,885:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/1:23,2:25:13:.:.:13,0,920:. 0/0:29,0:29:87:.:.:0,87,1233:. 0/1:36,3:39:17:.:.:17,0,1455:. 0/1:12,4:16:99:.:.:129,0,490:. 0/0:16,0:16:3:.:.:0,3,621:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,669:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,687:. 0/0:34,0:34:99:.:.:0,102,1447:. 0/1:11,3:14:90:.:.:90,0,452:. 0/1:12,2:14:47:.:.:47,0,495:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,709:. 0|1:7,2:9:63:0|1:638768_G_A:63,0,288:638768 0/1:8,3:11:99:.:.:102,0,327:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,619:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,634:. 0/1:27,5:32:99:.:.:125,0,1116:. 0/0:23,0:23:24:.:.:0,24,893:. 0/1:18,2:20:29:.:.:29,0,750:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,341:. 0/1:27,4:31:82:.:.:82,0,1121:. 0/1:22,3:25:60:.:.:60,0,915:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,321:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,468:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,522:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,741:. 0/0:48,3:51:21:.:.:0,21,2021:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1039:. 0/1:29,3:32:36:.:.:36,0,1206:. 0/1:20,4:24:99:.:.:103,0,790:. 0/0:25,0:25:75:.:.:0,75,1054:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,777:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,743:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,520:. 0/1:3,2:5:72:.:.:72,0,118:. 0/1:14,2:16:41:.:.:41,0,573:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,348:. 0/0:56,0:56:99:.:.:0,120,1800:. 0/1:35,3:38:12:.:.:12,0,1450:. 0/0:13,0:13:22:.:.:0,22,482:. 0/0:14,0:14:0:.:.:0,0,531:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,568:. 0/1:18,3:21:69:.:.:69,0,736:. 0/1:9,3:12:88:.:.:88,0,369:. 0/1:33,12:45:99:.:.:405,0,1324:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,701:. 0/0:34,0:34:99:.:.:0,102,1335:. 0/1:24,3:27:53:.:.:53,0,996:. 0/1:19,2:21:26:.:.:26,0,792:. 0/1:19,3:22:31:.:.:31,0,787:. 0/1:34,5:39:99:.:.:103,0,1373:. 0/1:19,3:22:68:.:.:68,0,780:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,634:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1010:. 0/1:26,2:28:3:.:.:3,0,1081:. 0/1:38,10:48:99:.:.:293,0,1552:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,354:. 0/0:27,0:27:81:.:.:0,81,1124:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,650:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:32,0:32:96:.:.:0,96,1366:. 0/1:49,9:58:99:.:.:226,0,2021:. 0/1:17,2:19:28:.:.:28,0,699:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,667:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,600:. 0/0:18,0:18:11:.:.:0,11,667:. 0/1:34,7:41:99:.:.:192,0,1407:. 0/1:36,4:40:60:.:.:60,0,1500:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:28,0:28:84:.:.:0,84,1123:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,206:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,715:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,370:. 0/1:21,7:28:99:.:.:225,0,861:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,586:. 0/0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:16,0:16:30:.:.:0,30,588:. 0/1:35,5:40:91:.:.:91,0,1455:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,303:. 0/0:37,0:37:99:.:.:0,111,1578:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,763:. 0/1:25,3:28:46:.:.:46,0,1041:. 0/1:274,52:326:99:.:.:1305,0,11349:. 0/0:151,0:151:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 638776 . AAACTCT A 52494.3 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:11,13:24:99:.:.:513,0,423:. 0/0:5,0:5:9:.:.:0,9,135:. 0/1:12,5:17:99:.:.:174,0,489:. 0/1:9,4:13:99:.:.:141,0,366:. 0/1:26,12:38:99:.:.:426,0,1056:. 0/1:20,16:36:99:.:.:612,0,792:. 0/1:11,8:19:99:.:.:303,0,438:. 0/1:4,6:10:99:.:.:240,0,150:. 0/1:26,18:44:99:.:.:678,0,1038:. 0/1:16,15:31:99:.:.:582,0,627:. 0/1:26,7:33:99:.:.:216,0,1071:. 0/1:9,10:19:99:.:.:393,0,348:. 0/1:21,18:39:99:.:.:693,0,828:. 0/1:8,7:15:99:.:.:270,0,315:. 0/1:21,17:38:99:.:.:651,0,831:. 0/1:16,18:34:99:.:.:708,0,618:. 0/1:15,13:28:99:.:.:501,0,591:. 0/1:21,20:41:99:.:.:777,0,822:. 0/1:14,11:25:99:.:.:420,0,555:. 0/1:14,7:21:99:.:.:252,0,567:. 0/1:30,15:45:99:.:.:540,0,1215:. 0|1:22,3:25:60:0|1:638776_AAACTCT_A:60,0,915:638776 0/1:11,4:15:99:.:.:135,0,450:. 0/1:17,12:29:99:.:.:453,0,678:. 0/1:10,6:16:99:.:.:222,0,402:. 0|1:21,7:28:99:0|1:638776_AAACTCT_A:231,0,861:638776 0/1:9,7:16:99:.:.:267,0,357:. 0/1:11,7:18:99:.:.:261,0,441:. 0/1:20,11:31:99:.:.:402,0,807:. 0/1:11,2:13:51:.:.:51,0,456:. 0/1:6,8:14:99:.:.:318,0,228:. 0/1:19,11:30:99:.:.:405,0,765:. 0/1:9,11:20:99:.:.:435,0,339:. 0/1:14,11:25:99:.:.:414,0,555:. 0/1:5,13:18:99:.:.:531,0,171:. 0/1:16,14:30:99:.:.:540,0,630:. 0/1:28,12:40:99:.:.:420,0,1140:. 0/1:11,6:17:99:.:.:219,0,444:. 0/1:14,7:21:99:.:.:252,0,567:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/1:14,11:25:99:.:.:420,0,555:. 0/1:14,13:27:99:.:.:504,0,549:. 0/1:23,16:39:99:.:.:603,0,918:. 0/1:7,9:16:99:.:.:357,0,267:. 0/1:6,10:16:99:.:.:402,0,222:. 0/1:8,8:16:99:.:.:309,0,312:. 0/1:12,4:16:99:.:.:132,0,492:. 0/1:17,17:34:99:.:.:663,0,663:. 0/1:9,5:14:99:.:.:183,0,363:. 0/1:10,4:14:99:.:.:138,0,408:. 0/1:12,5:17:99:.:.:174,0,489:. 0|1:7,2:9:63:0|1:638768_G_A:63,0,288:638768 0/1:4,7:11:99:.:.:282,0,147:. 0/1:7,7:14:99:.:.:273,0,273:. 0/1:9,7:16:99:.:.:267,0,357:. 0/1:15,17:32:99:.:.:669,0,579:. 0/1:13,9:22:99:.:.:339,0,519:. 0/1:14,6:20:99:.:.:210,0,570:. 0|1:4,4:8:99:0|1:638776_AAACTCT_A:156,0,156:638776 0/1:18,13:31:99:.:.:492,0,717:. 0/1:14,11:25:99:.:.:420,0,555:. 0/1:4,4:8:99:.:.:156,0,156:. 0/0:11,0:11:27:.:.:0,27,405:. 0/1:9,4:13:99:.:.:141,0,366:. 0|1:8,9:17:99:0|1:638705_T_A:354,0,309:638705 0/1:21,30:51:99:.:.:1196,0,791:. 0/1:16,8:24:99:.:.:288,0,648:. 0/1:18,14:32:99:.:.:534,0,714:. 0/1:16,8:24:99:.:.:288,0,648:. 0/1:12,9:21:99:.:.:342,0,477:. 0/1:10,8:18:99:.:.:306,0,396:. 0/1:13,5:18:99:.:.:171,0,531:. 0/1:11,2:13:51:.:.:51,0,456:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 0/1:5,11:16:99:.:.:447,0,177:. 0/0:8,0:8:18:.:.:0,18,270:. 0/1:40,16:56:99:.:.:551,0,1631:. 0/1:17,21:38:99:.:.:831,0,651:. 0|1:10,3:13:96:0|1:638776_AAACTCT_A:96,0,411:638776 0/1:11,3:14:93:.:.:93,0,453:. 0/1:8,6:14:99:.:.:228,0,318:. 0/1:13,8:21:99:.:.:297,0,522:. 0/1:7,5:12:99:.:.:189,0,279:. 0/1:19,26:45:99:.:.:1035,0,720:. 0/1:10,5:15:99:.:.:180,0,405:. 0/1:13,17:30:99:.:.:675,0,495:. 0/1:14,13:27:99:.:.:504,0,549:. 0/1:10,11:21:99:.:.:432,0,387:. 0/1:15,7:22:99:.:.:249,0,609:. 0/1:24,15:39:99:.:.:558,0,963:. 0/1:8,14:22:99:.:.:564,0,294:. 0|1:9,2:11:57:0|1:638776_AAACTCT_A:57,0,372:638776 0|1:18,4:22:99:0|1:638776_AAACTCT_A:114,0,744:638776 0/1:18,10:28:99:.:.:366,0,726:. 0/1:23,25:48:99:.:.:981,0,891:. 0/1:5,4:9:99:.:.:153,0,198:. 0/1:17,7:24:99:.:.:243,0,693:. 0/1:14,2:16:42:.:.:42,0,582:. 0/1:2,1:3:36:.:.:36,0,81:. 0/1:16,16:32:99:.:.:620,0,624:. 0/1:31,27:58:99:.:.:1040,0,1220:. 0/1:15,4:19:99:.:.:123,0,618:. 0/1:8,8:16:99:.:.:312,0,312:. 0|1:9,6:15:99:0|1:638776_AAACTCT_A:222,0,360:638776 0/1:11,7:18:99:.:.:261,0,441:. 0/1:23,18:41:99:.:.:687,0,912:. 0/1:29,11:40:99:.:.:375,0,1185:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:17,11:28:99:.:.:411,0,681:. 0/1:4,1:5:30:.:.:30,0,165:. 0|1:11,6:17:99:0|1:638776_AAACTCT_A:219,0,444:638776 0|1:4,2:6:72:0|1:638776_AAACTCT_A:72,0,162:638776 0/1:7,21:28:99:.:.:861,0,231:. 0|1:9,5:14:99:0|1:638776_AAACTCT_A:183,0,750:638776 0/1:14,29:43:99:.:.:1176,0,501:. 0|1:6,7:13:99:0|1:638776_AAACTCT_A:273,0,231:638776 0/1:25,15:40:99:.:.:555,0,1005:. 0|1:2,1:3:36:0|1:638776_AAACTCT_A:36,0,81:638776 0/1:19,18:37:99:.:.:699,0,744:. 0/0:15,1:16:3:.:.:0,3,630:. 0/1:21,7:28:99:.:.:231,0,861:. 0/1:155,171:326:99:.:.:6714,0,5994:. 0/1:86,65:151:99:.:.:2470,0,3415:. +Chr10 638788 . C T 24991 . . 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G A 24784.3 . . 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G A 2850.2 . . 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C T 5172.61 . . 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T C 5141.04 . . 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T C 16437.1 . . 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C T 1631.59 . . 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G A 5775.55 . . 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A T 5772.38 . . 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A G 45802.2 . . 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G A 16081.1 . . 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A C 44516.1 . . 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G A 44600.1 . . 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C A 7807.28 . . 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A G 11019.5 . . 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G A 11269.2 . . 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A G 11260.4 . . 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T C 11262.6 . . 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G A 11278.3 . . 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C T 2289.99 . . 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G T 2278.03 . . 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C T 6377.15 . . 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G A 2273.38 . . 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G A 4909.73 . . 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A G 2071.88 . . 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C T 2687 . . 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G A 2687 . . 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G A 2686.8 . . 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T A 1373.69 . . 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A G 5068.06 . . 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G C 14538.7 . . 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G T 44626.4 . . 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G A 26764.8 . . 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A G 44388.2 . . 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G A 6757.02 . . 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T C 8608.03 . . 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TTC T 15940.2 . . 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A G 8157.92 . . 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G A 287.28 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,179:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,134:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,20:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:7,0:7:0:.:.:0,0,203:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,86:. 0/1:1,2:3:20:.:.:71,0,20:. 1|1:0,1:1:3:1|1:1215482_G_A:45,3,0:1215482 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,113:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,251:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,159:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,68:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,75:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,52:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 1/1:0,1:1:3:.:.:40,3,0:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,175:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,116:. 1|1:0,1:1:3:1|1:1215482_G_A:45,3,0:1215482 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,179:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,173:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,187:. 0/1:1,1:2:21:.:.:34,0,21:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,74:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,125:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,124:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,94:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,218:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,122:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,62:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,86:. 1|1:0,1:1:3:1|1:1215482_G_A:45,3,0:1215482 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,35:. ./.:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,62:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,41:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,180:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,88:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,97:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,80:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,88:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,41:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,35:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,146:. ./.:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/1:3,1:4:33:.:.:33,0,109:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,157:. 0/0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,41:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,74:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 0|0:14,0:14:42:0|1:1215482_G_A:0,42,630:1215482 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,180:. +Chr10 1215486 . G T 314.06 . . 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T A 4818.11 . . 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T C 4643.64 . . 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G A 8951.54 . . 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G T 24903.4 . . 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C T 5607.22 . . 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G C 6850.28 . . 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C T 943.16 . . 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G A 5523.6 . . 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C T 8395.32 . . 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G T 909.22 . . 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G C 909.22 . . 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A ATT 908.17 . . 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G A 911.28 . . 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G A 5866 . . 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G A 23996.6 . . 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G A 4703.05 . . 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G T 5499.12 . . 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G A 8444.62 . . 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C G 3577.48 . . 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G A 16315.6 . . 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G A 4479.64 . . 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C T 4483.86 . . 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C A 4481.55 . . 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C T 2765.87 . . 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C T 1618.67 . . 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A G 1755.33 . . 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G T 1765.54 . . 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T C 1775.34 . . 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G T 25570.1 . . 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T C 15424.8 . . 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A G 41286.9 . . 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A C 26275.1 . . 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G A 58754.4 . . 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G A 56806.6 . . 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G C 34922.8 . . 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T C 28652.6 . . 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T C 21258.1 . . 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A G 6521.49 . . 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AAATT A 6590.42 . . 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AAAG A 10239.1 . . 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C G 9342.21 . . 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T A 32624.3 . . 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C G 7164.81 . . 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C T 32963.3 . . 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C T 23251.2 . . 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A C 8526.9 . . 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T C 19327.1 . . 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A G 3700.66 . . 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TG T 1386.7 . . 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T C 435.12 . . 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G A 236.45 . . GT:AD:DP:GQ:PL ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,80 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,254 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:6,0:6:18:0,18,245 1/1:0,2:2:6:49,6,0 0/0:2,0:2:6:0,6,74 0/0:5,0:5:15:0,15,191 0/0:3,0:3:9:0,9,128 0/0:2,0:2:6:0,6,86 0/0:11,0:11:33:0,33,421 0/0:2,0:2:6:0,6,86 0/0:4,0:4:12:0,12,142 0/0:3,0:3:9:0,9,103 0/0:5,0:5:15:0,15,214 0/1:5,2:7:28:28,0,140 0/0:7,0:7:21:0,21,271 0/0:4,0:4:12:0,12,165 0/0:4,0:4:12:0,12,173 0/0:1,0:1:3:0,3,43 0/0:2,0:2:6:0,6,80 1/1:0,2:2:6:49,6,0 0/0:2,0:2:0:0,0,2 0/0:2,0:2:6:0,6,80 ./.:1,0:1:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:5,0:5:15:0,15,216 0/0:2,0:2:6:0,6,60 0/0:2,0:2:6:0,6,82 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,77 0/0:6,0:6:18:0,18,249 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:7,0:7:21:0,21,293 0/0:4,0:4:12:0,12,146 ./.:2,0:2:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,253 0/0:6,0:6:18:0,18,194 0/0:4,0:4:12:0,12,148 0/0:2,0:2:6:0,6,86 ./.:1,0:1:.:0,0,0 0/0:11,0:11:33:0,33,425 0/0:6,0:6:18:0,18,246 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,43 0/0:9,0:9:27:0,27,368 0/0:4,0:4:12:0,12,136 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:3,0:3:9:0,9,103 0/0:1,0:1:3:0,3,37 0/0:1,0:1:3:0,3,43 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:3,0:3:9:0,9,130 ./.:1,0:1:.:0,0,0 ./.:1,0:1:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,37 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:4,0:4:12:0,12,171 0/0:2,0:2:6:0,6,60 ./.:0,0:0:.:0,0,0 ./.:1,0:1:.:0,0,0 ./.:0,0:0:.:0,0,0 ./.:0,0:0:.:0,0,0 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/1:2,2:4:37:37,0,52 0/0:4,0:4:12:0,12,171 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:1,0:1:3:0,3,18 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:2,0:2:6:0,6,86 0/0:1,0:1:3:0,3,32 0/0:1,0:1:3:0,3,43 0/1:2,2:4:37:37,0,52 0/0:2,0:2:6:0,6,62 0/0:4,0:4:12:0,12,169 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,82 0/0:5,0:5:15:0,15,154 0/0:2,0:2:0:0,0,27 0/0:5,0:5:15:0,15,195 1/1:0,2:2:6:49,6,0 0/1:2,3:5:49:59,0,49 0/0:2,0:2:6:0,6,86 0/0:5,0:5:15:0,15,185 0/0:3,0:3:9:0,9,103 0/0:2,0:2:6:0,6,62 0/0:5,0:5:15:0,15,193 0/0:3,0:3:9:0,9,105 0/0:2,0:2:0:0,0,2 0/0:2,0:2:6:0,6,80 0/0:3,0:3:9:0,9,107 0/0:3,0:3:9:0,9,124 0/0:5,0:5:15:0,15,180 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:6,0:6:18:0,18,237 0/0:3,0:3:9:0,9,128 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,60 0/0:11,0:11:33:0,33,430 0/0:2,0:2:6:0,6,80 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,54 0/0:2,0:2:6:0,6,88 0/0:5,0:5:15:0,15,193 ./.:2,0:2:.:0,0,0 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,122 0/0:1,0:1:3:0,3,43 0/0:2,0:2:6:0,6,62 0/0:2,0:2:6:0,6,86 0/0:3,0:3:9:0,9,128 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:2,0:2:6:0,6,86 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:0:0,0,150 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:5,0:5:15:0,15,208 ./.:0,0:0:.:0,0,0 0/0:3,0:3:9:0,9,126 0/0:26,0:26:0:0,0,881 0/0:35,0:35:99:0,105,1402 +Chr10 2129485 . G T 7341.48 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:1,5:6:14:.:.:141,0,14:. 1/1:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:200,18,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,74:. 0/1:3,2:5:48:.:.:48,0,120:. 0/1:1,2:3:26:.:.:58,0,26:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:2,9:11:57:.:.:253,0,57:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:136,12,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 1/1:0,5:5:15:.:.:159,15,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,266:. 0/1:2,5:7:69:.:.:144,0,69:. 1/1:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:130,12,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 1/1:0,3:3:9:.:.:98,9,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:168,15,0:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,6:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. 1/1:0,6:6:18:.:.:197,18,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:197,18,0:. 0/1:2,5:7:69:.:.:141,0,69:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,94:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:1,5:6:14:.:.:144,0,14:. 0/1:2,4:6:72:.:.:109,0,72:. 1/1:0,4:4:12:.:.:130,12,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 1/1:0,10:10:30:.:.:300,30,0:. 0/1:2,4:6:72:.:.:121,0,72:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:3,6:9:99:.:.:173,0,108:. 1/1:0,4:4:12:.:.:130,12,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,29:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:98,9,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:2,2:4:54:0|1:2129485_G_T:54,0,78:2129485 1/1:0,2:2:6:.:.:67,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,2:4:37:.:.:52,0,37:. 0/1:2,2:4:51:.:.:51,0,51:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/1:2,2:4:54:.:.:54,0,74:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/1:3,2:5:48:.:.:48,0,120:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/1:3,2:5:49:.:.:49,0,59:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:158,15,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 0/1:3,2:5:51:.:.:51,0,120:. 1/1:0,3:3:9:.:.:76,9,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/1:1,2:3:23:.:.:58,0,23:. 1/1:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,3:6:77:.:.:77,0,117:. 1/1:0,3:3:9:.:.:97,9,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:5,6:11:99:.:.:160,0,192:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:95,9,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:67,6,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:63,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:161,15,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,2:5:48:.:.:48,0,80:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:101,9,0:. 1/1:3,23:26:3:.:.:668,3,0:. 0/1:19,16:35:99:.:.:406,0,746:. +Chr10 2129489 . T C 2834.51 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:0:.:.:0,0,224:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,307:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 0/1:2,3:5:75:.:.:83,0,75:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 1/1:0,2:2:6:.:.:70,6,0:. 0/1:9,2:11:30:.:.:30,0,372:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,208:. 0/1:1,2:3:23:.:.:58,0,23:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/1:2,5:7:28:.:.:140,0,28:. 0/1:5,2:7:42:.:.:42,0,204:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,88:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 1/1:0,2:2:6:.:.:67,6,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:67,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,259:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,297:. 0/1:5,2:7:45:.:.:45,0,204:. 0/1:1,3:4:20:.:.:89,0,20:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,27:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,177:. 0/1:6,2:8:42:.:.:42,0,205:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,432:. 0/1:4,2:6:48:.:.:48,0,162:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/1:6,3:9:71:.:.:71,0,243:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/1:1,2:3:23:.:.:58,0,23:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:2,2:4:54:1|0:2129485_G_T:54,0,78:2129485 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/1:2,2:4:51:.:.:51,0,51:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1/1:0,3:3:9:.:.:100,9,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:2,2:4:37:.:.:52,0,37:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,99:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,3:5:75:.:.:82,0,75:. 1/1:0,2:2:6:.:.:62,6,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:137,15,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,205:. 0/0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/1:2,3:5:75:.:.:83,0,75:. 0/0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,80:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 1/1:0,4:4:12:.:.:133,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,3:6:77:.:.:77,0,117:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:64,6,0:. 0/1:6,5:11:99:.:.:126,0,237:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,41:. 0/0:4,0:4:9:.:.:0,9,135:. 1/1:0,5:5:15:.:.:158,15,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/1:1,2:3:26:.:.:55,0,26:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,218:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,3:5:48:.:.:80,0,48:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:26,0:26:75:.:.:0,75,1121:. 0/1:16,19:35:99:.:.:491,0,615:. +Chr10 2155740 . A C 19483.5 . . 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T A 8773.29 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:1,2:3:34:.:.:79,0,34:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,84:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:4,8:12:99:.:.:308,0,135:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,68:. 0/1:1,5:6:27:.:.:190,0,27:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 0/1:3,2:5:72:.:.:72,0,120:. 0/1:1,3:4:31:.:.:116,0,31:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:6,5:11:99:.:.:185,0,223:. 0/1:2,3:5:75:.:.:101,0,75:. 0/1:2,5:7:64:.:.:186,0,64:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:2,4:6:72:.:.:155,0,72:. 0/1:3,3:6:99:.:.:104,0,103:. 0/1:5,2:7:60:.:.:60,0,193:. 0/1:3,4:7:99:.:.:152,0,111:. 0/1:9,2:11:56:.:.:56,0,339:. 0/1:6,6:12:99:.:.:184,0,227:. 0/1:2,3:5:59:.:.:109,0,59:. 0/1:3,4:7:99:.:.:152,0,107:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:3,2:5:70:.:.:70,0,120:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/1:2,5:7:43:.:.:184,0,43:. 0/1:5,4:9:99:.:.:142,0,181:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,3:5:70:.:.:113,0,70:. 0/1:7,3:10:87:.:.:87,0,285:. 0/1:4,3:7:99:.:.:101,0,133:. 0/1:8,4:12:99:.:.:125,0,300:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 0/1:7,2:9:58:.:.:58,0,270:. 0/1:2,7:9:63:.:.:276,0,63:. 0/1:6,2:8:55:.:.:55,0,227:. 0/1:2,2:4:64:.:.:64,0,76:. 1/1:0,3:3:9:.:.:122,9,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,41:. 0/1:3,3:6:99:.:.:112,0,117:. 0/1:1,3:4:33:.:.:122,0,33:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,77:. 0/1:5,6:11:99:.:.:185,0,192:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,2:2:6:.:.:80,6,0:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0/1:3,3:6:77:.:.:77,0,117:. 0/1:2,3:5:64:.:.:115,0,64:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,41:. 0/1:3,2:5:38:.:.:38,0,120:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:3,2:5:72:.:.:72,0,120:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,175:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,2:4:67:.:.:67,0,74:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,229:. 0/1:4,2:6:67:.:.:67,0,155:. 0/1:3,3:6:99:.:.:112,0,114:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,2:2:6:.:.:52,6,0:. 0/1:1,3:4:25:.:.:116,0,25:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,3:6:93:.:.:116,0,93:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:4,5:9:99:.:.:189,0,148:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,4:6:69:.:.:149,0,69:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/1:3,4:7:99:.:.:152,0,109:. 0/1:2,3:5:38:.:.:116,0,38:. 0/1:1,3:4:31:.:.:116,0,31:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,70:. 0/1:4,2:6:71:.:.:71,0,155:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/1:1,2:3:34:.:.:71,0,34:. 0/1:3,3:6:99:.:.:112,0,117:. 0/1:1,3:4:31:.:.:118,0,31:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:6,1:7:22:.:.:22,0,249:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0/1:2,6:8:66:.:.:204,0,66:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,20:. 0/1:8,4:12:99:.:.:137,0,264:. 0/1:2,3:5:59:.:.:113,0,59:. 0/1:4,3:7:76:.:.:76,0,156:. 0/1:2,2:4:76:.:.:76,0,78:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,75:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 1/1:0,2:2:6:.:.:80,6,0:. 0/1:2,10:12:54:.:.:355,0,54:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0/1:7,2:9:58:.:.:58,0,288:. 0/1:3,3:6:99:.:.:108,0,112:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,233:. 0/1:4,3:7:69:.:.:69,0,109:. 0/1:4,3:7:99:.:.:109,0,152:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 0/1:5,2:7:64:.:.:64,0,204:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,62:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,132:. 1|1:0,18:18:54:1|1:2155766_T_A:810,54,0:2155766 0/0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 2155774 . A G 4629.34 . . 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A AC 3869.26 . . 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A G 4474.24 . . 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A T 3984.23 . . 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T C 1743.45 . . 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C T 6569.14 . . 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A G 30064.1 . . 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C T 27357.4 . . 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C G 2388.63 . . 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A G 1230.6 . . 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T C 1230.6 . . 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A G 1230.6 . . 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A G 1230.28 . . 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A G 1230.26 . . 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T C 29203.4 . . 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A G 2080.94 . . 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A C 2125.85 . . 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A T 6509.63 . . 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C G 16226.3 . . 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A G 6333.38 . . 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A T 11035.6 . . 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T A 8512.01 . . 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GA G 16517.4 . . 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A G 9503.8 . . 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A C 9304.28 . . 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A G 8574.91 . . 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T C 10862.8 . . 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G A 3457.18 . . 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C T 35446.6 . . 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TC T 3386.85 . . 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C T 3084.61 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,79:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/1:4,2:6:67:.:.:67,0,157:. 0/0:21,0:21:0:.:.:0,0,238:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,675:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,226:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,416:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,249:. 0/1:5,8:13:99:.:.:301,0,179:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,391:. 0|1:3,5:8:99:0|1:2192378_G_A:201,0,111:2192378 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,531:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,494:. 1|1:0,4:4:12:1|1:2192378_G_A:180,12,0:2192378 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:12,0:12:0:.:.:0,0,4:. 0/1:3,3:6:79:.:.:79,0,115:. 0/0:10,0:10:0:.:.:0,0,185:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. ./.:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,5:7:66:.:.:195,0,66:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. ./.:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,408:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,598:. 0/1:3,3:6:99:.:.:110,0,112:. ./.:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,319:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,259:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,458:. ./.:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,2:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,482:. 0/1:2,4:6:71:.:.:147,0,71:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,478:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,241:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,284:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,197:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,203:. 0/1:2,3:5:74:.:.:107,0,74:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,259:. 0/0:15,0:15:0:.:.:0,0,55:. 0/1:4,2:6:67:.:.:67,0,149:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/1:4,7:11:99:.:.:235,0,133:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,374:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,321:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,393:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,395:. 0/1:5,4:9:99:.:.:144,0,195:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,366:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,286:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,218:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,251:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,504:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,872:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,231:. 1|1:0,5:5:15:1|1:2192378_G_A:225,15,0:2192378 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/1:6,3:9:90:.:.:90,0,230:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:17,0:17:0:.:.:0,0,328:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. ./.:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. ./.:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,590:. 0/1:3,6:9:99:.:.:230,0,103:. 0/1:2,2:4:67:.:.:67,0,75:. 0/1:3,6:9:99:.:.:219,0,103:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,295:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,647:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,146:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:13,0:13:0:.:.:0,0,168:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,673:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,4:. 0/1:2,8:10:57:.:.:289,0,57:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,92:. ./.:12,0:12:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,247:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/1:6,2:8:55:.:.:55,0,243:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/1:4,3:7:99:.:.:107,0,154:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2192378_G_A:90,6,0:2192378 ./.:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,590:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,366:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,399:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,167:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,451:. ./.:85,0:85:.:.:.:0,0,0:. 0/0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 2192426 . C T 3519.34 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,300:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,259:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,901:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/1:10,6:16:99:.:.:222,0,402:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,226:. 0/1:3,2:5:72:.:.:72,0,117:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/1:5,5:10:99:.:.:194,0,181:. 0/1:5,2:7:60:.:.:60,0,204:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,526:. 0/1:5,4:9:99:.:.:150,0,195:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:13,0:13:0:.:.:0,0,222:. ./.:12,0:12:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,523:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,438:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,189:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,171:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,329:. 0/1:5,5:10:99:.:.:190,0,192:. 0/1:5,9:14:99:.:.:363,0,183:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,336:. 0/1:5,3:8:99:.:.:111,0,201:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,88:. 0/1:4,7:11:99:.:.:278,0,147:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,476:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,317:. 0/1:5,7:12:99:.:.:279,0,189:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,248:. 0/0:11,0:11:0:.:.:0,0,43:. 0/1:3,3:6:99:.:.:117,0,117:. 0/1:4,2:6:71:.:.:71,0,162:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/1:4,3:7:99:.:.:111,0,159:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,132:. 0/1:3,2:5:74:.:.:74,0,120:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,197:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:4,2:6:72:.:.:72,0,162:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,636:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,214:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2192426_C_T:90,6,0:2192426 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,436:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. ./.:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,179:. ./.:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:0:.:.:0,0,220:. ./.:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,383:. 0/1:6,3:9:99:.:.:107,0,243:. 0/0:7,0:7:0:.:.:0,0,220:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,251:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:12,0:12:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/0:21,0:21:0:.:.:0,0,301:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,167:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,344:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,716:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 1|1:0,4:4:12:1|1:2192426_C_T:176,12,0:2192426 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,372:. 0/1:1,2:3:34:.:.:79,0,34:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,329:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,590:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,362:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,165:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,346:. 0/1:4,3:7:99:.:.:109,0,158:. 0/1:12,3:15:89:.:.:89,0,495:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,146:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,484:. 0/0:17,0:17:0:.:.:0,0,108:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,379:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,485:. 0/1:5,2:7:66:.:.:66,0,204:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,315:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,301:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,177:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,590:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:9,0:9:0:.:.:0,0,160:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,382:. 0/1:2,3:5:65:.:.:84,0,65:. 0/1:5,6:11:99:.:.:237,0,192:. 0/0:85,0:85:0:.:.:0,0,552:. 0/0:71,0:71:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 2192427 . A G 10954.6 . . 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A G 10951.3 . . 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G A 4749.09 . . 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C A 1411.57 . . 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T C 15252.3 . . 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C T 2273.22 . . 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A G 3482.44 . . 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A C 13301.3 . . 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G T 12718.8 . . 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A G 9119.67 . . 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T C 9150.1 . . 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T C 11455.9 . . 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C A 2456.72 . . 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A C 2065.94 . . 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G A 2441.17 . . 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C T 2508.12 . . 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A AG 21499.2 . . 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C T 17854.5 . . 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C T 16856.6 . . 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T A 19612.2 . . 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A G 35287.6 . . 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T C 8658.04 . . 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T C 29888.4 . . 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A G 16344.9 . . 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T C 3576.49 . . 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G C 7819.89 . . 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CATAG C 15090.9 . . 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A T 15125.3 . . 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A G 7418.32 . . 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C A 4997.54 . . 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TC T 4934.74 . . 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T A 6949.12 . . 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A G 8755.98 . . 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C T 7190.56 . . 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T G 6187.25 . . 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G T 4971.18 . . 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C T 11230 . . 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C T 5285.79 . . 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T C 17341.2 . . 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AGTT A 807.96 . . 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T G 12718.1 . . 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G A 18777.4 . . 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G C 7617.38 . . 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T C 4370.08 . . 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T C 14383 . . 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T C 13019.2 . . 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A G 4321.57 . . 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A G 3969.1 . . 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C G 3965.68 . . 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C T 21814.7 . . 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T G 7746.07 . . 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G A 8576.53 . . 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T G 9154.05 . . 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T C 2779.27 . . 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T C 15110.9 . . 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T A 1014.7 . . 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G A 9145.41 . . 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A G 16129.3 . . 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T C 11635.5 . . 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CG C 999.47 . . 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G T 33834.5 . . 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T C 12555 . . 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G T 16707.2 . . 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TG T 14811.7 . . 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ATATAATCAG A 9530.54 . . 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T G 2457.14 . . 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A T 3030.73 . . 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G A 4351.99 . . 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T G 14315.7 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:6,7:13:99:.:.:274,0,225:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. 0/1:4,7:11:99:.:.:272,0,146:. 0/1:3,4:7:99:.:.:158,0,111:. 0/1:10,14:24:99:.:.:502,0,372:. 0/1:6,7:13:99:.:.:274,0,225:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,453:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,231:. 0/0:29,0:29:87:.:.:0,87,1210:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,348:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,813:. 0/1:7,10:17:99:.:.:393,0,243:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,878:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,658:. 0/1:13,6:19:99:.:.:207,0,511:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,250:. 0/1:7,8:15:99:.:.:301,0,264:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,551:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,598:. 0/1:5,4:9:99:.:.:139,0,195:. 0/1:13,7:20:99:.:.:240,0,516:. 0/1:9,13:22:99:.:.:488,0,335:. 0/1:2,4:6:69:.:.:157,0,69:. 0/1:7,4:11:99:.:.:144,0,276:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2466028_T_G:90,6,0:2466028 0/1:3,2:5:38:.:.:38,0,120:. 0/1:2,3:5:74:.:.:117,0,74:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,720:. 0/1:7,7:14:99:.:.:271,0,269:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/0:20,0:20:60:.:.:0,60,887:. 0/1:8,9:17:99:.:.:352,0,287:. 0/1:5,6:11:99:.:.:232,0,187:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,459:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,723:. 0/1:6,9:15:99:.:.:352,0,208:. 0/1:2,4:6:61:.:.:161,0,61:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/1:6,6:12:99:.:.:192,0,229:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,636:. 0/1:12,5:17:99:.:.:169,0,476:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,622:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,233:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,319:. 0/0:7,0:7:0:.:.:0,0,220:. 0/1:8,3:11:66:.:.:66,0,324:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,613:. 0/1:3,2:5:59:.:.:59,0,117:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,300:. 0/1:6,7:13:99:.:.:270,0,227:. 0/1:2,6:8:65:.:.:245,0,65:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,348:. 0/1:5,6:11:99:.:.:234,0,189:. 0/1:8,4:12:99:.:.:143,0,316:. 0/1:4,3:7:99:.:.:113,0,156:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,305:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,465:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,831:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,551:. 0/1:6,7:13:99:.:.:272,0,229:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,265:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,352:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/1:6,5:11:99:.:.:189,0,226:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,88:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,480:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:27,0:27:81:.:.:0,81,1152:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,368:. 0/1:6,3:9:94:.:.:94,0,240:. 0/1:2,2:4:75:.:.:75,0,75:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,164:. 0/1:17,6:23:99:.:.:182,0,676:. 0/1:4,3:7:99:.:.:111,0,137:. 0/1:13,12:25:99:.:.:421,0,499:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,196:. 0/0:23,0:23:26:.:.:0,26,876:. 0/1:6,5:11:99:.:.:187,0,236:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,553:. 0/1:7,5:12:99:.:.:188,0,271:. 0/1:12,12:24:99:.:.:443,0,455:. 0/1:13,5:18:99:.:.:166,0,520:. 1|1:0,5:5:15:1|1:2466028_T_G:225,15,0:2466028 0/1:13,4:17:99:.:.:116,0,527:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,750:. 0/0:29,0:29:87:.:.:0,87,1212:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/1:2,3:5:72:.:.:117,0,72:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,405:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/1:8,5:13:99:.:.:177,0,319:. 0/0:27,0:27:81:.:.:0,81,1144:. 0/1:5,6:11:99:.:.:234,0,189:. 0/1:8,2:10:57:.:.:57,0,316:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,231:. 0/1:12,7:19:99:.:.:256,0,464:. 0/1:4,11:15:99:.:.:431,0,122:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,307:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:5,14:19:99:.:.:558,0,151:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:6,3:9:97:.:.:97,0,232:. 0/1:7,1:8:19:.:.:19,0,285:. 0/1:8,4:12:99:.:.:141,0,308:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,389:. 0/0:20,0:20:60:.:.:0,60,871:. 0/1:2,3:5:72:.:.:117,0,72:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,528:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:10,8:18:99:.:.:298,0,355:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,590:. 0/1:71,69:140:99:.:.:2588,0,2774:. 0/0:87,0:87:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 2466036 . G A 14000.3 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,522:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,478:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,307:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1029:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,549:. 0/1:4,7:11:99:.:.:272,0,138:. 0/1:2,4:6:69:.:.:159,0,69:. 0/1:12,15:27:99:.:.:567,0,454:. 0/1:2,5:7:68:.:.:203,0,68:. 0/1:7,12:19:99:.:.:470,0,248:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,685:. 0/1:10,10:20:99:.:.:353,0,376:. 0/1:8,8:16:99:.:.:306,0,295:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,833:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,214:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,628:. 0/1:7,6:13:99:.:.:223,0,268:. 0/1:8,6:14:99:.:.:224,0,314:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,359:. 0/0:20,0:20:60:.:.:0,60,837:. 0/0:22,0:22:66:.:.:0,66,904:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,459:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,80:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,187:. 0/1:11,6:17:99:.:.:207,0,433:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,594:. 0/1:3,3:6:99:.:.:114,0,114:. 0/1:7,13:20:99:.:.:516,0,216:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,724:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,461:. 0/1:2,2:4:77:.:.:77,0,77:. 0/1:4,7:11:99:.:.:264,0,144:. 0/1:8,9:17:99:.:.:350,0,270:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,632:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2466034_T_C:90,6,0:2466034 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,471:. 0/1:10,5:15:99:.:.:173,0,387:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,697:. 0/1:10,5:15:99:.:.:179,0,385:. 0/1:3,3:6:99:.:.:112,0,114:. 0/1:4,4:8:99:.:.:143,0,151:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,301:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,457:. 0/1:3,3:6:99:.:.:114,0,116:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. 0/1:9,6:15:99:.:.:214,0,321:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,90:. 0/1:4,3:7:99:.:.:113,0,152:. 0/1:2,6:8:63:.:.:243,0,63:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,570:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,329:. 0/1:5,3:8:99:.:.:110,0,198:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,482:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,498:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,296:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2466034_T_C:90,6,0:2466034 0/1:4,2:6:72:.:.:72,0,124:. 0/1:5,2:7:68:.:.:68,0,201:. 0/1:3,8:11:99:.:.:323,0,101:. 0/1:11,8:19:99:.:.:299,0,431:. 0/1:7,4:11:99:.:.:138,0,276:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,566:. 0/1:5,2:7:59:.:.:59,0,199:. 0/1:3,5:8:99:.:.:196,0,108:. 0/1:3,3:6:99:.:.:114,0,116:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,459:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:5,6:11:99:.:.:234,0,189:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:12,16:28:99:.:.:592,0,413:. 0/1:6,3:9:99:.:.:105,0,232:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,372:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2466034_T_C:135,9,0:2466034 0/0:23,0:23:69:.:.:0,69,948:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,255:. 0/0:25,0:25:75:.:.:0,75,1032:. 0/1:2,3:5:74:.:.:119,0,74:. 0/1:10,11:21:99:.:.:356,0,379:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,463:. 0/1:6,6:12:99:.:.:230,0,226:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,500:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1024:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,741:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,722:. 0/1:6,12:18:99:.:.:463,0,212:. 0/1:17,12:29:99:.:.:413,0,649:. 0/1:2,3:5:73:.:.:84,0,73:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,218:. 0/1:5,4:9:99:.:.:144,0,193:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,551:. 0/1:13,13:26:99:.:.:496,0,498:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,470:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,397:. 0/1:3,3:6:99:.:.:110,0,116:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,796:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,624:. 0/1:5,2:7:64:.:.:64,0,191:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,734:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,344:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,329:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,483:. 0/1:6,3:9:99:.:.:107,0,240:. 0/0:23,0:23:52:.:.:0,52,924:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,185:. 0/1:5,7:12:99:.:.:225,0,182:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2466034_T_C:90,6,0:2466034 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,794:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/1:5,9:14:99:.:.:357,0,180:. 0/1:69,71:140:99:.:.:2644,0,2684:. 0/0:85,0:85:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 2514828 . A G 4922.75 . . 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T C 26212.5 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. 1/1:0,6:6:18:.:.:259,18,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:348,24,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:259,18,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:436,30,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:383,27,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:303,21,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:218,15,0:. 1/1:0,17:17:51:.:.:732,51,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:303,21,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:216,15,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:331,24,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:214,15,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:138,12,0:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,11:11:33:.:.:476,33,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:173,12,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:307,21,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:305,21,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:246,18,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:259,18,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:225,18,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:165,12,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:261,18,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:222,15,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:346,24,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:128,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:173,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:208,15,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:250,18,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:259,18,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:80,6,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:259,18,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:140,12,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:218,15,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:307,21,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:255,18,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:122,9,0:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 1/1:0,5:5:15:.:.:214,15,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:117,9,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:218,15,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:346,24,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:436,30,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:171,12,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:171,12,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:167,12,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:419,30,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:259,18,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:370,27,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:301,21,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:173,12,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:165,12,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:340,24,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:128,9,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:216,15,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:122,9,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:344,24,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:173,12,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:385,27,0:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,84:. 1|1:0,5:5:15:1|1:2514883_T_C:218,15,0:2514883 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:220,15,0:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:345,27,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:0,0:.:.:.:.:.:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:248,18,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:251,18,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:259,18,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:340,24,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:128,9,0:. 1/1:0,54:54:99:.:.:2336,163,0:. 1/1:0,32:32:96:.:.:1385,96,0:. +Chr10 2514893 . T C 27474.3 . . 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C T 20373.4 . . 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C T 4728.93 . . 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T C 28185.6 . . 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G T 6226.66 . . 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G A 6372.97 . . 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A G 9753.57 . . 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G A 9803.27 . . 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T A 6680.12 . . 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G A 7475.66 . . 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C CG 650.16 . . 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G GAGCCC 655.16 . . 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C T 30643.5 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,4:6:72:.:.:162,0,72:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,5:7:69:.:.:204,0,69:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/1:10,7:17:99:.:.:264,0,399:. 0/1:5,4:9:99:.:.:153,0,198:. 0/1:6,5:11:99:.:.:192,0,237:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 0/1:8,13:21:99:.:.:522,0,297:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 0/1:6,8:14:99:.:.:318,0,228:. 0/1:5,5:10:99:.:.:195,0,195:. 0/1:5,9:14:99:.:.:363,0,183:. 1|1:0,7:7:21:1|1:2609042_C_T:315,21,0:2609042 0/1:9,7:16:99:.:.:267,0,357:. 0/1:7,9:16:99:.:.:357,0,267:. 0/1:6,7:13:99:.:.:276,0,231:. 0/1:13,18:31:99:.:.:717,0,492:. 0/1:2,7:9:63:.:.:288,0,63:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 0/1:4,4:8:99:.:.:156,0,156:. 0/1:3,3:6:99:.:.:117,0,117:. 0/1:3,4:7:99:.:.:159,0,114:. 0/1:2,5:7:69:.:.:204,0,69:. 0/1:2,2:4:78:.:.:78,0,78:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 1|1:0,2:2:6:1|1:2609042_C_T:90,6,0:2609042 0/1:4,5:9:99:.:.:198,0,153:. 0/1:3,4:7:99:.:.:159,0,114:. 0/1:4,4:8:99:.:.:156,0,156:. 1|1:0,8:8:24:1|1:2609042_C_T:360,24,0:2609042 0/1:6,10:16:99:.:.:402,0,222:. 0/1:4,3:7:99:.:.:114,0,159:. 0/1:3,8:11:99:.:.:327,0,102:. 0/1:2,5:7:69:.:.:204,0,69:. 0/1:5,11:16:99:.:.:447,0,177:. 0/1:3,5:8:99:.:.:201,0,111:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 1|1:0,4:4:12:1|1:2609042_C_T:180,12,0:2609042 0/1:4,6:10:99:.:.:240,0,133:. 0/1:4,4:8:99:.:.:156,0,156:. 0/1:10,7:17:99:.:.:264,0,399:. 0/1:3,7:10:99:.:.:285,0,105:. 0/1:4,7:11:99:.:.:282,0,147:. 0/1:4,5:9:99:.:.:198,0,153:. 0/1:2,6:8:66:.:.:246,0,66:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 0/1:5,7:12:99:.:.:279,0,189:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2609042_C_T:90,6,0:2609042 1|1:0,4:4:12:1|1:2609042_C_T:180,12,0:2609042 0/1:2,4:6:72:.:.:162,0,72:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2609042_C_T:90,6,0:2609042 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 0/1:4,4:8:99:.:.:156,0,156:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 1|1:0,6:6:18:1|1:2609042_C_T:270,18,0:2609042 1|1:0,2:2:6:1|1:2609042_C_T:90,6,0:2609042 0/1:3,3:6:99:.:.:117,0,117:. 0/1:2,7:9:63:.:.:288,0,63:. 0/1:3,3:6:99:.:.:117,0,117:. 0/1:5,3:8:99:.:.:111,0,201:. 0/1:3,4:7:99:.:.:159,0,114:. 1|1:0,4:4:12:1|1:2609042_C_T:180,12,0:2609042 0/1:9,4:13:99:.:.:141,0,366:. 0/1:5,3:8:99:.:.:111,0,201:. 1|1:0,4:4:12:1|1:2609042_C_T:180,12,0:2609042 0/1:5,8:13:99:.:.:321,0,186:. 0/1:3,6:9:99:.:.:243,0,108:. 0/1:2,5:7:69:.:.:204,0,69:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 0/1:3,5:8:99:.:.:201,0,111:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/1:5,7:12:99:.:.:279,0,189:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/1:12,18:30:99:.:.:720,0,450:. 0/1:11,7:18:99:.:.:261,0,441:. 0/1:3,3:6:99:.:.:117,0,117:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:5,2:7:69:.:.:69,0,204:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 1|1:0,14:14:42:1|1:2609042_C_T:630,42,0:2609042 0/1:2,2:4:78:.:.:78,0,78:. 0/1:3,5:8:99:.:.:201,0,111:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2609042_C_T:90,6,0:2609042 0/1:4,9:13:99:.:.:366,0,141:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 0/1:6,9:15:99:.:.:360,0,225:. 0/1:2,5:7:69:.:.:204,0,69:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/1:2,9:11:57:.:.:372,0,57:. 0/1:2,6:8:66:.:.:246,0,66:. 0/1:6,5:11:99:.:.:192,0,237:. 1|1:0,4:4:12:1|1:2609042_C_T:180,12,0:2609042 0/1:5,3:8:99:.:.:111,0,201:. 0/1:4,8:12:99:.:.:324,0,144:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 0/1:4,3:7:99:.:.:114,0,159:. 0/1:14,15:29:99:.:.:588,0,543:. 1|1:0,2:2:6:1|1:2609042_C_T:90,6,0:2609042 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1|1:0,5:5:15:1|1:2609042_C_T:225,15,0:2609042 1|1:0,2:2:6:1|1:2609042_C_T:90,6,0:2609042 0/1:3,8:11:99:.:.:327,0,102:. 0/1:5,3:8:99:.:.:111,0,201:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,7:7:21:1|1:2609042_C_T:315,21,0:2609042 1|1:0,4:4:12:1|1:2609042_C_T:180,12,0:2609042 1|1:0,8:8:24:1|1:2609042_C_T:360,24,0:2609042 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/1:6,4:10:99:.:.:150,0,240:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 0/1:2,6:8:66:.:.:246,0,66:. 0/1:3,9:12:99:.:.:369,0,99:. 1|1:0,3:3:9:1|1:2609042_C_T:135,9,0:2609042 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/1:6,11:17:99:.:.:444,0,219:. 0/1:107,156:263:99:.:.:6228,0,4023:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. +Chr10 2609058 . 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C T 5742.77 . . 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C A 3260.24 . . 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T C 1713.35 . . 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T A 7974 . . 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A G 1016.49 . . 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G A 2505.24 . . 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T C 2469.32 . . 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CA C 6823.66 . . 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T C 6997.28 . . 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G T 6994.17 . . 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A C 3851.05 . . 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T C 7128.36 . . 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G T 7116.21 . . 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T A 2478.13 . . 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A ATG 1367.13 . . 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G A 15203.9 . . 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C A 1306.14 . . 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A T 1152.56 . . 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T C 1609.71 . . 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C T 1597.8 . . 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C T 1218.53 . . 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G A 14512.6 . . 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G A 3575.58 . . 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A C 8897.78 . . 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T A 13505.5 . . 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G T 1064.32 . . 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T G 13644.2 . . 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G C 1988.57 . . 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G A 1800.33 . . 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A G 11799.5 . . 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A T 12473.9 . . 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G T 3274.69 . . 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A T 4888.1 . . 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C T 2808.39 . . 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C T 16985 . . 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G A 19074.5 . . 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C T 89049.3 . . 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A T 35474.5 . . 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G A 1614.7 . . 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G A 100440 . . 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C T 22048.3 . . 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T C 1620.17 . . 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G C 1735.23 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:32,0:32:96:.:.:0,96,1413:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:31,0:31:93:.:.:0,93,1364:. 0/0:22,0:22:66:.:.:0,66,919:. 0/0:39,0:39:99:.:.:0,117,1676:. 0/1:16,3:19:78:.:.:78,0,663:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,480:. 0/1:9,2:11:53:.:.:53,0,372:. 0/1:51,4:55:14:.:.:14,0,2129:. 0/0:46,0:46:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. 0/1:33,5:38:99:.:.:111,0,1371:. 0/1:27,4:31:87:.:.:87,0,1113:. 0/1:38,3:41:12:.:.:12,0,1587:. 0/1:26,2:28:6:.:.:6,0,1086:. 0/1:43,4:47:39:.:.:39,0,1794:. 0/0:32,0:32:96:.:.:0,96,1346:. 0/0:28,0:28:84:.:.:0,84,1194:. 0/1:24,2:26:12:.:.:12,0,1002:. 0/1:18,2:20:30:.:.:30,0,750:. 0/0:66,0:66:99:.:.:0,109,1800:. 0/1:35,4:39:63:.:.:63,0,1458:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,716:. 0/1:22,3:25:60:.:.:60,0,915:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,451:. 0/0:31,0:31:93:.:.:0,93,1349:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1015:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,897:. 0/0:43,0:43:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,549:. 0/1:10,2:12:54:.:.:54,0,414:. 0/1:32,4:36:72:.:.:72,0,1332:. 0/0:36,2:38:35:.:.:0,35,1537:. 0/0:42,0:42:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,767:. 0/0:27,0:27:81:.:.:0,81,1169:. 0/1:37,5:42:99:.:.:99,0,1535:. 0/1:35,4:39:63:.:.:63,0,1458:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,560:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,580:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,790:. 0/0:41,0:41:79:.:.:0,79,1679:. 0/1:44,5:49:78:.:.:78,0,1833:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,706:. 0/0:28,0:28:84:.:.:0,84,1181:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,732:. 0/1:24,2:26:12:.:.:12,0,976:. 0/0:40,0:40:99:.:.:0,120,1734:. 0/1:23,4:27:99:.:.:99,0,954:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,393:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,594:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,113:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,354:. 0/1:29,6:35:99:.:.:165,0,1200:. 0/0:25,0:25:75:.:.:0,75,1062:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1045:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,613:. 0/0:26,0:26:78:.:.:0,78,1152:. 0/0:35,0:35:99:.:.:0,105,1526:. 0/0:30,0:30:90:.:.:0,90,1265:. 0/0:32,0:32:96:.:.:0,96,1348:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,794:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,745:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,297:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,767:. 0/1:32,4:36:72:.:.:72,0,1332:. 0/0:25,0:25:75:.:.:0,75,1086:. 0/0:23,0:23:69:.:.:0,69,970:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1060:. 0/0:26,0:26:78:.:.:0,78,1146:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,796:. 0/1:16,2:18:36:.:.:36,0,666:. 0/0:28,2:30:0:.:.:0,0,1170:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,177:. 0/0:37,0:37:99:.:.:0,111,1626:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:55,0:55:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:39,0:39:99:.:.:0,117,1670:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,609:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,807:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,478:. 0/0:38,0:38:99:.:.:0,114,1640:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,372:. 0/0:47,0:47:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,225:. 0/1:26,4:30:90:.:.:90,0,1080:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,568:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,673:. 0/0:28,0:28:84:.:.:0,84,1179:. 0/0:38,0:38:99:.:.:0,114,1622:. 0/0:20,0:20:60:.:.:0,60,824:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/0:30,0:30:90:.:.:0,90,1268:. 0/0:25,0:25:75:.:.:0,75,1051:. 0/0:29,0:29:87:.:.:0,87,1225:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,525:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,525:. 0/1:37,4:41:57:.:.:57,0,1516:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/1:30,4:34:78:.:.:78,0,1248:. 0/0:51,0:51:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:20,0:20:60:.:.:0,60,872:. 0/1:12,2:14:48:.:.:48,0,498:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:26,0:26:78:.:.:0,78,1134:. 0/0:25,0:25:75:.:.:0,75,1064:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,910:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3121058_G_C:90,6,0:3121058 0/0:30,0:30:90:.:.:0,90,1309:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,134:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1042:. 0/1:10,2:12:54:.:.:54,0,414:. 0/0:27,0:27:81:.:.:0,81,1109:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,675:. 0/0:24,0:24:72:.:.:0,72,1006:. 0/1:13,4:17:99:.:.:129,0,534:. 0/0:37,2:39:27:.:.:0,27,1549:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,854:. 0/1:13,2:15:45:.:.:45,0,540:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,578:. 0/0:44,2:46:51:.:.:0,51,1837:. 0/0:368,0:368:99:.:.:0,120,1800:. 0/0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 3121072 . 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C T 10448.1 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:27,5:32:99:.:.:128,0,1102:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:31,0:31:30:.:.:0,30,450:. 0/0:22,0:22:21:.:.:0,21,315:. 0/0:39,0:39:48:.:.:0,48,720:. 0/1:16,3:19:73:.:.:73,0,662:. 0/0:11,0:11:18:.:.:0,18,270:. 0/1:9,2:11:57:.:.:57,0,372:. 0/0:51,4:55:25:.:.:0,25,2117:. 0/1:39,7:46:99:.:.:173,0,1581:. 0/0:53,0:53:75:.:.:0,75,1125:. 0/1:27,11:38:99:.:.:377,0,1090:. 0/1:27,4:31:69:.:.:69,0,1108:. 0/1:36,5:41:91:.:.:91,0,1471:. 0/1:26,2:28:2:.:.:2,0,1083:. 0/1:40,7:47:99:.:.:167,0,1624:. 0/0:32,0:32:45:.:.:0,45,675:. 0/1:23,5:28:99:.:.:136,0,938:. 0/1:20,6:26:99:.:.:187,0,815:. 0/1:14,6:20:99:.:.:201,0,559:. 0/1:55,11:66:99:.:.:290,0,2237:. 0/1:36,4:40:53:.:.:53,0,1481:. 0/0:17,0:17:30:.:.:0,30,450:. 0/1:22,3:25:55:.:.:55,0,903:. 0/1:7,3:10:99:.:.:105,0,285:. 0/0:29,2:31:4:.:.:0,4,1199:. 0/0:24,0:24:21:.:.:0,21,315:. 0/0:21,0:21:21:.:.:0,21,315:. 0/0:43,0:43:57:.:.:0,57,855:. 0/0:13,0:13:21:.:.:0,21,315:. 0/1:10,2:12:50:.:.:50,0,404:. 0/1:26,10:36:99:.:.:338,0,1039:. 0/1:28,9:37:99:.:.:278,0,1130:. 0/1:34,8:42:99:.:.:224,0,1387:. 0/1:15,3:18:73:.:.:73,0,572:. 0/0:27,0:27:42:.:.:0,42,630:. 0/1:30,13:43:99:.:.:432,0,1138:. 0/1:35,4:39:22:.:.:22,0,1442:. 0/1:9,4:13:99:.:.:132,0,358:. 0/1:9,4:13:99:.:.:138,0,364:. 0/0:18,0:18:33:.:.:0,33,495:. 0/1:38,3:41:11:.:.:11,0,1524:. 0/1:41,8:49:99:.:.:202,0,1657:. 0/1:11,5:16:99:.:.:176,0,443:. 0/0:28,0:28:45:.:.:0,45,675:. 0/0:17,0:17:24:.:.:0,24,360:. 0/1:24,2:26:7:.:.:7,0,995:. 0/0:40,0:40:63:.:.:0,63,945:. 0/1:23,4:27:83:.:.:83,0,916:. 0/1:7,2:9:62:.:.:62,0,285:. 0/1:9,4:13:99:.:.:117,0,363:. 0/0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. 0/1:5,3:8:99:.:.:108,0,200:. 0/1:24,11:35:99:.:.:377,0,955:. 0/1:22,3:25:59:.:.:59,0,899:. 0/0:24,0:24:27:.:.:0,27,907:. 0/0:14,0:14:12:.:.:0,12,180:. 0/1:24,2:26:11:.:.:11,0,994:. 0/0:32,3:35:6:.:.:0,6,1329:. 0/0:30,0:30:33:.:.:0,33,495:. 0/1:27,5:32:99:.:.:126,0,1077:. 0/1:15,3:18:80:.:.:80,0,615:. 0/1:14,3:17:79:.:.:79,0,568:. 0/0:7,0:7:9:.:.:0,9,135:. 0/0:18,0:18:24:.:.:0,24,360:. 0/1:31,4:35:70:.:.:70,0,1251:. 0/1:23,2:25:12:.:.:12,0,950:. 0/0:23,0:23:21:.:.:0,21,315:. 0/0:24,0:24:33:.:.:0,33,495:. 0/1:22,4:26:99:.:.:101,0,897:. 0/0:17,2:19:2:.:.:0,2,692:. 0/1:16,2:18:33:.:.:33,0,663:. 0/1:25,4:29:82:.:.:82,0,987:. ./.:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. 0/1:33,4:37:53:.:.:53,0,1331:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3121082_C_T:90,6,0:3121082 0/1:50,5:55:59:.:.:59,0,2019:. 0/0:39,0:39:57:.:.:0,57,855:. 0/0:14,0:14:0:.:.:0,0,531:. 0/0:19,0:19:12:.:.:0,12,755:. 0/0:11,0:11:0:.:.:0,0,397:. 0/0:38,0:38:54:.:.:0,54,810:. 0/0:9,0:9:9:.:.:0,9,135:. 0/1:43,4:47:25:.:.:25,0,1716:. 0/0:6,0:6:6:.:.:0,6,90:. 0/1:24,6:30:99:.:.:172,0,950:. 0/0:13,0:13:27:.:.:0,27,405:. 0/1:14,2:16:41:.:.:41,0,576:. 0/1:24,4:28:93:.:.:93,0,974:. 0/0:38,0:38:60:.:.:0,60,900:. 0/1:17,3:20:64:.:.:64,0,694:. 0/0:5,0:5:3:.:.:0,3,45:. 0/1:27,3:30:40:.:.:40,0,1072:. 0/1:19,6:25:99:.:.:189,0,765:. 0/1:25,4:29:90:.:.:90,0,1003:. 0/0:12,0:12:21:.:.:0,21,315:. 0/0:12,0:12:24:.:.:0,24,360:. 0/1:32,9:41:99:.:.:263,0,1263:. 0/0:2,0:2:3:.:.:0,3,45:. 0/1:30,4:34:78:.:.:78,0,1248:. 0/0:48,3:51:21:.:.:0,21,2004:. 0/1:18,2:20:29:.:.:29,0,732:. 0/1:12,2:14:48:.:.:48,0,498:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,90:. 0/0:24,2:26:4:.:.:0,4,995:. 0/1:23,2:25:14:.:.:14,0,941:. 0/0:21,0:21:30:.:.:0,30,450:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3121058_G_C:90,6,0:3121058 0/1:26,4:30:87:.:.:87,0,1055:. ./.:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0/1:22,2:24:17:.:.:17,0,910:. 0/1:10,2:12:51:.:.:51,0,411:. 0/1:25,2:27:7:.:.:7,0,973:. 0/1:14,2:16:41:.:.:41,0,569:. 0/0:24,0:24:9:.:.:0,9,135:. 0/1:14,4:18:99:.:.:121,0,550:. 0/1:24,15:39:99:.:.:544,0,885:. 0/0:21,0:21:18:.:.:0,18,808:. 0/1:13,2:15:9:.:.:9,0,525:. 0/0:13,0:13:24:.:.:0,24,360:. 0/0:46,0:46:57:.:.:0,57,1773:. 0/1:284,84:368:99:.:.:2509,0,11304:. 0/0:204,0:204:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 3127255 . T A 25595.3 . . 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C T 10475.3 . . 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A C 16120.5 . . 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C A 16120.1 . . 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C T 16135.1 . . 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C CGT 25252 . . 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T G 2179.14 . . 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GA G 22213.6 . . 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T C 4176.91 . . 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T G 14034.8 . . 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AG A 25779.7 . . 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T C 34807.9 . . 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G T 3118.92 . . 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A C 12982.4 . . 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T C 12057.9 . . 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AAAGAGAATAG A 1442.09 . . 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A G 12043.7 . . 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T A 2275.98 . . 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C G 1866.05 . . 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G A 7484.39 . . 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C T 18952.7 . . 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C T 9277.49 . . 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ACTC A 8847.42 . . 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T C 21549.5 . . 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T A 8644.1 . . 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A C 3325.07 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,446:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,185:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,870:. 0/1:7,3:10:99:.:.:105,0,285:. 0/1:3,3:6:91:.:.:117,0,91:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:6,4:10:99:.:.:150,0,240:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,632:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,478:. 0/1:3,3:6:99:.:.:117,0,117:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,778:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,428:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,730:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,457:. 0/1:2,5:7:69:.:.:204,0,69:. 0/1:4,2:6:72:.:.:72,0,162:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,809:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,253:. 0/1:3,5:8:99:.:.:201,0,111:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,362:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,323:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,300:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/1:5,2:7:69:.:.:69,0,204:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,440:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,177:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,516:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,218:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,348:. 0/1:8,5:13:99:.:.:186,0,321:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,857:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,271:. 0/1:8,3:11:99:.:.:102,0,327:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,510:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,476:. 0/1:5,3:8:99:.:.:111,0,201:. 0/0:22,0:22:66:.:.:0,66,965:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,305:. 1|1:0,5:5:15:1|1:3483601_A_C:225,15,0:3483601 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,121:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/1:7,3:10:99:.:.:105,0,285:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,397:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,47:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,216:. 0/1:7,2:9:63:.:.:63,0,288:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,455:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/1:5,2:7:69:.:.:69,0,204:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,269:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,634:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,221:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,530:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,508:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,303:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,82:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,189:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,179:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0/1:2,2:4:78:.:.:78,0,78:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,414:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,184:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,887:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,410:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,183:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,352:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/1:7,2:9:63:.:.:63,0,288:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,642:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,212:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,286:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,445:. 0/1:4,2:6:72:.:.:72,0,162:. 0/1:8,2:10:60:.:.:60,0,330:. 0/1:3,3:6:99:.:.:117,0,117:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,465:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,351:. 0/0:12,0:12:18:.:.:0,18,465:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,257:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,519:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,437:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,634:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,325:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,668:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:4,2:6:72:.:.:72,0,162:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,309:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,249:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,389:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 1|1:0,12:12:36:1|1:3483601_A_C:540,36,0:3483601 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,280:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,438:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:8,1:9:18:.:.:18,0,333:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,227:. 0/1:6,3:9:99:.:.:108,0,243:. 0/0:131,0:131:99:.:.:0,120,1800:. 0/1:44,14:58:99:.:.:446,0,1763:. +Chr10 3483607 . T G 27591 . . 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TC T 1893.96 . . 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A G 3277.7 . . 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G A 2570.37 . . 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A T 25621.2 . . 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G A 23082.6 . . 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T C 2658.1 . . 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T TAG 22306.5 . . 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CA C 14186.4 . . 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T A 14207 . . 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A G 26735.1 . . 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T A 13462.9 . . 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T C 19543.1 . . 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A G 32163.4 . . 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C T 4411.44 . . 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C T 4406.68 . . 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G T 3714.86 . . 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G A 4369.7 . . 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C T 2306.14 . . 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G A 863.59 . . 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G A 846.17 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,185:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,329:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,117:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,146:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0|1:1,2:3:28:0|1:3606379_G_A:81,0,28:3606379 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3606379_G_A:90,6,0:3606379 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,152:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0|1:2,2:4:78:0|1:3606379_G_A:78,0,78:3606379 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,329:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3606379_G_A:90,6,0:3606379 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 1|1:0,1:1:3:1|1:3606379_G_A:45,3,0:3606379 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,74:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,288:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0|1:4,2:6:72:0|1:3606379_G_A:72,0,162:3606379 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,336:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3606379_G_A:90,6,0:3606379 ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,49:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,146:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,74:. 0/0:27,0:27:81:.:.:0,81,1129:. 0/1:14,10:24:99:.:.:365,0,537:. +Chr10 3607946 . G A 2066.62 . . 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T A 3999.03 . . 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G A 4098.27 . . 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G A 4040.96 . . 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A G 2304.29 . . 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G A 2689.11 . . 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G A 30318.4 . . 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T A 8235.97 . . 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T G 8361.55 . . 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A C 7028.39 . . 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G A 11411.5 . . 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T A 11409.1 . . 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G A 1048.35 . . 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T C 12716.6 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:1,4:5:30:.:.:129,0,30:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:3,6:9:99:.:.:238,0,103:. 0/1:4,2:6:71:.:.:71,0,159:. 0/1:5,12:17:99:.:.:474,0,165:. 1/1:0,5:5:15:.:.:224,15,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,253:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,373:. 0/1:1,6:7:24:.:.:246,0,24:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,325:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/1:5,8:13:99:.:.:315,0,183:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 1/1:0,8:8:24:.:.:354,24,0:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,179:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,154:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,99:. 1/1:0,9:9:27:.:.:403,27,0:. 0/1:3,10:13:93:.:.:405,0,93:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. 0/1:3,4:7:99:.:.:158,0,111:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/1:2,6:8:65:.:.:245,0,65:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 1|1:0,7:7:21:1|1:3775422_T_C:315,21,0:3775422 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,231:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 1/1:0,6:6:18:.:.:267,18,0:. 0/1:3,9:12:98:.:.:365,0,98:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/1:2,7:9:60:.:.:271,0,60:. 0/1:1,4:5:30:.:.:162,0,30:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,366:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,122:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,231:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,202:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,47:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,224:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,18:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 1/1:0,6:6:18:.:.:267,18,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:267,18,0:. 0/1:2,6:8:63:.:.:245,0,63:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 1/1:0,3:3:9:.:.:134,9,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,122:. 0/1:5,4:9:99:.:.:148,0,197:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,161:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,321:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,187:. 0/1:3,7:10:99:.:.:279,0,104:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,210:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,257:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:75,6,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,435:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,389:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,338:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/1:2,5:7:68:.:.:199,0,68:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 1/1:0,3:3:9:.:.:126,9,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 0/1:2,7:9:54:.:.:286,0,54:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:4,2:6:70:.:.:70,0,124:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,319:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,159:. 1/1:0,7:7:21:.:.:311,21,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 1/1:0,9:9:27:.:.:399,27,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,202:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,122:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/1:6,3:9:99:.:.:105,0,232:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,137:. 1/1:0,3:3:9:.:.:134,9,0:. 0/1:1,4:5:30:.:.:143,0,30:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/1:4,5:9:99:.:.:197,0,150:. 0/1:1,3:4:33:.:.:122,0,33:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 1/1:0,8:8:24:.:.:346,24,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/1:3,2:5:72:.:.:72,0,119:. 0/1:3,2:5:74:.:.:74,0,115:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,189:. 1/1:0,7:7:21:.:.:311,21,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 1/1:0,12:12:36:.:.:531,36,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,78:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/1:25,63:88:99:.:.:2493,0,835:. 0/0:19,0:19:57:.:.:0,57,738:. +Chr10 3775470 . C T 1068.5 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,389:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,265:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,732:. 0/0:9,0:9:0:.:.:0,0,126:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:12,0:12:0:.:.:0,0,86:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,259:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,389:. 0/0:12,0:12:0:.:.:0,0,88:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,346:. 1|1:0,3:3:9:1|1:3775449_T_C:135,9,0:3775449 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,556:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,331:. ./.:13,0:13:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,169:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/0:15,0:15:0:.:.:0,0,195:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,574:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,301:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1|1:0,4:4:12:1|1:3775449_T_C:180,12,0:3775449 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,352:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3775449_T_C:90,6,0:3775449 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,301:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,259:. ./.:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0/0:11,0:11:0:.:.:0,0,132:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,525:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. ./.:7,0:7:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,372:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,216:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,372:. ./.:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,241:. 1|1:0,5:5:15:1|1:3775449_T_C:225,15,0:3775449 ./.:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,122:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,88:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. ./.:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,179:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,179:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,331:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,6:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,90:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,2:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,4:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,391:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,309:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,185:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,436:. 1|1:0,5:5:15:1|1:3775449_T_C:225,15,0:3775449 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,276:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:5,0:5:.:.:.:0,0,0:. ./.:4,0:4:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,438:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,420:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,346:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3775449_T_C:90,6,0:3775449 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,299:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,383:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,319:. 0/0:9,0:9:0:.:.:0,0,41:. 0/0:12,0:12:0:.:.:0,0,162:. ./.:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3775449_T_C:90,6,0:3775449 0/0:17,0:17:0:.:.:0,0,41:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. ./.:11,0:11:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,3:3:9:1|1:3775449_T_C:135,9,0:3775449 ./.:8,0:8:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,370:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,208:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,393:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,43:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:14,0:14:0:.:.:0,0,117:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,212:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:9,0:9:0:.:.:0,0,37:. 0/0:11,0:11:0:.:.:0,0,132:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,291:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:20,0:20:0:.:.:0,0,183:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,80:. 0/0:10,0:10:0:.:.:0,0,111:. 0/0:88,0:88:99:.:.:0,120,1800:. ./.:50,0:50:.:.:.:0,0,0:. +Chr10 3818232 . C A 1351.17 . . 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A T 1351.99 . . 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TGTA T 1364.06 . . 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A G 2342.57 . . 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T A 4666.34 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,253:. 0/1:5,3:8:99:.:.:108,0,198:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,4:4:12:1|1:3910301_G_C:180,12,0:3910301 0/1:5,10:15:99:.:.:401,0,169:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,187:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,212:. 0/1:2,4:6:69:.:.:159,0,69:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,309:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/1:2,4:6:71:.:.:161,0,71:. 0/1:6,4:10:99:.:.:143,0,233:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,389:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3910301_G_C:90,6,0:3910301 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3910301_G_C:90,6,0:3910301 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/1:3,5:8:99:.:.:185,0,110:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,126:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,173:. 0/1:4,2:6:69:.:.:69,0,159:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,274:. 1|1:0,4:4:12:1|1:3910301_G_C:178,12,0:3910301 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,2:4:78:.:.:78,0,78:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/1:5,2:7:66:.:.:66,0,199:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,354:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,177:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,510:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. 0/1:3,2:5:74:.:.:74,0,109:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 1|1:0,3:3:9:1|1:3910301_G_C:135,9,0:3910301 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,249:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,633:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:3910287_T_A:90,6,0:3910287 1|1:0,6:6:18:1|1:3910301_G_C:270,18,0:3910301 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,235:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,121:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. 0/1:5,2:7:64:.:.:64,0,199:. 1|1:0,7:7:21:1|1:3910301_G_C:315,21,0:3910301 0/1:2,2:4:76:.:.:76,0,76:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:2,5:7:66:.:.:201,0,66:. 0/0:12,0:12:18:.:.:0,18,461:. 0/1:2,2:4:78:.:.:78,0,78:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/1:5,4:9:99:.:.:152,0,189:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,255:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,255:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,167:. 1|1:0,5:5:15:1|1:3910301_G_C:225,15,0:3910301 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,3:6:99:.:.:114,0,114:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,263:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,4:4:12:1|1:3910301_G_C:180,12,0:3910301 1|1:0,2:2:6:1|1:3910301_G_C:90,6,0:3910301 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,428:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 1|1:0,5:5:15:1|1:3910301_G_C:225,15,0:3910301 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,167:. 0/0:25,0:25:75:.:.:0,75,1091:. 0/1:21,16:37:99:.:.:597,0,808:. +Chr10 3910339 . CT C 3329.53 . . 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A G 5303.81 . . 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A C 4259.43 . . 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G A 4242.63 . . 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G A 3576.4 . . 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G A 5809.74 . . 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C T 18836.9 . . 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G A 1563.69 . . 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G A 947.76 . . 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T TCCC 4098.77 . . 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C T 25950.6 . . 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G T 17521.8 . . 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G A 6550.73 . . 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C T 6015.98 . . 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G A 15989.2 . . 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T A 1382.1 . . 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A G 25434.4 . . 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G A 17094.3 . . 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C T 3304.81 . . 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T C 3648.3 . . 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C T 15248.2 . . 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C T 7716.43 . . 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T C 19975.8 . . 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G A 7877.15 . . 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C T 3713.34 . . 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G T 15072.1 . . 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C T 1021.04 . . 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AAAG A 14244.6 . . 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A T 2174.18 . . 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C A 2171.68 . . 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T A 5500.59 . . 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G A 6900.43 . . 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G C 15228.8 . . 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T G 35783.2 . . 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G A 23289.6 . . 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C CT 2105.06 . . 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T C 19757.4 . . 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T C 11650.2 . . 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T A 68128.8 . . 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A G 8237.3 . . 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C T 8023.71 . . 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G T 9162.09 . . 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C A 41450.2 . . 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G A 7369.68 . . 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T C 43228.3 . . 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A C 10142.1 . . 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C CA 9027.12 . . 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C CTTAT 31778.1 . . 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T C 22685.8 . . 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T A 11503.1 . . 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A C 11739.7 . . 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C CT 6028.89 . . 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TAATAAAGGG T 52997.2 . . 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C G 11959.6 . . 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G A 21898.7 . . 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G A 3170.68 . . 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C A 477.15 . . 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C CA 4062.82 . . 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AAAAC A 7342.34 . . 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C A 1872.54 . . 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T A 4069.44 . . 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A G 12629.2 . . 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T G 3526.5 . . 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C T 15166.9 . . 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A T 14537.5 . . 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T A 14537.5 . . 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G C 14971.2 . . 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AACC A 4010.57 . . 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C A 2037.52 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,418:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,90:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,134:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,121:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. 1|1:0,2:2:6:1|1:4589330_C_A:90,6,0:4589330 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. 1|1:0,2:2:6:1|1:4589330_C_A:90,6,0:4589330 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,222:. 0/1:3,2:5:66:.:.:66,0,113:. 0/1:5,2:7:69:.:.:69,0,166:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,440:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:4589330_C_A:90,6,0:4589330 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,298:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,177:. 0/1:2,2:4:77:.:.:77,0,77:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,311:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,211:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,297:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. 1|1:0,2:2:6:1|1:4589330_C_A:90,6,0:4589330 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,177:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,5:5:15:1|1:4589330_C_A:225,15,0:4589330 1|1:0,3:3:9:1|1:4589330_C_A:135,9,0:4589330 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,47:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,47:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,340:. 1|1:0,2:2:6:1|1:4589330_C_A:90,6,0:4589330 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,2:2:6:1|1:4589330_C_A:90,6,0:4589330 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/1:2,3:5:74:.:.:119,0,74:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,124:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/1:3,3:6:99:.:.:114,0,106:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,90:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,130:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:4,2:6:69:.:.:69,0,157:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,126:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,163:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,280:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 1|1:0,2:2:6:1|1:4589330_C_A:90,6,0:4589330 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,254:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,121:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,517:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:6,2:8:63:.:.:63,0,237:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,88:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,165:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,152:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/1:21,15:36:99:.:.:545,0,837:. 0/0:31,0:31:93:.:.:0,93,1326:. +Chr10 4589359 . C CA 2389.55 . . 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G A 3984.23 . . 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T C 11754.4 . . 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CAA C 5245.96 . . 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T C 4968.62 . . 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G T 7779.85 . . 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C T 8604.86 . . 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C G 12399.6 . . 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A G 10757 . . 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T C 794.95 . . 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T TA 3378.21 . . 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G GC 788.32 . . 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C G 793.03 . . 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T C 692.26 . . 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GC G 10181.2 . . 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TATGCCAAGCA T 16362.5 . . 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C CA 14395.2 . . 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T C 1319.82 . . 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A T 11325.7 . . 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T G 10214.5 . . 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G A 29806.7 . . 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C T 8663.18 . . 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T TA 13827.5 . . 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A G 2968.07 . . 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A G 4434.78 . . 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C T 23953.2 . . 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T C 24754.2 . . 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G A 7202.65 . . 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T A 5139.85 . . 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CT C 2013.71 . . 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C T 9198.91 . . 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A T 1734.15 . . 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T A 9117.56 . . 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C T 9117.43 . . 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G A 1551.49 . . 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C T 627.25 . . 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C CCA 9692.18 . . 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G A 11895.7 . . 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T A 873.28 . . 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T A 872.84 . . 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G A 1251.23 . . 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A C 6141.81 . . 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C T 26927 . . 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AGG A 12245 . . 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C T 3046.62 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,447:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,301:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:16,0:16:31:.:.:0,31,622:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,233:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,177:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,360:. 1|1:0,2:2:6:1|1:6184101_A_T:90,6,0:6184101 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,214:. 0/1:6,6:12:99:.:.:234,0,234:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,218:. 1|1:0,2:2:6:1|1:6184101_A_T:90,6,0:6184101 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. 0/1:4,6:10:99:.:.:240,0,150:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,255:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,562:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,350:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,130:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,344:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:9,0:9:0:.:.:0,0,224:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,210:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. 1|1:0,2:2:6:1|1:6184101_A_T:90,6,0:6184101 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,341:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,261:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1|1:0,2:2:6:1|1:6184101_A_T:90,6,0:6184101 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,307:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,504:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:3,3:6:99:.:.:117,0,117:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/1:2,2:4:78:.:.:78,0,78:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,299:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,259:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,255:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,167:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,451:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,224:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. 0/1:2,3:5:69:.:.:120,0,69:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,261:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/1:7,4:11:99:.:.:146,0,282:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,663:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,177:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,118:. 0/1:5,3:8:99:.:.:111,0,201:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,656:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,122:. 0/1:2,3:5:75:.:.:120,0,75:. 0/1:5,2:7:69:.:.:69,0,204:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/1:3,2:5:75:.:.:75,0,120:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,388:. 0/1:4,2:6:72:.:.:72,0,162:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,175:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,303:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,45:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,387:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,90:. 1|1:0,2:2:6:1|1:6184101_A_T:90,6,0:6184101 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,444:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/1:3,4:7:99:.:.:159,0,114:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,132:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,385:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:6,2:8:66:.:.:66,0,246:. 0|1:26,24:50:99:0|1:6184101_A_T:691,0,988:6184101 0/0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 6184137 . C T 3830.87 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,443:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,270:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,638:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,239:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,169:. 0/1:3,4:7:68:.:.:138,0,68:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,218:. 1|1:0,3:3:9:1|1:6184101_A_T:133,9,0:6184101 0/1:3,2:5:54:.:.:54,0,74:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,197:. 0/1:6,6:12:99:.:.:173,0,142:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,74:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 1|1:0,3:3:9:1|1:6184101_A_T:135,9,0:6184101 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/1:4,6:10:89:.:.:179,0,89:. ./.:9,0:9:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,241:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,514:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,327:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,64:. 0/1:3,5:8:65:.:.:180,0,65:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,342:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. 0/1:2,1:3:36:.:.:36,0,50:. 0/0:10,0:10:0:.:.:0,0,175:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,183:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,3:6:71:.:.:96,0,71:. 0|1:1,2:3:1:0|1:6184101_A_T:81,0,1:6184101 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,306:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,254:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. 1|1:0,2:2:6:1|1:6184101_A_T:90,6,0:6184101 0/0:9,0:9:0:.:.:0,0,207:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,490:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:3,4:7:68:.:.:128,0,68:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,251:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:2,3:5:44:.:.:99,0,44:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,287:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,247:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,165:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,122:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:4,1:5:30:.:.:30,0,104:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,442:. 0/1:5,1:6:27:.:.:27,0,131:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,184:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. 0/1:2,4:6:41:.:.:118,0,41:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,75:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,122:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:7,6:13:99:.:.:187,0,169:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,123:. 0/1:2,3:5:44:.:.:89,0,44:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,636:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,103:. 0/1:3,1:4:33:.:.:33,0,85:. 0/1:5,3:8:80:.:.:80,0,125:. 0/0:17,0:17:51:.:.:0,51,674:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/1:2,3:5:57:.:.:89,0,57:. 0/1:6,3:9:87:.:.:87,0,158:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:3,3:6:71:.:.:91,0,71:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,424:. 0/1:4,4:8:94:.:.:120,0,94:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,165:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,319:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,362:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 1|1:0,2:2:6:1|1:6184101_A_T:90,6,0:6184101 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,428:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:3,5:8:45:.:.:160,0,45:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,117:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,368:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:6,3:9:87:.:.:87,0,151:. 0|1:27,35:62:99:0|1:6184101_A_T:1130,0,993:6184101 0/0:53,0:53:99:.:.:0,120,1800:. +Chr10 6184150 . C T 4619.97 . . 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T A 4610.3 . . 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G T 5649.37 . . 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T TCTG 12756.4 . . 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C T 9045.95 . . 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C T 7855.05 . . 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A G 18252.2 . . 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T C 9176.76 . . 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C A 12376.8 . . 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G A 24652.9 . . 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ATT A 31767.6 . . 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C G 20046.8 . . 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C A 14925.9 . . 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C T 13906.9 . . 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G T 15203.6 . . 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C T 17181.1 . . 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A T 48306.5 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:397,27,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:436,30,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:265,18,0:. 1/1:0,25:25:75:.:.:1101,75,0:. 1/1:0,20:20:60:.:.:871,60,0:. 0/1:6,6:12:99:.:.:228,0,232:. 0/1:3,4:7:99:.:.:154,0,111:. 0/1:7,5:12:99:.:.:186,0,269:. 0/1:4,7:11:99:.:.:274,0,142:. 0/1:6,2:8:64:.:.:64,0,206:. 1|1:0,18:18:54:1|1:6523191_T_G:798,54,0:6523191 0/1:9,6:15:99:.:.:217,0,342:. 0/1:10,8:18:99:.:.:265,0,386:. 1/1:0,17:17:51:.:.:755,51,0:. 0/1:7,10:17:99:.:.:384,0,227:. 1/1:0,11:11:33:.:.:480,33,0:. 0/1:11,18:29:99:.:.:679,0,349:. 0/1:5,10:15:99:.:.:399,0,169:. 1/1:0,8:8:24:.:.:358,24,0:. 1/1:0,18:18:54:.:.:800,54,0:. 1/1:1,15:16:3:.:.:619,3,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:362,27,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:311,21,0:. 0/1:5,2:7:68:.:.:68,0,201:. 0/1:5,5:10:99:.:.:192,0,190:. 1/1:0,3:3:9:.:.:134,9,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:350,24,0:. 1/1:0,13:13:39:.:.:570,39,0:. 1/1:0,13:13:39:.:.:568,39,0:. 0/1:6,2:8:65:.:.:65,0,245:. 0/1:6,8:14:99:.:.:312,0,218:. 1/1:0,15:15:45:.:.:666,45,0:. 1/1:0,15:15:45:.:.:664,45,0:. 0/1:5,5:10:99:.:.:195,0,122:. 0/1:5,8:13:99:.:.:298,0,185:. 0/1:9,4:13:99:.:.:136,0,354:. 1/1:0,17:17:51:.:.:749,51,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:352,24,0:. 0/1:6,4:10:99:.:.:147,0,237:. 0/1:7,4:11:99:.:.:140,0,268:. 0/1:4,7:11:99:.:.:278,0,144:. 1/1:0,16:16:48:.:.:702,48,0:. 0/1:3,6:9:99:.:.:205,0,100:. 0/1:7,3:10:99:.:.:104,0,279:. 0/1:7,2:9:62:.:.:62,0,284:. 1/1:0,9:9:27:.:.:401,27,0:. 1/1:0,20:20:60:.:.:875,60,0:. 0/1:4,6:10:99:.:.:229,0,149:. 0/1:4,7:11:99:.:.:278,0,144:. 0/1:5,4:9:99:.:.:150,0,197:. 1/1:0,6:6:18:.:.:267,18,0:. 0/1:4,2:6:56:.:.:56,0,161:. 1/1:0,10:10:30:.:.:442,30,0:. 1/1:0,17:17:51:.:.:716,51,0:. 1/1:0,16:16:48:.:.:710,48,0:. 1/1:0,14:14:42:.:.:617,42,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:446,30,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:267,18,0:. 0/1:4,2:6:69:.:.:69,0,157:. 1/1:0,14:14:42:.:.:619,42,0:. 0/1:2,3:5:70:.:.:119,0,70:. 1/1:0,6:6:18:.:.:269,18,0:. 0/1:2,4:6:63:.:.:159,0,63:. 1/1:0,11:11:33:.:.:483,33,0:. 0/1:9,7:16:99:.:.:265,0,355:. 0/1:8,3:11:99:.:.:99,0,309:. 1/1:0,6:6:18:.:.:269,18,0:. 0/1:8,2:10:57:.:.:57,0,324:. 1/1:0,10:10:30:.:.:428,30,0:. 0/1:4,9:13:99:.:.:358,0,138:. 1/1:0,3:3:9:.:.:132,9,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:442,30,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:4,7:11:99:.:.:278,0,144:. 1/1:0,7:7:21:.:.:301,21,0:. 0/1:17,18:35:99:.:.:685,0,641:. 0|1:11,11:22:99:0|1:6523190_C_T:418,0,422:6523190 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 0/1:8,3:11:97:.:.:97,0,311:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,88:. 1/1:0,6:6:18:.:.:250,18,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:399,27,0:. 1|1:0,16:16:48:1|1:6523190_C_T:675,48,0:6523190 0/1:6,3:9:99:.:.:107,0,238:. 0/1:4,7:11:99:.:.:266,0,134:. 1/1:0,15:15:45:.:.:666,45,0:. 0/1:5,2:7:68:.:.:68,0,193:. 0/1:5,8:13:99:.:.:307,0,185:. 1|1:0,13:13:39:1|1:6523191_T_G:578,39,0:6523191 1/1:0,8:8:24:.:.:354,24,0:. 0/1:6,6:12:99:.:.:216,0,228:. 1/1:0,8:8:24:.:.:354,24,0:. 0/1:6,8:14:99:.:.:314,0,224:. 0/1:3,8:11:99:.:.:319,0,99:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 0/1:1,11:12:9:.:.:450,0,9:. 0/1:5,5:10:99:.:.:194,0,194:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:395,27,0:. 0/1:6,10:16:99:.:.:396,0,214:. 1/1:0,15:15:45:.:.:660,45,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:434,30,0:. 0/1:1,7:8:21:.:.:283,0,21:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,11:11:33:.:.:484,33,0:. 0/1:11,6:17:99:.:.:207,0,435:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,43:. 1/1:0,11:11:33:.:.:484,33,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:80,6,0:. 1/1:0,11:11:33:.:.:474,33,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:352,24,0:. 1/1:0,13:13:39:.:.:574,39,0:. 0|1:4,5:9:99:0|1:6523191_T_G:193,0,142:6523191 1/1:0,7:7:21:.:.:311,21,0:. 1/1:0,11:11:33:.:.:474,33,0:. 0/1:15,12:27:99:.:.:409,0,575:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,175:. 1/1:0,17:17:51:.:.:755,51,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:395,27,0:. 0/1:3,15:18:76:.:.:596,0,76:. 0/1:56,52:108:99:.:.:1930,0,2098:. 1|1:0,74:74:99:1|1:6523191_T_G:3252,222,0:6523191 +Chr10 6523262 . C T 15571.4 . . 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G A 16781.6 . . 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T C 5458.41 . . 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A G 4021.76 . . 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T G 11539.6 . . 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C A 969.52 . . 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TA T 946.43 . . 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A G 36075.6 . . 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A G 36272.7 . . 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T A 24745 . . 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T A 37512.5 . . 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T C 1545.5 . . 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G A 6546.05 . . 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G A 5646.24 . . 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G A 10648.2 . . 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A G 8315.71 . . 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A T 2147.7 . . 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A C 15764.5 . . 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A G 4164.9 . . 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A G 14993.1 . . 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G A 6743.53 . . 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T C 4721.27 . . 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T G 3554.44 . . 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A T 4887.28 . . 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GC G 4818.37 . . 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AG A 1355.08 . . 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G A 885.84 . . 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T A 5078.21 . . 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A G 5102.56 . . 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T C 12324 . . 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G A 11942.4 . . 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T G 5035.14 . . 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T A 5032.64 . . 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A G 14604.2 . . 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C T 15714.2 . . 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A G 6484.01 . . 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A G 3916.19 . . 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C T 3915.94 . . 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A C 6474.93 . . 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T TA 1969.05 . . 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T C 10385.3 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,220:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,184:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:18,0:18:54:.:.:0,54,767:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,397:. 1/1:0,3:3:9:.:.:126,9,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:263,18,0:. 0/1:4,2:6:67:.:.:67,0,154:. 0/1:11,9:20:99:.:.:329,0,424:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,393:. 0/1:3,10:13:96:.:.:380,0,96:. 0/1:3,8:11:99:.:.:265,0,102:. 0/0:21,0:21:63:.:.:0,63,865:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,169:. 1/1:0,13:13:39:.:.:551,39,0:. 0/1:6,4:10:99:.:.:143,0,237:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,592:. 0/0:7,0:7:0:.:.:0,0,218:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,650:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,336:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,372:. 0/1:2,2:4:76:.:.:76,0,76:. 1/1:0,2:2:6:.:.:82,6,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,233:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,331:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,372:. 1/1:0,7:7:21:.:.:297,21,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,241:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,408:. 0/1:4,3:7:99:.:.:113,0,158:. 0/1:2,2:4:78:.:.:78,0,78:. 1/1:0,7:7:21:.:.:299,21,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,444:. 1/1:0,1:1:3:.:.:43,3,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:134,9,0:. 0/1:2,2:4:74:.:.:76,0,74:. 1/1:0,3:3:9:.:.:97,9,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,282:. 0/1:3,1:4:33:.:.:33,0,123:. 1/1:0,3:3:9:.:.:126,9,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:82,6,0:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,297:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,179:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 1/1:0,7:7:21:.:.:262,21,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 1/1:0,2:2:6:.:.:52,6,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,299:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1/1:0,5:5:15:.:.:185,15,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,263:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:5,2:7:32:.:.:32,0,201:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,126:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,313:. 0/1:7,5:12:99:.:.:176,0,265:. 0/1:4,7:11:99:.:.:266,0,144:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,412:. 1/1:0,5:5:15:.:.:220,15,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,241:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,88:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:5,5:10:99:.:.:190,0,194:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/1:18,4:22:99:.:.:101,0,744:. 0/1:4,6:10:99:.:.:237,0,150:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:2,2:4:67:0|1:7015698_T_C:67,0,78:7015698 1/1:0,1:1:3:.:.:43,3,0:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,134:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,257:. 0/0:12,0:12:0:.:.:0,0,436:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:1,3:4:33:.:.:119,0,33:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,162:. 0/1:13,3:16:84:.:.:84,0,537:. 1/1:0,1:1:3:.:.:45,3,0:. 0/1:4,4:8:99:.:.:153,0,156:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,370:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,626:. 0/1:4,2:6:71:.:.:71,0,153:. 1/1:0,7:7:21:.:.:293,21,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:80,6,0:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,1:1:3:.:.:45,3,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,280:. 1/1:0,14:14:42:.:.:593,42,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,303:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,652:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,471:. 0/1:3,7:10:99:.:.:277,0,105:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,379:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,360:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,195:. 1/1:0,4:4:12:.:.:167,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,124:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:16,0:16:48:.:.:0,48,673:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 0/1:61,64:125:99:.:.:2350,0,2369:. 0/1:39,4:43:48:.:.:48,0,1626:. +Chr10 7015702 . G A 26784.7 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:224,15,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:218,15,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:86,6,0:. 1/1:0,18:18:54:.:.:780,54,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:401,27,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,263:. 0/1:2,4:6:69:.:.:141,0,69:. 0/1:9,11:20:99:.:.:422,0,331:. 1/1:0,9:9:27:.:.:401,27,0:. 0/1:10,3:13:93:.:.:93,0,411:. 0/1:8,3:11:99:.:.:99,0,300:. 1/1:0,21:21:63:.:.:903,63,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. 1/1:0,4:4:12:.:.:179,12,0:. 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,521:. 0/1:4,6:10:99:.:.:233,0,145:. 1/1:0,14:14:42:.:.:619,42,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:261,18,0:. 1/1:0,16:16:48:.:.:687,48,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:352,24,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:397,27,0:. 0/1:2,2:4:75:.:.:77,0,75:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 1/1:0,6:6:18:.:.:263,18,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:263,18,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:342,24,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:389,27,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,280:. 1/1:0,6:6:18:.:.:265,18,0:. 1/1:0,10:10:30:.:.:434,30,0:. 0/1:3,4:7:99:.:.:156,0,113:. 0/1:2,2:4:43:.:.:76,0,43:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,274:. 1/1:0,11:11:33:.:.:427,33,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/1:2,2:4:77:.:.:77,0,77:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,142:. 1/1:0,7:7:21:.:.:276,21,0:. 0/1:1,3:4:33:.:.:122,0,33:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,88:. 1/1:0,8:8:24:.:.:354,24,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 1/1:0,4:4:12:.:.:173,12,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,242:. 1/1:0,4:4:12:.:.:167,12,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 1/1:0,2:2:6:.:.:65,6,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 1/1:0,7:7:21:.:.:309,21,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:124,9,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:134,9,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 1/1:0,6:6:18:.:.:269,18,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:2,5:7:60:.:.:199,0,60:. 1/1:0,4:4:12:.:.:177,12,0:. 1/1:0,8:8:24:.:.:352,24,0:. 0/1:5,7:12:99:.:.:263,0,186:. 0/1:7,4:11:99:.:.:144,0,258:. 1/1:0,10:10:30:.:.:438,30,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,216:. 1/1:0,6:6:18:.:.:231,18,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,32:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:5,5:10:99:.:.:192,0,190:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 0/1:4,18:22:99:.:.:716,0,114:. 0/1:6,4:10:99:.:.:149,0,240:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0|1:2,2:4:69:1|0:7015698_T_C:69,0,78:7015698 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,4:4:12:.:.:171,12,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:311,21,0:. 1/1:0,11:11:33:.:.:484,33,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:3,1:4:33:.:.:33,0,123:. 1/1:0,4:4:12:.:.:173,12,0:. 0/1:3,13:16:87:.:.:524,0,87:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,54:. 0/1:4,4:8:99:.:.:151,0,156:. 1/1:0,9:9:27:.:.:378,27,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,77:. 1/1:0,15:15:44:.:.:595,44,0:. 0/1:2,4:6:67:.:.:155,0,67:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,253:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 1/1:0,7:7:21:.:.:309,21,0:. 0/0:14,0:14:42:.:.:0,42,570:. 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 1/1:0,7:7:21:.:.:305,21,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 1/1:0,16:16:48:.:.:704,48,0:. 1/1:0,12:12:36:.:.:517,36,0:. 0/1:7,3:10:87:.:.:87,0,285:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:397,27,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,9:9:27:.:.:389,27,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:74,6,0:. 1/1:0,6:6:18:.:.:267,18,0:. 1/1:0,5:5:15:.:.:217,15,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 1/1:0,2:2:6:.:.:90,6,0:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,16:16:48:.:.:702,48,0:. 1/1:0,3:3:9:.:.:130,9,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,166:. 0/1:64,61:125:99:.:.:2307,0,2504:. 0/1:4,39:43:51:.:.:1581,0,51:. +Chr10 7018778 . T C 3356.62 . . 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T G 2839.22 . . 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A G 7375.16 . . 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T C 6917.12 . . 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C CTAG 7236.35 . . 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A G 13756.5 . . 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A T 2666.83 . . 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A G 5623.29 . . 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A T 5686.73 . . 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C T 21297.1 . . 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T A 5018.77 . . 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A G 5135.82 . . 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G T 5107.55 . . 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C A 24167.5 . . 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G A 3874.28 . . 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A T 4752.03 . . 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C G 6173.24 . . 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C T 4000.39 . . 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CTA C 4808.72 . . 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G T 9432.88 . . 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C G 9453.91 . . 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T A 5856.62 . . 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C A 6837.45 . . 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A G 6817.73 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,212:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,185:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,599:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,368:. 0/1:5,4:9:99:.:.:150,0,195:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/1:9,5:14:99:.:.:169,0,347:. 0/1:2,3:5:72:.:.:117,0,72:. 0/1:5,5:10:99:.:.:192,0,190:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,251:. 0/1:9,6:15:99:.:.:217,0,343:. 0/1:4,3:7:98:.:.:98,0,156:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,457:. 0/1:2,4:6:69:.:.:153,0,69:. 0/0:12,0:12:36:.:.:0,36,496:. 0/1:9,5:14:99:.:.:174,0,334:. 0/1:4,4:8:99:.:.:140,0,153:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,400:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,276:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,303:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,229:. 1|1:0,4:4:12:1|1:7159564_A_C:180,12,0:7159564 1|1:0,2:2:6:1|1:7159564_A_C:86,6,0:7159564 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,189:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,241:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,167:. 0/0:6,0:6:0:.:.:0,0,179:. .:0,0:.:.:0|1:7159552_C_A:.:7159552 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,364:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,338:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,223:. 0/1:4,4:8:99:.:.:149,0,145:. 0/1:2,2:4:75:.:.:75,0,77:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/1:4,2:6:69:.:.:69,0,159:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. ./.:7,0:7:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,4:4:12:1|1:7159564_A_C:180,12,0:7159564 0/0:13,0:13:39:.:.:0,39,516:. ./.:6,0:6:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,3:3:9:1|1:7159564_A_C:135,9,0:7159564 0/1:2,2:4:75:.:.:77,0,75:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,375:. 1|1:0,2:2:7:1|1:7159564_A_C:92,7,0:7159564 ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:5,2:7:55:.:.:55,0,175:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/1:2,3:5:72:.:.:104,0,72:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,321:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,229:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,146:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,165:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,3:3:9:1|1:7159564_A_C:135,9,0:7159564 1|1:1,3:4:8:1|1:7159564_A_C:133,8,0:7159564 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,80:. 0/1:3,3:6:99:.:.:112,0,116:. 0/1:4,5:9:99:.:.:160,0,150:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,299:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/1:2,4:6:67:.:.:159,0,67:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,62:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 1|1:0,3:3:9:1|1:7159564_A_C:135,9,0:7159564 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,144:. 0/1:11,10:21:99:.:.:363,0,386:. 0/1:3,2:5:72:.:.:72,0,117:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,169:. 0/1:2,2:4:75:.:.:75,0,75:. 1|1:0,2:2:6:1|1:7159564_A_C:90,6,0:7159564 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,274:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,278:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,404:. 1|1:0,3:3:9:1|1:7159564_A_C:135,9,0:7159564 0/1:2,4:6:61:.:.:155,0,61:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,321:. 0/1:5,3:8:71:.:.:71,0,196:. 0/1:3,3:6:99:.:.:114,0,116:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,368:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,301:. 0/1:4,5:9:99:.:.:195,0,148:. 0/1:3,4:7:99:.:.:154,0,111:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,11:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,124:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,267:. 0/1:4,5:9:99:.:.:179,0,142:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,289:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,370:. 0/1:7,2:9:60:.:.:60,0,284:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,299:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,280:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,112:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,130:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,193:. 0/0:10,0:10:30:.:.:0,30,404:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,238:. 0/1:2,6:8:50:.:.:233,0,50:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,364:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,80:. 0/1:4,6:10:99:.:.:223,0,139:. 0/1:33,39:72:99:.:.:1377,0,1254:. 0/0:32,0:32:96:.:.:0,96,1329:. +Chr10 7160784 . TC T 2921.14 . . 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A G 2922.17 . . 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CATT C 2923.07 . . 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A G 5637.26 . . 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T C 26381.5 . . 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T A 16209 . . 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TTAC T 27536.3 . . 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TCGAGTGTCC T 2316.35 . . 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T G 193.98 . . 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C A 30270.6 . . 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T A 13317.5 . . 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A G 25453 . . 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A G 11844.5 . . 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A T 15925 . . 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CA C 22990.3 . . 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C G 24127.3 . . 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T G 23805.4 . . 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A C 16184 . . 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C G 8241.05 . . 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G A 17777.4 . . 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A G 46092.2 . . 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GA G 1107.7 . . 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T TTG 2289.03 . . 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A AAT 6184.42 . . 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AC A 9071.17 . . 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TTAA T 9124.91 . . 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A T 6187.94 . . GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,235:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,107:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,381:. 0/0:15,0:15:45:.:.:0,45,591:. ./.:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/1:2,11:13:50:.:.:437,0,50:. 0/1:3,3:6:99:.:.:112,0,114:. 0/0:8,0:8:0:.:.:0,0,265:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,276:. 0/1:5,7:12:99:.:.:267,0,188:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,132:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:11,0:11:33:.:.:0,33,468:. 0/1:3,5:8:99:.:.:200,0,104:. 0/1:3,2:5:70:.:.:70,0,115:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,186:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,253:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,122:. 0/1:3,3:6:99:.:.:114,0,112:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,278:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,161:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,257:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,255:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,235:. 1/1:0,8:8:24:.:.:339,24,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,197:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,351:. 0/1:2,2:4:62:.:.:73,0,62:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,41:. 0/1:1,6:7:22:.:.:244,0,22:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,212:. 0/1:2,3:5:66:.:.:115,0,66:. 0/0:2,0:2:0:.:.:0,0,2:. 0/1:2,3:5:74:.:.:117,0,74:. 1/1:0,4:4:12:.:.:175,12,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,253:. 0/0:3,0:3:0:.:.:0,0,45:. 0|1:1,8:9:18:0|1:7326768_A_T:317,0,18:7326768 0/1:5,2:7:66:.:.:66,0,199:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,189:. 0/0:5,0:5:0:.:.:0,0,128:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,208:. 1/1:0,3:3:9:.:.:126,9,0:. 0/0:3,0:3:3:.:.:0,3,45:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,119:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,150:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,121:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,246:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,97:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/1:3,2:5:74:.:.:74,0,107:. 0/0:8,0:8:24:.:.:0,24,342:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,209:. 0/0:9,0:9:0:.:.:0,0,305:. 0/1:3,5:8:99:.:.:198,0,100:. 0/0:9,0:9:27:.:.:0,27,374:. 0/1:2,3:5:72:.:.:115,0,72:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,248:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,88:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,43:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,237:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,37:. 0/1:5,3:8:99:.:.:101,0,157:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/1:1,6:7:24:.:.:242,0,24:. 0/0:4,0:4:0:.:.:0,0,92:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,171:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,82:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. 0/1:2,3:5:72:.:.:117,0,72:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,111:. 1/1:0,4:4:12:.:.:169,12,0:. 0/1:3,2:5:70:.:.:70,0,117:. 0/0:7,0:7:21:.:.:0,21,286:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,148:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,60:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,191:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 1/1:0,2:2:6:.:.:88,6,0:. 0/0:5,0:5:15:.:.:0,15,208:. ./.:3,0:3:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,128:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,113:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,257:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,235:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,162:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:4,0:4:12:.:.:0,12,135:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. 0/0:2,0:2:6:.:.:0,6,86:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:3,0:3:9:.:.:0,9,105:. 0/0:1,0:1:3:.:.:0,3,18:. ./.:2,0:2:.:.:.:0,0,0:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. 0/0:6,0:6:18:.:.:0,18,255:. ./.:0,0:0:.:.:.:0,0,0:. ./.:1,0:1:.:.:.:0,0,0:. 0/1:44,57:101:99:.:.:2153,0,1604:. 0/0:27,0:27:81:.:.:0,81,1122:. +Chr10 7335879 . A AAG 703.06 . . 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G GA 8865.58 . . 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AC A 8647.32 . . 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C T 12790.4 . . 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C G 11771.9 . . 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G A 11196.4 . . 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A G 11197.2 . . 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A G 17103.2 . . 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T C 11314.9 . . 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C T 13390.1 . . 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C T 30011.6 . . 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G A 13218.8 . . 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C T 7054.59 . . 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T C 23042.9 . . 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A T 2670.44 . . 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A G 2670.72 . . 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C T 20813 . . 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C T 4141.12 . . 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T A 42744.2 . . 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C T 7828.28 . . 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T C 3627.83 . . 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A T 5881.93 . . 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AT A 2641.27 . . 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G T 3595.47 . . 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T C 6839.47 . . 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T C 18553.4 . . 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T C 12729.8 . . 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A AT 3628.94 . . 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T A 4939.58 . . 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T C 10138.8 . . 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T C 3801.44 . . 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T C 3546.32 . . 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A G 18450.9 . . 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G T 20730.1 . . 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C T 4054.51 . . 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T C 26344.6 . . 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G T 2124 . . 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G A 19080.1 . . 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C T 5023.63 . . 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T C 23628.3 . . 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T A 370470 . . 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AG A 4727.11 . . 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C T 76622.4 . . 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A T 12808.4 . . 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A C 17306 . . 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G A 11170.8 . . 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T A 837.87 . . 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T TTA 803.62 . . 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TGA T 803.56 . . 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C A 13383.1 . . 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A G 15409 . . 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A T 2754.87 . . 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A T 32023.5 . . 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A T 31761.8 . . 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G A 75764.7 . . 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C T 8112.75 . . 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A G 7955.25 . . 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T A 20160.6 . . 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C G 8174.21 . . 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A G 26962.8 . . 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G A 20000.8 . . 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T C 11711.5 . . 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G C 9371.56 . . 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C T 11669.5 . . 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A G 38815.7 . . 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G T 17809.1 . . 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C T 5124.95 . . 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A G 3251.26 . . 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A G 8740.57 . . 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T C 9601.12 . . 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C T 6748.57 . . 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A T 7174.21 . . 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C G 4632.15 . . 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TAA T 4708.33 . . 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A G 17581.2 . . 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G T 15548.4 . . 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C A 5653.29 . . 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CTTTT C 7969.83 . . 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A T 800.5 . . 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C A 3458.55 . . 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G C 4308.38 . . 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TGC T 67605.9 . . 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T C 3309.26 . . 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A ACG 16128.7 . . 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G A 19509.5 . . 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T C 63282.3 . . 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C T 13768.8 . . 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A G 10183.1 . . 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T C 2860.19 . . 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C T 4182.66 . . 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G A 5236.65 . . 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T C 11686.9 . . 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A T 5273.23 . . 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A C 11795.1 . . 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C T 16872 . . 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T C 16702.5 . . 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A G 22162 . . 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A AG 6541.43 . . 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CT C 6569.96 . . 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A T 7401.08 . . 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C T 14602.6 . . 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CT C 2137.28 . . 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ACG A 12176.6 . . 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C T 2098.84 . . 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A G 5503.25 . . 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A G 18297.5 . . 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A G 55443.2 . . 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C T 54756.3 . . 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T A 9541.69 . . 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C G 8777.11 . . 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T G 10630.1 . . 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C G 12218.2 . . 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A T 11853.4 . . 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T C 11852.2 . . 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G A 2132.19 . . 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T A 1549.26 . . 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A G 3055.15 . . 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C T 12079.6 . . 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T C 12910.3 . . 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T C 12885.4 . . 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T C 15452.5 . . 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G A 18658.3 . . 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A T 5153.37 . . 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G T 17568.5 . . 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A C 15069.6 . . 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C CAAT 1011.93 . . 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A G 32482.6 . . 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A C 7830.12 . . 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GC G 20111.9 . . 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T A 7752.85 . . 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A T 7753.01 . . 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A G 7753.02 . . 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T C 44167.6 . . 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C T 23921.5 . . 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T C 8186.78 . . 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T C 14529.4 . . 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A G 6071.06 . . 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C T 41896.2 . . 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G A 4125.86 . . 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G T 20598.3 . . 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A G 13563 . . 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GA G 49541.1 . . 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T A 6865.47 . . 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G A 6995.37 . . 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G C 9010.68 . . 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C T 23082.7 . . 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C CAA 7966.92 . . 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G T 2949.47 . . 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G A 2309.95 . . 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A G 28148.5 . . 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G T 79262 PASS AC=77;AF=0.17;AN=452;BaseQRankSum=-1.582;DP=17552;FS=0;MLEAC=76;MLEAF=0.168;MQ=60;MQRankSum=0;QD=8.39;ReadPosRankSum=0;SOR=0.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/1/1:17,23:40:11:765,38,0,11,591 0/0/1/1:31,28:59:30:956,30,0,44,1133 0/0/0/1:27,10:37:17:312,0,17,81,1034 0/0/0/0:199,0:199:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:233,0:233:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:91,48:139:16:1566,0,16,205,3412 0/0/0/1:129,22:151:99:601,0,161,510,5322 0/0/0/0:230,0:230:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:285,0:285:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:174,0:174:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:70,36:106:15:1151,0,15,161,2564 0/0/0/1:14,2:16:19:60,0,19,57,600 0/0/0/1:100,17:117:99:483,0,125,396,4113 0/0/0/1:141,24:165:99:634,0,176,558,5898 0/0/0/1:162,6:168:12:12,0,267,744,6523 0/1/1/1:59,104:163:5:3726,213,5,0,2015 0/0/0/0:195,0:195:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:31,27:58:26:901,26,0,46,1205 0/0/0/1:132,51:183:80:1549,0,80,386,4948 0/0/0/1:194,110:304:11:3563,0,11,402,7468 0/0/0/0:140,0:140:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:172,0:172:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:60,0:60:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,167 ./././.:1,0:1:.:0,0,0,0,0 0/0/0/1:101,27:130:99:777,0,100,362,4162 0/0/0/0:83,0:83:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:201,0:201:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:35,0:35:44:0,44,105,210,1424 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:121,72:193:2:2339,2,0,238,4579 0/0/0/1:70,19:89:66:592,0,66,243,2864 0/0/0/1:101,6:107:88:88,0,160,453,4164 0/0/0/0:180,0:180:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:194,0:194:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:103,0:103:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:133,0:133:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:135,0:135:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:97,0:97:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:172,33:205:99:855,0,205,665,6952 0/0/0/0:223,0:223:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:100,74:174:45:2480,45,0,170,3691 0/0/0/0:18,0:18:22:0,22,54,108,701 0/0/0/1:67,29:96:31:941,0,31,181,2603 0/0/0/1:109,25:134:99:734,0,117,401,4325 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:40,46:86:40:1555,66,0,40,1389 0/0/0/0:98,0:98:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:150,5:155:20:0,20,269,711,6098 0/0/0/1:174,64:238:99:2004,0,114,524,6554 0/0/0/1:69,16:85:73:486,0,73,252,2668 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:214,29:243:99:758,0,289,881,8562 0/0/0/0:137,0:137:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:117,25:142:99:717,0,132,440,4647 0/0/0/1:240,33:273:99:844,0,323,986,9649 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:135,30:165:99:815,0,149,503,5384 0/0/0/0:199,0:199:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:83,0:83:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:105,29:134:98:858,0,98,363,4095 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:205,0:205:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:164,17:181:99:391,0,237,700,6782 0/0/0/0:101,0:101:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:158,8:166:79:79,0,254,716,6429 0/0/0/1:160,21:181:99:539,0,218,662,6444 0/0/0/1:88,12:100:99:319,0,119,363,3599 0/0/1/1:78,110:188:41:3949,193,0,41,2809 0/0/0/0:48,0:48:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:21,0:21:26:0,26,63,126,851 0/0/0/0:16,0:16:20:0,20,48,96,630 0/0/1/1:171,116:287:48:3921,48,0,310,6356 0/0/1/1:105,92:197:90:3094,90,0,155,4036 0/0/0/1:253,29:282:99:673,0,358,1069,10455 0/0/0/0:148,0:148:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:232,0:232:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:60,23:83:37:704,0,37,178,2321 0/0/0/1:105,24:129:99:679,0,113,386,4208 0/0/0/1:196,77:273:99:2429,0,114,568,7675 0/0/1/1:88,65:153:38:2087,38,0,151,3205 0/0/0/0:132,0:132:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:51,31:82:3:992,3,0,99,1905 0/0/0/1:119,30:149:99:850,0,121,427,4887 0/0/0/1:197,9:206:76:76,0,320,897,8484 0/0/0/1:119,44:163:80:1276,0,80,362,4927 0/0/0/1:159,37:196:99:1093,0,169,583,6423 0/0/0/1:123,36:159:99:1059,0,110,417,4784 0/0/0/0:181,0:181:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:169,0:169:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:70,46:116:15:1525,15,0,129,2656 0/0/0/0:257,0:257:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:204,47:251:99:1389,0,218,749,8145 0/0/0/1:160,52:212:99:1611,0,125,515,6488 0/0/0/0:107,0:107:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:204,0:204:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:161,0:161:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:104,53:157:25:1691,0,25,245,3982 0/0/0/0:148,0:148:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:118,26:144:99:684,0,131,441,4613 0/0/1/1:139,107:246:75:3573,75,0,231,5480 0/0/0/1:64,38:102:0:1205,0,0,126,2323 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:121,24:145:99:707,0,141,462,5025 0/0/0/0:195,0:195:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:269,0:269:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:114,0:114:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:83,73:156:73:2542,73,0,122,3133 0/0/0/1:322,102:424:99:3074,0,262,1052,13214 0/1/1/1:16,107:123:99:4075,433,140,0,438 0/0/0/0:855,0:855:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 315813 . C A 82067.6 PASS AC=77;AF=0.169;AN=456;BaseQRankSum=-0.963;DP=17551;FS=0;MLEAC=77;MLEAF=0.169;MQ=60;MQRankSum=0;QD=9.17;ReadPosRankSum=0;SOR=0.143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,241,1635 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:37,0:37:46:0,46,111,222,1507 0/0/0/1:187,12:199:99:196,0,293,834,7990 0/0/0/0:233,0:233:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:131,8:139:99:110,0,207,587,5505 0/0/1/1:75,76:151:92:2699,97,0,92,2785 0/0/0/0:230,0:230:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:285,0:285:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:174,0:174:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:106,0:106:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:16,0:16:20:0,20,48,96,592 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:107,58:165:14:2101,0,14,234,4332 0/0/0/1:162,6:168:12:12,0,267,744,7029 0/0/0/1:152,11:163:99:192,0,234,672,6195 0/0/0/1:173,22:195:99:539,0,239,721,7377 0/0/1/1:32,25:57:19:837,19,0,52,1146 0/0/0/0:183,0:183:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:304,0:304:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:103,37:140:71:1127,0,71,316,4036 0/0/0/1:162,10:172:99:155,0,255,725,6869 0/0/0/0:60,0:60:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,167 0/0/0/0:1,0:1:1:0,1,3,6,15 0/0/1/1:65,65:130:80:2243,80,0,82,2447 0/0/0/1:56,26:82:20:836,0,20,143,2143 0/0/0/1:171,29:200:99:799,0,214,676,6697 0/0/1/1:21,14:35:5:467,5,0,39,772 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:193,0:193:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:45,44:89:53:1558,53,0,58,1623 0/0/0/1:70,37:107:12:1175,0,12,157,2760 0/0/0/1:173,7:180:22:22,0,284,792,7322 0/0/0/0:194,0:194:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:73,30:103:38:969,0,38,205,2797 0/0/0/0:133,0:133:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:135,0:135:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:97,0:97:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:148,57:205:89:1793,0,89,434,5758 0/0/0/1:187,35:222:99:1131,0,224,725,7959 0/0/0/1:149,25:174:99:677,0,188,593,6109 0/0/1/1:9,9:18:11:322,11,0,11,328 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:86,0:86:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:56,42:98:27:1428,27,0,95,2206 0/0/0/1:121,34:155:99:1055,0,111,415,5073 0/0/0/0:238,0:238:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:243,0:243:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:67,70:137:78:2412,91,0,78,2485 0/0/0/0:142,0:142:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:273,0:273:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:165,0:165:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:127,72:199:7:2291,0,7,261,4974 0/0/0/0:83,0:83:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:60,6:66:87:128,0,87,257,2496 0/0/0/1:150,55:205:99:1755,0,99,453,5998 0/0/0/0:181,0:181:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:101,0:101:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:139,27:166:99:792,0,163,534,5489 0/0/0/1:144,37:181:99:1064,0,143,512,5824 0/0/0/0:100,0:100:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:164,24:188:99:654,0,216,665,6381 0/0/0/0:48,0:48:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:11,10:21:11:343,11,0,15,394 0/0/1/1:7,9:16:5:328,15,0,5,251 0/0/0/1:249,38:287:99:993,0,325,1007,10148 0/0/0/0:197,0:197:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:156,126:282:99:4318,104,0,248,6066 0/0/0/1:135,13:148:99:338,0,199,582,5822 0/0/0/0:232,0:232:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:76,20:96:74:620,0,74,267,3164 0/0/0/1:71,12:83:89:309,0,89,281,2926 0/0/0/1:99,30:129:84:937,0,84,329,3999 0/0/0/0:273,0:273:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:132,0:132:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:82,0:82:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:136,13:149:99:271,0,200,585,5462 0/1/1/1:47,159:206:99:6673,534,138,0,1633 0/1/1/1:50,113:163:48:4182,300,48,0,1622 0/0/0/1:126,70:196:12:2290,0,12,267,4941 0/0/0/0:159,0:159:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:181,0:181:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:102,67:169:22:2235,22,0,189,3956 0/0/0/1:81,35:116:37:1126,0,37,219,3185 0/0/0/0:257,0:257:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:251,0:251:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:212,0:212:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:100,7:107:99:126,0,154,440,3949 0/0/0/0:204,0:204:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:161,0:161:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:157,0:157:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:87,60:147:28:2019,28,0,155,3224 0/0/0/1:130,14:144:99:326,0,187,553,5237 0/0/1/1:122,124:246:99:4252,158,0,148,4280 0/0/0/0:102,0:102:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:45,14:59:38:389,0,38,149,1752 0/1/1/1:47,98:145:31:3616,243,31,0,1610 0/0/0/0:195,0:195:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:269,0:269:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:67,47:114:21:1501,21,0,119,2519 0/0/0/1:114,42:156:74:1311,0,74,344,4371 0/0/1/1:255,169:424:60:5594,60,0,467,9185 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:637,218:855:99:6605,0,469,2004,25868 +Chr01 315815 . 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A G 76828.1 PASS AC=104;AF=0.241;AN=432;BaseQRankSum=0.825;DP=12712;FS=0;MLEAC=122;MLEAF=0.282;MQ=60;MQRankSum=0;QD=14.1;ReadPosRankSum=0;SOR=0.314 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:82,0:82:0:0,0,0,0,1806 0/0/0/0:67,0:72:81:0,81,193,377,1646 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,155,921 1/1/1/1:0,100:100:99:4086,602,301,125,0 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:152,15:167:99:347,0,222,651,5864 0/0/0/1:27,9:36:21:257,0,21,87,1029 0/0/0/0:302,0:302:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:106,0:106:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,224 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:65,71:136:67:2389,100,0,67,2157 0/0/1/1:57,52:109:56:1789,56,0,79,1954 0/0/0/1:79,26:105:60:831,0,60,250,2931 0/0/0/1:112,28:140:99:831,0,112,397,4074 0/0/0/1:54,30:84:6:985,0,6,116,1986 0/0/0/1:143,25:168:99:716,0,175,557,5387 0/0/0/0:251,0:251:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:123,0:123:0:0,0,0,0,2903 0/0/1/1:105,143:248:60:5191,246,0,60,3389 0/0/1/1:69,75:144:72:2653,105,0,72,2249 0/0/0/0:32,0:32:3:0,3,54,145,1164 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,161,962 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/1:126,16:142:99:415,0,173,524,4981 0/1/1/1:16,35:51:14:1287,92,14,0,497 0/0/0/1:80,5:85:82:82,0,119,333,2236 0/0/0/1:71,13:85:82:378,0,82,262,2212 0/0/0/0:46,0:50:55:0,55,133,261,1352 0/0/0/0:98,0:98:21:0,21,149,390,2035 ./././.:110,0:110:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:71,46:117:12:1483,12,0,132,2491 0/0/0/0:111,0:111:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:0,48:48:60:2018,286,144,60,0 0/0/0/0:54,0:54:22:0,22,97,236,1334 0/0/0/0:109,0:109:0:0,0,0,0,429 0/0/0/0:66,0:66:16:0,16,103,269,1759 0/0/1/1:34,33:67:39:1133,39,0,45,1211 0/0/1/1:40,31:71:23:1133,23,0,65,1425 ./././.:122,0:122:.:0,0,0,0,0 1/1/1/1:0,28:28:35:1216,169,84,35,0 0/0/0/0:119,0:119:0:0,0,0,108,2540 0/0/0/0:8,0:8:10:0,10,24,48,296 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:51,0:56:71:0,71,170,339,2150 0/0/0/0:119,0:119:0:0,0,0,0,3447 0/1/1/1:24,47:71:10:1748,108,10,0,776 0/0/0/1:91,29:120:72:911,0,72,293,3285 0/0/0/1:86,28:114:67:969,0,67,277,3562 0/0/0/0:58,0:60:70:0,70,167,330,1822 0/0/0/1:81,24:105:70:825,0,70,270,3329 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:15,58:73:57:2292,204,57,0,452 ./././.:192,0:192:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:111,0:111:0:0,0,0,160,2357 0/0/0/1:95,21:116:99:694,0,104,353,4030 0/0/0/0:132,0:132:0:0,0,0,0,878 0/1/1/1:52,96:148:13:3634,211,13,0,1675 0/0/0/0:31,0:31:1:0,1,51,138,1029 0/0/0/0:119,0:119:0:0,0,0,0,999 0/1/1/1:31,61:92:15:2203,144,15,0,970 0/1/1/1:13,23:36:1:893,48,1,0,436 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:26,69:95:42:2519,202,42,0,833 ./././.:135,0:135:.:0,0,0,0,0 0/0/0/1:23,9:32:13:316,0,13,66,806 0/0/0/0:31,0:34:36:0,36,86,168,775 0/0/1/1:10,11:21:10:397,16,0,10,323 0/1/1/1:5,42:47:59:1712,175,59,0,126 1/1/1/1:0,21:21:26:903,126,63,26,0 0/0/0/1:37,17:54:14:562,0,14,94,1317 0/0/0/0:209,0:209:0:0,0,0,0,3151 0/0/1/1:33,20:53:3:677,3,0,63,1143 0/1/1/1:19,52:71:36:2037,159,36,0,540 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:58,7:65:81:154,0,81,243,2260 0/0/0/1:43,24:67:2:805,0,2,85,1389 0/0/1/1:15,23:38:4:783,42,0,4,481 0/0/0/0:177,0:177:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:123,5:128:25:25,0,202,563,5348 0/0/0/0:94,0:94:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:44,0:46:53:0,53,128,253,1372 0/0/0/1:93,29:122:73:892,0,73,292,3022 0/0/1/1:69,57:126:50:1978,50,0,106,2399 0/0/1/1:42,43:85:51:1508,55,0,51,1439 0/0/0/1:102,41:143:55:1279,0,55,288,3742 0/0/0/0:219,0:219:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:119,37:156:98:1268,0,98,390,4922 0/0/0/1:171,12:183:99:216,0,264,755,6556 ./././.:252,0:252:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:121,0:121:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:126,0:126:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:66,0:66:0:0,0,0,43,1461 0/0/1/1:21,22:43:24:790,30,0,24,680 0/0/0/0:103,0:103:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:235,0:235:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:135,0:135:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:48,104:152:40:3946,269,40,0,1498 0/0/0/0:28,0:28:35:0,35,84,168,1083 0/0/0/0:129,0:129:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:178,0:178:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:146,0:146:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:0,55:55:69:2430,331,166,69,0 0/0/1/1:79,84:163:89:2970,114,0,89,2741 0/0/0/1:143,38:181:99:1293,0,137,501,5976 0/0/1/1:12,14:26:12:526,21,0,12,462 0/0/0/0:15,0:15:0:0,0,3,43,493 0/0/0/0:127,0:127:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:213,105:318:43:3484,0,43,458,5343 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,215,1350 0/0/0/0:1166,0:1166:0:0,0,0,0,1178 +Chr01 371528 . T C 122003 PASS AC=137;AF=0.303;AN=452;BaseQRankSum=0.565;DP=12380;FS=0;MLEAC=138;MLEAF=0.305;MQ=60;MQRankSum=0;QD=12.36;ReadPosRankSum=0;SOR=0.241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/1:63,11:74:78:321,0,78,248,2454 0/1/1/1:9,77:86:99:3167,324,108,0,226 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,155,1007 0/0/0/1:74,32:106:33:1016,0,33,198,2696 0/0/1/1:35,51:86:16:1930,92,0,16,1203 0/0/0/0:167,0:167:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:36,0:36:8:0,8,67,170,1372 0/1/1/1:85,224:309:99:8680,663,139,0,2683 0/0/1/1:81,63:144:46:2215,46,0,133,2902 0/0/0/1:69,37:106:10:1266,0,10,153,2552 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,224 0/0/0/1:54,19:73:38:609,0,38,167,2074 0/1/1/1:51,92:143:9:3436,196,9,0,1684 0/0/0/0:109,0:109:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:97,9:106:99:208,0,143,419,3883 0/0/0/0:140,0:140:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:74,11:85:96:305,0,96,296,2780 0/0/0/0:170,0:170:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:131,123:254:99:4477,140,0,177,4603 0/0/0/0:94,3:97:7:0,7,163,441,3678 0/0/0/1:231,21:252:99:381,0,345,1002,9034 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:30,2:32:34:34,0,46,132,1159 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,161,962 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/1:137,7:144:83:83,0,220,618,5413 0/0/0/0:51,0:51:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:47,40:87:38:1423,38,0,71,1693 0/0/1/1:53,34:87:9:1152,9,0,99,1938 0/0/1/1:21,29:50:12:1077,50,0,12,703 0/1/1/1:20,84:104:88:3362,305,88,0,610 0/0/1/1:45,72:117:9:2641,137,0,9,1467 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:86,39:125:34:1291,0,34,223,3182 0/0/1/1:24,26:50:26:955,36,0,26,852 0/1/1/1:21,41:62:9:1541,95,9,0,688 0/0/1/1:41,40:81:48:1426,48,0,53,1457 0/0/1/1:26,40:66:8:1471,75,0,8,875 0/0/0/1:63,6:69:93:127,0,93,272,2611 0/0/0/1:55,21:76:33:690,0,33,161,2046 0/0/0/1:54,12:66:59:359,0,59,200,2092 0/1/1/1:10,21:31:7:792,52,7,0,319 0/0/1/1:43,63:106:18:2507,114,0,18,1441 0/0/0/0:8,0:8:0:0,0,0,2,251 0/0/0/1:65,8:73:90:211,0,90,272,2562 1/1/1/1:0,57:57:71:2487,343,172,71,0 0/0/0/1:101,13:114:99:329,0,138,419,3910 0/0/0/1:51,27:78:9:883,0,9,116,1905 0/0/0/1:111,9:120:99:136,0,169,486,4461 0/0/0/1:85,32:117:53:1021,0,53,251,3127 0/0/1/1:34,27:61:21:960,21,0,55,1225 0/0/1/1:66,40:106:3:1326,3,0,129,2426 0/0/0/1:46,22:68:15:723,0,15,115,1732 0/0/0/1:53,21:74:30:708,0,30,150,1933 0/0/1/1:57,69:126:50:2584,107,0,50,1918 0/1/1/1:35,71:106:20:2694,172,20,0,1151 0/0/0/1:95,22:117:99:694,0,101,348,3657 0/0/1/1:46,48:94:54:1758,63,0,54,1590 0/0/0/1:121,31:152:99:980,0,119,426,4539 0/0/0/1:25,5:30:29:148,0,29,94,942 0/0/0/1:70,9:79:96:229,0,96,290,2690 0/0/1/1:55,45:100:38:1545,38,0,86,1960 0/0/1/1:22,14:36:4:477,4,0,41,779 0/0/1/1:43,46:89:48:1670,63,0,48,1516 0/0/0/1:56,18:74:44:580,0,44,180,2069 0/0/0/1:91,9:100:99:206,0,133,391,3597 0/0/0/1:79,5:84:87:87,0,124,353,3159 0/1/1/1:5,28:33:34:1121,110,34,0,144 0/1/1/1:10,24:34:12:910,67,12,0,328 0/0/0/0:21,0:21:26:0,26,63,126,815 0/0/1/1:21,28:49:14:1036,47,0,14,730 0/0/1/1:13,8:21:1:271,1,0,25,480 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:93,123:216:62:4485,206,0,62,3147 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:48,24:72:12:814,0,12,114,1788 0/0/1/1:32,36:68:33:1328,52,0,33,1132 0/0/0/0:65,0:65:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:27,12:39:11:392,0,11,72,1022 0/0/0/1:159,37:196:99:1178,0,168,579,6046 0/0/0/1:125,6:131:68:68,0,201,565,4912 0/0/0/1:80,14:94:98:401,0,98,313,3057 0/0/1/1:19,28:47:8:1047,51,0,8,640 0/0/0/1:104,19:123:99:556,0,125,403,4018 0/0/0/0:126,0:126:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:86,0:86:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:143,0:143:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:144,75:219:28:2478,0,28,329,5317 0/0/1/1:79,79:158:97:2839,98,0,97,2725 0/0/0/0:184,0:184:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:189,7:196:19:19,0,310,864,7410 0/0/1/1:76,45:121:1:1501,1,0,150,2751 0/0/0/1:106,20:126:99:602,0,126,409,4113 0/0/1/1:29,29:58:36:1059,36,0,36,1013 0/0/0/1:41,3:44:56:56,0,63,180,1551 0/0/1/1:45,59:104:32:2213,98,0,32,1534 0/0/0/1:165,72:237:73:2452,0,73,442,6139 0/0/0/1:116,19:135:99:544,0,146,461,4486 0/0/0/1:128,29:157:99:890,0,137,468,4836 0/0/0/0:28,0:28:35:0,35,84,168,1083 0/0/0/1:95,34:129:64:1072,0,64,288,3476 0/0/0/0:178,6:184:1:0,1,295,817,6965 0/0/1/1:83,63:146:44:2194,44,0,137,2892 0/1/1/1:14,47:61:41:1856,157,41,0,430 0/0/0/0:163,0:163:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:144,42:186:99:1320,0,125,480,5307 0/0/1/1:12,16:28:8:600,27,0,8,417 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,90,562 0/0/0/0:127,0:127:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:184,140:324:97:4946,97,0,307,6982 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,215,1350 0/0/0/1:774,313:1087:99:10301,0,420,2193,28772 +Chr01 371553 . A C 84844.9 PASS AC=82;AF=0.181;AN=452;BaseQRankSum=0.67;DP=12382;FS=0;MLEAC=82;MLEAF=0.181;MQ=60;MQRankSum=0;QD=12.93;ReadPosRankSum=0;SOR=0.309 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:74,0:74:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:24,63:87:39:2408,186,39,0,808 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,155,1007 0/0/0/0:106,0:106:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:41,46:87:41:1619,66,0,41,1364 0/0/0/0:167,0:167:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,216,1415 0/1/1/1:85,224:309:99:8593,663,139,0,2738 0/0/1/1:81,63:144:47:2192,47,0,132,2894 0/0/0/1:69,37:106:10:1237,0,10,153,2549 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,224 0/0/0/1:54,19:73:38:603,0,38,167,2074 0/0/0/1:136,7:143:81:81,0,218,614,5688 0/0/0/0:109,0:109:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:106,0:106:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:140,0:140:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:170,0:170:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:131,123:254:99:4353,139,0,176,4608 0/0/0/0:97,0:97:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:252,0:252:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:32,0:32:29:0,29,81,172,1255 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,161,962 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:51,0:51:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:47,41:88:41:1436,41,0,68,1655 0/0/1/1:53,34:87:9:1146,9,0,100,1994 0/0/1/1:20,30:50:7:1103,55,0,7,685 0/1/1/1:25,79:104:64:3028,257,64,0,783 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:86,40:126:31:1301,0,31,219,3208 0/0/0/0:50,0:50:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:29,33:62:28:1142,48,0,28,967 0/0/0/1:54,28:82:12:850,0,12,126,1953 0/0/1/1:26,40:66:8:1472,75,0,8,875 0/0/0/0:69,0:69:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:76,0:76:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,186,1247 0/0/1/1:44,62:106:23:2281,109,0,23,1658 0/0/0/0:8,0:8:0:0,0,0,2,251 0/0/0/1:65,8:73:90:205,0,90,272,2586 0/1/1/1:2,56:58:2:2277,258,93,0,2 0/0/0/0:114,0:114:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:121,0:121:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:35,26:61:17:902,17,0,60,1254 0/0/0/1:93,13:106:99:339,0,124,381,3712 0/0/0/1:46,22:68:15:713,0,15,115,1732 0/0/0/0:74,0:74:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:72,55:127:40:1888,40,0,117,2498 0/1/1/1:38,68:106:6:2534,144,6,0,1243 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:51,44:95:43:1549,43,0,76,1848 0/0/0/0:152,0:152:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:25,5:30:29:148,0,29,94,951 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:100,0:100:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,216,1444 0/0/1/1:43,46:89:48:1657,63,0,48,1528 0/0/0/1:56,18:74:45:543,0,45,181,2106 0/0/0/0:100,0:100:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:15,18:33:13:653,28,0,13,515 0/1/1/1:10,24:34:13:914,68,13,0,297 0/0/0/0:21,0:21:26:0,26,63,126,815 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:21,0:21:26:0,26,63,126,812 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:148,69:217:53:2191,0,53,378,5577 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:72,0:72:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:32,36:68:33:1299,52,0,33,1132 0/0/0/0:65,0:65:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1552 0/0/0/1:159,37:196:99:1160,0,169,582,6118 0/0/0/0:131,0:131:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:80,14:94:99:401,0,99,315,3145 0/0/1/1:19,28:47:8:996,50,0,8,652 0/0/0/1:104,19:123:99:556,0,126,404,4026 0/0/0/0:126,0:126:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:86,0:86:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:143,0:143:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:144,76:220:25:2506,0,25,323,5333 0/0/0/1:120,38:158:97:1190,0,97,390,4709 0/0/0/0:184,0:184:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:197,0:197:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:76,46:122:5:1540,5,0,148,2795 0/0/0/1:106,21:127:99:618,0,123,405,4133 0/0/1/1:31,27:58:27:944,27,0,45,1076 0/0/0/1:41,3:44:56:56,0,63,181,1631 0/0/1/1:45,59:104:32:2143,98,0,32,1567 0/0/0/1:165,72:237:75:2292,0,75,445,6182 0/0/0/1:116,19:135:99:544,0,147,462,4506 0/0/0/0:157,0:157:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:28,0:28:35:0,35,84,168,1083 0/0/0/1:95,34:129:65:1110,0,65,291,3597 0/0/0/0:184,0:184:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:83,63:146:44:2175,44,0,136,2908 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:163,0:163:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:186,0:186:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:28,0:28:35:0,35,84,168,1071 0/0/0/0:14,0:14:17:0,17,42,84,546 0/0/0/0:127,0:127:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:184,141:325:99:4909,100,0,306,7023 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,215,1350 0/0/0/1:795,291:1086:99:9247,0,522,2396,29849 +Chr01 371577 . C T 326016 PASS AC=285;AF=0.631;AN=452;BaseQRankSum=0.561;DP=12443;FS=0;MLEAC=291;MLEAF=0.644;MQ=60;MQRankSum=0;QD=26.3;ReadPosRankSum=0;SOR=1.598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1/1/1:16,58:74:55:2258,201,55,0,469 0/1/1/1:9,78:87:99:3201,329,110,0,212 0/0/1/1:12,14:26:11:507,21,0,11,423 0/0/0/1:73,32:105:32:1029,0,32,194,2697 1/1/1/1:0,87:87:99:3909,524,262,109,0 0/1/1/1:60,136:196:59:5150,363,59,0,1975 0/0/0/0:36,0:36:8:0,8,66,170,1394 1/1/1/1:0,309:309:99:13556,1860,930,386,0 1/1/1/1:0,144:144:99:6208,867,433,180,0 1/1/1/1:0,106:106:99:4473,638,319,132,0 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,224 0/1/1/1:3,70:73:20:2880,320,114,0,20 0/1/1/1:11,132:143:99:5547,577,199,0,228 0/0/0/1:97,12:109:99:308,0,135,405,3846 0/0/0/1:73,33:106:29:1089,0,29,190,2703 0/0/0/1:108,32:140:94:1009,0,94,363,4172 0/1/1/1:20,65:85:54:2520,215,54,0,600 0/0/0/1:109,62:171:5:2069,0,5,223,3999 0/1/1/1:33,221:254:99:8849,897,290,0,904 0/0/0/1:74,23:97:61:718,0,61,243,2848 0/0/1/1:129,124:253:99:4420,147,0,167,4449 0/0/1/1:75,69:144:76:2449,76,0,104,2699 1/1/1/1:0,32:32:40:1337,193,96,40,0 1/1/1/1:0,27:27:34:1128,163,81,34,0 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/1:111,33:144:96:1032,0,96,371,4319 0/0/0/1:35,16:51:13:528,0,13,91,1322 0/0/1/1:47,41:88:41:1448,41,0,68,1655 0/1/1/1:13,74:87:91:2903,291,91,0,372 1/1/1/1:0,50:50:62:2198,301,151,62,0 0/1/1/1:20,84:104:88:3358,305,88,0,598 0/0/1/1:43,72:117:4:2891,140,0,4,1593 0/0/0/1:45,3:48:51:51,0,70,200,1805 0/0/1/1:46,71:117:13:2614,133,0,13,1513 1/1/1/1:0,126:126:99:5308,758,379,157,0 0/0/1/1:24,26:50:26:936,36,0,26,808 1/1/1/1:0,62:62:77:2790,373,187,77,0 1/1/1/1:0,82:82:99:3649,494,247,102,0 0/1/1/1:6,60:66:88:2437,258,88,0,140 0/0/0/1:63,5:68:91:91,0,96,276,2491 0/1/1/1:14,62:76:67:2445,229,67,0,423 0/0/0/1:54,12:66:59:365,0,59,200,2116 0/1/1/1:10,21:31:7:791,52,7,0,331 0/0/1/1:43,63:106:18:2516,114,0,18,1477 0/1/1/1:1,7:8:9:278,29,9,0,27 1/1/1/1:2,71:73:48:2914,378,168,48,0 1/1/1/1:0,58:58:72:2532,349,175,72,0 0/0/0/1:72,41:113:2:1380,0,2,145,2566 0/1/1/1:27,51:78:9:1907,115,9,0,878 0/0/0/1:79,42:121:13:1391,0,13,177,2948 0/1/1/1:9,108:117:99:4416,472,163,0,175 0/0/1/1:34,27:61:21:945,21,0,55,1225 1/1/1/1:0,106:106:99:4542,638,319,132,0 0/1/1/1:8,60:68:82:2402,248,82,0,199 0/0/1/1:38,36:74:42:1281,42,0,50,1321 0/1/1/1:40,87:127:33:3343,223,33,0,1297 0/1/1/1:16,90:106:99:3657,353,110,0,460 1/1/1/1:0,117:117:99:4897,704,352,146,0 0/0/1/1:46,49:95:52:1804,66,0,52,1630 0/0/1/1:70,82:152:65:2968,124,0,65,2411 1/1/1/1:0,30:30:37:1253,181,90,37,0 0/0/1/1:30,49:79:4:1815,95,0,4,1003 0/1/1/1:26,74:100:52:2857,229,52,0,837 0/1/1/1:9,27:36:20:1040,86,20,0,288 0/1/1/1:15,74:89:85:2932,281,85,0,444 1/1/1/1:0,74:74:92:3094,445,223,92,0 0/0/0/1:91,9:100:99:199,0,133,390,3577 0/0/0/1:79,5:84:80:80,0,124,353,3171 0/1/1/1:5,28:33:34:1146,110,34,0,132 0/1/1/1:10,24:34:12:912,67,12,0,328 0/0/0/1:17,4:21:18:122,0,18,62,665 0/0/1/1:21,28:49:12:1023,48,0,12,666 0/0/1/1:13,8:21:1:271,1,0,25,480 0/0/1/1:32,22:54:10:756,10,0,58,1174 0/1/1/1:13,204:217:99:8379,910,320,0,210 0/0/1/1:33,20:53:2:676,2,0,64,1195 0/0/1/1:29,43:72:12:1579,78,0,12,983 1/1/1/1:0,68:68:85:2895,409,205,85,0 0/1/1/1:7,59:66:83:2317,247,83,0,177 0/0/0/1:56,32:88:2:1074,0,2,113,2020 0/0/0/1:27,12:39:11:387,0,11,72,998 0/0/1/1:95,101:196:99:3688,137,0,108,3378 0/1/1/1:34,98:132:70:3786,305,70,0,1093 1/1/1/1:0,94:94:99:3927,566,283,117,0 0/1/1/1:3,44:47:52:1772,196,68,0,52 0/0/1/1:72,51:123:27:1779,27,0,127,2625 0/0/0/1:89,37:126:45:1218,0,45,247,3316 0/0/0/1:63,23:86:41:744,0,41,189,2338 0/0/1/1:56,87:143:15:3192,164,0,15,1865 0/1/1/1:33,187:220:99:7408,735,230,0,934 1/1/1/1:0,158:158:99:6858,951,476,197,0 0/1/1/1:13,177:190:99:7082,782,273,0,244 0/0/0/1:142,55:197:83:1790,0,83,411,5283 1/1/1/1:0,122:122:99:5245,734,367,152,0 0/1/1/1:25,102:127:99:4026,368,105,0,711 0/0/1/1:29,29:58:36:1050,36,0,36,1025 0/0/1/1:22,22:44:27:787,28,0,27,755 1/1/1/1:0,104:104:99:4680,626,313,130,0 1/1/1/1:0,237:237:99:10087,1427,713,296,0 0/0/1/1:55,80:135:24:2958,144,0,24,1847 0/0/1/1:81,76:157:87:2706,87,0,108,2823 0/0/1/1:17,11:28:3:375,3,0,32,626 0/1/1/1:18,111:129:99:4420,445,142,0,474 0/0/1/1:88,96:184:95:3463,134,0,95,3093 1/1/1/1:0,146:146:99:6312,879,439,182,0 0/1/1/1:14,47:61:41:1820,157,41,0,442 0/0/0/1:131,32:163:99:981,0,134,471,5035 1/1/1/1:0,186:186:99:7883,1120,560,232,0 1/1/1/1:0,28:28:35:1170,169,84,35,0 1/1/1/1:0,14:14:17:573,84,42,17,0 0/1/1/1:37,89:126:45:3360,248,45,0,1212 0/0/1/1:184,141:325:99:4970,101,0,304,6935 0/0/0/1:30,6:36:35:177,0,35,114,1180 0/1/1/1:389,698:1087:60:26067,1476,60,0,12837 +Chr01 371588 . 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A G 81343.2 PASS AC=86;AF=0.19;AN=452;BaseQRankSum=0.022;DP=14659;FS=0;MLEAC=87;MLEAF=0.192;MQ=60;MQRankSum=0;QD=10.07;ReadPosRankSum=0;SOR=0.176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/1/1:31,36:67:30:1258,53,0,30,1082 0/0/0/1:37,12:49:29:383,0,29,119,1427 0/0/0/0:55,0:55:0:0,0,82,238,2092 0/0/0/0:178,0:178:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:114,0:114:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:85,39:124:32:1264,0,32,218,3131 0/0/0/1:126,11:137:99:236,0,188,548,5007 0/0/0/0:201,0:201:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:121,0:121:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:12,23:35:4:796,50,4,0,401 0/0/0/1:119,45:164:75:1429,0,75,354,4456 1/1/1/1:0,43:43:54:1784,259,129,54,0 0/0/0/1:243,64:307:99:1964,0,234,848,9338 0/0/1/1:69,52:121:35:1808,35,0,116,2494 0/0/0/0:176,0:176:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:93,17:110:99:492,0,113,363,3666 0/0/1/1:53,42:95:33:1468,33,0,86,1892 0/0/0/1:57,5:62:85:108,0,85,248,2280 0/0/0/0:195,0:195:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:111,0:111:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:67,0:67:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/1/1/1:2,10:12:11:349,37,11,0,59 0/0/0/1:147,38:185:99:1132,0,145,520,5619 0/0/0/0:33,0:33:41:0,41,99,197,1090 0/0/0/1:65,21:86:51:670,0,51,209,2451 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1557 0/0/0/0:140,0:140:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:78,84:162:87:2985,115,0,87,2770 0/0/0/1:53,9:62:66:244,0,66,210,2093 0/0/0/1:94,45:139:30:1491,0,30,234,3514 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:162,0:162:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:91,0:91:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:189,0:189:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:86,9:95:99:214,0,124,367,3395 0/0/1/1:47,59:106:37:2146,95,0,37,1600 0/0/0/0:98,0:98:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:133,33:166:99:1014,0,135,477,5167 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:83,61:144:36:2027,36,0,143,3022 0/0/0/1:16,2:18:22:52,0,22,67,636 0/0/0/0:43,0:43:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:80,93:173:77:3320,138,0,77,2813 0/0/0/0:95,0:95:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:332,63:395:99:1763,0,397,1285,13022 0/0/0/1:108,6:114:70:70,0,172,487,4292 0/0/0/0:131,0:131:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:210,97:307:78:3205,0,78,539,7889 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,35,186 0/0/1/1:166,157:323:99:5513,180,0,223,5901 0/0/0/1:183,33:216:99:920,0,223,716,7175 0/0/0/0:170,0:170:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:85,18:103:96:506,0,96,321,3301 0/0/0/0:213,0:213:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:101,0:101:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:35,44:79:27:1533,70,0,27,1181 0/0/0/0:103,0:103:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:149,0:149:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:99,5:104:55:55,0,159,447,3937 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:67,74:141:71:2643,105,0,71,2350 0/0/0/1:130,60:190:48:1971,0,48,333,4838 0/0/0/1:63,3:66:29:29,0,102,285,2503 0/0/0/1:101,21:122:99:625,0,115,382,3942 0/0/1/1:15,21:36:8:769,37,0,8,494 0/0/0/0:9,0:9:11:0,11,27,53,323 0/0/0/0:147,0:147:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:82,43:125:16:1380,0,16,187,3041 0/0/0/1:237,95:332:99:3064,0,131,675,8931 0/1/1/1:45,116:161:68:4297,335,68,0,1428 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:114,18:132:99:501,0,146,457,4455 0/0/0/1:38,14:52:25:441,0,25,114,1444 0/0/1/1:110,77:187:38:2586,38,0,195,3964 0/0/0/1:84,30:114:58:944,0,58,258,3211 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:118,14:132:99:353,0,165,495,4653 0/0/0/1:210,35:245:99:940,0,265,836,8228 0/0/1/1:95,65:160:28:2209,28,0,171,3475 0/0/0/1:92,17:109:99:493,0,111,357,3569 0/0/0/1:154,27:181:99:761,0,190,605,6028 0/0/0/0:42,0:42:15:0,15,85,206,1647 0/0/0/0:200,0:200:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:243,0:243:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:121,79:200:24:2624,24,0,225,4430 0/0/0/0:115,0:115:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:180,73:253:97:2361,0,97,510,6794 0/0/0/1:138,24:162:99:569,0,173,547,5427 0/0/0/0:37,0:37:46:0,46,111,222,1495 0/0/0/0:150,0:150:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:81,0:81:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:54,19:73:38:612,0,38,167,2050 0/0/0/1:76,20:96:74:608,0,74,267,2947 0/0/1/1:124,109:233:99:3668,107,0,182,4439 0/0/0/0:200,0:200:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,216,1427 0/0/0/1:42,18:60:20:591,0,20,114,1557 0/0/0/0:110,0:110:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:138,0:138:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:10,38:48:37:1480,134,37,0,298 0/0/1/1:44,53:97:38:1922,82,0,38,1514 0/0/0/1:45,26:71:1:861,0,1,91,1631 0/0/0/0:996,0:996:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 371691 . 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T C 282795 PASS AC=287;AF=0.635;AN=452;BaseQRankSum=1.16;DP=11581;FS=0;MLEAC=288;MLEAF=0.637;MQ=60;MQRankSum=0;QD=25.17;ReadPosRankSum=0;SOR=1.536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1/1/1:15,101:116:99:3934,409,132,0,453 0/0/0/1:97,29:126:84:892,0,84,324,3962 0/0/0/0:7,0:7:9:0,9,21,42,268 1/1/1/1:0,124:124:99:5135,745,373,155,0 0/1/1/1:16,168:184:99:6538,721,246,0,351 0/1/1/1:17,68:85:68:2609,242,68,0,578 0/0/1/1:37,23:60:4:768,4,0,71,1484 0/0/1/1:123,73:196:5:2376,5,0,234,4036 0/1/1/1:33,61:94:9:2220,135,9,0,1006 0/1/1/1:8,143:151:83:5722,644,228,0,83 0/0/1/1:8,8:16:10:274,10,0,10,286 0/1/1/1:2,9:11:10:353,33,10,0,60 0/0/0/1:71,7:78:99:162,0,103,303,2738 1/1/1/1:0,22:22:27:907,132,66,27,0 0/0/1/1:63,97:160:19:3510,181,0,19,2353 0/0/0/1:113,32:145:99:1003,0,103,386,4745 1/1/1/1:0,34:34:42:1420,205,102,42,0 1/1/1/1:0,58:58:72:2366,348,174,72,0 0/0/0/1:224,84:308:99:2693,0,142,667,8780 0/0/1/1:47,71:118:17:2547,129,0,17,1692 1/1/1/1:0,74:74:92:3014,443,222,92,0 1/1/1/1:0,55:55:69:2273,331,166,69,0 0/1/1/1:12,21:33:2:781,45,2,0,335 1/1/1/1:0,2:2:2:84,12,6,2,0 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/1/1/1:23,62:85:40:2374,186,40,0,819 1/1/1/1:0,8:8:10:334,48,24,10,0 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:22,11:33:6:366,0,6,52,789 1/1/1/1:0,11:11:14:459,66,33,14,0 0/0/0/1:61,30:91:18:935,0,18,148,2304 0/0/0/1:154,6:160:22:22,0,253,706,6701 0/0/1/1:26,23:49:23:781,23,0,38,1023 1/1/1/1:0,29:29:36:1211,175,87,36,0 0/0/1/1:50,53:103:56:1905,72,0,56,1631 1/1/1/1:0,22:22:27:875,131,66,27,0 0/0/1/1:65,79:144:55:2812,123,0,55,2089 0/1/1/1:22,146:168:99:5760,592,191,0,544 0/0/1/1:32,20:52:4:679,4,0,61,1214 0/0/1/1:68,82:150:61:2936,126,0,61,2603 1/1/1/1:0,184:184:99:7573,1105,553,230,0 0/0/1/1:23,38:61:2:1392,74,0,2,851 1/1/1/1:0,49:49:61:2014,294,147,61,0 0/0/1/1:53,66:119:43:2375,105,0,43,1914 0/0/1/1:34,28:62:25:972,25,0,51,1138 0/1/1/1:27,72:99:45:2717,214,45,0,843 0/1/1/1:9,34:43:33:1180,117,33,0,225 0/1/1/1:83,173:256:54:6430,428,54,0,3019 1/1/1/1:0,44:44:55:1806,264,132,55,0 0/1/1/1:27,52:79:10:1933,119,10,0,987 0/1/1/1:30,329:359:99:13009,1423,488,0,759 0/1/1/1:16,59:75:55:2250,204,55,0,462 0/1/1/1:9,76:85:99:2970,319,106,0,215 0/0/0/1:71,7:78:99:162,0,103,303,2887 1/1/1/1:0,47:47:59:1907,282,141,59,0 0/0/0/1:151,50:201:99:1544,0,116,481,6100 0/0/0/1:111,21:132:99:588,0,132,427,4356 1/1/1/1:0,84:84:99:3452,504,252,105,0 0/0/1/1:47,38:85:31:1288,31,0,75,1775 1/1/1/1:0,53:53:66:2214,319,160,66,0 0/1/1/1:11,113:124:99:4443,489,167,0,178 0/0/1/1:38,23:61:2:746,2,0,73,1365 0/1/1/1:1,14:15:18:561,62,22,0,18 1/1/1/1:0,92:92:99:3799,553,276,115,0 0/0/1/1:28,23:51:21:809,21,0,41,841 0/1/1/1:19,56:75:41:2111,175,41,0,597 0/0/1/1:39,41:80:45:1460,55,0,45,1514 0/0/1/1:21,22:43:24:778,29,0,24,816 0/0/0/1:66,27:93:34:847,0,34,184,2530 0/0/0/0:10,0:10:12:0,12,30,60,379 0/1/1/1:7,17:24:9:647,48,9,0,252 1/1/1/1:0,3:3:4:125,18,9,4,0 1/1/1/1:0,8:8:10:334,48,24,10,0 0/0/1/1:18,14:32:10:488,10,0,30,714 0/0/0/1:149,15:164:99:338,0,217,639,6210 0/0/0/1:112,39:151:80:1254,0,80,348,4660 1/1/1/1:1,69:70:50:2840,375,169,50,0 0/0/1/1:7,6:13:6:211,6,0,10,241 0/1/1/1:7,27:34:26:1052,95,26,0,205 1/1/1/1:2,113:115:63:4485,589,255,63,0 1/1/1/1:0,67:67:84:2754,402,201,84,0 0/0/1/1:113,74:187:24:2495,24,0,210,4307 0/1/1/1:45,190:235:99:7372,691,199,0,1505 0/1/1/1:34,103:137:83:3967,335,83,0,896 0/0/1/1:15,13:28:13:459,13,0,22,584 0/0/0/1:81,45:126:7:1496,0,7,171,3074 0/0/1/1:74,55:129:36:1910,36,0,124,2661 0/0/1/1:35,24:59:11:813,11,0,63,1392 0/1/1/1:8,47:55:59:1856,186,59,0,253 0/1/1/1:20,68:88:60:2849,229,60,0,695 0/1/1/1:21,39:60:7:1456,88,7,0,616 1/1/1/1:0,39:39:49:1617,235,117,49,0 0/1/1/1:6,32:38:38:1261,124,38,0,194 0/0/1/1:31,47:78:9:1739,87,0,9,912 0/0/1/1:36,45:81:29:1624,72,0,29,1360 0/0/0/1:49,3:52:34:34,0,77,217,1914 0/0/0/1:21,11:32:4:367,0,4,47,705 0/1/1/1:41,120:161:89:4563,379,89,0,1203 0/1/1/1:8,86:94:99:3443,372,127,0,179 0/0/1/1:76,66:142:64:2298,64,0,113,2933 1/1/1/1:0,116:116:99:4787,697,349,145,0 0/0/0/1:89,27:116:75:854,0,75,296,3705 0/0/1/1:53,34:87:9:1147,9,0,99,1976 0/1/1/1:99,381:480:99:14637,1341,372,0,3378 0/1/1/1:24,43:67:4:1599,92,4,0,741 0/1/1/1:13,48:61:45:1831,167,45,0,444 0/0/1/1:20,27:47:13:986,46,0,13,759 0/1/1/1:14,235:249:99:9304,1050,370,0,247 1/1/1/1:0,27:27:34:1116,163,81,34,0 1/1/1/1:0,86:86:99:3583,518,259,107,0 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,162,1089 0/0/0/0:216,0:216:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:117,69:186:1:2266,1,0,231,4700 0/1/1/1:93,934:1027:99:36984,4008,1365,0,1863 +Chr01 2545144 . 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TAGAGAGAGAAAG T 56193.3 PASS AC=64;AF=0.143;AN=448;BaseQRankSum=0.731;DP=9924;FS=0;MLEAC=63;MLEAF=0.141;MQ=60;MQRankSum=0;QD=12.71;ReadPosRankSum=2.92;SOR=0.177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/1/1:23,15:38:5:561,5,0,43,920 0/0/0/0:184,0:184:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:10,2:12:12:65,0,12,38,425 0/0/0/0:139,0:139:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:141,0:141:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:72,0:72:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:69,0:69:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:124,4:128:1:1,0,206,572,5366 0/0/0/1:86,43:129:22:1569,0,22,205,3496 0/0/1/1:35,22:57:5:818,5,0,67,1403 0/0/0/1:35,2:37:34:34,0,56,157,1511 0/0/0/0:60,0:60:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:36,17:53:12:618,0,12,91,1473 0/0/1/1:27,31:58:26:1221,46,0,26,1040 0/0/0/0:159,0:159:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,187,1395 0/0/0/1:74,40:114:10:1467,0,10,161,2961 0/0/0/0:205,5:210:61:0,61,407,1015,8990 0/0/0/0:88,0:88:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:99,41:140:51:1475,0,51,277,4077 0/0/0/0:24,0:24:30:0,30,72,144,1080 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:17,0:17:21:0,21,51,101,547 0/0/0/0:34,0:34:42:0,42,102,203,1255 0/0/1/1:10,13:23:7:516,22,0,7,381 0/0/0/0:147,0:147:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:16,0:16:20:0,20,48,96,720 0/0/0/0:42,0:42:53:0,53,127,253,1891 0/0/0/0:93,0:93:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,217,1620 0/0/1/1:14,18:32:9:714,30,0,9,468 0/0/0/1:110,29:139:99:958,0,107,388,4630 0/0/0/1:46,20:68:24:720,0,24,134,1961 0/0/0/0:114,0:114:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:109,0:109:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:67,0:67:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:89,10:99:99:279,0,127,377,3834 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:99,0:99:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:101,0:101:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:76,0:76:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:23,31:54:15:1232,53,0,15,872 0/0/0/1:69,5:74:99:109,0,106,305,2946 0/0/0/0:45,0:45:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:71,30:101:35:1062,0,35,196,2926 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:140,0:140:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:106,12:118:99:335,0,151,448,4565 0/0/0/0:34,0:34:42:0,42,102,202,1190 0/0/0/0:46,0:46:0:0,0,0,0,457 0/0/1/1:21,15:36:8:567,8,0,37,837 0/0/0/0:51,0:51:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:136,0:136:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:99,31:130:86:1081,0,86,339,4192 0/0/0/0:98,0:98:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:59,41:100:20:1544,20,0,105,2346 0/0/0/0:9,0:9:10:0,10,24,48,360 0/0/0/0:65,0:65:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:32,0:32:40:0,40,96,193,1438 0/0/0/0:69,0:69:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:68,25:93:44:890,0,44,205,2816 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:30,0:30:37:0,37,90,181,1350 0/0/0/0:75,0:75:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:7,0:7:9:0,9,21,42,266 0/0/0/0:72,0:72:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:104,5:109:65:65,0,168,472,4496 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:50,43:93:41:1636,41,0,75,1970 0/0/0/0:49,0:49:61:0,61,147,295,2205 0/0/0/1:50,6:56:70:171,0,70,210,2151 0/0/1/1:17,20:37:16:789,30,0,16,654 0/0/0/1:61,15:76:62:509,0,62,218,2577 0/0/0/0:26,0:26:30:0,30,72,144,1080 0/0/0/1:36,9:45:36:306,0,36,129,1521 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:112,5:117:55:55,0,182,510,4862 0/0/0/1:8,2:10:8:68,0,8,29,306 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:166,0:166:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:66,68:134:79:2657,89,0,79,2566 0/0/0/1:65,14:79:69:468,0,69,237,2750 0/0/0/1:71,5:76:99:106,0,110,315,3076 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:90,18:108:99:589,0,104,343,3821 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:53,10:63:63:324,0,63,205,2258 0/0/0/1:244,12:256:99:163,0,394,1107,10579 0/0/0/1:37,2:39:32:32,0,59,167,1599 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,235,1755 0/0/0/1:79,22:101:73:759,0,73,272,3308 0/0/0/0:97,0:97:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:77,11:88:99:333,0,102,315,3302 0/0/0/0:67,0:67:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:31,7:38:34:234,0,34,115,1314 0/0/0/0:193,0:193:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:62,32:94:14:1135,0,14,144,2521 0/0/1/1:40,57:97:20:2273,101,0,20,1508 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,185,1177 0/0/0/1:87,30:117:63:1061,0,63,272,3626 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:17,11:28:3:411,3,0,32,673 0/1/1/1:20,43:64:17:1769,114,17,0,725 0/0/0/0:193,0:193:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:77,0:77:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:130,0:130:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:106,560:666:99:23838,2169,668,0,3431 +Chr01 4061760 . 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T A 63453.3 PASS AC=82;AF=0.181;AN=452;BaseQRankSum=3.09;DP=13123;FS=0;MLEAC=83;MLEAF=0.184;MQ=60;MQRankSum=0;QD=10.46;ReadPosRankSum=0;SOR=0.178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,90,552 0/0/0/1:121,11:135:99:239,0,184,533,4941 0/0/0/0:32,0:32:29:0,29,79,168,941 0/0/1/1:47,38:85:34:1323,34,0,68,1335 0/0/0/0:27,0:27:22:0,22,65,140,852 0/0/0/0:189,0:189:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:111,52:163:37:1721,0,37,275,4133 0/0/0/0:248,0:248:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:17,132:149:99:5630,549,181,0,498 0/0/0/0:142,0:142:0:0,0,201,595,4547 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:15,21:36:8:802,36,0,8,524 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:93,0:93:45:0,45,189,446,2937 0/0/0/0:273,0:273:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:420,0:420:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:81,17:98:91:495,0,91,303,3213 0/0/1/1:133,79:213:3:2594,3,0,259,4851 0/0/0/0:296,0:296:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:70,0:70:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:41,37:80:43:1281,43,0,47,853 0/0/1/1:59,43:102:28:1463,28,0,92,1524 0/0/0/0:10,0:10:12:0,12,30,59,327 0/0/0/0:25,0:25:31:0,31,75,149,855 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,224 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:30,6:37:35:176,0,35,115,1080 0/0/0/1:73,15:88:83:494,0,83,277,3063 0/0/0/1:92,6:100:98:98,0,146,414,3756 0/0/0/1:11,2:13:12:34,0,12,40,360 0/0/0/0:182,0:182:0:0,0,0,364,4934 0/0/0/0:148,0:148:0:0,0,128,517,3927 0/0/0/1:54,18:72:41:552,0,41,172,2178 0/0/0/1:62,17:79:56:531,0,56,208,2233 0/0/1/1:48,29:77:2:917,2,0,92,1670 0/0/1/1:20,15:35:10:512,10,0,34,782 0/0/0/0:67,1:68:55:0,55,165,353,2234 0/0/0/0:43,0:43:42:0,42,112,234,1290 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:66,46:113:28:1497,28,0,103,1764 0/0/0/0:139,0:139:40:0,40,227,579,3592 0/0/0/1:59,33:93:7:1055,0,7,129,2257 0/0/0/1:48,11:59:50:298,0,50,170,1786 0/0/0/1:36,8:46:37:230,0,37,124,1064 0/0/0/0:21,0:21:26:0,26,62,124,635 0/0/1/1:27,33:60:18:1145,53,0,18,698 0/0/0/1:28,5:33:32:145,0,32,101,836 0/0/0/1:44,23:67:6:769,0,6,90,1342 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:91,0:91:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:102,21:125:99:543,0,119,390,4047 0/0/0/0:25,0:25:31:0,31,74,148,761 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:47,22:69:14:699,0,14,108,1315 0/0/0/0:104,0:104:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:82,0:82:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:48,30:79:10:952,10,0,76,943 0/0/0/1:69,31:100:31:791,0,31,186,2794 0/0/0/1:31,16:47:4:522,0,4,64,910 0/0/1/1:30,22:52:14:751,14,0,51,1056 0/0/0/0:47,0:51:56:0,56,135,264,1410 0/0/0/0:64,0:64:43:0,43,145,323,1765 0/0/0/1:89,15:104:99:402,0,110,346,3370 0/0/0/1:47,21:68:19:680,0,19,122,1738 0/0/0/0:48,0:48:59:0,59,140,278,1730 0/0/0/1:66,8:74:93:165,0,93,278,2769 0/0/0/1:88,41:130:31:1356,0,31,221,3248 0/0/0/1:42,17:61:26:608,0,26,128,1738 0/0/0/0:98,3:101:5:0,5,168,457,4120 0/0/0/0:23,0:23:29:0,29,69,137,831 ./././.:3,0:3:.:0,0,0,0,0 0/0/0/1:28,10:40:20:322,0,20,86,956 0/0/0/1:82,11:93:99:280,0,110,333,3266 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:81,0:81:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:41,16:57:19:512,0,19,99,831 0/0/0/1:41,12:53:35:348,0,35,132,1338 0/0/0/1:27,12:39:11:372,0,11,69,935 0/0/0/0:105,0:105:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:5,40:45:56:1496,167,56,0,86 0/0/0/0:233,0:233:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:62,24:86:33:746,0,33,166,1900 0/0/0/1:80,34:114:38:1022,0,38,213,2729 0/0/0/1:56,24:80:26:866,0,26,152,2233 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:65,11:76:81:312,0,81,256,2666 0/0/1/1:29,19:48:6:638,6,0,53,1090 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:149,0:149:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:67,0:67:39:0,39,137,316,1932 0/0/0/1:118,19:137:99:536,0,143,446,3823 0/0/0/0:171,0:171:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:118,33:155:99:1005,0,99,376,3621 0/0/0/1:250,40:290:99:1119,0,316,987,9602 0/0/0/1:98,52:154:21:1690,0,21,228,3447 0/0/0/0:32,0:32:40:0,40,96,193,1440 0/0/1/1:43,69:112:3:2456,133,0,3,1238 0/0/1/1:43,73:116:0:2669,144,0,0,1528 0/0/0/0:171,0:171:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:46,0:46:56:0,56,135,268,1666 0/0/0/1:240,16:260:99:247,0,375,1064,9142 0/0/0/0:292,0:292:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:232,0:232:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:64,51:115:46:1792,46,0,88,1677 0/0/0/1:38,15:53:22:458,0,22,107,1323 0/0/0/1:112,8:120:99:147,0,172,491,4524 0/0/0/0:60,0:60:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:69,103:175:12:3651,193,0,12,1569 0/0/1/1:136,94:230:37:2667,37,0,245,5222 0/0/0/1:219,87:312:99:2717,0,120,609,7417 0/0/0/0:343,0:343:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:93,113:206:75:4036,178,0,75,3139 0/0/0/0:1074,0:1074:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4061821 . C A 262238 PASS AC=247;AF=0.546;AN=452;BaseQRankSum=-2.593;DP=13139;FS=0;MLEAC=252;MLEAF=0.558;MQ=60;MQRankSum=0;QD=21.27;ReadPosRankSum=0;SOR=1.385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/1:11,4:15:9:67,0,9,36,424 0/1/1/1:27,109:136:99:3619,378,107,0,857 0/0/0/1:21,11:32:6:250,0,6,51,789 0/0/0/1:69,16:85:74:395,0,74,254,2854 0/1/1/1:4,23:27:28:772,88,28,0,115 1/1/1/1:4,176:180:99:6201,993,488,195,0 0/0/1/1:79,86:165:87:2864,118,0,87,2936 0/1/1/1:76,172:248:69:5455,436,69,0,2432 0/0/0/1:132,17:149:99:498,0,181,549,5630 0/0/1/1:79,63:142:42:1710,42,0,130,2829 0/1/1/1:12,47:59:45:1632,163,45,0,371 0/0/1/1:21,15:36:8:524,8,0,36,802 0/1/1/1:8,70:78:96:2267,284,96,0,188 0/1/1/1:18,75:93:73:2182,255,73,0,543 0/1/1/1:74,199:273:99:6514,581,126,0,2233 0/1/1/1:83,335:418:99:11344,1163,330,0,2522 0/1/1/1:29,69:98:32:2292,182,32,0,1007 0/0/1/1:116,101:217:91:3028,91,0,173,4342 0/1/1/1:53,243:296:99:8278,884,263,0,1540 0/1/1/1:3,49:52:6:1865,219,78,0,6 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:103,0:103:0:0,0,0,30,3145 0/0/0/1:7,3:10:3:87,0,3,19,266 1/1/1/1:0,25:25:31:1125,151,75,31,0 1/1/1/1:0,6:6:7:270,36,18,7,0 0/0/1/1:21,26:47:17:829,41,0,17,692 0/0/1/1:22,16:38:7:412,7,0,39,813 0/1/1/1:16,72:88:79:3013,267,79,0,534 0/1/1/1:7,86:93:99:3063,370,129,0,134 0/0/1/1:6,7:13:6:185,10,0,6,218 0/1/1/1:55,127:182:55:4039,329,55,0,1773 0/1/1/1:47,101:148:33:3228,245,33,0,1569 0/1/1/1:24,48:72:12:1593,113,12,0,826 0/0/1/1:50,31:81:3:848,3,0,97,1901 0/0/1/1:46,32:78:11:875,11,0,84,1783 0/0/1/1:16,19:35:15:640,29,0,15,589 0/0/0/0:75,0:75:0:0,0,0,0,1749 0/0/1/1:17,26:43:6:837,46,0,6,582 0/1/1/1:25,60:85:29:2048,161,29,0,808 1/1/1/1:1,117:118:99:4287,681,340,139,0 0/0/0/1:89,25:114:83:673,0,83,306,3560 0/0/1/1:69,70:139:80:2012,80,0,88,2475 0/1/1/1:33,60:93:4:1851,119,4,0,1184 0/1/1/1:20,39:59:8:1344,89,8,0,702 0/0/0/1:30,16:46:7:406,0,7,70,1155 0/1/1/1:6,15:21:7:399,37,7,0,185 0/0/0/1:50,12:62:53:269,0,53,182,2031 0/0/1/1:20,13:33:3:369,3,0,37,709 0/0/0/1:50,18:68:34:581,0,34,153,1980 0/1/1/1:19,59:78:47:2061,189,47,0,575 0/1/1/1:32,59:91:7:2054,125,7,0,1071 0/1/1/1:39,86:125:33:2907,218,33,0,1313 0/0/0/1:16,9:25:1:278,0,1,33,594 0/1/1/1:6,123:129:38:4322,545,195,0,38 0/0/0/1:53,18:71:42:448,0,42,170,2088 0/1/1/1:23,77:100:63:2368,244,63,0,704 0/1/1/1:6,71:77:99:2484,302,105,0,127 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:32,68:100:25:2314,172,25,0,976 0/0/0/1:39,9:48:43:199,0,43,145,1580 0/0/1/1:26,27:53:27:602,27,0,34,1002 0/0/0/1:39,12:51:33:356,0,33,129,1521 0/0/0/1:42,22:64:10:581,0,10,99,1549 0/0/1/1:50,56:106:51:1844,79,0,51,1755 0/0/1/1:32,37:69:32:1146,53,0,32,1198 0/0/1/1:25,28:53:27:843,38,0,27,886 0/1/1/1:9,65:74:86:2244,262,86,0,206 0/0/1/1:56,75:131:38:2425,122,0,38,2080 0/1/1/1:18,41:59:19:1423,111,19,0,616 1/1/1/1:3,98:101:5:4120,457,168,5,0 0/1/1/1:2,21:23:29:642,85,29,0,46 ./././.:3,0:3:.:0,0,0,0,0 0/0/1/1:20,20:40:24:648,24,0,24,692 0/1/1/1:24,69:93:49:2491,212,49,0,808 0/0/1/1:40,31:71:22:1016,22,0,66,1452 0/1/1/1:5,76:81:84:2857,335,118,0,84 0/0/0/0:50,0:50:62:0,62,150,300,2097 0/0/1/1:34,21:55:4:676,4,0,65,1262 0/0/1/1:24,15:39:2:454,2,0,45,893 0/1/1/1:24,81:105:67:2463,258,67,0,749 0/0/0/0:45,0:45:56:0,56,135,269,1937 0/1/1/1:57,176:233:99:5732,548,135,0,1667 0/0/1/1:48,37:85:22:959,22,0,81,1786 0/0/1/1:44,54:98:36:1631,83,0,36,1614 0/1/1/1:24,56:80:26:2233,152,26,0,866 1/1/1/1:0,66:66:82:2461,392,197,82,0 0/1/1/1:12,62:74:72:2252,235,72,0,359 0/0/1/1:24,25:49:28:781,32,0,28,885 0/0/1/1:37,43:80:34:1453,64,0,34,1198 0/0/0/1:99,50:149:27:1456,0,27,238,3689 0/0/1/1:37,30:67:23:884,23,0,59,1345 0/0/0/1:98,44:142:45:1193,0,45,263,3727 0/1/1/1:23,148:171:99:4769,573,185,0,582 0/0/0/1:111,44:155:69:1066,0,69,329,4348 0/1/1/1:83,209:292:99:6893,575,112,0,2796 0/0/1/1:85,70:155:54:1970,54,0,135,3244 0/0/1/1:17,15:32:14:462,14,0,25,614 0/0/0/1:91,22:113:93:565,0,93,327,3690 0/0/0/1:75,41:116:10:1226,0,10,164,3031 0/0/1/1:95,76:171:54:2191,54,0,153,3371 0/0/1/1:35,23:58:5:607,5,0,66,1289 0/1/1/1:91,173:264:26:5469,373,26,0,2988 1/1/1/1:5,288:293:99:9503,1625,808,328,0 0/1/1/1:30,187:217:99:6181,723,232,0,790 0/0/0/1:97,22:119:99:555,0,106,360,3976 0/0/1/1:26,27:53:31:725,31,0,32,977 0/1/1/1:16,104:120:99:3464,404,131,0,473 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:176,0:176:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:97,135:232:49:4279,230,0,49,3000 0/0/1/1:169,143:312:99:4265,122,0,260,6364 1/1/1/1:0,344:344:99:15070,2069,1035,430,0 0/0/0/1:132,74:206:15:2181,0,15,282,5213 0/1/1/1:313,761:1074:99:25568,2076,384,0,9972 +Chr01 4061852 . T C 26835 PASS AC=55;AF=0.121;AN=456;BaseQRankSum=0.728;DP=13143;FS=0;MLEAC=60;MLEAF=0.132;MQ=60;MQRankSum=0;QD=7.42;ReadPosRankSum=0;SOR=0.075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/1/1:7,8:15:7:289,12,0,7,235 0/0/0/0:136,0:136:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:13,19:32:6:685,34,0,6,447 0/0/0/1:72,13:85:88:375,0,88,281,2867 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,162,1089 0/0/0/0:189,0:189:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:165,0:165:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:172,75:247:78:2423,0,78,463,6412 0/0/0/0:149,0:149:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:97,45:142:37:1426,0,37,249,3622 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,216,1353 0/0/0/1:71,6:77:99:114,0,107,310,2817 0/0/0/0:93,0:93:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:273,0:273:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:421,0:421:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:98,0:98:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:217,0:217:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:296,0:296:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:52,0:52:65:0,65,157,313,2160 0/0/1/1:46,34:80:21:1179,21,0,78,1762 0/0/1/1:55,39:94:21:1335,21,0,95,2043 0/0/1/1:4,6:10:1:221,11,0,1,113 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,156,985 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,239 0/0/0/1:30,17:47:2:570,0,2,62,1101 0/0/0/1:25,13:38:5:433,0,5,57,945 0/0/0/0:88,0:88:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:100,0:100:0:0,0,0,241,3470 0/0/0/1:11,2:13:13:58,0,13,43,440 0/0/0/0:182,0:182:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:148,0:148:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:74,7:81:99:158,0,108,316,2991 0/0/0/1:69,9:78:94:236,0,94,286,2811 0/0/0/0:37,0:37:46:0,46,111,222,1385 0/0/0/1:65,10:75:84:276,0,84,261,2595 0/0/0/0:43,0:43:54:0,54,129,258,1819 0/0/0/1:81,4:85:42:42,0,131,367,3246 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:108,6:114:70:70,0,172,485,4502 0/0/0/0:139,0:139:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:93,0:93:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:37:0,37,136,309,2357 0/0/0/0:46,0:46:0:0,0,55,183,1666 0/0/0/1:15,6:21:8:196,0,8,43,572 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:33,0:33:41:0,41,99,198,1268 0/0/0/1:47,21:68:20:675,0,20,124,1840 0/0/0/1:73,5:78:88:88,0,113,324,2880 0/0/0/0:91,0:91:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:125,0:125:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:11,14:25:8:509,23,0,8,384 0/0/0/0:134,0:134:0:0,0,194,574,5129 0/0/0/1:50,21:71:25:688,0,25,137,1926 0/0/0/0:104,0:104:0:0,0,146,439,3948 0/0/0/0:82,0:82:0:0,0,38,261,3007 0/0/0/1:74,5:79:87:87,0,114,326,2864 0/0/0/0:105,0:105:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:36,12:48:27:360,0,27,115,1426 0/0/0/1:49,4:53:74:82,0,74,214,2000 0/0/1/1:25,26:51:29:932,34,0,29,855 0/0/0/1:56,8:64:74:216,0,74,228,2135 0/0/0/1:76,30:106:44:977,0,44,219,2921 0/0/0/0:69,0:69:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:37,16:53:17:526,0,17,99,1347 0/0/0/0:74,0:74:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:131,0:131:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:102,0:102:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:23,0:23:29:0,29,69,138,922 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,18,99 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1520 0/0/0/0:93,0:93:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:45,26:71:1:873,0,1,91,1643 0/0/0/0:81,0:81:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:48,10:58:54:298,0,54,180,1925 0/0/0/1:40,15:55:25:486,0,25,118,1525 0/0/0/0:39,0:39:0:0,0,0,95,1354 0/0/0/1:95,10:105:99:239,0,136,402,3657 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:227,6:233:68:0,68,447,1114,8922 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:115,0:115:0:0,0,0,0,3122 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:73,0:73:0:0,0,0,114,2416 0/0/0/0:76,0:76:0:0,0,115,329,2862 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:64,16:80:64:492,0,64,228,2400 0/0/0/1:103,46:149:43:1504,0,43,271,3768 0/0/1/1:39,28:67:16:968,16,0,67,1395 0/0/1/1:83,59:142:32:2001,32,0,145,3033 0/0/0/0:172,0:172:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:148,7:155:56:56,0,240,673,6130 0/0/0/0:293,0:293:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:155,0:155:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:17,15:32:15:530,15,0,25,614 0/0/0/1:94,20:114:99:543,0,106,354,3904 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:89,82:171:90:2867,90,0,122,3079 0/0/0/0:58,0:58:0:0,0,0,23,1737 0/0/0/0:264,0:264:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:293,0:293:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:233,0:233:0:0,0,0,610,8149 0/0/0/1:112,7:119:99:110,0,176,501,4732 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:120,0:120:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:48,13:61:45:405,0,45,166,1762 0/0/0/0:176,0:176:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:238,0:238:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:315,0:315:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:344,0:344:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:188,18:206:99:378,0,278,812,7847 0/0/0/0:1073,0:1073:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4061874 . C T 57330.2 PASS AC=78;AF=0.171;AN=456;BaseQRankSum=-0.678;DP=13145;FS=0;MLEAC=82;MLEAF=0.18;MQ=60;MQRankSum=0;QD=9.86;ReadPosRankSum=0;SOR=0.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:15,0:15:14:0,14,33,66,495 0/0/0/1:125,11:136:99:213,0,187,544,5339 0/0/0/0:32,0:32:26:0,26,63,126,945 0/0/0/0:85,0:85:0:0,0,0,0,402 0/0/0/0:27,0:27:5:0,5,12,24,180 0/0/0/0:189,0:189:14:0,14,33,66,495 0/0/0/1:113,52:165:42:1694,0,42,291,4532 0/0/0/0:248,0:248:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:17,132:149:99:5673,549,181,0,498 0/0/0/0:142,0:142:0:0,0,218,621,5437 0/0/0/0:59,0:59:15:0,15,36,72,540 0/0/1/1:15,21:36:8:837,37,0,8,567 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:93,0:93:22:0,22,54,108,810 0/0/0/0:273,0:273:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:421,0:421:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:98,0:98:0:0,0,0,0,2597 0/0/1/1:135,82:217:8:2704,8,0,262,5316 0/0/0/0:296,0:296:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:70,0:70:25:0,25,60,120,900 0/0/1/1:43,37:80:33:1209,33,0,65,1666 0/0/1/1:60,43:103:24:1414,24,0,105,2338 0/0/0/0:10,0:10:9:0,9,21,42,315 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,156,1033 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,239 0/0/0/0:47,0:47:25:0,25,60,120,900 0/0/0/1:32,6:38:38:175,0,38,124,1354 0/0/0/1:73,15:88:83:493,0,83,277,3103 0/0/0/1:94,6:100:97:97,0,147,420,4025 0/0/0/1:11,2:13:13:58,0,13,43,463 0/0/0/0:182,0:182:0:0,0,0,375,6227 0/0/0/0:148,0:148:0:0,0,195,611,5630 0/0/0/1:53,19:72:36:613,0,36,162,2188 0/0/0/1:64,17:81:62:504,0,62,224,2602 0/0/0/1:49,29:78:0:933,0,0,97,1945 0/0/1/1:21,14:35:5:479,5,0,39,814 0/0/0/0:75,0:75:0:0,0,0,152,2562 0/0/0/0:43,0:43:21:0,21,51,102,765 0/0/0/0:85,0:85:31:0,31,75,151,1125 0/0/0/0:135,0:135:22:0,22,54,108,810 0/0/1/1:68,46:114:19:1566,19,0,124,2600 0/0/0/0:139,0:139:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:63,30:93:21:927,0,21,159,2548 0/0/0/1:48,11:59:51:333,0,51,177,1999 0/0/0/1:36,8:44:39:241,0,39,134,1462 0/0/0/0:21,0:21:7:0,7,18,36,270 0/0/1/1:29,33:62:29:1168,48,0,29,1048 0/0/0/1:28,5:33:34:144,0,34,110,1146 0/0/0/1:45,23:68:10:766,0,10,105,1811 0/0/0/0:78,0:78:25:0,25,60,120,900 0/0/0/0:91,0:91:40:0,40,96,193,1440 0/0/0/1:104,21:125:99:609,0,120,396,4332 0/0/0/0:25,0:25:20:0,20,48,96,720 0/0/0/0:134,0:134:14:0,14,33,66,495 0/0/0/1:49,22:71:20:701,0,20,129,1979 0/0/0/0:104,0:104:32:0,32,78,157,1170 0/0/0/0:82,0:82:14:0,14,33,66,495 0/0/1/1:49,30:79:3:983,3,0,95,1813 0/0/0/1:76,24:100:61:739,0,61,245,2991 0/0/0/1:32,16:48:8:520,0,8,76,1268 0/0/1/1:31,22:53:12:723,12,0,55,1235 0/0/0/0:51,0:51:49:0,49,117,235,1755 0/0/0/0:64,0:64:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:90,16:106:99:460,0,110,353,3828 0/0/0/1:48,21:69:21:679,0,21,129,1938 0/0/0/0:48,0:48:60:0,60,144,289,2147 0/0/0/0:74,0:74:0:0,0,0,178,2590 0/0/0/1:90,41:131:37:1291,0,37,236,3633 0/0/0/1:44,17:61:26:608,0,26,128,1784 0/0/0/0:102,0:102:16:0,16,182,474,3974 0/0/0/0:23,0:23:2:0,2,6,12,90 0/1/1/1:1,2:3:1:81,5,1,0,36 0/0/0/1:30,10:40:23:320,0,23,95,1223 0/0/0/1:82,11:93:99:267,0,111,339,3479 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:81,0:81:6:0,6,15,30,225 0/0/0/1:42,16:58:26:519,0,26,124,1644 0/0/0/1:43,12:55:40:375,0,40,148,1774 0/0/0/1:27,12:39:11:371,0,11,72,1073 0/0/0/0:105,0:105:30:0,30,72,144,1080 0/1/1/1:7,39:46:48:1490,153,48,0,194 0/0/0/0:233,0:233:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:64,24:88:40:742,0,40,191,2555 0/0/0/1:82,33:115:46:998,0,46,235,3302 0/0/0/1:56,24:80:26:866,0,26,153,2306 0/0/0/0:73,0:73:9:0,9,21,42,315 0/0/0/1:65,11:76:81:312,0,81,258,2768 0/0/1/1:29,20:49:9:676,9,0,52,1119 0/0/0/0:80,0:80:45:0,45,108,217,1620 0/0/0/0:149,0:149:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:67,0:67:49:0,49,117,235,1755 0/0/0/1:123,19:142:99:502,0,159,495,5170 0/0/0/0:172,0:172:30:0,30,72,144,1080 0/0/0/1:122,33:155:99:944,0,116,426,4895 0/0/0/1:253,40:293:99:1114,0,325,1016,10680 0/0/0/1:103,52:155:25:1682,0,25,243,4050 0/0/0/0:32,0:32:21:0,21,51,102,765 0/0/1/1:44,70:114:9:2533,133,0,9,1630 0/0/1/1:43,73:116:1:2688,144,0,1,1579 0/0/0/0:171,0:171:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:48,0:48:60:0,60,144,286,2015 0/0/0/1:248,16:264:99:207,0,389,1108,10501 0/0/0/0:293,0:293:1:0,1,3,6,45 0/0/0/0:233,0:233:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:68,51:119:33:1656,33,0,115,2548 0/0/0/1:38,15:53:23:458,0,23,111,1538 0/0/0/1:112,8:120:99:134,0,173,496,4829 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:77,6:83:99:154,0,101,307,3253 0/0/0/1:163,69:232:79:2142,0,79,441,6127 0/0/0/1:225,87:312:99:2676,0,136,661,8997 0/0/0/0:348,0:348:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:93,113:206:82:3964,175,0,82,3560 0/0/0/0:1073,0:1073:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4061882 . 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T G 109722 PASS AC=164;AF=0.36;AN=456;BaseQRankSum=0.309;DP=8509;FS=0;MLEAC=163;MLEAF=0.357;MQ=60;MQRankSum=0;QD=14.75;ReadPosRankSum=0;SOR=0.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1564 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,18,125 0/0/0/1:32,14:46:14:506,0,14,86,1316 0/0/1/1:58,64:122:62:2513,91,0,62,2243 0/0/0/1:52,7:59:70:208,0,70,215,2233 0/0/1/1:101,79:180:60:3013,60,0,165,4003 0/0/0/1:82,5:87:92:92,0,129,367,3557 0/0/1/1:94,108:202:93:4226,159,0,93,3622 0/0/1/1:10,16:26:2:642,31,0,2,372 0/0/1/1:35,53:88:12:2120,98,0,12,1307 0/0/0/1:47,21:68:20:760,0,20,124,1930 0/1/1/1:6,25:31:26:1058,91,26,0,203 0/0/1/1:69,43:112:8:1598,8,0,132,2768 0/0/1/1:51,31:82:4:1148,4,0,99,2048 0/0/0/0:126,0:126:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:51,0:51:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:12,16:28:8:636,27,0,8,456 0/1/1/1:61,116:177:21:4708,262,21,0,2233 0/0/0/1:160,12:172:99:268,0,246,706,6928 0/0/0/1:46,20:66:21:722,0,21,124,1892 0/0/0/1:140,52:192:90:1852,0,90,420,5792 0/1/1/1:38,74:112:16:3009,172,16,0,1389 0/0/0/0:13,0:13:0:0,0,0,32,459 1/1/1/1:0,4:4:5:180,24,12,5,0 0/0/0/0:7,0:7:9:0,9,21,42,292 0/0/0/1:47,7:54:62:214,0,62,191,2014 0/0/0/1:42,14:56:32:493,0,32,134,1753 0/0/0/1:84,12:96:99:363,0,112,344,3603 1/1/1/1:0,3:3:4:135,18,9,4,0 0/0/0/1:121,8:129:99:161,0,189,539,5246 0/0/1/1:47,32:79:14:1202,14,0,85,1877 0/0/0/1:10,2:12:12:65,0,12,38,425 0/0/0/1:79,35:114:34:1266,0,34,210,3246 0/0/0/1:75,36:111:24:1304,0,24,186,3065 0/1/1/1:12,62:74:73:2640,239,73,0,390 0/0/1/1:48,44:92:48:1703,48,0,67,1883 0/0/1/1:70,54:124:39:2051,39,0,116,2777 0/0/1/1:22,15:37:6:564,6,0,40,879 0/0/0/1:38,18:56:13:654,0,13,95,1548 0/0/1/1:19,18:37:21:699,21,0,25,744 0/0/0/0:140,4:144:19:0,19,253,668,6094 0/0/0/1:43,18:61:22:648,0,22,119,1773 0/0/1/1:38,51:89:25:2027,87,0,25,1442 0/0/0/1:62,4:66:78:78,0,97,277,2688 0/0/0/1:22,8:30:15:284,0,15,67,914 0/1/1/1:18,53:71:39:2210,167,39,0,635 0/0/0/1:35,20:55:1:736,0,1,72,1411 0/0/0/1:60,3:63:42:42,0,97,272,2607 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,167 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1644 0/0/0/1:65,9:74:87:270,0,87,267,2790 0/0/1/1:23,22:45:26:855,26,0,30,900 0/0/1/1:17,25:42:7:999,45,0,7,639 0/0/0/0:14,0:14:17:0,17,42,84,573 0/0/1/1:31,24:55:18:914,18,0,51,1223 0/0/0/1:74,33:107:31:1194,0,31,196,3039 0/0/0/1:76,16:92:86:529,0,86,286,3223 0/1/1/1:30,69:99:31:2838,186,31,0,1083 0/0/0/1:75,10:85:99:296,0,102,310,3221 0/0/0/1:71,14:85:83:457,0,83,272,3022 0/0/0/1:16,8:24:4:292,0,4,38,652 0/0/1/1:36,35:71:42:1361,42,0,47,1406 0/0/0/1:20,9:29:8:326,0,8,52,821 0/0/1/1:29,25:54:24:962,24,0,43,1142 0/0/0/1:29,2:31:42:42,0,45,129,1257 0/0/0/1:26,4:30:34:123,0,34,105,1113 0/0/0/1:50,5:55:73:132,0,73,215,2157 0/0/1/1:63,47:110:31:1784,31,0,107,2504 0/0/0/1:37,4:41:53:110,0,53,157,1595 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,90,627 0/0/1/1:3,2:5:1:75,1,0,6,120 0/0/0/0:19,0:19:24:0,24,57,114,755 0/0/0/1:28,5:33:34:160,0,34,110,1195 0/0/1/1:53,32:85:3:1184,3,0,103,2129 0/0/0/1:117,13:130:99:361,0,167,496,5041 0/0/0/0:41,0:41:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:6,15:21:8:620,43,8,0,215 0/0/0/1:7,4:11:0:147,0,0,14,282 0/0/0/1:16,7:23:7:253,0,7,43,658 0/0/1/1:9,9:18:11:351,11,0,11,351 0/1/1/1:22,41:63:6:1661,91,6,0,806 0/0/0/0:59,0:59:37:0,37,136,309,2381 0/0/0/1:113,4:117:15:15,0,187,520,4920 0/0/1/1:24,23:47:27:894,27,0,32,939 0/0/0/1:14,3:17:16:99,0,16,52,594 0/0/0/1:22,8:30:15:284,0,15,67,914 0/1/1/1:26,71:97:47:2950,215,47,0,925 0/0/0/1:41,11:52:39:378,0,39,143,1728 0/0/1/1:25,41:66:3:1646,79,0,3,926 0/0/0/0:48,0:48:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:51,39:90:28:1484,28,0,85,2024 0/0/1/1:84,80:164:93:3106,93,0,112,3286 0/0/1/1:68,40:108:1:1475,1,0,134,2735 0/0/1/1:34,40:74:32:1577,61,0,32,1307 0/0/0/1:120,14:134:99:396,0,169,506,5166 0/0/0/1:84,7:91:99:168,0,127,367,3633 0/0/1/1:23,19:42:17:687,17,0,36,902 1/1/1/1:0,37:37:46:1665,223,111,46,0 0/0/1/1:36,58:94:6:2327,111,0,6,1337 0/0/0/0:181,0:181:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:60,58:118:69:2255,69,0,78,2345 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:45,28:73:5:1040,5,0,86,1805 0/0/1/1:53,61:114:52:2402,90,0,52,2042 0/0/0/1:53,10:63:63:324,0,63,205,2259 0/0/0/1:80,7:87:99:173,0,120,348,3458 0/1/1/1:48,86:134:7:3474,181,7,0,1764 0/0/0/1:126,18:144:99:544,0,168,515,5404 0/0/1/1:24,36:60:9:1434,66,0,9,899 0/0/0/1:91,39:130:43:1407,0,43,248,3747 0/1/1/1:55,122:177:49:5006,320,49,0,1991 0/0/0/1:70,7:77:99:185,0,102,301,3020 0/1/1/1:6,115:121:90:4995,520,184,0,90 0/0/0/0:219,0:219:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4061970 . C A 54422.4 PASS AC=93;AF=0.204;AN=456;BaseQRankSum=0;DP=8493;FS=0;MLEAC=93;MLEAF=0.204;MQ=60;MQRankSum=0;QD=11.14;ReadPosRankSum=0;SOR=0.173 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1555 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,18,125 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:64,58:122:62:2078,62,0,91,2513 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:180,0:180:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:82,5:87:92:92,0,129,367,3557 0/0/0/0:202,0:202:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:10,16:26:2:642,31,0,2,372 0/0/1/1:53,35:88:12:1204,12,0,98,2120 0/0/0/1:47,21:68:20:760,0,20,124,1930 0/1/1/1:6,25:31:26:1058,91,26,0,203 0/0/0/0:112,0:112:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:51,31:82:4:1148,4,0,99,2048 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:28,0:28:35:0,35,84,168,1131 0/1/1/1:61,116:177:21:4708,262,21,0,2233 0/0/0/1:160,12:172:99:268,0,246,706,6928 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:169,23:192:99:611,0,228,697,7252 0/0/0/1:106,6:112:82:82,0,169,477,4601 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,72,489 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,167 0/0/0/0:7,0:7:9:0,9,21,42,280 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:47,9:56:56:254,0,56,181,2002 0/0/0/1:84,12:96:99:363,0,112,344,3603 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,18,125 0/0/0/0:129,0:129:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:47,32:79:14:1202,14,0,85,1877 0/0/0/1:10,2:12:12:65,0,12,38,425 0/0/0/1:79,35:114:34:1266,0,34,210,3246 0/0/0/1:93,18:111:99:527,0,110,358,3960 0/0/1/1:35,39:74:37:1532,56,0,37,1352 0/0/1/1:48,44:92:48:1703,48,0,67,1883 0/0/0/1:96,28:124:85:888,0,85,324,4032 0/0/0/1:30,7:37:32:213,0,32,110,1270 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:19,18:37:21:699,21,0,25,744 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:43,18:61:22:648,0,22,119,1773 0/0/1/1:38,51:89:25:2027,87,0,25,1442 0/0/0/1:62,4:66:78:78,0,97,277,2688 0/0/0/1:22,8:30:15:284,0,15,67,914 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:35,20:55:1:736,0,1,72,1411 0/0/0/1:60,3:63:42:42,0,97,272,2607 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,155 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1632 0/0/0/0:74,0:74:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:23,22:45:26:855,26,0,30,900 0/0/0/0:42,0:42:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:14,0:14:17:0,17,42,84,561 0/0/0/1:39,16:55:21:492,0,21,111,1611 0/0/0/0:107,0:107:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:92,0:92:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:95,4:99:24:24,0,155,434,4132 0/0/0/1:75,10:85:99:296,0,102,310,3221 0/0/0/0:82,3:85:7:0,7,143,384,3577 0/0/0/1:16,8:24:4:292,0,4,38,652 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:23,6:29:22:186,0,22,81,970 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:29,2:31:42:42,0,45,129,1257 0/0/0/0:30,0:30:0:0,0,7,88,1086 0/0/0/1:50,5:55:73:132,0,73,215,2157 0/0/1/1:63,47:110:31:1784,31,0,107,2504 0/0/0/1:37,4:41:53:110,0,53,157,1595 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,90,615 0/0/1/1:3,2:5:1:75,1,0,6,120 0/0/0/0:17,0:17:21:0,21,51,102,684 0/0/0/1:28,5:33:34:160,0,34,110,1195 0/0/1/1:53,32:85:3:1184,3,0,103,2129 0/0/0/0:130,0:130:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1606 0/0/1/1:11,10:21:11:354,11,0,16,432 0/0/0/1:9,2:11:10:60,0,10,33,382 0/0/0/0:23,0:23:29:0,29,69,138,874 0/0/0/0:18,0:18:22:0,22,54,108,713 0/1/1/1:22,41:63:6:1661,91,6,0,806 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:113,4:117:15:15,0,187,520,4920 0/0/0/1:43,4:47:64:68,0,64,186,1857 0/0/0/1:14,3:17:16:99,0,16,52,594 0/0/0/0:30,0:30:37:0,37,90,181,1229 0/0/0/1:92,5:97:64:64,0,147,415,3995 0/0/0/1:41,11:52:39:378,0,39,143,1728 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:84,80:164:93:2874,93,0,112,3286 0/0/0/0:108,0:108:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:37,37:74:45:1294,45,0,47,1443 0/0/0/1:120,14:134:99:396,0,169,506,5166 0/0/0/1:84,7:91:99:168,0,127,367,3633 0/0/1/1:23,19:42:17:675,17,0,36,909 0/0/0/1:35,2:37:34:34,0,56,157,1519 0/0/0/1:70,24:94:51:848,0,51,219,2918 0/0/0/0:179,0:179:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:92,26:118:84:815,0,84,315,3869 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:114,0:114:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:63,0:63:0:0,0,91,266,2383 0/0/0/1:80,7:87:99:173,0,120,348,3458 0/1/1/1:48,86:134:7:3474,181,7,0,1764 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:35,25:60:14:864,14,0,61,1394 0/0/0/0:130,0:130:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:55,122:177:49:5006,320,49,0,1991 0/0/0/1:70,7:77:99:185,0,102,301,3020 0/1/1/1:13,108:121:99:4221,452,151,0,372 0/0/0/0:218,0:218:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4061988 . C A 49539.9 PASS AC=85;AF=0.186;AN=456;BaseQRankSum=0;DP=8493;FS=0;MLEAC=80;MLEAF=0.175;MQ=60;MQRankSum=0;QD=11.33;ReadPosRankSum=0;SOR=0.164 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1516 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,17,61 0/0/0/1:32,14:46:14:506,0,14,86,1316 0/0/0/1:116,6:122:89:89,0,186,525,5039 0/0/0/1:52,7:59:70:208,0,70,215,2233 0/0/1/1:101,79:180:60:3013,60,0,165,4003 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:94,108:202:93:4252,160,0,93,3622 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,156,1024 0/0/0/1:70,18:88:69:614,0,69,248,2954 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,186,1206 0/0/1/1:69,43:112:8:1598,8,0,132,2768 0/0/0/0:82,0:82:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:12,16:28:8:636,27,0,8,456 0/0/0/0:177,0:177:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:172,0:172:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:46,20:66:21:722,0,21,124,1892 0/0/0/1:163,28:191:99:888,0,203,644,6963 0/0/1/1:44,66:110:15:2643,123,0,15,1646 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,72,449 1/1/1/1:0,4:4:5:180,24,12,5,0 0/0/0/0:7,0:7:9:0,9,21,42,268 0/0/0/1:47,7:54:62:214,0,62,191,2014 0/0/0/1:51,5:56:75:131,0,75,219,2201 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:0,3:3:4:135,18,9,4,0 0/0/0/1:121,8:129:99:161,0,189,539,5246 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,72,437 0/0/0/0:114,0:114:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:93,18:111:99:585,0,110,358,3960 0/0/0/1:51,23:74:21:833,0,21,134,2093 0/0/0/0:92,0:92:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:98,26:124:94:891,0,94,344,4131 0/0/0/1:29,8:37:27:276,0,27,100,1221 0/0/0/1:38,18:56:13:654,0,13,95,1554 0/0/0/0:37,0:37:46:0,46,111,221,1368 0/0/0/0:140,4:144:19:0,19,253,668,6120 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:30,0:30:37:0,37,90,180,1152 0/1/1/1:18,53:71:39:2210,167,39,0,635 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:63,0:63:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1632 0/0/0/1:65,9:74:87:270,0,87,267,2790 0/0/0/0:45,0:45:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:17,25:42:7:999,45,0,7,639 0/0/0/0:14,0:14:17:0,17,42,84,537 0/0/0/1:47,8:55:59:253,0,59,186,2008 0/0/0/1:74,33:107:31:1194,0,31,196,3039 0/0/0/1:76,16:92:86:529,0,86,286,3229 0/1/1/1:34,65:99:12:2639,148,12,0,1244 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:74,11:85:97:336,0,97,301,3171 0/0/0/0:24,0:24:30:0,30,72,144,866 0/0/1/1:36,35:71:42:1361,42,0,47,1406 0/0/0/1:26,3:29:37:84,0,37,110,1119 0/0/1/1:29,25:54:24:962,24,0,43,1142 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,185,1153 0/0/0/1:28,2:30:43:43,0,43,124,1213 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:110,0:110:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:41,0:41:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,89,514 0/0/0/0:5,0:5:6:0,6,15,30,182 0/0/0/0:17,0:17:21:0,21,51,102,672 0/0/0/0:33,0:33:41:0,41,99,198,1282 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:117,13:130:99:361,0,167,496,5041 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1536 0/0/0/1:16,5:21:13:175,0,13,52,670 0/0/0/1:9,2:11:10:67,0,10,33,382 0/0/0/1:16,7:23:7:253,0,7,43,658 0/0/1/1:9,9:18:11:351,11,0,11,351 0/0/0/0:63,0:63:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:28,19:47:8:714,8,0,51,1119 0/0/0/0:17,0:17:21:0,21,51,101,607 0/0/0/1:22,8:30:15:284,0,15,67,914 0/1/1/1:31,66:97:23:2701,167,23,0,1126 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:25,41:66:3:1646,79,0,3,926 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:51,39:90:28:1484,28,0,85,2024 0/0/0/0:164,0:164:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:68,40:108:1:1475,1,0,134,2735 0/0/0/1:71,3:74:28:28,0,116,324,3088 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:91,0:91:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:40,2:42:28:28,0,64,181,1738 0/1/1/1:2,35:37:34:1519,157,56,0,34 0/0/0/1:60,34:94:3:1250,0,3,124,2420 0/0/0/0:179,0:179:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:86,32:118:55:1140,0,55,258,3570 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:45,28:73:5:1040,5,0,86,1805 0/0/1/1:53,61:114:52:2402,90,0,52,2042 0/0/0/1:55,8:63:73:243,0,73,224,2358 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:126,18:144:99:544,0,168,515,5404 0/0/0/1:49,11:60:53:368,0,53,181,2078 0/0/0/1:91,39:130:43:1407,0,43,248,3747 0/0/0/0:177,0:177:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:77,0:77:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:114,7:121:99:130,0,180,510,4945 0/0/0/0:218,0:218:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4061999 . A T 49583 PASS AC=94;AF=0.206;AN=456;BaseQRankSum=0.391;DP=8492;FS=0;MLEAC=92;MLEAF=0.202;MQ=60;MQRankSum=0;QD=10.1;ReadPosRankSum=0;SOR=0.171 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1516 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,17,61 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:64,58:122:60:1968,60,0,91,2373 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:180,0:180:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:82,5:87:76:76,0,129,367,3371 0/0/0/0:202,0:202:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:10,16:26:2:578,31,0,2,339 0/0/1/1:51,36:87:17:1181,17,0,91,2034 0/0/0/1:47,21:68:20:692,0,20,124,1754 0/1/1/1:6,25:31:26:897,89,26,0,183 0/0/0/0:112,0:112:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:51,31:82:3:1004,3,0,99,1878 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:28,0:28:35:0,35,84,168,1117 0/1/1/1:61,116:177:21:4118,260,21,0,2019 0/0/0/1:160,12:172:99:230,0,245,703,6679 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:168,23:191:99:600,0,227,692,7196 0/0/0/1:106,6:112:82:82,0,169,477,4576 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,72,449 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,131 0/0/0/0:7,0:7:9:0,9,21,42,268 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:47,9:56:56:254,0,56,181,1983 0/0/0/1:84,12:96:99:313,0,110,338,3117 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,18,113 0/0/0/0:129,0:129:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:47,32:79:14:1087,14,0,85,1840 0/0/0/1:10,2:12:12:28,0,12,39,382 0/0/0/1:79,35:114:35:1086,0,35,211,2938 0/0/0/1:93,18:111:99:475,0,110,358,3679 0/0/1/1:35,39:74:37:1532,56,0,37,1352 0/0/1/1:48,44:92:46:1437,46,0,68,1871 0/0/0/1:96,28:124:85:793,0,85,325,3849 0/0/0/1:30,7:37:32:213,0,32,110,1197 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:19,18:37:21:617,21,0,25,639 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:43,18:61:22:578,0,22,119,1652 0/0/1/1:38,51:89:24:1787,85,0,24,1319 0/0/0/1:62,4:66:54:54,0,97,277,2551 0/0/0/1:22,8:30:15:247,0,15,67,844 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:35,20:55:1:671,0,1,72,1382 0/0/0/1:60,3:63:32:32,0,97,272,2544 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1570 0/0/0/0:74,0:74:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:23,22:45:25:740,25,0,31,802 0/0/0/0:42,0:42:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:14,0:14:17:0,17,42,84,537 0/0/0/1:37,16:53:17:530,0,17,100,1522 0/0/0/0:107,0:107:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:92,0:92:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:95,4:99:37:37,0,155,434,4132 0/0/0/1:75,10:85:99:264,0,101,308,2958 0/0/0/0:82,2:84:31:0,31,169,413,3606 0/0/0/1:16,8:24:4:292,0,4,38,652 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:23,6:29:22:186,0,22,81,906 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:29,2:31:35:35,0,45,128,1184 0/0/0/1:28,2:30:37:37,0,43,123,1065 0/0/0/1:50,5:55:73:104,0,73,215,2095 0/0/1/1:63,47:110:31:1608,31,0,107,2245 0/0/0/1:37,4:41:53:85,0,53,157,1553 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,89,514 0/0/1/1:3,2:5:1:75,1,0,6,120 0/0/0/0:17,0:17:21:0,21,51,102,672 0/0/0/1:28,5:33:34:144,0,34,110,1195 0/0/1/1:53,31:84:1:1008,1,0,102,1792 0/0/0/0:130,0:130:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1536 0/0/1/1:11,10:21:10:323,10,0,16,432 0/0/0/1:9,2:11:10:48,0,10,33,359 0/0/0/0:23,0:23:29:0,29,69,137,858 0/0/0/0:18,0:18:22:0,22,54,108,687 0/1/1/1:22,41:63:6:1410,88,6,0,753 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:113,4:117:2:2,0,186,516,4505 0/0/0/1:43,4:47:64:80,0,64,186,1750 0/0/0/1:14,3:17:15:90,0,15,51,549 0/0/0/0:30,0:30:37:0,37,90,180,1179 0/0/0/1:92,5:97:64:64,0,147,415,3899 0/0/0/1:41,11:52:39:342,0,39,142,1515 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:84,80:164:90:2705,90,0,113,3118 0/0/0/0:108,0:108:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:37,37:74:46:1287,46,0,46,1383 0/0/0/1:120,14:134:99:321,0,168,500,4585 0/0/0/1:84,7:91:99:145,0,127,366,3473 0/0/1/1:23,19:42:17:668,17,0,35,822 0/0/0/1:35,2:37:34:34,0,56,157,1519 0/0/0/1:70,24:94:51:848,0,51,219,2918 0/0/0/0:179,0:179:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:92,26:118:84:779,0,84,315,3738 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:114,0:114:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:63,0:63:5:0,5,106,286,2378 0/0/0/1:79,7:86:99:140,0,117,338,2901 0/1/1/1:48,85:133:6:3016,176,6,0,1596 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:35,25:60:13:808,13,0,62,1395 0/0/0/0:130,0:130:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:55,122:177:49:4450,318,49,0,1789 0/0/0/1:70,7:77:99:163,0,102,300,2734 0/1/1/1:13,108:121:99:4203,452,151,0,353 0/0/0/0:218,0:218:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4062000 . 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G C 49619.9 PASS AC=85;AF=0.186;AN=456;BaseQRankSum=0.481;DP=8503;FS=0;MLEAC=80;MLEAF=0.175;MQ=60;MQRankSum=0;QD=11.34;ReadPosRankSum=0;SOR=0.165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1550 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,17,61 0/0/0/1:32,14:46:14:506,0,14,86,1316 0/0/0/1:116,6:122:89:89,0,186,525,5039 0/0/0/1:52,7:59:70:208,0,70,215,2233 0/0/1/1:101,79:180:60:3013,60,0,165,4003 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:94,108:202:93:4252,160,0,93,3622 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,162,1056 0/0/0/1:70,18:88:69:614,0,69,248,2954 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,186,1223 0/0/1/1:69,43:112:8:1598,8,0,132,2768 0/0/0/0:83,0:83:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:51,0:51:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:12,16:28:8:636,27,0,8,456 0/0/0/0:177,0:177:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:172,0:172:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:46,20:66:21:722,0,21,124,1892 0/0/0/1:163,28:191:99:888,0,203,644,6963 0/0/1/1:44,68:112:13:2723,127,0,13,1643 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,72,449 1/1/1/1:0,4:4:5:180,24,12,5,0 0/0/0/0:7,0:7:9:0,9,21,42,268 0/0/0/1:47,7:54:62:214,0,62,191,2014 0/0/0/1:51,5:56:75:131,0,75,219,2201 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:0,3:3:4:135,18,9,4,0 0/0/0/1:121,8:129:99:161,0,189,539,5246 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,71,336 0/0/0/0:113,0:113:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:93,18:111:99:585,0,110,358,3960 0/0/0/1:51,23:74:21:833,0,21,134,2093 0/0/0/0:92,0:92:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:98,26:124:94:891,0,94,344,4131 0/0/0/1:29,8:37:27:276,0,27,100,1221 0/0/0/1:38,18:56:13:654,0,13,95,1554 0/0/0/0:37,0:37:46:0,46,111,222,1445 0/0/0/0:140,4:144:19:0,19,253,668,6120 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:30,0:30:37:0,37,89,177,891 0/1/1/1:18,53:71:39:2210,167,39,0,635 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:63,0:63:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1570 0/0/0/1:65,9:74:87:270,0,87,267,2790 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:17,25:42:7:999,45,0,7,639 0/0/0/0:14,0:14:17:0,17,42,83,455 0/0/0/1:47,8:55:59:253,0,59,186,2008 0/0/0/1:74,33:107:31:1194,0,31,196,3039 0/0/0/1:76,16:92:86:529,0,86,286,3229 0/1/1/1:34,65:99:12:2639,148,12,0,1244 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:74,11:85:97:336,0,97,301,3171 0/0/0/0:24,0:24:30:0,30,72,144,930 0/0/1/1:36,35:71:42:1361,42,0,47,1406 0/0/0/1:26,3:29:37:84,0,37,110,1119 0/0/1/1:29,25:54:24:962,24,0,43,1142 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,185,1168 0/0/0/1:28,2:30:43:43,0,43,124,1213 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:110,0:110:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:41,0:41:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,89,514 0/0/0/0:5,0:5:6:0,6,15,30,158 0/0/0/0:17,0:17:21:0,21,51,102,672 0/0/0/0:33,0:33:41:0,41,99,198,1340 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:117,13:130:99:361,0,167,496,5041 0/0/0/0:41,0:41:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:16,5:21:13:175,0,13,52,670 0/0/0/1:9,2:11:10:67,0,10,33,382 0/0/0/1:16,7:23:7:253,0,7,43,658 0/0/1/1:9,9:18:11:351,11,0,11,351 0/0/0/0:63,0:63:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:37:0,37,136,309,2345 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:28,19:47:8:714,8,0,51,1119 0/0/0/0:18,0:18:22:0,22,54,108,728 0/0/0/1:22,8:30:15:284,0,15,67,914 0/1/1/1:31,66:97:23:2701,167,23,0,1126 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:25,41:66:3:1646,79,0,3,926 0/0/0/0:48,0:48:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:51,39:90:28:1484,28,0,85,2024 0/0/0/0:164,0:164:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:68,40:108:1:1475,1,0,134,2735 0/0/0/1:71,3:74:28:28,0,116,324,3088 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:40,2:42:28:28,0,64,181,1738 0/1/1/1:2,35:37:34:1519,157,56,0,34 0/0/0/1:60,34:94:3:1250,0,3,124,2420 0/0/0/0:178,0:178:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:86,32:118:55:1140,0,55,258,3570 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:45,28:73:5:1040,5,0,86,1805 0/0/1/1:53,61:114:52:2402,90,0,52,2042 0/0/0/1:55,8:63:73:243,0,73,224,2358 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:126,18:144:99:544,0,168,515,5404 0/0/0/1:49,11:60:53:368,0,53,181,2078 0/0/0/1:91,39:130:43:1407,0,43,248,3747 0/0/0/0:177,0:177:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:114,7:121:99:130,0,180,510,4945 0/0/0/0:218,0:218:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4062006 . G C 49619.9 PASS AC=85;AF=0.186;AN=456;BaseQRankSum=0.335;DP=8503;FS=0;MLEAC=80;MLEAF=0.175;MQ=60;MQRankSum=0;QD=11.34;ReadPosRankSum=0;SOR=0.165 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1531 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,17,61 0/0/0/1:32,14:46:14:506,0,14,86,1316 0/0/0/1:116,6:122:89:89,0,186,525,5039 0/0/0/1:52,7:59:70:208,0,70,215,2233 0/0/1/1:101,79:180:60:3013,60,0,165,4003 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:94,108:202:93:4252,160,0,93,3622 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,162,1056 0/0/0/1:70,18:88:69:614,0,69,248,2954 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,186,1223 0/0/1/1:69,43:112:8:1598,8,0,132,2768 0/0/0/0:83,0:83:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:51,0:51:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:12,16:28:8:636,27,0,8,456 0/0/0/0:177,0:177:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:172,0:172:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:46,20:66:21:722,0,21,124,1892 0/0/0/1:163,28:191:99:888,0,203,644,6963 0/0/1/1:44,68:112:13:2723,127,0,13,1643 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,72,449 1/1/1/1:0,4:4:5:180,24,12,5,0 0/0/0/0:7,0:7:9:0,9,21,42,268 0/0/0/1:47,7:54:62:214,0,62,191,2014 0/0/0/1:51,5:56:75:131,0,75,219,2201 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:0,3:3:4:135,18,9,4,0 0/0/0/1:121,8:129:99:161,0,189,539,5246 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,71,336 0/0/0/0:113,0:113:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:93,18:111:99:585,0,110,358,3960 0/0/0/1:51,23:74:21:833,0,21,134,2093 0/0/0/0:92,0:92:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:98,26:124:94:891,0,94,344,4131 0/0/0/1:29,8:37:27:276,0,27,100,1221 0/0/0/1:38,18:56:13:654,0,13,95,1554 0/0/0/0:37,0:37:46:0,46,111,222,1445 0/0/0/0:140,4:144:19:0,19,253,668,6120 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:30,0:30:37:0,37,89,177,891 0/1/1/1:18,53:71:39:2210,167,39,0,635 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:63,0:63:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1570 0/0/0/1:65,9:74:87:270,0,87,267,2790 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:17,25:42:7:999,45,0,7,639 0/0/0/0:14,0:14:17:0,17,42,83,455 0/0/0/1:47,8:55:59:253,0,59,186,2008 0/0/0/1:74,33:107:31:1194,0,31,196,3039 0/0/0/1:76,16:92:86:529,0,86,286,3229 0/1/1/1:34,65:99:12:2639,148,12,0,1244 0/0/0/0:85,0:85:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:74,11:85:97:336,0,97,301,3171 0/0/0/0:24,0:24:30:0,30,72,144,930 0/0/1/1:36,35:71:42:1361,42,0,47,1406 0/0/0/1:26,3:29:37:84,0,37,110,1119 0/0/1/1:29,25:54:24:962,24,0,43,1142 0/0/0/0:31,0:31:39:0,39,93,185,1168 0/0/0/1:28,2:30:43:43,0,43,124,1213 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:110,0:110:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:41,0:41:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,89,514 0/0/0/0:5,0:5:6:0,6,15,30,158 0/0/0/0:17,0:17:21:0,21,51,102,672 0/0/0/0:33,0:33:41:0,41,99,198,1340 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:117,13:130:99:361,0,167,496,5041 0/0/0/0:41,0:41:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:16,5:21:13:175,0,13,52,670 0/0/0/1:9,2:11:10:67,0,10,33,382 0/0/0/1:16,7:23:7:253,0,7,43,658 0/0/1/1:9,9:18:11:351,11,0,11,351 0/0/0/0:63,0:63:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:37:0,37,136,309,2333 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:28,19:47:8:714,8,0,51,1119 0/0/0/0:18,0:18:22:0,22,54,106,548 0/0/0/1:22,8:30:15:284,0,15,67,914 0/1/1/1:31,66:97:23:2701,167,23,0,1126 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:25,41:66:3:1646,79,0,3,926 0/0/0/0:48,0:48:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:51,39:90:28:1484,28,0,85,2024 0/0/0/0:164,0:164:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:68,40:108:1:1475,1,0,134,2735 0/0/0/1:71,3:74:28:28,0,116,324,3088 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:40,2:42:28:28,0,64,181,1738 0/1/1/1:2,35:37:34:1519,157,56,0,34 0/0/0/1:60,34:94:3:1250,0,3,124,2420 0/0/0/0:178,0:178:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:86,32:118:55:1140,0,55,258,3570 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:45,28:73:5:1040,5,0,86,1805 0/0/1/1:53,61:114:52:2402,90,0,52,2042 0/0/0/1:55,8:63:73:243,0,73,224,2358 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:126,18:144:99:544,0,168,515,5404 0/0/0/1:49,11:60:53:368,0,53,181,2078 0/0/0/1:91,39:130:43:1407,0,43,248,3747 0/0/0/0:177,0:177:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:114,7:121:99:130,0,180,510,4945 0/0/0/0:218,0:218:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4062012 . 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C G 231087 PASS AC=192;AF=0.429;AN=448;BaseQRankSum=-0.225;DP=12528;FS=0;MLEAC=200;MLEAF=0.446;MQ=60;MQRankSum=0;QD=21.25;ReadPosRankSum=0;SOR=0.987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1/1/1:54,98:152:10:3634,210,10,0,1784 0/1/1/1:24,198:222:99:7742,827,275,0,580 0/0/1/1:38,35:73:38:1242,38,0,53,1356 0/0/0/0:162,0:162:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:147,89:236:9:2984,9,0,285,5411 0/0/0/0:73,0:73:0:0,0,0,0,1829 0/0/0/1:131,71:202:17:2363,0,17,286,5186 0/0/0/0:148,0:148:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:2,111:113:79:4475,598,268,79,0 0/0/0/1:149,37:186:99:1106,0,151,534,5760 0/0/0/1:30,4:34:41:106,0,41,124,1224 0/1/1/1:15,29:44:6:1085,67,6,0,536 0/0/0/1:79,19:98:83:550,0,83,287,3120 0/0/0/1:128,52:180:69:1867,0,69,363,5265 0/0/1/1:119,91:210:62:3143,62,0,199,4696 0/0/1/1:110,152:262:71:5473,256,0,71,4145 0/0/1/1:39,51:90:28:1840,85,0,28,1346 0/0/1/1:49,51:100:60:1813,65,0,60,1896 0/0/1/1:87,59:146:21:1964,21,0,161,3438 0/0/1/1:67,75:142:70:2662,107,0,70,2588 0/0/0/1:143,58:201:78:1864,0,78,405,5403 0/0/0/1:113,62:175:12:2075,0,12,243,4206 1/1/1/1:0,40:40:50:1474,240,120,50,0 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:2,0:2:2:0,2,6,12,84 0/0/1/1:74,52:126:25:1749,25,0,131,2945 0/1/1/1:2,7:9:6:260,24,6,0,63 0/0/0/0:76,0:76:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:69,0:69:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:20,5:25:20:154,0,20,72,796 0/0/1/1:114,130:244:99:4674,190,0,115,4398 0/0/0/1:58,13:71:63:380,0,63,215,2360 0/0/0/0:19,0:19:24:0,24,57,114,719 0/1/1/1:23,49:72:18:1792,124,18,0,730 0/0/0/0:42,0:42:52:0,52,126,252,1725 1/1/1/1:0,47:47:59:1963,283,141,59,0 0/0/0/0:88,0:88:0:0,0,0,29,2690 0/0/1/1:39,63:102:6:2257,120,0,6,1279 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:64,99:163:18:3557,184,0,18,2136 0/0/0/1:54,19:73:38:612,0,38,167,2056 0/0/1/1:23,17:40:11:578,11,0,39,889 0/1/1/1:2,51:53:8:2055,234,84,0,8 0/0/0/1:110,60:170:13:2197,0,13,239,4451 0/0/1/1:45,33:78:19:1077,19,0,78,1788 0/0/1/1:31,27:58:26:921,26,0,46,1121 1/1/1/1:0,56:56:70:2315,337,169,70,0 0/0/1/1:46,67:113:20:2675,121,0,20,1730 0/0/1/1:33,46:79:19:1640,80,0,19,1129 0/0/1/1:45,53:98:42:1895,80,0,42,1573 1/1/1/1:0,125:125:99:5253,751,376,156,0 0/0/1/1:33,45:78:20:1639,77,0,20,1224 0/0/1/1:50,47:97:53:1659,53,0,68,1785 0/1/1/1:8,46:54:57:1816,181,57,0,231 0/0/0/0:67,0:67:0:0,0,0,31,2130 0/0/1/1:33,35:68:38:1213,46,0,38,1245 0/0/1/1:68,94:162:40:3331,161,0,40,2343 0/1/1/1:58,177:235:99:6781,569,138,0,1791 0/0/1/1:19,20:39:22:686,26,0,22,725 0/0/0/1:91,48:139:16:1493,0,16,204,3361 0/1/1/1:20,35:55:2:1275,73,2,0,640 0/0/1/1:65,39:104:3:1304,3,0,126,2370 0/1/1/1:33,60:93:6:2184,129,6,0,1093 0/0/1/1:10,11:21:11:396,15,0,11,354 0/0/0/1:73,27:100:47:961,0,47,219,3016 0/0/0/1:59,27:86:22:880,0,22,152,2184 0/0/0/1:82,43:125:15:1411,0,15,186,3264 0/1/1/1:55,118:173:41:4342,297,41,0,1955 0/0/1/1:34,41:75:30:1487,64,0,30,1285 0/0/0/0:11,0:11:14:0,14,33,66,433 0/0/1/1:14,14:28:17:499,17,0,18,547 0/0/0/0:10,0:10:12:0,12,30,60,406 0/1/1/1:2,32:34:32:1229,142,50,0,32 0/1/1/1:10,68:78:90:2683,277,90,0,298 0/0/0/1:64,22:86:46:695,0,46,200,2634 0/0/0/1:137,33:170:99:985,0,142,496,5786 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,216,1427 0/0/1/1:24,18:42:12:625,12,0,41,876 0/0/0/0:40,10:50:5:0,5,54,160,1618 0/0/1/1:42,60:102:21:2163,107,0,21,1567 0/1/1/1:3,15:18:17:590,57,17,0,89 0/0/0/1:157,63:220:87:2032,0,87,448,6206 0/0/1/1:87,86:173:99:3349,106,0,110,3394 0/0/1/1:41,46:87:43:1616,65,0,43,1451 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/0/0:169,0:169:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:126,0:126:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:16,13:29:11:444,11,0,25,633 0/0/1/1:47,51:98:52:1791,70,0,52,1817 0/0/1/1:62,49:111:38:1657,38,0,101,2232 0/0/1/1:62,92:154:24:3288,167,0,24,2083 0/0/0/0:76,0:76:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:109,11:120:99:242,0,159,468,4703 0/0/1/1:62,66:128:71:2316,89,0,71,2205 0/0/1/1:86,73:159:65:2479,65,0,132,3335 0/0/1/1:99,74:173:48:2809,48,0,168,3926 0/0/1/1:21,18:39:16:603,16,0,32,761 0/0/1/1:37,51:88:20:1866,89,0,20,1217 0/1/1/1:61,122:183:31:4526,291,31,0,2016 0/0/1/1:74,87:161:70:3113,132,0,70,2596 0/0/0/1:23,3:26:31:79,0,31,95,914 0/0/1/1:67,64:131:75:2243,75,0,89,2619 0/0/0/0:60,0:60:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:0,59:59:74:2497,355,178,74,0 0/0/1/1:16,15:31:17:533,17,0,22,575 0/1/1/1:14,40:54:28:1537,124,28,0,474 0/0/1/1:31,38:69:26:1502,60,0,26,1181 1/1/1/1:0,203:203:99:9135,1222,611,254,0 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 1/1/1/1:2,164:166:99:6666,903,415,133,0 0/0/0/1:77,12:89:99:333,0,99,309,3106 0/0/0/0:88,0:88:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:154,0:154:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:47,1107:1154:99:44228,5051,1806,0,298 +Chr01 4117551 . 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C A 56882.7 PASS AC=74;AF=0.165;AN=448;BaseQRankSum=0.461;DP=10819;FS=0;MLEAC=73;MLEAF=0.163;MQ=60;MQRankSum=0;QD=11.56;ReadPosRankSum=-6.97;SOR=0.187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/1:37,2:39:32:32,0,59,166,1513 0/0/0/0:121,0:121:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:24,0:24:19:0,19,45,90,675 0/0/0/0:177,0:177:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:152,0:152:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:95,0:95:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:196,0:196:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:57,10:67:70:315,0,70,224,2434 0/0/0/1:84,16:100:99:519,0,100,324,3489 0/0/0/1:68,25:93:44:890,0,44,205,2825 0/1/1/1:11,26:37:13:1071,72,13,0,396 0/0/0/0:89,0:89:45:0,45,108,217,1620 0/0/1/1:30,31:61:36:1211,40,0,36,1166 0/0/0/1:120,12:132:99:318,0,175,515,5178 0/0/0/1:87,27:114:72:944,0,72,286,3644 0/0/0/0:84,0:84:4:0,4,9,18,135 0/0/0/1:140,56:196:78:2008,0,78,401,5788 0/0/1/1:79,63:142:51:2408,51,0,127,3128 0/0/0/0:141,0:141:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:47,0:47:15:0,15,36,72,540 0/0/1/1:52,46:98:47:1775,47,0,76,2021 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:9,0:9:11:0,11,27,54,364 0/0/0/0:117,0:117:29:0,29,69,138,1035 0/0/0/1:22,10:32:9:362,0,9,57,892 0/0/0/0:91,0:91:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:38,0:38:34:0,34,81,163,1215 0/0/0/0:69,0:69:29:0,29,69,138,1035 0/0/0/0:25,0:25:22:0,22,54,108,810 0/0/0/0:42,0:42:40:0,40,96,193,1440 0/0/0/1:62,3:65:39:39,0,100,281,2694 0/1/1/1:5,9:14:1:364,19,1,0,167 0/0/0/1:64,30:94:22:1089,0,22,162,2568 0/0/0/0:28,0:28:21:0,21,51,102,765 0/0/0/0:69,0:69:27:0,27,66,132,990 0/0/0/0:51,0:51:26:0,26,63,126,945 0/0/0/1:70,7:77:99:186,0,102,299,2907 0/0/0/0:106,0:106:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:57,0:57:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:63,8:71:87:230,0,87,262,2708 0/0/1/1:38,56:94:15:2238,102,0,15,1318 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:55,27:82:16:984,0,16,134,2244 0/0/0/0:33,0:33:9:0,9,21,42,315 0/0/0/0:75,0:75:49:0,49,117,235,1755 0/0/0/1:101,18:119:99:575,0,124,396,4270 0/0/0/0:82,0:82:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:67,13:80:79:423,0,79,257,2707 0/0/0/1:72,19:91:70:651,0,70,253,3029 0/0/0/0:64,0:64:20:0,20,48,96,720 0/0/0/0:151,0:151:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:117,0:117:40:0,40,96,193,1440 0/0/1/1:28,24:52:23:923,23,0,42,1061 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:76,0:76:41:0,41,99,199,1485 0/0/1/1:22,16:38:9:606,9,0,38,846 0/0/0/0:143,0:143:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:58,0:58:32:0,32,78,157,1170 0/0/0/0:59,0:59:19:0,19,45,90,675 0/0/0/1:81,19:100:85:639,0,85,296,3429 0/0/0/1:62,22:84:43:780,0,43,190,2449 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:109,0:109:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:39,0:39:19:0,19,45,90,675 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:26,12:38:10:435,0,10,67,1065 0/0/0/0:26,0:26:5:0,5,12,24,180 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:86,32:118:55:1140,0,55,258,3570 0/0/0/0:154,0:154:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:223,0:223:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:45,0:45:21:0,21,51,102,765 0/0/0/1:75,43:118:2:1583,0,2,152,2797 0/0/1/1:22,15:37:6:564,6,0,40,824 0/0/1/1:47,28:75:2:1034,2,0,92,1854 0/0/0/0:46,0:46:21:0,21,51,102,765 0/0/0/1:86,29:115:64:1023,0,64,272,3508 0/0/1/1:58,40:98:18:1505,18,0,104,2315 0/0/0/1:99,40:139:54:1432,0,54,281,3997 0/0/1/1:38,24:62:5:893,5,0,72,1523 0/0/0/0:214,0:214:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:178,0:178:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:97,8:105:99:191,0,147,425,4196 0/0/0/1:118,38:156:93:1334,0,93,381,4872 0/0/0/1:36,9:45:36:306,0,36,129,1475 0/0/0/0:59,0:59:46:0,46,111,223,1665 0/1/1/1:11,36:47:30:1509,119,30,0,384 0/0/0/0:131,0:131:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:105,0:105:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:95,76:171:61:2905,61,0,152,3760 0/0/0/1:70,15:85:78:497,0,78,262,2972 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:29,44:73:10:1760,81,0,10,1065 0/0/0/0:29,0:29:15:0,15,36,72,540 0/0/0/0:159,0:159:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:78,0:78:39:0,39,93,187,1395 0/0/0/1:87,28:115:69:983,0,69,281,3638 0/0/0/0:82,0:82:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:161,0:161:29:0,29,69,138,1035 0/0/1/1:40,62:102:11:2483,116,0,11,1446 0/0/0/0:91,0:91:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:40,117:157:86:4875,367,86,0,1413 0/0/0/1:148,24:172:99:751,0,188,592,6275 0/0/0/1:178,7:185:51:51,0,292,814,7468 0/0/0/1:47,24:71:11:877,0,11,110,1792 1/1/1/1:0,56:56:70:2520,337,169,70,0 0/0/0/0:237,0:237:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:189,0:189:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:275,133:408:84:4841,0,84,677,11231 +Chr01 4158221 . 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C T 64581.4 PASS AC=65;AF=0.145;AN=448;BaseQRankSum=-2.336;DP=14202;FS=0;MLEAC=67;MLEAF=0.15;MQ=60;MQRankSum=0;QD=11.23;ReadPosRankSum=-6.203;SOR=0.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/1/1:64,45:109:23:1371,23,0,113,2321 0/0/0/0:76,0:76:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:101,14:115:99:350,0,136,415,4087 0/0/0/0:205,0:205:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:65,0:65:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,90,576 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:164,18:182:99:360,0,235,695,6402 0/1/1/1:33,65:98:15:2339,153,15,0,1137 0/0/0/0:30,0:30:37:0,37,90,180,1203 0/0/0/1:28,6:34:31:156,0,31,104,1066 0/0/0/0:22,0:22:27:0,27,66,132,866 0/0/0/0:86,0:86:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:61,52:113:48:1728,48,0,92,2260 ./././.:1,0:1:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:60,0:60:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:98,88:186:91:2988,91,0,139,3441 0/0/1/1:108,77:185:41:2448,41,0,188,3855 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:172,0:172:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:128,33:161:99:965,0,126,452,4982 0/0/0/0:124,0:124:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/1:36,6:42:45:146,0,45,143,1399 0/0/0/0:131,0:131:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:119,0:119:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:44,0:44:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:44,0:44:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:41,10:51:43:263,0,43,148,1570 0/0/0/0:193,0:193:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:126,6:132:76:76,0,204,573,5476 0/0/0/0:101,0:101:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:227,0:227:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:140,0:140:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:73,32:105:32:1156,0,32,194,2716 0/0/0/0:45,0:45:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:172,0:172:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:118,0:118:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:133,0:133:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:81,66:147:56:2122,56,0,128,2893 0/0/1/1:42,65:107:13:2114,118,0,13,1519 0/0/0/0:174,0:174:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:61,19:80:50:555,0,50,199,2289 0/0/0/0:92,0:92:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:306,0:306:0:0,0,0,0,9065 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:41,3:44:44:44,0,63,181,1631 0/0/0/1:253,18:271:99:386,0,391,1120,10453 0/0/0/0:43,0:43:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:188,0:188:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:93,0:93:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:139,66:205:49:1978,0,49,353,5209 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:88,0:88:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:48,0:48:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:135,0:135:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:166,0:166:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:20,25:45:17:821,38,0,17,677 0/0/0/1:77,21:98:73:564,0,73,267,2971 0/0/0/0:42,0:42:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:98,0:98:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:136,0:136:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:109,0:109:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:20,106:126:99:4043,410,126,0,571 0/0/0/0:43,0:43:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:105,27:132:99:791,0,104,371,3945 0/0/0/0:58,0:58:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:44,0:44:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:50,0:50:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:196,69:265:99:2023,0,138,607,7676 0/0/1/1:37,29:66:21:921,21,0,61,1351 0/0/0/1:131,14:145:99:382,0,188,557,5168 0/0/0/0:200,0:200:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:224,97:321:99:3496,0,101,601,8552 0/0/0/1:142,47:189:99:1295,0,111,456,5325 0/0/1/1:92,57:149:8:1785,8,0,177,3586 0/1/1/1:6,115:121:72:4218,513,183,0,72 0/0/0/0:228,0:228:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:279,0:279:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:82,0:82:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:136,12:148:99:298,0,203,589,5434 0/0/0/1:129,35:164:99:1030,0,122,448,5035 0/0/0/0:75,0:75:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:251,43:294:99:1363,0,312,992,10691 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:15,71:86:80:2691,267,80,0,448 0/0/1/1:78,63:141:51:2031,51,0,124,2810 0/0/0/0:23,0:23:0:0,0,27,92,839 0/0/0/0:18,0:18:22:0,22,54,108,701 0/0/0/0:144,0:144:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:175,0:175:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:11,107:118:99:3965,456,155,0,248 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,156,1009 0/0/0/0:157,0:157:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:171,20:191:99:466,0,240,716,6650 0/0/0/0:108,0:108:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:27,27:54:33:954,34,0,33,909 0/0/1/1:23,39:62:1:1295,75,0,1,788 0/0/1/1:51,45:96:46:1471,46,0,74,1841 0/0/1/1:161,213:374:99:7348,353,0,111,5663 0/0/0/0:166,0:166:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:41,0:41:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:76,0:76:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:1349,0:1349:0:0,0,0,850,42061 +Chr01 4379151 . A G 92001.9 PASS AC=83;AF=0.184;AN=452;BaseQRankSum=0;DP=11834;FS=0;MLEAC=84;MLEAF=0.186;MQ=59.99;MQRankSum=0;QD=13.49;ReadPosRankSum=0;SOR=0.277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/1:29,7:36:30:214,0,30,105,1133 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:24:0,24,106,248,1939 0/0/1/1:78,56:134:31:2117,31,0,136,3107 0/0/0/1:79,38:117:25:1383,0,25,196,3228 0/0/0/1:99,43:142:45:1552,0,45,267,4072 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:124,114:238:99:4414,125,0,173,4864 0/0/0/0:83,0:83:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:133,78:211:2:2467,0,2,266,4844 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:24,0:24:30:0,30,72,144,916 0/1/1/1:18,138:156:99:5926,573,189,0,516 0/0/0/0:199,0:199:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:138,0:138:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:44,11:55:44:374,0,44,157,1859 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:202,0:202:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:39,12:51:33:419,0,33,129,1634 0/0/0/1:238,84:322:99:2971,0,166,735,9907 0/0/0/1:51,8:59:66:248,0,66,205,2183 0/0/0/1:46,20:66:21:722,0,21,124,1892 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:23,0:23:29:0,29,69,138,934 0/0/0/1:27,13:40:9:447,0,9,67,1103 0/0/0/1:87,10:97:99:281,0,123,367,3746 0/0/0/0:138,0:138:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:49,20:69:26:718,0,26,138,2023 0/1/1/1:15,29:44:6:1178,67,6,0,548 0/0/0/0:145,0:145:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:70,0:70:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:29,0:29:36:0,36,87,174,1123 0/0/0/1:74,16:90:82:531,0,82,277,3141 0/0/1/1:55,55:110:69:2144,69,0,69,2138 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:71,66:137:74:2558,74,0,97,2783 0/0/0/0:111,0:111:0:0,0,0,0,283 0/0/0/1:68,22:90:53:703,0,53,218,2568 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:117,35:152:99:1218,0,101,391,4908 0/0/0/0:21,0:21:26:0,26,63,126,812 0/0/0/0:112,0:112:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:97,0:97:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:117,42:159:80:1465,0,80,358,4866 0/0/0/0:42,0:42:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:61,59:120:70:2294,70,0,80,2384 0/0/0/1:35,7:42:41:229,0,41,134,1483 0/0/1/1:38,38:76:47:1481,47,0,47,1481 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:24,33:57:14:1313,57,0,14,908 0/0/0/0:54,0:54:30:0,30,121,279,2160 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,156,1036 0/0/0/1:113,51:164:46:1813,0,46,297,4632 0/0/0/1:129,30:159:99:1008,0,137,472,5437 0/0/0/1:99,13:112:99:383,0,135,410,4253 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:43,19:62:19:687,0,19,115,1767 0/0/0/0:35,0:35:44:0,44,105,210,1335 0/0/1/1:45,32:77:17:1197,17,0,79,1793 0/0/0/1:58,32:90:6:1175,0,6,124,2339 0/0/0/1:39,7:46:48:224,0,48,153,1664 0/0/0/0:42,0:42:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:32,11:43:23:389,0,23,100,1334 0/0/0/0:58,0:58:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:159,0:159:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,227 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/0/0:58,0:58:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:25,0:25:31:0,31,75,150,970 0/0/1/1:134,94:228:47:3544,47,0,238,5338 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:48,18:66:30:642,0,30,143,1992 0/0/0/1:67,9:76:91:267,0,91,277,2877 0/0/0/1:43,25:68:0:915,0,0,86,1731 0/0/0/1:73,19:92:71:577,0,71,258,2851 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:124,26:150:99:859,0,140,468,5269 0/0/0/0:115,0:115:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:51,26:77:12:950,0,12,119,2075 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,162,1063 0/0/0/1:76,26:102:56:822,0,56,239,2923 0/0/0/0:154,0:154:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:47,39:86:35:1491,35,0,73,1856 0/0/0/1:159,17:176:99:410,0,229,677,6314 0/0/0/1:62,11:73:76:351,0,76,243,2646 0/0/1/1:76,49:125:13:1606,13,0,143,2776 0/0/1/1:71,49:120:23:1688,23,0,127,2560 0/0/0/1:125,7:132:99:117,0,199,563,5427 0/0/0/0:121,0:121:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:26,10:36:16:357,0,16,76,1077 0/0/0/1:113,35:148:94:1223,0,94,372,4727 0/0/0/1:99,13:112:99:383,0,135,410,4253 0/0/0/1:123,39:162:99:1367,0,99,401,5147 0/0/0/1:30,17:47:2:619,0,2,62,1210 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:112,39:151:81:1193,0,81,348,4193 0/1/1/1:26,53:79:15:2162,129,15,0,947 0/0/1/1:59,35:94:1:1292,1,0,116,2372 0/0/0/0:25,0:25:31:0,31,75,150,968 0/0/0/0:161,0:161:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:66,64:130:76:2258,76,0,86,2365 0/0/0/1:67,8:75:94:228,0,94,281,2883 0/0/1/1:38,51:89:25:2027,87,0,25,1442 0/0/0/0:105,0:105:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:69,434:503:99:18546,1741,557,0,2142 0/0/0/0:959,0:959:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4379167 . T C 92443.3 PASS AC=84;AF=0.186;AN=452;BaseQRankSum=0;DP=11834;FS=0;MLEAC=84;MLEAF=0.186;MQ=59.99;MQRankSum=0;QD=13.55;ReadPosRankSum=0;SOR=0.277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/1:29,7:36:30:214,0,30,105,1133 0/0/0/0:123,0:123:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:24:0,24,106,248,1937 0/0/1/1:78,56:134:31:2117,31,0,136,3107 0/0/0/1:79,38:117:25:1383,0,25,196,3228 0/0/0/1:99,43:142:45:1552,0,45,267,4072 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:124,114:238:99:4414,125,0,173,4864 0/0/0/0:83,0:83:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:133,78:211:1:2604,1,0,263,5218 0/0/0/0:71,0:71:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:24,0:24:30:0,30,72,144,916 0/1/1/1:18,138:156:99:5926,573,189,0,516 0/0/0/0:199,0:199:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:138,0:138:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:44,11:55:44:374,0,44,157,1859 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:202,0:202:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:39,12:51:33:419,0,33,129,1634 0/0/0/1:238,84:322:99:2971,0,166,735,9907 0/0/0/1:51,8:59:66:248,0,66,205,2183 0/0/0/1:46,20:66:21:722,0,21,124,1892 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:23,0:23:29:0,29,69,138,934 0/0/0/1:27,13:40:9:447,0,9,67,1103 0/0/0/1:87,10:97:99:281,0,123,367,3746 0/0/0/0:138,0:138:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:49,20:69:26:718,0,26,138,2023 0/1/1/1:15,29:44:6:1178,67,6,0,548 0/0/0/0:145,0:145:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:70,0:70:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:29,0:29:36:0,36,87,174,1123 0/0/0/1:74,16:90:82:531,0,82,277,3141 0/0/1/1:55,55:110:69:2144,69,0,69,2138 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:71,66:137:74:2558,74,0,97,2783 0/0/0/0:111,0:111:0:0,0,0,0,292 0/0/0/1:68,22:90:53:703,0,53,218,2738 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:117,35:152:99:1218,0,101,391,4908 0/0/0/0:21,0:21:26:0,26,63,126,812 0/0/0/0:112,0:112:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:97,0:97:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:117,42:159:80:1465,0,80,358,4866 0/0/0/0:42,0:42:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:61,59:120:70:2294,70,0,80,2384 0/0/0/1:35,7:42:41:229,0,41,134,1483 0/0/1/1:38,38:76:47:1481,47,0,47,1481 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:24,33:57:14:1313,57,0,14,908 0/0/0/0:54,0:54:30:0,30,121,279,2172 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,156,1036 0/0/0/1:113,51:164:46:1813,0,46,297,4632 0/0/0/1:129,30:159:99:1008,0,137,472,5437 0/0/0/1:99,13:112:99:383,0,135,410,4253 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:43,19:62:19:687,0,19,115,1767 0/0/0/0:35,0:35:44:0,44,105,210,1335 0/0/1/1:45,32:77:17:1197,17,0,79,1793 0/0/0/1:58,32:90:6:1175,0,6,124,2339 0/0/0/1:39,7:46:48:224,0,48,153,1664 0/0/0/0:42,0:42:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:32,11:43:23:389,0,23,100,1334 0/0/0/0:58,0:58:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:159,0:159:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:49,0:49:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,227 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/0/0:58,0:58:35:0,35,133,303,2327 0/0/0/0:25,0:25:31:0,31,75,150,970 0/0/1/1:134,94:228:47:3544,47,0,238,5338 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:48,18:66:30:642,0,30,143,1992 0/0/0/1:67,9:76:91:267,0,91,277,2877 0/0/0/1:43,25:68:0:915,0,0,86,1731 0/0/0/1:73,19:92:71:649,0,71,258,3079 0/0/0/0:52,0:52:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:124,26:150:99:859,0,140,468,5269 0/0/0/0:115,0:115:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:51,26:77:12:950,0,12,119,2075 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,162,1063 0/0/0/1:76,26:102:56:836,0,56,239,3169 0/0/0/0:154,0:154:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:47,39:86:35:1491,35,0,73,1856 0/0/0/1:159,17:176:99:410,0,229,677,6599 0/0/0/1:62,11:73:76:351,0,76,243,2646 0/0/1/1:76,49:125:14:1662,14,0,142,2940 0/0/1/1:71,49:120:22:1844,22,0,127,2834 0/0/0/1:125,7:132:99:117,0,199,563,5427 0/0/0/0:121,0:121:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:26,10:36:16:357,0,16,76,1077 0/0/0/1:113,35:148:94:1223,0,94,372,4727 0/0/0/1:99,13:112:99:383,0,135,410,4253 0/0/0/1:123,39:162:99:1367,0,99,401,5147 0/0/0/1:30,17:47:2:619,0,2,62,1210 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:112,39:151:81:1211,0,81,349,4667 0/1/1/1:26,53:79:15:2162,129,15,0,947 0/0/1/1:59,35:94:1:1292,1,0,116,2372 0/0/0/0:25,0:25:31:0,31,75,150,968 0/0/0/0:161,0:161:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:66,64:130:77:2246,77,0,85,2322 0/0/0/1:67,8:75:94:228,0,94,281,2883 0/0/1/1:38,51:89:25:2027,87,0,25,1442 0/0/0/0:105,0:105:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:69,434:503:99:18546,1741,557,0,2142 0/0/0/0:959,0:959:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 4379168 . G GT 201275 PASS AC=196;AF=0.434;AN=452;BaseQRankSum=0.032;DP=10982;FS=0;MLEAC=199;MLEAF=0.44;MQ=59.99;MQRankSum=0;QD=20.11;ReadPosRankSum=0;SOR=0.731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:36,0:36:45:0,45,108,217,1468 1/1/1/1:2,121:123:73:5355,641,280,73,0 0/1/1/1:2,44:46:8:1579,200,71,0,8 0/0/0/1:112,22:134:99:718,0,131,429,4768 0/0/0/1:80,37:117:29:1342,0,29,205,3270 0/0/0/0:139,3:142:57:0,57,292,706,6120 0/0/1/1:38,51:89:25:2027,87,0,25,1442 0/0/1/1:114,124:238:99:4864,173,0,125,4414 0/1/1/1:15,68:83:75:2885,253,75,0,500 0/0/1/1:115,96:211:86:2958,86,0,177,4253 0/0/0/1:51,20:71:30:716,0,30,148,2111 0/0/1/1:13,11:24:10:423,10,0,20,513 0/0/0/1:142,14:156:99:368,0,208,611,6128 0/0/1/1:79,120:199:26:4801,222,0,26,2956 0/0/1/1:73,64:137:64:2468,64,0,107,2873 1/1/1/1:2,54:56:5:1945,253,94,5,0 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:94,22:116:99:740,0,99,344,3980 0/0/1/1:107,95:202:98:3667,98,0,155,4199 0/0/1/1:30,21:51:10:791,10,0,53,1196 0/0/1/1:159,163:322:99:6366,211,0,192,6186 0/0/1/1:22,37:59:1:1487,73,0,1,812 0/0/1/1:36,30:66:27:1151,27,0,56,1421 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 1/1/1/1:0,23:23:29:861,138,69,29,0 0/0/1/1:24,16:40:6:600,6,0,44,960 0/0/1/1:37,60:97:6:2408,115,0,6,1373 0/1/1/1:30,108:138:99:4537,372,100,0,1034 0/1/1/1:20,49:69:26:2023,138,26,0,718 0/0/0/0:46,0:46:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:38,107:145:74:4453,329,74,0,1348 0/0/0/1:59,12:71:68:394,0,68,224,2509 0/0/1/1:17,12:29:6:453,6,0,30,678 0/0/1/1:49,41:90:37:1574,37,0,75,1927 0/0/0/1:93,17:110:99:546,0,113,363,3966 0/0/1/1:41,43:84:48:1682,57,0,48,1592 0/0/0/1:126,11:137:99:271,0,189,549,5446 0/0/1/1:34,24:58:12:905,12,0,60,1355 0/0/1/1:45,45:90:56:1413,56,0,56,1582 0/0/1/1:36,43:79:33:1697,66,0,33,1382 0/0/1/1:83,69:152:62:2647,62,0,128,3277 0/0/1/1:9,12:21:6:477,20,0,6,342 0/0/0/1:82,30:112:54:1067,0,54,248,3407 0/1/1/1:27,70:97:42:2900,205,42,0,965 0/1/1/1:16,39:55:21:1610,110,21,0,575 0/0/0/1:111,48:159:51:1732,0,51,301,4567 0/0/0/1:33,9:42:31:310,0,31,115,1390 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:98,22:120:99:735,0,106,363,4155 0/0/0/1:36,6:42:45:189,0,45,143,1539 0/0/0/0:76,0:76:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:15,37:52:20:1528,105,20,0,538 0/0/0/1:38,19:57:10:693,0,10,91,1548 0/0/1/1:20,32:52:4:1040,61,0,4,593 0/0/0/1:17,9:26:3:330,0,3,38,690 0/0/1/1:97,67:164:31:2514,31,0,174,3871 0/1/1/1:50,109:159:41:4468,281,41,0,1813 0/0/0/0:100,0:100:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:44,22:66:11:803,0,11,105,1793 0/0/0/1:55,7:62:76:204,0,76,229,2364 0/1/1/1:9,26:35:19:1083,81,19,0,318 0/0/0/1:57,20:77:40:708,0,40,177,2364 0/0/0/1:59,31:90:11:1135,0,11,134,2387 0/1/1/1:16,30:46:5:1216,67,5,0,586 0/0/0/1:35,7:42:41:229,0,41,134,1489 0/0/1/1:23,20:43:20:771,20,0,34,906 0/0/1/1:25,33:58:17:1310,55,0,17,950 0/0/1/1:65,94:159:30:3751,168,0,30,2446 0/1/1/1:28,50:78:4:2019,105,4,0,1029 0/0/1/1:26,23:49:23:888,23,0,38,1023 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,227 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/1/1:33,25:58:17:950,17,0,55,1310 0/0/1/1:13,12:25:13:465,13,0,18,510 0/0/1/1:122,106:228:99:4084,104,0,181,4804 0/1/1/1:10,42:52:44:1777,153,44,0,337 0/0/1/1:40,26:66:8:971,8,0,75,1601 0/1/1/1:21,55:76:34:2280,162,34,0,750 0/0/0/1:48,20:68:24:720,0,24,134,1980 0/1/1/1:25,67:92:43:2271,200,43,0,846 0/0/0/1:35,17:52:10:619,0,10,86,1429 0/0/1/1:86,64:150:41:2428,41,0,146,3418 0/0/0/0:115,0:115:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:49,28:77:2:1030,0,2,100,1975 0/0/1/1:14,13:27:14:405,14,0,19,443 0/1/1/1:26,76:102:56:2592,238,56,0,919 0/1/1/1:31,123:154:99:5195,439,123,0,1055 0/1/1/1:16,63:79:63:2182,224,63,0,424 0/0/0/1:58,28:86:18:1019,0,18,143,2369 0/0/1/1:97,79:176:67:2442,67,0,153,3235 0/1/1/1:18,55:73:43:2298,177,43,0,633 0/0/1/1:78,47:125:4:1383,4,0,152,2909 0/0/1/1:49,71:120:22:2834,127,0,22,1844 0/1/1/1:39,93:132:46:3834,258,46,0,1404 0/0/1/1:64,57:121:59:2201,59,0,92,2516 0/1/1/1:13,83:96:99:3553,334,107,0,403 0/0/1/1:17,19:36:18:747,27,0,18,657 0/0/0/1:102,46:148:41:1666,0,41,267,4186 0/1/1/1:29,83:112:59:3449,258,59,0,1027 0/0/1/1:87,75:162:73:2880,73,0,130,3427 0/0/0/1:32,15:47:11:545,0,11,81,1310 0/0/1/1:26,27:53:31:1055,35,0,31,1010 0/1/1/1:39,112:151:80:3816,348,80,0,1380 0/0/0/0:79,0:79:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:16,9:25:1:331,0,1,33,646 0/0/0/1:111,50:161:45:1810,0,45,291,4555 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:67,0:67:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:77,12:89:99:372,0,99,310,3297 0/0/1/1:47,58:105:39:2294,92,0,39,1799 0/0/0/1:70,19:89:66:653,0,66,243,2948 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:94,627:721:99:26866,2543,821,0,2881 +Chr01 4379183 . A G 204929 PASS AC=195;AF=0.431;AN=452;BaseQRankSum=0;DP=10836;FS=0;MLEAC=198;MLEAF=0.438;MQ=59.99;MQRankSum=0;QD=20.49;ReadPosRankSum=9.23;SOR=0.733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:29,0:29:36:0,36,87,175,1187 1/1/1/1:2,121:123:73:5355,641,280,73,0 0/1/1/1:2,44:46:17:1774,200,71,0,17 0/0/0/1:112,22:134:99:718,0,131,429,4768 0/0/0/1:79,37:116:28:1344,0,28,200,3234 0/0/0/0:139,3:142:57:0,57,292,706,6120 0/0/1/1:38,51:89:25:2027,87,0,25,1442 0/0/1/1:114,124:238:99:4864,173,0,125,4414 0/1/1/1:15,68:83:75:2885,253,75,0,500 0/0/1/1:114,96:210:89:3343,89,0,172,3953 0/0/0/1:51,20:71:30:716,0,30,148,2111 0/0/1/1:13,11:24:10:423,10,0,20,513 0/0/0/1:142,14:156:99:368,0,208,611,6128 0/0/1/1:79,120:199:26:4801,222,0,26,2956 0/0/1/1:73,64:137:64:2468,64,0,107,2873 0/1/1/1:2,54:56:4:2164,248,89,0,4 0/0/0/0:45,0:45:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:94,22:116:99:740,0,99,344,3980 0/0/1/1:107,95:202:98:3667,98,0,155,4199 0/0/1/1:30,21:51:10:791,10,0,53,1196 0/0/1/1:159,163:322:99:6366,211,0,192,6186 0/0/1/1:22,37:59:1:1487,73,0,1,812 0/0/1/1:36,30:66:27:1151,27,0,56,1421 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 1/1/1/1:0,23:23:29:1035,138,69,29,0 0/0/1/1:24,16:40:6:600,6,0,44,960 0/0/1/1:37,60:97:6:2408,115,0,6,1373 0/1/1/1:30,108:138:99:4537,372,100,0,1034 0/1/1/1:20,49:69:26:2023,138,26,0,718 0/0/0/0:17,0:17:21:0,21,51,102,672 0/1/1/1:38,107:145:74:4453,329,74,0,1348 0/0/0/1:59,12:71:68:394,0,68,224,2509 0/0/1/1:17,12:29:6:453,6,0,30,678 0/0/1/1:48,41:89:39:1577,39,0,72,1892 0/0/0/1:93,17:110:99:546,0,113,363,3966 0/0/1/1:41,43:84:48:1682,57,0,48,1592 0/0/0/1:125,11:136:99:273,0,187,544,5403 0/0/1/1:34,24:58:12:905,12,0,60,1355 0/0/1/1:45,45:90:56:1561,56,0,56,1573 0/0/1/1:36,43:79:33:1697,66,0,33,1382 0/0/1/1:83,69:152:62:2647,62,0,128,3277 0/0/1/1:9,12:21:6:477,20,0,6,342 0/0/0/1:82,30:112:54:1067,0,54,248,3407 0/1/1/1:27,70:97:42:2900,205,42,0,965 0/1/1/1:16,39:55:21:1610,110,21,0,575 0/0/0/1:111,48:159:51:1732,0,51,301,4567 0/0/0/1:33,9:42:31:310,0,31,115,1390 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:98,22:120:99:735,0,106,363,4155 0/0/0/1:36,6:42:45:189,0,45,143,1539 0/0/0/0:38,0:38:47:0,47,114,228,1499 0/1/1/1:15,37:52:20:1528,105,20,0,538 0/0/0/1:38,19:57:10:693,0,10,91,1548 0/0/1/1:20,32:52:4:1180,61,0,4,679 0/0/0/1:17,9:26:3:330,0,3,38,690 0/0/1/1:97,67:164:31:2514,31,0,174,3871 0/1/1/1:50,109:159:41:4468,281,41,0,1813 0/0/0/0:100,0:100:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:44,22:66:11:803,0,11,105,1793 0/0/0/1:55,7:62:76:204,0,76,229,2364 0/1/1/1:9,26:35:19:1083,81,19,0,318 0/0/0/1:56,20:76:38:710,0,38,172,2330 0/0/0/1:58,31:89:9:1136,0,9,129,2351 0/1/1/1:16,30:46:5:1216,67,5,0,586 0/0/0/1:35,7:42:41:229,0,41,134,1489 0/0/1/1:23,20:43:20:771,20,0,34,906 0/0/1/1:25,33:58:17:1310,55,0,17,950 0/0/1/1:65,94:159:30:3751,168,0,30,2446 0/1/1/1:28,50:78:4:2019,105,4,0,1029 0/0/1/1:26,23:49:23:888,23,0,38,1023 0/0/0/0:6,0:6:7:0,7,18,36,227 0/0/0/0:4,0:4:5:0,5,12,24,129 0/0/1/1:33,25:58:17:950,17,0,55,1310 0/0/1/1:13,12:25:13:465,13,0,18,510 0/0/1/1:122,106:228:99:4084,104,0,181,4804 0/1/1/1:10,42:52:44:1777,153,44,0,337 0/0/1/1:40,26:66:8:971,8,0,75,1601 0/1/1/1:21,55:76:34:2280,162,34,0,750 0/0/0/1:47,20:67:23:721,0,23,129,1936 0/1/1/1:25,67:92:42:2500,198,42,0,806 0/0/0/1:35,17:52:10:619,0,10,86,1429 0/0/1/1:86,64:150:41:2428,41,0,146,3418 0/0/0/0:115,0:115:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:49,28:77:2:1030,0,2,100,1975 0/0/1/1:14,13:27:14:462,14,0,19,504 0/1/1/1:26,76:102:56:3169,239,56,0,817 0/1/1/1:31,123:154:99:5195,439,123,0,1055 0/1/1/1:16,63:79:63:2408,224,63,0,493 0/0/0/1:58,28:86:18:1019,0,18,143,2369 0/0/1/1:97,79:176:65:2713,65,0,153,3569 0/1/1/1:18,55:73:43:2298,177,43,0,633 0/0/1/1:77,47:124:6:1559,6,0,148,2694 0/0/1/1:49,71:120:22:2834,127,0,22,1643 0/1/1/1:39,93:132:46:3834,258,46,0,1404 0/0/1/1:64,57:121:59:2201,59,0,92,2516 0/1/1/1:13,83:96:99:3553,334,107,0,403 0/0/1/1:17,19:36:18:747,27,0,18,657 0/0/0/1:102,46:148:41:1666,0,41,267,4186 0/1/1/1:29,83:112:59:3449,258,59,0,1027 0/0/1/1:87,75:162:73:2880,73,0,130,3427 0/0/0/1:32,15:47:11:545,0,11,81,1310 0/0/1/1:26,27:53:31:1055,35,0,31,1010 0/1/1/1:39,112:151:80:4660,348,80,0,1158 0/0/0/0:26,0:26:32:0,32,78,157,1086 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:16,9:25:1:331,0,1,33,646 0/0/0/1:111,50:161:45:1810,0,45,291,4555 0/0/0/0:66,0:66:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:67,0:67:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:77,12:89:99:372,0,99,310,3297 0/0/1/1:47,58:105:39:2294,92,0,39,1799 0/0/0/1:70,19:89:66:653,0,66,243,2948 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:94,627:721:99:26866,2543,821,0,2881 +Chr01 4379203 . 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G T 138457 PASS AC=152;AF=0.336;AN=452;BaseQRankSum=0.37;DP=11573;FS=0;MLEAC=154;MLEAF=0.341;MQ=60;MQRankSum=0;QD=14.48;ReadPosRankSum=0;SOR=0.391 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:33,0:33:41:0,41,99,198,1292 0/1/1/1:51,123:174:63:4609,342,63,0,1670 0/0/1/1:7,12:19:0:444,24,0,0,235 0/0/1/1:40,34:74:32:1173,32,0,61,1412 0/0/0/1:85,36:121:41:1181,0,41,234,3167 0/0/0/1:56,23:79:29:827,0,29,157,2312 0/0/0/0:40,0:40:50:0,50,120,240,1474 0/1/1/1:72,202:274:99:7662,621,140,0,2188 0/0/1/1:19,15:34:12:524,12,0,31,667 0/0/0/1:142,17:159:99:430,0,199,596,5621 0/0/0/0:125,0:125:45:0,45,251,613,4947 0/0/0/0:13,0:13:0:0,0,0,32,459 0/0/1/1:84,69:153:59:2390,59,0,131,2957 0/0/0/1:62,21:83:45:674,0,45,193,2310 0/0/0/1:146,20:166:99:533,0,197,600,5655 0/0/0/1:86,18:104:97:536,0,97,323,3344 0/0/0/1:120,32:152:99:982,0,115,419,4626 0/0/0/1:84,18:102:93:527,0,93,313,3219 0/0/0/1:110,23:133:99:673,0,124,414,4275 0/0/1/1:86,135:221:22:4898,253,0,22,2916 0/0/1/1:72,80:152:76:2872,114,0,76,2550 0/0/1/1:69,45:114:14:1525,14,0,128,2471 0/0/0/0:63,0:63:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:58,0:58:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:61,17:78:56:532,0,56,210,2369 0/0/0/0:88,0:88:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:6,25:31:26:977,91,26,0,183 0/1/1/1:6,32:38:38:1261,124,38,0,175 0/0/1/1:28,17:45:2:575,2,0,54,1022 0/0/0/1:48,16:64:36:512,0,36,150,1772 0/1/1/1:14,81:95:99:3198,320,100,0,387 0/0/1/1:45,51:96:46:1809,73,0,46,1567 0/0/1/1:100,69:169:32:2362,32,0,179,3624 0/0/1/1:36,23:59:6:783,6,0,68,1326 0/0/1/1:81,84:165:95:2988,110,0,95,2831 0/0/0/0:44,0:44:18:0,18,91,218,1704 0/0/0/1:63,11:74:77:315,0,77,246,2422 0/0/0/1:36,20:56:3:670,0,3,76,1314 0/0/0/1:175,16:191:99:354,0,259,755,6826 0/0/1/1:13,8:21:1:271,1,0,25,480 0/0/0/1:112,32:144:99:1004,0,101,381,4313 0/0/0/1:71,19:90:68:579,0,68,248,2738 0/1/1/1:49,147:196:99:5637,467,111,0,1556 0/0/0/1:33,19:52:1:638,0,1,67,1223 0/0/1/1:23,17:40:11:590,11,0,39,840 0/0/0/1:67,20:87:57:631,0,57,223,2538 0/0/0/0:132,0:132:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:58,10:68:72:285,0,72,229,2273 0/0/0/1:46,10:56:51:300,0,51,172,1804 0/0/0/0:165,0:165:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:50,8:58:65:181,0,65,201,1979 0/0/0/1:79,39:118:22:1296,0,22,191,2942 0/0/1/1:20,16:36:13:560,13,0,32,727 0/0/0/1:76,5:81:53:53,0,120,340,3051 0/1/1/1:36,125:161:99:4772,431,118,0,742 0/0/0/1:71,20:91:65:626,0,65,242,2712 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:38,34:72:35:1191,35,0,55,1370 0/1/1/1:21,81:102:79:3124,285,79,0,650 0/0/1/1:18,12:30:4:367,4,0,33,662 0/0/0/1:44,5:49:62:124,0,62,184,1677 0/0/0/1:57,31:88:7:1037,0,7,124,2099 0/0/0/1:22,10:32:9:330,0,9,57,831 0/0/0/1:75,4:79:49:49,0,120,338,2971 0/0/0/0:78,0:78:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:74,47:121:11:1563,11,0,140,2736 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:42,10:52:44:305,0,44,152,1610 0/1/1/1:8,16:24:4:600,38,4,0,266 0/0/0/0:3,0:3:4:0,4,9,18,125 1/1/1/1:0,3:3:4:125,18,9,4,0 0/0/0/1:14,2:16:19:54,0,19,57,555 0/0/0/1:49,26:75:8:868,0,8,110,1829 0/0/0/1:114,48:162:56:1574,0,56,314,4250 0/0/0/1:32,13:45:17:425,0,17,91,1194 0/0/0/1:17,2:19:24:50,0,24,72,677 0/0/1/1:42,42:84:52:1501,52,0,52,1489 0/0/1/1:45,36:81:29:1260,29,0,72,1576 0/0/0/1:83,21:104:83:654,0,83,296,3213 0/0/1/1:62,70:132:63:2514,102,0,63,2168 0/1/1/1:47,83:130:5:3068,172,5,0,1576 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:61,22:83:42:667,0,42,187,2340 0/1/1/1:13,54:67:56:2110,196,56,0,397 0/1/1/1:31,115:146:99:4333,396,108,0,965 0/0/1/1:74,74:148:92:2645,92,0,92,2633 0/0/0/1:37,16:53:17:526,0,17,100,1391 0/0/0/1:53,12:65:57:363,0,57,196,2063 0/0/0/1:70,10:80:93:270,0,93,285,2744 0/0/0/0:92,0:92:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:1,68:69:49:2786,369,166,49,0 0/0/0/1:107,45:152:52:1463,0,52,294,4007 0/0/0/1:88,20:108:95:605,0,95,324,3433 0/0/0/0:290,0:290:0:0,0,0,0,511 0/0/1/1:61,42:103:19:1445,19,0,109,2206 0/0/0/0:41,0:41:0:0,0,40,154,1546 0/1/1/1:11,90:101:99:3524,376,125,0,281 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:108,0:108:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:84,20:104:88:610,0,88,305,3259 0/0/0/1:184,51:235:99:1569,0,170,634,7100 0/1/1/1:56,117:173:38:4282,291,38,0,1782 0/0/0/0:43,0:43:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:113,5:118:38:38,0,184,514,4492 0/0/1/1:47,45:92:53:1591,53,0,62,1674 0/0/0/1:197,52:249:99:1589,0,190,691,7601 0/0/0/1:116,19:135:99:534,0,147,462,4542 0/0/0/0:159,0:159:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:45,9:54:52:266,0,52,172,1757 0/0/1/1:46,45:91:54:1594,54,0,59,1635 0/1/1/1:16,59:75:57:2272,206,57,0,467 0/0/0/0:157,0:157:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:344,446:790:99:16204,738,0,248,11826 +Chr01 5360549 . 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G A 631457 PASS AC=340;AF=0.746;AN=456;BaseQRankSum=-0.76;DP=18971;FS=0;MLEAC=342;MLEAF=0.75;MQ=60;MQRankSum=0;QD=33.29;ReadPosRankSum=0;SOR=2.624 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1/1/1:0,62:62:77:2790,373,187,77,0 0/1/1/1:31,197:228:99:8432,792,254,0,962 0/1/1/1:11,33:44:25:1378,105,25,0,388 0/1/1/1:63,304:367:99:12904,1150,346,0,2076 0/1/1/1:14,221:235:99:9585,988,347,0,270 0/0/1/1:93,116:209:76:4591,185,0,76,3556 0/1/1/1:25,138:163:99:5887,539,168,0,802 0/0/1/1:92,136:228:37:5434,247,0,37,3454 0/1/1/1:19,88:107:98:3736,329,98,0,631 0/1/1/1:32,193:225:99:8235,768,244,0,1006 0/0/1/1:24,33:57:14:1313,57,0,14,908 0/1/1/1:9,32:41:29:1346,110,29,0,311 0/1/1/1:39,206:245:99:8778,797,245,0,1263 1/1/1/1:1,151:152:99:6750,865,413,150,0 0/1/1/1:16,294:310:99:12766,1326,470,0,256 0/1/1/1:8,176:184:92:7652,802,286,0,92 0/0/1/1:63,104:167:7:4177,202,0,7,2332 0/1/1/1:84,182:266:68:7457,468,68,0,3047 0/1/1/1:42,160:202:99:6731,563,155,0,1437 0/1/1/1:24,191:215:99:8212,797,264,0,697 0/1/1/1:87,216:303:99:8910,615,118,0,3121 0/1/1/1:16,193:209:99:8348,844,292,0,383 0/1/1/1:10,69:79:91:2959,281,91,0,304 1/1/1/1:0,17:17:21:765,102,51,21,0 1/1/1/1:0,15:15:19:675,90,45,19,0 0/1/1/1:36,85:121:41:3502,234,41,0,1297 0/1/1/1:28,68:96:35:2806,191,35,0,1006 0/0/1/1:78,74:152:85:2872,85,0,104,3052 0/1/1/1:19,56:75:41:2336,177,41,0,671 0/1/1/1:11,72:83:94:3084,291,94,0,339 0/1/1/1:40,160:200:99:6759,573,161,0,1359 0/1/1/1:30,71:101:35:2926,196,35,0,1081 0/1/1/1:15,114:129:99:4897,472,156,0,442 1/1/1/1:2,116:118:67:5130,611,265,67,0 0/1/1/1:7,45:52:58:1927,181,58,0,217 0/1/1/1:18,88:106:99:3742,334,101,0,592 0/1/1/1:34,120:154:99:5045,410,109,0,1175 0/1/1/1:28,68:96:35:2791,191,35,0,1006 0/1/1/1:11,67:78:85:2865,267,85,0,345 0/1/1/1:78,170:248:65:6968,439,65,0,2828 0/1/1/1:9,42:51:47:1783,157,47,0,298 0/1/1/1:22,110:132:99:4680,420,127,0,720 0/1/1/1:27,91:118:79:3819,305,79,0,939 0/1/1/1:29,82:111:57:3413,253,57,0,1028 0/0/1/1:32,38:70:29:1499,58,0,29,1229 0/1/1/1:25,156:181:99:6675,625,199,0,780 0/1/1/1:17,86:103:99:3660,329,100,0,555 1/1/1/1:0,180:180:99:8100,1084,542,225,0 0/1/1/1:8,117:125:99:5071,520,182,0,166 0/1/1/1:19,114:133:99:4873,453,144,0,598 1/1/1/1:0,147:147:99:6615,885,442,184,0 0/1/1/1:19,76:95:77:3211,272,77,0,646 0/1/1/1:5,80:85:95:3470,358,126,0,95 0/1/1/1:28,92:120:78:3856,305,78,0,976 0/1/1/1:23,70:93:54:2924,224,54,0,809 0/1/1/1:52,132:184:76:5462,382,76,0,1862 0/1/1/1:35,102:137:74:4235,320,74,0,1237 1/1/1/1:0,217:217:99:9732,1306,653,271,0 0/1/1/1:10,105:115:99:4534,453,155,0,259 0/1/1/1:41,173:214:99:7322,630,181,0,1382 0/1/1/1:10,49:59:56:2084,186,56,0,329 0/1/1/1:24,209:233:99:8999,883,296,0,674 0/1/1/1:22,98:120:99:4155,363,106,0,735 0/0/1/1:52,61:113:49:2405,92,0,49,2000 0/1/1/1:10,49:59:56:2084,186,56,0,329 0/1/1/1:30,102:132:89:4282,344,89,0,1042 0/1/1/1:26,134:160:99:5706,515,158,0,846 0/1/1/1:41,113:154:76:4697,344,76,0,1457 0/1/1/1:9,94:103:99:4058,406,138,0,233 0/1/1/1:9,114:123:99:4933,501,174,0,208 0/1/1/1:16,32:48:8:1304,76,8,0,584 0/1/1/1:11,99:110:99:4265,420,141,0,305 0/0/1/1:18,31:49:0:1248,62,0,0,663 0/1/1/1:46,124:170:80:5148,372,80,0,1638 0/1/1/1:17,125:142:99:5350,515,169,0,506 0/0/1/1:43,71:114:4:2852,138,0,4,1592 0/1/1/1:21,57:78:37:2367,172,37,0,747 0/1/1/1:24,58:82:30:2393,162,30,0,863 0/1/1/1:16,58:74:54:2441,200,54,0,551 0/1/1/1:25,59:84:29:2431,162,29,0,901 0/0/1/1:75,85:160:76:3343,124,0,76,2893 0/1/1/1:20,152:172:99:6530,630,207,0,590 1/1/1/1:0,145:145:99:6525,873,436,181,0 0/1/1/1:32,123:155:99:5189,434,120,0,1094 0/1/1/1:4,60:64:81:2601,267,94,0,81 0/0/1/1:47,77:124:6:3092,149,0,6,1742 0/1/1/1:45,119:164:74:4935,353,74,0,1605 0/1/1/1:37,212:249:99:9052,835,262,0,1177 0/1/1/1:33,150:183:99:6364,558,165,0,1099 0/1/1/1:4,124:128:1:5401,573,206,0,1 0/1/1/1:40,229:269:99:9778,902,283,0,1273 0/1/1/1:6,109:115:98:4733,491,174,0,98 0/1/1/1:37,227:264:99:9709,906,288,0,1159 0/0/1/1:98,104:202:99:4072,140,0,112,3802 0/1/1/1:36,205:241:99:8752,806,253,0,1147 0/1/1/1:19,107:126:99:4567,420,131,0,607 0/1/1/1:19,49:68:29:2029,143,29,0,679 0/1/1/1:34,82:116:42:3383,229,42,0,1223 0/1/1/1:20,127:147:99:5436,510,163,0,621 0/1/1/1:15,144:159:99:6210,615,208,0,405 0/1/1/1:58,376:434:99:16101,1517,487,0,1791 1/1/1/1:0,195:195:99:8775,1174,587,244,0 0/1/1/1:82,187:269:82:7688,501,82,0,2779 1/1/1/1:0,292:292:99:13140,1758,879,365,0 0/1/1/1:33,201:234:99:8595,802,255,0,1035 0/1/1/1:17,108:125:99:4623,434,139,0,528 0/1/1/1:20,127:147:99:5436,510,163,0,621 1/1/1/1:0,306:306:99:13770,1842,921,382,0 1/1/1/1:0,97:97:99:4365,584,292,121,0 0/0/1/1:120,118:238:99:4594,144,0,153,4684 0/1/1/1:15,109:124:99:4679,448,147,0,449 0/0/1/1:133,127:260:99:4932,148,0,177,5202 1/1/1/1:0,571:571:99:25679,3438,1719,713,0 0/0/0/1:937,534:1471:43:19645,0,43,1923,37780 +Chr01 5461377 . C T 223978 PASS AC=195;AF=0.431;AN=452;BaseQRankSum=-0.209;DP=14378;FS=0;MLEAC=197;MLEAF=0.436;MQ=60;MQRankSum=0;QD=16.13;ReadPosRankSum=0;SOR=0.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1/1/1:10,30:40:22:1099,94,22,0,320 0/0/1/1:46,68:114:19:2410,122,0,19,1550 0/0/1/1:12,10:22:9:339,9,0,19,435 0/0/0/1:220,112:332:52:3600,0,52,517,8152 0/0/0/1:160,67:227:81:2122,0,81,445,5990 0/0/1/1:82,54:136:18:1823,18,0,151,2972 0/1/1/1:13,93:106:99:3618,382,125,0,349 0/0/0/0:184,0:184:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:122,64:186:23:1942,0,23,277,4395 0/0/1/1:175,120:295:52:4046,52,0,315,6354 0/0/1/1:48,35:83:21:1177,21,0,82,1715 0/0/1/1:24,15:39:3:509,3,0,46,885 0/0/1/1:47,63:110:31:2233,106,0,31,1633 0/1/1/1:75,132:207:6:4805,271,6,0,2480 0/0/1/1:126,155:281:99:5421,242,0,105,4288 0/1/1/1:22,172:194:99:6746,716,237,0,529 0/0/0/1:168,13:181:99:255,0,256,738,6613 0/0/0/1:135,60:195:58:1843,0,58,356,4942 0/0/1/1:101,114:215:99:4024,164,0,104,3564 0/0/1/1:92,116:208:70:4109,187,0,70,3054 0/0/0/1:116,34:150:99:1071,0,101,388,4351 0/0/0/0:175,5:180:39:0,39,332,847,6944 0/0/0/1:31,10:41:24:319,0,24,99,1164 0/0/0/0:1,0:1:1:0,1,3,6,15 ./././.:1,0:1:.:0,0,0,0,0 0/0/1/1:54,59:113:59:2076,82,0,59,1903 0/0/1/1:16,11:27:5:378,5,0,29,575 0/0/0/1:59,23:82:34:737,0,34,171,2208 0/0/0/0:32,0:32:40:0,40,96,191,1183 0/0/0/1:39,5:44:53:130,0,53,161,1518 0/0/1/1:49,49:98:61:1728,61,0,61,1752 0/0/1/1:14,18:32:11:600,29,0,11,489 0/0/0/1:27,8:35:23:252,0,23,90,1014 0/0/0/1:85,26:111:71:776,0,71,279,3151 0/0/0/1:31,6:37:37:176,0,37,119,1208 0/0/0/1:48,7:55:63:190,0,63,194,1847 0/0/1/1:31,34:65:33:1225,48,0,33,1087 0/0/0/1:75,23:98:63:729,0,63,248,2853 0/1/1/1:24,64:88:41:2278,190,41,0,699 0/0/1/1:57,61:118:65:2093,82,0,65,2027 0/0/0/1:82,22:104:78:648,0,78,285,3086 0/0/0/1:68,21:89:57:654,0,57,224,2593 0/0/0/1:45,11:56:46:337,0,46,162,1745 0/0/1/1:69,41:110:2:1357,2,0,135,2515 0/1/1/1:32,74:106:34:2734,200,34,0,1016 0/0/1/1:53,43:96:36:1472,36,0,83,1893 0/0/0/1:57,3:60:24:24,0,91,258,2256 0/1/1/1:30,74:104:40:2659,209,40,0,925 0/0/0/1:59,26:85:25:856,0,25,156,2178 0/1/1/1:28,88:116:70:3329,285,70,0,879 0/0/1/1:75,126:201:3:4567,247,0,3,2472 0/0/1/1:33,29:62:30:1014,30,0,47,1116 0/0/0/1:63,7:70:90:172,0,90,266,2467 0/0/0/1:69,35:104:18:1055,0,18,164,2540 0/0/1/1:33,33:66:41:1180,41,0,41,1180 0/1/1/1:92,163:256:10:5928,338,10,0,3007 0/0/1/1:35,55:90:8:1927,103,0,8,1160 0/0/1/1:84,99:183:79:3465,148,0,79,2923 0/0/1/1:61,58:119:67:2033,67,0,81,2110 0/0/1/1:42,32:74:22:1082,22,0,70,1518 0/0/0/0:30,1:31:2:0,2,51,139,1167 0/0/0/1:62,10:72:79:268,0,79,248,2452 0/0/0/1:111,20:131:99:577,0,134,431,4233 0/0/0/1:119,12:131:99:281,0,172,505,4536 0/0/1/1:28,34:62:25:1178,52,0,25,983 0/0/0/1:41,17:58:21:557,0,21,114,1535 0/0/1/1:65,44:109:19:1511,19,0,116,2280 0/1/1/1:43,77:120:6:2777,162,6,0,1417 0/1/1/1:33,63:96:11:2313,142,11,0,1101 0/0/1/1:29,24:53:21:831,21,0,45,1052 0/0/1/1:14,17:31:12:617,27,0,12,491 0/1/1/1:4,14:18:13:531,48,13,0,126 0/0/0/1:48,10:58:55:267,0,55,182,1862 0/0/1/1:73,56:129:40:1903,40,0,120,2514 0/0/1/1:52,65:117:43:2120,100,0,43,1742 0/1/1/1:27,77:104:54:2921,238,54,0,857 0/0/0/1:52,20:72:31:650,0,31,153,1975 0/0/0/1:101,34:135:75:1078,0,75,317,3764 0/0/0/1:43,25:68:1:809,0,1,87,1569 0/0/1/1:41,35:76:33:1233,33,0,62,1484 0/0/0/1:149,40:189:99:1189,0,142,519,5686 0/0/0/1:94,40:134:45:1301,0,45,255,3504 0/1/1/1:51,126:177:68:4682,357,68,0,1630 0/0/0/1:106,34:140:84:1047,0,84,341,3978 0/0/0/1:32,7:39:35:210,0,35,119,1230 0/0/1/1:53,35:88:11:1122,11,0,98,1882 0/0/0/1:83,32:115:51:985,0,51,244,3127 0/0/1/1:42,43:85:51:1528,55,0,51,1474 0/0/1/1:77,52:129:21:1736,21,0,139,2772 0/1/1/1:38,85:123:36:3113,224,36,0,1185 0/0/0/1:121,65:186:17:2161,0,17,265,4411 0/1/1/1:28,54:82:11:1935,124,11,0,910 0/0/0/1:186,80:266:86:2592,0,86,505,6927 0/0/0/1:201,11:212:99:130,0,321,906,8018 0/1/1/1:82,185:267:79:6912,491,79,0,2658 0/0/1/1:71,65:136:71:2258,71,0,98,2524 0/0/0/1:62,7:69:88:173,0,88,262,2458 0/0/1/1:67,41:108:6:1364,6,0,129,2418 0/0/1/1:89,74:163:63:2401,63,0,139,3157 0/0/1/1:56,94:150:3:3427,184,0,3,1876 0/0/0/1:51,11:62:56:318,0,56,190,1956 0/0/1/1:58,77:135:38:2767,129,0,38,1941 0/0/0/1:191,51:242:99:1573,0,182,666,7318 0/1/1/1:26,99:125:96:3823,347,96,0,806 0/0/0/1:210,40:250:99:1156,0,249,809,8180 0/0/1/1:26,25:51:29:891,29,0,34,932 0/1/1/1:36,70:106:15:2608,162,15,0,1200 0/1/1/1:44,122:166:83:4618,372,83,0,1390 0/0/1/1:79,67:146:63:2305,63,0,118,2741 0/0/0/1:108,47:155:49:1521,0,49,291,4093 0/0/1/1:77,84:161:84:2937,116,0,84,2701 0/0/0/1:99,38:137:59:1192,0,59,289,3707 0/1/1/1:92,330:422:99:12611,1134,304,0,2822 0/1/1/1:202,512:714:99:19095,1470,291,0,6511 +Chr01 5498184 . C T 82390.2 PASS AC=96;AF=0.212;AN=452;BaseQRankSum=-3.157;DP=17640;FS=0;MLEAC=97;MLEAF=0.215;MQ=60;MQRankSum=0;QD=7.68;ReadPosRankSum=0;SOR=0.113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:106,68:174:16:2102,16,0,199,3827 0/0/0/0:23,0:23:29:0,29,69,137,745 0/0/0/1:170,36:206:99:929,0,192,640,6658 0/0/0/1:255,18:273:99:313,0,395,1129,10195 0/0/0/0:250,0:250:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:95,24:119:95:715,0,95,338,3689 0/0/0/0:108,0:108:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:48,82:130:1:2862,161,0,1,1620 0/0/0/1:137,11:148:99:167,0,209,602,5475 0/0/0/1:62,15:77:66:342,0,66,227,2404 0/0/0/1:100,14:114:99:340,0,134,409,3924 0/0/0/0:35,0:35:44:0,44,105,209,1248 0/0/0/1:244,56:300:99:1432,0,264,901,9514 0/0/0/0:315,0:315:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:169,0:169:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:162,128:290:97:4158,97,0,262,5807 0/0/0/0:157,0:157:35:0,35,288,736,6126 0/0/0/0:209,0:209:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:49,18:67:33:540,0,33,149,1859 0/0/0/1:33,15:48:14:407,0,14,87,1252 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:11,0:11:14:0,14,33,65,344 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:20,38:58:6:1363,85,6,0,668 0/0/0/1:141,9:150:91:91,0,222,631,5650 0/0/1/1:51,33:84:9:1020,9,0,95,1890 0/0/0/1:38,20:58:6:644,0,6,85,1375 0/0/0/1:231,78:309:99:2354,0,173,731,8848 0/0/0/1:96,7:103:99:106,0,148,423,3786 0/0/0/1:199,18:217:99:297,0,298,866,7957 0/0/0/1:120,48:168:70:1348,0,70,348,4561 0/0/0/1:61,5:66:92:103,0,92,267,2436 0/0/1/1:46,50:96:50:1691,69,0,50,1632 0/0/0/1:290,19:309:99:250,0,453,1290,11534 0/0/1/1:100,71:171:30:2081,30,0,179,3686 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:166,49:215:99:1289,0,149,564,6418 0/0/0/1:125,31:156:99:795,0,130,453,4888 0/0/0/0:110,0:110:38:0,38,218,534,4282 0/0/1/1:98,84:182:76:2634,76,0,149,3548 0/0/0/1:235,32:267:99:772,0,318,968,9265 0/0/0/1:123,27:150:99:721,0,136,457,4778 0/0/0/1:48,5:53:69:107,0,69,205,1915 0/1/1/1:29,153:182:99:5604,582,179,0,842 0/0/0/1:162,19:181:99:453,0,228,681,6394 0/0/0/0:136,0:136:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:178,0:178:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:149,0:149:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:206,15:221:99:224,0,318,911,8204 0/0/1/1:102,67:169:19:2103,19,0,189,3726 0/0/0/0:98,0:98:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:68,8:76:96:189,0,96,286,2695 0/0/0/0:228,0:228:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:120,27:147:99:694,0,131,445,4645 0/0/0/1:103,11:114:99:207,0,148,439,4110 0/0/0/1:148,7:155:54:54,0,238,668,5823 0/0/0/1:64,5:69:68:68,0,98,281,2545 0/0/0/0:67,0:67:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:54,15:69:50:433,0,50,186,2098 0/0/0/1:118,29:147:99:712,0,123,428,4630 0/0/0/1:100,11:113:99:225,0,144,426,4002 0/0/0/0:199,0:199:0:0,0,289,849,7591 0/0/0/1:113,26:139:99:691,0,122,415,4334 0/0/0/1:143,13:156:99:253,0,212,619,5643 0/0/0/1:71,7:78:99:162,0,104,305,2824 0/0/1/1:71,80:151:72:2786,115,0,72,2481 0/0/1/1:11,7:18:1:182,1,0,21,406 0/0/0/0:1,0:1:1:0,1,3,6,15 0/1/1/1:13,29:42:12:1029,75,12,0,417 0/0/0/1:115,41:156:79:1231,0,79,351,4373 0/0/0/0:212,0:212:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:41,0:41:14:0,14,82,200,1617 0/0/0/1:53,30:83:4:944,0,4,111,1944 0/0/0/1:68,12:80:83:344,0,83,266,2639 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:85,74:159:67:2253,67,0,126,3010 0/0/0/0:164,0:164:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:164,62:226:99:1897,0,103,486,6186 0/0/0/1:156,34:190:99:985,0,172,582,6154 0/0/1/1:26,44:70:1:1567,87,0,1,875 0/0/0/0:270,0:270:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:98,14:112:99:323,0,131,400,3824 0/0/0/0:137,0:137:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:191,0:191:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:140,0:140:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:195,166:361:99:5340,151,0,295,6995 0/0/0/0:189,0:189:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:162,0:162:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:222,53:275:99:1403,0,235,810,8571 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:38,8:46:43:239,0,43,143,1492 0/1/1/1:63,118:181:18:4135,261,18,0,2050 0/0/0/1:176,55:231:99:1591,0,146,578,6747 0/0/0/0:126,0:126:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:242,37:279:99:826,0,316,980,9585 0/0/0/1:118,26:144:99:727,0,130,439,4608 0/0/0/0:408,0:408:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:146,0:146:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:121,36:157:99:1047,0,105,406,4651 0/0/0/1:137,11:148:99:136,0,209,602,5469 0/0/0/1:168,11:179:99:148,0,262,748,6725 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,161,977 0/0/1/1:13,20:33:4:632,36,0,4,444 0/0/0/1:142,34:176:99:1014,0,148,515,5552 0/0/1/1:73,89:162:65:2812,133,0,65,2582 0/0/0/1:108,11:119:99:194,0,158,464,4322 0/1/1/1:51,129:180:73:4640,370,73,0,1660 0/0/0/0:1334,0:1334:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 5498203 . C G 89941.3 PASS AC=97;AF=0.215;AN=452;BaseQRankSum=0.334;DP=17640;FS=0;MLEAC=97;MLEAF=0.215;MQ=60;MQRankSum=0;QD=8.38;ReadPosRankSum=0;SOR=0.113 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:106,68:174:19:2282,19,0,198,3804 0/0/0/0:23,0:23:29:0,29,69,138,910 0/0/0/1:170,36:206:99:1013,0,191,636,6442 0/0/0/1:255,18:273:99:325,0,394,1129,10120 0/0/0/0:250,0:250:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:95,24:119:94:740,0,94,336,3605 0/0/0/0:108,0:108:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:48,82:130:1:3023,163,1,0,1571 0/0/0/1:137,11:148:99:222,0,208,600,5441 0/0/0/1:62,15:77:64:459,0,64,224,2386 0/0/0/1:100,14:114:99:376,0,134,410,3956 0/0/0/0:35,0:35:44:0,44,105,210,1397 0/0/0/1:244,56:300:99:1686,0,260,895,9438 0/0/0/0:315,0:315:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:169,0:169:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:162,129:291:99:4515,105,0,256,5640 0/0/0/0:157,0:157:11:0,11,264,712,6116 0/0/0/0:209,0:209:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:49,18:67:33:520,0,33,149,1836 0/0/0/1:33,15:48:13:495,0,13,86,1247 0/0/0/0:61,0:61:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:11,0:11:14:0,14,33,65,344 0/0/0/0:87,0:87:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:20,38:58:7:1407,86,7,0,668 0/0/0/1:141,9:150:99:146,0,221,630,5647 0/0/1/1:51,33:84:10:1126,10,0,95,1873 0/0/0/1:38,20:58:7:656,0,7,86,1395 0/0/0/1:231,78:309:99:2500,0,172,729,8847 0/0/0/1:96,7:103:99:130,0,148,425,3800 0/0/0/1:199,18:217:99:395,0,296,861,7873 0/0/0/1:120,48:168:67:1566,0,67,342,4517 0/0/0/1:61,5:66:92:103,0,92,267,2418 0/0/1/1:46,50:96:50:1800,69,0,50,1632 0/0/0/1:290,19:309:99:317,0,453,1291,11524 0/0/1/1:100,71:171:37:2383,37,0,176,3639 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:166,49:215:99:1466,0,144,555,6280 0/0/0/1:125,31:156:99:952,0,126,446,4814 0/0/0/0:110,0:110:26:0,26,206,522,4282 0/0/1/1:98,84:182:80:2870,80,0,147,3490 0/0/0/1:235,32:267:99:827,0,317,967,9274 0/0/0/1:123,27:150:99:812,0,135,458,4798 0/0/0/1:48,5:53:69:119,0,69,205,1903 0/1/1/1:29,154:183:99:6010,595,184,0,845 0/0/0/1:162,19:181:99:477,0,227,680,6350 0/0/0/0:136,0:136:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:178,0:178:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:149,0:149:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:207,14:221:99:242,0,322,918,8143 0/0/1/1:102,67:169:22:2290,22,0,188,3708 0/0/0/0:98,0:98:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:68,8:76:96:201,0,96,286,2707 0/0/0/0:228,0:228:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:90,0:90:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:120,27:147:99:785,0,131,444,4645 0/0/0/1:103,11:114:99:265,0,148,439,4083 0/0/0/1:148,7:155:65:65,0,240,673,5890 0/0/0/1:64,5:69:87:87,0,97,280,2507 0/0/0/0:67,0:67:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:54,15:69:50:457,0,50,186,2086 0/0/0/1:118,29:147:99:878,0,120,423,4527 0/0/0/1:100,13:113:99:340,0,136,413,3898 0/0/0/0:199,0:199:0:0,0,291,852,7646 0/0/0/1:113,26:139:99:752,0,121,415,4396 0/0/0/1:143,13:156:99:286,0,212,619,5660 0/0/0/1:71,7:78:99:162,0,103,303,2771 0/0/1/1:71,79:150:74:2785,111,0,74,2471 0/0/1/1:11,7:18:2:238,2,0,21,405 0/0/0/0:1,0:1:1:0,1,3,6,15 0/1/1/1:13,29:42:12:1085,76,12,0,417 0/0/0/1:114,43:157:72:1352,0,72,338,4298 0/0/0/0:212,0:212:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:59,0:59:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:41,0:41:14:0,14,82,200,1629 0/0/0/1:53,30:83:3:976,0,3,109,1904 0/0/0/1:68,12:80:84:344,0,84,267,2683 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:85,74:159:72:2537,72,0,125,2993 0/0/0/0:164,0:164:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:164,62:226:99:1989,0,100,479,6048 0/0/0/1:156,34:190:99:1021,0,172,582,6105 0/0/1/1:26,44:70:1:1627,87,0,1,863 0/0/0/0:270,0:270:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:98,14:112:99:366,0,130,401,3875 0/0/0/0:137,0:137:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:191,0:191:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:140,0:140:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:195,166:361:99:5789,157,0,291,6895 0/0/0/0:189,0:189:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:162,0:162:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:222,52:274:99:1570,0,233,808,8550 0/0/0/0:96,0:96:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:38,8:46:43:227,0,43,142,1460 0/1/1/1:63,118:181:18:4378,262,18,0,2105 0/0/0/1:177,55:232:99:1733,0,146,582,6805 0/0/0/0:126,0:126:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:242,38:280:99:1057,0,311,971,9477 0/0/0/1:118,27:145:99:794,0,126,432,4519 0/0/0/0:408,0:408:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:146,0:146:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:121,36:157:99:1124,0,104,403,4586 0/0/0/1:137,11:148:99:199,0,207,596,5313 0/0/0/1:168,11:179:99:183,0,263,749,6693 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,161,977 0/0/1/1:13,20:33:4:736,37,0,4,444 0/0/0/1:142,34:176:99:1038,0,148,515,5537 0/0/1/1:73,89:162:62:3218,140,0,62,2530 0/0/0/1:108,11:119:99:258,0,157,462,4266 0/1/1/1:51,130:181:75:4869,376,75,0,1661 0/0/0/0:1334,0:1334:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 6092303 . A G 46084.6 PASS AC=69;AF=0.153;AN=452;BaseQRankSum=1.11;DP=12069;FS=0;MLEAC=70;MLEAF=0.155;MQ=60;MQRankSum=0;QD=7.77;ReadPosRankSum=0;SOR=0.098 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/1/1:14,10:24:5:333,5,0,25,551 0/0/1/1:73,77:150:84:2717,103,0,84,2736 0/0/0/1:51,14:65:48:425,0,48,177,2134 0/0/0/0:168,0:168:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:185,0:185:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:58,11:69:69:321,0,69,223,2280 0/0/0/1:89,6:95:91:91,0,139,396,3858 0/0/0/0:111,0:111:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:109,0:109:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:163,0:163:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:60,7:67:84:163,0,84,252,2458 0/0/0/1:19,4:23:21:119,0,21,70,734 0/0/0/1:200,54:254:99:1657,0,189,694,7973 0/0/0/1:125,57:182:49:1803,0,49,325,4881 0/0/0/0:165,0:165:0:0,0,0,0,2621 0/1/1/1:44,77:121:3:2756,156,3,0,1569 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:62,51:113:45:1767,45,0,95,2192 0/0/0/1:174,54:228:99:1689,0,144,572,7073 0/0/1/1:78,61:139:46:2130,46,0,127,3066 0/0/0/0:159,0:159:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:206,0:206:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/1:11,5:16:4:165,0,4,29,422 0/0/0/1:60,8:68:81:211,0,81,247,2477 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:69,22:91:55:771,0,55,224,2886 0/0/0/0:55,0:55:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:25,0:25:31:0,31,75,150,994 0/0/0/1:79,25:104:64:795,0,64,258,3274 0/0/0/0:111,0:111:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:15,18:33:13:653,28,0,13,543 0/0/0/0:102,0:102:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:73,0:73:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:68,0:68:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:167,0:167:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:142,0:142:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:61,8:69:83:210,0,83,252,2496 0/0/0/1:69,30:99:31:974,0,31,186,2799 0/0/0/0:126,0:126:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:44,3:47:52:52,0,68,196,1865 0/0/0/0:97,0:97:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:94,49:143:18:1532,0,18,214,3456 0/0/0/1:62,12:74:73:340,0,73,239,2611 0/0/0/0:107,0:107:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:69,0:69:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:52,4:56:78:78,0,79,228,2055 0/0/0/0:27,0:27:34:0,34,81,161,989 0/0/0/0:50,0:50:14:0,14,93,234,1825 0/0/0/1:119,15:134:99:388,0,164,495,4841 0/0/0/1:51,15:66:44:473,0,44,171,2015 0/0/0/0:53,0:53:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:70,14:84:81:413,0,81,266,2940 0/0/0/1:33,5:38:43:138,0,43,134,1360 0/0/0/0:116,0:116:0:0,0,0,0,2353 0/0/1/1:53,43:96:36:1484,36,0,83,1957 0/0/0/0:63,0:63:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:46,14:60:39:443,0,39,153,1852 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:21,0:21:26:0,26,63,125,738 0/0/0/1:57,3:60:36:36,0,91,255,2307 0/0/0/0:37,0:37:46:0,46,111,222,1382 0/0/0/0:42,0:42:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:70,19:89:66:592,0,66,243,2821 0/0/0/0:86,0:86:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:59,12:71:68:325,0,68,223,2215 0/0/0/1:88,10:98:99:248,0,124,369,3394 0/0/0/1:53,11:64:60:315,0,60,198,2090 0/0/0/1:32,14:46:14:506,0,14,86,1316 0/0/0/0:13,0:13:0:0,0,9,44,459 0/0/0/1:40,14:54:28:451,0,28,124,1604 0/0/0/0:65,0:65:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:121,34:155:99:1040,0,111,415,5089 0/0/0/1:125,24:149:99:678,0,148,482,5266 0/0/0/1:88,41:129:32:1253,0,32,225,3407 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,90,550 0/0/0/0:93,0:93:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:28,0:28:35:0,35,84,168,1117 0/0/0/1:71,41:112:2:1334,0,2,143,2684 0/0/0/0:122,0:122:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:187,17:204:99:363,0,276,804,7455 0/0/0/1:80,11:91:99:281,0,108,329,3240 0/0/0/0:103,0:103:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:15,0:15:19:0,19,45,90,574 0/0/1/1:108,64:172:2:2362,2,0,212,4333 0/0/0/1:87,8:95:99:203,0,129,377,3758 0/0/0/1:42,9:51:47:238,0,47,157,1682 0/0/0/1:105,10:115:99:227,0,154,450,4146 0/0/0/1:92,20:112:99:600,0,102,343,3778 0/0/0/0:121,0:121:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:146,26:172:99:735,0,179,571,5981 0/0/0/0:99,0:99:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:306,0:306:0:0,0,0,0,8745 0/0/0/1:46,20:66:21:722,0,21,124,1892 0/0/0/0:39,0:39:49:0,49,117,234,1504 0/0/0/0:74,0:74:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:190,0:190:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:70,18:88:69:556,0,69,248,2819 0/0/0/0:212,0:212:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:133,17:150:99:442,0,183,553,5717 0/0/0/1:126,25:151:99:817,0,147,482,5362 0/0/1/1:71,97:168:42:3455,166,0,42,2513 0/0/0/0:173,0:173:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:76,0:76:0:0,0,0,0,522 0/0/1/1:84,50:134:3:1685,3,0,165,3219 0/0/0/1:105,11:116:99:262,0,152,448,4185 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:122,0:122:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:59,30:89:13:975,0,13,136,2225 0/0/0/1:110,14:124:99:408,0,152,458,4728 0/0/0/0:188,0:188:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:625,0:625:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 6092328 . 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C T 104649 PASS AC=130;AF=0.288;AN=452;BaseQRankSum=-0.034;DP=12318;FS=0;MLEAC=131;MLEAF=0.29;MQ=60;MQRankSum=0;QD=9.81;ReadPosRankSum=0;SOR=0.162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:24,0:24:30:0,30,72,144,866 0/0/0/1:133,17:150:99:399,0,184,555,5718 0/1/1/1:21,44:65:14:1588,109,14,0,754 0/0/0/1:184,33:217:99:938,0,224,719,7636 0/0/0/1:147,38:185:99:1139,0,144,520,6138 0/0/0/1:50,19:69:31:617,0,31,148,2070 0/0/0/1:75,20:95:72:609,0,72,262,3161 0/1/1/1:10,101:111:99:3860,432,147,0,232 0/0/0/1:88,20:108:95:605,0,95,324,3726 0/0/0/1:106,56:162:18:1846,0,18,239,4247 0/0/0/1:43,24:67:3:804,0,3,91,1737 0/0/1/1:13,10:23:7:348,7,0,22,516 0/0/0/1:211,43:254:99:1274,0,242,800,8665 0/0/0/1:136,46:182:99:1432,0,102,429,5639 0/0/0/1:132,33:165:99:1015,0,133,472,5576 0/0/0/1:84,38:122:34:1254,0,34,219,3446 0/0/0/1:75,41:116:9:1360,0,9,162,2986 0/0/0/1:93,20:113:99:599,0,104,348,3943 0/0/0/1:165,63:228:99:2010,0,101,487,6840 0/0/0/1:104,35:139:79:1018,0,79,330,4228 0/0/0/1:103,53:156:23:1702,0,23,240,4127 0/0/0/1:163,43:206:99:1274,0,157,571,6566 0/0/0/1:46,9:55:54:240,0,54,177,1933 ./././.:0,0:0:.:0,0,0,0,0 0/0/0/0:16,0:16:20:0,20,48,96,580 0/0/0/1:55,13:68:57:384,0,57,199,2188 0/0/1/1:28,33:61:26:1171,50,0,26,1012 0/0/0/1:63,28:91:27:879,0,27,168,2589 0/1/1/1:11,44:55:45:1694,159,45,0,295 0/0/0/1:20,5:25:20:154,0,20,72,794 0/0/0/1:74,30:104:40:980,0,40,210,3051 0/0/0/1:106,5:111:62:62,0,172,482,4607 0/0/0/1:28,5:33:35:113,0,35,111,1196 0/0/1/1:72,58:130:48:2019,48,0,115,2701 0/0/0/1:60,13:73:66:390,0,66,223,2450 0/0/0/1:47,20:67:23:625,0,23,130,1937 0/0/0/0:162,5:167:24:0,24,294,773,6915 0/0/1/1:87,55:142:12:1870,12,0,165,3422 0/1/1/1:23,46:69:12:1713,110,12,0,817 0/0/0/1:87,12:99:99:296,0,117,358,3731 0/0/0/1:107,19:126:99:515,0,132,420,4456 0/0/1/1:24,23:47:25:724,25,0,33,940 0/0/0/1:91,6:97:99:101,0,142,406,3942 0/0/0/1:108,35:143:85:1092,0,85,348,4514 0/0/1/1:38,36:74:41:1208,41,0,51,1475 0/0/1/1:62,44:106:23:1507,23,0,109,2445 0/0/0/1:49,20:69:26:630,0,26,138,2018 0/0/0/0:56,0:56:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:19,8:27:9:250,0,9,52,735 0/0/1/1:27,22:49:19:759,19,0,43,1009 0/0/0/0:134,0:134:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:57,9:66:73:239,0,73,229,2440 0/0/0/1:49,4:53:74:82,0,74,215,2071 0/0/0/1:73,11:84:95:278,0,95,295,2887 0/0/0/1:35,3:38:53:64,0,53,153,1513 0/0/1/1:66,49:115:30:1621,30,0,113,2557 0/0/0/1:86,10:96:99:238,0,121,363,3635 0/0/0/0:62,0:62:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:47,13:60:44:394,0,44,162,1978 0/0/0/1:92,25:117:86:779,0,86,319,3687 0/1/1/1:6,15:21:8:620,43,8,0,215 0/0/0/1:55,5:60:82:110,0,82,239,2289 0/0/0/1:34,2:36:17:17,0,54,153,1446 0/0/0/0:41,0:41:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:79,10:89:99:235,0,109,329,3396 0/0/0/1:77,9:86:99:226,0,108,324,3238 0/0/0/1:60,11:71:73:318,0,73,234,2559 0/0/0/1:90,8:98:99:143,0,135,392,3879 0/0/0/1:48,16:64:36:512,0,36,153,2004 0/1/1/1:16,30:46:5:1083,67,5,0,586 0/0/0/0:13,0:13:0:0,0,0,31,421 0/0/0/0:54,0:54:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:32,33:65:38:1165,43,0,38,1244 0/0/0/1:115,40:155:83:1243,0,83,359,4792 0/0/1/1:76,73:149:86:2553,86,0,99,2818 0/0/1/1:80,49:129:6:1579,6,0,155,3212 0/0/0/1:10,4:14:5:131,0,5,28,347 0/0/0/1:142,20:162:99:502,0,190,582,6041 0/0/0/1:21,7:28:16:224,0,16,67,873 0/0/0/1:104,8:112:99:156,0,159,458,4405 0/0/1/1:65,56:121:54:1939,54,0,97,2561 0/0/0/1:138,66:204:45:2096,0,45,345,5538 0/0/0/0:91,0:91:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:71,31:102:32:1029,0,32,191,2791 0/0/0/0:15,0:15:0:0,0,3,44,531 0/0/0/1:111,61:172:14:1913,0,14,241,4285 0/1/1/1:34,61:95:4:2167,127,4,0,1187 0/0/0/1:40,11:51:38:312,0,38,139,1685 0/0/1/1:102,74:176:43:2538,43,0,176,3909 0/0/0/1:80,33:113:42:1068,0,42,224,3201 0/0/0/1:107,14:121:99:336,0,147,445,4505 0/0/0/0:116,0:116:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:142,30:172:99:847,0,160,534,5804 0/0/0/1:94,4:98:38:38,0,153,429,4088 0/0/0/1:227,75:302:99:2579,0,174,725,9449 0/0/1/1:27,39:66:14:1335,67,0,14,1018 0/0/0/1:26,13:39:7:420,0,7,62,1043 0/0/0/1:51,23:74:21:716,0,21,135,1985 0/0/0/1:156,31:187:99:913,0,181,596,6398 0/0/0/1:71,17:88:74:507,0,74,258,2920 0/0/0/0:212,0:212:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:80,70:150:69:2405,69,0,118,3149 0/0/0/1:109,44:153:60:1358,0,60,309,4146 0/0/0/0:168,0:168:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:80,92:172:80:3182,134,0,80,3033 0/0/0/1:68,7:75:99:165,0,99,291,2930 0/0/0/1:98,36:134:65:1110,0,65,297,4072 0/0/0/0:117,0:117:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:84,0:84:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:66,57:123:55:2169,55,0,98,2591 0/0/0/0:89,0:89:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:29,95:124:80:3616,314,80,0,1012 0/0/0/0:188,0:188:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:387,303:690:99:10202,224,0,634,15336 +Chr01 6092351 . 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G A 157396 PASS AC=141;AF=0.312;AN=452;BaseQRankSum=-0.572;DP=17515;FS=0;MLEAC=143;MLEAF=0.316;MQ=60;MQRankSum=0;QD=16.8;ReadPosRankSum=0;SOR=0.496 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0/0/0:33,0:33:41:0,41,99,198,1266 0/0/1/1:87,61:148:30:2059,30,0,155,3308 0/0/0/0:57,0:57:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:51,135:186:85:5544,401,85,0,1762 0/0/1/1:98,75:173:52:2783,52,0,163,3890 0/0/0/0:143,0:143:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:83,61:144:37:2059,37,0,143,3057 0/0/0/0:99,3:102:7:0,7,172,465,4320 0/1/1/1:26,54:80:17:1996,134,17,0,898 0/0/1/1:37,26:63:13:980,13,0,66,1450 0/0/0/1:41,24:65:0:807,0,0,81,1517 0/0/0/0:27,0:27:0:0,0,39,116,1044 0/0/0/0:137,0:137:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:189,33:222:99:932,0,233,744,7804 0/0/0/0:206,0:206:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:218,0:218:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:71,28:99:41:990,0,41,205,2919 0/0/1/1:127,98:225:70:3353,70,0,210,4735 0/0/0/1:142,78:220:16:2523,0,16,306,5303 0/0/0/0:209,0:209:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:94,20:114:99:662,0,105,352,3948 0/0/1/1:29,28:57:33:1076,33,0,38,1121 0/1/1/1:3,8:11:5:332,24,5,0,107 0/0/0/0:24,0:24:30:0,30,72,144,976 0/0/0/0:12,0:12:15:0,15,36,72,449 0/0/0/0:114,0:114:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:27,44:71:4:1766,85,0,4,989 0/0/1/1:133,107:240:86:3623,86,0,212,5228 0/0/0/1:72,21:93:64:729,0,64,243,3024 0/0/0/1:8,2:10:8:68,0,8,29,313 0/0/1/1:91,75:166:65:2633,65,0,142,3509 0/0/0/0:87,2:89:37:0,37,184,443,3738 0/0/0/1:77,3:80:11:11,0,127,353,3126 0/1/1/1:19,88:107:98:3699,330,98,0,580 0/0/1/1:32,26:58:22:963,22,0,50,1233 0/0/1/1:105,140:245:70:4999,235,0,70,3934 0/0/1/1:62,72:134:59:2831,108,0,59,2354 0/0/1/1:57,71:128:46:2810,114,0,46,2136 0/0/0/0:91,0:91:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:82,0:82:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:80,144:224:13:5814,306,13,0,2894 0/0/0/0:187,0:187:0:0,0,0,0,3249 0/0/1/1:40,32:72:26:1120,26,0,64,1545 0/0/1/1:80,118:198:34:4213,212,0,34,2862 0/0/0/1:54,25:79:21:795,0,21,139,2039 0/1/1/1:14,78:92:95:3310,305,95,0,448 0/1/1/1:14,38:52:25:1540,114,25,0,486 0/0/0/1:181,60:241:99:1871,0,138,576,6965 0/0/0/0:88,0:88:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:161,0:161:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:110,0:110:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:83,22:105:80:683,0,80,291,3425 0/0/1/1:35,29:64:26:995,26,0,54,1357 0/0/0/0:74,0:74:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:85,31:116:56:990,0,56,258,3374 0/0/0/0:47,0:47:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:108,0:108:50:0,50,120,241,1800 1/1/1/1:2,94:96:84:4127,523,244,84,0 0/0/1/1:107,63:170:2:2109,2,0,210,3953 0/0/0/0:139,0:139:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:20,12:32:1:393,1,0,39,752 0/0/0/0:153,0:153:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:7,60:67:85:2564,253,85,0,198 0/1/1/1:25,60:85:30:2475,167,30,0,837 0/0/1/1:63,54:117:52:1903,52,0,95,2274 0/1/1/1:36,63:99:2:2507,128,2,0,1325 0/0/0/1:119,23:142:99:674,0,140,457,4848 0/0/0/1:148,86:234:1:2878,0,1,294,5674 0/0/0/1:111,25:136:99:755,0,120,410,4520 0/0/0/1:104,25:129:99:764,0,108,377,4296 0/0/0/1:37,11:48:32:347,0,32,124,1421 1/1/1/1:0,8:8:10:360,48,24,10,0 0/0/0/1:37,20:57:5:669,0,5,81,1461 0/0/0/0:151,0:151:0:0,0,0,0,794 0/0/0/0:216,0:216:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:115,0:115:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:11,103:114:99:4443,442,150,0,158 0/1/1/1:14,116:130:99:4991,487,162,0,375 0/1/1/1:13,58:71:63:2460,215,63,0,402 0/0/0/0:168,0:168:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:31,104:135:89:3939,346,89,0,980 0/0/0/0:191,0:191:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:120,53:173:53:1647,0,53,321,4469 0/1/1/1:36,81:117:35:3299,215,35,0,1270 0/0/0/1:27,5:32:32:145,0,32,105,1119 0/0/0/0:181,0:181:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:108,75:183:36:2793,36,0,191,4140 0/0/0/1:126,69:195:14:2286,0,14,271,4797 0/0/0/0:161,0:161:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:196,0:196:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:155,0:155:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:23,38:61:0:1527,75,0,0,720 0/0/0/0:214,0:214:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:9,127:136:99:5445,563,197,0,128 0/0/0/1:247,90:337:99:2830,0,165,749,9865 0/0/1/1:97,57:154:1:1893,1,0,192,3682 0/0/1/1:46,65:111:24:2313,114,0,24,1681 0/0/1/1:153,97:250:22:3580,22,0,289,6100 0/0/0/1:49,9:58:60:212,0,60,191,2045 0/0/0/0:105,0:105:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:24,71:95:53:2923,224,53,0,847 0/0/0/1:271,66:337:99:1978,0,279,979,10800 0/0/0/0:154,0:154:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:69,0:69:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:84,19:103:91:552,0,91,311,3562 0/0/1/1:35,39:74:37:1331,54,0,37,1241 0/0/0/1:135,39:174:99:1226,0,120,458,5404 0/0/0/0:156,0:156:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:7,64:71:32:2690,274,94,0,32 0/0/0/1:82,25:107:69:872,0,69,271,3365 ./././.:331,0:331:.:0,0,0,0,0 0/0/1/1:130,218:348:8:7906,426,0,8,4616 0/0/0/0:83,0:83:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:1705,0:1705:50:0,50,120,241,1800 +Chr01 6432368 . 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AGCTCTGAG A 154604 PASS AC=133;AF=0.292;AN=456;BaseQRankSum=3.4;DP=15273;FS=0;MLEAC=129;MLEAF=0.283;MQ=60;MQRankSum=0;QD=18.48;ReadPosRankSum=0;SOR=0.549 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1/1/1:0,3:3:4:135,18,9,4,0 0/0/0/0:176,0:176:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:25,3:28:35:86,0,35,105,1076 0/0/1/1:84,68:152:57:2602,57,0,133,3322 0/1/1/1:15,30:45:8:1222,72,8,0,547 0/0/0/1:195,19:214:99:497,0,286,840,8417 0/0/0/0:124,0:124:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:196,49:247:99:1663,0,201,711,8349 0/0/0/0:229,0:229:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:54,95:149:5:3831,196,5,0,1986 0/0/0/0:118,0:118:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:106,0:106:50:0,50,120,241,1800 0/1/1/1:13,54:67:56:2284,196,56,0,439 0/0/0/0:348,0:348:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:176,0:176:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:178,0:178:50:0,50,120,241,1800 0/0/1/1:68,79:147:66:3113,118,0,66,2618 0/0/0/0:213,0:213:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/0:80,0:80:50:0,50,120,241,1800 0/0/0/1:59,23:82:35:823,0,35,172,2443 0/0/1/1:36,51:87:19:2033,90,0,19,1358 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b/tests/data/polyploid/fastq/98.fastq.gz differ diff --git a/tests/data/polyploid/fastq/P1.fastq.gz b/tests/data/polyploid/fastq/P1.fastq.gz new file mode 100644 index 0000000..3a79c69 Binary files /dev/null and b/tests/data/polyploid/fastq/P1.fastq.gz differ diff --git a/tests/data/polyploid/fastq/P2.fastq.gz b/tests/data/polyploid/fastq/P2.fastq.gz new file mode 100644 index 0000000..760b24f Binary files /dev/null and b/tests/data/polyploid/fastq/P2.fastq.gz differ diff --git a/tests/data/polyploid/fastq/samples_info.txt b/tests/data/polyploid/fastq/samples_info.txt new file mode 100644 index 0000000..9e13e9d --- /dev/null +++ b/tests/data/polyploid/fastq/samples_info.txt @@ -0,0 +1,4 @@ +tests/data/polyploid/fastq/1.fastq.gz 1 1 +tests/data/polyploid/fastq/98.fastq.gz 98 98 +tests/data/polyploid/fastq/P1.fastq.gz P1 P1 +tests/data/polyploid/fastq/P2.fastq.gz P2 P2 diff --git a/tests/data/polyploid/vcfs/freebayes_Chr04.sub.vcf.gz b/tests/data/polyploid/vcfs/freebayes_Chr04.sub.vcf.gz new file mode 100644 index 0000000..3a004c0 Binary files /dev/null and b/tests/data/polyploid/vcfs/freebayes_Chr04.sub.vcf.gz differ diff --git a/tests/data/polyploid/vcfs/gatk_Chr04.sub.vcf.gz b/tests/data/polyploid/vcfs/gatk_Chr04.sub.vcf.gz new file mode 100644 index 0000000..c6a2a83 Binary files /dev/null and b/tests/data/polyploid/vcfs/gatk_Chr04.sub.vcf.gz differ diff --git a/tests/data/polyploid/vcfs_norm/freebayes_vcf_norm.vcf.gz b/tests/data/polyploid/vcfs_norm/freebayes_vcf_norm.vcf.gz new file mode 100644 index 0000000..ec43962 Binary files /dev/null and b/tests/data/polyploid/vcfs_norm/freebayes_vcf_norm.vcf.gz differ diff --git a/tests/data/polyploid/vcfs_norm/gatk_vcf_norm.vcf.gz b/tests/data/polyploid/vcfs_norm/gatk_vcf_norm.vcf.gz new file mode 100644 index 0000000..652db0f Binary files /dev/null and b/tests/data/polyploid/vcfs_norm/gatk_vcf_norm.vcf.gz differ diff --git a/tests/pipelines/EmpiricalMaps/diploid/inputs.json b/tests/pipelines/EmpiricalMaps/diploid/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..daf9b03 --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/EmpiricalMaps/diploid/inputs.json @@ -0,0 +1,21 @@ +{ + "Maps.dataset": { + "parent2": "PT_M", + "name": "populus_sub", + "parent1": "PT_F", + "chromosome": "Chr10", + "cross": "F1", + "multiallelics": true + }, + "Maps.max_cores": 2, + "Maps.ploidy": 2, + "Maps.gatk_mchap": "FALSE", + "Maps.vcfs_counts_source": ["vcf","bam","vcf","bam"], + "Maps.vcfs": ["tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/gatk_fullpop/gatk_bam_norm_filt.recode.vcf.gz", + "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/gatk_fullpop/gatk_vcf_norm_filt.recode.vcf.gz", + "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/freebayes_fullpop/freebayes_bam_norm_filt.recode.vcf.gz", + "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/freebayes_fullpop/freebayes_vcf_norm_filt.recode.vcf.gz"], + "Maps.vcfs_software": ["gatk", "gatk", "freebayes", "freebayes"], + "Maps.filter_noninfo": true, + "Maps.replaceADbyMissing": "TRUE" + } diff --git a/tests/pipelines/EmpiricalMaps/diploid/test.yaml b/tests/pipelines/EmpiricalMaps/diploid/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..f777b0c --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/EmpiricalMaps/diploid/test.yaml @@ -0,0 +1,6 @@ +- name: Build linkage maps from VCFs + tags: + - empiricalmaps + command: miniwdl run -i tests/pipelines/EmpiricalMaps/inputs.json pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.wdl + files: + - path: _LAST/out//EmpiricalReads_results/EmpiricalReads_results.tar.gz \ No newline at end of file diff --git a/tests/pipelines/EmpiricalMaps/polyploid/inputs.json b/tests/pipelines/EmpiricalMaps/polyploid/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..98aee41 --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/EmpiricalMaps/polyploid/inputs.json @@ -0,0 +1,20 @@ +{ + "Maps.dataset": { + "parent2": "GeorgeVancouver", + "name": "rose_sub", + "parent1": "MordenBlush", + "chromosome": "Chr01", + "cross": "F1", + "multiallelics": false + }, + "Maps.max_cores": 20, + "Maps.ploidy": 4, + "Maps.filters": "-r Chr01", + "Maps.gatk_mchap": "FALSE", + "Maps.vcfs_counts_source": ["vcf","vcf"], + "Maps.vcfs": ["/home/rose_lab/freebayes_tetraploid/gatk_norm.vcf.gz", + "/home/rose_lab/freebayes_tetraploid/freebayes_norm.vcf.gz"], + "Maps.vcfs_software": ["gatk", "freebayes"], + "Maps.filter_noninfo": true, + "Maps.replaceADbyMissing": "TRUE" + } diff --git a/tests/pipelines/EmpiricalMaps/polyploid/test.yaml b/tests/pipelines/EmpiricalMaps/polyploid/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..118e65e --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/EmpiricalMaps/polyploid/test.yaml @@ -0,0 +1,6 @@ +- name: Build linkage maps from VCFs + tags: + - empiricalmaps + command: miniwdl run -i tests/pipelines/EmpiricalMaps/polyploid/inputs.json pipelines/EmpiricalMaps/EmpiricalMaps.wdl + files: + - path: _LAST/out//EmpiricalReads_results/EmpiricalReads_results.tar.gz \ No newline at end of file diff --git a/tests/pipelines/EmpiricalSNPCalling/inputs.json b/tests/pipelines/EmpiricalSNPCalling/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..2298a04 --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/EmpiricalSNPCalling/inputs.json @@ -0,0 +1,23 @@ +{ + "SNPCalling.max_cores": 2, + "SNPCalling.ploidy": 4, + "SNPCalling.rm_dupli": false, + "SNPCalling.replaceAD": false, + "SNPCalling.run_gatk": true, + "SNPCalling.run_freebayes": true, + "SNPCalling.hardfilters": true, + "SNPCalling.n_chrom": 1, + "SNPCalling.chunk_size": 2, + "SNPCalling.samples_info": "tests/data/polyploid/fastq/samples_info.txt", + "SNPCalling.gatk_mchap": false, + "SNPCalling.references": { + "ref_fasta": "tests/data/polyploid/RchinensisV1.0/Chr04_sub.fasta", + "ref_dict": "tests/data/polyploid/RchinensisV1.0/Chr04_sub.dict", + "ref_ann": "tests/data/polyploid/RchinensisV1.0/Chr04_sub.fasta.ann", + "ref_sa": "tests/data/polyploid/RchinensisV1.0/Chr04_sub.fasta.sa", + "ref_amb": "tests/data/polyploid/RchinensisV1.0/Chr04_sub.fasta.amb", + "ref_pac": "tests/data/polyploid/RchinensisV1.0/Chr04_sub.fasta.pac", + "ref_bwt": "tests/data/polyploid/RchinensisV1.0/Chr04_sub.fasta.bwt", + "ref_fasta_index": "tests/data/polyploid/RchinensisV1.0/Chr04_sub.fasta.fai" + } +} diff --git a/tests/pipelines/EmpiricalSNPCalling/test.yaml b/tests/pipelines/EmpiricalSNPCalling/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..c79860e --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/EmpiricalSNPCalling/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Build linkage maps from VCFs + tags: + - snpcalling + command: miniwdl run -i tests/pipelines/EmpiricalSNPCalling/inputs.json pipelines/EmpiricalSNPCalling/EmpiricalSNPCalling.wdl diff --git a/tests/pipelines/SimultedReads2Map/inputs.json b/tests/pipelines/SimultedReads2Map/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..1e24a24 --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/SimultedReads2Map/inputs.json @@ -0,0 +1,42 @@ +{ + "SimulatedReads.filters": "-q 0.05:minor", + "SimulatedReads.hardfilters": true, + "SimulatedReads.family": { + "seed": 1000, + "cross": "F1", + "popsize": 50, + "ploidy": 2 + }, + "SimulatedReads.references": { + "ref_fasta": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa", + "ref_dict": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.dict", + "ref_ann": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa.ann", + "ref_sa": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa.sa", + "ref_amb": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa.amb", + "ref_pac": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa.pac", + "ref_bwt": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa.bwt", + "ref_fasta_index": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa.fai" + }, + "SimulatedReads.n_chrom": 1, + "SimulatedReads.chunk_size": 40, + "SimulatedReads.max_cores": 5, + "SimulatedReads.number_of_families": 1, + "SimulatedReads.gatk_mchap": false, + "SimulatedReads.global_seed": 8080, + "SimulatedReads.sequencing": { + "emp_vcf": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/simulations_refs/gatk_noindels_maxmissing0.75_maf0.05.recode_subset.vcf", + "enzyme1": "HinDIII", + "pcr_cycles": 5, + "vcf_parent1": "PT_M", + "library_type": "ddRAD", + "depth_parents": 20, + "mapsize": 30, + "rm_dupli": "FALSE", + "depth": 20, + "ref_map": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/simulations_refs/ref.map.chr10.taniguti_subset.csv", + "enzyme2": "NlaIII", + "multiallelics": "TRUE", + "vcf_parent2": "PT_F", + "chromosome": "Chr10" + } +} diff --git a/tests/pipelines/SimultedReads2Map/test.yaml b/tests/pipelines/SimultedReads2Map/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..935113c --- /dev/null +++ b/tests/pipelines/SimultedReads2Map/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Reads Simulations + tags: + - simulations + command: miniwdl run -i tests/pipelines/SimulatedReads2Map/inputs.json pipelines/SimulatedReads2Map/SimulatedReads2Map.wdl diff --git a/tests/subworkflows/freebayes_genotyping/test.yaml b/tests/subworkflows/freebayes_genotyping/test.yaml index 42077df..ac1ceb4 100644 --- a/tests/subworkflows/freebayes_genotyping/test.yaml +++ b/tests/subworkflows/freebayes_genotyping/test.yaml @@ -4,4 +4,6 @@ command: miniwdl run -i tests/subworkflows/freebayes_genotyping/inputs.json subworkflows/freebayes_genotyping.wdl files: - path: _LAST/out/vcfEval/vcfEval.txt - md5sum: 3a1f85f0d7125de3faa3868e53b64101 \ No newline at end of file + md5sum: 3a1f85f0d7125de3faa3868e53b64101 + - path: _LAST/out/vcfs/0/vcf_norm.vcf.gz + - path: _LAST/out/vcfs/1/freebayes_bam_vcf.vcf.gz \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/freebayes_genotyping/test_output_vcf_equal.py b/tests/subworkflows/freebayes_genotyping/test_output_vcf_equal.py new file mode 100644 index 0000000..71f1fb5 --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/freebayes_genotyping/test_output_vcf_equal.py @@ -0,0 +1,16 @@ +from pathlib import Path + +import pytest + + +@pytest.mark.workflow("Freebayes SNP calling") +def test_ensure_vcf_1_are_equal(workflow_dir, compare_files): + vcf1 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/vcfs/0/vcf_norm.vcf.gz") + vcf2 = Path("tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/freebayes/vcf_norm.vcf.gz") + vcf3 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/vcfs/1/freebayes_bam_vcf.vcf.gz") + vcf4 = Path("tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/freebayes/freebayes_bam_vcf.vcf.gz") + + + # Asserts + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf1, vcf2) + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf3, vcf4) diff --git a/tests/subworkflows/gatk_genotyping/test_output_vcf_equal.py b/tests/subworkflows/gatk_genotyping/test_output_vcf_equal.py new file mode 100644 index 0000000..b7b6432 --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/gatk_genotyping/test_output_vcf_equal.py @@ -0,0 +1,15 @@ +from pathlib import Path + +import pytest + +# Parei aqui! Adaptar os caminhos +@pytest.mark.workflow("SNP and genotype calling with GATK") +def test_ensure_vcf_1_are_equal(workflow_dir, compare_files): + vcf1 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/vcfs/0/vcf_norm.vcf.gz") + vcf2 = Path("tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/gatk/vcf_norm.vcf.gz") + vcf3 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/vcfs/1/gatk_bam_vcf.vcf.gz") + vcf4 = Path("tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/gatk/gatk_bam_vcf.vcf.gz") + + # Asserts + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf1, vcf2) + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf3, vcf4) diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/inputs.json b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..21a2603 --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/inputs.json @@ -0,0 +1,14 @@ +{ + "onemapMapsEmp.cross": "F1", + "onemapMapsEmp.ploidy": 2, + "onemapMapsEmp.CountsFrom": "VCF", + "onemapMapsEmp.parent2": "PT_M", + "onemapMapsEmp.max_cores": 2, + "onemapMapsEmp.SNPCall_program": "freebayes", + "onemapMapsEmp.multiallelics_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/multiallelics_gatk.vcf.gz", + "onemapMapsEmp.GenotypeCall_program": "polyrad", + "onemapMapsEmp.multiallelics": true, + "onemapMapsEmp.parent1": "PT_F", + "onemapMapsEmp.chromosome": "Chr10", + "onemapMapsEmp.vcf_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/biallelics_gatk.vcf.gz" + } \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/test.yaml b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..e758eee --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/test.yaml @@ -0,0 +1,10 @@ +- name: Use updog polyRAD or SuperMASSA to call dosages + tags: + - regenotyping + - genotyping_empirical + command: miniwdl run -i tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/inputs.json subworkflows/genotyping_empirical.wdl + files: + - path: _LAST/out/maps_report/1/freebayes_VCF_polyrad0.05_map_report.tsv.gz + md5sum: 83ef1b8c3f2209d71019149a5cf8ac03 + - path: _LAST/out/maps_report/0/freebayes_VCF_polyrad_map_report.tsv.gz + md5sum: d0a3acceb2f4d233437082758e11f8c7 \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/test_output_vcf_equal.py b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/test_output_vcf_equal.py new file mode 100644 index 0000000..4cb783d --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/polyrad/test_output_vcf_equal.py @@ -0,0 +1,12 @@ +from pathlib import Path + +import pytest + +# Parei aqui! Adaptar os caminhos +@pytest.mark.workflow("Use updog polyRAD or SuperMASSA to call dosages") +def test_ensure_vcf_1_are_equal(workflow_dir, compare_files): + vcf1 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/regeno_vcf/regeno.vcf") + vcf2 = Path("tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/genotyping_vcfs/freebayes/polyrad/regeno.vcf") + + # Asserts + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf1, vcf2) diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/inputs.json b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..872c375 --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/inputs.json @@ -0,0 +1,14 @@ +{ + "onemapMapsEmp.cross": "F1", + "onemapMapsEmp.ploidy": 2, + "onemapMapsEmp.CountsFrom": "VCF", + "onemapMapsEmp.parent2": "PT_M", + "onemapMapsEmp.max_cores": 2, + "onemapMapsEmp.SNPCall_program": "freebayes", + "onemapMapsEmp.multiallelics_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/multiallelics_gatk.vcf.gz", + "onemapMapsEmp.GenotypeCall_program": "supermassa", + "onemapMapsEmp.multiallelics": true, + "onemapMapsEmp.parent1": "PT_F", + "onemapMapsEmp.chromosome": "Chr10", + "onemapMapsEmp.vcf_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/biallelics_gatk.vcf.gz" + } \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/test.yaml b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..a860f97 --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/test.yaml @@ -0,0 +1,10 @@ +- name: Use updog polyRAD or SuperMASSA to call dosages + tags: + - regenotyping + - genotyping_empirical + command: miniwdl run -i tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/inputs.json subworkflows/genotyping_empirical.wdl + files: + - path: _LAST/out/maps_report/1/freebayes_VCF_supermassa0.05_map_report.tsv.gz + md5sum: 96cd6a8147dac759bb3b0ab56ce12ad7 + - path: _LAST/out/maps_report/0/freebayes_VCF_supermassa_map_report.tsv.gz + md5sum: aef9ef4f5a2962f5972657e6a336259f \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/test_output_vcf_equal.py b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/test_output_vcf_equal.py new file mode 100644 index 0000000..869118e --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/supermassa/test_output_vcf_equal.py @@ -0,0 +1,12 @@ +from pathlib import Path + +import pytest + +# Parei aqui! Adaptar os caminhos +@pytest.mark.workflow("Use updog polyRAD or SuperMASSA to call dosages") +def test_ensure_vcf_1_are_equal(workflow_dir, compare_files): + vcf1 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/regeno_vcf/regeno.vcf") + vcf2 = Path("tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/genotyping_vcfs/freebayes/supermassa/regeno.vcf") + + # Asserts + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf1, vcf2) diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/inputs.json b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/inputs.json similarity index 88% rename from tests/subworkflows/genotyping_empirical/inputs.json rename to tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/inputs.json index fdca3ec..0966b51 100644 --- a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/inputs.json +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/inputs.json @@ -1,13 +1,14 @@ { "onemapMapsEmp.cross": "F1", + "onemapMapsEmp.ploidy": 2, "onemapMapsEmp.CountsFrom": "VCF", "onemapMapsEmp.parent2": "PT_M", "onemapMapsEmp.max_cores": 2, "onemapMapsEmp.SNPCall_program": "freebayes", "onemapMapsEmp.multiallelics_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/multiallelics_gatk.vcf.gz", "onemapMapsEmp.GenotypeCall_program": "updog", - "onemapMapsEmp.multiallelics": "TRUE", + "onemapMapsEmp.multiallelics": true, "onemapMapsEmp.parent1": "PT_F", "onemapMapsEmp.chromosome": "Chr10", "onemapMapsEmp.vcf_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/biallelics_gatk.vcf.gz" - } \ No newline at end of file +} \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/test.yaml b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..5119fef --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/test.yaml @@ -0,0 +1,10 @@ +- name: Use updog polyRAD or SuperMASSA to call dosages + tags: + - regenotyping + - genotyping_empirical + command: miniwdl run -i tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/inputs.json subworkflows/genotyping_empirical.wdl + files: + - path: _LAST/out/maps_report/1/freebayes_VCF_updog0.05_map_report.tsv.gz + md5sum: 71bc4410991efd0bb7e8ec2414ba17f1 + - path: _LAST/out/maps_report/0/freebayes_VCF_updog_map_report.tsv.gz + md5sum: 6403f838779e405f357089f9a8a66ac0 \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/test_output_vcf_equal.py b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/test_output_vcf_equal.py new file mode 100644 index 0000000..95c202c --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/freebayes/updog/test_output_vcf_equal.py @@ -0,0 +1,11 @@ +from pathlib import Path + +import pytest + +@pytest.mark.workflow("Use updog polyRAD or SuperMASSA to call dosages") +def test_ensure_vcf_1_are_equal(workflow_dir, compare_files): + vcf1 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/regeno_vcf/regeno.vcf") + vcf2 = Path("tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/genotyping_vcfs/freebayes/updog/regeno.vcf") + + # Asserts + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf1, vcf2) diff --git a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/test.yaml b/tests/subworkflows/genotyping_empirical/test.yaml deleted file mode 100644 index 6ff137b..0000000 --- a/tests/subworkflows/genotyping_empirical/test.yaml +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -- name: Use updog polyRAD or SuperMASSA to call dosages - tags: - - regenotyping - - genotyping_empirical - command: miniwdl run -i tests/subworkflows/genotyping_empirical/inputs.json subworkflows/genotyping_empirical.wdl diff --git a/tests/subworkflows/gusmap_maps_empirical/inputs.json b/tests/subworkflows/gusmap_maps_empirical/inputs.json index 7b11f44..289d023 100644 --- a/tests/subworkflows/gusmap_maps_empirical/inputs.json +++ b/tests/subworkflows/gusmap_maps_empirical/inputs.json @@ -2,8 +2,8 @@ "gusmapMapsEmp.max_cores": 2, "gusmapMapsEmp.SNPCall_program": "gatk", "gusmapMapsEmp.GenotypeCall_program": "gusmap", + "gusmapMapsEmp.CountsFrom": "vcf", "gusmapMapsEmp.vcf_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/biallelics_gatk.vcf.gz", "gusmapMapsEmp.parent2": "PT_M", - "gusmapMapsEmp.vcf_bam_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/biallelics_gatk_bam.vcf.gz", "gusmapMapsEmp.parent1": "PT_F" } \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/mappoly_maps_empirical/inputs.json b/tests/subworkflows/mappoly_maps_empirical/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..289d023 --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/mappoly_maps_empirical/inputs.json @@ -0,0 +1,9 @@ +{ + "gusmapMapsEmp.max_cores": 2, + "gusmapMapsEmp.SNPCall_program": "gatk", + "gusmapMapsEmp.GenotypeCall_program": "gusmap", + "gusmapMapsEmp.CountsFrom": "vcf", + "gusmapMapsEmp.vcf_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/biallelics_gatk.vcf.gz", + "gusmapMapsEmp.parent2": "PT_M", + "gusmapMapsEmp.parent1": "PT_F" + } \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/mappoly_maps_empirical/test.yaml b/tests/subworkflows/mappoly_maps_empirical/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..9bd86eb --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/mappoly_maps_empirical/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Build GUSMap map + tags: + - gusmap + command: miniwdl run -i tests/subworkflows/gusmap_maps_empirical/inputs.json subworkflows/gusmap_maps_empirical.wdl \ No newline at end of file diff --git a/tests/subworkflows/norm_filt_vcf/inputs.json b/tests/subworkflows/norm_filt_vcf/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..aabc701 --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/norm_filt_vcf/inputs.json @@ -0,0 +1,9 @@ +{ + "Normalization.reference_dict": "/home/rose_lab/genome/OBDH_1.0_formated.dict", + "Normalization.vcf_in": "/home/rose_lab/freebayes_tetraploid/freebayes_merged.sorted.vcf.gz", + "Normalization.reference": "/home/rose_lab/genome/OBDH_1.0_formated.fasta", + "Normalization.counts_source": "vcf", + "Normalization.ploidy": 4, + "Normalization.program": "freebayes", + "Normalization.reference_idx": "/home/rose_lab/genome/OBDH_1.0_formated.fasta.fai" +} diff --git a/tests/subworkflows/norm_filt_vcf/test.yaml b/tests/subworkflows/norm_filt_vcf/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..4c259fd --- /dev/null +++ b/tests/subworkflows/norm_filt_vcf/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Normalize variants and get stats + tags: + - normalization + command: miniwdl run -i tests/subworkflows/norm_filt_vcf/inputs.json subworkflows/norm_filt_vcf.wdl \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/inputs.json b/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..30e8a79 --- /dev/null +++ b/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/inputs.json @@ -0,0 +1,7 @@ +{ + "vcfs": ["tests/data/polyploid/vcfs/gatk_Chr04.sub.vcf.gz", "tests/data/polyploid/vcfs/freebayes_Chr04.sub.vcf.gz"], + "vcfs_software": ["gatk", "freebayes"], + "vcfs_counts_source": ["vcf", "vcf"], + "filters": "--min-alleles 2 --max-alleles 2 --min-af 0.05:minor -i 'F_MISSING<0.25'", + "chromosome": "Chr04" +} diff --git a/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/test.yaml b/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..0036c61 --- /dev/null +++ b/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Use bcftools to filter variants in VCF + tags: + - ApplyRandomFiltersArray + command: miniwdl run --task ApplyRandomFiltersArray -i tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/inputs.json tasks/utils.wdl \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/test_output_vcf_equal.py b/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/test_output_vcf_equal.py new file mode 100644 index 0000000..a0fa44f --- /dev/null +++ b/tests/tasks/ApplyRandomFiltersArray/test_output_vcf_equal.py @@ -0,0 +1,12 @@ +from pathlib import Path + +import pytest + + +@pytest.mark.workflow("Use bcftools to filter variants in VCF file") +def test_ensure_vcf_1_are_equal(workflow_dir, compare_files): + vcf1 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/vcfs_filt/0/vcf_filt_gatk_vcf.vcf.gz") + vcf2 = Path("tests/data/polyploid/ApplyRandomFiltersArray/vcf_filt_gatk_vcf.vcf.gz") + + # Asserts + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf1, vcf2) diff --git a/tests/tasks/FilterSegregation/test.yaml b/tests/tasks/FilterSegregation/test.yaml deleted file mode 100644 index bafd4fb..0000000 --- a/tests/tasks/FilterSegregation/test.yaml +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -- name: Filter non-informative in VCF file - tags: - - FilterSegregation - command: miniwdl run --task FilterSegregation -i tests/tasks/FilterSegregation/inputs.json tasks/utilsR.wdl \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/ReGenotyping/inputs.json b/tests/tasks/ReGenotyping/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..61ae9ea --- /dev/null +++ b/tests/tasks/ReGenotyping/inputs.json @@ -0,0 +1,9 @@ +{ + "vcf_file": "tests/data/polyploid/RemoveNonInformative/filtered.vcf.gz", + "GenotypeCall_program": "supermassa", + "parent1": "P1", + "parent2": "P2", + "cross": "F1", + "max_cores": 2, + "ploidy": 4 +} \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/ReGenotyping/test.yaml b/tests/tasks/ReGenotyping/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..9416d3e --- /dev/null +++ b/tests/tasks/ReGenotyping/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Filter non-informative in VCF file + tags: + - ReGenotyping + command: miniwdl run --task ReGenotyping -i tests/tasks/ReGenotyping/inputs.json tasks/utilsR.wdl \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/FilterSegregation/inputs.json b/tests/tasks/RemoveNonInformative/inputs.json similarity index 69% rename from tests/tasks/FilterSegregation/inputs.json rename to tests/tasks/RemoveNonInformative/inputs.json index 2ab1bbc..ece40f0 100644 --- a/tests/tasks/FilterSegregation/inputs.json +++ b/tests/tasks/RemoveNonInformative/inputs.json @@ -1,5 +1,6 @@ { "vcf_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/splitted_vcfs/biallelics_gatk_bam.vcf.gz", "parent1": "PT_F", - "parent2": "PT_M" + "parent2": "PT_M", + "replaceADbyMissing": "TRUE" } \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/RemoveNonInformative/test.yaml b/tests/tasks/RemoveNonInformative/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..ec2feaa --- /dev/null +++ b/tests/tasks/RemoveNonInformative/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Filter non-informative in VCF file + tags: + - RemoveNonInformative + command: miniwdl run --task RemoveNonInformative -i tests/tasks/RemoveNonInformative/inputs.json tasks/utilsR.wdl \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/RemoveNonInformative/test_output_vcf_equal.py b/tests/tasks/RemoveNonInformative/test_output_vcf_equal.py new file mode 100644 index 0000000..f15634b --- /dev/null +++ b/tests/tasks/RemoveNonInformative/test_output_vcf_equal.py @@ -0,0 +1,12 @@ +from pathlib import Path + +import pytest + + +@pytest.mark.workflow("Filter non-informative in VCF file ") +def test_ensure_vcf_1_are_equal(workflow_dir, compare_files): + vcf1 = Path(workflow_dir, "_LAST/out/vcf_filtered/filtered.vcf.gz") + vcf2 = Path("tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/RemoveNonInformative_results/filtered_gatk_bam.vcf.gz") + + # Asserts + assert compare_files.assert_vcf_equal(vcf1, vcf2) diff --git a/tests/tasks/SplitMarkers/inputs.json b/tests/tasks/SplitMarkers/inputs.json index 84ac823..cb4d499 100644 --- a/tests/tasks/SplitMarkers/inputs.json +++ b/tests/tasks/SplitMarkers/inputs.json @@ -1,3 +1,3 @@ { - "vcf_file": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/snpcalling_vcfs/gatk_bam_norm_filt.recode.vcf.gz" + "vcf_file": "tests/data/polyploid/ApplyRandomFiltersArray/vcf_filt_gatk_vcf.vcf.gz" } \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/freebayes/inputs.json b/tests/tasks/freebayes/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..83c2b9f --- /dev/null +++ b/tests/tasks/freebayes/inputs.json @@ -0,0 +1,8 @@ +{ + "reference": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa", + "reference_idx": "tests/data/PtrichocarpaV3.0/Chr10.2M.fa.fai", + "bam": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/merged.bam", + "bai": "tests/data/Ptremula_PRJNA395596_subset/merged.bam.bai", + "max_cores": 2, + "ploidy": 4 +} \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/freebayes/test.yaml b/tests/tasks/freebayes/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..3e05694 --- /dev/null +++ b/tests/tasks/freebayes/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: SNP calling with freebayes + tags: + - freebayes + command: miniwdl run --task RunFreebayes -i tests/tasks/freebayes/inputs.json tasks/freebayes.wdl \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/mappoly/inputs.json b/tests/tasks/mappoly/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..075a467 --- /dev/null +++ b/tests/tasks/mappoly/inputs.json @@ -0,0 +1,8 @@ +{ + "vcf_file": "tests/data/polyploid/ReGenotyping_out/polyrad/regeno.vcf", + "GenotypeCall_program": "polyrad", + "SNPCall_program":"gatk", + "parent1": "P1", + "parent2": "P2", + "max_cores": 2 +} \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/mappoly/test.yaml b/tests/tasks/mappoly/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..a6d3ef2 --- /dev/null +++ b/tests/tasks/mappoly/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Filter non-informative in VCF file + tags: + - mappoly + command: miniwdl run --task MappolyReport -i tests/tasks/mappoly/inputs.json tasks/mappoly.wdl \ No newline at end of file diff --git a/tests/tasks/mergeVCFs/inputs.json b/tests/tasks/mergeVCFs/inputs.json new file mode 100644 index 0000000..08bad50 --- /dev/null +++ b/tests/tasks/mergeVCFs/inputs.json @@ -0,0 +1,9 @@ +{ + "haplo_vcf": ["/mnt/c/Users/Rose_Lab/Documents/Cris_temp/freebayes_tetraploid/freebayes_Chr01.vcf", + "/mnt/c/Users/Rose_Lab/Documents/Cris_temp/freebayes_tetraploid/freebayes_Chr02.vcf", + "/mnt/c/Users/Rose_Lab/Documents/Cris_temp/freebayes_tetraploid/freebayes_Chr03.vcf", + "/mnt/c/Users/Rose_Lab/Documents/Cris_temp/freebayes_tetraploid/freebayes_Chr04.vcf", + "/mnt/c/Users/Rose_Lab/Documents/Cris_temp/freebayes_tetraploid/freebayes_Chr05.vcf", + "/mnt/c/Users/Rose_Lab/Documents/Cris_temp/freebayes_tetraploid/freebayes_Chr06.vcf", + "/mnt/c/Users/Rose_Lab/Documents/Cris_temp/freebayes_tetraploid/freebayes_Chr07.vcf"] +} diff --git a/tests/tasks/mergeVCFs/test.yaml b/tests/tasks/mergeVCFs/test.yaml new file mode 100644 index 0000000..ce2e8d7 --- /dev/null +++ b/tests/tasks/mergeVCFs/test.yaml @@ -0,0 +1,4 @@ +- name: Filter non-informative in VCF file + tags: + - mappoly + command: miniwdl run --task mergeVCFs -i tests/tasks/mergeVCFs/inputs.json tasks/utils.wdl \ No newline at end of file