From 2940c1f716c89f4394e52977d91265b942e83873 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Evelia Lorena Coss-Navarrete <49405921+EveliaCoss@users.noreply.github.com> Date: Fri, 1 Mar 2024 13:40:36 -0600 Subject: [PATCH] Update README.md --- README.md | 27 +++++++++++++++++++++++---- 1 file changed, 23 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index 63a38fc..7607a8c 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,4 +1,4 @@ -# Análisis de datos de RNA-Seq +# Análisis de datos de RNA-Seq 👾 Instructora: Dra. Evelia Coss, Posdoc de la Dra. Alejandra Medina, LIIGH-UNAM @@ -53,7 +53,7 @@ Se darán presentaciones detalladas del uso de programas clave, todos de código - *Pseudoalineamiento* con [Kallisto](https://pachterlab.github.io/kallisto/manual) - [*Pseudoalineamiento* con Kallisto - practica](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2023/tree/main/RNA_seq#practica2) -### Dia 3. Importar datos en R, Normalización y Corrección por batch / DEG con DESeq2 +### Dia 3. Importar datos en R, Normalización y Corrección por batch effect 🪲 / DEG con DESeq2 - Fecha: jueves 29 de Febrero 2024 - Presentación: @@ -82,7 +82,26 @@ Se darán presentaciones detalladas del uso de programas clave, todos de código - Los paquetes que emplearemos en R v4.0.2, se encuentran presentes en el cluster DNA, por lo que, no es necesario instalar nada en nuestras computadores. - Nodo de prueba (qlogin) -## Clases previas +## Pipeline ⚡ +### Pasos a seguir para el análisis de los datos de **RNA-Seq** + +- Script [`load_data_inR.R`](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024/blob/main/Practica_Dia3/scripts/load_data_inR.R): + + **1)** Importar datos en R (archivo de cuentas) + metadatos y **2)** Crear una matriz de cuentas con todos los transcriptomas + +- Script [`DEG_analysis.R`](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024/blob/main/Practica_Dia3/scripts/DEG_analysis.R): + + **3)** Crear el archivo `dds` con `DESeq2`, **4)** Correr el análisis de Expresión Diferencial de los Genes (DEG), **5)** Normalización de los datos, **6)** Detección de batch effect y **7)** Obtener los resultados de los contraste de DEG + +- Script [`VisualizacionDatos.R`](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024/blob/main/Practica_Dia3/scripts/VisualizacionDatos.R): + + **8)** Visualización de los datos + +- Script [`GOterms_analysis.R`](https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2024/blob/main/Practica_Dia4/scripts/GOterms_analysis.R): + + **9)** Análisis de Terminos funcionales (GO terms) + +## Clases previas 📗 - Introduccion a Rmarkdown @@ -92,7 +111,7 @@ En la clase previa les enseñe a crear reportes en Rmarkdown, si necesitan revis También aprendimos a crear llaves (ssh-keygen) y alias para acceder a los servidores de una manera segura y rápida: https://github.com/EveliaCoss/keygen -## Cursos para practicar +## Cursos para practicar 📕 - [VieRnes de Bioinformática 2023](https://github.com/EveliaCoss/ViernesBioinfo2023) - [VieRnes de Bioinformática 2024](https://github.com/EveliaCoss/ViernesBioinfo2024)