r-docker

# Utiliser la bonne version de Ubuntu
FROM rocker/r-ver:latest

# Eviter les interactions lors de l'installation
ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

# Installation des dépendances et de R
RUN apt-get update && \
    apt-get install -y \
    software-properties-common \
    curl \
    wget \
    libcurl4-openssl-dev \
    libssl-dev \
    libxml2-dev \
    libz-dev \
    && apt-get clean

# Installation de BiocManager et DESeq2 dans R
RUN R -e "install.packages('BiocManager')" && \
    R -e "BiocManager::install('DESeq2')" && \
    R -e "install.packages('ggplot2')"

# Définir le répertoire de travail
WORKDIR /workspace

# Copier les scripts R et les métadonnées dans le conteneur
COPY ma_plot.r /workspace/ma_plot.r
COPY diff_gene_plot.r /workspace/diff_gene_plot.r


# Commenté si ça marche avec la création du metadata dans le script R
#COPY metadata.csv /workspace/metadata.csv

# Commande par défaut pour lancer R
CMD ["R"]

#docker build -t r-docker -f r-docker .