بهینه کردن ساختار

در ادامه بهینه کردن قالب کلی فایل ورودی و پس از اینکه انرژی کات و کاپوینت را بهینه کردیم، برای اینکه بهترین حالت را برای جایگزیده شدن اتم ها را در نظر بگیریم، می‌توان از دو دستور زیر استفاده کرد: