همانطور که ذکر شد برای اجرای کد احتیاج به فایل ورودی داریم که با پسوند .in ذخیره می‌شود به عنوان مثال Si.sample.in یک فایل ورودی برای سیلیکون و همچنین Si.sample.sh یک نمونه فایل اختیاری است که در لینوکس کاربرد دارد.
توجه: برای اجرای هر محاسبه، شما می‌توانید Si.sample.in را به عنوان یک الگو به فایل دیگر کپی کنید و سپس ویرایش کنید. پس از ویرایش فایل برای اجرا در صفحه ای که فایل ورودی وجود دارد ترمینال را مانند شکل 18با کلیک راست باز می‌کنیم. اکثر ران ها را با pw.x انجام می دهند. به عنوان مثال برای اجرای برنامه به صورت عمومی و خاص برای فایل ورودی سیلیکون از دستور زیر که در ترمینال تایپ می‌شود، استفاده می‌کنیم.
~/usr/local/apps/espresso-5.1/bin/pw.x < input_filename > output_filename
pw.x < Si.sample.in > Si.sample.out
همچنین برای ران موازی جهت استفاده از هسته های بیشتر می‌توانید از دستور زیر استفاده نمایید:
Mpiexec –n 2 pw.x < Si.sample.in > Si.sample.out
که در قسمت بالا n تعداد هسته های درگیر می‌باشد.
شکل 18 باز کردن پنجره ترمینال
سپس پس از اجرای برنامه total energy برای ما حائز اهمیت است که همانطور که در شکل 19 مشاهده می‌کنید جز اطلاعات خروجی است و با ! مشخص می‌شود. برای تشخیص ران کامل به دستور JOB DONE در انتهای برنامه خروجی توجه نمایید و همچنین برای جزییات بیشتر می‌توانید به (time (pwscf و (kohn shansham wavefunction) در خروجی توجه نمایید.
the Fermi energy is -2.1142 ev
! total energy = -22.53912642 Ry
Harris-Foulkes estimate = -22.53912596 Ry
estimated scf accuracy < 0.00000052 Ry
شکل 19 total enrgy در خروجی گرافن