From 44e2ef0939ec45738767d7f72d21780495c14a71 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: amandine-sahl <amandine.sahl@gmail.com>
Date: Fri, 19 Oct 2018 17:34:12 +0200
Subject: [PATCH 01/17] =?UTF-8?q?Correction=20r=C3=A9cup=C3=A9ration=20d'u?=
 =?UTF-8?q?ne=20sous=20partie=20de=20l'url?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 install/install_all/install_all.sh | 79 +++++++++++++++---------------
 1 file changed, 39 insertions(+), 40 deletions(-)

diff --git a/install/install_all/install_all.sh b/install/install_all/install_all.sh
index 6469d703df..8115c05de9 100755
--- a/install/install_all/install_all.sh
+++ b/install/install_all/install_all.sh
@@ -12,13 +12,13 @@ if [ !"$OS_BITS" == "64" ]; then
 fi
 
 # Format my_url to set a / at the end
-if [ "${my_url: -1}" != '/' ] 
+if [ "${my_url: -1}" != '/' ]
 then
 my_url=$my_url/
 fi
 
 # Check OS and versions
-if [ "$OS_NAME" != "debian" ] && [ "$OS_NAME" != "ubuntu" ] 
+if [ "$OS_NAME" != "debian" ] && [ "$OS_NAME" != "ubuntu" ]
 then
     echo -e "\e[91m\e[1mLe script d'installation n'est prévu que pour les distributions Debian et Ubuntu\e[0m" >&2
     exit 1
@@ -71,10 +71,10 @@ source ~/.bashrc
 # Installation de l'environnement nécessaire à GeoNature et TaxHub
 echo "Installation de l'environnement logiciel..."
 
-sudo apt-get -y install ntpdate 2> var/log/install_app.log 
-sudo ntpdate-debian &>>  var/log/install_app.log 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y curl unzip git &>>  var/log/install_app.log 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y apache2 libapache2-mod-wsgi libapache2-mod-perl2 2> var/log/install_app.log 
+sudo apt-get -y install ntpdate 2> var/log/install_app.log
+sudo ntpdate-debian &>>  var/log/install_app.log 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y curl unzip git &>>  var/log/install_app.log 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y apache2 libapache2-mod-wsgi libapache2-mod-perl2 2> var/log/install_app.log
 sudo apt-get install -y postgresql 2> var/log/install_app.log
 sudo apt-get install -y postgresql-contrib
 if [ "$OS_VERSION" == "9" ]
@@ -84,34 +84,34 @@ then
 fi
 if [ "$OS_VERSION" == "8" ]
 then
-    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-9.4 2> var/log/install_app.log 
+    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-9.4 2> var/log/install_app.log
     sudo apt install -y postgis-2.3 postgis 2> var/log/install_app.log
 fi
 
 if [ "$OS_VERSION" == "18.04" ]
 then
-    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-10 2> var/log/install_app.log 
+    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-10 2> var/log/install_app.log
     sudo apt install -y postgis 2> var/log/install_app.log
 fi
 
 if [ "$OS_VERSION" == "16.04" ]
 then
     sudo apt-get install -y libatlas3-base
-    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-9.5  2> var/log/install_app.log 
+    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-9.5  2> var/log/install_app.log
     sudo apt install -y postgis postgis postgresql-9.5-postgis-2.2 2> var/log/install_app.log
 fi
 sudo sed -e "s/datestyle =.*$/datestyle = 'ISO, DMY'/g" -i /etc/postgresql/*/main/postgresql.conf
 sudo service postgresql restart
 
-sudo apt-get install -y python3 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python3-dev 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python3-setuptools 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python-pip 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y libpq-dev 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y libgdal-dev 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python-gdal 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python-virtualenv 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y build-essential 2> var/log/install_app.log 
+sudo apt-get install -y python3 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python3-dev 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python3-setuptools 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python-pip 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y libpq-dev 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y libgdal-dev 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python-gdal 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python-virtualenv 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y build-essential 2> var/log/install_app.log
 sudo pip install --upgrade pip virtualenv virtualenvwrapper 2> var/log/install_app.log
 
 if [ "$OS_VERSION" == "9" ]
@@ -121,7 +121,7 @@ then
     fi
 if [ "$OS_VERSION" == "8" ]
 then
-    sudo apt-get install -y npm 2> var/log/install_app.log 
+    sudo apt-get install -y npm 2> var/log/install_app.log
 fi
 
 if [ "$OS_VERSION" == "16.04" ] || [ "$OS_VERSION" == "18.04" ]
@@ -130,11 +130,11 @@ then
     sudo apt-get install -y npm
 fi
 
-sudo apt-get install -y supervisor 2> var/log/install_app.log 
+sudo apt-get install -y supervisor 2> var/log/install_app.log
 
 # To make opencv (TaxHub) work on Debian 8
-sudo apt-get install -y libsm6 libxrender1 libfontconfig1 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python-qt4 2> var/log/install_app.log 
+sudo apt-get install -y libsm6 libxrender1 libfontconfig1 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python-qt4 2> var/log/install_app.log
 
 # Création de l'utilisateur PostgreSQL
 echo "Création de l'utilisateur PostgreSQL..."
@@ -193,10 +193,10 @@ sudo touch /etc/apache2/sites-available/geonature.conf
 
 sudo sh -c 'echo "# Configuration GeoNature" >> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
 conf="Alias /geonature /home/`whoami`/geonature/frontend/dist"
-echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature.conf 
+echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature.conf
 sudo sh -c 'echo  $conf>> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
 conf="<Directory /home/`whoami`/geonature/frontend/dist>"
-echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature.conf 
+echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature.conf
 sudo sh -c 'echo  "Require all granted">> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
 sudo sh -c 'echo  "</Directory>">> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
 # Conf Apache du backend de GeoNature
@@ -212,10 +212,10 @@ sudo a2ensite geonature
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf
 
 conf="Alias /geonature /home/`whoami`/geonature/frontend/src/app/maintenance"
-echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf 
+echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf
 sudo sh -c 'echo  $conf>> /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf'
 conf="<Directory /home/`whoami`/geonature/frontend/src/app/maintenance>"
-echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf 
+echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf
 sudo sh -c 'echo  "Require all granted">> /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf'
 sudo sh -c 'echo  "</Directory>">> /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf'
 
@@ -252,10 +252,10 @@ sed -i "s/https_key_path=.*$/https_key_path=$enable_https/g" settings.ini
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf
 sudo sh -c 'echo "# Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "<VirtualHost *:80>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
+
 # Eclater la variable my_url pour supprimer le http://
-IFS='/'
-domain=($my_url)
-domain=(${domain[2]})
+domain=$(echo $my_url | sed -r 's|.*\/\/(.*)$|\1|')
+
 sudo sh -c 'echo "Servername "'$domain' >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "RewriteEngine  on" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "RewriteRule    \"taxhub$\"  \"taxhub/\"  [R]" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
@@ -282,11 +282,11 @@ if [ "$install_usershub_app" = true ]; then
     echo "Installation de l'application Usershub"
     os_version=$(cat /etc/os-release |grep VERSION_ID)
     # Sur Debian 9 : php7. Sur Debian 8 : php5
-    if [ "$OS_VERSION" == "9" ] 
+    if [ "$OS_VERSION" == "9" ]
     then
-        sudo apt-get install -y php7.0 libapache2-mod-php7.0 libapache2-mod-php7.0 php7.0-pgsql php7.0-gd 2> var/log/install_app.log 
+        sudo apt-get install -y php7.0 libapache2-mod-php7.0 libapache2-mod-php7.0 php7.0-pgsql php7.0-gd 2> var/log/install_app.log
     else
-        sudo apt-get install -y php5 libapache2-mod-php5 libapache2-mod-php5 php5-pgsql php5-gd 2> var/log/install_app.log 
+        sudo apt-get install -y php5 libapache2-mod-php5 libapache2-mod-php5 php5-pgsql php5-gd 2> var/log/install_app.log
     fi
     cd /tmp
     wget https://github.com/PnEcrins/UsersHub/archive/$usershub_release.zip
@@ -304,16 +304,15 @@ if [ "$install_usershub_app" = true ]; then
 
     # Script d'installation de UsersHub
     ./install_app.sh
-    
+
     # Conf Apache de UsersHub
     sudo touch /etc/apache2/sites-available/usershub.conf
-    sudo sh -c 'echo  "#Configuration usershub">> /etc/apache2/sites-available/usershub.conf'
-    conf="Alias /usershub /home/`whoami`/usershub/web"
-    echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/usershub.conf 
-    conf="<Directory /home/`whoami`/usershub/web>"
-    echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/usershub.conf
-    sudo sh -c 'echo  "Require all granted">> /etc/apache2/sites-available/usershub.conf'
-    sudo sh -c 'echo  "</Directory>">> /etc/apache2/sites-available/usershub.conf'
+    echo "
+    #Configuration usershub
+    Alias /usershub /home/`whoami`/usershub/web
+    <Directory /home/`whoami`/usershub/web>
+        Require all granted
+    </Directory>  " | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/usershub.conf
     sudo a2ensite usershub
 fi
 

From 5e7f21564e3028ad23d285b9d99584853ed10f79 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Amandine <amandine.sahl@gmail.com>
Date: Fri, 19 Oct 2018 17:41:08 +0200
Subject: [PATCH 02/17] Update install_all.sh

---
 install/install_all/install_all.sh | 13 +++++++------
 1 file changed, 7 insertions(+), 6 deletions(-)

diff --git a/install/install_all/install_all.sh b/install/install_all/install_all.sh
index 8115c05de9..d4ace48923 100755
--- a/install/install_all/install_all.sh
+++ b/install/install_all/install_all.sh
@@ -307,12 +307,13 @@ if [ "$install_usershub_app" = true ]; then
 
     # Conf Apache de UsersHub
     sudo touch /etc/apache2/sites-available/usershub.conf
-    echo "
-    #Configuration usershub
-    Alias /usershub /home/`whoami`/usershub/web
-    <Directory /home/`whoami`/usershub/web>
-        Require all granted
-    </Directory>  " | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/usershub.conf
+    sudo sh -c 'echo  "#Configuration usershub">> /etc/apache2/sites-available/usershub.conf'
+    conf="Alias /usershub /home/`whoami`/usershub/web"
+    echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/usershub.conf 
+    conf="<Directory /home/`whoami`/usershub/web>"
+    echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/usershub.conf
+    sudo sh -c 'echo  "Require all granted">> /etc/apache2/sites-available/usershub.conf'
+    sudo sh -c 'echo  "</Directory>">> /etc/apache2/sites-available/usershub.conf'
     sudo a2ensite usershub
 fi
 

From b7e3fdac69d51c869ac5138810ca6d231f4f5428 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Fri, 19 Oct 2018 20:44:05 +0200
Subject: [PATCH 03/17] Update install_all.sh

---
 install/install_all/install_all.sh | 6 +++---
 1 file changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-)

diff --git a/install/install_all/install_all.sh b/install/install_all/install_all.sh
index d4ace48923..4ed6e48526 100755
--- a/install/install_all/install_all.sh
+++ b/install/install_all/install_all.sh
@@ -188,7 +188,7 @@ cd install/
 
 cd ../
 
-# Configuration Apache de Geonature
+# Configuration Apache de GeoNature
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/geonature.conf
 
 sudo sh -c 'echo "# Configuration GeoNature" >> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
@@ -254,7 +254,7 @@ sudo sh -c 'echo "# Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub
 sudo sh -c 'echo "<VirtualHost *:80>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 
 # Eclater la variable my_url pour supprimer le http://
-domain=$(echo $my_url | sed -r 's|.*\/\/(.*)$|\1|')
+domain=$(echo $my_url | sed -r 's|^.*\/\/(.*)$|\1|')
 
 sudo sh -c 'echo "Servername "'$domain' >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "RewriteEngine  on" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
@@ -266,7 +266,7 @@ sudo sh -c 'echo "</Location>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "#FIN Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "</VirtualHost>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 
-# Création des fichiers systèmes liés à Taxhub
+# Création des fichiers systèmes liés à TaxHub
 . create_sys_dir.sh
 create_sys_dir
 

From d0f66a874b53eb14c6781d84ad4d40cf56cc7cfb Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Fri, 19 Oct 2018 21:11:36 +0200
Subject: [PATCH 04/17] DOC UPDATE - Attention sauvegarde

---
 docs/installation-standalone.rst | 2 ++
 1 file changed, 2 insertions(+)

diff --git a/docs/installation-standalone.rst b/docs/installation-standalone.rst
index 2449104499..01aca799d9 100644
--- a/docs/installation-standalone.rst
+++ b/docs/installation-standalone.rst
@@ -191,6 +191,8 @@ Voir la doc d'installation de UsersHub : http://usershub.readthedocs.io/
 Mise à jour de l'application
 ----------------------------
 
+Attention, avec chaque mise à jour, il est important de sauvegarde l'application et sa base de données, ou de faire un snapshot du serveur pour pouvoir revenir à son état antérieure avant mise à jour en cas de problème.
+
 * Télécharger la dernière version de GeoNature :
 
   ::

From cc879b7f4e39b1b9a8be6082813322ffc1916061 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Fri, 19 Oct 2018 21:14:08 +0200
Subject: [PATCH 05/17] =?UTF-8?q?DOC=20UPDATE=20-=20Nouveau=20r=C3=A9perto?=
 =?UTF-8?q?ire?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 docs/installation-standalone.rst | 2 ++
 1 file changed, 2 insertions(+)

diff --git a/docs/installation-standalone.rst b/docs/installation-standalone.rst
index 01aca799d9..005a1fa5b0 100644
--- a/docs/installation-standalone.rst
+++ b/docs/installation-standalone.rst
@@ -193,6 +193,8 @@ Mise à jour de l'application
 
 Attention, avec chaque mise à jour, il est important de sauvegarde l'application et sa base de données, ou de faire un snapshot du serveur pour pouvoir revenir à son état antérieure avant mise à jour en cas de problème.
 
+La mise à jour de GeoNature consiste à télécharger sa nouvelle version dans un nouveau répertoire, récupérer les fichiers de configuration et de surcouche depuis la version actuelle et de relancer l'installation dans le répertoire de la nouvelle version. 
+
 * Télécharger la dernière version de GeoNature :
 
   ::

From fd141e3a69da1f4405a05b908d1f4802b4d0e151 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Fri, 19 Oct 2018 21:55:25 +0200
Subject: [PATCH 06/17] Update install_all.sh

---
 install/install_all/install_all.sh | 51 +++++++++++++++---------------
 1 file changed, 25 insertions(+), 26 deletions(-)

diff --git a/install/install_all/install_all.sh b/install/install_all/install_all.sh
index 4ed6e48526..13bab7708a 100755
--- a/install/install_all/install_all.sh
+++ b/install/install_all/install_all.sh
@@ -5,7 +5,7 @@ OS_NAME=$ID
 OS_VERSION=$VERSION_ID
 OS_BITS="$(getconf LONG_BIT)"
 
-# test the server architecture
+# Test the server architecture
 if [ !"$OS_BITS" == "64" ]; then
    echo "GeoNature must be installed on a 64-bits operating system ; your is $OS_BITS-bits" 1>&2
    exit 1
@@ -17,6 +17,9 @@ then
 my_url=$my_url/
 fi
 
+# Split my_url to remove http:// (for TaxHub Apache configuration)
+domain=$(echo $my_url | sed -r 's|^.*\/\/(.*)$|\1|')
+
 # Check OS and versions
 if [ "$OS_NAME" != "debian" ] && [ "$OS_NAME" != "ubuntu" ]
 then
@@ -37,8 +40,7 @@ if [ "$(id -u)" == "0" ]; then
    exit 1
 fi
 
-
-
+# Create log folder if it don't already exists
 if [ ! -d 'var' ]
 then
   mkdir var
@@ -59,7 +61,7 @@ touch  var/log/install_app.log
 echo "############### Installation des paquets systèmes ###############"&>>  var/log/install_app.log
 
 
-# Modification de la locale
+# Updating language locale
 sudo apt-get install -y locales
 sudo sed -i "s/# $my_local/$my_local/g" /etc/locale.gen
 sudo locale-gen $my_local
@@ -68,7 +70,7 @@ echo "export LANG=$my_local" >> ~/.bashrc
 echo "export LANGUAGE=$my_local" >> ~/.bashrc
 source ~/.bashrc
 
-# Installation de l'environnement nécessaire à GeoNature et TaxHub
+# Installing required environment for GeoNature and TaxHub
 echo "Installation de l'environnement logiciel..."
 
 sudo apt-get -y install ntpdate 2> var/log/install_app.log
@@ -136,18 +138,18 @@ sudo apt-get install -y supervisor 2> var/log/install_app.log
 sudo apt-get install -y libsm6 libxrender1 libfontconfig1 2> var/log/install_app.log
 sudo apt-get install -y python-qt4 2> var/log/install_app.log
 
-# Création de l'utilisateur PostgreSQL
+# Creating PostgreSQL user
 echo "Création de l'utilisateur PostgreSQL..."
 sudo -n -u postgres -s psql -c "CREATE ROLE $user_pg WITH LOGIN PASSWORD '$user_pg_pass';"
 
-# Configuration Apache
+# Apache configuration
 sudo sh -c 'echo "ServerName localhost" >> /etc/apache2/apache2.conf'
 sudo a2enmod rewrite
 sudo a2dismod mod_pyth
 sudo a2enmod wsgi
 sudo apache2ctl restart
 
-# Installation de GeoNature avec l'utilisateur courant
+# Installing GeoNature with current user
 echo "Téléchargement et installation de GeoNature ..."
 cd /tmp
 wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature/archive/$geonature_release.zip
@@ -158,7 +160,7 @@ sudo chown `whoami` /home/`whoami`/geonature/
 
 cd /home/`whoami`/geonature
 
-# Configuration des settings de GeoNature
+# Updating GeoNature settings
 cp config/settings.ini.sample config/settings.ini
 echo "Installation de la base de données et configuration de l'application GeoNature ..."
 my_url="${my_url//\//\\/}"
@@ -180,15 +182,15 @@ sed -i "s/https_key_path=.*$/https_key_path=$https_key_path/g" config/settings.i
 
 
 cd install/
-# Installation de la base de données GeoNature
+# Installation of GeoNature database
 ./install_db.sh
 
-# Installation et configuration de l'application GeoNature
+# Installation and configuration of GeoNature application
 ./install_app.sh
 
 cd ../
 
-# Configuration Apache de GeoNature
+# Apache configuration of GeoNature
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/geonature.conf
 
 sudo sh -c 'echo "# Configuration GeoNature" >> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
@@ -208,7 +210,7 @@ sudo sh -c '#FIN Configuration GeoNature 2>" >> /etc/apache2/sites-available/geo
 
 sudo a2ensite geonature
 
-# Configuration Apache de la page de maintenance de GeoNature
+# Apache configuration of GeoNature maintenance page
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf
 
 conf="Alias /geonature /home/`whoami`/geonature/frontend/src/app/maintenance"
@@ -219,7 +221,7 @@ echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf
 sudo sh -c 'echo  "Require all granted">> /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf'
 sudo sh -c 'echo  "</Directory>">> /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf'
 
-# Installation de TaxHub avec l'utilisateur courant
+# Installing TaxHub with current user
 echo "Téléchargement et installation de TaxHub ..."
 cd /tmp
 wget https://github.com/PnX-SI/TaxHub/archive/$taxhub_release.zip
@@ -229,7 +231,7 @@ mv TaxHub-$taxhub_release /home/`whoami`/taxhub/
 sudo chown -R `whoami` /home/`whoami`/taxhub/
 cd /home/`whoami`/taxhub
 
-# Configuration des settings de TaxHub
+# Setting configuration of TaxHub
 echo "Configuration de l'application TaxHub ..."
 cp settings.ini.sample settings.ini
 sed -i "s/drop_apps_db=.*$/drop_apps_db=false/g" settings.ini
@@ -248,15 +250,12 @@ sed -i "s/enable_https=.*$/enable_https=$enable_https/g" settings.ini
 sed -i "s/https_cert_path=.*$/https_cert_path=$enable_https/g" settings.ini
 sed -i "s/https_key_path=.*$/https_key_path=$enable_https/g" settings.ini
 
-# Configuration Apache de TaxHub
+# Apache configuration of TaxHub
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf
 sudo sh -c 'echo "# Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "<VirtualHost *:80>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 
-# Eclater la variable my_url pour supprimer le http://
-domain=$(echo $my_url | sed -r 's|^.*\/\/(.*)$|\1|')
-
-sudo sh -c 'echo "Servername "'$domain' >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
+sudo sh -c 'echo "Servername "'$my_domain' >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "RewriteEngine  on" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "RewriteRule    \"taxhub$\"  \"taxhub/\"  [R]" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "<Location /taxhub>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
@@ -266,7 +265,7 @@ sudo sh -c 'echo "</Location>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "#FIN Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "</VirtualHost>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 
-# Création des fichiers systèmes liés à TaxHub
+# Creation of system files used by TaxHub
 . create_sys_dir.sh
 create_sys_dir
 
@@ -274,14 +273,14 @@ sudo a2ensite taxhub
 sudo a2enmod proxy
 sudo a2enmod proxy_http
 
-# Script d'installation de TaxHub
+# Installation og TaxHub
 ./install_app.sh
 
-# Installation et configuration de l'application UsersHub (si activée)
+# Installation and configuration of UsersHub application (if activated)
 if [ "$install_usershub_app" = true ]; then
     echo "Installation de l'application Usershub"
     os_version=$(cat /etc/os-release |grep VERSION_ID)
-    # Sur Debian 9 : php7. Sur Debian 8 : php5
+    # On Debian 9 : PHP7. On Debian 8 : PHP5
     if [ "$OS_VERSION" == "9" ]
     then
         sudo apt-get install -y php7.0 libapache2-mod-php7.0 libapache2-mod-php7.0 php7.0-pgsql php7.0-gd 2> var/log/install_app.log
@@ -302,10 +301,10 @@ if [ "$install_usershub_app" = true ]; then
     sed -i "s/user_pg=.*$/user_pg=$user_pg/g" config/settings.ini
     sed -i "s/user_pg_pass=.*$/user_pg_pass=$user_pg_pass/g" config/settings.ini
 
-    # Script d'installation de UsersHub
+    # Installation of UsersHub application
     ./install_app.sh
 
-    # Conf Apache de UsersHub
+    # Apache configuration of UsersHub
     sudo touch /etc/apache2/sites-available/usershub.conf
     sudo sh -c 'echo  "#Configuration usershub">> /etc/apache2/sites-available/usershub.conf'
     conf="Alias /usershub /home/`whoami`/usershub/web"

From 29979e5ff2658a9c8d8b094223b2c339f4063473 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Fri, 19 Oct 2018 22:32:13 +0200
Subject: [PATCH 07/17] Update install_all.sh

---
 install/install_all/install_all.sh | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/install/install_all/install_all.sh b/install/install_all/install_all.sh
index 13bab7708a..a072bec53a 100755
--- a/install/install_all/install_all.sh
+++ b/install/install_all/install_all.sh
@@ -18,7 +18,7 @@ my_url=$my_url/
 fi
 
 # Split my_url to remove http:// (for TaxHub Apache configuration)
-domain=$(echo $my_url | sed -r 's|^.*\/\/(.*)$|\1|')
+my_domain=$(echo $my_url | sed -r 's|^.*\/\/(.*)$|\1|')
 
 # Check OS and versions
 if [ "$OS_NAME" != "debian" ] && [ "$OS_NAME" != "ubuntu" ]

From 187e4b568ff82a5566e4116acea7a57b222c9851 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Fri, 19 Oct 2018 23:37:15 +0200
Subject: [PATCH 08/17] Update install_all.sh

---
 install/install_all/install_all.sh | 3 ++-
 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-)

diff --git a/install/install_all/install_all.sh b/install/install_all/install_all.sh
index a072bec53a..b45547b08c 100755
--- a/install/install_all/install_all.sh
+++ b/install/install_all/install_all.sh
@@ -17,8 +17,9 @@ then
 my_url=$my_url/
 fi
 
-# Split my_url to remove http:// (for TaxHub Apache configuration)
+# Remove http:// and remove final / from $my_url (for TaxHub Apache configuration) to create $my_domain
 my_domain=$(echo $my_url | sed -r 's|^.*\/\/(.*)$|\1|')
+my_domain=$(echo $my_domain | sed s'/.$//')
 
 # Check OS and versions
 if [ "$OS_NAME" != "debian" ] && [ "$OS_NAME" != "ubuntu" ]

From 03cc5f7c28e0a903da3127e0a554b0e7c4c29df5 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sat, 20 Oct 2018 01:01:43 +0200
Subject: [PATCH 09/17] CHANGELOG 2.0.0-rc.3.1

---
 docs/CHANGELOG.rst | 14 ++++++++++++++
 1 file changed, 14 insertions(+)

diff --git a/docs/CHANGELOG.rst b/docs/CHANGELOG.rst
index 2428cef0ea..83d7834a29 100644
--- a/docs/CHANGELOG.rst
+++ b/docs/CHANGELOG.rst
@@ -2,6 +2,19 @@
 CHANGELOG
 =========
 
+2.0.0-rc.3.1 (unreleased)
+-------------------------
+
+**Corrections**
+
+* Correction du script ``ìnstall_all.sh`` au niveau de la génération de la configuration Apache de UsersHub
+* Correction de la version de version de PostGIS pour Debian 8 dans le script ``install_all.sh``
+* Complément de la documentation de mise à jour de GeoNature (https://geonature.readthedocs.io/fr/latest/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
+
+**Notes de version**
+
+* Installez directement cette version corrective plutôt que la 2.0.0-rc.3, mais en suivant les notes de versions de la 2.0.0-rc.3 si vous migrez depuis une version 2.0.0-rc.2
+
 2.0.0-rc.3 (2018-10-18)
 -----------------------
 
@@ -62,6 +75,7 @@ CHANGELOG
 * Suivez la procédure standard de mise à jour de GeoNature (https://geonature.readthedocs.io/fr/latest/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
 * Exécutez l'update de la BDD GeoNature (``data/migrations/2.0.0rc2-to-2.0.0rc3.sql``)
 * Il est aussi conseillé de mettre à jour TaxHub en 1.5.1 (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases) ainsi que sa configuration pour qu'il fonctionne sans ``/`` à la fin de son URL
+* Attention, si vous installez cette version avec le script global ``install_all.sh``, il créé un problème dans la configuration Apache de UserHub (``/etc/apache2/sites-available/usershub.conf``) et supprime tous les ``/``. Les ajouter sur la page de la documentation de UsersHub (https://github.com/PnEcrins/UsersHub/blob/master/docs/installation.rst#configuration-apache) puis relancer Apache (``https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas/blob/develop/docs/installation.rst``). Il est conseillé d'installer plutôt la version corrective.
 
 
 2.0.0-rc.2 (2018-09-24)

From d6f0a2002b53691ae7cdc25a3752bf437581c4c4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sat, 20 Oct 2018 01:07:08 +0200
Subject: [PATCH 10/17] Changelog 2.0.0-rc.3.1

---
 docs/CHANGELOG.rst | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/docs/CHANGELOG.rst b/docs/CHANGELOG.rst
index 83d7834a29..ce7ab079aa 100644
--- a/docs/CHANGELOG.rst
+++ b/docs/CHANGELOG.rst
@@ -7,7 +7,7 @@ CHANGELOG
 
 **Corrections**
 
-* Correction du script ``ìnstall_all.sh`` au niveau de la génération de la configuration Apache de UsersHub
+* Correction du script ``ìnstall_all.sh`` au niveau de la génération de la configuration Apache de TaxHub et UsersHub
 * Correction de la version de version de PostGIS pour Debian 8 dans le script ``install_all.sh``
 * Complément de la documentation de mise à jour de GeoNature (https://geonature.readthedocs.io/fr/latest/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
 

From 1df9cb2094654bce2b5ddd1c2996e39351e6479b Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sat, 20 Oct 2018 01:58:40 +0200
Subject: [PATCH 11/17] =?UTF-8?q?DOC=20ADMIN=20-=20Int=C3=A9grer=20donn?=
 =?UTF-8?q?=C3=A9es=20/=20Complement?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

---
 docs/admin-manual.rst | 8 ++++----
 1 file changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-)

diff --git a/docs/admin-manual.rst b/docs/admin-manual.rst
index 11f6da6544..ec188642b0 100644
--- a/docs/admin-manual.rst
+++ b/docs/admin-manual.rst
@@ -97,7 +97,7 @@ Données SIG :
 """""""""""""
 
 - Le schéma ``ref_geo`` permet de gérer les données SIG (zonages, communes, MNT...) de manière centralisée, potentiellement partagé avec d'autres BDD
-- Il contient une table des zonages, des types de zonages, des communes, des grilles (mailles) et un MNT vectorisé (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/235)
+- Il contient une table des zonages, des types de zonages, des communes, des grilles (mailles) et un MNT raster ou vectorisé (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/235)
 - La fonction ``ref_geo.fct_get_area_intersection`` permet de renvoyer les zonages intersectés par une observation en fournissant sa géométrie
 - La fonction ``ref_geo.fct_get_altitude_intersection`` permet de renvoyer l'altitude min et max d'une observation en fournissant sa géométrie
 - L'intersection d'une observation avec les zonages sont stockés au niveau de la synthèse (``gn_synthese.cor_area_synthese``) et pas de la donnée source pour alléger et simplifier leur gestion
@@ -584,9 +584,9 @@ Référentiel géographique
 
 GeoNature est fourni avec des données géographiques de base sur la métropôle (MNT national à 250m et communes de métropôle).
 
-Si vous souhaitez modifier le MNT pour mettre celui de votre territoire : 
+**1.** Si vous souhaitez modifier le MNT pour mettre celui de votre territoire : 
 
-* Videz le contenu de la table ``ref_geo.dem_vector``
+* Videz le contenu des tables ``ref_geo.dem`` et éventuellement ``ref_geo.dem_vector``
 * Uploadez le fichier du MNT sur le serveur
 * Suivez la procédure de chargement du MNT en l'adaptant : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/install/install_db.sh#L295-L299
 
@@ -621,7 +621,7 @@ Si vous souhaitez vectoriser le raster MNT pour de meilleures performances lors
 
 Si ``ref_geo.dem_vector`` est remplie, cette table est utilisée pour le calcul de l'altitude à la place de la table ``ref_geo.dem``
 
-Si vous souhaitez modifier ou ajouter des zonages administratifs, réglementaires ou naturels : 
+**2.** Si vous souhaitez modifier ou ajouter des zonages administratifs, réglementaires ou naturels : 
 
 * Vérifiez que leur type existe dans la table ``ref_geo.bib_areas_types``, sinon ajoutez-les
 * Ajoutez vos zonages dans la table ``ref_geo.l_areas`` en faisant bien référence à un ``id_type`` de ``ref_geo.bib_areas_types``. Vous pouvez faire cela en SQL ou en faisant des copier/coller de vos zonages directement dans QGIS

From c94a8a2b48c8b5ddf0a2a4ca40c4c5c0c1c5408f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sun, 21 Oct 2018 01:23:25 +0200
Subject: [PATCH 12/17] Update CHANGELOG.rst

---
 docs/CHANGELOG.rst | 4 ++--
 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/docs/CHANGELOG.rst b/docs/CHANGELOG.rst
index ce7ab079aa..1407615a45 100644
--- a/docs/CHANGELOG.rst
+++ b/docs/CHANGELOG.rst
@@ -7,13 +7,13 @@ CHANGELOG
 
 **Corrections**
 
-* Correction du script ``ìnstall_all.sh`` au niveau de la génération de la configuration Apache de TaxHub et UsersHub
-* Correction de la version de version de PostGIS pour Debian 8 dans le script ``install_all.sh``
+* Correction du script ``ìnstall_all.sh`` au niveau de la génération de la configuration Apache de TaxHub et UsersHub (#493)
 * Complément de la documentation de mise à jour de GeoNature (https://geonature.readthedocs.io/fr/latest/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
 
 **Notes de version**
 
 * Installez directement cette version corrective plutôt que la 2.0.0-rc.3, mais en suivant les notes de versions de la 2.0.0-rc.3 si vous migrez depuis une version 2.0.0-rc.2
+* La script ``install_all.sh`` actuel ne fonctionne pas sur Debian 8, problème de version de PostGIS qui ne s'installe pas correctement
 
 2.0.0-rc.3 (2018-10-18)
 -----------------------

From 5e95c976763bddd0808f5cd786d76d9e38548983 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sun, 21 Oct 2018 16:59:15 +0200
Subject: [PATCH 13/17] INSTALL_ALL - Conf Apache TaxHub sans Servername
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

Retour en arrière car c'est pas forcément une bonne chose que TaxHub ait son propre servername, surtout qu'il prenne le dessus sur l'ensemble du domaine.
---
 install/install_all/install_all.sh | 9 ++-------
 1 file changed, 2 insertions(+), 7 deletions(-)

diff --git a/install/install_all/install_all.sh b/install/install_all/install_all.sh
index b45547b08c..7e00a9faa3 100755
--- a/install/install_all/install_all.sh
+++ b/install/install_all/install_all.sh
@@ -17,7 +17,8 @@ then
 my_url=$my_url/
 fi
 
-# Remove http:// and remove final / from $my_url (for TaxHub Apache configuration) to create $my_domain
+# Remove http:// and remove final / from $my_url to create $my_domain
+# No more used actually but can be useful if we want to create a Servername in Apache configuration
 my_domain=$(echo $my_url | sed -r 's|^.*\/\/(.*)$|\1|')
 my_domain=$(echo $my_domain | sed s'/.$//')
 
@@ -254,17 +255,11 @@ sed -i "s/https_key_path=.*$/https_key_path=$enable_https/g" settings.ini
 # Apache configuration of TaxHub
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf
 sudo sh -c 'echo "# Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-sudo sh -c 'echo "<VirtualHost *:80>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-
-sudo sh -c 'echo "Servername "'$my_domain' >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-sudo sh -c 'echo "RewriteEngine  on" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-sudo sh -c 'echo "RewriteRule    \"taxhub$\"  \"taxhub/\"  [R]" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "<Location /taxhub>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "ProxyPass  http://127.0.0.1:5000 retry=0" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:5000" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "</Location>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "#FIN Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-sudo sh -c 'echo "</VirtualHost>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 
 # Creation of system files used by TaxHub
 . create_sys_dir.sh

From 597f131c4b3a0070b860381a071708b2335882aa Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sun, 21 Oct 2018 18:16:20 +0200
Subject: [PATCH 14/17] DOC INSTALL_ALL - Mention docs TH et UH

---
 docs/installation-all.rst | 4 ++--
 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/docs/installation-all.rst b/docs/installation-all.rst
index bd19e40f5e..a98ade4a58 100644
--- a/docs/installation-all.rst
+++ b/docs/installation-all.rst
@@ -165,14 +165,14 @@ Vous pouvez vous connecter avec l'utilisateur intégré par défaut (admin/admin
 
 :Note:
 
-    Ne prenez pas en compte les messages de UsersHub indiqués à la fin de l'installation. Ce sont des restes d'anciennes vers de UsersHub et GeoNature V1.
+    Pour en savoir plus TaxHub, sa configuration et son utilisation, reportez-vous à sa documentation : https://taxhub.readthedocs.io. Idem pour UsersHub et sa documentation : https://usershub.readthedocs.io
     
 :Note:
 
     * **GeoNature-atlas** : Comme dans la V1, le script ``install_all.sh`` permettra d'installer automatiquement GeoNature-atlas (en option)
     * Une première version de GeoNature-atlas compatible avec GeoNature V2 est disponible dans sa branche ``develop`` : https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas/issues/162
     * Suivez la procédure d'installation classique de GeoNature-atlas mais exécutez le script ``install_db_gn2.sh`` à la place de ``install_db.sh``
-    * Vous pouvez utiliser le schéma ``ref_geo`` de GeoNature pour votre territoire, les communes et les mailles, si vous les avez intégré dans ``ref_geo.l_areas`` au prélable.
+    * Vous pouvez utiliser le schéma ``ref_geo`` de GeoNature pour votre territoire, les communes et les mailles, si vous les avez intégré dans ``ref_geo.l_areas`` au préalable.
     
 :Note:
 

From bda6731d49fac2b03676a72a8dd57e278a1d16a6 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sun, 21 Oct 2018 22:41:13 +0200
Subject: [PATCH 15/17] Changelog 2.0.0-rc.3.1

---
 docs/CHANGELOG.rst | 8 +++++---
 1 file changed, 5 insertions(+), 3 deletions(-)

diff --git a/docs/CHANGELOG.rst b/docs/CHANGELOG.rst
index 1407615a45..000fe7f3e3 100644
--- a/docs/CHANGELOG.rst
+++ b/docs/CHANGELOG.rst
@@ -2,18 +2,20 @@
 CHANGELOG
 =========
 
-2.0.0-rc.3.1 (unreleased)
+2.0.0-rc.3.1 (2018-10-21)
 -------------------------
 
 **Corrections**
 
 * Correction du script ``ìnstall_all.sh`` au niveau de la génération de la configuration Apache de TaxHub et UsersHub (#493)
+* Suppression du Servername dans la configuration Apache de TaxHub du script ``install_all.sh``
 * Complément de la documentation de mise à jour de GeoNature (https://geonature.readthedocs.io/fr/latest/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
 
 **Notes de version**
 
-* Installez directement cette version corrective plutôt que la 2.0.0-rc.3, mais en suivant les notes de versions de la 2.0.0-rc.3 si vous migrez depuis une version 2.0.0-rc.2
-* La script ``install_all.sh`` actuel ne fonctionne pas sur Debian 8, problème de version de PostGIS qui ne s'installe pas correctement
+* Si vous migrez depuis une version 2.0.0-rc.2, installez directement cette version corrective plutôt que la 2.0.0-rc.3, mais en suivant les notes de versions de la 2.0.0-rc.3
+* Pour mettre en place la redirection de TaxHub sans ``/``, consultez sa documentation https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache
+* Le script ``install_all.sh`` actuel ne semble pas fonctionner sur Debian 8, problème de version de PostGIS qui ne s'installe pas correctement
 
 2.0.0-rc.3 (2018-10-18)
 -----------------------

From a31b71f8942d9d7d6ba1968004ff51e45156aa88 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sun, 21 Oct 2018 22:42:15 +0200
Subject: [PATCH 16/17] Preparation 2.0.0-rc.3.1

---
 install/install_all/install_all.ini | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/install/install_all/install_all.ini b/install/install_all/install_all.ini
index 0419036f16..94d0427d6f 100644
--- a/install/install_all/install_all.ini
+++ b/install/install_all/install_all.ini
@@ -31,7 +31,7 @@ usershub_release=1.3.3
 ### CONFIGURATION GEONATURE ###
 
 # Version de GeoNature
-geonature_release=2.0.0-rc.3
+geonature_release=2.0.0-rc.3.1
 # Effacer la base de données GeoNature existante lors de l'installation
 drop_geonaturedb=false
 # Nom de la base de données GeoNature

From 3494517501b041fd72eb035777cabda396fafc2e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Camille Monchicourt <camille.monchicourt@ecrins-parcnational.fr>
Date: Sun, 21 Oct 2018 22:43:55 +0200
Subject: [PATCH 17/17] Preparation 2.0.0-rc.3.1

---
 VERSION | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/VERSION b/VERSION
index b87c4d4109..1beefeaca5 100644
--- a/VERSION
+++ b/VERSION
@@ -1 +1 @@
-2.0.0-rc.3
+2.0.0-rc.3.1