setup_ID16S.pl

#!/usr/bin/env perl
## Pombert Lab 2022

my $name = 'setup_ID16S.pl';
my $version = '0.2b';
my $updated = '2024-05-28';

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long qw(GetOptions);
use File::Basename;
use File::Path qw(make_path);
use Cwd qw(abs_path);

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### Command line options
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my $usage = <<"EXIT";
NAME        ${name}
VERSION     ${version}
UPDATED     ${updated}
SYNOPSIS    Creates and stores ID16S environment variables to a configuration file.

USAGE       ${name} \\
              -c ID16S.sh \\
              -d ./ID16S_DB

OPTIONS
-c (--config)    Configuration file [Default: ~/.bashrc]
-d (--db_dir)    Desired directory to download NCBI databases [Default: ./ID16S_DB]
-i (--inst_dir)  ID16S installation directory [Default: ./]
-v (--version)   Show script version
EXIT

unless (@ARGV){
    print "\n$usage\n";
    exit(0);
};

my ($script, $path) = fileparse($0);
my $db_path = './ID16S_DB';
my $config_file = '~/.bashrc';
my $sc_version;
GetOptions(
    'i|inst_dir=s' => \$path,
    'd|db_dir=s' => \$db_path,
    'c|config=s' => \$config_file,
    'v|version' => \$sc_version
);

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### Version
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if ($sc_version){
    print "\n";
    print "Script:     $name\n";
    print "Version:    $version\n";
    print "Updated:    $updated\n\n";
    exit(0);
}

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### Output directory
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unless (-d $db_path){
    make_path($db_path,{mode=>0755}) or die("Unable to create database directory $db_path: $!\n");
}

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### ID16S_HOME and ID16S_DB variables
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open CONFIG, ">>", $config_file or die("Unable to access to configuration file $config_file: $!\n");

print CONFIG "\n".'# Adding ID16S home and database variables'."\n";
print CONFIG 'export ID16S_HOME='.abs_path($path)."\n";
print CONFIG 'export ID16S_DB='.abs_path($db_path)."\n";

print CONFIG "\n";

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### BLASTDB update with TaxDB
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print CONFIG '# Adding NCBI TaxDB to BLASTDB variable'."\n";
print CONFIG 'export BLASTDB=$BLASTDB:'.abs_path($db_path).'/TaxDB:'.abs_path($db_path).'/NCBI_16S'."\n\n";

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### Adding to PATH variable
#########################################################################

print CONFIG '# Adding ID16S to PATH variable'."\n";
print CONFIG 'PATH=$PATH:$ID16S_HOME'."\n";
print CONFIG 'PATH=$PATH:$ID16S_HOME/Core_scripts'."\n";
print CONFIG 'PATH=$PATH:$ID16S_HOME/Normalization_scripts'."\n";
print CONFIG 'export PATH'."\n";

close CONFIG;