ldaacp.xml

 <tool id="ldaacp" name="LDA clustering" version="1.0.2">
      <requirements>
        <container type="docker">galaxyprod_visualisationlda</container>
      </requirements>
      <description>on a “document × term” datafile</description>
      <command><![CDATA[
         main $input
            #if $clusters
            $clusters
            #end if
            $inputmeta
      ]]></command>
      <inputs>
        <param name="input" type="data" format="tabular" label="Fichier source “document × terme”" />
        <param name="inputmeta" type="data" format="tabular" label="Fichier des métadonnées “document × terme” au format tsv" />
        <param name="clusters" type="integer" value="" min="2" max="200" label="Nombre de clusters" />
      </inputs>
      <outputs>
          <data name="output" format="json" from_work_dir="coordonnees.json" label="topic_coordinates" />
      </outputs>
      <tests>
        <test>
          <param name="input" value="ndocDocsMots.txt" />
          <param name="clusters" value="10" />
       	  <param name="inputmeta" value="meta.tsv" />
	  </test>
      </tests>	
      <help><![CDATA[
    Ce programme de clusterisation applique l’algorithme **LDA** — et une **ACP** — sur un fichier de données *“document × terme”*.

    .. class:: warningmark

    Ce fichier de données est formé de 2 colonnes séparées par une tabulation et contenant l’identifiant du document et le terme “indexant” ce document, le tout encodé en UTF-8.

    .. class:: warningmark

    Il y a autant de lignes que de couples *“document — terme”*.

    -----

    **Options**

    Le programme reçoit plusieurs arguments, soit **obligatoires**, soit *optionnels* :

    + **nom du fichier de données** *“document × terme”*

    + **nombre de clusters souhaités(par défaut : 5)**

    -----

    **Données d’entrée**

    Exemple :

    ::

          GS2_0000067	abrupt transition
          GS2_0000067	apparent contrast
          GS2_0000067	arc collision
             ...
          GS2_0000067	wide variability
          GS2_0000592	anomalous change
          GS2_0000592	atomic oxygen
             ...

    -----
      ]]></help>

 </tool>