-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
Copy pathMakefile
160 lines (127 loc) · 4.45 KB
/
Makefile
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
all: mmc mmc_dump mmc_tools
#all: mmc mmc_dump mmc_tools py_mmc_api
UNAME_S := $(shell uname -s)
KMC_MAIN_DIR = kmc_core
KMC_CLI_DIR = kmc_CLI
KMC_API_DIR = kmc_api
KMC_DUMP_DIR = kmc_dump
KMC_TOOLS_DIR = kmc_tools
PY_KMC_API_DIR = py_kmc_api
OUT_BIN_DIR = bin
OUT_INCLUDE_DIR = include
ifeq ($(UNAME_S),Darwin)
CC = /usr/local/bin/g++-10
CFLAGS = -Wall -O3 -m64 -static-libgcc -static-libstdc++ -pthread -std=c++14
CLINK = -lm -static-libgcc -static-libstdc++ -O3 -pthread -std=c++14
PY_KMC_API_CFLAGS = -Wl,-undefined,dynamic_lookup -fPIC -Wall -shared -std=c++14 -O3
else
CC = g++
CFLAGS = -Wall -O3 -m64 -static -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++14
CLINK = -lm -static -O3 -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++14
PY_KMC_API_CFLAGS = -fPIC -Wall -shared -std=c++14 -O3
endif
KMC_CLI_OBJS = \
$(KMC_CLI_DIR)/kmc.o
KFF_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/kff_writer.o
KMC_CORE_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/mem_disk_file.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/rev_byte.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_writer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/cpu_info.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/timer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/develop.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_completer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_storer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/splitter.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_collector.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmc_runner.o
ifeq ($(UNAME_S),Darwin)
RADULS_OBJS =
KMC_LIBS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libz.1.2.5.dylib \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libbz2.1.0.5.dylib
KMC_TOOLS_LIBS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libz.1.2.5.dylib \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libbz2.1.0.5.dylib
LIB_KMC_CORE = $(OUT_BIN_DIR)/libkmc_core.mac.a
else
RADULS_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o
KMC_LIBS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libz.a \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libbz2.a
KMC_TOOLS_LIBS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libz.a \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libbz2.a
LIB_KMC_CORE = $(OUT_BIN_DIR)/libkmc_core.a
endif
KMC_DUMP_OBJS = \
$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_DUMP_DIR)/kmc_dump.o
KMC_API_OBJS = \
$(KMC_API_DIR)/mmer.o \
$(KMC_API_DIR)/kmc_file.o \
$(KMC_API_DIR)/kmer_api.o
KMC_API_SRC_FILES = $(wildcard $(KMC_API_DIR)/*.cpp)
PY_KMC_API_OBJS = $(patsubst $(KMC_API_DIR)/%.cpp,$(PY_KMC_API_DIR)/%.o,$(KMC_API_SRC_FILES))
KMC_TOOLS_OBJS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmer_file_header.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_tools.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parameters_parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/tokenizer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_filter.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_writer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/percent_progress.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kff_info_reader.o
$(KMC_CLI_OBJS) $(KMC_CORE_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS) $(KFF_OBJS) $(KMC_TOOLS_OBJS): %.o: %.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -msse2 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -msse4.1 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -mavx -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -mavx2 -c $< -o $@
$(LIB_KMC_CORE): $(KMC_CORE_OBJS) $(RADULS_OBJS) $(KMC_API_OBJS) $(KFF_OBJS)
-mkdir -p $(OUT_INCLUDE_DIR)
cp $(KMC_MAIN_DIR)/kmc_runner.h $(OUT_INCLUDE_DIR)/kmc_runner.h
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
ar rcs $@ $^
mmc: $(KMC_CLI_OBJS) $(LIB_KMC_CORE)
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
$(CC) $(CLINK) -o $(OUT_BIN_DIR)/mmc $^ $(KMC_LIBS)
mmc_dump: $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
$(CC) $(CLINK) -o $(OUT_BIN_DIR)/mmc_dump $^
mmc_tools: $(KMC_TOOLS_OBJS) $(KMC_API_OBJS) $(KFF_OBJS)
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
$(CC) $(CLINK) -o $(OUT_BIN_DIR)/mmc_tools $^ $(KMC_TOOLS_LIBS)
$(PY_KMC_API_DIR)/%.o: $(KMC_API_DIR)/%.cpp
$(CC) -c -fPIC -Wall -O3 -m64 -std=c++14 $^ -o $@
py_mmc_api: $(PY_KMC_API_OBJS) $(PY_KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
$(CC) $(PY_KMC_API_CFLAGS) $(PY_KMC_API_DIR)/py_kmc_api.cpp $(PY_KMC_API_OBJS) \
-I $(KMC_API_DIR) \
-I $(PY_KMC_API_DIR)/libs/pybind11/include \
-I `python3 -c "import sysconfig;print(sysconfig.get_paths()['include'])"` \
-o $(OUT_BIN_DIR)/$@`python3-config --extension-suffix`
clean:
-rm -f $(KMC_MAIN_DIR)/*.o
-rm -f $(KMC_API_DIR)/*.o
-rm -f $(KMC_DUMP_DIR)/*.o
-rm -f $(KMC_TOOLS_DIR)/*.o
-rm -f $(PY_KMC_API_DIR)/*.o
-rm -f $(PY_KMC_API_DIR)/*.so
-rm -rf $(OUT_BIN_DIR)
-rm -rf $(OUT_INCLUDE_DIR)