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forfilein*doif [[ $file==*.sorted.bam ]]
then
file_name=$(basename $file .sorted.bam)
zcat $file_name.stats-filtered.tsv.gz \
| csvtk cut -t -T -f "reference,n_reads,read_ani_mean,read_ani_std,coverage_mean,breadth,exp_breadth,breadth_exp_ratio,norm_entropy,norm_gini,cov_evenness,tax_abund_tad" \
| csvtk grep -r -t -v -f reference -p _plas -p _mito \
| csvtk sort -t -T -k "n_reads:Nr" \
| tabview -
fidone### ici si tu veux comparer faut voir avec la reférence, si tu veux le faire on en reparlera pck vu la quantité d'échantillons d'espèces différentes va falloir y réfléchir ultérieurement je pense ###```bash## je laisse le code du cours qu'on pourra adapter plus tard#ecriture du fichier des réfsprintf"GCA_002781685.1\nIMGVR_UViG_3300027782_000260\nGCA_014380485.1"> ref-list.txt#comparaisongetRPercId --bam PRI-TJPGK-CATN-160-162.sorted.rmdup.bam --reference-list ref-list.txt --threads 5 --sort-memory 8G# faut activer l'env où y a bamcov (day1-2 je crois) ou l'installerbamcov -w 0 -m GCA_002781685.1.bam