-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
Copy pathsimple_test.py
executable file
·75 lines (71 loc) · 7.47 KB
/
simple_test.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
#!/usr/bin/python2
from btfcount import PairedTargetFinderCountTask
off_target_pairs = [
["HD HD HD NI HD NI HD NI HD NI HD NI HD NG NN NN NG", "NI HD NG NN HD NI NN HD NG HD HD NG HD NG NN HD NG"],
["HD HD HD NI NN NI HD HD NN NN NI NI HD NN NG NN NN HD", "HD NG NN NN HD HD HD NG NN HD NI NG NN NG NG HD HD NI"],
["HD HD NG HD HD NI HD HD HD NI NI HD NN NN NG NN NG HD NG", "HD HD NI NN NN NI HD NG NN NG NG NG NN HD NG NG"],
["HD HD NG HD HD NI NG NN NG NG NN NI NI HD NI NG", "HD NN NG NG HD NI NI NI NI HD NN HD NG NN NI NG"],
["HD HD NG HD NI NG HD HD NI NN NG NN NI HD NG HD NG", "NI NN HD NI HD NI HD NN HD HD HD NI NG NG NG"],
["HD HD NG HD NI NN NN NG NG NN NG HD NI NI NG NG", "HD HD NI NG NN NG HD HD NI NG NI NG HD NI NG"],
["HD HD NG NN NN HD NN NN HD HD NN NN NG HD NG", "NN NN HD HD NI NN NN HD HD NI NN NI NI NG NG"],
["HD HD NI HD HD NI NI NG HD HD NG HD NI HD HD", "NI NG NG NG HD HD HD NI NN HD NI NN NN NN HD NN"],
["HD HD NI HD HD NI NI NG HD HD NG HD NI HD HD", "NN NN NI NI NG NI NG NG NG HD HD HD NI NN HD NI NN"],
["HD HD NI NG NG NG NG NN NI HD NG NG NG NG NG", "HD HD NI NI HD NI NN NG NG NG HD NG NN HD NI NI NI HD"],
["HD HD NI NG NN NG NN NN HD NG NG HD NG HD NG NG NN HD NG", "HD NG HD HD NG NG HD NN NG NG NG NN NG NG NG HD HD NI NG"],
["HD HD NI NG NN NI NI HD NI NG NN HD NI NI HD HD NG NN NI NI", "NG NN NI NN NG NI NI NG NI NG HD NI NN NG NG NG HD NI HD"],
["HD HD NN NG HD NI NG HD NN NN HD NG NG HD NN HD NG", "NI NG NN NN NN NI NI HD HD NG HD HD NI NN NI"],
["HD HD NN NI HD HD NI HD HD NN HD HD HD NG NN NG NN NG", "HD NN HD HD HD HD NN NN HD HD NG HD NI HD NG NG NG HD"],
["HD NG HD NG NG NG NG NG NG NG NG NG NG NI NI NG HD HD HD", "NI HD NG NG HD HD NI NG HD NG NN NN HD NG NN HD NI NN HD"],
["HD NG HD NG NN HD NG NN HD HD HD NG NN NG HD NN HD NI NN NG", "NN NG HD HD NI NN HD NI NI HD NG NN NG HD HD NG"],
["HD NG NG HD NI NI HD NG NI NG NN NN NN HD NN HD NI NG", "HD NN HD NG HD NG NN HD NI NI NI NG NN NN HD NG"],
["HD NG NG NG HD NG NG NN NI NG HD NG HD NG NN", "NI NG NG NN NI NN NN NI HD HD NG NG NI NG NN"],
["HD NG NG NI NG HD NG NN NG HD HD NI NI NI HD NI NI NG", "NN NG HD NI NG HD NG NN NG NI NN NG NG HD NN HD NG"],
["HD NG NI NG HD NG NG NI HD NI NN NI NI NN NI NI NN HD NG NG NG", "NI NN NI NG NN NG NG HD NG HD NG NI NG NN NI HD NN NG"],
["HD NG NN NG NI HD HD NI NI HD HD NN NG NG NG HD HD NG", "HD HD HD NN NI NI HD NI NN NG HD NN NG HD HD NN NG"],
["HD NG NN NI NG NG NN NN NG NG NG NI NN NG NG HD NI", "NG HD NN HD NG NN HD NI NN HD HD NI NI HD NN NN"],
["HD NG NN NN NI NI HD NG NG NG NG NI NI HD NI HD HD NI HD NG", "NI NG HD NI NN NG HD HD NI NG NG NN HD NG NG"],
["HD NI HD NI HD NI HD NI HD HD HD NN NG HD HD NN", "HD NN NI NG HD NG NG HD NG NG NN HD HD HD HD NI NN NN"],
["HD NI NG HD NN NI NN NI NI HD HD HD NI NG NG", "NN NN HD HD HD HD NI NG HD HD NI NN HD HD NN NN NI"],
["HD NI NG NN HD NG NN NG NN NG NN NI HD NG NN", "NI HD NN HD NN HD NI HD NN NG NN NG NN HD NN"],
["HD NI NG NN NN NI HD NI HD HD NG NN NG NN NG HD NN HD HD NI", "NN HD NI NG HD NG NG NG HD NN NN NN NI HD HD NG NN NN NN HD"],
["HD NI NG NN NN NN HD NI HD HD NG NG HD NI NI", "NN NN HD HD HD NI NG HD NG HD NI HD HD NI NN"],
["HD NN NG NN NI NI HD NI NG NN HD HD NI NI NN NN NG HD NG NG", "NN NN HD NG NN NI HD HD NG NN HD NG HD HD NI NG"],
["HD NN NN NI NN NN HD NN NN NI NI HD HD NI NI NI NG NG HD", "HD NN NG NI NN NN NG NG NG NG HD NG NN NI NI NI NG HD NG"]
]
#off_target_pairs = [
# ["HD HD HD NI HD NI HD NI HD NI HD NI HD NG NN NN NG", "NI HD NG NN HD NI NN HD NG HD HD NG HD NG NN HD NG"],
# ["HD HD HD NI NN NI HD HD NN NN NI NI HD NN NG NN NN HD", "HD NG NN NN HD HD HD NG NN HD NI NG NN NG NG HD HD NI"],
# ["HD HD NG HD HD NI HD HD HD NI NI HD NN NN NG NN NG HD NG", "HD HD NI NN NN NI HD NG NN NG NG NG NN HD NG NG"],
# ["HD HD NG HD HD NI NG NN NG NG NN NI NI HD NI NG", "HD NN NG NG HD NI NI NI NI HD NN HD NG NN NI NG"],
# ["HD HD NG HD NI NG HD HD NI NN NG NN NI HD NG HD NG", "NI NN HD NI HD NI HD NN HD HD HD NI NG NG NG"],
# ["HD HD NG HD NI NN NN NG NG NN NG HD NI NI NG NG", "HD HD NI NG NN NG HD HD NI NG NI NG HD NI NG"],
# ["HD HD NG NN NN HD NN NN HD HD NN NN NG HD NG", "NN NN HD HD NI NN NN HD HD NI NN NI NI NG NG"],
# ["HD HD NI HD HD NI NI NG HD HD NG HD NI HD HD", "NI NG NG NG HD HD HD NI NN HD NI NN NN NN HD NN"],
# ["HD HD NI HD HD NI NI NG HD HD NG HD NI HD HD", "NN NN NI NI NG NI NG NG NG HD HD HD NI NN HD NI NN"],
# ["HD HD NI NG NG NG NG NN NI HD NG NG NG NG NG", "HD HD NI NI HD NI NN NG NG NG HD NG NN HD NI NI NI HD"],
# ["HD HD NI NG NN NG NN NN HD NG NG HD NG HD NG NG NN HD NG", "HD NG HD HD NG NG HD NN NG NG NG NN NG NG NG HD HD NI NG"],
# ["HD HD NI NG NN NI NI HD NI NG NN HD NI NI HD HD NG NN NI NI", "NG NN NI NN NG NI NI NG NI NG HD NI NN NG NG NG HD NI HD"],
# ["HD HD NN NG HD NI NG HD NN NN HD NG NG HD NN HD NG", "NI NG NN NN NN NI NI HD HD NG HD HD NI NN NI"],
# ["HD HD NN NI HD HD NI HD HD NN HD HD HD NG NN NG NN NG", "HD NN HD HD HD HD NN NN HD HD NG HD NI HD NG NG NG HD"],
#["HD NG HD NG NG NG NG NG NG NG NG NG NG NI NI NG HD HD HD", "NI HD NG NG HD HD NI NG HD NG NN NN HD NG NN HD NI NN HD"],
#["HD NG HD NG NN HD NG NN HD HD HD NG NN NG HD NN HD NI NN NG", "NN NG HD HD NI NN HD NI NI HD NG NN NG HD HD NG"],
#["HD NG NG HD NI NI HD NG NI NG NN NN NN HD NN HD NI NG", "HD NN HD NG HD NG NN HD NI NI NI NG NN NN HD NG"],
#["HD NG NG NG HD NG NG NN NI NG HD NG HD NG NN", "NI NG NG NN NI NN NN NI HD HD NG NG NI NG NN"],
#["HD NG NG NI NG HD NG NN NG HD HD NI NI NI HD NI NI NG", "NN NG HD NI NG HD NG NN NG NI NN NG NG HD NN HD NG"],
#["HD NG NI NG HD NG NG NI HD NI NN NI NI NN NI NI NN HD NG NG NG", "NI NN NI NG NN NG NG HD NG HD NG NI NG NN NI HD NN NG"],
#["HD NG NN NG NI HD HD NI NI HD HD NN NG NG NG HD HD NG", "HD HD HD NN NI NI HD NI NN NG HD NN NG HD HD NN NG"],
#["HD NG NN NI NG NG NN NN NG NG NG NI NN NG NG HD NI", "NG HD NN HD NG NN HD NI NN HD HD NI NI HD NN NN"],
#["HD NG NN NN NI NI HD NG NG NG NG NI NI HD NI HD HD NI HD NG", "NI NG HD NI NN NG HD HD NI NG NG NN HD NG NG"],
#["HD NI HD NI HD NI HD NI HD HD HD NN NG HD HD NN", "HD NN NI NG HD NG NG HD NG NG NN HD HD HD HD NI NN NN"],
#["HD NI NG HD NN NI NN NI NI HD HD HD NI NG NG", "NN NN HD HD HD HD NI NG HD HD NI NN HD HD NN NN NI"],
#["HD NI NG NN HD NG NN NG NN NG NN NI HD NG NN", "NI HD NN HD NN HD NI HD NN NG NN NG NN HD NN"],
#["HD NI NG NN NN NI HD NI HD HD NG NN NG NN NG HD NN HD HD NI", "NN HD NI NG HD NG NG NG HD NN NN NN NI HD HD NG NN NN NN HD"],
#["HD NI NG NN NN NN HD NI HD HD NG NG HD NI NI", "NN NN HD HD HD NI NG HD NG HD NI HD HD NI NN"],
#["HD NN NG NN NI NI HD NI NG NN HD HD NI NI NN NN NG HD NG NG", "NN NN HD NG NN NI HD HD NG NN HD NG HD HD NI NG"],
#["HD NN NN NI NN NN HD NN NN NI NI HD HD NI NI NI NG NG HD", "HD NN NG NI NN NN NG NG NG NG HD NG NN NI NI NI NG HD NG"]
#]
#off_target_pairs = [["HD HD HD NI HD NI HD NI HD NI HD NI HD NG NN NN NG", "NI HD NG NN HD NI NN HD NG HD HD NG HD NG NN HD NG"]]
#print(PairedTargetFinderCountTask("/opt/boglab/genome_data/arabidopsis_thaliana.fasta", "NA", 0, 3.0, 15, 30, off_target_pairs))
#print(PairedTargetFinderCountTask("/opt/boglab/genome_data/danio_rerio.fasta", "NA", 0, 3.0, 15, 30, off_target_pairs))
#print(PairedTargetFinderCountTask("/opt/boglab/genome_data/homo_sapiens.fasta", "NA", 0, 3.0, 15, 30, off_target_pairs))
print(PairedTargetFinderCountTask("/opt/boglab/genome_data/mus_musculus.fasta", "NA", 0, 3.0, 15, 30, off_target_pairs))