From e600f1cb025079137429475e3b7c33a6e11e6388 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Laura Gauthier Date: Tue, 25 Jun 2024 14:51:56 -0400 Subject: [PATCH] Restore gnarly tests (#8893) * Update no-calls in Gnarly haploid test * Put back turned off tests --- .../GnarlyGenotyperIntegrationTest.java | 4 +- .../haploidPlusDiploid.expected.vcf | 140 +++++++++--------- 2 files changed, 72 insertions(+), 72 deletions(-) diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyperIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyperIntegrationTest.java index 1f074faccaa..6f80f8904cf 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyperIntegrationTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyperIntegrationTest.java @@ -53,7 +53,7 @@ public void assertThatExpectedOutputUpdateToggleIsDisabled() { @DataProvider(name="VCFdata") public Object[][] getVCFdata() { return new Object[][]{ - /* + //chrX haploid sample plus diploid sample -- expected results validated with vcf-validator (samtools?) {new File[]{getTestFile("NA12891.chrX.haploid.rb.g.vcf"), getTestFile("NA12892.chrX.diploid.rb.g.vcf")}, getTestFile("haploidPlusDiploid.expected.vcf"), null, Arrays.asList(new SimpleInterval("chrX", 1000000, 5000000)), Arrays.asList("--merge-input-intervals", "--only-output-calls-starting-in-intervals"), b38_reference_20_21}, @@ -64,7 +64,7 @@ public Object[][] getVCFdata() { //6 ALT alleles -- yes PLs {new File[]{getTestFile("sample6.vcf"), getTestFile("sample7.vcf"), getTestFile("sample8.vcf")}, getTestFile("lotsOfAltsYesPLs.vcf"), null, Arrays.asList(new SimpleInterval("chr20", 257008, 257008)), Arrays.asList("--merge-input-intervals", "--only-output-calls-starting-in-intervals"), b38_reference_20_21}, - */ + // Simple Test, spanning deletions; standard calling confidence //No variants outside requested intervals; no SNPs with QUAL < 60, no INDELs with QUAL < 69?; has star alleles after deletion at chr20:263497; has AC, AF, AN, DP, ExcessHet, FS, MQ, (MQRankSum), (ReadPosRankSum), SOR, QD; has called genotypes {new File[]{getTestFile("sample1.vcf"), getTestFile("sample2.vcf"), getTestFile("sample3.vcf"), getTestFile("sample4.vcf"), getTestFile("sample5.vcf")}, diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/haploidPlusDiploid.expected.vcf b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/haploidPlusDiploid.expected.vcf index 112445ac147..b076c9d5518 100644 --- a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/haploidPlusDiploid.expected.vcf +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/haploidPlusDiploid.expected.vcf @@ -3444,7 +3444,7 @@ chrX 1006332 . C A 856 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=34;AS_QD=12.66;BaseQRankSum chrX 1006461 . T A 919 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=35;AS_QD=14.38;BaseQRankSum=-0.615;DP=131;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.26;SOR=0.761;VarDP=66 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:63:99:63:0,99 0/1:31,35:66:99:.:949,0,807:19,12,22,13 chrX 1006608 . T G 1739 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=70;AS_QD=13.71;BaseQRankSum=-0.388;DP=131;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.676;VarDP=129 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:27,34:61:99:.:.:365,0:.:13,14,13,21 0|1:32,36:68:99:0|1:1006608_T_G:1404,0,1162:1006608:12,20,17,19 chrX 1006624 . T C 1873 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=74;AS_QD=14.31;BaseQRankSum=0.203;DP=135;ExcessHet=0.0000;FS=4.228;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.31;ReadPosRankSum=1.208;SOR=0.407;VarDP=133 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:27,38:65:99:.:.:499,0:.:11,16,16,22 0|1:32,36:68:99:0|1:1006608_T_G:1404,0,1163:1006608:11,21,18,18 -chrX 1006956 . TTTTTTATTATTATTA T 313.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=32;AS_QD=6.19;BaseQRankSum=-1.07;DP=111;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.73;MQRankSum=1.618;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.646;VarDP=57 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:25,32:57:99:.:353,0:8,5,19,13 0/0:.:48:0:48:0,0,694 +chrX 1006956 . TTTTTTATTATTATTA T 313.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=32;AS_QD=6.19;BaseQRankSum=-1.07;DP=111;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.73;MQRankSum=1.618;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.646;VarDP=57 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:25,32:57:99:.:353,0:8,5,19,13 ./.:.:48:0:48:0,0,694 chrX 1006958 . T *,TA 1159.97 . AC=1,2;AF=0.333,0.667;AN=3;AS_AltDP=0,34;AS_QD=31.98,27.51;DP=114;ExcessHet=0.0000;FS=2.629;MQ=59.10;QD=35.26;SOR=0.451;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:25,32,0:57:99:353,0,1152:8,5,19,13 2/2:0,0,34:34:99:1199,1200,1200,101,102,0:0,0,13,21 chrX 1006959 . T *,TTA,TTATTA,TTTATTA,TTTATTATTA 1435.97 . AC=1,1,1,0,0;AF=0.333,0.333,0.333,0.00,0.00;AN=3;AS_AltDP=0,10,19,0,0;AS_QD=28.08,23.23,29.03,30.67,26.61;DP=114;ExcessHet=0.0000;FS=2.655;MQ=59.10;QD=50.86;SOR=0.503;VarDP=29 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:25,32,0,0,0,0:57:99:353,0,1152,1152,1152,1152:8,5,19,13 2/3:0,0,10,19,0,0:29:99:1475,1411,1557,789,803,704,410,443,0,316,1248,1451,705,416,1584,1400,1581,782,442,1605,1784:0,0,10,19 chrX 1006980 . A T 413 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=32;AS_QD=8.20;BaseQRankSum=-1.684;DP=102;ExcessHet=0.0000;FS=3.899;MQ=59.70;MQRankSum=1.244;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.009;SOR=1.014;VarDP=54 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:22,32:54:99:.:443,0:10,12,19,13 0/0:.:46:93:46:0,93,1395 @@ -3652,7 +3652,7 @@ chrX 1031059 . GGAGA *,G 266.97 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=0,9;AS_QD= chrX 1031067 . AC A 131.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=29.53;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.44;QD=42.75;SOR=3.258;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,4:4:99:.:171,0:0,0,4,0 0/0:.:32:58:32:0,58,968 chrX 1031068 . C *,A 276 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=0,9;AS_QD=0.00,9.27;BaseQRankSum=0.666;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=8.158;MQ=57.69;MQRankSum=-4.695;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=2.712;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,4,0:4:99:.:.:171,0,180:.:0,0,4,0 0|2:24,0,9:33:99:0|1:1031059_GGAGA_G:306,221,1204,0,1008,981:1031059:15,9,1,0 chrX 1031070 . G GGAA 131.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=30.36;DP=77;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.31;QD=42.75;SOR=3.258;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,4:4:99:.:171,0:0,0,4,0 0/0:.:31:58:31:0,58,978 -chrX 1031079 . G A 142 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=27.97;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=53.30;QD=43.00;SOR=3.258;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,4:4:99:.:172,0:0,0,4,0 0/0:.:31:0:31:0,0,640 +chrX 1031079 . G A 142 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=4;AS_QD=27.97;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=53.30;QD=43.00;SOR=3.258;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,4:4:99:.:172,0:0,0,4,0 ./.:.:31:0:31:0,0,640 chrX 1031084 . A G,* 144 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=4,0;AS_QD=35.21,35.18;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=5.374;MQ=53.13;QD=43.50;SOR=2.368;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,4,0:4:99:.:.:174,0,284:.:0,0,4,0 0|2:24,0,2:26:7:0|1:1031059_GGAGA_G:7,79,1087,0,1008,1001:1031059:17,7,2,0 chrX 1031085 . ATG *,A 134.97 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=0,4;AS_QD=32.25,34.86;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=5.374;MQ=53.13;QD=43.50;SOR=2.368;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 2:0,0,4:4:99:.:.:174,386,0:.:0,0,4,0 0|1:24,2,0:26:7:0|1:1031059_GGAGA_G:7,0,1001,79,1008,1087:1031059:17,7,2,0 chrX 1031095 . G GA 54.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=3.48;BaseQRankSum=1.033;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=2.634;MQ=56.78;MQRankSum=-3.588;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=1.565;VarDP=27 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:35:99:35:.:.:0,630 0|1:23,4:27:94:.:0|1:1031059_GGAGA_G:94,0,953:1031059:17,6,4,0 @@ -3804,7 +3804,7 @@ chrX 1047872 . GA G 979.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=67;AS_QD=8.56;BaseQRank chrX 1048300 . A T 1014 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=61;AS_QD=10.55;BaseQRankSum=-1.842;DP=110;ExcessHet=0.0000;FS=2.702;MQ=59.96;MQRankSum=0;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.631;VarDP=99 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:20,32:52:99:272,0:10,10,13,19 0/1:18,29:47:99:772,0,475:7,11,19,10 chrX 1048390 . C G 837 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=48;AS_QD=10.97;BaseQRankSum=0.017;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=0.871;MQ=59.54;MQRankSum=0;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.843;VarDP=79 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:18,24:42:99:218,0:9,9,8,16 0/1:13,24:37:99:649,0,296:5,8,12,12 chrX 1048503 . AAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGG A 233.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=7;AS_QD=27.30;BaseQRankSum=-1.054;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=53.70;MQRankSum=1.834;QD=27.30;ReadPosRankSum=1.687;SOR=0.569;VarDP=10 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:26:45:26:0,45 0/1:3,7:10:54:.:273,0,54:3,0,6,1 -chrX 1048565 . AGG A 248.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=12;AS_QD=24.00;DP=37;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.19;QD=24.00;SOR=1.445;VarDP=12 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,12:12:99:.:288,0:0,0,8,4 0/0:.:22:0:22:0,0,416 +chrX 1048565 . AGG A 248.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=12;AS_QD=24.00;DP=37;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.19;QD=24.00;SOR=1.445;VarDP=12 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,12:12:99:.:288,0:0,0,8,4 ./.:.:22:0:22:0,0,416 chrX 1048568 . AAGGGGAAGGGAAGGGAAGGAAGGAAGGAAGGACGGACGGAAGGAAGGGAGAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAGGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG *,A 195.97 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=0,12;AS_QD=0.00,16.79;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=52.68;MQRankSum=1.153;QD=16.79;SOR=1.445;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:2,0,12:14:99:.:235,462,0:1,1,8,4 0/0:.:23:20:23:0,20,600,20,600,600 chrX 1048838 . C A 572 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=20;AS_QD=19.42;BaseQRankSum=2.878;DP=87;ExcessHet=0.0000;FS=5.884;MQ=59.61;MQRankSum=0;QD=19.42;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.493;VarDP=31 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:49:99:49:0,471 0/1:11,20:31:99:.:602,0,249:8,3,9,11 chrX 1048967 . T C 668 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=14.24;BaseQRankSum=1.665;DP=127;ExcessHet=0.0000;FS=8.955;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.79;SOR=2.194;VarDP=49 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:74:19:74:.:.:0,19 0|1:30,19:49:99:.:0|1:1048967_T_C:698,0,1203:1048967:14,16,4,15 @@ -3831,7 +3831,7 @@ chrX 1055093 . G A 521 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=23;AS_QD=9.34;BaseQRankSum= chrX 1055164 . TTTTA T 759.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=22;AS_QD=14.02;BaseQRankSum=-1.552;DP=126;ExcessHet=0.0000;FS=5.610;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=1.524;VarDP=57 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:59:99:59:0,173 0/1:35,22:57:99:.:799,0,1403:17,18,7,15 chrX 1056171 . CA C 647.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=23;AS_QD=18.08;BaseQRankSum=1.5;DP=107;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.27;MQRankSum=-1.099;QD=18.08;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.782;VarDP=38 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:59:99:59:0,173 0/1:15,23:38:99:.:687,0,395:8,6,6,4 chrX 1056304 . C T 483 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=20;AS_QD=14.25;BaseQRankSum=0.26;DP=116;ExcessHet=0.0000;FS=3.009;MQ=58.43;MQRankSum=0;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.479;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:59:99:59:0,173 0/1:16,20:36:99:.:513,0,387:10,6,9,10 -chrX 1056557 . A AT 386.97 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=21;AS_QD=11.51;BaseQRankSum=-0.846;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=4.743;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.69;SOR=1.508;VarDP=37 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB .:.:27:1:27:0,1 0/1:16,21:37:99:.:426,0,310:8,8,14,7 +chrX 1056557 . A AT 386.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=21;AS_QD=11.51;BaseQRankSum=-0.846;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=4.743;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.69;SOR=1.508;VarDP=37 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:27:1:27:0,1 0/1:16,21:37:99:.:426,0,310:8,8,14,7 chrX 1056700 . C T 711 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=20;AS_QD=16.11;BaseQRankSum=1.244;DP=100;ExcessHet=0.0000;FS=4.112;MQ=59.04;MQRankSum=0.336;QD=16.11;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=1.043;VarDP=46 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:54:99:54:.:.:0,997 0|1:26,20:46:99:.:0|1:1056700_C_T:741,0,1032:1056700:12,14,12,8 chrX 1056704 . T C 676 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=15.35;BaseQRankSum=0.468;DP=103;ExcessHet=0.0000;FS=6.115;MQ=58.31;MQRankSum=0.261;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.753;SOR=1.194;VarDP=46 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:54:99:54:.:.:0,997 0|1:27,19:46:99:.:0|1:1056700_C_T:706,0,1056:1056700:12,15,12,7 chrX 1056802 . C T 2841 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=106;AS_QD=22.97;BaseQRankSum=2.567;DP=129;ExcessHet=0.0000;FS=4.918;MQ=59.02;MQRankSum=2.018;QD=22.97;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.375;VarDP=125 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:19,37:56:99:697,0:12,7,16,21 1/1:0,69:69:99:2174,207,0:0,0,36,33 @@ -4023,8 +4023,8 @@ chrX 1082261 . T A 2371 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=74;AS_QD=32.45;DP=147;Exce chrX 1083442 . C CAA,CA 1514.97 . AC=1,2;AF=0.333,0.667;AN=3;AS_AltDP=32,38;AS_QD=27.41,17.82;DP=97;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.27;QD=22.20;SOR=1.329;VarDP=70 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,32,0:32:99:877,0,877:0,0,12,20 2/2:0,0,38:38:99:677,677,677,108,108,0:0,0,14,24 chrX 1083477 . G A 1832 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=56;AS_QD=32.67;BaseQRankSum=2.935;DP=123;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.67;MQRankSum=-0.095;QD=32.67;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.252;VarDP=57 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,56:57:99:.:1862,0:0,1,27,29 0/0:.:63:79:63:0,79,1201 chrX 1083657 . C T 1487 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=37;AS_QD=32.79;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.92;QD=41.00;SOR=0.859;VarDP=37 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,37:37:99:.:1517,0:0,0,20,17 0/0:.:37:83:37:0,83,1141 -chrX 1083667 . CGACCCAGAGGGCTAGAATTGATAGGGTTGTGTCCCAGGGGGCTAAGATTCGTAGGGTTAT C 1379.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=35;AS_QD=34.51;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=3.259;MQ=59.43;MQRankSum=4.364;QD=39.42;SOR=0.491;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,35:36:99:.:1419,0:0,1,19,16 ./.:.:0:0:0:0,0,0 -chrX 1084241 . G C 233 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=9;AS_QD=26.30;BaseQRankSum=1.036;DP=10;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=42.73;MQRankSum=0.385;QD=26.30;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.307;VarDP=10 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,9:10:99:.:263,0:1,0,5,4 ./.:.:0:0:0:0,0,0 +chrX 1083667 . CGACCCAGAGGGCTAGAATTGATAGGGTTGTGTCCCAGGGGGCTAAGATTCGTAGGGTTAT C 1379.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=35;AS_QD=34.51;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=3.259;MQ=59.43;MQRankSum=4.364;QD=39.42;SOR=0.491;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:1,35:36:99:1419,0:0,1,19,16 ./. +chrX 1084241 . G C 233 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=9;AS_QD=26.30;BaseQRankSum=1.036;DP=10;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=42.73;MQRankSum=0.385;QD=26.30;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.307;VarDP=10 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:1,9:10:99:263,0:1,0,5,4 ./. chrX 1084898 . T C 5414 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=123;AS_QD=29.49;DP=125;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=0.709;VarDP=123 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,71:71:99:.:.:3149,0:.:0,0,38,33 1|1:0,52:52:99:0|1:1084898_T_C:2295,157,0:1084898:0,0,23,29 chrX 1084899 . T A 5414 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=123;AS_QD=21.26;DP=129;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=0.709;VarDP=123 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,71:71:99:.:.:3149,0:.:0,0,38,33 1|1:0,52:52:99:0|1:1084898_T_C:2295,157,0:1084898:0,0,23,29 chrX 1085116 . CT C 3880.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=107;AS_QD=32.55;BaseQRankSum=3.429;DP=124;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=36.30;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.263;VarDP=108 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:1,48:49:99:.:.:1326,0:.:0,1,16,32 1|1:0,59:59:99:0|1:1085116_CT_C:2594,178,0:1085116:0,0,35,24 @@ -4196,7 +4196,7 @@ chrX 1127011 . G C 1696 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=55;AS_QD=31.38;DP=118;Exce chrX 1127213 . A ATAGG 4380.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=102;AS_QD=25.11;BaseQRankSum=-0.772;DP=124;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=37.14;ReadPosRankSum=0;SOR=0.628;VarDP=119 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,70:70:99:3128,0:0,0,32,38 0/1:17,32:49:99:1292,0,618:8,9,18,14 chrX 1127292 . CACAGGTACAGGT C 3059.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=88;AS_QD=26.49;BaseQRankSum=2.433;DP=141;ExcessHet=0.0000;FS=1.785;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=26.49;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.984;VarDP=117 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:2,57:59:99:1878,0:2,0,21,36 0/1:27,31:58:99:1221,0,1029:11,16,13,18 chrX 1127618 . T G 162 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_AltDP=7;AS_QD=27.43;DP=20;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=38.43;QD=27.43;SOR=1.609;VarDP=7 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB .:.:12:0:12:0,0 1/1:0,7:7:21:.:192,21,0:0,0,2,5 -chrX 1128110 . T G 407 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=17;AS_QD=25.71;DP=21;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=32.84;QD=25.71;SOR=1.061;VarDP=17 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,17:17:99:.:437,0:0,0,7,10 0/0:.:2:0:2:0,0,20 +chrX 1128110 . T G 407 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=17;AS_QD=25.71;DP=21;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=32.84;QD=25.71;SOR=1.061;VarDP=17 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,17:17:99:.:437,0:0,0,7,10 ./.:.:2:0:2:0,0,20 chrX 1128869 . G C 271 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=14;AS_QD=8.85;BaseQRankSum=-0.801;DP=74;ExcessHet=0.0000;FS=17.627;MQ=48.13;MQRankSum=1.016;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.105;SOR=2.233;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:40:20:40:0,20 0/1:20,14:34:99:.:301,0,494:7,13,11,3 chrX 1133500 . C G 225 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=34;AS_QD=4.40;BaseQRankSum=-0.989;DP=127;ExcessHet=0.0000;FS=1.023;MQ=59.92;MQRankSum=1.225;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.685;VarDP=58 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:24,34:58:99:.:255,0:13,11,16,18 0/0:.:65:43:65:0,43,1130 chrX 1133521 . A G 488 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=20;AS_QD=10.57;BaseQRankSum=0.27;DP=118;ExcessHet=0.0000;FS=2.410;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.420;VarDP=49 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:63:99:63:0,1349 0/1:29,20:49:99:.:518,0,794:12,17,10,10 @@ -4286,7 +4286,7 @@ chrX 1147979 . C G 1772 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=74;AS_QD=13.15;BaseQRankSu chrX 1148339 . A T 1937 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=59;AS_QD=33.34;DP=92;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.34;SOR=0.871;VarDP=59 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,59:59:99:.:1967,0:0,0,27,32 0/0:.:34:32:29:0,32,667 chrX 1148479 . T TATATATATATATATATATA 358.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=32.19;DP=77;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.57;QD=39.80;SOR=1.085;VarDP=10 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:64:99:64:.:.:0,203 1|1:0,10:10:30:.:0|1:1148479_T_TATATATATATATATATATA:398,30,0:1148479:0,0,4,6 chrX 1148481 . T A 368 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=28.99;DP=77;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.57;QD=39.80;SOR=1.085;VarDP=10 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:64:99:64:.:.:0,203 1|1:0,10:10:30:.:0|1:1148479_T_TATATATATATATATATATA:398,30,0:1148479:0,0,4,6 -chrX 1148483 . T A,TA 729 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=14,17;AS_QD=31.40,30.41;BaseQRankSum=-0.649;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.79;MQRankSum=-0.214;QD=23.72;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.465;VarDP=32 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:1,14,17:32:99:.:759,213,0:0,1,12,19 0/0:.:3:0:3:0,0,25,0,25,25 +chrX 1148483 . T A,TA 729 . AC=0,1;AF=0.00,1.00;AN=1;AS_AltDP=14,17;AS_QD=31.40,30.41;BaseQRankSum=-0.649;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.79;MQRankSum=-0.214;QD=23.72;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.465;VarDP=32 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:1,14,17:32:99:.:759,213,0:0,1,12,19 ./.:.:3:0:3:0,0,25,0,25,25 chrX 1148495 . A AATTTTT 230.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=27.70;DP=35;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.32;QD=45.00;SOR=1.329;VarDP=6 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:27:99:27:.:.:0,540 1|1:0,6:6:18:.:0|1:1148479_T_TATATATATATATATATATA:270,18,0:1148479:0,0,2,4 chrX 1148497 . A ATATTTTTTTTTT,ATATTTTTTTTTTTT,ATATATATTTTTTTTTT,ATATATATTTTTTTTTTTT,T 1105 . AC=0,0,0,1,2;AF=0.00,0.00,0.00,0.333,0.667;AN=3;AS_AltDP=4,2,1,4,6;AS_QD=31.92,28.49,31.74,32.99,26.41;BaseQRankSum=-0.649;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.61;MQRankSum=-0.223;QD=63.06;ReadPosRankSum=0.29;SOR=0.551;VarDP=18 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 4:1,4,2,1,4,0:12:36:.:.:865,138,278,36,0,618:.:0,1,4,7 5|5:0,0,0,0,0,6:6:18:0|1:1148479_T_TATATATATATATATATATA:270,270,270,270,270,270,270,270,270,270,270,270,270,270,270,18,18,18,18,18,0:1148479:0,0,2,4 chrX 1148635 . G C 672 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=26;AS_QD=13.50;BaseQRankSum=-0.033;DP=103;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.55;MQRankSum=0;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.546;VarDP=52 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:46:99:46:.:.:0,400 0|1:26,26:52:99:.:0|1:1148635_G_C:702,0,1004:1148635:18,8,17,9 @@ -4399,13 +4399,13 @@ chrX 1159461 . A G 2333 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=54;AS_QD=25.69;DP=113;Exce chrX 1159735 . AAGAG A 680.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=16.00;BaseQRankSum=-1.749;DP=108;ExcessHet=0.0000;FS=1.189;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=16.00;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.410;VarDP=45 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:59:99:59:0,1120 0/1:26,19:45:99:.:720,0,1024:10,16,9,10 chrX 1159739 . G GAGAC,* 1569.97 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=36,0;AS_QD=30.39,28.86;DP=93;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.74;QD=44.69;SOR=0.723;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,36,0:36:99:1609,0,1609:0,0,12,24 0/2:26,0,19:45:99:720,798,1879,0,1081,1024:10,16,9,10 chrX 1159791 . AAGAGAC A 74.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=20;AS_QD=3.08;BaseQRankSum=1.493;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=2.937;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.585;SOR=0.293;VarDP=37 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:17,20:37:99:.:114,0:6,11,10,10 0/0:.:45:27:24:0,27,725 -chrX 1160065 . CAGAG C 1094.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=28;AS_QD=31.27;BaseQRankSum=-0.762;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.95;MQRankSum=0;QD=39.10;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.446;VarDP=29 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,28:29:99:.:1134,0:0,1,11,17 0/0:.:45:0:45:0,0,928 +chrX 1160065 . CAGAG C 1094.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=28;AS_QD=31.27;BaseQRankSum=-0.762;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.95;MQRankSum=0;QD=39.10;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.446;VarDP=29 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,28:29:99:.:1134,0:0,1,11,17 ./.:.:45:0:45:0,0,928 chrX 1160320 . G A,GGAGA 1984 . AC=0,2;AF=0.00,0.667;AN=3;AS_AltDP=0,51;AS_QD=0.00,30.52;BaseQRankSum=0.864;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=2.507;MQ=58.49;MQRankSum=4.424;QD=30.52;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.450;VarDP=66 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 2:2,0,35:37:99:1382,1913,0:1,1,21,14 0/2:13,0,16:29:99:632,672,1218,0,547,498:5,8,5,11 chrX 1160325 . GAC G 620.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=17;AS_QD=18.86;BaseQRankSum=-0.393;DP=98;ExcessHet=0.0000;FS=3.012;MQ=58.97;MQRankSum=1.029;QD=18.86;ReadPosRankSum=-2.088;SOR=0.306;VarDP=35 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:56:99:56:.:.:0,809 0|1:18,17:35:99:.:0|1:1160325_GAC_G:660,0,702:1160325:6,12,8,9 chrX 1160333 . CAG C 652.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=18;AS_QD=19.22;BaseQRankSum=-0.153;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=1.348;MQ=58.89;MQRankSum=1.056;QD=19.22;ReadPosRankSum=-0.76;SOR=0.360;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:56:99:56:.:.:0,809 0|1:18,18:36:99:.:0|1:1160325_GAC_G:692,0,699:1160325:6,12,8,10 chrX 1160533 . C CAGAGAG 774.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=21;AS_QD=27.84;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=3.349;MQ=55.22;MQRankSum=-0.466;QD=35.39;SOR=2.200;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,21:23:99:.:814,0:1,1,5,16 0/0:.:50:42:50:0,42,1141 chrX 1160555 . GAGAGAC G 371.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=15;AS_QD=18.68;BaseQRankSum=0.491;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=4.652;MQ=53.63;MQRankSum=1.348;QD=18.68;ReadPosRankSum=2.231;SOR=1.856;VarDP=22 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:7,15:22:99:.:411,0:4,3,4,11 0/0:.:46:22:42:0,22,899 -chrX 1160796 . G GGAGA 1563.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=36;AS_QD=26.40;DP=102;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.85;QD=44.53;SOR=0.693;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,36:36:99:.:1603,0:0,0,18,18 0/0:.:41:0:41:0,0,986 +chrX 1160796 . G GGAGA 1563.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=36;AS_QD=26.40;DP=102;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.85;QD=44.53;SOR=0.693;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,36:36:99:.:1603,0:0,0,18,18 ./.:.:41:0:41:0,0,986 chrX 1160823 . C CAG 2394.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=55;AS_QD=37.92;DP=104;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.79;QD=44.25;SOR=0.850;VarDP=55 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,55:55:99:.:2434,0:0,0,18,21 0/0:.:48:24:46:0,24,1090 chrX 1160847 . CAGAG C 1625.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=39;AS_QD=30.30;BaseQRankSum=1.702;DP=124;ExcessHet=0.0000;FS=3.136;MQ=59.01;MQRankSum=4.06;QD=41.63;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.405;VarDP=40 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,39:40:99:.:1665,0:1,0,16,18 0/0:.:48:24:46:0,24,1090 chrX 1161439 . G A 1921 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=59;AS_QD=33.07;DP=106;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.92;QD=33.07;SOR=0.871;VarDP=59 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,59:59:99:.:1951,0:0,0,27,32 0/0:.:48:24:46:0,24,1090 @@ -4552,7 +4552,7 @@ chrX 1178011 . C T 354 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=15;AS_QD=9.85;BaseQRankSum= chrX 1178158 . A T,* 2779 . AC=3,0;AF=1.00,0.00;AN=3;AS_AltDP=46,0;AS_QD=27.41,32.66;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.21;QD=61.07;SOR=0.892;VarDP=46 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,41,0:41:99:.:.:1600,0,1111:.:0,0,7,8 1|1:0,5,0:5:9:0|1:1178158_A_*:1209,87,0,255,9,188:1178158:0,0,2,3 chrX 1178182 . TATAAA T 2771.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=70;AS_QD=29.81;DP=72;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.38;QD=40.16;SOR=0.892;VarDP=70 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,41:41:99:.:.:1600,0:.:0,0,7,8 1|1:0,29:29:88:0|1:1178158_A_*:1211,88,0:1178158:0,0,2,3 chrX 1178194 . TTATATTATATTATTGTATATGA T 1486.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=45;AS_QD=33.91;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.90;QD=33.91;SOR=0.892;VarDP=45 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,25:25:99:.:.:866,0:.:0,0,7,8 1|1:0,20:20:61:0|1:1178158_A_*:660,61,0:1178158:0,0,2,3 -chrX 1178477 . A ATATATAATTATATATTATAATTATATTATATTATTT,ATATATAATTATATATTATAATTATATTATATTATTATATATAATTATATATTATAATTATATTATATTATTT 309.97 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=0,5;AS_QD=2.07,17.45;BaseQRankSum=1.687;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=2.199;MQ=55.43;MQRankSum=0.693;QD=17.45;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=1.781;VarDP=20 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:15,0,5:20:99:.:349,318,0:8,7,4,1 0/0:.:36:0:36:0,0,10,0,10,10 +chrX 1178477 . A ATATATAATTATATATTATAATTATATTATATTATTT,ATATATAATTATATATTATAATTATATTATATTATTATATATAATTATATATTATAATTATATTATATTATTT 309.97 . AC=0,1;AF=0.00,1.00;AN=1;AS_AltDP=0,5;AS_QD=2.07,17.45;BaseQRankSum=1.687;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=2.199;MQ=55.43;MQRankSum=0.693;QD=17.45;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=1.781;VarDP=20 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:15,0,5:20:99:.:349,318,0:8,7,4,1 ./.:.:36:0:36:0,0,10,0,10,10 chrX 1179123 . A AT 3210.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=116;AS_QD=28.02;DP=136;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=1.140;VarDP=116 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,63:63:99:1775,0:0,0,41,22 1/1:0,53:53:99:1475,159,0:0,0,28,25 chrX 1179302 . T C 2137 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=73;AS_QD=22.81;BaseQRankSum=1.247;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=3.311;MQ=57.39;MQRankSum=1.682;QD=22.81;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.848;VarDP=95 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:13,45:58:99:.:.:1430,0:.:6,7,19,26 0|1:9,28:37:99:0|1:1179302_T_C:737,0,254:1179302:6,3,13,15 chrX 1179304 . C T 2537 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=75;AS_QD=27.02;BaseQRankSum=1.745;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=3.438;MQ=57.39;MQRankSum=2.205;QD=27.02;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.830;VarDP=95 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:13,45:58:99:.:.:1430,0:.:6,7,19,26 0|1:7,30:37:89:0|1:1179302_T_C:1137,0,89:1179302:5,2,14,16 @@ -4611,7 +4611,7 @@ chrX 1187334 . T C 1762 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=55;AS_QD=32.58;DP=115;Exce chrX 1187391 . ATT A,AT 1310.97 . AC=2,1;AF=0.667,0.333;AN=3;AS_AltDP=49,20;AS_QD=20.00,16.80;BaseQRankSum=-0.755;DP=108;ExcessHet=0.0000;FS=12.631;MQ=59.96;MQRankSum=0;QD=18.24;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.192;VarDP=74 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 2:2,11,20:33:99:420,270,0:2,0,15,16 1/1:3,38,0:41:43:930,43,0,939,112,1008:3,0,18,20 chrX 1187538 . T C 3574 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=111;AS_QD=32.47;DP=114;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.47;SOR=1.241;VarDP=111 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,53:53:99:1780,0:0,0,33,20 1/1:0,58:58:99:1824,173,0:0,0,35,23 chrX 1187837 . C T 362 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=33;AS_QD=7.26;BaseQRankSum=0.451;DP=114;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.657;VarDP=54 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:21,33:54:99:.:392,0:8,13,13,20 0/0:.:57:71:57:0,71,1201 -chrX 1187949 . AAAG A 355.97 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=18;AS_QD=10.39;BaseQRankSum=1.11;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=12.329;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.41;SOR=1.779;VarDP=38 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB .:.:47:1:47:.:.:0,1 0|1:20,18:38:99:.:0|1:1187949_AAAG_A:395,0,453:1187949:8,12,13,5 +chrX 1187949 . AAAG A 355.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=18;AS_QD=10.39;BaseQRankSum=1.11;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=12.329;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.41;SOR=1.779;VarDP=38 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:47:1:47:.:.:0,1 0|1:20,18:38:99:.:0|1:1187949_AAAG_A:395,0,453:1187949:8,12,13,5 chrX 1187950 . A G,* 3405 . AC=2,1;AF=0.667,0.333;AN=3;AS_AltDP=41,39;AS_QD=26.64,0.00;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=1.096;VarDP=80 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,21,21:42:1:.:.:1466,0,1:.:0,0,26,16 1|2:0,20,18:38:99:1|0:1187949_AAAG_A:1969,535,395,592,0,453:1187949:0,0,21,17 chrX 1187953 . AG A 413.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=20;AS_QD=11.92;BaseQRankSum=-1.142;DP=92;ExcessHet=0.0000;FS=12.329;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.820;VarDP=38 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:46:30:44:.:.:0,30 0|1:18,20:38:99:.:1|0:1187949_AAAG_A:453,0,395:1187949:13,5,8,12 chrX 1187956 . GA G 388.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=11.57;BaseQRankSum=-1.142;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=10.037;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.674;VarDP=37 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:46:30:44:.:.:0,30 0|1:18,19:37:99:.:1|0:1187949_AAAG_A:428,0,398:1187949:13,5,8,11 @@ -4700,7 +4700,7 @@ chrX 1195409 . T C 2141 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=92;AS_QD=18.56;BaseQRankSum chrX 1195454 . G C 4207 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=131;AS_QD=32.34;DP=135;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.96;QD=32.34;SOR=0.838;VarDP=131 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,72:72:99:2310,0:0,0,33,39 1/1:0,59:59:99:1927,177,0:0,0,28,31 chrX 1195635 . T A 3863 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=121;AS_QD=32.17;DP=126;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.90;QD=32.17;SOR=0.710;VarDP=121 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,62:62:99:1993,0:0,0,35,27 1/1:0,59:59:99:1900,176,0:0,0,26,33 chrX 1195721 . G C 1992 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=90;AS_QD=17.14;BaseQRankSum=1.363;DP=124;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=17.14;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.781;VarDP=118 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:28,30:58:99:129,0:13,15,18,12 1/1:0,60:60:99:1893,179,0:0,0,22,38 -chrX 1195817 . A ATATATAT 2424.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_AltDP=55;AS_QD=36.46;DP=128;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=0.970;VarDP=55 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB .:.:67:1:67:0,1 1/1:0,55:55:99:.:2464,165,0:0,0,31,24 +chrX 1195817 . A ATATATAT 2424.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=55;AS_QD=36.46;DP=128;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=0.970;VarDP=55 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:67:1:67:0,1 1/1:0,55:55:99:.:2464,165,0:0,0,31,24 chrX 1195903 . G A 58 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=35;AS_QD=1.33;BaseQRankSum=-0.13;DP=126;ExcessHet=0.0000;FS=2.021;MQ=59.75;MQRankSum=0;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.473;VarDP=66 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:31,35:66:88:.:88,0:18,13,18,17 0/0:.:56:99:56:0,100,1378 chrX 1196036 . A G 3475 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=109;AS_QD=32.16;DP=116;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.44;QD=32.16;SOR=0.956;VarDP=109 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,61:61:99:1993,0:0,0,38,23 1/1:0,48:48:99:1512,144,0:0,0,23,25 chrX 1196078 . T G 2514 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=81;AS_QD=24.46;BaseQRankSum=-1.069;DP=112;ExcessHet=0.0000;FS=1.934;MQ=58.65;MQRankSum=-0.534;QD=24.46;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.957;VarDP=104 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:23,35:58:99:.:.:507,0:.:12,11,25,10 1|1:0,46:46:99:0|1:1196078_T_G:2037,138,0:1196078:0,0,22,24 @@ -4884,14 +4884,14 @@ chrX 1245700 . G C 102 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=27;AS_QD=2.69;BaseQRankSum= chrX 1245746 . A T 89 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=25;AS_QD=2.59;BaseQRankSum=-0.624;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=1.156;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=2.59;ReadPosRankSum=-2.427;SOR=1.022;VarDP=46 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:21,25:46:99:.:119,0:10,11,10,15 0/0:.:38:36:36:0,36,853 chrX 1246225 . G A 517 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=27;AS_QD=14.03;BaseQRankSum=1.556;DP=77;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.749;VarDP=39 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:12,27:39:99:.:547,0:8,4,18,9 0/0:.:38:36:36:0,36,853 chrX 1246240 . C T 1562 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=38;AS_QD=32.36;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.863;VarDP=38 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,38:38:99:.:1592,0:0,0,27,11 0/0:.:38:36:36:0,36,853 -chrX 1246245 . CAAA C,CAAAAAA 522.97 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=13,18;AS_QD=13.00,31.22;DP=107;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.08;QD=18.13;SOR=1.839;VarDP=31 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:0,13,18:31:99:.:562,393,0:0,0,22,9 0/0:.:41:0:41:0,0,928,0,928,928 +chrX 1246245 . CAAA C,CAAAAAA 522.97 . AC=0,1;AF=0.00,1.00;AN=1;AS_AltDP=13,18;AS_QD=13.00,31.22;DP=107;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.08;QD=18.13;SOR=1.839;VarDP=31 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:0,13,18:31:99:.:562,393,0:0,0,22,9 ./.:.:41:0:41:0,0,928,0,928,928 chrX 1246344 . G A 2344 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=53;AS_QD=33.60;DP=115;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.49;QD=44.79;SOR=0.808;VarDP=53 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,53:53:99:.:2374,0:0,0,25,28 0/0:.:60:26:57:0,26,1150 chrX 1246345 . T G 2378 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=55;AS_QD=32.13;DP=115;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.49;QD=43.78;SOR=0.884;VarDP=55 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,55:55:99:.:2408,0:0,0,25,30 0/0:.:60:26:57:0,26,1150 chrX 1246351 . G A 263 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=34;AS_QD=5.05;BaseQRankSum=1.343;DP=116;ExcessHet=0.0000;FS=3.708;MQ=59.49;MQRankSum=2.119;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.330;VarDP=58 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:24,34:58:99:.:293,0:9,15,17,17 0/0:.:60:26:57:0,26,1150 chrX 1246559 . C T 1907 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=56;AS_QD=34.59;DP=117;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=43.83;QD=34.59;SOR=1.101;VarDP=56 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,56:56:99:.:1937,0:0,0,33,23 0/0:.:60:26:57:0,26,1150 chrX 1246655 . A G 1800 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=57;AS_QD=31.55;BaseQRankSum=-0.41;DP=117;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.15;MQRankSum=-0.646;QD=31.55;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.301;VarDP=58 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,57:58:99:.:1830,0:1,0,31,26 0/0:.:60:26:57:0,26,1150 chrX 1246851 . A G 1448 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=48;AS_QD=30.79;DP=106;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=30.79;SOR=0.963;VarDP=48 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,48:48:99:.:1478,0:0,0,21,27 0/0:.:60:26:57:0,26,1150 -chrX 1247193 . T TAA 1390.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=44;AS_QD=32.50;DP=87;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.68;QD=32.50;SOR=1.105;VarDP=44 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,44:44:99:.:1430,0:0,0,26,18 0/0:.:34:0:34:0,0,844 +chrX 1247193 . T TAA 1390.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=44;AS_QD=32.50;DP=87;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.68;QD=32.50;SOR=1.105;VarDP=44 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,44:44:99:.:1430,0:0,0,26,18 ./.:.:34:0:34:0,0,844 chrX 1247347 . A G 2550 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=66;AS_QD=35.65;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.33;QD=39.09;SOR=0.957;VarDP=66 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,66:66:99:.:2580,0:0,0,29,37 0/0:.:43:31:23:0,31,650 chrX 1247351 . G A 228 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=37;AS_QD=3.91;BaseQRankSum=0.681;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=2.075;MQ=59.33;MQRankSum=-1.668;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.202;SOR=1.035;VarDP=66 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:29,37:66:99:.:258,0:14,15,15,22 0/0:.:43:31:23:0,31,650 chrX 1247440 . CAA C 1399.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=43;AS_QD=33.47;DP=92;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.42;QD=33.47;SOR=0.941;VarDP=43 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,43:43:99:.:1439,0:0,0,19,24 0/0:.:43:31:23:0,31,650 @@ -5029,7 +5029,7 @@ chrX 1271234 . C T 270 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=9;AS_QD=8.57;BaseQRankSum=1 chrX 1271244 . G A 267 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=9;AS_QD=8.25;BaseQRankSum=1.389;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.67;MQRankSum=-0.591;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.3;SOR=0.927;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:40:99:40:.:.:0,712 0|1:27,9:36:99:.:0|1:1271188_C_T:297,0,1107:1271188:16,11,6,3 chrX 1271250 . T C 144 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=5.44;BaseQRankSum=0.896;DP=72;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.38;MQRankSum=-1.099;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.446;VarDP=32 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:40:99:40:.:.:0,712 0|1:26,6:32:99:.:0|1:1271188_C_T:174,0,1074:1271188:15,11,3,3 chrX 1271272 . C A 111 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=5.04;BaseQRankSum=-0.052;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.10;MQRankSum=-1.212;QD=5.04;ReadPosRankSum=-2.37;SOR=0.741;VarDP=28 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:40:99:40:.:.:0,712 0|1:23,5:28:99:.:0|1:1271188_C_T:141,0,951:1271188:13,10,3,2 -chrX 1271332 . AT A 152.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=19.20;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.32;QD=19.20;SOR=1.609;VarDP=10 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,10:10:99:.:192,0:0,0,3,7 0/0:.:20:0:20:0,0,337 +chrX 1271332 . AT A 152.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=10;AS_QD=19.20;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.32;QD=19.20;SOR=1.609;VarDP=10 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,10:10:99:.:192,0:0,0,3,7 ./.:.:20:0:20:0,0,337 chrX 1271409 . C T 655 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=20;AS_QD=34.25;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.21;QD=34.25;SOR=1.127;VarDP=20 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,20:20:99:.:685,0:0,0,8,12 0/0:.:47:99:47:0,120,1800 chrX 1271526 . A AT 469.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=32;AS_QD=9.43;BaseQRankSum=-0.404;DP=120;ExcessHet=0.0000;FS=5.681;MQ=59.48;MQRankSum=-1.441;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.497;SOR=1.202;VarDP=54 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:22,32:54:99:.:509,0:10,12,20,12 0/0:.:61:74:61:0,74,1563 chrX 1271542 . T C 639 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=36;AS_QD=11.53;BaseQRankSum=1.409;DP=120;ExcessHet=0.0000;FS=1.056;MQ=59.48;MQRankSum=-1.357;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.916;VarDP=58 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:22,36:58:99:.:669,0:13,9,23,13 0/0:.:61:74:61:0,74,1563 @@ -5160,7 +5160,7 @@ chrX 1287885 . T C 726 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=25;AS_QD=30.24;DP=80;Excess chrX 1287988 . T C 3074 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=99;AS_QD=31.35;DP=103;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.70;QD=31.35;SOR=1.384;VarDP=99 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,51:51:99:1617,0:0,0,19,32 1/1:0,48:48:99:1487,144,0:0,0,17,31 chrX 1288102 . A G 1878 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=62;AS_QD=30.77;DP=126;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=30.77;SOR=0.758;VarDP=62 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:62:99:62:0,174 1/1:0,62:62:99:.:1908,185,0:0,0,30,32 chrX 1288208 . A G 1422 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=47;AS_QD=30.89;DP=97;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.94;QD=30.89;SOR=1.659;VarDP=47 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,47:47:99:.:1452,0:0,0,32,15 0/0:.:48:77:48:0,77,1042 -chrX 1288246 . C G 1168 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=38;AS_QD=30.72;BaseQRankSum=2.355;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.93;MQRankSum=0;QD=30.72;ReadPosRankSum=0.222;SOR=1.179;VarDP=39 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,38:39:99:.:1198,0:1,0,29,9 0/0:.:24:0:24:0,0,397 +chrX 1288246 . C G 1168 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=38;AS_QD=30.72;BaseQRankSum=2.355;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.93;MQRankSum=0;QD=30.72;ReadPosRankSum=0.222;SOR=1.179;VarDP=39 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,38:39:99:.:1198,0:1,0,29,9 ./.:.:24:0:24:0,0,397 chrX 1288274 . G C 513 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=13;AS_QD=33.93;BaseQRankSum=0;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.83;MQRankSum=2.071;QD=38.79;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.442;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:58:49:58:.:.:0,49 0|1:1,13:14:3:.:0|1:1288274_G_C:543,0,3:1288274:0,1,7,6 chrX 1288279 . T C 512 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=13;AS_QD=28.56;BaseQRankSum=-0.348;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.63;MQRankSum=2.071;QD=38.71;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.442;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:58:49:58:.:.:0,49 0|1:1,13:14:2:.:0|1:1288274_G_C:542,0,2:1288274:0,1,7,6 chrX 1288297 . C T 386 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=26.54;BaseQRankSum=0;DP=72;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.89;MQRankSum=1.81;QD=37.82;ReadPosRankSum=-0.16;SOR=0.399;VarDP=11 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:58:49:58:.:.:0,49 0|1:1,10:11:11:.:0|1:1288297_C_T:416,0,11:1288297:0,1,4,6 @@ -5248,7 +5248,7 @@ chrX 1307344 . C T 304 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=37;AS_QD=5.22;BaseQRankSum= chrX 1307388 . T C,TC 526 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=3,30;AS_QD=0.00,12.09;BaseQRankSum=-0.181;DP=104;ExcessHet=0.0000;FS=8.445;MQ=59.91;MQRankSum=-0.653;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.507;VarDP=49 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:16,3,30:49:99:.:556,671,0:5,11,18,15 0/0:.:52:44:52:0,44,1231,44,1231,1231 chrX 1307397 . G T 526 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=31;AS_QD=11.35;BaseQRankSum=-0.042;DP=102;ExcessHet=0.0000;FS=2.600;MQ=59.90;MQRankSum=-0.72;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.349;VarDP=49 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:18,31:49:99:.:556,0:6,12,14,17 0/0:.:52:44:52:0,44,1231 chrX 1307522 . T TCGAC 500.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=42;AS_QD=7.61;BaseQRankSum=1.76;DP=150;ExcessHet=0.0000;FS=6.386;MQ=59.63;MQRankSum=-0.802;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.33;SOR=0.264;VarDP=71 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:29,42:71:99:.:540,0:19,10,21,21 0/0:.:78:99:78:0,120,1800 -chrX 1307523 . T TGATTAGATGAAGCCCACCATTCTCCTTTATACCTTC 501.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=42;AS_QD=7.62;BaseQRankSum=1.22;DP=148;ExcessHet=0.0000;FS=6.386;MQ=59.63;MQRankSum=-0.802;QD=7.62;ReadPosRankSum=-2.578;SOR=0.264;VarDP=71 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:29,42:71:99:.:541,0:19,10,21,21 0/0:.:77:0:77:0,0,1116 +chrX 1307523 . T TGATTAGATGAAGCCCACCATTCTCCTTTATACCTTC 501.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=42;AS_QD=7.62;BaseQRankSum=1.22;DP=148;ExcessHet=0.0000;FS=6.386;MQ=59.63;MQRankSum=-0.802;QD=7.62;ReadPosRankSum=-2.578;SOR=0.264;VarDP=71 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:29,42:71:99:.:541,0:19,10,21,21 ./.:.:77:0:77:0,0,1116 chrX 1307792 . T C 3186 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=72;AS_QD=30.40;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.68;QD=44.67;SOR=0.986;VarDP=72 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,16:16:99:.:.:712,0:.:0,0,1,3 1|1:0,56:56:99:0|1:1307792_T_C:2504,169,0:1307792:0,0,25,31 chrX 1307793 . TTTTAGACCTTTGACTGATTAGATGAGGCCTACCCTTCTCCC *,T,CTTTAGACCTTTGACTGATTAGATGAGGCCTACCCTTCTCCC 3546 . AC=0,0,3;AF=0.00,0.00,1.00;AN=3;AS_AltDP=0,0,66;AS_QD=31.47,32.56,22.34;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.37;QD=54.18;SOR=0.957;VarDP=66 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 3:0,0,0,10:10:99:.:.:1072,532,919,0:.:0,0,4,6 3|3:0,0,0,56:56:99:0|1:1307792_T_C:2504,2504,2504,2504,2504,2504,169,169,169,0:1307792:0,0,25,31 chrX 1307797 . A *,G 3337 . AC=0,3;AF=0.00,1.00;AN=3;AS_AltDP=0,61;AS_QD=27.49,34.31;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=54.43;QD=55.20;SOR=0.941;VarDP=61 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 2:0,0,6:6:99:.:.:892,262,0:.:0,0,2,4 2|2:0,0,55:55:99:0|1:1307792_T_C:2475,2475,2475,166,166,0:1307792:0,0,25,30 @@ -5493,9 +5493,9 @@ chrX 1349626 . T G 1183 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=74;AS_QD=8.73;BaseQRankSum chrX 1350200 . A G 1745 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=79;AS_QD=12.50;BaseQRankSum=0.993;DP=144;ExcessHet=0.0000;FS=1.393;MQ=58.75;MQRankSum=1.25;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.563;VarDP=142 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:27,34:61:99:.:.:134,0:.:18,9,19,15 0|1:36,45:81:99:0|1:1350200_A_G:1641,0,1294:1350200:24,12,31,14 chrX 1350225 . C T 3587 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=100;AS_QD=26.60;BaseQRankSum=2.916;DP=139;ExcessHet=0.0000;FS=3.672;MQ=58.32;MQRankSum=-0.327;QD=26.60;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.411;VarDP=136 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:3,55:58:99:.:.:1967,0:.:3,0,30,25 0|1:33,45:78:99:0|1:1350200_A_G:1650,0,1210:1350200:21,12,28,17 chrX 1350588 . TA T 2123.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=54;AS_QD=34.86;DP=125;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=40.06;SOR=1.118;VarDP=54 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,54:54:99:.:2163,0:0,0,32,22 0/0:.:63:84:63:0,84,1260 -chrX 1350649 . C G 3193 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=72;AS_QD=29.75;DP=133;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.59;QD=44.76;SOR=1.226;VarDP=72 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,72:72:99:.:3223,0:0,0,44,28 0/0:.:60:0:60:0,0,297 -chrX 1350672 . T C 3255 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=73;AS_QD=29.24;DP=131;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.37;QD=45.00;SOR=1.032;VarDP=73 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,73:73:99:.:3285,0:0,0,42,31 0/0:.:57:0:57:0,0,302 -chrX 1350682 . G A 3180 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=72;AS_QD=31.21;DP=135;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.37;QD=44.58;SOR=1.148;VarDP=72 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,72:72:99:.:3210,0:0,0,43,29 0/0:.:61:0:61:0,0,312 +chrX 1350649 . C G 3193 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=72;AS_QD=29.75;DP=133;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.59;QD=44.76;SOR=1.226;VarDP=72 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,72:72:99:.:3223,0:0,0,44,28 ./.:.:60:0:60:0,0,297 +chrX 1350672 . T C 3255 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=73;AS_QD=29.24;DP=131;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.37;QD=45.00;SOR=1.032;VarDP=73 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,73:73:99:.:3285,0:0,0,42,31 ./.:.:57:0:57:0,0,302 +chrX 1350682 . G A 3180 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=72;AS_QD=31.21;DP=135;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.37;QD=44.58;SOR=1.148;VarDP=72 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,72:72:99:.:3210,0:0,0,43,29 ./.:.:61:0:61:0,0,312 chrX 1350777 . C T 2127 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=69;AS_QD=22.47;BaseQRankSum=-1.342;DP=98;ExcessHet=0.0000;FS=3.006;MQ=59.34;MQRankSum=-1.067;QD=22.47;ReadPosRankSum=-0.02;SOR=0.931;VarDP=96 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,47:47:99:.:.:1564,0:.:0,0,27,20 0|1:27,22:49:99:0|1:1350777_C_T:593,0,736:1350777:13,14,12,10 chrX 1350890 . A AGACAAAC 3309.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=79;AS_QD=29.12;BaseQRankSum=1.22;DP=126;ExcessHet=0.0000;FS=1.640;MQ=59.80;MQRankSum=0;QD=29.12;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.510;VarDP=115 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,54:54:99:2418,0:0,0,23,31 0/1:36,25:61:99:931,0,1427:14,22,12,13 chrX 1351001 . A G 2664 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=86;AS_QD=23.63;BaseQRankSum=2.267;DP=119;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.41;MQRankSum=0;QD=23.63;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.792;VarDP=114 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,61:61:99:2014,0:0,0,29,32 0/1:28,25:53:99:680,0,687:13,15,9,16 @@ -5518,15 +5518,15 @@ chrX 1353805 . A AC 540.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=26;AS_QD=12.08;BaseQRan chrX 1353943 . A ACC 37.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=11.00;BaseQRankSum=0.566;DP=46;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.76;MQRankSum=0.792;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.368;VarDP=7 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:3,4:7:77:.:77,0:2,1,2,2 0/0:.:15:25:13:0,25,373 chrX 1353965 . G A 814 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=22;AS_QD=31.26;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.75;QD=38.36;SOR=1.765;VarDP=22 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,22:22:99:.:844,0:0,0,4,10 0/0:.:15:25:13:0,25,373 chrX 1353970 . A AC 69.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=12;AS_QD=5.74;BaseQRankSum=-0.854;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.57;MQRankSum=-0.333;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.374;SOR=1.329;VarDP=19 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:7,12:19:99:.:109,0:1,2,3,9 0/0:.:30:16:30:0,16,714 -chrX 1353976 . A C 859 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=23;AS_QD=31.18;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.62;QD=38.65;SOR=1.911;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,23:23:99:.:889,0:0,0,4,11 0/0:.:32:0:32:0,0,70 +chrX 1353976 . A C 859 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=23;AS_QD=31.18;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.62;QD=38.65;SOR=1.911;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,23:23:99:.:889,0:0,0,4,11 ./.:.:32:0:32:0,0,70 chrX 1354354 . G A 2198 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=75;AS_QD=23.96;BaseQRankSum=-1.372;DP=102;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.92;MQRankSum=0;QD=23.96;ReadPosRankSum=-1.523;SOR=0.784;VarDP=93 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,45:45:99:1426,0:0,0,23,22 0/1:18,30:48:99:802,0,472:10,8,20,10 chrX 1354393 . A C 1984 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=68;AS_QD=22.63;BaseQRankSum=-1.669;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.91;MQRankSum=0;QD=22.63;ReadPosRankSum=2.692;SOR=0.602;VarDP=89 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,41:41:99:1300,0:0,0,22,19 0/1:21,27:48:99:714,0,566:13,8,18,9 chrX 1354508 . A G 1511 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=51;AS_QD=21.70;BaseQRankSum=0.429;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=2.231;MQ=59.81;MQRankSum=0;QD=21.70;ReadPosRankSum=0.96;SOR=0.768;VarDP=71 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,26:26:99:863,0:0,0,17,9 0/1:20,25:45:99:678,0,490:9,11,11,14 chrX 1354641 . A G 301 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=13;AS_QD=13.24;BaseQRankSum=1.693;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=3.682;MQ=57.75;MQRankSum=-0.052;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=1.609;VarDP=25 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,4:4:99:111,0:0,0,4,0 0/1:12,9:21:99:220,0,244:6,6,5,4 -chrX 1354978 . A AAGGTGG 50.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=2;AS_QD=30.07;DP=22;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.90;QD=45.00;SOR=2.303;VarDP=2 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,2:2:90:.:90,0:0,0,2,0 0/0:.:12:0:12:0,0,199 -chrX 1354995 . AGAG A 95.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=3;AS_QD=31.23;DP=16;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=2.833;VarDP=3 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,3:3:99:.:135,0:0,0,3,0 0/0:.:10:0:10:0,0,29 -chrX 1355020 . AG A 180.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=33.74;DP=26;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.52;QD=36.67;SOR=0.693;VarDP=6 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,6:6:99:.:220,0:0,0,3,3 0/0:.:13:0:13:0,0,49 -chrX 1355080 . A AAGG 230.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=27.96;DP=29;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.64;QD=45.00;SOR=2.303;VarDP=6 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,6:6:99:.:270,0:0,0,5,1 0/0:.:14:0:14:0,0,213 +chrX 1354978 . A AAGGTGG 50.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=2;AS_QD=30.07;DP=22;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.90;QD=45.00;SOR=2.303;VarDP=2 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,2:2:90:.:90,0:0,0,2,0 ./.:.:12:0:12:0,0,199 +chrX 1354995 . AGAG A 95.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=3;AS_QD=31.23;DP=16;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=2.833;VarDP=3 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,3:3:99:.:135,0:0,0,3,0 ./.:.:10:0:10:0,0,29 +chrX 1355020 . AG A 180.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=6;AS_QD=33.74;DP=26;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.52;QD=36.67;SOR=0.693;VarDP=6 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,6:6:99:.:220,0:0,0,3,3 ./.:.:13:0:13:0,0,49 +chrX 1355080 . A AAGG 230.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=6;AS_QD=27.96;DP=29;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.64;QD=45.00;SOR=2.303;VarDP=6 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,6:6:99:.:270,0:0,0,5,1 ./.:.:14:0:14:0,0,213 chrX 1355656 . G T 2005 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=69;AS_QD=22.12;BaseQRankSum=3.878;DP=98;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=22.12;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.717;VarDP=92 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:4,49:53:99:1505,0:1,3,32,17 0/1:19,20:39:99:530,0,414:13,6,10,10 chrX 1356186 . CTCCTAAA C 180.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=37;AS_QD=3.14;BaseQRankSum=-0.36;DP=143;ExcessHet=0.0000;FS=1.933;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.597;VarDP=70 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:33,37:70:99:.:220,0:15,18,19,18 0/0:.:65:93:65:0,93,1240 chrX 1356428 . A G 712 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=45;AS_QD=8.24;BaseQRankSum=1.894;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=0.831;MQ=59.90;MQRankSum=1.53;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.526;VarDP=90 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:21,23:44:99:125,0:6,15,11,12 0/1:24,22:46:99:617,0,641:9,15,6,16 @@ -5564,7 +5564,7 @@ chrX 1368778 . G T 215 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=7;AS_QD=11.67;BaseQRankSum= chrX 1368785 . A G 173 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=10.15;BaseQRankSum=0.246;DP=29;ExcessHet=0.0000;FS=6.952;MQ=47.09;MQRankSum=0;QD=10.15;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.055;VarDP=20 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:9:59:9:.:.:0,59 0|1:14,6:20:99:.:0|1:1368745_G_A:203,0,570:1368745:1,13,2,4 chrX 1368803 . G A 150 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=12.00;BaseQRankSum=0;DP=25;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=42.94;MQRankSum=0.875;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.223;VarDP=15 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:9:59:9:.:.:0,59 0|1:10,5:15:99:.:0|1:1368745_G_A:180,0,405:1368745:1,9,1,4 chrX 1375953 . G C 37 . AC=2;AF=1.00;AN=2;AS_AltDP=2;AS_QD=33.50;DP=3;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=28.54;QD=33.50;SOR=2.303;VarDP=2 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB .:.:1:0:1:0,0 1/1:0,2:2:6:.:67,6,0:0,0,2,0 -chrX 1376130 . C T 85 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=28.75;DP=7;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=24.00;QD=28.75;SOR=3.258;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,4:4:99:.:115,0:0,0,4,0 0/0:.:3:0:3:0,0,45 +chrX 1376130 . C T 85 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=4;AS_QD=28.75;DP=7;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=24.00;QD=28.75;SOR=3.258;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,4:4:99:.:115,0:0,0,4,0 ./.:.:3:0:3:0,0,45 chrX 1376945 . A C 327 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=13;AS_QD=10.50;BaseQRankSum=0.338;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=3.176;MQ=39.21;MQRankSum=-1.887;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.56;SOR=1.044;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:43:38:25:.:.:0,38 0|1:21,13:34:99:.:0|1:1376945_A_C:357,0,548:1376945:12,9,5,8 chrX 1376963 . G A 236 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=33;AS_QD=3.13;BaseQRankSum=1.229;DP=87;ExcessHet=0.0000;FS=5.599;MQ=41.37;MQRankSum=-0.349;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.554;SOR=1.135;VarDP=85 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:22,25:47:99:131,0:13,9,15,10 0/1:30,8:38:99:135,0,1019:12,18,5,3 chrX 1377062 . G C 475 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=55;AS_QD=4.81;BaseQRankSum=0.065;DP=109;ExcessHet=0.0000;FS=1.595;MQ=52.95;MQRankSum=-3.283;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.545;VarDP=105 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:29,34:63:2:2,0:19,10,20,14 0/1:21,21:42:99:503,0,603:13,8,13,8 @@ -5922,7 +5922,7 @@ chrX 1438411 . T C 3842 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=90;AS_QD=31.74;BaseQRankSu chrX 1438414 . G C 3842 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=90;AS_QD=31.74;BaseQRankSum=0.04;DP=127;ExcessHet=0.0000;FS=8.199;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=31.74;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.520;VarDP=122 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,70:70:99:.:.:3140,0:.:0,0,34,36 0|1:32,20:52:99:0|1:1438381_C_G:732,0,1283:1438381:20,12,8,12 chrX 1439179 . G A 1079 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=60;AS_QD=10.17;BaseQRankSum=1.573;DP=115;ExcessHet=0.0000;FS=9.529;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.228;VarDP=109 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:23,30:53:99:289,0:17,6,17,13 0/1:26,30:56:99:820,0,696:18,8,16,14 chrX 1439313 . G C 3276 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=106;AS_QD=23.28;BaseQRankSum=2.171;DP=149;ExcessHet=0.0000;FS=2.494;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=23.28;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.596;VarDP=142 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,57:57:99:1940,0:0,0,27,30 0/1:36,49:85:99:1366,0,834:20,16,24,25 -chrX 1439836 . CA C 43.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=2.31;BaseQRankSum=-1.193;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.65;MQRankSum=1.113;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.683;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:17,19:36:83:.:83,0:8,9,9,10 0/0:.:47:0:47:0,0,1046 +chrX 1439836 . CA C 43.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=19;AS_QD=2.31;BaseQRankSum=-1.193;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.65;MQRankSum=1.113;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.683;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:17,19:36:83:.:83,0:8,9,9,10 ./.:.:47:0:47:0,0,1046 chrX 1442105 . G A 4397 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=135;AS_QD=32.79;DP=141;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.79;SOR=0.973;VarDP=135 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,62:62:99:2050,0:0,0,34,28 1/1:0,73:73:99:2377,219,0:0,0,42,31 chrX 1442798 . T C 2053 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=89;AS_QD=18.27;BaseQRankSum=-0.084;DP=118;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=18.27;ReadPosRankSum=0.66;SOR=0.697;VarDP=114 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:25,35:60:99:377,0:15,10,22,13 1/1:0,54:54:99:1706,161,0:0,0,31,23 chrX 1442906 . A T 3704 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=119;AS_QD=31.38;DP=122;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=31.38;SOR=1.150;VarDP=119 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,45:45:99:1423,0:0,0,23,22 1/1:0,74:74:99:2311,221,0:0,0,48,26 @@ -5951,7 +5951,7 @@ chrX 1449219 . G A 1026 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=39;AS_QD=15.76;BaseQRankSu chrX 1449699 . C A 356 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=18;AS_QD=11.70;BaseQRankSum=0.573;DP=97;ExcessHet=0.0000;FS=1.363;MQ=58.78;MQRankSum=1.617;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=0.990;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:61:99:61:0,418 0/1:15,18:33:99:.:386,0,294:6,9,6,12 chrX 1450540 . A C 97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=9;AS_QD=3.97;BaseQRankSum=-2.698;DP=93;ExcessHet=0.0000;FS=3.552;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.3;SOR=1.426;VarDP=32 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:61:99:61:0,418 0/1:23,9:32:99:.:127,0,649:14,9,7,2 chrX 1450799 . A G 1186 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=31;AS_QD=29.87;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.59;QD=39.23;SOR=0.756;VarDP=31 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:34:6:34:.:.:0,6 1|1:0,31:31:93:.:0|1:1450799_A_G:1216,93,0:1450799:0,0,15,16 -chrX 1450818 . C G 643 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=29.26;BaseQRankSum=-0.921;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=9.881;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=29.26;ReadPosRankSum=2.071;SOR=1.872;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:4,19:23:99:.:673,0:1,3,14,5 0/0:.:47:0:47:0,0,138 +chrX 1450818 . C G 643 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=19;AS_QD=29.26;BaseQRankSum=-0.921;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=9.881;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=29.26;ReadPosRankSum=2.071;SOR=1.872;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:4,19:23:99:.:673,0:1,3,14,5 ./.:.:47:0:47:0,0,138 chrX 1450828 . C G 1934 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=50;AS_QD=26.99;BaseQRankSum=2.711;DP=82;ExcessHet=0.0000;FS=2.603;MQ=59.35;MQRankSum=0;QD=37.06;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=1.242;VarDP=53 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:3,22:25:99:.:.:817,0:.:1,2,17,5 1|1:0,28:28:84:0|1:1450799_A_G:1147,84,0:1450799:0,0,15,13 chrX 1451067 . A C 122 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=9.50;BaseQRankSum=-1.382;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=9.249;MQ=56.45;MQRankSum=-2.782;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.579;SOR=2.225;VarDP=16 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:49:99:49:0,140 0/1:10,6:16:99:.:152,0,293:3,7,5,1 chrX 1451175 . TAGGGGGTCCTGGGACACTCCTCCCTCCCCATCCCTA T 851.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=23;AS_QD=29.86;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.41;QD=17.13;SOR=1.426;VarDP=52 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,23:23:99:876,0:0,0,8,15 1/1:0,0:0:7:15,7,0:0,0,0,0 @@ -5982,7 +5982,7 @@ chrX 1459326 . CATCT C,CATCTATCT 1336.97 . AC=0,2;AF=0.00,0.667;AN=3;AS_AltDP=11 chrX 1459615 . C CATCT 3317.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=79;AS_QD=32.91;BaseQRankSum=0.562;DP=113;ExcessHet=0.0000;FS=4.656;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=32.91;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.313;VarDP=102 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,59:59:99:2603,0:0,0,29,30 0/1:23,20:43:99:754,0,881:15,8,12,8 chrX 1460609 . T A 2499 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=78;AS_QD=24.32;BaseQRankSum=-1.807;DP=107;ExcessHet=0.0000;FS=1.865;MQ=59.77;MQRankSum=0;QD=24.32;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.446;VarDP=104 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,52:52:99:1910,0:0,0,29,23 0/1:26,26:52:99:619,0,713:11,15,10,16 chrX 1460971 . C T 387 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=40;AS_QD=6.04;BaseQRankSum=1.284;DP=128;ExcessHet=0.0000;FS=1.981;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.489;VarDP=69 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:29,40:69:99:.:417,0:17,12,21,19 0/0:.:58:41:58:0,41,1325 -chrX 1461160 . A AC 550.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=26;AS_QD=22.69;DP=74;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.90;QD=22.69;SOR=1.220;VarDP=26 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,26:26:99:.:590,0:0,0,16,10 0/0:.:45:0:45:0,0,1027 +chrX 1461160 . A AC 550.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=26;AS_QD=22.69;DP=74;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.90;QD=22.69;SOR=1.220;VarDP=26 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,26:26:99:.:590,0:0,0,16,10 ./.:.:45:0:45:0,0,1027 chrX 1461244 . G A 2642 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=65;AS_QD=30.02;BaseQRankSum=-0.219;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=3.202;MQ=59.95;MQRankSum=0;QD=30.02;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.814;VarDP=89 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,46:46:99:.:.:1998,0:.:0,0,24,22 0|1:24,19:43:99:0|1:1461244_G_A:674,0,929:1461244:13,11,5,14 chrX 1461251 . C T 2537 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=62;AS_QD=29.85;BaseQRankSum=-0.399;DP=90;ExcessHet=0.0000;FS=1.986;MQ=59.95;MQRankSum=0;QD=29.85;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.703;VarDP=86 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,43:43:99:.:.:1893,0:.:0,0,23,20 0|1:24,19:43:99:0|1:1461244_G_A:674,0,929:1461244:13,11,6,13 chrX 1461666 . A G 2726 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=89;AS_QD=23.56;BaseQRankSum=0.136;DP=125;ExcessHet=0.0000;FS=8.974;MQ=59.21;MQRankSum=-0.589;QD=23.56;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=1.071;VarDP=117 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,63:63:99:2080,0:0,0,24,39 0/1:28,26:54:99:676,0,751:16,12,11,15 @@ -6054,7 +6054,7 @@ chrX 1472694 . GGGAGGGTGGATGTGTGGATGAAT G 126.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=6 chrX 1472728 . T A 130 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=10.67;BaseQRankSum=1.035;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.941;VarDP=15 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:52:45:52:.:.:0,45 0|1:10,5:15:99:.:0|1:1472694_GGGAGGGTGGATGTGTGGATGAAT_G:160,0,384:1472694:7,3,4,1 chrX 1472858 . A G 328 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=16;AS_QD=9.94;BaseQRankSum=-1.281;DP=93;ExcessHet=0.0000;FS=4.748;MQ=59.34;MQRankSum=-0.16;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.685;SOR=1.152;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:52:45:52:0,45 0/1:20,16:36:99:.:358,0,547:11,9,6,10 chrX 1472933 . C T 357 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=17;AS_QD=13.82;BaseQRankSum=-0.165;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=1.750;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.352;VarDP=28 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:52:45:52:0,45 0/1:11,17:28:99:.:387,0,268:9,2,12,5 -chrX 1472981 . T C 65 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=11;AS_QD=5.00;BaseQRankSum=0.31;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.94;MQRankSum=-0.746;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.405;SOR=0.527;VarDP=19 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:8,11:19:95:.:95,0:7,1,9,2 0/0:.:38:0:38:0,0,709 +chrX 1472981 . T C 65 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=11;AS_QD=5.00;BaseQRankSum=0.31;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.94;MQRankSum=-0.746;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.405;SOR=0.527;VarDP=19 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:8,11:19:95:.:95,0:7,1,9,2 ./.:.:38:0:38:0,0,709 chrX 1473133 . G GTGGA 624.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=18;AS_QD=18.44;BaseQRankSum=0.456;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.89;MQRankSum=1.056;QD=18.44;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.914;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:40:99:40:0,352 0/1:18,18:36:99:.:664,0,652:9,9,10,8 chrX 1473377 . GTGGGTGGGTGGA G 438.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=12;AS_QD=23.90;BaseQRankSum=0.396;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=4.285;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=23.90;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.169;VarDP=20 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:40:99:40:0,352 0/1:8,12:20:99:.:478,0,248:6,2,6,6 chrX 1473389 . A *,G 727 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=12,7;AS_QD=0.00,34.75;BaseQRankSum=-0.157;DP=66;ExcessHet=0.0000;FS=3.979;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=37.85;ReadPosRankSum=1.562;SOR=1.061;VarDP=20 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:40:99:40:0,352,352 1/2:1,12,7:20:99:.:757,232,247,505,0,479:0,1,12,7 @@ -6412,9 +6412,9 @@ chrX 1524433 . C G 597 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=16;AS_QD=20.23;BaseQRankSum chrX 1524434 . CATCCATTCATCCATCT C 584.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=16;AS_QD=19.50;BaseQRankSum=1.442;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.22;MQRankSum=1.972;QD=19.50;ReadPosRankSum=-1.78;SOR=0.948;VarDP=32 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:33:99:33:.:.:0,435 0|1:16,16:32:99:.:0|1:1524349_TCATC_T:624,0,603:1524349:7,9,6,10 chrX 1524485 . C A 663 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=18;AS_QD=21.66;BaseQRankSum=-1.738;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.07;MQRankSum=0.709;QD=21.66;ReadPosRankSum=1.751;SOR=0.593;VarDP=32 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:33:99:33:.:.:0,435 0|1:14,18:32:99:.:0|1:1524349_TCATC_T:693,0,534:1524349:5,9,7,11 chrX 1524501 . G GCATC 606.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=17;AS_QD=24.85;BaseQRankSum=-0.166;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=1.596;MQ=57.41;MQRankSum=-0.329;QD=24.85;ReadPosRankSum=1.322;SOR=1.112;VarDP=26 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:33:99:33:.:.:0,435 0|1:9,17:26:99:.:0|1:1524349_TCATC_T:646,0,327:1524349:4,5,6,11 -chrX 1524543 . A C 808 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=22;AS_QD=28.51;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.75;QD=38.09;SOR=1.329;VarDP=22 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,22:22:99:.:838,0:0,0,8,14 0/0:.:18:0:18:0,0,336 +chrX 1524543 . A C 808 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=22;AS_QD=28.51;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.75;QD=38.09;SOR=1.329;VarDP=22 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,22:22:99:.:838,0:0,0,8,14 ./.:.:18:0:18:0,0,336 chrX 1524549 . C CCATG 436.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=13;AS_QD=26.44;BaseQRankSum=-1.063;DP=38;ExcessHet=0.0000;FS=4.868;MQ=54.71;MQRankSum=-0.939;QD=26.44;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=1.518;VarDP=18 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:20:99:20:.:.:0,496 0|1:5,13:18:99:.:0|1:1524349_TCATC_T:476,0,171:1524349:3,2,4,9 -chrX 1524557 . GCATC G 554.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=17;AS_QD=33.00;BaseQRankSum=0.703;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=3.522;MQ=53.62;MQRankSum=-0.488;QD=33.00;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.761;VarDP=18 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,17:18:99:.:594,0:1,0,7,10 0/0:.:39:0:39:0,0,326 +chrX 1524557 . GCATC G 554.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=17;AS_QD=33.00;BaseQRankSum=0.703;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=3.522;MQ=53.62;MQRankSum=-0.488;QD=33.00;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.761;VarDP=18 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,17:18:99:.:594,0:1,0,7,10 ./.:.:39:0:39:0,0,326 chrX 1524617 . C CCATT 148.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=15.67;BaseQRankSum=-1.335;DP=42;ExcessHet=0.0000;FS=2.533;MQ=52.38;MQRankSum=-2.0;QD=15.67;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.707;VarDP=12 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:24:99:24:.:.:0,548 0|1:7,5:12:99:.:0|1:1524617_C_CCATT:188,0,279:1524617:2,5,3,2 chrX 1524625 . T C 153 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=13.07;BaseQRankSum=0.15;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=5.756;MQ=51.38;MQRankSum=-1.645;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.651;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:24:99:24:.:.:0,548 0|1:9,5:14:99:.:0|1:1524617_C_CCATT:183,0,363:1524617:2,7,3,2 chrX 1524637 . C A 153 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=13.07;BaseQRankSum=-1.151;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=5.756;MQ=50.58;MQRankSum=-1.645;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.59;SOR=0.651;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:24:99:24:.:.:0,548 0|1:9,5:14:99:.:0|1:1524617_C_CCATT:183,0,363:1524617:2,7,3,2 @@ -6582,7 +6582,7 @@ chrX 1544963 . A G 60 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=3.21;BaseQRankSum=-1 chrX 1544965 . A C 60 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=3.21;BaseQRankSum=-1.691;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.60;MQRankSum=-1.074;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.3;SOR=0.665;VarDP=28 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:63:99:63:.:.:0,1300 0|1:23,5:28:90:.:0|1:1544963_A_G:90,0,829:1544963:17,6,4,1 chrX 1544983 . CA C,CAA,CAAA 228.97 . AC=1,0,1;AF=0.333,0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=15,1,1;AS_QD=9.58,1.08,1.58;BaseQRankSum=-0.645;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=6.029;MQ=59.29;MQRankSum=0;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.157;VarDP=28 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:2,15,0,0:17:99:249,0,278,278:1,1,10,5 0/3:9,0,1,1:11:6:19,34,222,6,168,144,0,208,153,230:8,1,0,2 chrX 1545058 . T C 2092 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=68;AS_QD=31.21;DP=118;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.68;QD=31.21;SOR=0.949;VarDP=68 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,68:68:99:.:2122,0:0,0,38,30 0/0:.:54:33:49:0,33,1215 -chrX 1545201 . C CAA 986.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=35;AS_QD=29.31;DP=100;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.03;QD=29.31;SOR=2.115;VarDP=35 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,35:35:99:.:1026,0:0,0,9,26 0/0:.:41:0:41:0,0,986 +chrX 1545201 . C CAA 986.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=35;AS_QD=29.31;DP=100;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.03;QD=29.31;SOR=2.115;VarDP=35 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,35:35:99:.:1026,0:0,0,9,26 ./.:.:41:0:41:0,0,986 chrX 1545411 . A G 1698 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=52;AS_QD=33.23;DP=112;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.23;SOR=0.770;VarDP=52 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,52:52:99:.:1728,0:0,0,27,25 0/0:.:60:42:60:0,42,884 chrX 1545499 . A T 2212 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=66;AS_QD=33.97;DP=129;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.97;SOR=0.957;VarDP=66 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,66:66:99:.:2242,0:0,0,37,29 0/0:.:60:42:60:0,42,884 chrX 1545604 . A G 2974 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=70;AS_QD=30.54;DP=131;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=1.011;VarDP=70 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,70:70:99:.:3004,0:0,0,40,30 0/0:.:60:42:60:0,42,884 @@ -6713,10 +6713,10 @@ chrX 1565414 . T G 390 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=43;AS_QD=5.92;BaseQRankSum= chrX 1565481 . T C 3343 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=117;AS_QD=23.26;BaseQRankSum=-1.567;DP=149;ExcessHet=0.0000;FS=1.712;MQ=59.91;MQRankSum=0;QD=23.26;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.709;VarDP=145 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,79:79:99:2484,0:0,0,36,43 0/1:28,38:66:99:889,0,692:15,13,19,19 chrX 1565595 . TG T 794.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=27;AS_QD=16.35;BaseQRankSum=0.623;DP=135;ExcessHet=0.0000;FS=2.418;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.370;VarDP=51 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:83:99:83:.:.:0,1800 0|1:24,27:51:99:.:0|1:1565595_TG_T:834,0,888:1565595:15,9,14,13 chrX 1565603 . GT G 2174.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=87;AS_QD=18.76;BaseQRankSum=2.513;DP=132;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.77;MQRankSum=3.29;QD=18.76;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.656;VarDP=118 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:2,65:67:99:.:.:1755,0:.:1,1,32,33 0|1:29,22:51:99:1|0:1565595_TG_T:459,0,1058:1565595:15,14,12,10 -chrX 1565923 . G GTTTTTTTTTCCCCCAAAAGGGGACCTAGGCGTGGTGGTACAAAACAC 3318.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=76;AS_QD=30.10;DP=166;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.40;QD=44.18;SOR=0.746;VarDP=76 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,76:76:99:.:3358,0:0,0,39,37 0/0:.:85:0:85:0,0,1830 +chrX 1565923 . G GTTTTTTTTTCCCCCAAAAGGGGACCTAGGCGTGGTGGTACAAAACAC 3318.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=76;AS_QD=30.10;DP=166;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.40;QD=44.18;SOR=0.746;VarDP=76 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,76:76:99:.:3358,0:0,0,39,37 ./.:.:85:0:85:0,0,1830 chrX 1565924 . T TTTTTTTTTTCCCCCAAAAGGGGACCTAGGCGTGGTGGTACAAAACAC 1302.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=35;AS_QD=17.43;BaseQRankSum=0.882;DP=132;ExcessHet=0.0000;FS=4.437;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=17.43;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=1.094;VarDP=77 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:52:99:52:.:.:0,1404 0|1:42,35:77:99:.:0|1:1565924_T_TTTTTTTTTTCCCCCAAAAGGGGACCTAGGCGTGGTGGTACAAAACAC:1342,0,1630:1565924:20,22,21,14 chrX 1565925 . T C 1132 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=42;AS_QD=14.90;BaseQRankSum=-0.696;DP=133;ExcessHet=0.0000;FS=4.295;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.547;VarDP=78 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:52:99:52:.:.:0,1404 0|1:36,42:78:99:.:1|0:1565924_T_TTTTTTTTTTCCCCCAAAAGGGGACCTAGGCGTGGTGGTACAAAACAC:1162,0,1374:1565924:21,15,20,22 -chrX 1566007 . C T 1994 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=61;AS_QD=33.18;DP=132;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.47;QD=33.18;SOR=0.865;VarDP=61 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,61:61:99:.:2024,0:0,0,33,28 0/0:.:71:0:71:0,0,1670 +chrX 1566007 . C T 1994 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=61;AS_QD=33.18;DP=132;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.47;QD=33.18;SOR=0.865;VarDP=61 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,61:61:99:.:2024,0:0,0,33,28 ./.:.:71:0:71:0,0,1670 chrX 1566094 . GAA G,GA 2283.97 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=52,21;AS_QD=26.68,10.73;BaseQRankSum=-0.827;DP=111;ExcessHet=0.0000;FS=8.957;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=25.25;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.781;VarDP=92 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,52,0:52:99:1894,0,1894:0,0,25,27 0/2:19,0,21:40:99:429,486,921,0,436,373:12,7,6,15 chrX 1566333 . A T 2115 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=65;AS_QD=33.00;DP=129;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.00;SOR=1.000;VarDP=65 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,65:65:99:.:2145,0:0,0,37,28 0/0:.:64:90:64:0,90,1593 chrX 1566627 . A G 4803 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=147;AS_QD=32.88;DP=150;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.88;SOR=1.052;VarDP=147 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,77:77:99:2606,0:0,0,42,35 1/1:0,70:70:99:2227,209,0:0,0,43,27 @@ -6772,7 +6772,7 @@ chrX 1572224 . A C 549 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=23;AS_QD=11.58;BaseQRankSum chrX 1572545 . G A 337 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=40;AS_QD=5.40;BaseQRankSum=0.127;DP=123;ExcessHet=0.0000;FS=2.030;MQ=59.76;MQRankSum=-0.807;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.977;VarDP=68 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:28,40:68:99:.:367,0:13,15,16,24 0/0:.:53:33:52:0,33,962 chrX 1573199 . GA G 1480.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=68;AS_QD=21.11;BaseQRankSum=-0.755;DP=106;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.60;MQRankSum=2.233;QD=21.11;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.693;VarDP=72 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:3,31:34:99:674,0:2,1,15,16 1/1:1,37:38:99:846,104,0:0,1,19,18 chrX 1573507 . A G 933 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=28;AS_QD=34.39;DP=66;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.62;QD=34.39;SOR=0.997;VarDP=28 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,28:28:99:.:963,0:0,0,16,12 ./.:.:37:0:37:0,0,0 -chrX 1573555 . C CAAA,CAAAA 1204.97 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=2,21;AS_QD=32.30,28.13;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.98;QD=54.09;SOR=1.426;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:0,2,21:23:99:.:1244,310,0:0,0,8,15 0/0:.:50:0:50:0,0,94,0,94,94 +chrX 1573555 . C CAAA,CAAAA 1204.97 . AC=0,1;AF=0.00,1.00;AN=1;AS_AltDP=2,21;AS_QD=32.30,28.13;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.98;QD=54.09;SOR=1.426;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:0,2,21:23:99:.:1244,310,0:0,0,8,15 ./.:.:50:0:50:0,0,94,0,94,94 chrX 1573655 . C G 758 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=29;AS_QD=15.76;BaseQRankSum=0.891;DP=109;ExcessHet=0.0000;FS=1.144;MQ=58.92;MQRankSum=1.441;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.435;VarDP=50 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:58:99:58:0,1062 0/1:21,29:50:99:.:788,0,480:7,14,12,17 chrX 1573919 . CAA C,CA 2911.97 . AC=2,1;AF=0.667,0.333;AN=3;AS_AltDP=69,53;AS_QD=34.83,26.13;BaseQRankSum=2.269;DP=149;ExcessHet=0.0000;FS=3.739;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=23.99;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.773;VarDP=123 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,40,30:70:99:1466,0,271:0,0,36,34 1/2:1,29,23:53:99:1485,518,513,748,0,632:0,1,35,17 chrX 1574150 . T A 764 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=29;AS_QD=14.70;BaseQRankSum=-1.514;DP=125;ExcessHet=0.0000;FS=10.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.70;ReadPosRankSum=-2.161;SOR=1.329;VarDP=54 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:70:99:70:0,1026 0/1:25,29:54:99:.:794,0,691:15,10,10,19 @@ -6895,8 +6895,8 @@ chrX 1596431 . CTCCTCCTCCTCCTCCTCCATCCCTCCCACCCTCCTAGTGAGGTGGAT C 1336.97 . AC=1 chrX 1596474 . T *,C 175 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=0,7;AS_QD=0.00,7.88;BaseQRankSum=1.465;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=1.080;MQ=56.02;MQRankSum=0.378;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.12;SOR=0.988;VarDP=26 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:4,34,0:38:99:.:.:1376,0,1492:.:1,3,9,25 0|2:19,0,7:26:99:0|1:1596474_T_C:205,262,1019,0,757,736:1596474:7,12,3,4 chrX 1596478 . T *,A 150 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=0,6;AS_QD=0.00,7.83;BaseQRankSum=0.173;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=3.954;MQ=55.50;MQRankSum=0.34;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=1.276;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:4,34,0:38:99:.:.:1376,0,1492:.:1,3,9,25 0|2:17,0,6:23:99:0|1:1596474_T_C:180,231,925,0,694,676:1596474:7,10,2,4 chrX 1596487 . C T 73 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=4.68;BaseQRankSum=0.41;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.30;MQRankSum=-0.116;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.368;VarDP=22 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:37:99:37:.:.:0,315 0|1:18,4:22:99:.:0|1:1596474_T_C:103,0,702:1596474:7,11,2,2 -chrX 1596539 . C T 1288 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=30;AS_QD=29.62;BaseQRankSum=2.559;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=2.811;MQ=55.96;MQRankSum=1.054;QD=39.94;ReadPosRankSum=0.291;SOR=1.897;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:3,30:33:99:.:1318,0:1,2,6,24 0/0:.:26:0:26:0,0,199 -chrX 1596547 . C A 1033 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=27;AS_QD=33.22;BaseQRankSum=1.257;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=6.422;MQ=55.58;MQRankSum=2.367;QD=33.22;ReadPosRankSum=0.806;SOR=2.636;VarDP=32 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:5,27:32:99:.:1063,0:2,3,4,23 0/0:.:26:0:26:0,0,229 +chrX 1596539 . C T 1288 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=30;AS_QD=29.62;BaseQRankSum=2.559;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=2.811;MQ=55.96;MQRankSum=1.054;QD=39.94;ReadPosRankSum=0.291;SOR=1.897;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:3,30:33:99:.:1318,0:1,2,6,24 ./.:.:26:0:26:0,0,199 +chrX 1596547 . C A 1033 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=27;AS_QD=33.22;BaseQRankSum=1.257;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=6.422;MQ=55.58;MQRankSum=2.367;QD=33.22;ReadPosRankSum=0.806;SOR=2.636;VarDP=32 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:5,27:32:99:.:1063,0:2,3,4,23 ./.:.:26:0:26:0,0,229 chrX 1596892 . G A 1072 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=37;AS_QD=19.68;BaseQRankSum=2.767;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.17;MQRankSum=0;QD=19.68;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.792;VarDP=56 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:1,14:15:99:422,0:0,1,9,5 0/1:18,23:41:99:680,0,405:12,6,15,8 chrX 1597507 . A G 2563 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=83;AS_QD=24.70;BaseQRankSum=0.341;DP=108;ExcessHet=0.0000;FS=8.210;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=24.70;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.261;VarDP=105 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,53:53:99:1726,0:0,0,28,25 0/1:22,30:52:99:867,0,588:15,7,13,17 chrX 1598378 . C G 3236 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=106;AS_QD=23.67;BaseQRankSum=-0.199;DP=144;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=23.67;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.763;VarDP=138 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,78:78:99:2518,0:0,0,33,45 0/1:32,28:60:99:748,0,902:15,17,15,13 @@ -6976,7 +6976,7 @@ chrX 1609573 . C G 3027 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=70;AS_QD=30.48;DP=131;Exces chrX 1609597 . T C 2823 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=65;AS_QD=35.55;DP=131;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.21;QD=43.89;SOR=1.539;VarDP=65 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,65:65:99:.:2853,0:0,0,22,43 ./.:.:65:0:65:0,0,0 chrX 1609622 . C T 341 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=18;AS_QD=5.98;BaseQRankSum=1.312;DP=109;ExcessHet=0.0000;FS=12.793;MQ=58.76;MQRankSum=1.792;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.324;SOR=2.303;VarDP=62 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:45:99:45:.:.:0,278 0|1:44,18:62:99:.:0|1:1609622_C_T:371,0,1232:1609622:22,22,4,14 chrX 1609690 . G A 249 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=21;AS_QD=4.43;BaseQRankSum=-2.433;DP=115;ExcessHet=0.0000;FS=7.439;MQ=58.37;MQRankSum=0.355;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.43;SOR=1.437;VarDP=63 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:45:99:45:.:.:0,278 0|1:42,21:63:99:.:1|0:1609622_C_T:279,0,1101:1609622:19,23,14,7 -chrX 1609732 . G C 69 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=11;AS_QD=5.21;BaseQRankSum=2.083;DP=78;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.13;MQRankSum=-1.452;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.859;VarDP=19 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:8,11:19:99:.:99,0:4,4,6,5 0/0:.:55:0:55:0,0,699 +chrX 1609732 . G C 69 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=11;AS_QD=5.21;BaseQRankSum=2.083;DP=78;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.13;MQRankSum=-1.452;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.859;VarDP=19 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:8,11:19:99:.:99,0:4,4,6,5 ./.:.:55:0:55:0,0,699 chrX 1609889 . G A 181 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=8;AS_QD=5.15;BaseQRankSum=-1.092;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=7.502;MQ=59.69;MQRankSum=-1.969;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.084;VarDP=41 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:52:99:52:.:.:0,307 0|1:33,8:41:99:.:0|1:1609889_G_A:211,0,1303:1609889:26,7,4,4 chrX 1609890 . C G 181 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=8;AS_QD=5.15;BaseQRankSum=-1.762;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=7.502;MQ=59.69;MQRankSum=-1.969;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.084;VarDP=41 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:52:99:52:.:.:0,307 0|1:33,8:41:99:.:0|1:1609889_G_A:211,0,1303:1609889:26,7,4,4 chrX 1610004 . C G 1370 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=58;AS_QD=17.50;BaseQRankSum=2.423;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=2.114;MQ=59.18;MQRankSum=0;QD=17.50;ReadPosRankSum=0;SOR=0.430;VarDP=80 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:20,24:44:99:.:.:139,0:.:13,7,10,14 1|1:2,34:36:90:0|1:1610004_C_G:1261,90,0:1610004:1,1,22,12 @@ -7000,7 +7000,7 @@ chrX 1611574 . C T 2715 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=67;AS_QD=25.42;BaseQRankSu chrX 1611584 . C T 2549 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=62;AS_QD=25.04;BaseQRankSum=2.734;DP=104;ExcessHet=0.0000;FS=25.981;MQ=57.87;MQRankSum=-4.076;QD=25.04;ReadPosRankSum=2.186;SOR=1.102;VarDP=103 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,43:43:99:.:.:1915,0:.:0,0,15,28 0|1:41,19:60:99:0|1:1611574_C_T:664,0,1647:1611574:28,13,8,11 chrX 1611589 . T G 2399 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=58;AS_QD=24.29;BaseQRankSum=2.61;DP=102;ExcessHet=0.0000;FS=25.976;MQ=57.59;MQRankSum=-4.239;QD=24.29;ReadPosRankSum=2.461;SOR=1.032;VarDP=100 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,40:40:99:.:.:1800,0:.:0,0,14,26 0|1:42,18:60:99:0|1:1611574_C_T:629,0,1680:1611574:29,13,8,10 chrX 1611624 . T G 1052 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=41;AS_QD=13.04;BaseQRankSum=-1.188;DP=87;ExcessHet=0.0000;FS=18.028;MQ=56.75;MQRankSum=-4.421;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.958;VarDP=83 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,22:22:99:728,0:0,0,9,13 0/1:42,19:61:99:354,0,1128:28,14,7,12 -chrX 1611701 . C T 39 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=2;AS_QD=34.50;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=50.99;QD=34.50;SOR=0.693;VarDP=2 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,2:2:69:.:69,0:0,0,1,1 0/0:.:34:0:34:0,0,903 +chrX 1611701 . C T 39 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=2;AS_QD=34.50;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=50.99;QD=34.50;SOR=0.693;VarDP=2 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,2:2:69:.:69,0:0,0,1,1 ./.:.:34:0:34:0,0,903 chrX 1611971 . T C 306 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=33.60;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.26;QD=33.60;SOR=1.609;VarDP=10 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,10:10:99:.:336,0:0,0,7,3 0/0:.:35:30:33:0,30,630 chrX 1612062 . C T 2848 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=91;AS_QD=31.28;BaseQRankSum=2.174;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=53.29;MQRankSum=-1.133;QD=31.28;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.364;VarDP=92 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:1,43:44:99:1325,0:1,0,25,18 1/1:0,48:48:99:1553,144,0:0,0,27,21 chrX 1612103 . C T 2764 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=72;AS_QD=26.36;BaseQRankSum=1.658;DP=108;ExcessHet=0.0000;FS=2.743;MQ=53.80;MQRankSum=-4.627;QD=26.36;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.445;VarDP=106 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,51:51:99:.:.:2055,0:.:0,0,28,23 0|1:34,21:55:99:0|1:1612103_C_T:739,0,1293:1612103:21,13,11,10 @@ -7050,7 +7050,7 @@ chrX 1625037 . G T 295 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=36;AS_QD=5.00;BaseQRankSum= chrX 1625104 . C CTT 142.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=25;AS_QD=3.79;BaseQRankSum=-2.116;DP=128;ExcessHet=0.0000;FS=16.407;MQ=59.09;MQRankSum=-1.672;QD=3.79;ReadPosRankSum=2.354;SOR=0.818;VarDP=48 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:23,25:48:99:.:182,0:6,17,15,10 0/0:.:78:44:78:0,44,1356 chrX 1625108 . CT TT,C 703 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=26,27;AS_QD=2.51,7.04;BaseQRankSum=-1.232;DP=120;ExcessHet=0.0000;FS=2.600;MQ=59.48;MQRankSum=0;QD=7.12;ReadPosRankSum=2.199;SOR=0.446;VarDP=103 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:23,26,0:49:99:191,0,1074:6,17,15,11 0/2:27,0,27:54:99:542,623,1237,0,614,533:13,14,9,18 chrX 1625260 . A G 904 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=37;AS_QD=15.83;BaseQRankSum=-1.01;DP=117;ExcessHet=0.0000;FS=2.292;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=1.121;VarDP=59 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:54:99:54:0,1330 0/1:22,37:59:99:.:934,0,524:11,11,22,15 -chrX 1625528 . A AGAAG 492.97 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=26;AS_QD=10.23;BaseQRankSum=-0.539;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=7.621;MQ=59.86;MQRankSum=0;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.117;VarDP=52 GT:AD:DP:GQ:PL:SB .:11,11:22:1:1,0:9,2,7,4 0/1:15,15:30:99:531,0,524:14,1,11,4 +chrX 1625528 . A AGAAG 492.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=26;AS_QD=10.23;BaseQRankSum=-0.539;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=7.621;MQ=59.86;MQRankSum=0;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.117;VarDP=52 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:11,11:22:1:1,0:9,2,7,4 0/1:15,15:30:99:531,0,524:14,1,11,4 chrX 1625551 . A AGGGAGGGAGGGAGGGAAAGGGG 468.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=13;AS_QD=20.32;BaseQRankSum=0.473;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=6.576;MQ=59.71;MQRankSum=-0.881;QD=20.32;ReadPosRankSum=0.899;SOR=2.746;VarDP=25 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:54:99:54:0,762 0/1:12,13:25:99:.:508,0,466:10,2,13,0 chrX 1625904 . A G 2491 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=78;AS_QD=32.32;DP=82;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.79;QD=32.32;SOR=1.108;VarDP=78 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,41:41:99:1307,0:0,0,23,18 1/1:0,37:37:99:1214,111,0:0,0,23,14 chrX 1625954 . CAA C,CA,CAAAA 1073.97 . AC=1,1,1;AF=0.333,0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=20,17,16;AS_QD=20.00,22.95,19.72;BaseQRankSum=-0.491;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.77;MQRankSum=-0.136;QD=20.24;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=1.077;VarDP=55 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 2:2,10,17,0:29:99:436,245,0,475:1,1,16,11 1/3:0,10,0,16:26:99:677,428,645,738,568,886,322,0,379,369:0,0,15,11 @@ -7130,7 +7130,7 @@ chrX 1636913 . C G 453 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=10.98;BaseQRankSum chrX 1637089 . A G 200 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=33.78;DP=7;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=42.61;QD=38.33;SOR=1.329;VarDP=6 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:2:35:1:.:.:0,35 1|1:0,6:6:18:.:0|1:1637089_A_G:230,18,0:1637089:0,0,2,4 chrX 1637094 . T C 175 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=5;AS_QD=30.52;DP=6;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=45.73;QD=41.00;SOR=1.981;VarDP=5 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:2:35:1:.:.:0,35 1|1:0,5:5:15:.:0|1:1637089_A_G:205,15,0:1637089:0,0,1,4 chrX 1637095 . G A 140 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=30.26;DP=5;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=46.38;QD=42.50;SOR=3.258;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:2:35:1:.:.:0,35 1|1:0,4:4:12:.:0|1:1637089_A_G:170,12,0:1637089:0,0,0,4 -chrX 1638617 . C T 69 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=4;AS_QD=24.75;DP=4;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=43.04;QD=24.75;SOR=0.693;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,4:4:99:.:99,0:0,0,2,2 ./.:.:0:0:0:0,0,0 +chrX 1638617 . C T 69 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=4;AS_QD=24.75;DP=4;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=43.04;QD=24.75;SOR=0.693;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,4:4:99:99,0:0,0,2,2 ./. chrX 1639386 . A T 60 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=2;AS_QD=34.74;DP=3;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=34.53;QD=45.00;SOR=2.303;VarDP=2 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:1:35:1:.:.:0,35 1|1:0,2:2:6:.:0|1:1639386_A_T:90,6,0:1639386:0,0,2,0 chrX 1639390 . A G 60 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=2;AS_QD=29.71;DP=3;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=34.53;QD=45.00;SOR=2.303;VarDP=2 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:1:35:1:.:.:0,35 1|1:0,2:2:6:.:0|1:1639386_A_T:90,6,0:1639386:0,0,2,0 chrX 1639396 . T A 60 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=2;AS_QD=27.16;DP=3;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=34.53;QD=45.00;SOR=2.303;VarDP=2 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:1:35:1:.:.:0,35 1|1:0,2:2:6:.:0|1:1639386_A_T:90,6,0:1639386:0,0,2,0 @@ -7346,7 +7346,7 @@ chrX 1682075 . GTTTCTC G 362.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=25.13;Bas chrX 1682187 . CTG C 140.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=25.47;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.55;QD=45.00;SOR=1.609;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:20:35:15:.:.:0,35 1|1:0,4:4:12:.:0|1:1682187_CTG_C:180,12,0:1682187:0,0,3,1 chrX 1682191 . T C 150 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=31.86;DP=40;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=56.46;QD=45.00;SOR=1.609;VarDP=4 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:20:35:15:.:.:0,35 1|1:0,4:4:12:.:0|1:1682187_CTG_C:180,12,0:1682187:0,0,3,1 chrX 1682201 . C CTCTT,CTCTCTCTTTCTCTCTT 582.97 . AC=2,0;AF=0.667,0.00;AN=3;AS_AltDP=4,0;AS_QD=29.48,23.36;BaseQRankSum=1.282;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=3.979;MQ=56.96;MQRankSum=0;QD=124.40;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.447;VarDP=5 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:20:35:15:0,35,35 1/1:1,4,0:5:22:.:622,22,0,212,32,443:0,1,3,1 -chrX 1682231 . C T,CTCTCTCTCTCTCTCTCTTTT 51 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=0,2;AS_QD=0.00,3.52;BaseQRankSum=-0.95;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=3.132;MQ=58.30;MQRankSum=0.463;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.382;SOR=2.147;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:21,0,2:23:81:.:81,82,0:11,10,2,0 0/0:.:43:0:43:0,0,313,0,313,313 +chrX 1682231 . C T,CTCTCTCTCTCTCTCTCTTTT 51 . AC=0,1;AF=0.00,1.00;AN=1;AS_AltDP=0,2;AS_QD=0.00,3.52;BaseQRankSum=-0.95;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=3.132;MQ=58.30;MQRankSum=0.463;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.382;SOR=2.147;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:21,0,2:23:81:.:81,82,0:11,10,2,0 ./.:.:43:0:43:0,0,313,0,313,313 chrX 1682321 . CTCTTTCTCTCTT C 626.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=17;AS_QD=20.18;BaseQRankSum=1.005;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.88;MQRankSum=0;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.804;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:56:99:56:0,1255 0/1:16,17:33:99:.:666,0,588:8,8,8,9 chrX 1682460 . T C 664 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=28;AS_QD=12.39;BaseQRankSum=-0.156;DP=117;ExcessHet=0.0000;FS=2.354;MQ=59.76;MQRankSum=-0.964;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.55;SOR=0.356;VarDP=56 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:56:99:56:0,1255 0/1:28,28:56:99:.:694,0,723:9,19,12,16 chrX 1682497 . G A 2148 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=88;AS_QD=20.17;BaseQRankSum=-0.682;DP=117;ExcessHet=0.0000;FS=3.303;MQ=59.74;MQRankSum=0.251;QD=20.17;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.753;VarDP=108 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:20,26:46:99:184,0:11,9,13,13 1/1:0,62:62:99:1994,185,0:0,0,27,35 @@ -7551,7 +7551,7 @@ chrX 1726535 . G C 3056 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=93;AS_QD=33.18;DP=98;Excess chrX 1726733 . A T 757 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=29;AS_QD=13.12;BaseQRankSum=-0.479;DP=115;ExcessHet=0.0000;FS=5.267;MQ=48.35;MQRankSum=-1.005;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.381;VarDP=60 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:52:99:52:0,1370 0/1:31,29:60:99:.:787,0,867:20,11,14,15 chrX 1727126 . C T 3435 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=104;AS_QD=33.32;DP=108;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.97;QD=33.32;SOR=1.257;VarDP=104 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,40:40:99:1326,0:0,0,24,16 1/1:0,64:64:99:2139,192,0:0,0,40,24 chrX 1727519 . T TA 2359.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=98;AS_QD=24.48;DP=122;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.86;QD=24.48;SOR=0.914;VarDP=98 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,51:51:99:1235,0:0,0,25,26 1/1:0,47:47:99:1164,141,0:0,0,19,28 -chrX 1728026 . A C 370 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=14;AS_QD=10.81;BaseQRankSum=2.177;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=5.155;MQ=57.35;MQRankSum=0.269;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.678;VarDP=37 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB .:.:31:1:31:.:.:0,1 0|1:23,14:37:99:.:0|1:1728026_A_C:400,0,766:1728026:8,15,8,6 +chrX 1728026 . A C 370 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=14;AS_QD=10.81;BaseQRankSum=2.177;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=5.155;MQ=57.35;MQRankSum=0.269;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.678;VarDP=37 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:31:1:31:.:.:0,1 0|1:23,14:37:99:.:0|1:1728026_A_C:400,0,766:1728026:8,15,8,6 chrX 1728027 . C CTTTTT,CTTTTTTTTTTT 1078.97 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=19,12;AS_QD=21.79,15.35;BaseQRankSum=1.271;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=2.843;MQ=57.74;MQRankSum=-1.083;QD=24.84;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.895;VarDP=45 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,19,0:19:99:.:.:719,0,720:.:0,0,8,11 0|2:14,0,12:26:99:1|0:1728026_A_C:399,442,915,0,473,437:1728026:8,6,5,7 chrX 1728055 . TTTG T 266.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=9.87;BaseQRankSum=0.756;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=1.523;MQ=57.31;MQRankSum=0.66;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.97;SOR=1.030;VarDP=31 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:24:99:24:.:.:0,270 0|1:21,10:31:99:.:0|1:1728026_A_C:306,0,730:1728026:10,11,6,4 chrX 1728058 . G T,* 386 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=17,0;AS_QD=16.64,0.00;BaseQRankSum=0.561;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.15;MQRankSum=-1.189;QD=16.64;ReadPosRankSum=2.084;SOR=0.576;VarDP=25 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:8,17,0:25:99:.:.:416,0,749:.:6,2,8,9 0|2:21,0,10:31:99:0|1:1728026_A_C:306,367,1127,0,760,730:1728026:10,11,6,4 @@ -7668,7 +7668,7 @@ chrX 1743023 . A G,T 4624 . AC=1,2;AF=0.333,0.667;AN=3;AS_AltDP=62,66;AS_QD=29.9 chrX 1743025 . C G 5755 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=131;AS_QD=27.14;DP=132;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.75;QD=44.16;SOR=0.945;VarDP=131 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,74:74:99:3242,0:0,0,36,38 1/1:0,57:57:99:2543,172,0:0,0,22,35 chrX 1743240 . G A 860 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=68;AS_QD=6.36;BaseQRankSum=1.2;DP=147;ExcessHet=0.0000;FS=1.382;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.11;SOR=0.853;VarDP=140 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:35,36:71:76:76,0:24,11,22,14 0/1:37,32:69:99:814,0,983:20,17,22,10 chrX 1743505 . C A 540 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=48;AS_QD=5.70;BaseQRankSum=1.424;DP=103;ExcessHet=0.0000;FS=4.990;MQ=59.84;MQRankSum=0;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.815;VarDP=100 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:29,29:58:55:55,0:16,13,11,18 0/1:23,19:42:99:515,0,618:13,10,10,9 -chrX 1743798 . CT C 868.97 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=58;AS_QD=7.50;BaseQRankSum=0.714;DP=124;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.699;VarDP=121 GT:AD:DP:GQ:PL:SB .:31,31:62:1:1,0:16,15,20,11 0/1:32,27:59:99:907,0,1093:23,9,16,11 +chrX 1743798 . CT C 868.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=58;AS_QD=7.50;BaseQRankSum=0.714;DP=124;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.699;VarDP=121 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:31,31:62:1:1,0:16,15,20,11 0/1:32,27:59:99:907,0,1093:23,9,16,11 chrX 1743989 . ATT A 964.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=52;AS_QD=10.46;BaseQRankSum=0.293;DP=113;ExcessHet=0.0000;FS=0.769;MQ=59.85;MQRankSum=1.163;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.839;VarDP=96 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:20,25:45:99:171,0:9,11,15,10 0/1:24,27:51:99:833,0,715:14,10,14,13 chrX 1744034 . G A 1160 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=67;AS_QD=10.35;BaseQRankSum=0.685;DP=118;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.635;VarDP=115 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:24,28:52:99:165,0:12,12,15,13 0/1:24,39:63:99:1025,0,636:16,8,23,16 chrX 1744089 . C T 1383 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=70;AS_QD=10.95;BaseQRankSum=1.09;DP=134;ExcessHet=0.0000;FS=1.390;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.79;SOR=0.836;VarDP=129 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:18,28:46:99:307,0:7,11,13,15 0/1:41,42:83:99:1106,0,1016:22,19,19,23 @@ -7963,7 +7963,7 @@ chrX 1878307 . T A 704 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=40;AS_QD=12.88;BaseQRankSum chrX 1878547 . C T 2254 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=68;AS_QD=33.59;DP=139;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.87;QD=33.59;SOR=1.098;VarDP=68 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:67:41:67:0,41 1/1:0,68:68:99:.:2284,204,0:0,0,40,28 chrX 1878671 . C T 5491 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=157;AS_QD=29.75;DP=160;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.72;QD=35.17;SOR=0.994;VarDP=157 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,76:76:99:2925,0:0,0,46,30 1/1:0,81:81:99:2596,243,0:0,0,43,38 chrX 1878691 . A G 351 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=45;AS_QD=5.08;BaseQRankSum=-1.508;DP=107;ExcessHet=0.0000;FS=3.183;MQ=59.60;MQRankSum=-0.625;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.59;SOR=1.106;VarDP=75 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:30,45:75:99:.:381,0:16,14,28,17 0/0:.:44:24:31:0,24,939 -chrX 1878915 . CA C,CAA 71.97 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=4,9;AS_QD=0.00,12.33;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.90;QD=8.54;SOR=0.836;VarDP=13 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:0,4,9:13:99:.:111,300,0:0,0,7,6 0/0:.:43:0:43:0,0,233,0,233,233 +chrX 1878915 . CA C,CAA 71.97 . AC=0,1;AF=0.00,1.00;AN=1;AS_AltDP=4,9;AS_QD=0.00,12.33;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.90;QD=8.54;SOR=0.836;VarDP=13 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:0,4,9:13:99:.:111,300,0:0,0,7,6 ./.:.:43:0:43:0,0,233,0,233,233 chrX 1879605 . T C 4172 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=131;AS_QD=32.08;DP=134;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.08;SOR=0.739;VarDP=131 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,74:74:99:2386,0:0,0,39,35 1/1:0,57:57:99:1816,171,0:0,0,28,29 chrX 1880173 . CATAATA C 5270.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=119;AS_QD=24.58;DP=134;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=0.779;VarDP=119 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,60:60:99:2661,0:0,0,33,27 1/1:0,59:59:99:2649,178,0:0,0,29,30 chrX 1880217 . C CA 4755.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=130;AS_QD=26.04;DP=133;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=36.88;SOR=0.892;VarDP=130 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,63:63:99:2344,0:0,0,36,27 1/1:0,67:67:99:2451,201,0:0,0,35,32 @@ -7975,13 +7975,13 @@ chrX 1880918 . AAG A 916.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=47;AS_QD=10.86;BaseQRa chrX 1880943 . AGGAAGGAG A 3356.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=79;AS_QD=31.91;BaseQRankSum=-0.462;DP=98;ExcessHet=0.0000;FS=4.717;MQ=59.89;MQRankSum=0;QD=42.45;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=1.447;VarDP=80 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,38:38:99:1645,0:0,0,27,11 1/1:1,41:42:82:1751,82,0:0,1,26,15 chrX 1881209 . G GGAA 3028.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=73;AS_QD=32.99;BaseQRankSum=-0.226;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=0.978;MQ=59.66;MQRankSum=-1.157;QD=32.99;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.941;VarDP=93 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,44:44:99:1931,0:0,0,29,15 0/1:20,29:49:99:1137,0,752:11,9,15,14 chrX 1881423 . ACAGAGCAAG A 99.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=12;AS_QD=9.93;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.55;QD=9.93;SOR=1.802;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,12:14:99:.:139,0:0,0,8,3 0/0:.:30:21:17:0,21,405 -chrX 1881433 . A *,AT 99.97 . AC=0,1;AF=0.00,0.333;AN=3;AS_AltDP=2,11;AS_QD=0.00,12.64;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.55;QD=10.69;SOR=2.147;VarDP=13 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:0,2,11:13:99:.:139,394,0:0,0,10,3 0/0:.:13:0:13:0,0,223,0,223,223 -chrX 1881447 . AGCGAGAGAAGGAAGG A 99.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=12;AS_QD=9.93;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.55;QD=9.93;SOR=1.802;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,12:14:99:.:139,0:0,0,8,3 0/0:.:11:0:11:0,0,292 +chrX 1881433 . A *,AT 99.97 . AC=0,1;AF=0.00,1.00;AN=1;AS_AltDP=2,11;AS_QD=0.00,12.64;DP=51;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.55;QD=10.69;SOR=2.147;VarDP=13 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:0,2,11:13:99:.:139,394,0:0,0,10,3 ./.:.:13:0:13:0,0,223,0,223,223 +chrX 1881447 . AGCGAGAGAAGGAAGG A 99.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=12;AS_QD=9.93;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.55;QD=9.93;SOR=1.802;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,12:14:99:.:139,0:0,0,8,3 ./.:.:11:0:11:0,0,292 chrX 1881468 . GCGAGAGAAGGAAGGAAGGACAGAGCAAGAGAAGGAAGGAAGGAGCGAGAGAAGGAAGGAAGGAGCGAGAGAAGGAAGGAAGGACAGAGCAAGAGAAGGAAGGAAGGAGCGAGAGAAGGAAGGAAGGAATGAAGGAATGAAGGAAGGAA G 108.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=31;AS_QD=4.48;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.04;QD=4.48;SOR=1.609;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,31:33:99:.:148,0:0,0,7,3 0/0:.:11:27:11:0,27,307 -chrX 1881605 . T G 1275 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=29;AS_QD=27.22;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.17;QD=45.00;SOR=1.071;VarDP=29 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,29:29:99:.:1305,0:0,0,17,12 0/0:.:33:0:33:0,0,155 -chrX 1881613 . G A 1453 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=33;AS_QD=25.04;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.27;QD=44.94;SOR=1.179;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,33:33:99:.:1483,0:0,0,20,13 0/0:.:36:0:36:0,0,446 -chrX 1881615 . A G 1488 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=34;AS_QD=37.87;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.29;QD=44.65;SOR=1.085;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,34:34:99:.:1518,0:0,0,20,14 0/0:.:36:0:36:0,0,426 -chrX 1881619 . A G 1488 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=34;AS_QD=30.44;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.33;QD=44.65;SOR=1.085;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,34:34:99:.:1518,0:0,0,20,14 0/0:.:39:0:39:0,0,301 +chrX 1881605 . T G 1275 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=29;AS_QD=27.22;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.17;QD=45.00;SOR=1.071;VarDP=29 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,29:29:99:.:1305,0:0,0,17,12 ./.:.:33:0:33:0,0,155 +chrX 1881613 . G A 1453 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=33;AS_QD=25.04;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.27;QD=44.94;SOR=1.179;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,33:33:99:.:1483,0:0,0,20,13 ./.:.:36:0:36:0,0,446 +chrX 1881615 . A G 1488 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=34;AS_QD=37.87;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.29;QD=44.65;SOR=1.085;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,34:34:99:.:1518,0:0,0,20,14 ./.:.:36:0:36:0,0,426 +chrX 1881619 . A G 1488 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=34;AS_QD=30.44;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.33;QD=44.65;SOR=1.085;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,34:34:99:.:1518,0:0,0,20,14 ./.:.:39:0:39:0,0,301 chrX 1881802 . T C 2779 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=91;AS_QD=21.61;BaseQRankSum=0.231;DP=133;ExcessHet=0.0000;FS=6.049;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=21.61;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.321;VarDP=130 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,65:65:99:2155,0:0,0,31,34 0/1:39,26:65:99:654,0,1045:25,14,16,10 chrX 1881878 . T C 460 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=54;AS_QD=4.30;BaseQRankSum=0.545;DP=115;ExcessHet=0.0000;FS=5.950;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.93;SOR=0.338;VarDP=114 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:26,35:61:28:28,0:14,12,18,17 0/1:34,19:53:99:462,0,902:25,9,11,8 chrX 1882339 . C CTTT,CTTTTTTTTTT 1986.97 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=41,23;AS_QD=31.63,29.76;BaseQRankSum=1.144;DP=115;ExcessHet=0.0000;FS=0.932;MQ=59.78;MQRankSum=0;QD=23.29;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.944;VarDP=87 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 2:0,23,23:46:2:1369,2,0:0,0,24,22 0/1:23,18,0:41:99:657,0,875,726,929,1655:12,11,13,5 @@ -8183,8 +8183,8 @@ chrX 1932289 . G A 1142 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=30;AS_QD=21.31;BaseQRankSu chrX 1932293 . A C 1133 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=30;AS_QD=21.15;BaseQRankSum=1.727;DP=118;ExcessHet=0.0000;FS=7.527;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=21.15;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.693;VarDP=55 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:62:99:62:.:.:0,148 0|1:25,30:55:99:.:0|1:1932289_G_A:1163,0,959:1932289:16,9,13,17 chrX 1932355 . T C 946 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=63;AS_QD=7.81;BaseQRankSum=1.328;DP=132;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.722;VarDP=125 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:29,33:62:99:184,0:18,11,18,15 0/1:33,30:63:99:792,0,868:16,17,17,13 chrX 1932424 . G T 603 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=25;AS_QD=10.91;BaseQRankSum=-2.393;DP=128;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.710;VarDP=58 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:68:99:68:0,129 0/1:33,25:58:99:.:633,0,962:17,16,13,12 -chrX 1933035 . CA C,CAA,CAAA 222.97 . AC=0,1,0;AF=0.00,0.333,0.00;AN=3;AS_AltDP=10,11,4;AS_QD=0.00,21.83,3.80;BaseQRankSum=-0.344;DP=110;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.34;MQRankSum=0;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.544;VarDP=26 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:1,10,11,4:26:99:.:262,369,0,243:1,0,16,9 0/0:.:44:0:44:0,0,943,0,943,943,0,943,943,943 -chrX 1933691 . CA C 537.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=24;AS_QD=24.04;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.17;QD=24.04;SOR=1.051;VarDP=24 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,24:24:99:.:577,0:0,0,14,10 0/0:.:48:0:48:0,0,1052 +chrX 1933035 . CA C,CAA,CAAA 222.97 . AC=0,1,0;AF=0.00,1.00,0.00;AN=1;AS_AltDP=10,11,4;AS_QD=0.00,21.83,3.80;BaseQRankSum=-0.344;DP=110;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.34;MQRankSum=0;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.544;VarDP=26 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 2:1,10,11,4:26:99:.:262,369,0,243:1,0,16,9 ./.:.:44:0:44:0,0,943,0,943,943,0,943,943,943 +chrX 1933691 . CA C 537.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=24;AS_QD=24.04;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.17;QD=24.04;SOR=1.051;VarDP=24 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,24:24:99:.:577,0:0,0,14,10 ./.:.:48:0:48:0,0,1052 chrX 1934169 . G C 46 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=41;AS_QD=1.00;BaseQRankSum=-2.641;DP=120;ExcessHet=0.0000;FS=0.872;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.798;VarDP=76 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:35,41:76:76:.:76,0:17,18,22,19 0/0:.:46:46:42:0,46,943 chrX 1934344 . A G 357 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=41;AS_QD=5.53;BaseQRankSum=0.765;DP=114;ExcessHet=0.0000;FS=0.912;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.556;VarDP=70 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:29,41:70:99:.:387,0:13,16,20,21 0/0:.:46:46:42:0,46,943 chrX 1934548 . T C 853 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=62;AS_QD=7.01;BaseQRankSum=0.054;DP=133;ExcessHet=0.0000;FS=14.964;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.811;VarDP=126 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:28,39:67:99:312,0:10,18,20,19 0/1:36,23:59:99:571,0,994:14,22,16,7 @@ -9097,7 +9097,7 @@ chrX 2330062 . C G 2187 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=52;AS_QD=33.99;DP=55;Excess chrX 2330070 . CGGCGGGGGGG C,CGGGGG,CGG 1490.97 . AC=0,2,1;AF=0.00,0.667,0.333;AN=3;AS_AltDP=9,22,3;AS_QD=28.16,34.30,27.14;DP=102;ExcessHet=0.0000;FS=12.430;MQ=49.30;MQRankSum=1.863;QD=42.50;SOR=2.515;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 2:2,9,12,0:23:99:689,114,0,649:0,2,18,3 2/3:0,0,10,3:13:96:841,707,682,147,147,96,424,422,0,388:0,0,9,4 chrX 2330076 . G *,A 1416 . AC=1,2;AF=0.333,0.667;AN=3;AS_AltDP=12,20;AS_QD=0.00,26.60;BaseQRankSum=0;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=6.734;MQ=50.65;MQRankSum=3.329;QD=43.82;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=2.717;VarDP=33 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 2:1,9,10:20:45:.:.:630,45,0:.:0,1,17,2 1|2:0,3,10:13:96:0|1:2330076_G_*:816,421,388,144,0,96:2330076:0,0,9,4 chrX 2330078 . G *,A 1485 . AC=1,2;AF=0.333,0.667;AN=3;AS_AltDP=12,22;AS_QD=0.00,28.99;BaseQRankSum=0;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=6.410;MQ=48.98;MQRankSum=2.905;QD=43.29;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=2.526;VarDP=35 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 2:1,9,12:22:99:.:.:699,135,0:.:0,1,18,3 1|2:0,3,10:13:96:0|1:2330076_G_*:816,421,388,144,0,96:2330076:0,0,9,4 -chrX 2330079 . G A 66 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=3;AS_QD=7.38;BaseQRankSum=0;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=48.85;MQRankSum=-1.643;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.446;VarDP=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB . 0|1:10,3:13:96:0|1:2330079_G_A:96,0,388:2330079:7,3,2,1 +chrX 2330079 . G A 66 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=3;AS_QD=7.38;BaseQRankSum=0;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=48.85;MQRankSum=-1.643;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.446;VarDP=13 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB ./. 0|1:10,3:13:96:0|1:2330079_G_A:96,0,388:2330079:7,3,2,1 chrX 2330081 . G A 66 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=3;AS_QD=7.38;BaseQRankSum=0.73;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=48.85;MQRankSum=-1.643;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.446;VarDP=13 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB .:.:45:0:27:.:.:0,0 0|1:10,3:13:96:.:0|1:2330079_G_A:96,0,388:2330079:7,3,2,1 chrX 2330082 . G A 359 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=10;AS_QD=29.92;BaseQRankSum=-0.408;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=46.97;MQRankSum=2.008;QD=29.92;ReadPosRankSum=0.931;SOR=1.022;VarDP=13 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB .:.:45:0:27:.:.:0,0 0|1:3,10:13:96:.:0|1:2330076_G_*:389,0,96:2330076:2,1,7,3 chrX 2330084 . G A 356 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=27.57;BaseQRankSum=-0.955;DP=99;ExcessHet=0.0000;FS=2.363;MQ=47.35;MQRankSum=1.739;QD=27.57;ReadPosRankSum=1.602;SOR=1.609;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:60:17:60:.:.:0,17 0|1:4,10:14:99:.:0|1:2330076_G_*:386,0,114:2330076:2,2,7,3 @@ -9928,7 +9928,7 @@ chrX 2519005 . A G 2421 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=77;AS_QD=31.83;DP=142;Exce chrX 2519227 . A G 2595 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=79;AS_QD=33.23;DP=146;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.23;SOR=0.824;VarDP=79 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,79:79:99:.:2625,0:0,0,37,42 0/0:.:63:94:63:0,94,1255 chrX 2519433 . A C 2746 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=73;AS_QD=27.67;BaseQRankSum=-0.632;DP=141;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=37.01;ReadPosRankSum=0.85;SOR=1.103;VarDP=75 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,73:75:99:.:2776,0:1,1,30,43 0/0:.:63:94:63:0,94,1255 chrX 2519445 . G C 88 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=39;AS_QD=1.57;BaseQRankSum=0.808;DP=138;ExcessHet=0.0000;FS=1.925;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.62;SOR=0.951;VarDP=75 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:36,39:75:99:.:118,0:15,21,14,25 0/0:.:63:94:63:0,94,1255 -chrX 2519952 . G A 555 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=25;AS_QD=23.40;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.62;QD=23.40;SOR=0.818;VarDP=25 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,25:25:99:.:585,0:0,0,8,7 0/0:.:23:0:23:0,0,541 +chrX 2519952 . G A 555 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=25;AS_QD=23.40;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.62;QD=23.40;SOR=0.818;VarDP=25 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,25:25:99:.:585,0:0,0,8,7 ./.:.:23:0:23:0,0,541 chrX 2520063 . A C 886 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=33;AS_QD=26.17;BaseQRankSum=1.0;DP=78;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.15;MQRankSum=-0.847;QD=26.17;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=1.542;VarDP=35 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,33:35:99:.:916,0:1,1,11,22 0/0:.:40:37:40:0,37,1022 chrX 2520186 . ATCACCATCATCATCC A 304.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=28.67;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=45.67;QD=28.67;SOR=1.402;VarDP=12 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,10:12:99:.:344,0:0,0,3,6 0/0:.:35:31:34:0,31,884 chrX 2520220 . CCAT C 31.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=3;AS_QD=3.38;BaseQRankSum=-0.911;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=6.410;MQ=53.77;MQRankSum=-0.06;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.509;SOR=2.833;VarDP=21 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:30:99:30:0,99 0/1:18,3:21:71:.:71,0,472:9,9,0,3 @@ -9965,7 +9965,7 @@ chrX 2531946 . G A 1029 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=41;AS_QD=12.91;BaseQRankSu chrX 2532011 . G A 1098 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=41;AS_QD=15.67;BaseQRankSum=0.058;DP=136;ExcessHet=0.0000;FS=12.395;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.613;VarDP=72 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:61:99:61:0,1265 0/1:31,41:72:99:.:1128,0,785:10,21,23,18 chrX 2532088 . C A 823 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=31;AS_QD=15.51;BaseQRankSum=0.65;DP=117;ExcessHet=0.0000;FS=3.833;MQ=59.60;MQRankSum=-1.23;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.85;SOR=0.418;VarDP=55 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:61:99:61:0,1265 0/1:24,31:55:99:.:853,0,579:9,15,16,15 chrX 2532153 . C CA 126.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=23;AS_QD=4.26;BaseQRankSum=1.189;DP=103;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.560;VarDP=39 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:16,23:39:99:.:166,0:9,7,12,11 0/0:.:50:60:50:0,60,900 -chrX 2532598 . T C 39 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=30;AS_QD=1.19;BaseQRankSum=-0.157;DP=97;ExcessHet=0.0000;FS=2.150;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.460;VarDP=58 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:28,30:58:69:.:69,0:12,16,15,15 0/0:.:38:0:38:0,0,233 +chrX 2532598 . T C 39 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=30;AS_QD=1.19;BaseQRankSum=-0.157;DP=97;ExcessHet=0.0000;FS=2.150;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.460;VarDP=58 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:28,30:58:69:.:69,0:12,16,15,15 ./.:.:38:0:38:0,0,233 chrX 2532623 . G GCA 3179.97 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=83;AS_QD=28.03;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=38.78;SOR=0.987;VarDP=83 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,58:58:99:2246,0:0,0,27,31 1/1:0,25:25:75:973,75,0:0,0,9,16 chrX 2532799 . G T 3562 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=110;AS_QD=32.36;BaseQRankSum=2.328;DP=113;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=32.36;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.497;VarDP=111 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:1,65:66:99:2098,0:1,0,40,25 1/1:0,45:45:99:1494,135,0:0,0,28,17 chrX 2532934 . T A 667 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=27;AS_QD=12.91;BaseQRankSum=-0.827;DP=122;ExcessHet=0.0000;FS=12.548;MQ=59.68;MQRankSum=-0.963;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.783;SOR=1.382;VarDP=54 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:66:99:66:0,422 0/1:27,27:54:99:.:697,0,747:17,10,9,18 @@ -10329,7 +10329,7 @@ chrX 2645405 . A AT 418.97 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=22;AS_QD=9.16;BaseQRank chrX 2645638 . C A 717 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=26;AS_QD=16.98;BaseQRankSum=0.901;DP=100;ExcessHet=0.0000;FS=6.702;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.43;SOR=0.169;VarDP=44 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:52:99:52:0,1330 0/1:18,26:44:99:.:747,0,474:5,13,13,13 chrX 2645790 . G A 1058 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=28;AS_QD=23.15;BaseQRankSum=-0.086;DP=101;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=23.15;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.602;VarDP=47 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:52:99:52:.:.:0,1330 0|1:19,28:47:99:.:0|1:2645790_G_A:1088,0,682:2645790:10,9,14,14 chrX 2645798 . C T 1063 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=28;AS_QD=24.29;BaseQRankSum=0.81;DP=98;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=24.29;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.722;VarDP=45 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:52:99:52:.:.:0,1330 0|1:17,28:45:99:.:0|1:2645790_G_A:1093,0,619:2645790:9,8,15,13 -chrX 2645818 . G A 455 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=50;AS_QD=4.45;BaseQRankSum=2.273;DP=114;ExcessHet=0.0000;FS=1.553;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.927;VarDP=109 GT:AD:DP:GQ:PL:SB .:33,32:65:1:1,0:15,18,13,19 0/1:26,18:44:99:484,0,652:13,13,8,10 +chrX 2645818 . G A 455 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=50;AS_QD=4.45;BaseQRankSum=2.273;DP=114;ExcessHet=0.0000;FS=1.553;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.927;VarDP=109 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:33,32:65:1:1,0:15,18,13,19 0/1:26,18:44:99:484,0,652:13,13,8,10 chrX 2645850 . C G 569 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=21;AS_QD=16.19;BaseQRankSum=0.828;DP=103;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.566;VarDP=37 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:63:99:63:0,179 0/1:16,21:37:99:.:599,0,415:7,9,10,11 chrX 2645910 . G C 3898 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=121;AS_QD=32.46;DP=122;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.46;SOR=0.888;VarDP=121 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,60:60:99:1947,0:0,0,25,35 1/1:0,61:61:99:1981,183,0:0,0,30,31 chrX 2645973 . C G 862 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=32;AS_QD=13.31;BaseQRankSum=3.45;DP=120;ExcessHet=0.0000;FS=4.853;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.22;SOR=1.255;VarDP=67 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:53:99:53:0,99 0/1:35,32:67:99:.:892,0,821:18,17,12,20 @@ -11045,7 +11045,7 @@ chrX 2845059 . G A 1584 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=37;AS_QD=29.83;DP=38;Excess chrX 2845083 . G A 1810 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=46;AS_QD=32.75;BaseQRankSum=-0.884;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=3.033;MQ=54.95;MQRankSum=0.872;QD=38.33;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.144;VarDP=48 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,18:18:99:.:.:670,0:.:0,0,8,10 0|1:2,28:30:0:0|1:2845059_G_A:1170,0,0:2845059:0,2,13,15 chrX 2845107 . G A 1142 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=29;AS_QD=30.84;BaseQRankSum=0.225;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=52.79;MQRankSum=-0.397;QD=30.84;ReadPosRankSum=-0.74;SOR=0.598;VarDP=38 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB .:.:19:0:19:.:.:0,0 0|1:9,29:38:99:.:0|1:2845059_G_A:1172,0,291:2845059:3,6,11,18 chrX 2845131 . G A 1046 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=27;AS_QD=26.90;BaseQRankSum=0.956;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=1.349;MQ=53.67;MQRankSum=-0.972;QD=26.90;ReadPosRankSum=0.419;SOR=1.115;VarDP=40 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB .:.:15:0:15:.:.:0,0 0|1:13,27:40:99:.:0|1:2845059_G_A:1076,0,378:2845059:6,7,10,17 -chrX 2845155 . G A 998 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=26;AS_QD=25.07;BaseQRankSum=0.52;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=53.67;MQRankSum=-1.295;QD=25.07;ReadPosRankSum=1.54;SOR=0.775;VarDP=41 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB .:.:0:0:0:.:.:0,0 0|1:15,26:41:99:.:0|1:2845059_G_A:1028,0,443:2845059:6,9,10,16 +chrX 2845155 . G A 998 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=26;AS_QD=25.07;BaseQRankSum=0.52;DP=41;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=53.67;MQRankSum=-1.295;QD=25.07;ReadPosRankSum=1.54;SOR=0.775;VarDP=41 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB . 0|1:15,26:41:99:0|1:2845059_G_A:1028,0,443:2845059:6,9,10,16 chrX 2845995 . G GTA 316.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=11;AS_QD=14.83;BaseQRankSum=1.389;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=4.129;MQ=59.15;MQRankSum=1.713;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=1.781;VarDP=24 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:18:99:18:0,302 0/1:13,11:24:99:.:356,0,436:5,8,2,9 chrX 2846036 . C CATATATATAT,CATATATATATATAT 618.97 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=9,7;AS_QD=23.76,16.93;BaseQRankSum=0.045;DP=35;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.37;MQRankSum=-1.769;QD=27.42;ReadPosRankSum=-0;SOR=0.741;VarDP=24 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,9,0:9:99:404,0,405:0,0,4,5 0/2:8,0,7:15:99:254,280,618,0,338,317:3,5,2,5 chrX 2846055 . ATTTTTTTTTTTTTTTT A 156.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=17.82;BaseQRankSum=0.366;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.34;MQRankSum=2.429;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.941;VarDP=11 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:30:99:30:0,225 0/1:5,6:11:99:.:196,0,191:2,3,2,4 @@ -11290,7 +11290,7 @@ chrX 2910081 . C T 704 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=26;AS_QD=13.11;BaseQRankSum chrX 2910316 . T TTAA 1469.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=34;AS_QD=30.49;DP=102;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=0.811;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,34:34:99:.:1509,0:0,0,18,16 0/0:.:66:97:66:0,97,1558 chrX 2910957 . C T 638 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=25;AS_QD=12.85;BaseQRankSum=0.628;DP=90;ExcessHet=0.0000;FS=5.738;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.961;VarDP=52 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:35:99:35:0,720 0/1:27,25:52:99:.:668,0,717:16,11,10,15 chrX 2911580 . G A 630 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=20;AS_QD=33.00;DP=62;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.80;QD=33.00;SOR=1.402;VarDP=20 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,20:20:99:.:660,0:0,0,7,13 0/0:.:46:36:40:0,36,1111 -chrX 2911669 . CA C 186.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=20.55;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=3.424;MQ=54.04;MQRankSum=1.615;QD=20.55;SOR=0.793;VarDP=11 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,10:11:99:.:226,0:0,1,6,4 0/0:.:44:0:44:0,0,943 +chrX 2911669 . CA C 186.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=10;AS_QD=20.55;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=3.424;MQ=54.04;MQRankSum=1.615;QD=20.55;SOR=0.793;VarDP=11 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,10:11:99:.:226,0:0,1,6,4 ./.:.:44:0:44:0,0,943 chrX 2911686 . GA G 247.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=11;AS_QD=23.92;BaseQRankSum=0;DP=78;ExcessHet=0.0000;FS=4.771;MQ=53.09;MQRankSum=2.227;QD=23.92;ReadPosRankSum=0.872;SOR=1.670;VarDP=12 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:1,11:12:99:.:287,0:0,1,8,3 0/0:.:58:64:58:0,64,1254 chrX 2911735 . T A 580 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=17;AS_QD=28.52;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=35.88;SOR=2.712;VarDP=17 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,17:17:99:.:610,0:0,0,14,3 0/0:.:58:64:58:0,64,1254 chrX 2911962 . C G 1126 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=36;AS_QD=32.11;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.11;SOR=0.927;VarDP=36 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,36:36:99:.:1156,0:0,0,20,16 0/0:.:58:64:58:0,64,1254 @@ -11929,8 +11929,8 @@ chrX 3314881 . CAGAT CAGATAGAT,C 1794.97 . AC=2,1;AF=0.667,0.333;AN=3;AS_AltDP=3 chrX 3315071 . C A 1310 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=43;AS_QD=21.97;BaseQRankSum=1.769;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.739;VarDP=61 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,26:26:99:854,0:0,0,12,14 0/1:18,17:35:99:486,0,489:9,9,9,8 chrX 3315141 . C T 1220 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=42;AS_QD=18.38;BaseQRankSum=3.742;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.955;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.545;VarDP=68 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:2,26:28:99:849,0:2,0,11,15 0/1:24,16:40:99:401,0,694:14,10,13,3 chrX 3315305 . A AC 1218.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=29;AS_QD=32.20;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.73;QD=43.38;SOR=1.255;VarDP=29 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,29:29:99:.:1258,0:0,0,11,18 0/0:.:56:69:56:0,69,1035 -chrX 3315306 . A AGAC 1218.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=29;AS_QD=28.74;DP=97;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.66;QD=43.38;SOR=1.255;VarDP=29 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,29:29:99:.:1258,0:0,0,11,18 0/0:.:65:0:65:0,0,25 -chrX 3315340 . A AGAT 905.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=21;AS_QD=30.29;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.80;QD=45.00;SOR=0.784;VarDP=21 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,21:21:99:.:945,0:0,0,10,11 0/0:.:57:0:57:0,0,1504 +chrX 3315306 . A AGAC 1218.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=29;AS_QD=28.74;DP=97;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.66;QD=43.38;SOR=1.255;VarDP=29 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,29:29:99:.:1258,0:0,0,11,18 ./.:.:65:0:65:0,0,25 +chrX 3315340 . A AGAT 905.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=21;AS_QD=30.29;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.80;QD=45.00;SOR=0.784;VarDP=21 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,21:21:99:.:945,0:0,0,10,11 ./.:.:57:0:57:0,0,1504 chrX 3315347 . T TA 815.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=24.55;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=55.17;QD=45.00;SOR=1.022;VarDP=19 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,19:19:99:.:855,0:0,0,8,11 0/0:.:58:67:58:0,67,1641 chrX 3315363 . AGATAGATAGAATAGATAGATAGATAGAT A 128.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=7;AS_QD=3.82;BaseQRankSum=0.345;DP=64;ExcessHet=0.0000;FS=1.664;MQ=59.76;MQRankSum=0;QD=3.82;ReadPosRankSum=-1.959;SOR=1.220;VarDP=44 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:15:45:15:.:.:0,45 0|1:37,7:44:99:.:0|1:3315363_AGATAGATAGAATAGATAGATAGATAGAT_A:168,0,1482:3315363:21,16,5,2 chrX 3315373 . A ATAGATAGATAGATAGATGAAATAGGTAGAAGGATGGATAGATGATGG,* 995.97 . AC=1,1;AF=0.333,0.333;AN=3;AS_AltDP=23,0;AS_QD=25.48,25.63;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=52.98;QD=45.00;SOR=0.687;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS:SB 1:0,23,0:23:99:.:.:1035,0,1035:.:0,0,12,11 0|2:37,0,7:44:99:0|1:3315363_AGATAGATAGAATAGATAGATAGATAGAT_A:168,279,1784,0,1504,1482:3315363:21,16,5,2 @@ -12140,7 +12140,7 @@ chrX 3390831 . G A 1419 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=46;AS_QD=22.64;BaseQRankSu chrX 3391177 . G C 1584 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=59;AS_QD=16.14;BaseQRankSum=0.162;DP=104;ExcessHet=0.0000;FS=2.689;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=16.14;ReadPosRankSum=0.324;SOR=1.029;VarDP=100 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,28:28:99:837,0:0,0,17,11 0/1:41,31:72:99:777,0,1094:22,19,19,12 chrX 3391723 . A G 1721 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=61;AS_QD=19.24;BaseQRankSum=0.152;DP=97;ExcessHet=0.0000;FS=2.967;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=19.24;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.596;VarDP=91 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,27:27:99:872,0:0,0,13,14 0/1:30,34:64:99:879,0,765:13,17,19,15 chrX 3391901 . T G 1481 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=52;AS_QD=18.65;BaseQRankSum=1.401;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=3.060;MQ=59.94;MQRankSum=0;QD=18.65;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.430;VarDP=81 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,19:19:99:640,0:0,0,12,7 0/1:29,33:62:99:871,0,678:18,11,16,17 -chrX 3392003 . CAAAA C 329.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=26.36;BaseQRankSum=0;DP=64;ExcessHet=0.0000;FS=10.227;MQ=58.68;MQRankSum=0;QD=26.36;ReadPosRankSum=0.316;SOR=2.225;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:4,10:14:99:.:369,0:1,3,8,2 0/0:.:37:0:37:0,0,705 +chrX 3392003 . CAAAA C 329.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=10;AS_QD=26.36;BaseQRankSum=0;DP=64;ExcessHet=0.0000;FS=10.227;MQ=58.68;MQRankSum=0;QD=26.36;ReadPosRankSum=0.316;SOR=2.225;VarDP=14 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:4,10:14:99:.:369,0:1,3,8,2 ./.:.:37:0:37:0,0,705 chrX 3392297 . C T 1827 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=64;AS_QD=22.11;BaseQRankSum=-0.669;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=9.238;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=22.11;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.165;VarDP=84 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,33:33:99:1047,0:0,0,18,15 0/1:20,31:51:99:810,0,498:5,15,12,19 chrX 3392768 . C G 1483 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=52;AS_QD=18.23;BaseQRankSum=-0.726;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=4.348;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=18.23;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.352;VarDP=83 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,20:20:99:655,0:0,0,8,12 0/1:31,32:63:99:858,0,858:12,19,18,14 chrX 3392838 . T A 1529 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=54;AS_QD=18.56;BaseQRankSum=-0.719;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=0.863;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=18.56;ReadPosRankSum=-1.48;SOR=0.529;VarDP=84 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,20:20:99:655,0:0,0,9,11 0/1:30,34:64:99:904,0,796:13,17,17,17 @@ -12306,7 +12306,7 @@ chrX 3466362 . T C 3087 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=94;AS_QD=33.16;DP=98;Excess chrX 3466884 . A T 2189 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=65;AS_QD=34.14;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=34.14;SOR=1.000;VarDP=65 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,18:18:99:615,0:0,0,9,9 1/1:0,47:47:99:1604,141,0:0,0,19,28 chrX 3466949 . C CTTTT,CTTTTTT 2132.97 . AC=2,1;AF=0.667,0.333;AN=3;AS_AltDP=33,9;AS_QD=30.52,26.34;BaseQRankSum=1.651;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=3.324;MQ=56.53;MQRankSum=-0.456;QD=50.51;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.525;VarDP=43 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,17,0:17:99:636,0,637:0,0,9,8 1/2:1,16,9:26:99:1536,215,130,413,0,333:0,1,14,11 chrX 3466996 . A C 1507 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=46;AS_QD=33.41;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.68;QD=33.41;SOR=1.329;VarDP=46 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,15:15:99:500,0:0,0,6,9 1/1:0,31:31:93:1037,93,0:0,0,11,20 -chrX 3467498 . C CA 103.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=8;AS_QD=17.88;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.91;QD=17.88;SOR=1.863;VarDP=8 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,8:8:99:.:143,0:0,0,6,2 0/0:.:35:0:35:0,0,759 +chrX 3467498 . C CA 103.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=8;AS_QD=17.88;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.91;QD=17.88;SOR=1.863;VarDP=8 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,8:8:99:.:143,0:0,0,6,2 ./.:.:35:0:35:0,0,759 chrX 3469458 . G A 721 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=27;AS_QD=12.73;BaseQRankSum=2.048;DP=93;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.787;VarDP=59 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:32:99:32:0,432 0/1:32,27:59:99:.:751,0,889:17,15,15,12 chrX 3470465 . C T 301 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=14;AS_QD=7.88;BaseQRankSum=0.324;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=6.822;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.687;VarDP=42 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:32:99:32:0,432 0/1:28,14:42:99:.:331,0,762:10,18,8,6 chrX 3470873 . C CT 452.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=22;AS_QD=10.25;BaseQRankSum=0.46;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=2.479;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=10.25;ReadPosRankSum=-2.112;SOR=1.127;VarDP=48 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:32:99:32:0,432 0/1:26,22:48:99:.:492,0,634:14,12,14,8 @@ -12735,7 +12735,7 @@ chrX 3653981 . T A 341 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=15;AS_QD=11.59;BaseQRankSum chrX 3654483 . G T 45 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=15;AS_QD=1.42;BaseQRankSum=-1.672;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=26.600;MQ=58.93;MQRankSum=-1.013;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.231;VarDP=53 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:31:99:31:.:.:0,387 0|1:38,15:53:75:.:0|1:3654478_G_T:75,0,1014:3654478:7,31,10,5 chrX 3659721 . TTTTTTTTG T 199.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=15;AS_QD=7.71;BaseQRankSum=1.053;DP=78;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.10;MQRankSum=-0.046;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.593;VarDP=31 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:31:99:31:0,387 0/1:16,15:31:99:.:239,0,546:9,7,8,7 chrX 3659723 . T G,* 2303 . AC=2,1;AF=0.667,0.333;AN=3;AS_AltDP=36,23;AS_QD=28.67,0.00;BaseQRankSum=3.395;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=7.506;MQ=58.51;MQRankSum=-0.466;QD=38.25;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.781;VarDP=61 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:2,21,0:23:99:765,0,791:0,2,12,9 1/2:0,15,23:38:99:1568,838,872,577,0,493:0,0,23,15 -chrX 3659727 . TTG T 725.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=21;AS_QD=33.26;BaseQRankSum=-0.154;DP=23;ExcessHet=0.0000;FS=6.628;MQ=57.41;MQRankSum=-0.466;QD=33.26;ReadPosRankSum=-1.584;SOR=0.588;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:2,21:23:99:765,0:0,2,12,9 . +chrX 3659727 . TTG T 725.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=21;AS_QD=33.26;BaseQRankSum=-0.154;DP=23;ExcessHet=0.0000;FS=6.628;MQ=57.41;MQRankSum=-0.466;QD=33.26;ReadPosRankSum=-1.584;SOR=0.588;VarDP=23 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:2,21:23:99:765,0:0,2,12,9 ./. chrX 3659728 . TG *,T 1558.97 . AC=2,1;AF=0.667,0.333;AN=3;AS_AltDP=25,6;AS_QD=0.00,27.76;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=7.525;MQ=58.99;QD=51.55;SOR=0.801;VarDP=31 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:2,21,0:23:99:765,0,791:0,2,12,9 1/2:0,25,6:31:18:1598,141,18,911,0,866:0,0,19,12 chrX 3659810 . C T 823 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=29;AS_QD=15.51;BaseQRankSum=1.139;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=15.51;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.618;VarDP=55 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,17:17:99:570,0:0,0,8,9 0/1:26,12:38:99:283,0,699:12,14,6,6 chrX 3661071 . T A 1596 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=57;AS_QD=19.36;BaseQRankSum=-1.11;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=1.939;MQ=54.41;MQRankSum=-3.929;QD=19.36;ReadPosRankSum=2.321;SOR=0.909;VarDP=84 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,25:25:99:787,0:0,0,9,16 0/1:27,32:59:99:839,0,728:14,13,16,16 @@ -13075,7 +13075,7 @@ chrX 3809353 . T C 718 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=27;AS_QD=14.96;BaseQRankSum chrX 3809467 . G A 561 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=16;AS_QD=13.74;BaseQRankSum=1.395;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=2.790;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.317;VarDP=43 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:30:99:30:.:.:0,436 0|1:27,16:43:99:.:0|1:3809467_G_A:591,0,1064:3809467:17,10,8,8 chrX 3809471 . C G 567 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=16;AS_QD=14.56;BaseQRankSum=1.182;DP=71;ExcessHet=0.0000;FS=1.263;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.387;VarDP=41 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:30:99:30:.:.:0,436 0|1:25,16:41:99:.:0|1:3809467_G_A:597,0,1002:3809467:15,10,8,8 chrX 3809806 . A C 849 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=36;AS_QD=12.74;BaseQRankSum=-2.431;DP=101;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.743;VarDP=69 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:30:99:30:0,436 0/1:33,36:69:99:.:879,0,890:17,16,19,17 -chrX 3810086 . T TAC 851.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=27;AS_QD=33.00;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.19;QD=33.00;SOR=0.765;VarDP=27 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,27:27:99:.:891,0:0,0,14,13 0/0:.:52:0:52:0,0,742 +chrX 3810086 . T TAC 851.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=27;AS_QD=33.00;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.19;QD=33.00;SOR=0.765;VarDP=27 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,27:27:99:.:891,0:0,0,14,13 ./.:.:52:0:52:0,0,742 chrX 3810113 . A AC 686.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=19.11;BaseQRankSum=1.471;DP=71;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.16;MQRankSum=-1.748;QD=19.11;ReadPosRankSum=-0.38;SOR=0.910;VarDP=38 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:31:99:31:.:.:0,387 0|1:19,19:38:99:.:0|1:3810113_A_AC:726,0,741:3810113:11,8,12,7 chrX 3810114 . A ACACACACACACACACACACAC 683.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=18.54;BaseQRankSum=0.514;DP=72;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.21;MQRankSum=-1.794;QD=18.54;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.818;VarDP=39 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:31:99:31:.:.:0,387 0|1:20,19:39:99:.:0|1:3810113_A_AC:723,0,771:3810113:12,8,12,7 chrX 3810116 . A C 665 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=18;AS_QD=18.29;BaseQRankSum=1.662;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=58.77;MQRankSum=-1.844;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.732;VarDP=38 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:31:99:31:.:.:0,387 0|1:20,18:38:99:.:0|1:3810113_A_AC:695,0,774:3810113:12,8,11,7 @@ -13158,7 +13158,7 @@ chrX 3878518 . G A 297 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=11;AS_QD=29.73;DP=26;Excess chrX 3878575 . T C 238 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=9;AS_QD=29.78;DP=10;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=25.00;QD=29.78;SOR=4.615;VarDP=9 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:2:35:1:0,35 1/1:0,9:9:27:.:268,27,0:0,0,0,9 chrX 3882541 . G C 44 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=4;AS_QD=4.93;BaseQRankSum=1.215;DP=16;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=33.84;MQRankSum=-2.337;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.160;VarDP=15 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:1:25:1:0,25 0/1:11,4:15:74:.:74,0,277:11,0,4,0 chrX 3902294 . C T 138 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=8;AS_QD=6.22;BaseQRankSum=0.856;DP=29;ExcessHet=0.0000;FS=5.444;MQ=31.41;MQRankSum=1.741;QD=6.22;ReadPosRankSum=2.418;SOR=2.187;VarDP=27 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB .:.:1:0:1:.:.:0,0 0|1:19,8:27:99:.:0|1:3902294_C_T:168,0,546:3902294:15,4,8,0 -chrX 3905081 . A G 232 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=10;AS_QD=10.48;BaseQRankSum=0.898;DP=25;ExcessHet=0.0000;FS=4.224;MQ=39.06;MQRankSum=-3.823;QD=10.48;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.170;VarDP=25 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB .:.:0:0:0:0,0 0/1:15,10:25:99:.:262,0,432:12,3,6,4 +chrX 3905081 . A G 232 . AC=1;AF=0.500;AN=2;AS_AltDP=10;AS_QD=10.48;BaseQRankSum=0.898;DP=25;ExcessHet=0.0000;FS=4.224;MQ=39.06;MQRankSum=-3.823;QD=10.48;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.170;VarDP=25 GT:AD:DP:GQ:PL:SB . 0/1:15,10:25:99:262,0,432:12,3,6,4 chrX 3907200 . C G 112 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=6;AS_QD=6.45;BaseQRankSum=0.961;DP=24;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=39.51;MQRankSum=-0.559;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.157;VarDP=22 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:1:25:1:0,25 0/1:16,6:22:99:.:142,0,460:0,16,0,6 chrX 3913780 . CT C 41.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=2;AS_QD=27.00;BaseQRankSum=0;DP=4;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=25.00;MQRankSum=0;QD=27.00;ReadPosRankSum=0;SOR=1.179;VarDP=3 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:4:35:1:.:.:0,35 0|1:1,2:3:36:.:0|1:3913780_CT_C:81,0,36:3913780:1,0,2,0 chrX 3913785 . T C 51 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=2;AS_QD=27.00;BaseQRankSum=0;DP=4;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=25.00;MQRankSum=0;QD=27.00;ReadPosRankSum=0;SOR=1.179;VarDP=3 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PGT:PID:PL:PS:SB 0:.:4:35:1:.:.:0,35 0|1:1,2:3:36:.:0|1:3913780_CT_C:81,0,36:3913780:1,0,2,0 @@ -13330,7 +13330,7 @@ chrX 4086288 . G GT 263.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=17;AS_QD=7.97;BaseQRank chrX 4086485 . C T 3447 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=105;AS_QD=33.11;DP=105;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.11;SOR=0.833;VarDP=105 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,45:45:99:1494,0:0,0,25,20 1/1:0,60:60:99:1983,180,0:0,0,31,29 chrX 4090557 . A AAACAAC 998.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=26;AS_QD=23.59;BaseQRankSum=-0.733;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=2.661;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=23.59;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=1.220;VarDP=44 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:31:99:31:0,264 0/1:18,26:44:99:.:1038,0,621:9,9,16,10 chrX 4091446 . A G 645 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=25;AS_QD=14.06;BaseQRankSum=-1.08;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=6.171;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.723;SOR=1.579;VarDP=48 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 0:.:31:99:31:0,264 0/1:23,25:48:99:.:675,0,635:11,12,17,8 -chrX 4094421 . GA G 150.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=10;AS_QD=15.83;BaseQRankSum=-0.874;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=3.424;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.728;VarDP=12 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,10:12:99:.:190,0:0,2,6,4 0/0:.:55:0:55:0,0,1305 +chrX 4094421 . GA G 150.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=10;AS_QD=15.83;BaseQRankSum=-0.874;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=3.424;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.728;VarDP=12 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:2,10:12:99:.:190,0:0,2,6,4 ./.:.:55:0:55:0,0,1305 chrX 4096913 . CA C 224.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=19;AS_QD=7.76;BaseQRankSum=0;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=50.255;MQ=58.44;MQRankSum=0;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.319;SOR=4.504;VarDP=34 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:3,6:9:76:76,0:1,2,5,1 0/1:12,13:25:99:188,0,139:2,10,13,0 chrX 4099280 . G GTATC 887.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=21;AS_QD=29.70;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=1.508;VarDP=21 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:0,21:21:99:.:927,0:0,0,14,7 0/0:.:55:54:55:0,54,1195 chrX 4102689 . G A 2276 . AC=3;AF=1.00;AN=3;AS_AltDP=69;AS_QD=33.42;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.42;SOR=1.054;VarDP=69 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,13:13:99:419,0:0,0,7,6 1/1:0,56:56:99:1887,168,0:0,0,33,23 @@ -14537,7 +14537,7 @@ chrX 4874110 . C T 1393 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=49;AS_QD=19.23;BaseQRankSu chrX 4874232 . C CGTGT 1236.97 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=32;AS_QD=21.63;BaseQRankSum=-1.638;DP=72;ExcessHet=0.0000;FS=0.992;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=21.63;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.567;VarDP=59 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,17:17:99:765,0:0,0,9,8 0/1:27,15:42:99:511,0,1053:17,10,10,5 chrX 4874312 . A G 1043 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=38;AS_QD=15.78;BaseQRankSum=-0.483;DP=74;ExcessHet=0.0000;FS=0.930;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.914;VarDP=68 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,22:22:99:705,0:0,0,13,9 0/1:30,16:46:99:368,0,820:15,15,8,8 chrX 4876030 . G A 1564 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=53;AS_QD=21.54;BaseQRankSum=2.48;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=3.510;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=21.54;ReadPosRankSum=-0.75;SOR=1.164;VarDP=74 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,28:28:99:888,0:0,0,10,18 0/1:21,25:46:99:706,0,522:10,11,10,15 -chrX 4876118 . C CCCTTTCCCACCTGTATCCTCTCTCTCCTCTCTCTCCCCCTCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCTCCCCCTCCTCTCCCTCCCCTTCCTCTCTCT 844.97 . AC=1;AF=0.333;AN=3;AS_AltDP=21;AS_QD=30.51;BaseQRankSum=-0.5;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.02;MQRankSum=3.191;QD=36.83;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.425;VarDP=24 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:3,21:24:99:.:884,0:1,2,10,11 0/0:.:21:0:21:0,0,160 +chrX 4876118 . C CCCTTTCCCACCTGTATCCTCTCTCTCCTCTCTCTCCCCCTCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCTCCCCCCCTCCTCTCTCCCCCTCCTCTCCCTCCCCTTCCTCTCTCT 844.97 . AC=1;AF=1.00;AN=1;AS_AltDP=21;AS_QD=30.51;BaseQRankSum=-0.5;DP=45;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=57.02;MQRankSum=3.191;QD=36.83;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.425;VarDP=24 GT:AD:DP:GQ:MIN_DP:PL:SB 1:3,21:24:99:.:884,0:1,2,10,11 ./.:.:21:0:21:0,0,160 chrX 4878378 . T C 1465 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=52;AS_QD=19.42;BaseQRankSum=-0.388;DP=78;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MQ=59.71;MQRankSum=0;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.771;VarDP=77 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:1,32:33:99:997,0:0,1,13,19 0/1:24,20:44:99:498,0,652:11,13,9,11 chrX 4878576 . T C 1545 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=54;AS_QD=18.31;BaseQRankSum=1.21;DP=88;ExcessHet=0.0000;FS=7.370;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=18.31;ReadPosRankSum=1.05;SOR=0.260;VarDP=86 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,31:31:99:976,0:0,0,15,16 0/1:32,23:55:99:599,0,877:21,11,12,11 chrX 4879430 . T G 937 . AC=2;AF=0.667;AN=3;AS_AltDP=33;AS_QD=15.85;BaseQRankSum=-0.094;DP=64;ExcessHet=0.0000;FS=3.556;MQ=60.00;MQRankSum=0;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.448;VarDP=61 GT:AD:DP:GQ:PL:SB 1:0,19:19:99:651,0:0,0,6,13 0/1:28,14:42:99:316,0,787:17,11,10,4