diff --git a/socioeconomicos/coneval_ind.r b/socioeconomicos/coneval_ind.r index ea75340..9cd9923 100644 --- a/socioeconomicos/coneval_ind.r +++ b/socioeconomicos/coneval_ind.r @@ -1,7 +1,6 @@ library(tidyverse) library(broom) library(geojsonio) -source("util/leer_datos_abiertos.r") #' Title #' @@ -37,39 +36,16 @@ modelar <- function(expresion, Dat){ arrange(p.value) } - -args <- list(base_de_datos = "../datos/datos_abiertos/base_de_datos.csv", - densidad = "../socioeconomicos/cedrus/DENSIDAD-POB-MUNS-MEXICO.csv", - indicadores = "../socioeconomicos/coneval/coneval_indicadores_pobreza_municipa_2015.csv", - serie_municipios = "../datos/datos_abiertos/serie_tiempo_municipio_res_confirmados.csv", +args <- list(indicadores = "../socioeconomicos/coneval/coneval_indicadores_pobreza_municipa_2015.csv", mapa_shp = "../socioeconomicos/mapas/municipalities.shp", datos_municipios = "estimados/municipios_obs_esp.csv", - min_casos = 0) + dir_salida = "../sitio_hugo/static/imagenes/") # Leer mapa mun_sp <- geojson_read(args$mapa_shp, what = "sp") mun_sp@data$clave <- paste(mun_sp@data$CVE_ENT, mun_sp@data$CVE_MUN, sep = "_") mun_sp <- tidy(mun_sp, region = "clave") -# # NĂºmero de pruebas por municipio -# n_pruebas <- leer_datos_abiertos(archivo = args$base_de_datos, solo_confirmados = FALSE, solo_fallecidos = FALSE) -# n_pruebas <- n_pruebas %>% -# filter(RESULTADO %in% c("1", "2")) %>% -# group_by(ENTIDAD_RES, MUNICIPIO_RES) %>% -# summarise(n_pruebas = length(ID_REGISTRO)) %>% -# ungroup() %>% -# mutate(clave_municipio = paste(ENTIDAD_RES, MUNICIPIO_RES, sep = "")) %>% -# select(clave_municipio, n_pruebas) %>% -# mutate(clave_municipio = str_remove(clave_municipio, "^0")) -# -# # Leer densidad -# Dens <- read_csv(args$densidad, -# col_types = cols(NOM_MUN = col_character(), -# CVMUN = col_character(), -# .default = col_number())) -# Dens <- Dens %>% -# select(NOM_MUN, CVMUN, POBTOT15, AREAKM, DENS15) - # Leer indicadores Ind <- read_csv(args$indicadores, col_types = cols(clave_entidad = col_character(), @@ -87,62 +63,21 @@ Ind <- Ind %>% mutate(clave = paste(clave_entidad, mun, sep = "_")) %>% select(clave, everything(), -clave_entidad, -clave_municipio, -mun) -# # Leer datos -# Casos <- read_csv(args$serie_municipios) -# Casos <- Casos %>% -# group_by(clave) %>% -# summarise(casos_totales = sum(sintomas_nuevos), -# muertes_totales = sum(muertes_nuevas), -# dia_1 = min(fecha[ sintomas_acumulados >= 1]), -# dia_10 = min(fecha[ sintomas_acumulados >= 10])) %>% -# filter(casos_totales >= args$min_casos) %>% -# mutate(brote_dias = as.numeric(dia_10 - dia_1)) +# Leer datos Casos <- read_csv(args$datos_municipios) -Casos +# Unir datos e indicadores Dat <- Casos %>% left_join(Ind, by = "clave") -# datos e indicadores -# Dat <- Dens %>% -# mutate(CVMUN = str_remove(string = CVMUN, pattern = "^0")) %>% -# rename(clave_municipio = CVMUN) %>% -# full_join(Ind, by = "clave_municipio") %>% -# full_join(n_pruebas, by = "clave_municipio") %>% -# select(-POBTOT15, -AREAKM, -# -NOM_MUN, -municipio, -entidad_federativa) %>% -# mutate(mun = str_sub(clave_municipio, start = -3)) %>% -# mutate(clave_entidad = str_pad(string = clave_entidad, width = 2, side = "left", pad = "0")) %>% -# mutate(clave = paste(clave_entidad, mun, sep = "_")) %>% -# select(clave, everything(), -clave_entidad, -clave_municipio, -mun) -# -# # Unir datos COVID19 con indicadores -# Dat <- Casos %>% -# left_join(Dat, by = "clave") %>% -# # mutate(incidencia = casos_totales, -# # mortalidad = muertes_totales, -# # letalidad = (muertes_totales)/ (casos_totales)) -# mutate(incidencia = 1e5 * (casos_totales) / (poblacion), -# mortalidad = 1e5 * (muertes_totales) / (poblacion), -# letalidad = (muertes_totales)/ (casos_totales)) - -# mutate(incidencia = 1e5 * (casos_totales + 1) / (poblacion + 1), - # mortalidad = 1e5 * (muertes_totales + 1) / (poblacion + 1), - # letalidad = (muertes_totales + 1)/ (casos_totales + 1)) -# Dat - -Dat - -# Mapas +# Graficar mapa exceso de casos mun_sp <- mun_sp %>% left_join(Dat %>% select(clave, resid_incidencia), by = c(id = "clave")) -mun_sp p1 <- mun_sp %>% ggplot() + geom_polygon(aes(x = long, y = lat, group = group, fill = resid_incidencia), color = NA) + - # geom_polygon(aes(x = long, y = lat, group = group, fill = brote_dias), color = NA) + scale_fill_gradient2(low = "#053061", high = "#67001f", mid = "#f7f7f7", midpoint = 0, name = expression(frac("Casos observados en municipio", "Casos esperados en municipio")), @@ -150,14 +85,16 @@ p1 <- mun_sp %>% labs <- (10 ^ x) scales::number(labs, accuracy = 0.1) }) + - # scale_fill_gradient(low = "#f7f4f9", high = "#67001f") + theme_void() + coord_map() + theme(legend.position = "top", plot.margin = margin(t = 0, r = 0 , b = 0, l = 0)) # p1 -ggsave("test.png", p1, width = 7, height = 6.7, dpi = 75) - +# ggsave("test.png", p1, width = 7, height = 6.7, dpi = 75) +archivo <- file.path(args$dir_salida, "exceso_incidencia_mapa.png") +ggsave(archivo, p1, width = 7, height = 6.7, dpi = 75) +archivo <- file.path(args$dir_salida, "exceso_incidencia_mapa@2x.png") +ggsave(archivo, p1, width = 7, height = 6.7, dpi = 150) # Limpiar para anĂ¡lisis de indicadores