Protein_ligand.Rmd

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title: "Resíduos interagindo em docking proteína-ligante"
output: github_document
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### Docking

usar o servidor [ClusPro](https://cluspro.bu.edu/home.php).

carregar o arquivo .pdb da proteína e do ligante e selecionar o modo.
```{r, out.width='90%', fig.align='center', fig.cap="ClusPro interface",message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/cluspro.png")

```

### RING
**1** Editar o arquivo de saída do ClusPro, modificando o nome da cadeia;

```{r, out.width='100%', fig.align='center', message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/alt_pdb.png")

```


**2** Utilizar o .pdb editado como entrada no [RING](http://protein.bio.unipd.it/ring/);

```{r, out.width='60%', fig.align='center', message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/ring_in.png")

```


**3** Baixar os arquivos do RING.

```{r, out.width='60%', fig.align='center', message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/ring_out.png")

```



### Chimera

**1** No arquivo **edges.txt** de saída do RING, vá até as linhas que descrevem as interações do ligante que começam com **B:** na primeira coluna. A Informação da primeira(**B:2:_:GLN**) coluna indica a cadeia do .pdb(**B**), a posição do resíduo naquela cadeia(**2**) e o nome do resíduo(**GLN**)

```{r, out.width='60%', fig.align='center',fig.cap="Arquivo de edges do RING", message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/edges.png")

```


**2** vamos marcar as interações de ponte de hidrogênio, que começam com **HBOND:** na segunda coluna. Para isso, no Chimera, vamos selecionar todos os átomos da cadeia A(indicados na terceira coluna) que interagem com a cadeia B. No chimera, após carregar o arquivo .pdb (output editado do ClusPro), vá em **Favorites > Command Line** e o painel de linha de comandos vai aparecer na parte de inferior da janela do chimera.

```{r, out.width='80%', fig.align='center', message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/Chimera1.png")

```


**3** No painel de linha do comando do chimera, rode o comando para selecionar os resíduos que deseja mostrar a cadeia lateral. Após selecionar os resíduos vá em **Actions > Atoms/Bonds > Show**.

```bat
select: 99,67,63,62,146,152,159,171.A
#seleciona os resíduos 99,67,63,62,146,152,159,171 da cadeia A
```


```{r, out.width='80%', fig.align='center', message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/Chimera2.png")

```

repita o mesmo procedimento para os resíduos da cadeia B

```bat
select :2,3,4,7,9,10.B
```

**4** Para marcar as interações, vá em **Tools > Structure Analysis > Distances** e vai aparecer a janela de seleção dos átomos. 


```{r, out.width='80%', fig.align='center', message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/Chimera3.png")

```

selecione os átomos para mostrar a interação e click em "Create" na janela de Distances:

```bat
select :159.A@OH :2.B@O
#seleciona o átomo OH, do resíduo 159 da cadeia A e o elemento O do resíduo 2 da cadeia B
```

Faça o mesmo para as outras pontes de hidrogênio.
```bat
select :171.A@OH :2.B@OE1
select :62.A@NH2 :3.B@O
select :63.A@OE1 :3.B@NZ
select :67.A@OG :3.B@NZ
select :99.A@OH :4.B@N
select :152.A@OE2 :7.B@N
select :146.A@NZ :9.B@O
select :146.A@NZ :10.B@O

```

no final, a janela de medição de distâncias vai tá assim: 

```{r, out.width='80%', fig.align='center', message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/Chimera4.png")

```

E o pdb mostrando as pontes.


```{r, out.width='80%', fig.align='center', message=FALSE, warning=FALSE, echo=F}

knitr::include_graphics("https://raw.githubusercontent.com/diegogotex/protein_ligand/master/images/Chimera5.png")

```