meta_description.txt

BIOKG biomedical knowledge graph
All files are gzipped and tab seperated

Metadata
The metadata folder contains additional data about the entities in the BIOKG


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# protein/uniprot_name.txt.gz                                                  #
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# Description:
Contains the primary name of each protein

# Format:
<uniprot_acc> NAME <name>

# Sources:
Uniprot

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# protein/uniprot_fullname.txt.gz                                              #
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# Description:
Contains the full name of each protein

# Format:
<uniprot_acc> FULL_NAME <name>

# Sources:
Uniprot

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# protein/uniprot_shortname.txt.gz                                              #
################################################################################

# Description:
Contains the short name of each protein

# Format:
<uniprot_acc> SHORT_NAME <name>

# Sources:
Uniprot

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# protein/uniprot_organism_class.txt.gz                                        #
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# Description:
Contains the organism classes of each protein

# Format:
<uniprot_acc> ORGANISM_CLASS <class>

# Sources:
Uniprot

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# protein/uniprot_fullname.txt.gz                                              #
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# Description:
Contains the species of each protein

# Format:
<uniprot_acc> SPECIES <species>

# Sources:
Uniprot

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# protein/uniprot_other_ids.txt.gz                                             #
################################################################################

# Description:
Contains the alternative id of each protein

# Format:
<uniprot_acc> OTHER_ID <id>

# Sources:
Uniprot

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# protein/uniprot_related_keywords.txt.gz                                      #
################################################################################

# Description:
Contains keywords related to each protein

# Format:
<uniprot_acc> RELATED_KEYWORD <keyword>

# Sources:
Uniprot

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# protein/uniprot_related_pubmed_ids.txt.gz                                    #
################################################################################

# Description:
Contains pubmed ids related to each protein

# Format:
<uniprot_acc> RELATED_PUBMED_ID <pubmed_id>

# Sources:
Uniprot

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# protein/protein_expression_level.txt.gz                                      #
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# Description:
Contains the tissue each protein is expressed in along with the level

# Format:
<uniprot_acc>  PROTEIN_EXPRESSED_IN <hpa_tissue>    <LOW|MEDIUM|HIGH>

# Sources:
HPA

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# drug/drugbank_name.txt.gz                                                #
################################################################################

# Description:
Contains the name of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  NAME <name>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_synonym.txt.gz                                             #
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# Description:
Contains the synonyms of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  SYNONYM <synonym>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_type.txt.gz                                                #
################################################################################

# Description:
Contains the type of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  TYPE <type>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_product.txt.gz                                             #
################################################################################

# Description:
Contains the product names of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  PRODUCT <product_name>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_product_stage.txt.gz                                       #
################################################################################

# Description:
Contains the product stages of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  PRODUCT_STAGE <stage>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_class.txt.gz                                               #
################################################################################

# Description:
Contains the class of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  CLASS <class>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_direct_parent.txt.gz                                       #
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# Description:
Contains the direct parent class of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  DIRECT_PARENT <class>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_alternative_parent.txt.gz                                  #
################################################################################

# Description:
Contains alternative parent classes of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  ALTERNATIVE_PARENT <class>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_superclass.txt.gz                                          #
################################################################################

# Description:
Contains superclass of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  SUPERCLASS <class>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_subclass.txt.gz                                            #
################################################################################

# Description:
Contains the subclass of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  SUBCLASS <class>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_substituent.txt.gz                                         #
################################################################################

# Description:
Contains the substituents of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  SUBSTITUENT <class>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_kingdom.txt.gz                                             #
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# Description:
Contains the kingdom of drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  KINGDOM <kingdom>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drugbank_related_pubmed_ids.txt.gz                                  #
################################################################################

# Description:
Contains pubmed ids related to drugbank drugs

# Format:
<drug_id>  PUBMED_ARTICLE <pubmed_id>

# Sources:
Drugbank

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# disease/mesh_name.txt.gz                                                        #
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# Description:
Contains name of mesh dieases and disease supplementary records

# Format:
<mesh_id>  NAME <name>

# Sources:
MeSH

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# disease/mesh_type.txt.gz                                                        #
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# Description:
Contains type of mesh dieases and disease supplementary records

# Format:
<mesh_id>  TYPE <DISEASE|SCR_DISEASE>

# Sources:
MeSH

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# pathway/pathway_names.txt.gz                                                 #
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# Description:
Contains Reactome and KEGG pathway names

# Format:
<pathway>  NAME <name>

# Sources:
Reactome
KEGG

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# cell/cell_names.txt.gz                                                       #
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# Description:
Contains cellosaurus cell line names

# Format:
<cell_id>  NAME <name>

# Sources:
Cellosaurus