forked from shcaba/SS-DL-tool
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require(shiny)
require(shinyjs)
require(r4ss)
require(plyr)
require(dplyr)
require(ggplot2)
require(reshape2)
require(data.table)
require(tidyr)
require(rlist)
require(viridis)
#require(sss)
require(shinyWidgets)
require(shinyFiles)
require(HandyCode)
require(nwfscDiag)
require(shinybusy)
require(truncnorm)
require(flextable)
require(officer)
require(gridExtra)
require(ggpubr)
require(grid)
require(wesanderson)
require(adnuts)
require(shinystan)
require(gt)
require(gtExtras)
require(stringr)
require(ggnewscale)
require(future)
require(parallel)
require(parallelly)
require(fs)
require(tools)
#require(SSMSE)
#require(geomtextpath)
#require(paletteer)
#require(RColorBrewer)
#require(ggthemes)
#devtools::load_all("C:/Users/Jason.Cope/Documents/Github/nwfscDiag")
source('Functions.r',local = FALSE)
source('SSS.r',local = FALSE)
theme_report <- function(base_size = 11) {
half_line <- base_size/2
theme_light(base_size = base_size) +
theme(
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
axis.ticks.length = unit(half_line / 2.2, "pt"),
strip.background = element_rect(fill = NA, colour = NA),
strip.text.x = element_text(colour = "black"),
strip.text.y = element_text(colour = "black"),
panel.border = element_rect(fill = NA),
legend.key.size = unit(0.9, "lines"),
legend.key = element_rect(colour = NA, fill = NA),
legend.background = element_rect(colour = NA, fill = NA)
)
}
theme_set(theme_report())
shinyServer(function(input, output,session) {
useShinyjs()
theme_report <- function(base_size = 11) {
half_line <- base_size/2
theme_light(base_size = base_size) +
theme(
panel.grid.major = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
axis.ticks.length = unit(half_line / 2.2, "pt"),
strip.background = element_rect(fill = NA, colour = NA),
strip.text.x = element_text(colour = "black"),
strip.text.y = element_text(colour = "black"),
panel.border = element_rect(fill = NA),
legend.key.size = unit(0.9, "lines"),
legend.key = element_rect(colour = NA, fill = NA),
legend.background = element_rect(colour = NA, fill = NA)
)
}
theme_set(theme_report())
#################
### FUNCTIONS ###
#################
saveInputs <- function(input, bookmarkPath, bookmarkURL, session){
session$doBookmark()
bookmarkInputPath <- file.path(dirname(bookmarkPath), bookmarkURL, "input.rds")
if(!dir.exists(dirname(file.path("Scenarios", input$Scenario_name, "Scenario_Inputs", "input.rds")))) {
dir.create(dirname(file.path("Scenarios", input$Scenario_name, "Scenario_Inputs", "input.rds")), recursive = TRUE)
}
file.copy(from = bookmarkInputPath, to = file.path("Scenarios", input$Scenario_name, "Scenario_Inputs", "input.rds"), overwrite=TRUE)
#save files that are being used for model run
if(!is.null(rv.Lt$data)){
file.copy(from = input$file1$datapath, to = file.path("Scenarios", input$Scenario_name, "Scenario_Inputs", input$file1$name), overwrite=TRUE)
}
if(!is.null(rv.Ct$data)){
file.copy(from = input$file2$datapath, to = file.path("Scenarios", input$Scenario_name, "Scenario_Inputs", input$file2$name), overwrite=TRUE)
}
if(!is.null(rv.Age$data)){
file.copy(from = input$file3$datapath, to = file.path("Scenarios", input$Scenario_name, "Scenario_Inputs", input$file3$name), overwrite=TRUE)
}
if(!is.null(rv.Index$data)){
file.copy(from = input$file4$datapath, to = file.path("Scenarios", input$Scenario_name, "Scenario_Inputs", input$file4$name), overwrite=TRUE)
}
dir_delete(bookmarkPath) #delete bookmark created from session$doBookmark as we are just using it to create the query string and grab the filepath
}
########## Clear data files and plots ############
rv.Lt <- reactiveValues(data = NULL,clear = FALSE)
rv.Age <- reactiveValues(data = NULL,clear = FALSE)
rv.Ct <- reactiveValues(data = NULL,clear = FALSE)
rv.Index <- reactiveValues(data = NULL,clear = FALSE)
rv.AgeErr <- reactiveValues(data = NULL,clear = FALSE)
########
#Reset catches
observe({
req(input$file2)
req(!rv.Ct$clear)
rv.Ct$data <- fread(input$file2$datapath,check.names=FALSE,data.table=FALSE)
#L <- readLines(input$file2$datapath, n = 1)
#if(grepl(";", L)) {rv.Ct$data <- read.csv2(input$file2$datapath,check.names=FALSE)}
})
observeEvent(input$file2, {
rv.Ct$clear <- FALSE
}, priority = 1000)
observeEvent(input$reset_ct, {
rv.Ct$data <- NULL
rv.Ct$clear <- TRUE
reset('file2')
}, priority = 1000)
#Reset lengths
observe({
req(input$file1)
req(!rv.Lt$clear)
rv.Lt$data <- fread(input$file1$datapath,check.names=FALSE,data.table=FALSE)
#L <- readLines(input$file1$datapath, n = 1)
#rv.Lt$data <- read.csv(input$file1$datapath,check.names=FALSE)
#if(grepl(";", L)) {rv.Lt$data <- read.csv2(input$file1$datapath,check.names=FALSE)}
})
observeEvent(input$file1, {
rv.Lt$clear <- FALSE
}, priority = 1000)
observeEvent(input$reset_lt, {
rv.Lt$data <- NULL
rv.Lt$clear <- TRUE
reset('file1')
}, priority = 1000)
#Reset ages
observe({
req(input$file3)
req(!rv.Age$clear)
rv.Age$data <- fread(input$file3$datapath,check.names=FALSE,data.table=FALSE)
#L <- readLines(input$file3$datapath, n = 1)
#if(grepl(";", L)) {rv.Age$data <- read.csv2(input$file3$datapath,check.names=FALSE)}
})
observeEvent(input$file3, {
rv.Age$clear <- FALSE
}, priority = 1000)
observeEvent(input$reset_age, {
rv.Age$data <- NULL
rv.Age$clear <- TRUE
reset('file3')
}, priority = 1000)
#Reset ageing error
observe({
req(input$file33)
req(!rv.AgeErr$clear)
rv.AgeErr$data <- fread(input$file33$datapath,check.names=FALSE,header=FALSE,data.table=FALSE)
#L <- readLines(input$file33$datapath, n = 1)
#if(grepl(";", L)) {rv.AgeErr$data <- read.csv2(input$file33$datapath,check.names=FALSE,header=FALSE)}
})
observeEvent(input$file33, {
rv.AgeErr$clear <- FALSE
if(!input$Ageing_error_choice){
rv.AgeErr$data <- NULL
rv.AgeErr$clear <- TRUE
reset('file33')}
}, priority = 1000)
# # if(!is.null(input$Ageing_error_choice)){
# observeEvent(input$file33, {
# if(!input$Ageing_error_choice){
# rv.AgeErr$data <- NULL
# rv.AgeErr$clear <- TRUE
# reset('file33') #}
# }, priority = 1000)
# }
#Reset index
observe({
req(input$file4)
req(!rv.Index$clear)
rv.Index$data <- fread(input$file4$datapath,check.names=FALSE,data.table=FALSE)
#L <- readLines(input$file4$datapath, n = 1)
#rv.Index$data <- read.csv(input$file4$datapath,check.names=FALSE)
#if(grepl(";", L)) {rv.Index$data <- read.csv2(input$file4$datapath,check.names=FALSE,header=FALSE)}
})
observeEvent(input$file4, {
rv.Index$clear <- FALSE
}, priority = 1000)
observeEvent(input$reset_index, {
rv.Index$data <- NULL
rv.Index$clear <- TRUE
reset('file4')
}, priority = 1000)
#Throw an error if fleets are not consecutively represented in all loaded data sets.
observeEvent(req(any(!is.null(rv.Ct$data),!is.null(rv.Lt$data),!is.null(rv.Age$data),!is.null(rv.Index$data))),{
ct.flt<-lt.flt<-age.flt<-index.flt<-NA
if(!is.null(rv.Ct$data)){ct.flt<-c(1:(ncol(rv.Ct$data)-1))}
if(!is.null(rv.Lt$data)){lt.flt<-rv.Lt$data[,3]}
if(!is.null(rv.Age$data)){age.flt<-rv.Age$data[,3]}
if(!is.null(rv.Index$data)){index.flt<-rv.Index$data[,3]}
fleets.no.negs<-unique(na.omit(c(ct.flt,lt.flt,age.flt,index.flt)))[unique(na.omit(c(ct.flt,lt.flt,age.flt,index.flt)))>0] #remove any negative fleets
if(length(fleets.no.negs)!=length(seq(1:max(fleets.no.negs))))
{
sendSweetAlert(
session = session,
title = "Model Warning",
text = "Non-consecutive fleet numbering. Check all data sets (e.g., catch, lengths, ages, indices) to make sure all fleets from 1 to the maximum fleet number are found when considered across all data sets. For instance, if you have 3 total fleets, there should not be a fleet number > 3 (e.g., 1,2,4). All fleets are not expected in each data file, just across all data files.",
type = "warning")
}
})
#######
# observeEvent(input$reset_lt, {
# rv.Lt$data <- NULL
# shinyjs::reset('file1')
# })
# # observeEvent(input$reset_lt, {
# # output$Ltplot<-renderPlot({
# # rv.Lt$data <- NULL
# # if (is.null(rv.Lt$data)) return(NULL)
# # })
# # })
# observeEvent(input$reset_age, {
# rv.Age$data <- NULL
# shinyjs::reset('file3')
# })
# observeEvent(input$reset_ct, {
# rv.Ct$data <- NULL
# shinyjs::reset('file2')
# })
#####################################################
onclick("est_LHparms",id="panel_SS_est")
observe({
shinyjs::show("Data_panel")
shinyjs::show("Bookmark_panel")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
})
#To get the ObserveEvent to work, each statement in req needs to be unique.
#This explains the workaround of ((as.numeric(input$tabs)*x)/x)<4, where x is the unique type of assessment being run
#This input allows other tabs to have different side panels.
#Switch back to data from different tabs
observeEvent(req(((as.numeric(input$tabs)*99)/99)<4), {
shinyjs::show("Bookmark_panel")
shinyjs::show("Data_panel")
shinyjs::show("Existing_files")
shinyjs::hide("panel_eqct")
shinyjs::hide("panel_Ct_F_LO")
shinyjs::hide("panel_data_wt_lt")
shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")
shinyjs::hide("panel_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
shinyjs::hide("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::hide("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_est")
shinyjs::hide("panel_SS_est")
shinyjs::hide("panel_SS_stock_status")
shinyjs::hide("panel_SSS_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_est")
shinyjs::hide("panel_selectivity")
shinyjs::hide("panel_selectivity_sss")
shinyjs::hide("panel_SS_recdevs")
shinyjs::hide("panel_SS_jitter")
shinyjs::hide("panel_RPs")
shinyjs::hide("panel_Forecasts")
shinyjs::hide("panel_Mod_dims")
shinyjs::hide("panel_advanced_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSS_reps")
shinyjs::hide("OS_choice")
shinyjs::hide("Scenario_panel")
shinyjs::hide("SaveSession_panel")
shinyjs::hide("run_SSS")
shinyjs::hide("run_SS")
shinyjs::hide("Modeff_panel")
shinyjs::hide("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
showTab(inputId = "tabs", target = "2")
# hideTab(inputId = "tabs", target = "3")
# hideTab(inputId = "tabs", target = "4")
# hideTab(inputId = "tabs", target = "5")
# hideTab(inputId = "tabs", target = "6")
})
#Reset when all things are clicked off
observeEvent(req(((as.numeric(input$tabs)*1)/1)<4&is.null(rv.Lt$data)&is.null(rv.Ct$data)&is.null(rv.Age$data)&is.null(rv.Index$data)&any(is.null(input$user_model),!input$user_model)), {
shinyjs::show("Bookmark_panel")
shinyjs::show("Data_panel")
shinyjs::show("Existing_files")
shinyjs::hide("panel_eqct")
shinyjs::hide("panel_Ct_F_LO")
shinyjs::hide("panel_data_wt_lt")
shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")
shinyjs::hide("panel_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
shinyjs::hide("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::hide("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_est")
shinyjs::hide("panel_SS_est")
shinyjs::hide("panel_SS_stock_status")
shinyjs::hide("panel_SSS_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_est")
shinyjs::hide("panel_selectivity")
shinyjs::hide("panel_selectivity_sss")
shinyjs::hide("panel_SS_recdevs")
shinyjs::hide("panel_SS_jitter")
shinyjs::hide("panel_RPs")
shinyjs::hide("panel_Forecasts")
shinyjs::hide("panel_Mod_dims")
shinyjs::hide("panel_advanced_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSS_reps")
shinyjs::hide("OS_choice")
shinyjs::hide("Scenario_panel")
shinyjs::hide("SaveSession_panel")
shinyjs::hide("run_SSS")
shinyjs::hide("run_SS")
shinyjs::hide("Modeff_panel")
shinyjs::hide("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
showTab(inputId = "tabs", target = "2")
})
#User chosen model
observeEvent(req(!is.null(input$user_model)&input$user_model), {
shinyjs::show("Bookmark_panel")
shinyjs::show("Data_panel")
shinyjs::show("Existing_files")
shinyjs::hide("panel_eqct")
shinyjs::hide("panel_Ct_F_LO")
shinyjs::show("panel_data_wt_lt")
shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")
shinyjs::hide("panel_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
shinyjs::hide("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::hide("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_est")
shinyjs::hide("panel_SS_est")
shinyjs::hide("panel_SS_stock_status")
shinyjs::hide("panel_SSS_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_est")
shinyjs::hide("panel_selectivity")
shinyjs::hide("panel_selectivity_sss")
shinyjs::hide("panel_SS_recdevs")
shinyjs::show("panel_SS_jitter")
shinyjs::show("panel_RPs")
shinyjs::show("panel_Forecasts")
shinyjs::hide("panel_Mod_dims")
shinyjs::hide("panel_SSS_reps")
shinyjs::hide("panel_advanced_SS")
shinyjs::show("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_SSS")
shinyjs::show("OS_choice")
shinyjs::show("Scenario_panel")
shinyjs::show("SaveSession_panel")
shinyjs::hide("run_SSS")
shinyjs::show("run_SS")
shinyjs::hide("Modeff_panel")
shinyjs::hide("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
#shinyjs::show("tab_sss")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
showTab(inputId = "tabs", target = "2")
})
#SSS panels
observeEvent(req(((as.numeric(input$tabs)*1)/1)<4&is.null(rv.Lt$data)&!is.null(rv.Ct$data)&is.null(rv.Age$data)&is.null(rv.Index$data)&any(is.null(input$user_model),!input$user_model)), {
shinyjs::show("Bookmark_panel")
shinyjs::show("Data_panel")
shinyjs::hide("Existing_files")
shinyjs::hide("panel_eqct")
shinyjs::hide("panel_Ct_F_LO")
shinyjs::hide("panel_data_wt_lt")
shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")
shinyjs::show("panel_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
shinyjs::hide("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::hide("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_est")
shinyjs::hide("panel_SS_est")
shinyjs::show("panel_SS_stock_status")
shinyjs::show("panel_SSS_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_est")
shinyjs::hide("panel_selectivity")
shinyjs::show("panel_selectivity_sss")
shinyjs::hide("panel_SS_recdevs")
shinyjs::hide("panel_SS_jitter")
shinyjs::show("panel_RPs")
shinyjs::show("panel_Forecasts")
shinyjs::show("panel_Mod_dims")
shinyjs::show("panel_SSS_reps")
shinyjs::hide("panel_advanced_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::show("panel_advanced_SSS")
shinyjs::show("OS_choice")
shinyjs::show("Scenario_panel")
shinyjs::show("SaveSession_panel")
shinyjs::show("run_SSS")
shinyjs::hide("run_SS")
shinyjs::hide("Modeff_panel")
shinyjs::hide("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
#shinyjs::show("tab_sss")
showTab(inputId = "tabs", target = "11")
hideTab(inputId = "tabs", target = "2")
})
#SS-LO panels
observeEvent(req(((as.numeric(input$tabs)*2)/2)<4&all(!is.null(c(rv.Lt$data,rv.Age$data)),is.null(rv.Ct$data))&any(is.null(input$user_model),!input$user_model)), {
shinyjs::show("Bookmark_panel")
shinyjs::show("Data_panel")
shinyjs::hide("Existing_files")
shinyjs::hide("panel_eqct")
shinyjs::show("panel_Ct_F_LO")
shinyjs::show("panel_data_wt_lt")
if(length(unique(rv.Lt$data[,3]))>1|length(unique(rv.Age$data[,3]))>1){shinyjs::show("panel_ct_wt_LO")}
if(length(unique(rv.Lt$data[,3]))==1|length(unique(rv.Age$data[,3]))==1){shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")}
#if(input$Ct_F_LO_select){shinyjs::show("panel_ct_wt_LO")}
#if(input$Ct_F_LO_select==NULL){shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")}
shinyjs::hide("panel_SSS")
shinyjs::show("panel_SSLO_LH")
shinyjs::show("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::hide("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_est")
shinyjs::hide("panel_SS_est")
shinyjs::hide("Male_parms_est")
shinyjs::hide("Male_parms_est_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_stock_status")
shinyjs::hide("panel_SSS_prod")
shinyjs::show("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_est")
shinyjs::show("panel_selectivity")
shinyjs::hide("panel_selectivity_sss")
shinyjs::show("panel_SS_recdevs")
shinyjs::show("panel_SS_jitter")
shinyjs::show("panel_RPs")
shinyjs::show("panel_Forecasts")
shinyjs::show("panel_Mod_dims")
shinyjs::show("panel_advanced_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSS_reps")
shinyjs::show("OS_choice")
shinyjs::show("Scenario_panel")
shinyjs::show("SaveSession_panel")
shinyjs::hide("run_SSS")
shinyjs::show("run_SS")
shinyjs::hide("Modeff_panel")
shinyjs::hide("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
showTab(inputId = "tabs", target = "2")
# showTab(inputId = "tabs", target = "3")
# showTab(inputId = "tabs", target = "4")
# hideTab(inputId = "tabs", target = "5")
# showTab(inputId = "tabs", target = "6")
})
#SS-CL fixed parameters
observeEvent(req(((as.numeric(input$tabs)*3)/3)<4&all(any(input$est_parms==FALSE,input$est_parms2==FALSE),any(all(!is.null(rv.Lt$data),!is.null(rv.Ct$data)),all(!is.null(rv.Age$data),!is.null(rv.Ct$data)),all(!is.null(rv.Index$data),!is.null(rv.Ct$data))))&any(is.null(input$user_model),!input$user_model)), {
shinyjs::show("Bookmark_panel")
shinyjs::show("Data_panel")
shinyjs::hide("Existing_files")
shinyjs::show("panel_eqct")
shinyjs::hide("panel_Ct_F_LO")
if(any(!is.null(rv.Lt$data),!is.null(rv.Age$data))){shinyjs::show("panel_data_wt_lt")}
else (shinyjs::hide("panel_data_wt_lt"))
shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")
shinyjs::hide("panel_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
shinyjs::hide("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::show("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::show("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::show("panel_SS_fixed")
shinyjs::show("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::show("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_est")
shinyjs::hide("panel_SS_est")
shinyjs::hide("panel_SS_stock_status")
shinyjs::hide("panel_SSS_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::show("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_est")
shinyjs::show("panel_selectivity")
shinyjs::hide("panel_selectivity_sss")
shinyjs::show("panel_SS_recdevs")
shinyjs::show("panel_SS_jitter")
shinyjs::show("panel_RPs")
shinyjs::show("panel_Forecasts")
shinyjs::show("panel_Mod_dims")
shinyjs::show("panel_advanced_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_SSS")
shinyjs::show("OS_choice")
shinyjs::show("Scenario_panel")
shinyjs::hide("panel_SSS_reps")
shinyjs::show("SaveSession_panel")
shinyjs::hide("run_SSS")
shinyjs::show("run_SS")
shinyjs::hide("Modeff_panel")
shinyjs::hide("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
#shinyjs::hide(selector = "#navbar li a[data-value=11]")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
showTab(inputId = "tabs", target = "2")
# show(selector = '#hello li a[data-value="2"]')
#show(selector = '#hello li a[data-value="2"]')
# showTab(inputId = "tabs", target = "2")
# showTab(inputId = "tabs", target = "3")
# showTab(inputId = "tabs", target = "4")
# showTab(inputId = "tabs", target = "5")
# showTab(inputId = "tabs", target = "6")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
})
#SS-CL with parameter estimates
observeEvent(req(((as.numeric(input$tabs)*4)/4)<4&all(input$est_parms==TRUE,any(all(!is.null(rv.Lt$data),!is.null(rv.Ct$data)),all(!is.null(rv.Age$data),!is.null(rv.Ct$data)),all(!is.null(rv.Index$data),!is.null(rv.Ct$data))))&any(is.null(input$user_model),!input$user_model)), {
shinyjs::show("Bookmark_panel")
shinyjs::show("Data_panel")
shinyjs::hide("Existing_files")
shinyjs::show("panel_eqct")
shinyjs::hide("panel_Ct_F_LO")
if(any(!is.null(rv.Lt$data),!is.null(rv.Age$data))){shinyjs::show("panel_data_wt_lt")}
else (shinyjs::hide("panel_data_wt_lt"))
shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")
shinyjs::hide("panel_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
shinyjs::hide("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::show("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::hide("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::show("panel_SS_LH_est")
shinyjs::show("panel_SS_est")
shinyjs::hide("panel_SS_stock_status")
shinyjs::hide("panel_SSS_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::show("panel_SS_prod_est")
shinyjs::show("panel_selectivity")
shinyjs::hide("panel_selectivity_sss")
shinyjs::show("panel_SS_recdevs")
shinyjs::show("panel_SS_jitter")
shinyjs::show("panel_RPs")
shinyjs::show("panel_Forecasts")
shinyjs::show("panel_Mod_dims")
shinyjs::show("panel_advanced_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_SSS")
shinyjs::show("OS_choice")
shinyjs::show("Scenario_panel")
shinyjs::hide("panel_SSS_reps")
shinyjs::show("SaveSession_panel")
shinyjs::hide("run_SSS")
shinyjs::show("run_SS")
shinyjs::hide("Modeff_panel")
shinyjs::hide("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
showTab(inputId = "tabs", target = "2")
# showTab(inputId = "tabs", target = "3")
# showTab(inputId = "tabs", target = "4")
# showTab(inputId = "tabs", target = "5")
# showTab(inputId = "tabs", target = "6")
})
#Model Efficiency
observeEvent(req((as.numeric(input$tabs)*12/12)==12), {
shinyjs::hide("Bookmark_panel")
shinyjs::hide("Data_panel")
shinyjs::hide("Existing_files")
shinyjs::hide("panel_eqct")
shinyjs::hide("panel_Ct_F_LO")
shinyjs::hide("panel_data_wt_lt")
shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")
shinyjs::hide("panel_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
shinyjs::hide("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::hide("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_est")
shinyjs::hide("panel_SS_est")
shinyjs::hide("panel_SS_stock_status")
shinyjs::hide("panel_SSS_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_est")
shinyjs::hide("panel_selectivity")
shinyjs::hide("panel_selectivity_sss")
shinyjs::hide("panel_SS_recdevs")
shinyjs::hide("panel_SS_jitter")
shinyjs::hide("panel_RPs")
shinyjs::hide("panel_Forecasts")
shinyjs::hide("panel_Mod_dims")
shinyjs::hide("panel_advanced_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_SSS")
shinyjs::hide("OS_choice")
shinyjs::hide("Scenario_panel")
shinyjs::hide("panel_SSS_reps")
shinyjs::hide("SaveSession_panel")
shinyjs::hide("run_SSS")
shinyjs::hide("run_SS")
shinyjs::show("Modeff_panel")
shinyjs::hide("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
showTab(inputId = "tabs", target = "2")
# showTab(inputId = "tabs", target = "3")
# showTab(inputId = "tabs", target = "4")
# showTab(inputId = "tabs", target = "5")
# showTab(inputId = "tabs", target = "6")
})
#Profiles
observeEvent(req((as.numeric(input$tabs)*4/4)==4), {
shinyjs::hide("Bookmark_panel")
shinyjs::hide("Data_panel")
shinyjs::hide("Existing_files")
shinyjs::hide("panel_eqct")
shinyjs::hide("panel_Ct_F_LO")
shinyjs::hide("panel_data_wt_lt")
shinyjs::hide("panel_ct_wt_LO")
shinyjs::hide("panel_SSS")
shinyjs::hide("panel_SSLO_LH")
shinyjs::hide("panel_SSLO_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed_est_tog")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_fixed_ltwtfec")
shinyjs::hide("Male_parms_fix")
shinyjs::hide("Male_parms_fix_noWL")
shinyjs::hide("panel_SS_LH_est")
shinyjs::hide("panel_SS_est")
shinyjs::hide("panel_SS_stock_status")
shinyjs::hide("panel_SSS_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_LO_prod")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_fixed")
shinyjs::hide("panel_SS_prod_est")
shinyjs::hide("panel_selectivity")
shinyjs::hide("panel_selectivity_sss")
shinyjs::hide("panel_SS_recdevs")
shinyjs::hide("panel_SS_jitter")
shinyjs::hide("panel_RPs")
shinyjs::hide("panel_Forecasts")
shinyjs::hide("panel_Mod_dims")
shinyjs::hide("panel_advanced_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_user_SS")
shinyjs::hide("panel_advanced_SSS")
shinyjs::hide("OS_choice")
shinyjs::hide("Scenario_panel")
shinyjs::hide("panel_SSS_reps")
shinyjs::hide("SaveSession_panel")
shinyjs::hide("run_SSS")
shinyjs::hide("run_SS")
shinyjs::hide("Modeff_panel")
shinyjs::show("Profile_panel")
shinyjs::hide("Retro_panel")
shinyjs::hide("Sensi_Comparison_panel")
shinyjs::hide("Ensemble_panel")
hideTab(inputId = "tabs", target = "11")
showTab(inputId = "tabs", target = "2")
# showTab(inputId = "tabs", target = "3")
# showTab(inputId = "tabs", target = "4")
# showTab(inputId = "tabs", target = "5")
# showTab(inputId = "tabs", target = "6")
})
#Retrospecitves
observeEvent(req((as.numeric(input$tabs)*5/5)==5), {
shinyjs::hide("Bookmark_panel")
shinyjs::hide("Data_panel")
shinyjs::hide("Existing_files")
shinyjs::hide("panel_eqct")
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