XBmodels_PandeyBraun.nex

#nexus

begin models;

[ ---------------------------------------------------------
    EX2 mixture model of Le, Lartillot & Gascuel (2008)
    herein called EX2llg 
 --------------------------------------------------------- ]

[ Exposed component EX2 ]
model ExpEX2llg =
0.526738 
0.483150 0.505837 
0.658902 0.051052 3.902456 
2.051872 2.214326 0.961103 0.129989 
1.280002 2.039552 1.301786 0.399061 0.456521 
1.306565 0.137928 0.285806 3.100403 0.033946 2.514377 
1.370782 0.363365 1.820100 0.885317 0.886564 0.320746 0.303966 
0.540809 2.288922 4.949307 0.700890 2.172284 3.755421 0.270957 0.401311 
0.171986 0.237023 0.337226 0.018315 1.037046 0.212032 0.084442 0.012279 0.317239 
0.430511 0.670514 0.158937 0.021949 1.702066 1.261113 0.110508 0.052946 0.869247 8.675343 
0.697731 3.881079 1.677194 0.105450 0.146263 2.570254 0.730337 0.279865 0.598289 0.338782 0.313102 
1.043937 0.656943 0.539827 0.066925 1.846562 1.973592 0.188160 0.158136 0.519993 9.483497 14.176858 1.013268 
0.265209 0.097443 0.182522 0.026918 3.002586 0.080193 0.023999 0.084663 2.047163 2.193062 4.802817 0.044792 3.261401 
1.270693 0.166534 0.068692 0.228829 0.156216 0.362501 0.214847 0.148900 0.323141 0.071992 0.343919 0.195470 0.099252 0.087020 
4.826665 0.751947 4.412265 0.975564 5.294149 1.033459 0.382235 1.970857 0.993310 0.190509 0.389101 0.592156 0.557254 0.668834 1.223981 
2.131819 0.584329 2.133604 0.368887 2.067387 1.013613 0.511390 0.174527 0.580960 2.563630 0.522334 1.147459 2.960091 0.244420 0.413148 7.384701 
0.143081 0.475590 0.061094 0.042618 1.603125 0.210329 0.048276 0.186382 0.961546 0.208313 1.130724 0.052858 1.328785 5.210001 0.045945 0.316078 0.144393 
0.208643 0.196271 0.599369 0.121313 3.842632 0.158470 0.064648 0.039280 8.230282 0.517123 0.713426 0.084962 0.812142 23.228875 0.043249 0.405310 0.234217 4.903887 
2.544463 0.313443 0.172264 0.073705 4.207648 0.497398 0.484620 0.132496 0.329895 23.711178 3.466991 0.348362 4.136445 1.199764 0.368231 0.266531 3.184874 0.252132 0.459187 

0.088367 0.078147 0.047163 0.087976 0.004517 0.058526 0.128039 0.056993 0.024856 0.025277 0.045202 0.094639 0.012338 0.016158 0.060124 0.055346 0.051290 0.006771 0.021554 0.036718;

[ Buried component EX2 ]
model BurEX2llg =
0.338649 
0.201335 0.981635 
0.283859 0.247537 6.505182 
2.640244 0.904730 1.353325 0.312005 
0.543136 4.570308 2.439639 0.682052 0.216787 
0.748479 0.917979 0.804756 10.030310 0.024055 8.670112 
2.700465 0.539246 0.810739 0.810727 0.701320 0.330139 0.636675 
0.237686 3.175221 6.308043 1.540002 0.469875 8.675492 0.750683 0.183743 
0.044209 0.099241 0.162644 0.020816 0.166986 0.082745 0.030581 0.005017 0.075820 
0.124047 0.314159 0.088243 0.017526 0.449241 0.641784 0.073392 0.017752 0.277023 2.383760 
0.433721 17.781822 2.851914 0.459939 0.117548 6.815411 3.482941 0.484653 1.247888 0.161658 0.219757 
0.497479 0.448773 0.380964 0.057176 0.815999 2.089412 0.291379 0.054491 0.307450 2.817174 4.759683 1.082403 
0.093991 0.055530 0.098936 0.026160 0.662517 0.091948 0.022760 0.034431 0.675645 0.521416 1.672365 0.077917 1.296869 
0.986621 0.356417 0.214521 0.246129 0.164228 0.654039 0.295079 0.179095 0.428213 0.037671 0.170780 0.347219 0.074086 0.057233 
5.925588 0.979993 4.725421 1.158990 5.111992 1.120931 0.737456 2.279470 0.886126 0.051057 0.089611 0.925355 0.275366 0.274582 1.151114 
1.958501 0.630713 2.007592 0.289641 2.284140 0.787821 0.539892 0.097432 0.467489 0.644041 0.202812 1.401676 1.340732 0.103118 0.601281 8.190534 
0.068357 0.784449 0.109073 0.085810 0.457880 0.297731 0.155877 0.157418 0.708743 0.054134 0.374568 0.115777 0.477495 2.362999 0.047127 0.209085 0.097054 
0.084768 0.312038 0.615093 0.202611 0.788164 0.293543 0.137306 0.035497 4.938330 0.101803 0.180086 0.280737 0.264540 8.142914 0.059308 0.264401 0.133054 2.905674 
1.387752 0.140091 0.112176 0.058637 1.575057 0.203946 0.239406 0.044011 0.085226 6.427279 1.035942 0.244336 1.033583 0.278010 0.213475 0.079878 1.592560 0.081135 0.108383 

0.123119 0.019475 0.019852 0.018583 0.018711 0.017275 0.018723 0.050388 0.016402 0.119697 0.161399 0.012776 0.035838 0.057019 0.030913 0.043472 0.049935 0.012600 0.039929 0.133894;

[ main definition of Le, Lartillot & Gascuel (2008) EX2 with fixed component rates ]
model EX2llg = MIX{BurEX2llg:0.672020808818762,ExpEX2llg:1.6413466609931};

[ ---------------------------------------------------------
   Pandey and Braun model estimated using the Eukaryote
   dataset 
  --------------------------------------------------------- ]

[ Exposed component Eukaryote ]
model EukExpXB =
	0.3701
	0.7433	0.4973
	0.4733	0.0247	3.0598
	6.1226	2.0114	2.4038	0.2847
	2.1288	1.3711	1.7226	0.3767	1.6738
	1.0833	0.0807	0.2278	4.7026	0.1210	2.5517
	2.2834	0.3004	2.2364	0.9035	2.1527	0.5799	0.3013
	0.6875	1.8932	4.8145	0.5981	3.0295	3.8914	0.2944	0.5726
	0.1976	0.3471	0.3779	0.0509	2.9341	0.5581	0.0749	0.0125	0.3342
	0.6886	0.6118	0.2164	0.0536	3.1204	1.3959	0.1921	0.0872	1.0923	15.6392
	0.6140	3.9933	0.8872	0.0758	0.2974	1.7559	0.2747	0.2989	0.6297	0.2188	0.2770
	1.8246	0.7747	0.9646	0.0937	5.6386	4.4735	0.3257	0.2554	1.4313	11.8058	20.6815	0.8843
	0.3664	0.1656	0.3569	0.0808	4.5110	0.1826	0.0890	0.1650	4.1356	3.0099	5.8132	0.0349	5.2596
	3.0062	0.2526	0.3291	0.4503	0.7395	0.9155	0.4032	0.4815	0.6664	0.3078	0.4709	0.3248	0.3405	0.2896
	6.6849	0.4833	4.1696	0.8468	8.4653	1.6423	0.3476	2.9793	1.1687	0.0714	0.2351	0.4009	0.9641	0.4526	1.5013
	1.7077	0.4359	2.0074	0.3419	5.4717	1.4612	0.4663	0.2567	0.7587	2.0232	0.7215	0.7204	3.4078	0.4116	0.7539	7.3576
	0.3338	0.7955	0.2288	0.0591	2.9868	0.3720	0.1417	0.4064	3.0389	0.1743	1.5478	0.1334	1.6152	21.2641	0.3118	0.4433	0.1547
	0.3448	0.2973	0.6020	0.1637	5.5027	0.4362	0.0906	0.2275	10.5553	0.8669	1.4234	0.0678	2.4084	48.8670	0.1628	0.3705	0.3714	21.2602
	3.0595	0.3533	0.3289	0.0714	11.3671	0.9481	0.6119	0.0895	0.4620	39.1619	4.1321	0.3819	4.8635	1.8338	1.0151	0.2424	4.3889	0.2745	0.2341

	0.0784	0.0921	0.0564	0.0762	0.0050	0.0598	0.1127	0.0496	0.0255	0.0197	0.0394	0.1398	0.0155	0.0128	0.0256	0.0770	0.0623	0.0023	0.0150	0.0348
   ;

[ Buried component Eukaryote ]
model EukBurXB =
	0.1500
	0.3107	1.1635
	0.1264	0.1168	8.8435
	3.8639	0.4931	1.3337	0.1584
	0.8278	3.7774	5.0087	1.0945	0.3126
	0.5261	0.4022	0.9879	16.3025	0.0369	9.8752
	3.2372	0.3268	1.9312	1.0058	0.7457	0.5308	0.5110
	0.3314	3.6817	11.7367	1.8800	0.6216	11.1986	1.1060	0.3605
	0.0301	0.0663	0.1100	0.0069	0.2410	0.1267	0.0381	0.0001	0.0689
	0.0774	0.1930	0.1391	0.0069	0.4881	0.6396	0.0731	0.0150	0.3969	2.4468
	0.2644	18.2351	2.8191	0.5285	0.0449	6.3423	2.4128	0.3874	1.6574	0.1135	0.1921
	0.4643	0.5271	0.7391	0.0603	1.0857	3.6490	0.2697	0.0818	0.7156	3.1438	6.1391	0.9837
	0.0844	0.0510	0.1546	0.0222	0.5451	0.0984	0.0509	0.0354	1.4665	0.4662	1.4149	0.0435	1.6731
	1.7330	0.3595	0.6986	0.3183	0.3289	1.1800	0.5631	0.3411	0.9669	0.0692	0.1385	0.5504	0.1883	0.0728
	6.5513	0.6086	6.3685	0.9698	3.7503	2.0589	0.7653	2.6622	1.3167	0.0185	0.0438	0.8029	0.3691	0.1370	1.5714
	1.3357	0.5197	2.6286	0.3485	2.8166	1.6339	0.7614	0.1295	0.7510	0.5007	0.2103	1.1978	1.6006	0.0981	0.8969	7.5403
	0.0552	0.4253	0.1468	0.0544	0.3588	0.1967	0.2636	0.1289	1.4882	0.0550	0.2300	0.2141	0.6496	3.4192	0.1878	0.2076	0.1497
	0.0824	0.1959	0.8077	0.1108	0.6144	0.2969	0.1271	0.0421	9.4901	0.0582	0.2055	0.2183	0.4145	12.2660	0.1692	0.3102	0.1863	5.0353
	0.9393	0.1128	0.1630	0.0273	2.7244	0.2994	0.2772	0.0239	0.1809	6.7234	0.8753	0.2203	1.2657	0.2463	0.3929	0.0260	1.7439	0.0885	0.2341

	0.1218	0.0282	0.0184	0.0187	0.0281	0.0209	0.0213	0.0435	0.0150	0.1071	0.1578	0.0254	0.0360	0.0533	0.0151	0.0596	0.0544	0.0088	0.0324	0.1343
   ;

[ main definition of Eukaryote XB model with fixed component rates ]
model EukXB = MIX{EukBurXB:0.83827184,EukExpXB:1.16172816};


[ ---------------------------------------------------------
   Pandey and Braun model estimated using the Jarvis
   dataset 
  --------------------------------------------------------- ]

[ Exposed component Jarvis ]
model JarExpXB =
	0.0633
	0.0449	0.0543
	0.4177	0.0269	1.9205
	0.9534	4.9621	0.2407	0.2434
	0.0814	1.8584	0.0439	0.0306	0.2034
	0.3517	0.0496	0.0606	1.7993	0.1646	0.7096
	1.5688	1.1158	0.1744	1.0530	1.8730	0.0814	0.7001
	0.0958	3.5923	2.0159	0.6262	7.5289	3.0574	0.0654	0.1286
	0.0934	0.2208	0.6727	0.0777	0.6226	0.0297	0.0350	0.0175	0.1386
	0.2792	0.4752	0.0567	0.0794	1.7651	0.7868	0.0777	0.1442	1.1906	4.5641
	0.0585	2.1615	0.8664	0.0178	0.0498	0.5740	0.5267	0.0601	0.0154	0.1920	0.0689
	0.2056	0.6282	0.0445	0.0112	0.1033	0.1259	0.0611	0.0592	0.0174	13.6145	5.8774	0.4261
	0.3366	0.2715	0.0551	0.1825	9.9197	0.1241	0.0759	0.2025	0.5082	3.7452	10.5251	0.2059	0.4541
	1.3698	0.2064	0.0298	0.0554	0.4191	0.6396	0.0384	0.0858	0.8653	0.0696	2.6881	0.0344	0.0026	0.2849
	1.2886	0.4462	2.9167	0.0747	4.9991	0.0650	0.0369	1.6324	0.1813	0.5722	1.0722	0.0628	0.0321	2.0295	1.4997
	6.3668	0.3267	1.0207	0.0358	0.4165	0.0565	0.0308	0.0586	0.0752	4.9455	0.1522	0.3496	7.2881	0.1493	0.8759	1.7394
	5.2741	22.7581	1.5980	0.6382	64.6945	11.4195	2.8654	8.8244	1.9926	4.8269	13.7351	1.1786	8.0840	5.1122	4.8024	3.0664	2.9448
	0.0888	0.0498	0.6714	0.6369	25.2944	0.0538	0.0580	0.0912	9.4039	0.2364	0.3185	0.0277	0.2121	11.8789	0.0551	0.4410	0.0742	5.8193
	6.1255	0.0972	0.1090	0.2566	1.1519	0.0533	0.2876	1.2516	0.0458	20.6031	4.8427	0.0690	12.4725	2.0044	0.0901	0.1094	0.2790	1.8843	0.2341

	0.0687	0.0738	0.0433	0.0689	0.0078	0.0702	0.1150	0.0657	0.0254	0.0149	0.0406	0.0972	0.0132	0.0104	0.0737	0.1082	0.0546	0.0015	0.0101	0.0368
   ;

[ Buried component Jarvis ]
model JarBurXB =
	0.4938
	0.0069	0.5981
	1.0831	0.6624	9.2673
	0.5870	7.2042	0.7107	0.2928
	0.5851	16.1098	0.4875	0.7223	0.4087
	1.6352	1.2229	0.4110	15.9350	0.4849	12.3965
	4.0611	4.8786	0.6196	4.2925	2.7991	0.5854	3.5408
	0.1264	16.0193	6.3285	1.9652	2.5358	12.5016	0.6799	0.5352
	0.0457	0.3431	0.5020	0.0318	0.2212	0.0424	0.1756	0.0318	0.0775
	0.2082	0.9204	0.0760	0.1016	0.4726	1.0039	0.3357	0.2554	0.5573	1.3698
	0.3530	30.4528	5.8998	0.0001	0.0129	9.0327	9.0873	0.6592	0.0140	0.2293	0.1834
	0.2413	0.9951	0.0808	0.1431	0.2358	0.3541	0.4821	0.1417	0.1495	5.1397	2.9168	1.5559
	0.1558	0.2536	0.1109	0.1534	1.7624	0.1455	0.2264	0.1927	0.2557	0.6369	2.6584	0.2112	0.1874
	3.9874	2.3370	0.3607	0.6928	0.7422	3.8940	0.7711	0.8002	3.3799	0.2059	2.6824	0.8767	0.2067	0.3812
	4.8194	3.6473	14.1896	0.6216	7.1371	1.0134	0.8476	5.5811	0.6693	0.4482	0.9918	0.7336	0.1116	1.2953	8.6407
	12.1509	1.5697	3.5556	0.4794	0.3249	0.4577	0.6311	0.2210	0.2336	3.7585	0.1985	2.3969	7.0057	0.0664	3.4474	6.9637
	0.2139	5.2147	0.0001	0.3435	4.0637	2.0425	0.4912	1.3860	0.1721	0.0535	0.7502	0.2889	0.3573	0.9293	1.3076	0.8465	0.1752
	0.0739	0.2769	0.8251	0.5940	5.8738	0.4033	0.2180	0.1295	8.3085	0.0844	0.1089	0.1002	0.0614	3.3186	0.2082	0.8673	0.0645	0.8233
	4.3810	0.1651	0.2144	0.3188	0.4414	0.0841	0.8553	1.3295	0.0685	10.7252	1.7925	0.3116	6.2979	0.5985	0.3487	0.2438	0.6933	0.1463	0.2341

	0.0787	0.0332	0.0206	0.0202	0.0345	0.0245	0.0203	0.0463	0.0268	0.0815	0.1780	0.0178	0.0340	0.0666	0.0332	0.0606	0.0489	0.0198	0.0454	0.1090
   ;

[ main definition of Jarvis XB model with fixed component rates ]
model JarXB = MIX{JarBurXB:0.743611345,JarExpXB:1.256388655};


[ ---------------------------------------------------------
   Pandey and Braun model estimated using the Mammal
   dataset 
  --------------------------------------------------------- ]

[ Exposed component Mammal ]
model MamExpXB =
	0.0615
	0.0530	0.1213
	1.5090	0.0202	5.9998
	0.1532	4.7831	0.1414	0.1278
	0.0550	4.4010	0.0512	0.0243	0.0690
	1.4073	0.1040	0.0686	5.6370	0.0058	1.7192
	4.9067	4.1631	0.4288	4.3497	4.0536	0.0825	2.9822
	0.0860	9.2576	6.8922	1.9116	8.3099	10.2492	0.0319	0.1299
	0.2061	0.9570	1.9618	0.0946	0.2078	0.0178	0.0171	0.0859	0.0191
	0.2076	0.9703	0.0190	0.0095	0.5464	1.5724	0.0393	0.0145	2.9796	8.6329
	0.0810	7.6152	2.6343	0.0397	0.0007	1.8335	1.9553	0.0898	0.0117	0.6408	0.0333
	0.3788	1.6494	0.0331	0.0191	0.1960	0.1227	0.0846	0.1183	0.0105	24.0798	9.4544	1.4714
	0.3013	0.1686	0.1247	0.0850	11.9194	0.0225	0.0870	0.0923	0.6190	6.8996	23.8826	0.0470	0.0964
	4.4159	0.7292	0.0001	0.0138	0.2467	2.4451	0.0109	0.0039	3.0671	0.0642	7.0016	0.0334	0.0468	0.3125
	4.2114	1.1299	9.0161	0.0962	7.2205	0.0366	0.0233	3.9465	0.2449	1.1044	2.3125	0.0664	0.0553	4.6849	5.2219
	25.6300	0.9167	3.1818	0.0232	0.0883	0.0455	0.0392	0.0899	0.0524	16.1416	0.1193	1.2442	11.4616	0.0361	3.0215	4.2796
	0.0237	5.2173	0.0002	0.0001	4.6179	1.6175	0.0316	1.5614	0.1183	0.0905	2.7288	0.0183	0.4356	0.2989	0.1256	0.5555	0.0695
	0.0628	0.1568	2.2018	1.6892	30.0150	0.1046	0.0471	0.0459	23.0947	0.1198	0.1991	0.0230	0.1228	19.8711	0.0438	1.4671	0.0448	0.6656
	24.2283	0.0859	0.0466	0.9314	0.2209	0.0569	0.8296	3.8943	0.0438	50.2106	9.9300	0.0898	29.3493	6.2088	0.1071	0.1024	0.5096	0.3706	0.2341

	0.0467	0.0654	0.0530	0.0710	0.0137	0.0654	0.1109	0.0522	0.0259	0.0263	0.0460	0.0975	0.0154	0.0132	0.0642	0.1167	0.0603	0.0048	0.0151	0.0363
   ;

[ Buried component Mammal ]
model MamBurXB =
	0.1187
	0.0243	0.2325
	1.8574	0.2893	20.8649
	0.0514	7.9362	0.3425	0.3957
	0.1011	17.6014	0.2480	0.1180	0.1609
	2.3756	0.4742	0.5976	28.8784	0.0274	12.2137
	3.1786	4.5220	0.6067	8.0890	2.9222	0.1603	4.7482
	0.0620	19.6652	10.5137	3.5017	4.1849	20.4312	0.0100	0.1699
	0.0624	0.5737	1.4453	0.0534	0.0526	0.0256	0.0273	0.0105	0.0355
	0.0567	0.9322	0.0316	0.0336	0.1382	1.1359	0.0847	0.0279	0.9246	2.0940
	0.1805	40.9201	11.0459	0.1935	0.0187	10.2838	13.6904	0.2575	0.2286	0.8146	0.0677
	0.0986	1.7449	0.0494	0.0214	0.0456	0.1873	0.0877	0.0613	0.0678	10.3620	3.7913	4.1971
	0.0461	0.1142	0.0804	0.0829	2.7375	0.0551	0.0675	0.0307	0.2161	0.9827	3.9715	0.0377	0.0414
	4.0000	1.9410	0.0001	0.0988	0.1173	4.4514	0.1180	0.0376	4.2697	0.0879	3.0035	0.0949	0.0361	0.1844
	4.4813	2.3937	20.4767	0.3667	6.2995	0.2073	0.1191	5.1000	0.3613	0.6035	0.9926	0.4196	0.0239	1.8739	11.2073
	17.7232	1.3921	5.3202	0.1545	0.0890	0.1447	0.1168	0.0891	0.1030	6.6347	0.0656	3.1416	8.4653	0.0224	4.8618	6.9610
	0.0065	5.1988	0.0701	0.0001	3.3317	0.7385	0.2198	0.7606	0.0001	0.0055	0.8221	0.0001	0.1970	0.1452	0.0956	0.3250	0.0006
	0.0059	0.0571	2.5468	1.8357	13.9772	0.1110	0.0994	0.0280	17.4231	0.0629	0.0604	0.1077	0.0453	5.7468	0.0808	0.8306	0.0220	0.1872
	6.9378	0.0885	0.0591	0.7886	0.0795	0.0298	1.2893	1.4414	0.0170	15.8940	2.0523	0.1194	9.0556	0.9489	0.0998	0.0756	0.4912	0.0588	0.2341

	0.0707	0.0290	0.0228	0.0190	0.0330	0.0232	0.0203	0.0529	0.0239	0.0888	0.1738	0.0182	0.0299	0.0684	0.0320	0.0742	0.0529	0.0176	0.0427	0.1067
   ;

[ main definition of Mammal XB model with fixed component rates ]
model MamXB = MIX{MamBurXB:0.694765783,MamExpXB:1.305234217};


[ ---------------------------------------------------------
   Pandey and Braun model estimated using the Oomycete
   dataset 
  --------------------------------------------------------- ]

[ Exposed component Oomycete ]
model OomyExpXB =
	0.3646
	0.7157	0.3432
	1.1096	0.0343	5.0530
	1.7908	4.6699	1.2736	0.3983
	2.4127	2.3553	1.6213	0.2744	0.6453
	2.5550	0.1144	0.2027	7.6998	0.2203	3.7366
	2.3799	0.3903	2.1658	1.1480	1.9566	0.2045	0.3669
	0.7871	3.7062	9.6853	1.0615	2.5121	8.7099	0.3019	0.5463
	0.1230	0.4947	0.6337	0.0077	3.9882	0.1313	0.0557	0.0551	0.0001
	1.0619	1.1332	0.2255	0.0580	2.5012	3.2006	0.1769	0.0690	2.0950	23.1419
	0.9269	4.2987	2.1201	0.0892	0.0001	3.7445	0.7401	0.1790	0.5204	0.2342	0.3930
	2.1679	0.3427	1.0273	0.0727	2.6895	2.5594	0.2372	0.1910	0.4191	22.8318	33.5407	1.0991
	0.3397	0.1362	0.3744	0.1006	10.9857	0.1171	0.0001	0.0258	3.9476	4.8574	11.2143	0.0384	4.9162
	3.0577	0.2794	0.0542	0.1804	0.1015	0.8333	0.2831	0.1373	0.4950	0.0316	0.9955	0.2298	0.0452	0.1029
	9.6095	0.9568	7.4478	0.9272	10.3998	1.2774	0.2830	3.0443	1.4260	0.3569	1.0425	0.4907	1.1187	1.0089	1.8452
	6.7842	0.5252	4.0451	0.4860	2.2480	1.7365	0.5611	0.1779	1.0849	5.4740	0.8535	1.9327	7.1569	0.2782	0.6739	12.9148
	0.3739	0.2579	0.1393	0.1618	13.8965	0.1411	0.1158	0.2877	1.1356	0.9895	2.8634	0.1275	1.9835	6.9440	0.1134	0.3293	0.2173
	0.3548	0.3169	0.9163	0.1439	14.6779	0.2043	0.0501	0.0111	17.7970	1.3831	1.3406	0.1100	0.4376	62.0224	0.0931	0.7348	0.3143	5.5772
	7.3021	0.2818	0.4688	0.1107	2.9236	0.7580	1.1283	0.2402	0.9117	65.7005	9.8739	0.4945	9.8085	2.8317	0.6019	0.3825	5.6710	0.1058	0.2341

	0.0879	0.0812	0.0494	0.0932	0.0048	0.0625	0.1144	0.0659	0.0288	0.0140	0.0351	0.1071	0.0124	0.0110	0.0515	0.0755	0.0574	0.0037	0.0113	0.0329
   ;

[ Buried component Oomycete ]
model OomyBurXB =
	0.1683
	0.2185	0.4841
	0.3190	0.1073	5.0070
	1.0714	0.5001	0.4127	0.0699
	0.6605	2.8177	1.6195	0.5621	0.0331
	1.2858	0.1826	0.8471	9.1484	0.0130	6.5877
	1.8747	0.1706	0.8894	0.6624	0.3176	0.2755	0.2686
	0.2990	2.1045	5.5899	0.7836	0.3338	6.6315	0.3258	0.1829
	0.0174	0.0326	0.1273	0.0202	0.0649	0.0254	0.0199	0.0017	0.0739
	0.1266	0.2311	0.0629	0.0149	0.1826	0.6328	0.0478	0.0160	0.3090	2.4280
	0.4996	8.6456	2.5028	0.3800	0.0001	7.0368	2.2066	0.1718	0.9118	0.1403	0.1630
	0.3785	0.3079	0.3002	0.0001	0.1768	1.2408	0.0447	0.0001	0.2366	3.3269	4.8218	0.8646
	0.1130	0.0780	0.0910	0.0167	0.3705	0.0503	0.0365	0.0196	0.4724	0.3299	1.2703	0.0021	0.6058
	1.3037	0.2272	0.0306	0.1306	0.0001	0.3738	0.2501	0.0782	0.2669	0.0349	0.0843	0.2903	0.0601	0.0155
	7.0699	0.8054	5.1326	0.7113	4.0070	1.1260	0.5996	1.5200	0.8385	0.0726	0.1131	0.7488	0.1799	0.1987	1.0740
	3.1441	0.3191	2.0057	0.1965	0.8960	1.2253	0.6947	0.0756	0.2747	0.7428	0.1838	2.0042	2.1808	0.0986	0.3889	8.7383
	0.0612	0.2847	0.0001	0.0389	0.2777	0.0232	0.0001	0.0347	0.1763	0.0001	0.2324	0.1416	0.1588	0.6397	0.0488	0.0617	0.0385
	0.0691	0.0286	0.3244	0.1435	0.7714	0.1950	0.0518	0.0317	5.5045	0.0145	0.1443	0.0540	0.0838	8.7646	0.0001	0.4011	0.0745	0.8148
	1.7252	0.0971	0.0587	0.0369	0.6989	0.2505	0.3887	0.0155	0.0659	8.5542	1.3103	0.2258	1.4789	0.2878	0.1511	0.0952	1.3344	0.0294	0.2341

	0.0929	0.0354	0.0220	0.0250	0.0264	0.0232	0.0230	0.0558	0.0260	0.0871	0.1610	0.0190	0.0348	0.0660	0.0277	0.0480	0.0489	0.0171	0.0427	0.1178
   ;

[ main definition of Oomycete XB model with fixed component rates ]
model OomyXB = MIX{OomyBurXB:0.621670077,OomyExpXB:1.378329923};

[ ---------------------------------------------------------
   Pandey and Braun model estimated using the Plant
   dataset 
  --------------------------------------------------------- ]

[ Exposed component Plant ]
model PlantExpXB =
	0.0514
	0.0754	0.0710
	0.2285	0.0030	1.6394
	0.4517	1.8061	0.5815	0.0676
	0.1907	0.8700	0.2500	0.0370	0.1462
	0.3554	0.0072	0.0602	1.8812	0.0244	1.0614
	0.9129	0.2898	0.5495	0.4481	0.9774	0.1008	0.2778
	0.0901	1.7889	3.0575	0.5738	3.2448	4.1090	0.0661	0.1650
	0.1335	0.1539	0.6943	0.0001	0.3403	0.0403	0.0221	0.0081	0.3145
	0.2094	0.2816	0.0186	0.0179	0.9460	0.9485	0.0405	0.0353	1.1762	5.8828
	0.0762	1.7591	0.9207	0.0065	0.0001	0.7266	0.2258	0.0755	0.0377	0.1944	0.0411
	0.5230	0.3968	0.1529	0.0191	0.3921	0.3480	0.1082	0.1580	0.1126	6.5319	6.4360	0.5372
	0.0683	0.0581	0.0001	0.0247	3.2263	0.0001	0.0004	0.0287	0.6901	2.2972	4.9960	0.0062	0.5063
	1.0559	0.1297	0.0150	0.0381	0.0833	0.5998	0.0404	0.0359	0.6660	0.1094	0.7930	0.0344	0.0493	0.0660
	1.7723	0.2178	1.5690	0.1046	4.3085	0.1372	0.0384	0.5937	0.2449	0.1266	0.7362	0.0735	0.1405	0.7208	1.0146
	2.2964	0.2296	1.3096	0.0506	0.5224	0.1330	0.0824	0.0899	0.1823	3.4566	0.1507	0.4260	2.2302	0.1226	0.5320	2.6759
	0.0371	0.6459	0.0001	0.0001	2.5969	0.2388	0.0169	0.3071	0.1393	0.0511	1.1108	0.0489	0.6692	2.0594	0.0178	0.1725	0.0335
	0.0567	0.0295	0.5204	0.1549	3.7439	0.0105	0.0086	0.0314	6.8059	0.1842	0.3175	0.0082	0.0677	11.8185	0.0696	0.3800	0.0668	1.9425
	2.6909	0.0487	0.0789	0.1226	0.8185	0.0810	0.3526	0.3327	0.1171	16.2038	2.9970	0.0973	2.7737	0.9598	0.1804	0.0815	0.9701	0.0001	0.2341

	0.0713	0.0746	0.0520	0.0869	0.0049	0.0522	0.1220	0.0672	0.0187	0.0179	0.0349	0.1132	0.0122	0.0137	0.0500	0.1070	0.0516	0.0033	0.0123	0.0341
   ;

[ Buried component Plant ]
model PlantBurXB =
	0.0757
	0.0284	0.4536
	0.3085	0.0018	8.1967
	0.4658	1.3147	0.5472	0.0503
	0.2635	4.5735	1.3168	0.2679	0.1675
	0.8216	0.1786	0.7005	10.7337	0.0143	6.6649
	2.5418	0.7937	0.9684	0.8330	0.4964	0.1615	0.7882
	0.0620	3.7179	7.0815	1.4589	0.5623	9.2817	0.3554	0.1534
	0.0262	0.1643	0.4570	0.0502	0.2022	0.0085	0.0110	0.0154	0.0621
	0.1084	0.3034	0.0380	0.0263	0.2108	0.7309	0.0405	0.0192	0.4707	2.5584
	0.1349	14.2654	5.1192	0.0880	0.0001	4.7067	2.3076	0.2201	0.0667	0.2727	0.0936
	0.2743	0.5116	0.3792	0.0345	0.1696	0.5210	0.2908	0.0529	0.0910	4.6268	4.5560	1.5292
	0.0514	0.0964	0.0826	0.0122	0.8904	0.0149	0.0212	0.0288	0.4476	0.7868	2.2720	0.0473	0.3876
	1.8750	0.6144	0.4520	0.1820	0.0345	1.8878	0.3231	0.1852	1.4741	0.0673	0.5641	0.2702	0.1087	0.1742
	5.6731	1.3860	6.0356	0.4736	5.3375	0.7522	0.3679	1.6582	0.7508	0.1393	0.5182	0.7769	0.1960	0.9003	3.9578
	4.0821	0.8083	3.2035	0.2649	0.4690	0.2408	0.2503	0.0689	0.2518	1.9927	0.1341	1.7595	3.4583	0.0817	1.4027	8.8126
	0.0048	0.5046	0.0768	0.0092	0.5838	0.1854	0.0315	0.1120	0.1006	0.0001	0.2960	0.0428	0.1111	0.5267	0.0254	0.1923	0.0001
	0.0122	0.1072	0.9530	0.0835	1.6951	0.0804	0.0621	0.0259	6.4473	0.0248	0.0621	0.0225	0.0669	6.8244	0.0540	0.4053	0.0335	0.4786
	2.2346	0.0756	0.0636	0.1047	0.3323	0.0674	0.3521	0.0733	0.0401	8.5538	1.3865	0.0937	1.7282	0.3568	0.1375	0.0798	0.9843	0.0149	0.2341

	0.0952	0.0335	0.0230	0.0262	0.0240	0.0216	0.0241	0.0581	0.0247	0.0901	0.1521	0.0239	0.0283	0.0655	0.0259	0.0626	0.0434	0.0182	0.0424	0.1171
   ;

[ main definition of Plant XB model with fixed component rates ]
model PlantXB = MIX{PlantBurXB:0.677105028,PlantExpXB:1.322894972};


[ ---------------------------------------------------------
   Pandey and Braun model estimated using the Prum
   dataset 
  --------------------------------------------------------- ]

[ Exposed component Prum ]
model PrumExpXB =
	0.0210
	0.0344	0.0328
	0.2954	0.0154	1.4284
	0.0495	3.5161	0.0315	0.0220
	0.0337	2.1104	0.0217	0.0051	0.0020
	0.2848	0.0274	0.0088	2.7014	0.0011	0.4910
	2.3143	1.2678	0.1557	1.1776	1.3085	0.0168	0.6350
	0.0378	5.8625	1.8844	0.5220	1.2900	3.6541	0.0133	0.0321
	0.0681	0.1828	0.3762	0.0195	0.0337	0.0026	0.0057	0.0356	0.0656
	0.0694	0.2883	0.0040	0.0119	0.1249	0.4722	0.0101	0.0131	0.9228	3.1662
	0.0178	3.2341	0.6931	0.0072	0.0005	0.4351	0.3827	0.0145	0.0109	0.1290	0.0076
	0.1303	0.4263	0.0100	0.0001	0.0982	0.0196	0.0089	0.0174	0.0041	8.1784	4.2895	0.3036
	0.0340	0.0128	0.0080	0.0206	2.2858	0.0001	0.0026	0.0077	0.0399	1.0862	6.8405	0.0001	0.0001
	1.8645	0.1812	0.0021	0.0101	0.0639	0.9065	0.0027	0.0205	0.8774	0.0138	2.6320	0.0065	0.0001	0.0200
	1.3582	0.3350	3.5726	0.0158	2.0989	0.0155	0.0066	2.5733	0.0379	0.2726	0.8122	0.0082	0.0047	0.8525	1.6264
	9.8688	0.3150	1.1730	0.0064	0.0327	0.0169	0.0119	0.0169	0.0205	3.6174	0.0349	0.2461	6.4404	0.0405	1.1275	1.6235
	0.0340	4.4872	0.0184	0.0001	2.1082	1.3077	0.0167	0.7028	0.0001	0.0001	1.6734	0.0001	0.1188	1.9836	0.0001	0.4113	0.0094
	0.0359	0.0171	0.4093	0.4675	6.4574	0.0194	0.0012	0.0186	6.5705	0.0061	0.0745	0.0062	0.0001	7.1955	0.0095	0.2917	0.0001	2.5558
	7.8978	0.0160	0.0116	0.1356	0.0462	0.0163	0.1576	1.4171	0.0001	15.0066	3.8383	0.0156	11.6908	0.9479	0.0099	0.0197	0.1215	0.0467	0.2341

	0.0574	0.0504	0.0476	0.0635	0.0129	0.0703	0.1008	0.0570	0.0255	0.0257	0.0430	0.0838	0.0165	0.0125	0.0731	0.1341	0.0661	0.0025	0.0132	0.0440
   ;

[ Buried component Prum ]
model PrumBurXB =
	0.0461
	0.1116	0.0743
	0.5107	0.0399	4.7996
	0.0633	3.5107	0.0181	0.0227
	0.0320	6.1261	0.0617	0.1171	0.0192
	0.6208	0.1110	0.0558	10.0598	0.0132	2.8226
	3.1789	1.6164	0.2860	2.0373	1.3642	0.0630	1.8192
	0.0412	7.2837	2.6090	0.6303	0.4931	6.8281	0.0721	0.0649
	0.0258	0.1730	0.4957	0.0001	0.0281	0.0126	0.0553	0.0089	0.0105
	0.0366	0.3326	0.0037	0.0054	0.0316	0.4226	0.0213	0.0153	0.3296	1.2544
	0.0436	10.4994	3.0446	0.0001	0.0001	2.9676	3.0529	0.0774	0.0285	0.2136	0.0206
	0.1370	0.6575	0.0133	0.0127	0.0506	0.0441	0.0201	0.0001	0.0234	7.8905	2.0580	1.0975
	0.0462	0.0135	0.0121	0.0194	0.8227	0.0053	0.0001	0.0031	0.0222	0.3675	1.5939	0.0001	0.0001
	2.4775	0.3540	0.0041	0.0095	0.0180	2.5877	0.0453	0.0476	1.3537	0.0147	1.1935	0.0025	0.0322	0.0217
	1.9140	0.6667	7.6660	0.0150	1.6469	0.0316	0.0132	4.8106	0.0291	0.1496	0.3816	0.0544	0.0419	0.4599	3.5273
	11.5114	0.6374	2.3516	0.0336	0.0206	0.0692	0.0303	0.1062	0.0075	2.3315	0.0271	1.2551	5.9577	0.0297	2.1662	2.8605
	0.0064	2.4919	0.0001	0.0001	1.2730	0.2807	0.0691	0.2923	0.0001	0.0057	0.2953	0.0009	0.0001	0.0475	0.0180	0.0657	0.0001
	0.0143	0.0696	0.3176	0.4348	5.1325	0.0304	0.0184	0.0053	3.9134	0.0223	0.0252	0.0827	0.0048	2.5608	0.0151	0.2514	0.0387	0.1048
	4.2919	0.0245	0.0122	0.1828	0.0538	0.0534	0.3611	1.2156	0.0024	9.8915	1.2478	0.0683	8.6119	0.2384	0.0049	0.0223	0.1351	0.0086	0.2341

	0.0786	0.0297	0.0221	0.0186	0.0345	0.0243	0.0175	0.0439	0.0307	0.0717	0.1605	0.0140	0.0286	0.0608	0.0473	0.1027	0.0591	0.0153	0.0406	0.0995
   ;

[ main definition of Prum XB model with fixed component rates ]
model PrumXB = MIX{PrumBurXB:0.761604637,PrumExpXB:1.238395363};


[ ---------------------------------------------------------
   Pandey and Braun model estimated using the Yeast
   dataset 
  --------------------------------------------------------- ]

[ Exposed component Yeast ]
model YeastExpXB =
	0.0909
	0.1886	0.1499
	0.1598	0.0128	1.0451
	1.1970	0.9127	0.5014	0.0928
	0.4220	0.4950	0.3802	0.0952	0.1232
	0.3909	0.0258	0.1137	1.2864	0.0450	0.8223
	0.8165	0.1464	0.6759	0.3550	0.7437	0.1128	0.1579
	0.2041	0.8642	1.6297	0.2026	1.0255	1.7351	0.0893	0.1871
	0.1650	0.1190	0.1884	0.0176	0.7037	0.0889	0.0383	0.0235	0.1166
	0.2491	0.1575	0.0632	0.0179	0.6319	0.4144	0.0499	0.0252	0.3255	3.4785
	0.1802	1.5401	0.4502	0.0292	0.0582	0.6120	0.1692	0.0909	0.1934	0.1195	0.0748
	0.5584	0.3080	0.1946	0.0317	0.6040	0.5864	0.0732	0.1011	0.2138	4.4281	5.6520	0.3287
	0.1495	0.0370	0.0666	0.0236	1.8124	0.0195	0.0139	0.0398	0.7673	1.0343	1.9807	0.0161	0.8480
	0.8629	0.0846	0.0671	0.0877	0.1315	0.2752	0.1005	0.1158	0.2304	0.0878	0.1859	0.0868	0.0797	0.0783
	1.9304	0.1561	1.0946	0.1916	2.6359	0.3439	0.1068	0.7215	0.2758	0.0866	0.2574	0.1224	0.3082	0.2695	0.5537
	1.1887	0.1876	0.8278	0.0991	0.8193	0.3129	0.1477	0.1120	0.2301	1.2104	0.2215	0.2969	1.1517	0.1104	0.2603	2.0709
	0.0665	0.1812	0.0148	0.0120	1.6440	0.0373	0.0180	0.0760	0.2864	0.0736	0.4885	0.0188	0.3348	1.4484	0.0475	0.1120	0.0561
	0.1090	0.0640	0.2219	0.0720	2.7589	0.0707	0.0325	0.0401	3.9511	0.2127	0.3281	0.0261	0.2567	10.0169	0.0470	0.1591	0.0766	1.6654
	1.6444	0.1014	0.1137	0.0691	2.1346	0.2300	0.2203	0.0929	0.1727	11.3448	1.5312	0.1096	2.0772	0.5651	0.2234	0.1427	1.3541	0.0498	0.2341

	0.0581	0.0652	0.0703	0.0906	0.0031	0.0594	0.1233	0.0418	0.0202	0.0247	0.0434	0.1373	0.0105	0.0155	0.0294	0.1002	0.0567	0.0033	0.0174	0.0296
   ;

[ Buried component Yeast ]
model YeastBurXB =
	0.3605
	0.5349	2.8250
	1.2083	0.4056	35.6926
	5.7886	1.3701	2.2908	0.4163
	1.3613	9.6970	8.1324	3.1217	0.4946
	2.2104	0.9574	3.4846	50.8486	0.1646	29.2336
	10.6844	1.4460	6.0700	5.3171	2.9657	1.0537	2.6504
	0.5949	8.1277	27.3707	4.5266	1.4890	26.6634	2.3984	0.6679
	0.2378	0.2753	0.6719	0.0847	0.5877	0.2580	0.1605	0.0424	0.2264
	0.3038	0.4223	0.3105	0.0893	0.8182	1.5911	0.2317	0.0646	0.8005	5.7209
	0.6774	45.9528	12.0577	1.4354	0.1918	17.6276	8.4390	1.0220	2.6642	0.4050	0.3861
	1.1274	1.2770	1.3823	0.2386	1.1140	3.9556	0.7202	0.2707	0.6562	9.8236	13.3285	2.5801
	0.1908	0.1224	0.3398	0.1293	1.5218	0.1757	0.1049	0.1010	1.9547	1.3025	3.6059	0.1037	2.4887
	5.0295	1.0429	1.3902	1.8822	0.4158	4.0790	2.0152	1.0189	2.0701	0.2411	0.5227	1.4693	0.3359	0.2260
	18.4867	1.7127	15.7707	3.3302	13.2159	3.9261	2.1476	7.6715	2.4520	0.1863	0.5570	1.8419	1.1876	0.6523	5.4482
	8.2904	1.6070	9.7662	1.5240	4.5968	2.9854	2.0558	0.6878	1.2162	3.2874	0.6592	3.9302	5.3878	0.2778	2.5396	19.6102
	0.1050	0.7125	0.1936	0.1272	0.9269	0.4313	0.1540	0.2230	1.2275	0.0936	0.4955	0.1045	0.6999	2.8026	0.1394	0.4273	0.1885
	0.1933	0.4540	1.9162	0.3912	2.3875	0.6415	0.2425	0.1194	18.9852	0.2443	0.4654	0.2255	0.4895	17.8532	0.2458	0.7332	0.3227	3.5436
	4.9954	0.2486	0.4889	0.2661	3.5080	0.6607	0.9456	0.2199	0.3567	21.9879	2.6213	0.5756	3.9373	0.7719	0.8018	0.4095	5.1778	0.0891	0.2341

	0.0840	0.0269	0.0232	0.0164	0.0207	0.0208	0.0229	0.0317	0.0155	0.1203	0.1801	0.0301	0.0268	0.0739	0.0155	0.0702	0.0489	0.0150	0.0516	0.1054
   ;

[ main definition of Yeast XB model with fixed component rates ]
model YeastXB = MIX{YeastBurXB:0.726989986,YeastExpXB:1.273010014};

end;