senegal_covid19.Rmd

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title: "Donnees Quotidiennes Des Cas de COVID 19 Au Senegal"   
output:
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: rows
    vertical_layout: scroll
    theme: bootstrap
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```{r setup, include=FALSE}
# options(scipen = 12)
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE,
                      message = FALSE,
                      comment = NA,
                      error   = FALSE,
                      warning = FALSE,
                      cache = FALSE)

source("R/sencovid19_new.R")

decedes <- total_decedes 
gueris <- total_gueris
total <- total_confirmes
# testes <- last(sencovid_cumule$nombre_testes)
today_pos <- last(covid19_sen$confirmed_daily)

library(knitr)
library(rmarkdown)
library(flexdashboard)
library(shiny)
library(tsibble)
library(tidycovid19)
library(scales)

```

# Sommaire

</br>

Les donnees proviennent principalement des communiques officiels du ministere de la sante du gouvernement du Senegal. Les dernieres donnees sont en date du **`r last_date`**. Ouvrez les onglets ci-dessus pour les courbes epidemiologiques, la comparison avec d'autres pays, et les sources d'information y compris les codes `R`.

</br>

## Row

### Gueris

```{r}
valueBox(value = gueris,
         icon = "fa-thumbs-up",
         color = "#35B779FF")
 

```

### Confirmes

```{r}
flexdashboard::valueBox(value = total,
                        icon = "fa-area-chart",
                        color =  "#FDE725FF")
 

```

### Decedes

```{r}
valueBox(value = decedes,
         icon = "fa-heartbeat",
         color = "#F1605DFF")

```

</br>

# Epicurves

-   Les barres en vert indiquent les cas confirmes quotidiennement.\
-   La ligne rouge represente une semaine de moyenne mobile.
-   En defilant vers le bas vous verrez la courbe cumulative des cas confirmes.

## Row

### Epicurve - Incidence

```{r epicurvec, layout="l-body-outset", fig.width= 8, fig.height= 6.5, fig.cap=''}

sen_epic2

```

</br> </br>

## Row

### Epicurve - Cumulative

Cette ligne montre le compte cummulatif quotidien des cas confirmes depuis le premier cas en Mars.

```{r epi_cc, layout="l-body-outset", fig.width= 8, fig.height= 6.5, fig.cap=''}

cum_epi

```

</br>

# Comparison Mondiale

</br>

## Row

### Senegal compare Au Reste du Monde Depuis Le 100eme Cas

```{r world, layout="l-body-outset", fig.width= 8, fig.height= 6.5, fig.cap=''}
# 
# Download latest data
# updates <- download_merged_data(cached = TRUE)
# Countries to highlight
countries <- c("SEN", "ZAF","MAR","FRA", "ITA", "ESP", "USA", "CHN")
w_plot <- updates_x %>%
  plot_covid19_spread(
    highlight = countries,
    type = "confirmed",
    edate_cutoff = 350
  ) +
  geom_line(size = 1.5)

ggplotly(w_plot)

```

</br>

# Sources pour Confirmation et Dernieres Nouvelles

</br>

## Row

### Communiques Quotidiens et Tableau de Bord

[Communiques Quotidiens Du Ministere De La Sante Du Senegal](http://www.sante.gouv.sn/Pr%C3%A9sentation/coronavirus-informations-officielles-et-quotidiennes-du-msas){target="_blank"}

[Tableau de Bord](https://cartosantesen.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/260c7842a77a48c191bf51c8b0a1d3f6){target="_blank"}

</br>

Voir aussi la page [GitHub](https://github.com/epinotes/sencovid19) pour les codes R.

</br>

## Row

### Tableau Des Cas Confirmes Par Jour

```{r daily ,fig.width = 5}
sen_dt %>% 
         DT::datatable(caption = "Nombre de Cas Confirmes, decedes et gueris par Date",

                rownames = FALSE,

                extensions = 'Buttons',

              filter = list(position = 'top', clear = FALSE),

              options = list(autoWidth = TRUE,

                  pageLength = 10, dom = 'Bfrtip',

    buttons = c('copy', 'csv'),

    columnDefs = list(list(className = 'dt-left', targets = c(0,1)))

  ))
```