README

Le programme 'nwPOO.py' réalise l'alignement de 2 séquences à partir de 2 fichiers au format .fasta
Il retournera également la matrice des scores, la matrice des traceback, le nombre de matchs, de mismatchs (intra ou extra), de gaps et le score de l'alignement.


Il traitera uniquement la première séquence de chaque fichier .fasta. Il faut au moins 1 séquence pour que le programme fonctionne.
Chaque séquence doit se trouver dans le fichier au format fasta, c'est à dire :

>titreDeLaSequence
SEQUENCEDACIDESAMINES


Pour fonctionner, les fichiers 'nwPOO.py', 'MatriceTraceback', 'MatriceScore', 'LecteurFasta' et 'fichier.fasta' doivent se trouver dans le même répertoire.

Avant de lancer le programme 'nwPOO.py', il faut installer l'extension 'numpy'.
Pour cela, ouvrez un terminal de commande et coller la ligne suivante :
	pip3 install numpy

Pour modifier les valeurs de point des matchs, missmatchs et gaps, rendez-vous  dans les fichier 'MatriceTraceback' ET 'MatriceScore' à la ligne 17.
	Remplacez les valeurs de chaque score par les valeurs souhaitées dans chacun des 2 fichiers.