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dev.Dockerfile
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dev.Dockerfile
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## NOTE ##
## This Dockerfile mimics a development install. The Dockerfile that mimics a ##
## pip install is now the default Dockerfile. This prevents an issue where the ##
## dev Dockerfile runs out of memory when transpiling JS on Binder. ##
## RUN: docker build -f dev.Dockerfile.db -t g2nb/lab . ##
###################################################################################
#FROM g2nb/lab:24.08.2 AS lab
#
#RUN pip uninstall galahad -y && rm -r galahad
#RUN pip uninstall nbtools -y && rm -r nbtools
#
#RUN git clone https://github.com/g2nb/nbtools.git && cd nbtools && pip install . && echo 'Take 2'
#
#RUN git clone https://github.com/g2nb/galahad.git && \
# cd galahad && \
# pip install . && echo 'Take 3'
# Pull the latest known good scipy notebook image from the official Jupyter stacks
FROM jupyter/scipy-notebook:2023-04-10 AS lab
MAINTAINER Thorin Tabor <tmtabor@cloud.ucsd.edu>
EXPOSE 8888
#############################################
## ROOT ##
## Install npm ##
#############################################
USER root
RUN apt-get update && apt-get install -y npm
#############################################
## $NB_USER ##
## Install python libraries ##
#############################################
USER $NB_USER
RUN conda install -c conda-forge beautifulsoup4 blas bokeh cloudpickle dask dill h5py hdf5 jedi jinja2 libblas libcurl \
matplotlib nodejs numba numexpr numpy pandas patsy pickleshare pillow pycurl requests scikit-image scikit-learn \
scipy seaborn sqlalchemy sqlite statsmodels sympy traitlets vincent jupyter-archive jupyterlab-git && \
conda install plotly openpyxl sphinx && \
npm install -g yarn
RUN pip install --no-cache-dir plotnine bioblend py4cytoscape ndex2 qgrid ipycytoscape firecloud globus-jupyterlab boto3==1.16.30 \
vitessce[all]
RUN pip install --no-cache-dir langchain-core langchain-community langchain langchain_chroma chroma bs4 pypdf unstructured pdfkit \
fastembed langchain-openai langchain_experimental
# CUT (FOR NOW): conda install... voila
#############################################
## $NB_USER ##
## Install other labextensions ##
#############################################
RUN jupyter labextension install jupyterlab-plotly --no-build && \
printf '\nc.VoilaConfiguration.enable_nbextensions = True' >> /etc/jupyter/jupyter_notebook_config.py
#############################################
## $NB_USER ##
## Clone & install ipyuploads repo ##
#############################################
RUN git clone https://github.com/g2nb/ipyuploads.git && \
cd ipyuploads && pip install . && echo 'version 24.10 update'
#############################################
## $NB_USER ##
## Clone the nbtools repo ##
#############################################
RUN git clone https://github.com/g2nb/nbtools.git && cd nbtools && pip install .
#############################################
## $NB_USER ##
## Clone and install genepattern ##
#############################################
RUN git clone https://github.com/genepattern/genepattern-notebook.git && \
cd genepattern-notebook && \
pip install .
#############################################
## $NB_USER ##
## Clone and install jupyter-wysiwyg ##
#############################################
RUN pip install jupyter-wysiwyg
#RUN git clone https://github.com/g2nb/jupyter-wysiwyg.git && \
# cd jupyter-wysiwyg && \
# pip install .
#############################################
## $NB_USER ##
## Install igv-jupyter ##
#############################################
RUN git clone https://github.com/g2nb/igv-jupyter.git && \
cd igv-jupyter && \
pip install .
#############################################
## $NB_USER ##
## Install GalaxyLab ##
#############################################
#RUN git clone -b build_function https://github.com/jaidevjoshi83/bioblend.git && \
# cd bioblend && pip install . && \
# git clone https://github.com/tmtabor/GiN.git && \
# cd GiN && npm install @g2nb/nbtools && pip install . && \
# jupyter nbextension install --py --symlink --overwrite --sys-prefix GiN && \
# jupyter nbextension enable --py --sys-prefix GiN
RUN git clone -b build_function https://github.com/jaidevjoshi83/bioblend.git && \
cd bioblend && pip install . && pip install galaxy-gin==0.1.0a9
#############################################
## $NB_USER ##
## Install nvm and nodejs 18 ##
#############################################
ENV NVM_DIR /home/jovyan/.nvm
ENV NODE_VERSION 18.20.4
RUN wget -qO- https://raw.githubusercontent.com/nvm-sh/nvm/v0.40.1/install.sh | bash \
&& . $NVM_DIR/nvm.sh \
&& nvm install $NODE_VERSION \
&& nvm alias default $NODE_VERSION \
&& nvm use default
ENV NODE_PATH $NVM_DIR/v$NODE_VERSION/lib/node_modules
ENV PATH $NVM_DIR/v$NODE_VERSION/bin:$PATH
#############################################
## $NB_USER ##
## Install CyJupyter and CyWidget ##
#############################################
RUN git clone https://github.com/idekerlab/cy-jupyterlab.git && \
cd cy-jupyterlab && \
. $NVM_DIR/nvm.sh && \
nvm use $NODE_VERSION && \
npm install && \
npm run build && \
jupyter labextension install --debug .
RUN git clone https://github.com/g2nb/cywidget.git && \
cd cywidget && \
pip install .
#############################################
## $NB_USER ##
## Install galahad ##
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RUN git clone https://github.com/g2nb/galahad.git && \
cd galahad && \
pip install . \
&& rm /opt/conda/share/jupyter/nbtools/GiN.json
#############################################
## $NB_USER ##
## Install g2nb theme ##
#############################################
RUN git clone https://github.com/g2nb/jupyterlab-theme.git && \
cd jupyterlab-theme && \
. $NVM_DIR/nvm.sh && \
nvm use $NODE_VERSION && \
jupyter labextension install . && \
jupyter lab build && \
cd .. && cp ./nbtools/config/overrides.json /opt/conda/share/jupyter/lab/settings/overrides.json
#############################################
## $NB_USER ##
## Launch lab by default ##
#############################################
ENV JUPYTER_ENABLE_LAB="true"
ENV TERM xterm
#############################################
## ROOT ##
## Install security measures ##
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FROM lab AS secure
USER root
RUN mv /usr/bin/wget /usr/bin/.drgf && \
# mv /usr/bin/curl /usr/bin/.cdfg && \
mkdir -p /tmp/..drgf/patterns
COPY GPNBAntiCryptominer/wget_and_curl/wget /usr/bin/wget
#COPY GPNBAntiCryptominer/wget_and_curl/curl /usr/bin/curl
COPY GPNBAntiCryptominer/wget_and_curl/encrypted_patterns.zip /tmp/..drgf/patterns/
RUN chmod a+x /usr/bin/wget && \
mkdir -p /tmp/.wg && \
chmod a+rw /tmp/.wg && \
chmod -R a+rw /tmp/..drgf/patterns
USER $NB_USER