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bsmap.configure
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#################################### config file of RRBS_Kit pipeline ###################################
################################################ V1.0 ##################################################
########################## CONTACT: Shengjie Gao (gaoshengjie@genomics.org.cn) ###########################
############################# Just change the text behind '=', not anything else #########################
########################## All lines prefixed by '#' will be considered as comments ######################
############################# All contexts follows '=' are blank separated ###############################
######################################
########## Variables ###########
######################################
#Working mode : multicore, sge, slurm
Mode = multicore
#Breakpoint switch : on, off
Bpt = off
#Sge queue (qsub command arguments "-q")
SgeQueue = bc.q
#Sge project (qsub command arguments "-p")
SgeProj = HUMcccR
#Slurm partition (sbatch command arguments "-p")
SlurmPart = test
######################################
###### External Softwares #######
######################################
# Software for alignment. bowtie2 / bsmap
Alignsoft = bsmap -z 64 -p 12 -s 12 -v 10 -q 2 -m 0 -x 800
# Absolute full path for java and R
Javasoft = /usr/bin/java
Rscript = /usr/bin/R
######################################
########## Data files ###########
######################################
# Reference
Reference = /home/hellbelly/reference/hg19/hg19.fa
# Anno dir
Annodir = ./data/element/
# Adapter file name
# Adapter = NULL
Adapter = ./data/sample/adapter.fa
# Region
Region = ./data/common/sRRBS_40-300_region.bed
# Target
Target = ./data/common/Target.number
######################################
######### Sample files ##########
######################################
# Sample follows '=' are blank separated
# Name of tissue, Normal or Tumour, SE or PE, name of library, name of FlowCell, file name of read1, file name of read2, platform, target region.
Sample = K1 Normal PE HUMkfoHABDDAAPEI-8 FCC076MACXX_L1 ./data/sample/pe50normal.1.fq ./data/sample/pe50normal.2.fq illumina
Sample = K1 MVC PE HUMkfoHADDDAAPEI-2 FCC076MACXX_L1 ./data/sample/pe50tumor.1.fq ./data/sample/pe50tumor.2.fq illumina