Merge pull request #108 from inbo/sfp-114-nl-review-hvc

Sfp 114 nl review hvc

Author: hansvancalster

source/sfp/1_water/sfp_114_nl_waterstaalname_plas/01_afhankelijkheden.Rmd

@@ -1,17 +1,47 @@
 # Afhankelijkheden
 
-Procedures waarnaar in deze procedure verwezen wordt:
-
--   SOP-005: Richtlijnen voor conserveren van watermonsters, chemische variabelen en praktische handelingen op terrein
-
--   SVP-015: Bioveiligheidsmaatregelen (in opmaak)
-
--   SVP-112: Veiligheid in en rond water (in opmaak)
-
-Procedures die verwijzen naar deze procedure:
-
--   SPP-116: Abiotische staalname stilstaande wateren
-
--   SPP-117: Abiotische staalname stromende wateren
-
--   SVP-115: Veldmeting abiotiek oppervlaktewater met behulp van WTW Multi 3430 veldmeter
+```{=html}
+<!--
+Hier niets invullen.
+Indien er dependencies zijn deze invullen in de yaml sectie van index.Rmd
+-->
+```
+```{r dependencies}
+empty_table <- tibble(
+    protocol_code = character(),
+    version_number = character(),
+    params = character(),
+    appendix = logical()
+  ) %>%
+    add_row() %>%
+    rename(
+      `Protocolcode` = protocol_code,
+      `Versienummer` = version_number,
+      `Opgenomen als subprotocol` = appendix) %>%
+    pander(split.tables = Inf)
+
+if (exists("params")) {
+  if (!is.null(params$dependencies)) {
+    transpose(params$dependencies) %>%
+    as_tibble() %>%
+    mutate(protocol_code = as.character(protocol_code),
+           version_number = as.character(version_number),
+           params = as.character(params),
+           version_number = ifelse(params == "NA",
+                           paste0("[", version_number, "](../", 
+                                  version_number,"/", "index.html)"),
+                           version_number),
+           appendix = as.logical(appendix)) %>%
+    rename(
+      `Protocolcode` = protocol_code,
+      `Versienummer` = version_number,
+      `Opgenomen als subprotocol` = appendix) %>%
+    pander(split.tables = Inf)
+  } else {
+    empty_table
+  }
+} else {
+  empty_table
+}
+rm(empty_table)
+```

source/sfp/1_water/sfp_114_nl_waterstaalname_plas/06_benodigdheden.Rmd

@@ -1,7 +1,7 @@
 # Benodigdheden
 
 Tabel \@ref(tab:Tabel1) geeft een overzicht van de benodigde apparatuur en materiaal voor het nemen van een waterstaal.
-Onder [Apparatuur], [Materiaal] en [Reagentia en oplossingen] worden een aantal specifieke benodigdheden van verdere uitleg voorzien.
+Onder [Apparatuur], [Materiaal] en [Reagentia en oplossingen](#reagentia) worden een aantal specifieke benodigdheden van verdere uitleg voorzien.
 
 +-------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------------+
 | -   staalnameformulieren & protocol of digitaal alternatief | -   staalname-emmer                                                       |
@@ -35,7 +35,9 @@ Witte emmer (polyethyleen), inhoud 10 l, met maatmarkering en giettuit (figuur \
 
 Doorzichtige maatbeker (polypropyleen), inhoud 2 l, met maatmarkering, giettuit en handvat (figuur \@ref(fig:Figuur1)).
 
-![(#fig:Figuur1) Maatbeker (links) en staalname-emmer (rechts).](./media/image1.jpg){width="6.299660979877515in"}
+```{r Figuur1, fig.cap="Maatbeker (links) en staalname-emmer (rechts)."}
+include_graphics("./media/image1.jpg")
+```
 
 **Recipiënten**
 
@@ -56,7 +58,9 @@ Gebruik daarom steeds de correcte recipiënten (nummers refereren naar figuur \@
 
 -   **7**, Falcontube, 30 ml (**FT-30W**): cilindrisch buisje of tube van 30 ml met conische bodem met rechtstaand stuk, vervaardigd uit polypropyleen (PP), niet-gegradueerd, met witte schroefdop vervaardigd uit polyethyleen (PE).
 
-![(#fig:Figuur2) De 7 recipiënten die tijdens de staalname worden gevuld.](./media/image2.jpg){width="6.299660979877515in" height="3.763888888888889in"}
+```{r Figuur2, fig.cap="De 7 recipiënten die tijdens de staalname worden gevuld."}
+include_graphics("./media/image2.jpg")
+```
 
 | **recipiënt** | **beschrijving**                   | **analyse**                                                                                    |
 |---------------|------------------------------------|------------------------------------------------------------------------------------------------|
@@ -90,11 +94,15 @@ De spuiten kunnen voor meerdere staalnamepunten worden herbruikt, maar moeten da
 De spuiten worden steeds vervangen tussen sterk verschillende oppervlaktewateren en worden niet langer dan één dag gebruikt.
 Bewaar ongebruikte filters steeds in een schoon, droog en goed afgesloten zakje of ander recipiënt om contaminatie te voorkomen.
 
-![(#fig:Figuur3) Links: filters (A-20/25) met een membraan met poriëngrootte van 0,20 µm (1) en spuiten (35 ml) met een conus met Luer-lock (2) en recipiënt met salpeterzuur 65% (3) Rechts: spuit met vastgeschroefde filter.](./media/image3.jpg){width="6.299660979877515in" height="2.138888888888889in"}
+(ref:Figuur3) Links: filters (A-20/25) met een membraan met poriëngrootte van 0,20 µm (1) en spuiten (35 ml) met een conus met Luer-lock (2) en recipiënt met salpeterzuur 65% (3) Rechts: spuit met vastgeschroefde filter.
+
+```{r Figuur3, fig.cap="(ref:Figuur3)"}
+include_graphics("./media/image3.jpg")
+```
 
 **Staalnameformulier (analoog of digitaal)**
 
-Het staalnameformulier (zie SPP-116 bijlage 1) kan zowel digitaal als analoog ingevuld worden in het veld.
+Het staalnameformulier (zie [SPP-116](https://drive.google.com/file/d/1OH-WAQrHLDaW5CV8w2sUaVBPVGaEPqe5/view) bijlage 1) kan zowel digitaal als analoog ingevuld worden in het veld.
 Bij voorkeur wordt tijdens de staalname steeds de analoge versie ingevuld zodat typfouten of problemen bij gegevensopslag worden vermeden en er tevens een originele versie beschikbaar is voor controle op een later tijdstip.
 Het staalnameformulier wordt duidelijk leesbaar en volledig ingevuld met potlood, dat in tegenstelling tot inkt ook schrijft in natte omstandigheden en niet kan uitlopen.
 
@@ -104,7 +112,7 @@ Een ruime, dubbelwandige en goed afsluitende koelbox en ingevroren koelelementen
 De koelelementen mogen geen defecten (lekkage) vertonen.
 De koelelementen en de koelbox zijn bij voorkeur gemakkelijk te reinigen om contaminatie van de stalen te voorkomen.
 
-## Reagentia en oplossingen (indien van toepassing)
+## Reagentia en oplossingen (indien van toepassing) {#reagentia}
 
 **Salpeterzuur 65%, suprapur, (HNO~3~)** Sterk zuur dat zowel irriterend en corrosief werkt.
 Draag handschoenen bij gebruik, voorkom inademing van dampen en contact met de huid en ogen.

source/sfp/1_water/sfp_114_nl_waterstaalname_plas/07_werkwijze.Rmd

@@ -61,7 +61,7 @@ De recipiënten worden net voor het vullen geopend en onmiddellijk na het vullen
 De 7 gevulde recipiënten worden steeds per staalnamepunt bijeen gevoegd in een zakje met gripsluiting.
 Ze worden koel (max. 4 °C) en donker bewaard in een goed afsluitende, koelbox met koude koelelementen.
 Bij lagere temperaturen wordt de microbiologische activiteit van de micro-organismen en chemische reacties vertraagd en blijft de toestand van het staal langer stabiel.
-Voor verdere richtlijnen rond het bewaren van waterstalen in het veld en tijdens transport wordt verwezen naar het protocol SOP-005.
+Voor verdere richtlijnen rond het bewaren van waterstalen in het veld en tijdens transport wordt verwezen naar het protocol [SOP-005](https://drive.google.com/file/d/1VAhwtApr3HcBt9rwqcwfg-MXJWrG_xzR/view).
 
 ### Schoonmaken materiaal
 

source/sfp/1_water/sfp_114_nl_waterstaalname_plas/09_veiligheid.Rmd

@@ -5,8 +5,7 @@ Om mogelijke besmetting en verwondingen bij de staalnemer en mogelijke contamina
 Draag bij het werken met salpeterzuur (recipiënt 7) steeds handschoenen, voorkom contact met de huid en ogen en adem de dampen niet in.
 Contact met de huid kan een tijdelijke (enkele dagen) verkleuring veroorzaken.
 
-Alle algemene veiligheidsregels voor het werken in en langs water of vanuit een boot zijn van toepassing (zie protocol Veiligheid in en rond water SVP-112).
+Alle algemene veiligheidsregels voor het werken in en langs water of vanuit een boot zijn van toepassing (zie protocol Veiligheid in en rond water [SVP-112]()).
 
 Ook bioveiligheidsmaatregelen in verband met de verspreiding van organismen tussen oppervlaktewateren, inz.
-invasieve niet-inheemse soorten en pathogenen, zijn van toepassing (zie protocol Bioveiligheidsmaatregelen SVP-015).
-
+invasieve niet-inheemse soorten en pathogenen, zijn van toepassing (zie protocol Bioveiligheidsmaatregelen [SVP-015]()).

source/sfp/1_water/sfp_114_nl_waterstaalname_plas/NEWS.md

@@ -1,3 +1,5 @@
 # Wijzigingen t.o.v. vorige versies
 
 ## [2024.03](../2024.03/index.html)
+
+-   Omzetting van Word versie van het protocol (oud versienummer 1.0 uitgegeven op 17/02/2021). Er zijn geen inhoudelijke wijzigingen ten opzichte van deze versie.

source/sfp/1_water/sfp_114_nl_waterstaalname_plas/index.Rmd

@@ -3,7 +3,7 @@ title: Bemonstering waterkolom oppervlaktewater
 author:
 - name: Scheers, Kevin
   orcid: 0000-0002-4756-4247
-date: '2021-02-17'
+date: '`r Sys.Date()`'
 reviewers: An Leyssen, Luc Denys, Geert De Knijf, Toon Westra
 file_manager: Toon Westra
 protocol_code: sfp-114-nl