From d9eb7e0c19907255b32868d0f3d58ee373548e70 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Joel=20Ricci-L=C3=B3pez?= <39897861+jRicciL@users.noreply.github.com> Date: Wed, 6 Sep 2023 12:54:04 -0700 Subject: [PATCH] Create min_solv.in Solvent minimization --- resurces/md/min_solv.in | 23 +++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 23 insertions(+) create mode 100644 resurces/md/min_solv.in diff --git a/resurces/md/min_solv.in b/resurces/md/min_solv.in new file mode 100644 index 0000000..479ba96 --- /dev/null +++ b/resurces/md/min_solv.in @@ -0,0 +1,23 @@ +Minimizacion del solvente + System minimization: +&cntrl + imin=1, + ntmin=1, ! Metodo de minimizacion, 1 steepest decent to onjugate gradients + drms=0.001, ! Criterio de convergencia para el gradiente de energía + maxcyc=50000, ! Maximo numero de ciclos para la minimizacion + ncyc=2500, ! cuando ntmin=NCYC, indica el paso para cambiar de SD a CG + ntx=1, ! #para leerlas coordenadas iniciales, vel y boxsize del inpcrd. 1=para comenzar + irest=0, ! #Flag para reiniciar una simulacion; 0= no reiniciar + ntpr=100, ! Intervalo de pasos para guardar informacion + ntwr=100, ! Intervalo de pasos para guardar un restart + iwrap=0, ! cuando =1, realiza un wrap en favor de la visualizacion de las mol dentro del box, no tiene efecto sobre la dinamica + ntf=1, ! Tipo de evaluacion de fuerzas, =1 calcula la interaccion total + ntb=1, ! Controla el tipo de simulacion y el PME; =1 NVT =2 NPT + cut=10.0, ! cutoff + nsnb=20, ! frecuencia para actualizar lso valores de las fuerzas no enlazantes + ntxo=1, ! formato ASCII para el .rst7 + ntr=1, ! activa la restricción en base a una referencia -> Atomos del solvente + restraintmask='!:WAT' ! Minimizacion del solvente -> Todos los demas atomos quedan restringidos + restraint_wt=500.0, ! peso de la restriccion (constante del resorte en kcal/mol) +&end + /