patch_based_heatmap_generator

基于Patch分类方法的组织病理WSI缩略热图生成器

目的

由于WSI图像尺寸一般都很大，无法使用普通的图像查看软件将其打开，如果使用1:1的比例生成热图，首先，使用的内存空间会非常大，同时由于没有可用的WSI生成工具，生成的热图也无法保存成文件供用户查看。 因此，实现了这个热图缩略图生成小工具，用于将Patch的分类结果体现出来，直观看到方法效果。

效果

本工具生成的WSI缩略热图如下图所示： 将上图局部放大后的细节如下：

运行环境

• python==3.7
• numpy==1.18.1
• pillow==7.0.0
• opencv-python==4.1.1
• openslide-python==1.1.1 # 需要首先安装openslide的二进制包
• scipy==1.4.1
• matplotlib==3.1.1
• h5py==2.10.0

执行

python main.py --h5_dir ./patches/ --wsi_dir /repository01/houjianxin_build/clam/heatmap_test/wsi/ --thumbnail_dir ./thumbnails/ --heatmap_dir ./heatmaps/

其中：

• --h5_dir：保存patch坐标的h5文件的目录；
• --wsi_dir：保存WSI图像的目录；
• --thumbnail_dir：缩略图保存目录；
• --heatmap_dir：热图缩略图保存目录。

目录结构

├── core
│   └── PatchBasedHeatmapGenerator.py
├── main.py
├── patches
│   ├── test_010.h5
│   └── test_032.h5
└── README.md

其中：

• core下的PatchBasedHeatmapGenerator.py为关键代码；
• patches下的test_010.h5和test_032.h5为模型预测的结果，这里不提供模型，而是直接将结果写入到h5文件中，方便读者运行示例代码；
• main.py中包含使用PatchBasedHeatmapGenerator.py的示例代码。

其他说明

• 引用的WSI图像来源于Camelyon16数据集中的test_010.tif和test_032.tif；
• main.py仅作为使用PatchBasedHeatmapGenerator的示例，PatchBasedHeatmapGenerator为核心代码。

参考仓库

本工具的实现借鉴了以下仓库：

• mahmoodlab/CLAM: Data-efficient and weakly supervised computational pathology on whole slide images - Nature Biomedical Engineering (github.com)。