Jupyter Notebook Kernel Not Connecting: Connection Failed after changing from 3.8.3 to 3.13.0 python

[SanjeevYaswanth]

• Have both Python 3.8.3 and Python 3.13.0 version and respective jupyter packages.

• Added Python 3.13.0 version to jupyter notebook kernel using ipykernel command.

• Launched the Jupyter notebook using Python 3.8.3 version.

• Now I'm changing the jupyter kernel from 3.8.3 to 3.13.0 . Facing below error in terminal and failed to connect the python 3.13.0 kernel attached image below.

• With the help of below error, checked _bootstrap_external py file, it have _find_module_shim function/method.

[I 17:42:14.805 NotebookApp] Creating new notebook in 
[E 17:42:14.981 NotebookApp] Could not open static file ''
[W 17:42:15.641 NotebookApp] 404 GET /static/components/bootstrap-tour/build/css/bootstrap-tour.min.css (127.0.0.1) 14.120000ms referer=http://localhost:8889/notebooks/Untitled9.ipynb?kernel_name=python3
[W 17:42:15.673 NotebookApp] 404 GET /static/components/bootstrap-tour/build/css/bootstrap-tour.min.css (127.0.0.1) 1.170000ms referer=http://localhost:8889/notebooks/Untitled9.ipynb?kernel_name=python3
[W 17:42:16.119 NotebookApp] 404 GET /nbextensions/widgets/notebook/js/extension.js?v=20250218174153 (127.0.0.1) 3.250000ms referer=http://localhost:8889/notebooks/Untitled9.ipynb?kernel_name=python3
[I 17:42:16.352 NotebookApp] Kernel started: 2ac91ba4-fe7f-4fc1-8d75-a4fa5be01f2f, name: python3
[I 17:42:31.946 NotebookApp] Creating new notebook in 
[W 17:42:32.481 NotebookApp] 404 GET /static/components/bootstrap-tour/build/css/bootstrap-tour.min.css (127.0.0.1) 1.650000ms referer=http://localhost:8889/notebooks/Untitled10.ipynb?kernel_name=python-3.13.0
[W 17:42:32.552 NotebookApp] 404 GET /static/components/bootstrap-tour/build/css/bootstrap-tour.min.css (127.0.0.1) 1.340000ms referer=http://localhost:8889/notebooks/Untitled10.ipynb?kernel_name=python-3.13.0
[W 17:42:32.888 NotebookApp] 404 GET /nbextensions/widgets/notebook/js/extension.js?v=20250218174153 (127.0.0.1) 1.560000ms referer=http://localhost:8889/notebooks/Untitled10.ipynb?kernel_name=python-3.13.0
[I 17:42:32.956 NotebookApp] Kernel started: 80714420-93e0-4bb7-b4cf-5f77c6114e11, name: python-3.13.0
Could not import runpy module
Traceback (most recent call last):
  File "/lnx64/python-3.8.3/lib/python3.8/runpy.py", line 15, in <module>
    import importlib.util
  File "/lnx64/python-3.8.3/lib/python3.8/importlib/util.py", line 2, in <module>
    from . import abc
  File "/lnx64/python-3.8.3/lib/python3.8/importlib/abc.py", line 87, in <module>
    class PathEntryFinder(Finder):
  File "/lnx64/python-3.8.3/lib/python3.8/importlib/abc.py", line 126, in PathEntryFinder
    find_module = _bootstrap_external._find_module_shim
AttributeError: module 'importlib._bootstrap_external' has no attribute '_find_module_shim'

[andrii-i]

Hi @SanjeevYaswanth. Thank you for creating this issue. Could you please advise which version of Notebook you are using? You can check it via jupyter --version.

[SanjeevYaswanth]

Hi @andrii-i Thanks for a quick response.
In Python 3.13.0- notebook version is 7.3.2
In Python 3.8.3 - notebook version is 6.4.5

[jsosa2310]

Verificar y Aislar los Entornos de Python
Confirma la versión activa:
Asegúrate de que cuando registres el kernel o inicies Jupyter, estés usando el ejecutable de Python 3.13.0 y no el de Python 3.8.3. Puedes comprobarlo ejecutando:

intento

Copiar
python --version
en el entorno que vayas a usar.

Revisado variables de entorno:
Comprueba que no tengas variables definidas como PYTHONPATHo PYTHONHOMEque puedan estar apuntando a la instalación de Python 3.8.3.

Utilizar entornos virtuales:
Es recomendable crear un entorno virtual específico para Python 3.13.0. Por ejemplo:

intento

Copiar
python3.13 -m venv ~/venv/py13
source ~/venv/py13/bin/activate # En Linux/Mac
o el equivalente en Windows. Esto garantiza que los paquetes y configuraciones se mantendrán aislados.

2. Instalar y configurar Jupyter e ipykernel en Python 3.13.0
   Instalar los paquetes necesarios:
   Una vez activado el entorno de Python 3.13.0, instala Jupyter y el kernel:

intento

Copiar
pip install --upgrade pip
pip install jupyter ipykernel
Registrar el kernel:
Registre el kernel para que Jupyter reconozca la instalación de Python 3.13.0:

intento

Copiar
python -m ipykernel install --user --name python-3.13 --display-name "Python 3.13.0"
Esto crea un archivo kernel.json(normalmente en ~/.local/share/jupyter/kernels/python-3.13/) que debe apuntar al ejecutable correcto.

Verifique el contenido del kernel.json:
Abra el archivo y asegúrese de que en la lista "argv"aparezca la ruta al ejecutable de Python 3.13.0, sin referencias a la instalación de Python 3.8.3.

3. Iniciar Jupyter Notebook de Forma Aislada
   Desde el entorno correcto:
   Inicia Jupyter Notebook desde el entorno virtual de Python 3.13.0:

intento

Copiar
jupyter notebook
Esto ayudará a que las extensiones y configuraciones utilicen la versión adecuada.

Selecciona el kernel adecuado:
Al crear un nuevo notebook, asegúrate de seleccionar el kernel "Python 3.13.0" que acabas de registrar.

4. Resolver Problemas con Extensiones y Archivos Estáticos
   Extensiones de widgets:
   Los errores 404 que hacen referencia a /nbextensions/widgets/notebook/js/extension.jsindican que puede faltar la extensión de ipywidgets. Para instalarla y habilitarla, ejecuta:

intento

Copiar
pip install ipywidgets
jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension
Bootstrap-tour:
Los errores 404 sobre bootstrap-tour.min.csssugieren que alguna extensión o configuración de Jupyter está intentando cargar este recurso. Considere lo siguiente:

Si usa alguna extensión que requiera bootstrap-tour , verifique la documentación para instalar correctamente sus dependencias.
Si no necesitas esa funcionalidad, revisa la configuración de Jupyter o deshabilita la extensión que la solicita.
5. Limpiar Cachés y Revisar Configuraciones Residuales
Limpieza de configuraciones:
Puede existir configuración residual en rutas de Jupyter que apunten a la instalación antigua. Revisa las rutas de configuración con:

intento

Copiar
jupyter --paths
y, si es necesario, limpie o corrija las configuraciones que puedan causar conflictos.

Modo Debug:
Para obtener más detalles sobre errores al iniciar Jupyter, puedes lanzarlo en modo debug:

intento

Copiar
jupyter notebook --debug
Esto te ayudará a identificar otros posibles problemas o conflictos.

6. Actualizaciones y Compatibilidad
   Actualiza Jupyter e ipykernel:
   Dado que Python 3.13.0 es una versión más reciente, es posible que algunas dependencias o extensiones necesiten versiones actualizadas para ser totalmente compatibles. Revisa y actualiza los paquetes involucrados:

intento

Copiar
pip install --upgrade jupyter ipykernel
Revisa la documentación:
Consulta la documentación oficial de Jupyter y ipywidgets para confirmar si existen pasos específicos o problemas conocidos al usar Python 3.13.0.

Resumen Final
El problema se origina por una mezcla de configuraciones y rutas de diferentes instalaciones de Python. Para solucionarlo:

Aísla el entorno de Python 3.13.0 mediante entornos virtuales y asegurándote de que las variables de entorno no punten a la versión 3.8.3.
Instale y registre correctamente el kernel de Python 3.13.0 para que el archivo kernel.jsonapunte al ejecutable correcto.
Inicie Jupyter Notebook desde el entorno adecuado y verifique que las extensiones necesarias (como ipywidgets y aquellas que usan bootstrap-tour) estén instaladas y configuradas.
Limpie los ajustes residuales y actualice los paquetes para garantizar la compatibilidad con Python 3.13.0.
Con estos pasos, deberías poder evitar la mezcla de librerías y resolver el error de importación en _bootstrap_external.

[RRosio]

@SanjeevYaswanth could you share if you are using a virtual environment manager? A quick search online for the error you are seeing (Could not import runpy module) gives a few hit that you may consider exploring: https://stackoverflow.com/questions/44463879/could-not-import-runpy-module.

[andrii-i]

@SanjeevYaswanth could you please provide detailed step-by-step reproduction instructions including commands you've used to install 3.13.0 kernel inside 3.8 environment? You can copy the output of jupyter kernelspec list --json here so we could see the detailed information about the kernels used. Please remember to sanitize any secrets before sharing the output.

[andrii-i]

Hi @SanjeevYaswanth. If you'll have a chance, please give comment above a look.

[danyeaw]

Hi @SanjeevYaswanth, since you haven't responded to the requests for more info, I am going to go ahead and close this. If the problem still persists, please open a new issue with the additional details. Thanks!