Vem de change modes. É usado para mudar o controle de acesso de um arquivo ou pasta na ordem para permitir o dono, usuários, ou todos para ler/escrever/exectuar um arquivo.
Permissões em sistemas baseados em unix são baseados em bitcounts. Nós temos 3 bits, um para read, outro para write e um para exec, sendo 000 (ou read write exec), se nós setarmos 001, pela soma dos bits teremos 1 (por que 0001=1), se nós quisermos setar todas as permissões para um arquivo nós podemos simplesmente usar 111 (e sumando todos nós temos 7 porque a soma binária de 111 é 7).
Numa outra parte nós temos que setar as permissões para os usuários. A ordem é owner users in group not in group, então nós conseguimos ter 3 conjuntos de bits 000 000 000 que significa owner user guest. Então nós podemos setar as permissões por juntar as somas dos bites como 654, isto signficia: Owner pode ler-escrever (110=6), usuários podem ler e executar (101=5) e guests podem apenas ler (100=4).
# seta a permissão para owner puderem fazer qualquer coisa, usuários podem ler e executar, e guests apenas ler o arquivo "permissions.txt"
chmod 754 permissions.txt