-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 2
/
Makefile
110 lines (87 loc) · 3.29 KB
/
Makefile
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
###############################################################################
# Definitions
###############################################################################
FOLDER_WFA=PairwiseAlignment/WFA2-lib
FOLDER_LIB=PairwiseAlignment/WFA2-lib/lib
###############################################################################
# Flags & Folders
###############################################################################
FOLDER_BUILD=PairwiseAlignment/WFA2-lib/build
FOLDER_BUILD_CPP=PairwiseAlignment/WFA2-lib/build/cpp
UNAME=$(shell uname)
CC:=$(CC)
CPP:=$(CXX)
CC_FLAGS=-w -Wall -g -fPIE
ifndef DISABLED_MARCH_NATIVE
CC_FLAGS+= -march=native
$(info [INFO] -march=native is ENABLED in CC_FLAGS.)
endif
AR=ar
AR_FLAGS=-rsc
###############################################################################
# Configuration rules
###############################################################################
LIB_WFA=$(FOLDER_LIB)/libwfa.a
LIB_WFA_CPP=$(FOLDER_LIB)/libwfacpp.a
SUBDIRS=PairwiseAlignment/WFA2-lib/alignment \
PairwiseAlignment/WFA2-lib/bindings/cpp \
PairwiseAlignment/WFA2-lib/system \
PairwiseAlignment/WFA2-lib/utils \
PairwiseAlignment/WFA2-lib/wavefront
# Ensure GCC standard and optimization level
all: CC_FLAGS+=-O3
all: build h4
debug: build
ASAN_OPT=-fsanitize=address -fsanitize=undefined -fsanitize=shift -fsanitize=alignment
ASAN_OPT+=-fsanitize=signed-integer-overflow -fsanitize=bool -fsanitize=enum
ASAN_OPT+=-fsanitize=pointer-compare -fsanitize=pointer-overflow -fsanitize=builtin
# ASAN: ASAN_OPTIONS=detect_leaks=1:symbolize=1 LSAN_OPTIONS=verbosity=2:log_threads=1
asan: CC_FLAGS+=$(ASAN_OPT) -fno-omit-frame-pointer -fno-common
asan: build
###############################################################################
# Build rules
###############################################################################
build: setup $(FOLDER_BUILD) $(FOLDER_BUILD_CPP) $(FOLDER_LIB)
build: $(SUBDIRS) lib_wfa
setup:
@mkdir -p $(FOLDER_BUILD) $(FOLDER_BUILD_CPP) $(FOLDER_LIB)
$(FOLDER_BUILD):
@mkdir -p $@
$(FOLDER_BUILD_CPP):
@mkdir -p $@
$(FOLDER_LIB):
@mkdir -p $@
lib_wfa: $(FOLDER_BUILD) $(FOLDER_BUILD_CPP)
$(AR) $(AR_FLAGS) $(LIB_WFA) $(FOLDER_BUILD)/*.o
$(AR) $(AR_FLAGS) $(LIB_WFA_CPP) $(FOLDER_BUILD)/*.o $(FOLDER_BUILD_CPP)/*.o 2> /dev/null
###############################################################################
# Subdir rule
###############################################################################
export
$(SUBDIRS):
$(MAKE) --directory=$@ all
.PHONY: $(SUBDIRS)
.NOTPARALLEL: lib_wfa h4
###############################################################################
# Rules
###############################################################################
LIBS=-fopenmp -lm
ifeq ($(UNAME), Linux)
LIBS+=-lrt
endif
h4: *.cpp $(LIB_WFA)
g++ $(CC_FLAGS) -L$(FOLDER_LIB) -I$(FOLDER_WFA) \
./PairwiseAlignment/NeedlemanWunshReusable.cpp \
./SuffixArray/parallel_import.cpp \
./Utils/Arguments.cpp \
./Utils/Fasta.cpp \
./Utils/Graph.cpp \
./Utils/Insertion.cpp \
./Utils/NucleicAcidColumn.cpp \
./Utils/Utils.cpp \
./multi-thread/multi.cpp \
./StarAlignment/StarAligner.cpp \
stmsa.cpp -o halign4 -static-libstdc++ -std=c++17 -lpthread -lwfacpp $(LIBS)
clean:
rm -rf $(FOLDER_BUILD) $(FOLDER_LIB) 2> /dev/null
rm -rf halign4