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########################## CONFIG ###########################
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configfile: "/home/user/seqWorkflows/config/configSC.yaml"
###############################################################################
######################## LIBRARIES ##########################
###############################################################################
import io
import os
import pandas as pd
import pathlib
from snakemake.exceptions import print_exception, WorkflowError
###############################################################################
###################### SET VARIABLES ########################
###############################################################################
THREADS = config["threads"]
STEP_CELLRANGERMAP = config["step_cellrangerMap"] # Cellranger indexing and mapping
SAMPLES = config["samples"].split() # sample files
LANE = config["lane"].split() # lane number
READS = config["reads"].split()
READSSC = config["readssc"].split()
FQ = config["fq"].split()
INPUTDIR = config["raw_data_dir"] # /home/user/
CELLRANGERINDEXDIR = config['crindexdir']
CELLRANGERREF = config["cellranger_refsite"]
REFNAME = config["refname"]
OUT_STEP_CELLRANGERMAP = os.path.join(INPUTDIR, STEP_CELLRANGERMAP) # /home/dataset/map
###############################################################################
######################### RULE ALL ##########################
###############################################################################
rule all:
input:
srafile = expand("{outdir}{samples}.sra", outdir = INPUTDIR, samples = SAMPLES),
# fastq = expand("{outdir}{samples}{reads}{fq}", outdir = INPUTDIR, samples = SAMPLES, reads = READS, fq = FQ),
fastqSC = expand("{outdir}{samples}_S1{lane}{readsSC}_001{fq}", outdir = INPUTDIR, samples = SAMPLES, lane = LANE, readsSC = READSSC, fq = FQ),
index = CELLRANGERINDEXDIR + REFNAME + ".tar.gz",
indexdir = CELLRANGERINDEXDIR + REFNAME,
mtx = expand("{outdir}{sample}/outs/filtered_feature_bc_matrix/matrix.mtx.gz", zip, outdir = OUT_STEP_CELLRANGERMAP,
sample = SAMPLES, lane = LANE),
barcode = expand("{outdir}{sample}/outs/filtered_feature_bc_matrix/barcodes.tsv.gz", zip, outdir = OUT_STEP_CELLRANGERMAP,
sample = SAMPLES, lane = LANE),
features = expand("{outdir}{sample}/outs/filtered_feature_bc_matrix/features.tsv.gz", zip, outdir = OUT_STEP_CELLRANGERMAP,
sample = SAMPLES, lane = LANE),
# log = expand("{outdir1}run_{sample}/{sample}_S1_{lane}{reads}_001{fq}.log", outdir1 = OUT_STEP_CELLRANGERMAP,
# sample = SAMPLES, lane = LANE, reads = READS, fq = FQ)
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########################### RULES ###########################
###############################################################################
###############################################################################
########################### DOWNLOAD SRA DATA ###########################
###############################################################################
include: "rules/SRA/prefetch.smk"
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########################### FASTQ DUMP ###########################
###############################################################################
include: "rules/SINGLECELL/fastqdump.smk"
###############################################################################
###################### RENAME FASTQ ########################
###############################################################################
include: "rules/SINGLECELL/rename_fq.smk"
###############################################################################
########################### DOWNLOAD INDEX ###########################
###############################################################################
include: "rules/SINGLECELL/downloadIndex.smk"
###############################################################################
############################ MAP & COUNT #############################
###############################################################################
include: "rules/SINGLECELL/cellRanger.smk"