constants.py

DNA_ALPHABET = 'ACGT'
RNA_ALPHABET = DNA_ALPHABET.replace('T', 'U')


RNA_CODON_TABLE = {
    'UUU': 'F', 'CUU': 'L', 'AUU': 'I', 'GUU': 'V',
    'UUC': 'F', 'CUC': 'L', 'AUC': 'I', 'GUC': 'V',
    'UUA': 'L', 'CUA': 'L', 'AUA': 'I', 'GUA': 'V',
    'UUG': 'L', 'CUG': 'L', 'AUG': 'M', 'GUG': 'V',
    'UCU': 'S', 'CCU': 'P', 'ACU': 'T', 'GCU': 'A',
    'UCC': 'S', 'CCC': 'P', 'ACC': 'T', 'GCC': 'A',
    'UCA': 'S', 'CCA': 'P', 'ACA': 'T', 'GCA': 'A',
    'UCG': 'S', 'CCG': 'P', 'ACG': 'T', 'GCG': 'A',
    'UAU': 'Y', 'CAU': 'H', 'AAU': 'N', 'GAU': 'D',
    'UAC': 'Y', 'CAC': 'H', 'AAC': 'N', 'GAC': 'D',
    'UAA': '*', 'CAA': 'Q', 'AAA': 'K', 'GAA': 'E',
    'UAG': '*', 'CAG': 'Q', 'AAG': 'K', 'GAG': 'E',
    'UGU': 'C', 'CGU': 'R', 'AGU': 'S', 'GGU': 'G',
    'UGC': 'C', 'CGC': 'R', 'AGC': 'S', 'GGC': 'G',
    'UGA': '*', 'CGA': 'R', 'AGA': 'R', 'GGA': 'G',
    'UGG': 'W', 'CGG': 'R', 'AGG': 'R', 'GGG': 'G' 
}


MONOISOTOPIC_MASS_TABLE = {
    'A':    71.03711,
    'C':    103.00919,
    'D':    115.02694,
    'E':    129.04259,
    'F':    147.06841,
    'G':    57.02146,
    'H':    137.05891,
    'I':    113.08406,
    'K':    128.09496,
    'L':    113.08406,
    'M':    131.04049,
    'N':    114.04293,
    'P':    97.05276,
    'Q':    128.05858,
    'R':    156.10111,
    'S':    87.03203,
    'T':    101.04768,
    'V':    99.06841,
    'W':    186.07931,
    'Y':    163.06333 
}