From 9016251189110267cedfc7c5a64bc97e763a16bb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Martin Hunt Date: Mon, 30 Nov 2015 14:27:56 +0000 Subject: [PATCH 1/2] Add support for SPAdes 3.6.2. Do not allow 3.6.1 --- circlator/__init__.py | 1 + circlator/assembly.py | 153 + circlator/external_progs.py | 16 +- circlator/merge.py | 55 +- circlator/tests/assembly_test.py | 157 + ...om_spades_after_3_6_1.assembly_graph.fastg | 5806 +++++++++++++++++ ...tigs_from_spades_after_3_6_1.contigs.paths | 36 + ...lar_contigs_from_spades_before_3_6_1.fastg | 10 + ...y_test_circular_contigs_only_contigs.fasta | 0 .../assembly_graph.fastg | 5806 +++++++++++++++++ .../contigs.fasta | 0 .../contigs.paths | 36 + .../contigs.fasta | 0 .../contigs.fastg | 10 + .../data/assembly_test_get_contigs.fasta | 4 + .../data/assembly_test_init_contigs.fasta | 0 .../contigs.fasta | 0 .../contigs.paths | 0 .../contigs.fasta | 0 .../assembly_graph.fastg | 0 .../contigs.fasta | 0 .../assembly_graph.fastg | 0 .../contigs.fasta | 0 .../contigs.paths | 0 .../contigs.fasta | 0 .../contigs.fasta | 0 .../contigs.fastg | 0 ...spades_contigs_paths_to_dict.contigs.paths | 36 + 28 files changed, 12074 insertions(+), 52 deletions(-) create mode 100644 circlator/assembly.py create mode 100644 circlator/tests/assembly_test.py create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_from_spades_after_3_6_1.assembly_graph.fastg create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_from_spades_after_3_6_1.contigs.paths create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_from_spades_before_3_6_1.fastg create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_only_contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_spades_post_3_6_1/assembly_graph.fastg create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_spades_post_3_6_1/contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_spades_post_3_6_1/contigs.paths create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_spades_pre_3_6_1/contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_spades_pre_3_6_1/contigs.fastg create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_get_contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_post_3_6_1_no_assembly_graph/contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_post_3_6_1_no_assembly_graph/contigs.paths create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_post_3_6_1_no_assembly_graph_or_contig_paths/contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_post_3_6_1_no_contigs_paths/assembly_graph.fastg create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_post_3_6_1_no_contigs_paths/contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_post_3_6_1_ok/assembly_graph.fastg create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_post_3_6_1_ok/contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_post_3_6_1_ok/contigs.paths create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_pre_3_6_1_no_fastg/contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_pre_3_6_1_ok/contigs.fasta create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_init_spades_pre_3_6_1_ok/contigs.fastg create mode 100644 circlator/tests/data/assembly_test_spades_contigs_paths_to_dict.contigs.paths diff --git a/circlator/__init__.py b/circlator/__init__.py index 1ab047c..62985b5 100644 --- a/circlator/__init__.py +++ b/circlator/__init__.py @@ -1,5 +1,6 @@ __all__ = [ 'assemble', + 'assembly', 'bamfilter', 'clean', 'common', diff --git a/circlator/assembly.py b/circlator/assembly.py new file mode 100644 index 0000000..daa55c4 --- /dev/null +++ b/circlator/assembly.py @@ -0,0 +1,153 @@ +import os +import pyfastaq + +class Error (Exception): pass + +class Assembly: + def __init__(self, path): + '''path can be a directory or a filename. If directory, assumes the name of a SPAdes + output directory. If a file, assumes it is a fasta file of contigs''' + if not os.path.exists(path): + raise Error('Input path to Assembly.__init__ not found: ' + path) + elif os.path.isdir(path): + self.spades_dir = os.path.abspath(path) + else: + self.contigs_fasta = os.path.abspath(path) + self.spades_dir = None + + self._set_filenames() + + + @staticmethod + def _file_exists(filename): + if os.path.exists(filename): + return filename + else: + return None + + + def _set_filenames(self): + self.contigs_fastg = None + self.contigs_paths = None + self.assembly_graph_fastg = None + + if self.spades_dir is None: + return + + contigs_fasta = os.path.join(self.spades_dir, 'contigs.fasta') + self.contigs_fasta = self._file_exists(os.path.join(contigs_fasta)) + + if self.contigs_fasta is None: + raise Error('Error finding SPAdes contigs file: ' + contigs_fasta) + + self.contigs_fastg = self._file_exists(os.path.join(self.spades_dir, 'contigs.fastg')) + self.contigs_paths = self._file_exists(os.path.join(self.spades_dir, 'contigs.paths')) + self.assembly_graph_fastg = self._file_exists(os.path.join(self.spades_dir, 'assembly_graph.fastg')) + + if None == self.contigs_fastg == self.contigs_paths == self.assembly_graph_fastg or \ + ( self.contigs_fastg is None and (None in {self.contigs_paths, self.assembly_graph_fastg}) ) or \ + ( self.contigs_fastg is not None and (self.contigs_paths is not None or self.assembly_graph_fastg is not None) ): + error_message = '\n'.join([ + 'Error finding SPAdes graph files in the directory ' + self.spades_dir, + 'Expected either:', + ' contigs.fastg (SPAdes <3.6.1)', + 'or:', + ' contigs.paths and assembly_graph.fastg (SPAdes >3.6.1)' + ]) + raise Error(error_message) + + + def get_contigs(self): + '''Returns a dictionary of contig_name -> pyfastaq.Sequences.Fasta object''' + contigs = {} + pyfastaq.tasks.file_to_dict(self.contigs_fasta, contigs) + return contigs + + + @classmethod + def _circular_contigs_from_spades_before_3_6_1(cls, fastg_file): + seq_reader = pyfastaq.sequences.file_reader(fastg_file) + names = set([x.id.rstrip(';') for x in seq_reader if ':' in x.id]) + found_fwd = set() + found_rev = set() + for name in names: + l = name.split(':') + if len(l) != 2: + continue + if l[0] == l[1]: + if l[0][-1] == "'": + found_rev.add(l[0][:-1]) + else: + found_fwd.add(l[0]) + + return found_fwd.intersection(found_rev) + + + @classmethod + def _spades_contigs_paths_to_dict(cls, filename): + d = {} + node = None + + with open(filename) as f: + for line in f: + if node is None: + if not line.startswith('NODE_'): + raise Error('Error loading info from SPAdes contigs path file ' + filename) + node = line.rstrip() + else: + if line.startswith('NODE_') or node in d: + raise Error('Error loading info from SPAdes contigs path file ' + filename) + d[node] = line.rstrip() + node = None + + return d + + + @classmethod + def _circular_edges_to_edge_numbers_dict(cls, circular_edges): + '''Edge names are like this: EDGE_1_length_44766_cov_16.555. + This returns dict of edge number -> edge name. + eg 1 -> EDGE_1_length_44766_cov_16.555.''' + return {x.split('_')[1]: x for x in circular_edges} + + + @staticmethod + def _circular_contigs_from_spades_after_3_6_1(assembly_graph_fastg, contigs_paths): + circular_graph_edges = Assembly._circular_contigs_from_spades_before_3_6_1(assembly_graph_fastg) + circular_edge_dict = Assembly._circular_edges_to_edge_numbers_dict(circular_graph_edges) + paths_dict = Assembly._spades_contigs_paths_to_dict(contigs_paths) + circular_nodes = set() + + for node in paths_dict: + if node.endswith("'"): + continue + + edges = paths_dict[node].split(',') + rev_node = node + "'" + + if len(edges) != 1 or rev_node not in paths_dict: + continue + + rev_edges = paths_dict[rev_node].split(',') + + if len(rev_edges) != 1: + continue + + edge = list(edges)[0][:-1] + edge_strand = list(edges)[0][-1] + rev_edge = list(rev_edges)[0][:-1] + rev_edge_strand = list(rev_edges)[0][-1] + if {'-', '+'} == {edge_strand, rev_edge_strand} and edge == rev_edge and edge in circular_edge_dict: + circular_nodes.add(node) + + return circular_nodes + + + def circular_contigs(self): + '''Returns a set of the contig names that are circular''' + if self.contigs_fastg is not None: + return self._circular_contigs_from_spades_before_3_6_1(self.contigs_fastg) + elif None not in [self.contigs_paths, self.assembly_graph_fastg]: + return self._circular_contigs_from_spades_after_3_6_1(self.assembly_graph_fastg, self.contigs_paths) + else: + return set() diff --git a/circlator/external_progs.py b/circlator/external_progs.py index 4a77d0e..3e619d5 100644 --- a/circlator/external_progs.py +++ b/circlator/external_progs.py @@ -40,10 +40,11 @@ def exe(self): } -max_versions = { - 'spades': '3.6.0' +bad_versions = { + 'spades': '3.6.1' } + prog_name_to_default = { 'bwa': 'bwa', 'nucmer': 'nucmer', @@ -88,17 +89,10 @@ def make_and_check_prog(name, verbose=False, raise_error=True, filehandle=None): handle_error('Version of ' + name + ' too low. I found ' + p.version() + ', but must be at least ' + min_versions[name] + '. Found here:\n' + p.full_path, raise_error=raise_error) return p - if name != 'spades' and name in max_versions and not p.version_at_most(max_versions[name]): - handle_error('Version of ' + name + ' too high. I found ' + p.version() + ', but must be at most ' + max_versions[name] + '. Found here:\n' + p.full_path, raise_error=raise_error) + if name == 'spades' and p.version() == bad_versions['spades']: + handle_error('ERROR! SPAdes version ' + bad_versions['spades'] + ' is incompatible with Circlator. Please update SPAdes to the latest version', raise_error=raise_error) return p - if name == 'spades' and not p.version_at_most(max_versions['spades']): - print('WARNING: SPAdes version', p.version(), 'found, which is newer than 3.6.0.', file=sys.stderr) - print(' Circlator can use this version, but some circularizations may be missed.', file=sys.stderr) - print(' We recommend that you use version 3.6.0, which is available for Linux using:', file=sys.stderr) - print(' wget http://spades.bioinf.spbau.ru/release3.6.0/SPAdes-3.6.0-Linux.tar.gz', file=sys.stderr) - - if verbose: print('Using', name, 'version', p.version(), 'as', p.full_path) diff --git a/circlator/merge.py b/circlator/merge.py index b54b136..c773b02 100644 --- a/circlator/merge.py +++ b/circlator/merge.py @@ -30,12 +30,11 @@ def __init__( threads=1, log_prefix='merge', ): - for f in [original_assembly, reassembly]: - if not os.path.exists(f): - raise Error('File not found:' + f) + if not os.path.exists(original_assembly): + raise Error('File not found:' + original_assembly) self.original_fasta = original_assembly - self.reassembly_fasta = reassembly + self.reassembly = circlator.assembly.Assembly(reassembly) self.reads = reads self.outprefix = outprefix self.nucmer_diagdiff = nucmer_diagdiff @@ -53,9 +52,8 @@ def __init__( self.log_prefix = log_prefix self.merges = [] self.original_contigs = {} - self.reassembly_contigs = {} + self.reassembly_contigs = self.reassembly.get_contigs() pyfastaq.tasks.file_to_dict(self.original_fasta, self.original_contigs) - pyfastaq.tasks.file_to_dict(self.reassembly_fasta, self.reassembly_contigs) def _run_nucmer(self, ref, qry, outfile): @@ -338,23 +336,7 @@ def _circularise_contigs(self, nucmer_hits): to_circularise_with_nucmer = self._get_possible_circular_ref_contigs(long_nucmer_hits, log_fh=log_fh, log_outprefix=log_outprefix) to_circularise_with_nucmer = self._remove_keys_from_dict_with_nonunique_values(to_circularise_with_nucmer, log_fh=log_fh, log_outprefix=log_outprefix) used_spades_contigs = set() - reassembly_fastg = self.reassembly_fasta[:-1] + 'g' - - if os.path.exists(reassembly_fastg): - called_as_circular_by_spades = self._get_spades_circular_nodes(reassembly_fastg) - else: - called_as_circular_by_spades = set() - warning_lines = [ - 'WARNING: FASTG reassembly file ' + reassembly_fastg + ' not found. If the reassembly was not made with SPAdes, this is normal (but you miss out on the extra information that SPAdes can output).', - 'WARNING: ... If the reassembly was made with SPAdes, then please consider using version 3.6.0 of SPAdes, which does make this file.', - 'WARNING: ... SPAdes 3.6.0 can be obtained for Linux like this:', - 'WARNING: ... wget http://spades.bioinf.spbau.ru/release3.6.0/SPAdes-3.6.0-Linux.tar.gz', - ] - for line in warning_lines: - print(log_outprefix, line, sep='\t', file=log_fh) - print(log_outprefix, line, sep='\t', file=sys.stderr) - - print(log_outprefix, 'WARNING: ... this message has also been written to the circularise_details.log file.', sep='\t', file=sys.stderr) + called_as_circular_by_spades = self.reassembly.circular_contigs() if len(called_as_circular_by_spades): circular_string = ','.join(sorted(called_as_circular_by_spades)) @@ -667,12 +649,11 @@ def _write_act_files(self, ref_fasta, qry_fasta, coords_file, outprefix): def _iterative_bridged_contig_pair_merge(self, outprefix): '''Iteratively merges contig pairs using bridging contigs from reassembly, until no more can be merged''' if self.reads is None: - return self.original_fasta, self.reassembly_fasta, None, None + return self.original_fasta, self.reassembly, None, None log_file = outprefix + '.iterations.log' log_fh = pyfastaq.utils.open_file_write(log_file) genome_fasta = self.original_fasta - reassembly_fasta = self.reassembly_fasta nucmer_coords = outprefix + '.iter.1.coords' reads_to_map = self.reads act_prefix = None @@ -682,10 +663,10 @@ def _iterative_bridged_contig_pair_merge(self, outprefix): while made_a_join: this_log_prefix = '[' + self.log_prefix + ' iterative_merge ' + str(iteration) + ']' print(this_log_prefix, '\tUsing nucmer matches from ', nucmer_coords, sep='', file=log_fh) - self._run_nucmer(genome_fasta, reassembly_fasta, nucmer_coords) + self._run_nucmer(genome_fasta, self.reassembly.contigs_fasta, nucmer_coords) act_prefix = outprefix + '.iter.' + str(iteration) print(this_log_prefix, '\tYou can view the nucmer matches with ACT using: ./', act_prefix, '.start_act.sh', sep='', file=log_fh) - self._write_act_files(genome_fasta, reassembly_fasta, nucmer_coords, act_prefix) + self._write_act_files(genome_fasta, self.reassembly.contigs_fasta, nucmer_coords, act_prefix) nucmer_hits_by_ref = self._load_nucmer_hits(nucmer_coords) made_a_join = self._merge_all_bridged_contigs(nucmer_hits_by_ref, self.original_contigs, self.reassembly_contigs, log_fh, this_log_prefix) iteration += 1 @@ -694,10 +675,7 @@ def _iterative_bridged_contig_pair_merge(self, outprefix): print(this_log_prefix, '\tMade at least one merge. Remapping reads and reassembling',sep='', file=log_fh) nucmer_coords = outprefix + '.iter.' + str(iteration) + '.coords' genome_fasta = outprefix + '.iter.' + str(iteration) + '.merged.fasta' - reassembly_fasta = outprefix + '.iter.' + str(iteration) + '.reassembly.fasta' - reassembly_fastg = outprefix + '.iter.' + str(iteration) + '.reassembly.fastg' self._contigs_dict_to_file(self.original_contigs, genome_fasta) - self._contigs_dict_to_file(self.reassembly_contigs, reassembly_fasta) bam = outprefix + '.iter.' + str(iteration) + '.bam' circlator.mapping.bwa_mem( @@ -722,18 +700,13 @@ def _iterative_bridged_contig_pair_merge(self, outprefix): spades_use_first_success=self.spades_use_first_success, ) a.run() - os.rename(os.path.join(assembler_dir, 'contigs.fasta'), reassembly_fasta) - contigs_fastg = os.path.join(assembler_dir, 'contigs.fastg') - if os.path.exists(contigs_fastg): - os.rename(contigs_fastg, reassembly_fastg) - - shutil.rmtree(assembler_dir) - pyfastaq.tasks.file_to_dict(reassembly_fasta, self.reassembly_contigs) + self.reassembly = circlator.assembly.Assembly(assembler_dir) + self.reassembly_contigs = self.reassembly.get_contigs() elif iteration <= 2: print(this_log_prefix, '\tNo contig merges were made',sep='', file=log_fh) pyfastaq.utils.close(log_fh) - return genome_fasta, reassembly_fasta, nucmer_coords, act_prefix + '.start_act.sh' + return genome_fasta, nucmer_coords, act_prefix + '.start_act.sh' def _contigs_dict_to_file(self, contigs, fname): @@ -817,13 +790,13 @@ def _write_merge_log(self, filename): def run(self): out_log = os.path.abspath(self.outprefix + '.merge.log') - self.original_fasta, self.reassembly_fasta, nucmer_coords_file, act_script = self._iterative_bridged_contig_pair_merge(self.outprefix + '.merge') + self.original_fasta, nucmer_coords_file, act_script = self._iterative_bridged_contig_pair_merge(self.outprefix + '.merge') self._write_merge_log(self.outprefix + '.merge.log') nucmer_circularise_coords = os.path.abspath(self.outprefix + '.circularise.coords') if nucmer_coords_file is None: - self._run_nucmer(self.original_fasta, self.reassembly_fasta, nucmer_circularise_coords) - self._write_act_files(self.original_fasta, self.reassembly_fasta, nucmer_circularise_coords, self.outprefix + '.circularise') + self._run_nucmer(self.original_fasta, self.reassembly.contigs_fasta, nucmer_circularise_coords) + self._write_act_files(self.original_fasta, self.reassembly.contigs_fasta, nucmer_circularise_coords, self.outprefix + '.circularise') else: os.symlink(nucmer_coords_file, nucmer_circularise_coords) os.symlink(act_script, self.outprefix + '.circularise.start_act.sh') diff --git a/circlator/tests/assembly_test.py b/circlator/tests/assembly_test.py new file mode 100644 index 0000000..63f2497 --- /dev/null +++ b/circlator/tests/assembly_test.py @@ -0,0 +1,157 @@ +import unittest +import shutil +import filecmp +import copy +import os +import pyfastaq +from circlator import assembly + +modules_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(assembly.__file__)) +data_dir = os.path.join(modules_dir, 'tests', 'data') + + +class TestAssembly(unittest.TestCase): + def test_init_file_not_dir(self): + '''Test _init_file_not_dir''' + contigs_fasta = os.path.join(data_dir, 'assembly_test_init_contigs.fasta') + a = assembly.Assembly(contigs_fasta) + self.assertEqual(a.contigs_fasta, contigs_fasta) + self.assertIsNone(a.contigs_fastg) + self.assertIsNone(a.assembly_graph_fastg) + self.assertIsNone(a.spades_dir) + + + def test_init_pre_3_6_1_ok(self): + '''Test _init_pre_3_6_1_ok''' + test_dir = os.path.join(data_dir, 'assembly_test_init_spades_pre_3_6_1_ok') + a = assembly.Assembly(test_dir) + self.assertEqual(a.contigs_fasta, os.path.join(test_dir, 'contigs.fasta')) + self.assertEqual(a.contigs_fastg, os.path.join(test_dir, 'contigs.fastg')) + self.assertEqual(a.spades_dir, test_dir) + self.assertIsNone(a.assembly_graph_fastg) + self.assertIsNone(a.contigs_paths) + + + def test_init_post_3_6_1_ok(self): + '''Test _init_post_3_6_1_ok''' + test_dir = os.path.join(data_dir, 'assembly_test_init_spades_post_3_6_1_ok') + a = assembly.Assembly(test_dir) + self.assertEqual(a.spades_dir, test_dir) + self.assertEqual(a.contigs_fasta, os.path.join(test_dir, 'contigs.fasta')) + self.assertEqual(a.assembly_graph_fastg, os.path.join(test_dir, 'assembly_graph.fastg')) + self.assertEqual(a.contigs_paths, os.path.join(test_dir, 'contigs.paths')) + self.assertIsNone(a.contigs_fastg) + + + def test_init_raises_error(self): + '''Test _init_raises_error''' + test_dirs = [ + 'assembly_test_init_no_fasta', + 'assembly_test_init_spades_pre_3_6_1_no_fastg', + 'assembly_test_init_spades_post_3_6_1_no_contigs_paths', + 'assembly_test_init_spades_post_3_6_1_no_assembly_graph', + 'assembly_test_init_spades_post_3_6_1_no_assembly_graph_or_contig_paths', + ] + + for test_dir in test_dirs: + with self.assertRaises(assembly.Error): + a = assembly.Assembly(os.path.join(data_dir, test_dir)) + + + def test_get_contigs(self): + '''Test get_contigs''' + a = assembly.Assembly(os.path.join(data_dir, 'assembly_test_get_contigs.fasta')) + expected = { + 'contig1': pyfastaq.sequences.Fasta('contig1', 'ACGT'), + 'contig2': pyfastaq.sequences.Fasta('contig2', 'AAAA'), + } + self.assertEqual(expected, a.get_contigs()) + + + def test_circular_contigs_from_spades_before_3_6_1(self): + '''Test _circular_contigs_from_spades_before_3_6_1''' + fastg_file = os.path.join(data_dir, 'assembly_test_circular_contigs_from_spades_before_3_6_1.fastg') + got = assembly.Assembly._circular_contigs_from_spades_before_3_6_1(fastg_file) + expected = {'NODE_1_length_5_cov_42.42_ID_1'} + self.assertEqual(expected, got) + + + def test_spades_contigs_paths_to_dict(self): + '''Test _spades_contigs_paths_to_dict''' + contigs_paths = os.path.join(data_dir, 'assembly_test_spades_contigs_paths_to_dict.contigs.paths') + expected = { + "NODE_1_length_86545_cov_16.2519_ID_2261": "1-,2+", + "NODE_1_length_86545_cov_16.2519_ID_2261'": "2-,1+", + "NODE_2_length_22106_cov_99.9797_ID_2263": "4+,10-,11+,10+,9-,5-,3+,5-", + "NODE_2_length_22106_cov_99.9797_ID_2263'": "5+,3-,5+,9+,10-,11-,10+,4-", + "NODE_3_length_21556_cov_27.4797_ID_2265": "6+", + "NODE_3_length_21556_cov_27.4797_ID_2265'": "6-", + "NODE_4_length_16761_cov_36.4471_ID_2267": "7+", + "NODE_4_length_16761_cov_36.4471_ID_2267'": "7-", + "NODE_5_length_8134_cov_20.6513_ID_2269": "14+", + "NODE_5_length_8134_cov_20.6513_ID_2269'": "14-", + "NODE_6_length_6712_cov_6.68474_ID_2271": "15+", + "NODE_6_length_6712_cov_6.68474_ID_2271'": "15-", + "NODE_7_length_4806_cov_3.33747_ID_2273": "13+", + "NODE_7_length_4806_cov_3.33747_ID_2273'": "13-", + "NODE_8_length_4566_cov_19.8709_ID_2275": "12+", + "NODE_8_length_4566_cov_19.8709_ID_2275'": "12-", + "NODE_9_length_3068_cov_67.4016_ID_2277": "8+", + "NODE_9_length_3068_cov_67.4016_ID_2277'": "8-", + } + got = assembly.Assembly._spades_contigs_paths_to_dict(contigs_paths) + self.assertEqual(expected, got) + + + def test_circular_edges_to_edge_numbers_dict(self): + '''Test _circular_edges_to_edge_numbers_dict''' + edges = {'NODE_1_length_86545_cov_16.2519_ID_2261', 'NODE_5_length_8134_cov_20.6513_ID_2269'} + expected = { + '1': 'NODE_1_length_86545_cov_16.2519_ID_2261', + '5': 'NODE_5_length_8134_cov_20.6513_ID_2269' + } + got = assembly.Assembly._circular_edges_to_edge_numbers_dict(edges) + self.assertEqual(expected, got) + + + def test_circular_contigs_from_spades_after_3_6_1(self): + '''Test _circular_contigs_from_spades_after_3_6_1''' + contigs_paths = os.path.join(data_dir, 'assembly_test_circular_contigs_from_spades_after_3_6_1.contigs.paths') + assembly_graph_fastg = os.path.join(data_dir, 'assembly_test_circular_contigs_from_spades_after_3_6_1.assembly_graph.fastg') + got = assembly.Assembly._circular_contigs_from_spades_after_3_6_1(assembly_graph_fastg, contigs_paths) + expected = { + 'NODE_5_length_8134_cov_20.6513_ID_2269', + 'NODE_6_length_6712_cov_6.68474_ID_2271', + 'NODE_7_length_4806_cov_3.33747_ID_2273', + 'NODE_8_length_4566_cov_19.8709_ID_2275', + } + self.assertEqual(expected, got) + + + def test_circular_contigs_spades_pre_3_6_1(self): + '''Test circular_contigs with spades pre 3.6.1''' + a = assembly.Assembly(os.path.join(data_dir, 'assembly_test_circular_contigs_spades_pre_3_6_1')) + got = a.circular_contigs() + expected = {'NODE_1_length_5_cov_42.42_ID_1'} + self.assertEqual(expected, got) + + + def test_circular_contigs_spades_post_3_6_1(self): + '''Test circular_contigs with spades post 3.6.1''' + a = assembly.Assembly(os.path.join(data_dir, 'assembly_test_circular_contigs_spades_post_3_6_1')) + got = a.circular_contigs() + expected = { + 'NODE_5_length_8134_cov_20.6513_ID_2269', + 'NODE_6_length_6712_cov_6.68474_ID_2271', + 'NODE_7_length_4806_cov_3.33747_ID_2273', + 'NODE_8_length_4566_cov_19.8709_ID_2275', + } + self.assertEqual(expected, got) + + + def test_circular_contigs_just_fasta(self): + '''Test circular_contigs when input is just fasta''' + a = assembly.Assembly(os.path.join(data_dir, 'assembly_test_circular_contigs_only_contigs.fasta')) + got = a.circular_contigs() + expected = set() + self.assertEqual(expected, got) diff --git a/circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_from_spades_after_3_6_1.assembly_graph.fastg b/circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_from_spades_after_3_6_1.assembly_graph.fastg new file mode 100644 index 0000000..cd2a5c1 --- /dev/null +++ b/circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_from_spades_after_3_6_1.assembly_graph.fastg @@ -0,0 +1,5806 @@ +>EDGE_14_length_8134_cov_20.6513':EDGE_14_length_8134_cov_20.6513'; +CTCTCTTAACTCTCTAGCGAGTACACACCTTTGGTGTGCAACATCACCGGCACAATGCCG +GTGATGTGATACCTTTTAGCTATGACGGTTAGCGTCAGCAAAAGGGTTATGGTCTACATC +AGAATGTGATGATGTAGACTGTGCCGTTTCATCTGTATCAGATGATGAAACGGGAACCTC +ACTTGATACATCAAGTGAACCAATATCATCAAATAAATATGATTTGATATTGGGTAAATC +CTTAACATCAATTTCACCGGAACTAACCTTATCTAACAACTTCATAGACATATCATTAGT +GAATTCAAGTTGCATTTTATCAAACTTGTGTTGATGGTTAGCAAGTTTGTTCTTTTCTTT +ATTGAAACGCTCTTGTGTTGTAGAGATATTGTGTCGTATCTGTTCCGTATCTTTCACATA +ATCTTCTTTATTTTTTACTATACTTTGATCCATTATTATCCTCCTCAATTTCATGAGCGA +TACGATGTACTGTACTCATACCAACTTCATGTTTTAACCTTACAGCGTTGTAACTCATAC +CACTGTTTAAATCTTCAACAATTTGATTGTAAATATAGCGCCCGTACTTATCTTTTGAAT +GTGGACTATACTTCTTTGGTTTACCTTTAAAGCGTCCTTGCTTTTTAGCAAGCTCTATAC +CATCACGCTGACGCTCTTTGATGTACGCTCGTTCATTTTCCGCAACATAACCTAATAAGT +TTATTAACATATCTGTTAAAGCTTTATCCATCAGTTTGTTACCCGTGTTGATGTTGGGTA +GCCCACCGATTTCAAAATTTAAGCCACTGTCTTTAAGCGTCTTAATTACAGTTTGAACAT +CATCGTACTTACGTGAAATACGATCCAACTTATAAACAATTAATGTGTCACCTGAACGAG +CCTTTTGTAACAGTTGTTTAAAACCATCACGTTGTTCCGGTGCAACGCCACCCGATACAC +CTTTATCAACAAATATTAGACCATCGTCAACGCCATGACTTTTTAAATACTCAATTTGTA +AATCAAGATTCTGTTCTTTTGTTGAGACCCTCGCATAACCTATTTTTGCCATCAATTCAC +CTCCATAAAACCGTAAACCCTAACGGTTAATTTAAATCCCGTCACAACAACATTCATTAT +TGTTCCATTTAAGTATACTACATTGGTATGATAATATCAAGTAATATGACAAATAAATTG +TAATATCACACTTATCACGATCGTTCAACTCCCTGTTACGAGCTAAAGCTCGTTGAACTC +AAAAAAGCACTGGTCTTTAGTACCAGTGCTTTTTCTACGTTTACTTATTAAAAATATTCT +TTAAATCGTTCATCGTGTGTGAGCAAATTTTCTAATTTTTTAAAACTATCGAAAATTGCT +AAATTATTTTTATGTGTAGGTTCATCGGTGCGCGATTGATGTTGAAGTCTGTTTAAAGTT +TCATTAATTTCGACGTTCTCATCATCATGTCCAAATAATGATAAAACAGTAAATACAACA +GATTCTAATTCACGATTCATCACATCAACAGAAGTATCATCAACGTTATTTTTTAATTGA +GATACAACGTCAAGTTGTCGTTTTAATTGTTCGACACCCAAAATATCACCCCTCCTGTTT +TTTATTATACTAATAACTTTCTTCACTTAACACATAATAGTACGTGTTAAAGTAGAAACG +TTTTAATCGTTTGTCGTATTCTAATGCAGTTAATAAATCAAATGTGTGTTTAGTCCGCTT +TTTAATAGATTTCCAAGTTTCTAAAGCGTCGACACCATCCAATTTAAGAATTAAATCAAG +ATAATCTTTTCTTGAAAAATCTTCAACATCCCGTAAAAAATCATCTTCGGGATGTAGTTC +AGGAAATTTTAAAAGATAAACTAAATACTGTTTAATATCATACTTTTTAGCTATTTGTTG +ATGTTCAACAAGTTCATCACTCGTTAGCTTTTTCTCATTGACCCGTTTATATTTCGGAAA +ACCGTTGTTTAATGCGTATTGATATGCAGTAAACGTTAAATCATCTTTAATACAATGATC +TTTACCGATGAATAGCTTGTGTATGCCTGCGTTATATTCATATTCTTCCATATTTTCAAA +TGGACGTGTTGGGAACCAACCATAATCAGATTTAAAGACATCCGTTTTGATATTTGAAAA +CTCTCGAGGCAACAACATACGCTTTTTATCGAAGTCCATGGATAAACGCTTTTCAAGATC +TTCTTTAGAATCATAAGCCTTGGTGATAGATTTTAAATTGCTTTGTTTAACCTCTCTAAA +TGACAACATATCAGTTTGATAATCAATTAATGCCCCGTTACGGTTCACAATTTGATTAAG +CAATTTAAAGCGTTTGTCGTAATCAGTTAAATATTTAAAATCGTTATCACCTTTATAACC +GGCTTTTGCAAAAACACCATCATAGTTTTCAACGTTGCTTGTATAAGGGTTTGTGTAAGG +TTTACCAACATCTAAAGAGATGTTACCTCTCGTTTTAACATTGAAGAAAAATTCATCTTG +AATGTGTTTAACTTCCAAAATAGAACCTTTACCGGTAGACCAATCAAGCGTTTCGCCCCA +ACATGCTTTAATAACTTTTTGAAAAACCGTAGAAATACCACTTAAATATTCATCAATTTC +GAGCATTCTTTCCCAAGGAAAATCAGAAATGAACCCGTCTGTCGTTACACTGTGAACGGT +ATAACCTAGACGGTCGATGTAATTCATAATCAAGCCCAACACACTTCGTACAAGCGCAGT +TGTTGTTGAGGCAATCACACCGTCAGTAATTCTTGAAAATGGTATAACTTCAGTTTCATT +GTTTAAGATGTTACGGGCTGTGTTCCCATGAATACCTTGCCCCGTTTTACCATAGGTTGA +ATTTACAAGTATTTTCATTAATTGTGCTTGAACAGACTTCTTACCGTATTGTTTAGCGTA +TTTGGCACGAATTTTAATCATATTGCGAACACCAAAACCAACGTGATGCATGATGAAATC +ATTATCGACATCAATATCATCAAAAGACCCATGGTCATGTTCACTTGAACGTTTTAAATC +AAAGAACATGAACCCTTGTTTTGCAACGGTGACTTTAGCACCAACATGAAGTGCTGCGAA +AACATCAGGTGCAGACACAAGCCCCTCGCCAGTTCTTAAAAAGACTGGAGTGCCTTCTAA +ACCAGTTTTAGTTGATTTTAAAGGAATAGTAGGATATTTGACGTTTTCGGGAAACTCAAA +TTTTACATAACCAAACCCAGCTTGTCCAAAGTGTTTCCAATCGTTTAAAGATAGTTCATG +ACCTTTGTTGAAAACGATTGGAGGTTTATCAAAATCAATCATTCTCATGCACTGCATTTG +AAATGGATACGCAGAGCGTAAATCATAGTCATAAGTACGACCAGTAATTAAACCATGCGT +AAACGCTTCATTACGACCACCCATATATGCATAATCTGGCATATCACCGAATAAACCACG +AGTATGAGAAACACTGTTGTAATTCGGCTTATGATCTTCAATATCAAACCCCACAACGTC +ATTAGACCATGAAACACCATTTTTATAATACGATTCCATCGCCTCACGAATATTTTTCTG +TAAGTGTTTGGCAGAGATGGAACTGACCGTTAAACCATCACCGATGATACTTACAACCAT +TTTGTACCATTCGTAACTTATACGAGCGTCACGTACAGCGTAGTCATGGAAAAATTGAGG +ATGATTTTGAAGTAATTCATCCATATGGCTTTTATAGTGATTTACAGGCTTATTATCGCC +TTTATCGAGTTCAAGGGTATCTAACTTCGAAATTCCTAAAGATTGCCCCAGAGAAGCCAA +AGGAGAGCCCGGAGGAGCCAACTTCATCGTGTCACGTATATCAATGTTAAACATACAACG +TGCCTTTCTAGGTCTATACCAAAAATTATAGATACGAGGCGAACGCGTATACATGCAATG +CTTATCACTCACAATCAAATTGTAAGAATGTTCCGGATTGTCTTTAATCTTTTTATAACG +TTCAGCTAAAATATCCAAATCAGACTGAAGTAAATTTTTATTTGTTTTAGGGTTACGACC +AGTTTTAACAAGCTTTTCAATATGACGCATTTGTGATTTTTGAGATTCACTGTAATCAAG +GTAACTTAACAACTCTTGATAGTCAGATAACATTGAAAAGTCCACACCACCGAAATGTGC +TACCAATAGAATCTGACAAGTCTTATATGAGGGATTTTTATGATGTTCTTTACCTTCATG +TTTAACAACAAAACCACGACCAACGAACAAGTAGTTAACGATAAAATACAACATATGACC +TAATTTTAAACGTTCAGAAAAATTATGGTCGGGATAAAACACAATATCATAGTCAGAACC +ATCAACAGTCGTTGAAAATTGATAACTTAAAGCACTACGTTCATCACCAGACCACTCAGT +ATCAAAGCCAAGTGTTAAAGACTGTTTGTTGATATAACGTTTAATATAATCACGAACATC +AACATCAGGTTTAATAGTACGATTAATATAATAACGATTACTAAAACTTTGATTATACTC +AAACAAATCTTTAAAGTATTTCCAATTTTTTTCACTGATGGAACAATCATCACCAACAAA +AGGTGGTGTTATGTTATTCGAAATATAATATTTTAATAAACCATCACCAACAAAAAATTG +TTTGGTATCTAAAAAATATGGCGGGGACGAAAGGGGGGGCATACATGGCACTCCCCCATA +TGGTAGCCAATGCCCCCCATTGATGAAGCCCGTGGTTGAGAGGTTTTTTGCAAATCCGAA +AGTGACCAAAGAGGGTGCTTTGGTCACTTTCGAAATTCGTTTTTCGATGACAATTGTACC +GAAAATATTAAAAACTGATCCGTCAATTTCTTGTCTAAATTTGTTATTAAAAATGTTTTT +ATTCATAAATAAAAACACACCTTTCTGTAAATTTTTCAAAAAGGTGTGCTCCCAACAAGA +CTATTTTTTATCATTTATTAAACAATTGTGTTCTCAATATACTCATGGTATACTTTAAAT +ATCACATAAATAAAACAGTTTCAGACCCTGTTTTATTAATTATATCTTTTTTTCCGGTGT +CTTGTTGAGAGCAAGTCACCTTTTTATTTATTATAGCACGAATGCGTTTCGAACGCATTT +GTGCTATTTATTTTGTCCGAACCATCTTTTAAACAAACTTTTCTTCACCGGTTCTGTTTC +TTTTTCCACCTCTGTATCTTCTGAACTACTTTCCAATTCATTCAACCGTTGCCCCGTAAC +TAAATTTAACTGTTGTTGTTGATCTAATAACTTTGCTTGTGTCTTCAGTAATGCGTCTTT +TTCTTCAATTTGTGCTCTGAGAAACGCATTCTCTTGCAACAACTGTTGTACTAATGTACT +GTCGTTTGTTTCGGTTGATCTATCACCACTGTATCGTGTTTTATTCTGCAACACTTTTTG +AGTAATCTGTTGTTCTAGTGTTTCATCGATGTAGTTCACACCGTCGATAACTGTAAACTC +CATGTGTTCCGGCTTGTTTCGGGTGATAGTCGGTTTTGATACCCCTAATTTATCGGCGAG +TTGCTTAATCGTTAACATTGTACCACCTCTCAATCAGTGTACCACTTGTGTAACATGTAC +GCTACACCCGTTACGACACCAACCCAGAACATTGGCGTAATGAGATATGCAAGGTACCAC +AGACCTGTTACATACCATGTTTTGCTGTGTTCTATCTTTGTTGCGATGAATTGATACGCA +TGTTCTAAAAATGGCATATCAGCAAGCGTTGTGAATAGCAACAACACAACAGCAAATGCA +ACAAATCCCACCATCGCTGAAACATACCACTTCTTATATTTTTCGGTTTCATCTTTCAAC +TTCCTTGAATATGAAATCAGTTCGTTTGTTGCCTCCTTGATTTCATTTTGGGACTTAACT +CTAAAGTCATTGGTTTCTTTAACCACGTCTTCCGTTGCCTTTTTTAGGTTGTCTGTTAAA +CCTTTCTTAACTGCACCTGTGATGTCGTACAAGTCACTTGATTGCAACGACACTTTGATA +TTACGGTCTTGTTTTGCGTAAGTGTCCAGTTTTTGTGCCAAAGTGTTAATATCTTTGTGT +GTTTTGCTATCCAAGTTCAAATCCTGCGTCTTTGTCTTTAGCTCGTTTGCTACTGCTTTT +AGTTCTTGTTGTACTTCTTTCGTTGTTTTCGACGTGTCGTTGATGGTCTCGATGTTGTTT +TTCAACTCGCTGATTGTTTCGAGTAGCTTTTGAGCTGTGTTTTTCTCTGCCATATTCTTT +TACCTCCTCATTAATTTGGTCTAAAAATGCTAAGCTCTCATCATCAAATTCAAGTTCTAG +TTCATCTTCATCATCTTCCGGAACAATTAAATTGGATAACATTTGTTGTTGCTGTTGTGT +TAAATCATTCTCATTGATTTCAAAGTTGCCTGTTTCAAGTAGCTTATCTTCAATTTTTGA +TTTAACACCTGATAACGTGTAATCTTCTTTACTTAATGTTTTAGCTTTAATTGTCTTTTC +AGATGTTTCACCCTTTTTGTTGGTATAACTAAAACTGTATTTGATGTTTTCACCATCTTT +AGTTCCTGCGTCCTCAACGCCTATCTGATATTCTTCATTTAACATCTGTTTAAAGTCTTC +AAATGATTTCACAGTTTCATCATCTATAACTTTTTGAATTTGTTCTCGTACTTCGTCTTT +GGCTAATGTCATACCGTTTTTGCGTGCTTTTCGCTCATTCGGTGATACATATTCACCTTT +TGAACGTGCTTCAGCTTTACGTGTTTTATTTAAGCGCCAATTGTTTTTGTCCAAAGGTGT +GTACCCATAATCAATCATGACTTGGTCACTAATTTCAGCTAGTTTCGTCCATTTGGTCAT +GTCACCTCGCTGTGATTTACCGTCATTTCCTACTGCATTACTAATTAGGTGATTGTGATA +CAACCCAGACTTGCCATCGCATTGTGTCGCTACCAAACATTGATAGTTTTCACCGTAAAT +GCGCCGTGCTTTTTCTAAACCCATTTCGTGTACAAGTTGGATTGTTGAACGCTTACCGTC +CTTAGGTATTTCATCTTCGGAATAGCTATCAATAATTGAGTAACCTTGAACAAAACCTTC +TTGTTTATTATATTGTTTTTGCACGTCACGCATTTGTGGTTTAGCTAGAAATGCACTATC +ACCAGTTATCGCCAAATTTAAACCCGAAACGGCTTGTACACGACGCCCATTTGTATGTTC +ATGGTTGTAGTGTGGTTTTGAACTTAAAACATAATCAATAGACTTTTGAACATTGCGTGT +TGAACTTACTTGGATTGTTGCGATAATGACCCCACCTTTCTGTTAAAATCACCGATGTTT +TTTCTCGTTTTCTTAAACTGTTGCCGGAACTCATCGATGTTTTTTAAATCATCTACACTT +AATTCATTGCGTAACTTACGTGTGTTCAATAACTTTATATATTGGTTAAAGTTTCGTGCG +ATACCTTGGATATCGTTTCGCAATTCACTTGCTAAAATTCTAAGGTCTTTCATGACTTCA +AACGTTTCATTATCAAATACTTGTTTCGGCTTAAACGTTTGCTTATGGTCGAGCCATTCT +AATGTAATTAACCGGGCAATCTCATTTGGCGATTTATAGCCTCTTAATTCATCTGAAAGT +GTCTTTAACCTGTCATATTCATCTTCACGTATCCGAAACACAATCGTCTTTGTTTTGCGT +TCTGTTTCGGGTAATTTATGTTTTACATCTGACATGATGTTCACTCCTTTAAATTCAAAA +AGATTGATTTTAATACACGCCCAATAATAGTGGGCTAATTGTGTATTAAAATACGTGTTG +CGTCGCAAAAAAAAATGTGCGACAATTGCAACACGTCAAATGCGATTTATTGCAGGGCAC +TACGCTCAACGCATAGCACCCCTTATAAATCTGGGGCAAGCAGTCCCAATGTAAACATTT +GGGAGCTTGTAAGAGAGACGCTGCGCTCTCTCTTAACTCTCTAGCGAGTACACACCTTTG +GTGTGCAACATCACCGGCACAATGCCGGTGATGTGATACCTTTTAGCTATGACGGTTAGC +GTCAGCAAAAGGGTTATGGTCTACATCAGAATGT +>EDGE_14_length_8134_cov_20.6513:EDGE_14_length_8134_cov_20.6513; +ACATTCTGATGTAGACCATAACCCTTTTGCTGACGCTAACCGTCATAGCTAAAAGGTATC +ACATCACCGGCATTGTGCCGGTGATGTTGCACACCAAAGGTGTGTACTCGCTAGAGAGTT +AAGAGAGAGCGCAGCGTCTCTCTTACAAGCTCCCAAATGTTTACATTGGGACTGCTTGCC +CCAGATTTATAAGGGGTGCTATGCGTTGAGCGTAGTGCCCTGCAATAAATCGCATTTGAC +GTGTTGCAATTGTCGCACATTTTTTTTTGCGACGCAACACGTATTTTAATACACAATTAG +CCCACTATTATTGGGCGTGTATTAAAATCAATCTTTTTGAATTTAAAGGAGTGAACATCA +TGTCAGATGTAAAACATAAATTACCCGAAACAGAACGCAAAACAAAGACGATTGTGTTTC +GGATACGTGAAGATGAATATGACAGGTTAAAGACACTTTCAGATGAATTAAGAGGCTATA +AATCGCCAAATGAGATTGCCCGGTTAATTACATTAGAATGGCTCGACCATAAGCAAACGT +TTAAGCCGAAACAAGTATTTGATAATGAAACGTTTGAAGTCATGAAAGACCTTAGAATTT +TAGCAAGTGAATTGCGAAACGATATCCAAGGTATCGCACGAAACTTTAACCAATATATAA +AGTTATTGAACACACGTAAGTTACGCAATGAATTAAGTGTAGATGATTTAAAAAACATCG +ATGAGTTCCGGCAACAGTTTAAGAAAACGAGAAAAAACATCGGTGATTTTAACAGAAAGG +TGGGGTCATTATCGCAACAATCCAAGTAAGTTCAACACGCAATGTTCAAAAGTCTATTGA +TTATGTTTTAAGTTCAAAACCACACTACAACCATGAACATACAAATGGGCGTCGTGTACA +AGCCGTTTCGGGTTTAAATTTGGCGATAACTGGTGATAGTGCATTTCTAGCTAAACCACA +AATGCGTGACGTGCAAAAACAATATAATAAACAAGAAGGTTTTGTTCAAGGTTACTCAAT +TATTGATAGCTATTCCGAAGATGAAATACCTAAGGACGGTAAGCGTTCAACAATCCAACT +TGTACACGAAATGGGTTTAGAAAAAGCACGGCGCATTTACGGTGAAAACTATCAATGTTT +GGTAGCGACACAATGCGATGGCAAGTCTGGGTTGTATCACAATCACCTAATTAGTAATGC +AGTAGGAAATGACGGTAAATCACAGCGAGGTGACATGACCAAATGGACGAAACTAGCTGA +AATTAGTGACCAAGTCATGATTGATTATGGGTACACACCTTTGGACAAAAACAATTGGCG +CTTAAATAAAACACGTAAAGCTGAAGCACGTTCAAAAGGTGAATATGTATCACCGAATGA +GCGAAAAGCACGCAAAAACGGTATGACATTAGCCAAAGACGAAGTACGAGAACAAATTCA +AAAAGTTATAGATGATGAAACTGTGAAATCATTTGAAGACTTTAAACAGATGTTAAATGA +AGAATATCAGATAGGCGTTGAGGACGCAGGAACTAAAGATGGTGAAAACATCAAATACAG +TTTTAGTTATACCAACAAAAAGGGTGAAACATCTGAAAAGACAATTAAAGCTAAAACATT +AAGTAAAGAAGATTACACGTTATCAGGTGTTAAATCAAAAATTGAAGATAAGCTACTTGA +AACAGGCAACTTTGAAATCAATGAGAATGATTTAACACAACAGCAACAACAAATGTTATC +CAATTTAATTGTTCCGGAAGATGATGAAGATGAACTAGAACTTGAATTTGATGATGAGAG +CTTAGCATTTTTAGACCAAATTAATGAGGAGGTAAAAGAATATGGCAGAGAAAAACACAG +CTCAAAAGCTACTCGAAACAATCAGCGAGTTGAAAAACAACATCGAGACCATCAACGACA +CGTCGAAAACAACGAAAGAAGTACAACAAGAACTAAAAGCAGTAGCAAACGAGCTAAAGA +CAAAGACGCAGGATTTGAACTTGGATAGCAAAACACACAAAGATATTAACACTTTGGCAC +AAAAACTGGACACTTACGCAAAACAAGACCGTAATATCAAAGTGTCGTTGCAATCAAGTG +ACTTGTACGACATCACAGGTGCAGTTAAGAAAGGTTTAACAGACAACCTAAAAAAGGCAA +CGGAAGACGTGGTTAAAGAAACCAATGACTTTAGAGTTAAGTCCCAAAATGAAATCAAGG +AGGCAACAAACGAACTGATTTCATATTCAAGGAAGTTGAAAGATGAAACCGAAAAATATA +AGAAGTGGTATGTTTCAGCGATGGTGGGATTTGTTGCATTTGCTGTTGTGTTGTTGCTAT +TCACAACGCTTGCTGATATGCCATTTTTAGAACATGCGTATCAATTCATCGCAACAAAGA +TAGAACACAGCAAAACATGGTATGTAACAGGTCTGTGGTACCTTGCATATCTCATTACGC +CAATGTTCTGGGTTGGTGTCGTAACGGGTGTAGCGTACATGTTACACAAGTGGTACACTG +ATTGAGAGGTGGTACAATGTTAACGATTAAGCAACTCGCCGATAAATTAGGGGTATCAAA 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b/circlator/tests/data/assembly_test_circular_contigs_spades_post_3_6_1/assembly_graph.fastg @@ -0,0 +1,5806 @@ +>EDGE_14_length_8134_cov_20.6513':EDGE_14_length_8134_cov_20.6513'; +CTCTCTTAACTCTCTAGCGAGTACACACCTTTGGTGTGCAACATCACCGGCACAATGCCG +GTGATGTGATACCTTTTAGCTATGACGGTTAGCGTCAGCAAAAGGGTTATGGTCTACATC +AGAATGTGATGATGTAGACTGTGCCGTTTCATCTGTATCAGATGATGAAACGGGAACCTC +ACTTGATACATCAAGTGAACCAATATCATCAAATAAATATGATTTGATATTGGGTAAATC +CTTAACATCAATTTCACCGGAACTAACCTTATCTAACAACTTCATAGACATATCATTAGT +GAATTCAAGTTGCATTTTATCAAACTTGTGTTGATGGTTAGCAAGTTTGTTCTTTTCTTT +ATTGAAACGCTCTTGTGTTGTAGAGATATTGTGTCGTATCTGTTCCGTATCTTTCACATA +ATCTTCTTTATTTTTTACTATACTTTGATCCATTATTATCCTCCTCAATTTCATGAGCGA +TACGATGTACTGTACTCATACCAACTTCATGTTTTAACCTTACAGCGTTGTAACTCATAC +CACTGTTTAAATCTTCAACAATTTGATTGTAAATATAGCGCCCGTACTTATCTTTTGAAT +GTGGACTATACTTCTTTGGTTTACCTTTAAAGCGTCCTTGCTTTTTAGCAAGCTCTATAC +CATCACGCTGACGCTCTTTGATGTACGCTCGTTCATTTTCCGCAACATAACCTAATAAGT +TTATTAACATATCTGTTAAAGCTTTATCCATCAGTTTGTTACCCGTGTTGATGTTGGGTA 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a/circlator/common.py +++ b/circlator/common.py @@ -4,7 +4,7 @@ class Error (Exception): pass -version = '1.1.1' +version = '1.1.2' def syscall(cmd, allow_fail=False, verbose=False): if verbose: diff --git a/setup.py b/setup.py index d496aaf..a61a6d0 100644 --- a/setup.py +++ b/setup.py @@ -7,7 +7,7 @@ setup( name='circlator', - version='1.1.1', + version='1.1.2', description='circlator: a tool to circularise genome assemblies', packages = find_packages(), package_data={'circlator': ['data/*']},