-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 2
/
Copy pathtestRunPE.sam
17 lines (17 loc) · 5.26 KB
/
testRunPE.sam
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
@PG collate
1 339 chr18 44353186 255 101M = 44353036 -251 ACTCTGTTTGTCTGTTGTTGGTGTGTAAGAATGCTTGTGATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGA FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-45 XS:i:-5 XN:i:0 XM:i:6 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:6 MD:Z:0T15A7A2G18C14C39 YS:i:-40 YT:Z:CP
1 419 chr18 44353036 255 101M = 44353186 251 TCTTCCATTTCTTTGTATCCTCTTTTATTTCCTTGAGCAGTGGCTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTACACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTAT FFFFFFFFFFFF,FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:F:FFFFFFFFFFFFFFFFFFF::FFFF,FF:FFFFFFFF:FFFF AS:i:-40 XS:i:-15 XN:i:0 XM:i:8 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:8 MD:Z:1T8G3A1T6C37C7T18T12 YS:i:-30 YT:Z:CP
1 339 chr9 129297893 255 101M = 129297743 -251 ACTCTGTTTGTCTGTTGTTGGTGTGTAAGAATGCTTGTGATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGA FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-40 XS:i:-5 XN:i:0 XM:i:8 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:8 MD:Z:0T15A7A2G5T12C15G35C2 YS:i:-45 YT:Z:CP
1 419 chr9 129297743 255 101M = 129297893 251 TCTTCCATTTCTTTGTATCCTCTTTTATTTCCTTGAGCAGTGGCTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTACACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTAT FFFFFFFFFFFF,FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:F:FFFFFFFFFFFFFFFFFFF::FFFF,FF:FFFFFFFF:FFFF AS:i:-45 XS:i:-15 XN:i:0 XM:i:9 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:9 MD:Z:1T8G3T1G6C16G2T44T10G1 YS:i:-40 YT:Z:CP
2 355 chr6 160314 255 101M = 160464 251 TCTCCTTAAGCTGATAAGCAACTTCAGCAAAGTCTCAGGATACAAAATCAATGTACAAAAATCACAAGCATTCTTACACACCAACAACAGACAAACAGAGT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-55 XS:i:-5 XN:i:0 XM:i:11 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:11 MD:Z:12A9A19G3C4G2G18C2T7T9G5A0 YS:i:-33 YT:Z:CP
2 403 chr6 160464 255 101M = 160314 -251 ATACCTAGGAATCCAACTTACAAGGGATGTGTAGGACCTCTTCAAGGAGAACTACAAGCCACTGCTCAAGGAAATAAAAGAGGATACAAAGAAATGGAAGA FFFF:FFFFFFFF:FF,FFFF::FFFFFFFFFFFFFFFFFFF:F:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF,FFFFFFFFFFFF AS:i:-33 XS:i:-15 XN:i:0 XM:i:7 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:7 MD:Z:12A3T40A0T25C5C8A1 YS:i:-55 YT:Z:CP
2 339 chr16 76692707 255 101M = 76692557 -251 ACTCTGTTTGTCTGTTGTTGGTGTGTAAGAATGCTTGTGATTTTTGTACATTGATTTTGTATCCTGAGACTTTGCTGAAGTTGCTTATCAGCTTAAGGAGA FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-40 XS:i:-5 XN:i:0 XM:i:8 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:8 MD:Z:0T12A2A10G16G1C45A7T0 YS:i:-50 YT:Z:CP
2 419 chr16 76692557 255 101M = 76692707 251 TCTTCCATTTCTTTGTATCCTCTTTTATTTCCTTGAGCAGTGGCTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTACACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCTAGGTAT FFFFFFFFFFFF,FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:F:FFFFFFFFFFFFFFFFFFF::FFFF,FF:FFFFFFFF:FFFF AS:i:-50 XS:i:-15 XN:i:0 XM:i:10 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:10 MD:Z:1T8G5G6C12A6T10A0A32T4A7 YS:i:-40 YT:Z:CP
3 355 chr14 53802443 255 101M = 53802593 251 TCTCCTTAAGCTGATAAGCAACTTCAGCAAAGTCTCAGGATACAAAATCAATGTACAAAAATCACAAGCATTCTTACACACCAACAACAGACAAACAGAGT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-50 XS:i:-5 XN:i:0 XM:i:10 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:10 MD:Z:1A5C46G0T0G16C6G3T2T12A0 YS:i:-48 YT:Z:CP
3 403 chr14 53802593 255 101M = 53802443 -251 ATACCTAGGAATCCAACTTACAAGGGATGTGTAGGACCTCTTCAAGGAGAACTACAAGCCACTGCTCAAGGAAATAAAAGAGGATACAAAGAAATGGAAGA FFFF:FFFFFFFF:FF,FFFF::FFFFFFFFFFFFFFFFFFF:F:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF,FFFFFFFFFFFF AS:i:-50 XS:i:-15 XN:i:0 XM:i:10 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:10 MD:Z:3A8A3T3T10A7T37G6C5C8A1 YS:i:-50 YT:Z:CP
3 83 chr21 31426170 255 101M = 31425993 -278 CACCTCCCACCCTTCCTCCTGAGTCCCCAAAGTCCATTGTATCACTCTTATGTCTTTGCATATGGGCCCGCTTTTTAACACTTTGAGTAGCTGGCGTAGCA FFFFFFF:FF:F,FFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFF,FF:F:FFFFF:FFFFF:FFFFFFFFFF::FFFFFFFFF AS:i:-50 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:62A38 YS:i:0 YT:Z:CP
3 163 chr21 31425993 255 101M = 31426170 278 AAAGTGCTGGGATTACAGGCGTAAACCACCGCGCCCAGACCATTTTAATAGTTTTTGGGGATCAGGCGGTTTTTGGTTACATGGATAAGTCCTTTAGTGGT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF,FFFFF,F:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF,FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FF AS:i:-50 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:101 YS:i:-3 YT:Z:CP
3 99 chr1 171920617 255 101M = 171920742 226 AGTTGTGAGACATTCTAAATGTGTTTAAAAACTGTGCTATAGGTATGTTTTTGAATTCTTCGACATTGCAGAATCAGCAATAATTTATGTGGCATTGCAGA FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF::FFFFFF:FFFFFFFFF AS:i:-50 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:101 YS:i:0 YT:Z:CP
3 147 chr1 171920742 255 101M = 171920617 -226 TGCTGCAGTTTTATTAGCTTAGTGTTTATTAATATGTCATTTAAAATATGATCTTTATCAAAACGTCCATTTATCAGGAATAAGAACAAATGGAATGAGAA F:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFF,FFFFFF:FF::FFFFFF:FFFFFFFFFF:F:F:FFFFFFFFFFF AS:i:-51 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:101 YS:i:0 YT:Z:CP
4 99 chr1 171920617 255 101M = 171920742 226 AGTTGTGAGACATTCTAAATGTGTTTAAAAACTGTGCTATAGGTATGTTTTTGAATTCTTCGACATTGCAGAATCAGCAATAATTTATGTGGCATTGCAGA FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF::FFFFFF:FFFFFFFFF AS:i:-50 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:101 YS:i:0 YT:Z:CP
4 147 chr1 171920742 255 101M = 171920617 -226 TGCTGCAGTTTTATTAGCTTAGTGTTTATTAATATGTCATTTAAAATATGATCTTTATCAAAACGTCCATTTATCAGGAATAAGAACAAATGGAATGAGAA F:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFF,FFFFFF:FF::FFFFFF:FFFFFFFFFF:F:F:FFFFFFFFFFF AS:i:-51 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:101 YS:i:0 YT:Z:CP