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##################################### SETUP ####################################
# set working directory to where your directory is
################################ LOAD PACKAGES #################################
# copy and paste here
############################## LOADING REFERENCES ##############################
################################# LOADING DATA #################################
############################### BATCH CORRECTION ###############################
########################## SET UP HERV AND L1 MATRICES #########################
################### FILTER ORIGINAL AND BATCH CORRECTED DATA ###################
######################### PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS #########################
######################### GENE-BASED VS HERV-BASED PCA #########################
############################### % HERVs AND % TES ##############################
######################### EXTRACT DE ANALYSIS RESULTS #########################
############################# VISUALIZE DE RESULTS #############################
#################### VISUALIZE INDIVIDUAL HERVS OF INTEREST ####################
################################# FAMILY LEVEL ################################
######################### GENE SET ENRICHMENT ANALYSIS #########################