--version isn't referencing version function.

[yyoshiaki]

めちゃめちゃ些細なことですが一応、大事そうなのでこんなところに書いてみますが、

$ bash ikra.sh --version
...
ikra v1.2.1 -RNAseq pipeline centered on Salmon-
...

ってversionじゃなくてusageが出てくるのは意図的なんでしょうか？

せっかく、
function version() { cat << EOS >&2 ikra ${VERSION} -RNAseq pipeline centered on Salmon- EOS exit 1 }
でversionを定義しているのに、使われていない気が・・・。

'-v' | '--version' ) usage ;;
は
'-v' | '--version' ) version ;;
では？

Originally posted by @my0916 in #3 (comment)

[yyoshiaki]

fixed