athena_meta実行手順

メタゲノム解析用

10X->barcorded reads

https://github.com/abishara/athena_meta/issues/2

conda activate

input seed contigs の作成

使えるfastqの条件

• バーコード済みfastqを用いる。タグが-[一つの数字]でおわっていること。
• タブ区切りであること
• バーコードでソートされていること

input barcoded read を seed contigs　に変換

metaspades.py --12 /path/to/reads  -o /path/to/metaspades/out

metaspades

暫定のcontigのbwa index を作成

bwa index /path/to/metaspades/out/contigs.fasta
bwa mem -C -p /path/to/metaspades/out/contigs.fasta /path/to/reads | samtools sort -o align-reads.metaspades-contigs.bam -
samtools index align-reads.metaspades-contigs.bam

config file の設定

• 最小設定

{
    "input_fqs": "/path/to/fq",
    "ctgfasta_path": "/path/to/seeds.fa",
    "reads_ctg_bam_path": "/path/to/reads_2_seeds.bam"
}

• ジョブスケジューラー設定の例。SGEは"slurm"を"sge"に変える。

{
    "cluster_settings": {
        "cluster_type": "IPCluster",
        "processes": 128,
        "cluster_options": {
            "scheduler": "slurm",
            "queue": "normal",
            "extra_params": {"mem":16}
        }
    }
}

実行

# 確認
athena-meta --check_prereqs
athena-meta --test

# 実行
athena-meta --config /path/to/config.json

→バーコードされたリードのアラインメント（bwa）