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FerreiraAS · Jul 19, 2024 · 43995e4 · 43995e4
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diff --git a/.DS_Store b/.DS_Store
diff --git a/Ciencia-com-R.docx b/Ciencia-com-R.docx
diff --git a/Ciencia-com-R.log b/Ciencia-com-R.log
diff --git a/Ciencia-com-R_files/figure-html/efeito-interacao-direta-1.png b/Ciencia-com-R_files/figure-html/efeito-interacao-direta-1.png
diff --git a/Ciencia-com-R_files/figure-html/efeito-interacao-inversa-1.png b/Ciencia-com-R_files/figure-html/efeito-interacao-inversa-1.png
diff --git a/Ciencia-com-R_files/figure-html/evento-dado-1.png b/Ciencia-com-R_files/figure-html/evento-dado-1.png
diff --git a/Ciencia-com-R_files/figure-html/teorema-central-limite-moeda-plot-1.png b/Ciencia-com-R_files/figure-html/teorema-central-limite-moeda-plot-1.png
diff --git a/R/.DS_Store b/R/.DS_Store
diff --git a/R/Desempenho diagnostico/dtROC.R b/R/Desempenho diagnostico/dtROC.R
diff --git a/R/Desempenho diagnostico/stROC.R b/R/Desempenho diagnostico/stROC.R
diff --git a/R/Ensaio experimental aleatorizado/.DS_Store b/R/Ensaio experimental aleatorizado/.DS_Store
diff --git a/R/Ensaio experimental aleatorizado/RCT-Table1.R b/R/Ensaio experimental aleatorizado/RCT-Table1.R
diff --git a/R/Propriedades psicometricas/reliability-kappa-icc.R b/R/Propriedades psicometricas/reliability-kappa-icc.R
diff --git a/R/Descricao/.DS_Store → R/Regressao/.DS_Store b/R/Descricao/.DS_Store → R/Regressao/.DS_Store
diff --git a/_bookdown.yml b/_bookdown.yml
@@ -33,6 +33,7 @@ rmd_files:
   - "rmd/correlacao.Rmd"
   - "rmd/redes.Rmd"
   - "rmd/associacao.Rmd"
+  - "rmd/modelos.Rmd"
   - "rmd/regressao.Rmd"
   - "rmd/arvore-decisao.Rmd"
   - "rmd/aprendizagem-maquina.Rmd"

diff --git a/covers/Cover_1.pdf b/covers/Cover_1.pdf
diff --git a/covers/Cover_2.pdf b/covers/Cover_2.pdf
diff --git a/covers/Cover_4.pdf b/covers/Cover_4.pdf
diff --git a/docs/404.html b/docs/404.html
diff --git a/docs/Ciencia-com-R.docx b/docs/Ciencia-com-R.docx
diff --git a/docs/Ciencia-com-R.epub b/docs/Ciencia-com-R.epub
diff --git a/docs/Ciencia-com-R.pdf b/docs/Ciencia-com-R.pdf
diff --git a/docs/Ciencia-com-R.pptx b/docs/Ciencia-com-R.pptx
diff --git a/docs/Ciencia-com-R_files/figure-html/efeito-interacao-direta-1.png b/docs/Ciencia-com-R_files/figure-html/efeito-interacao-direta-1.png
diff --git a/docs/Ciencia-com-R_files/figure-html/efeito-interacao-inversa-1.png b/docs/Ciencia-com-R_files/figure-html/efeito-interacao-inversa-1.png
diff --git a/docs/Ciencia-com-R_files/figure-html/evento-dado-1.png b/docs/Ciencia-com-R_files/figure-html/evento-dado-1.png
diff --git a/docs/Ciencia-com-R_files/figure-html/teorema-central-limite-moeda-plot-1.png b/docs/Ciencia-com-R_files/figure-html/teorema-central-limite-moeda-plot-1.png
diff --git a/docs/R/Desempenho diagnostico/dtROC.R b/docs/R/Desempenho diagnostico/dtROC.R
diff --git a/docs/R/Desempenho diagnostico/stROC.R b/docs/R/Desempenho diagnostico/stROC.R
diff --git a/docs/R/Ensaio experimental aleatorizado/RCT-Table1.R b/docs/R/Ensaio experimental aleatorizado/RCT-Table1.R
diff --git a/docs/R/Propriedades psicometricas/reliability-kappa-icc.R b/docs/R/Propriedades psicometricas/reliability-kappa-icc.R
diff --git a/docs/agradecimentos.html b/docs/agradecimentos.html
diff --git a/docs/analise-inicial-dados-cap.html b/docs/analise-inicial-dados-cap.html
diff --git a/docs/análise-descritiva.html b/docs/análise-descritiva.html
diff --git a/docs/análise-exploratória-de-dados.html b/docs/análise-exploratória-de-dados.html
diff --git a/docs/análise-inferencial.html b/docs/análise-inferencial.html
diff --git a/docs/aprendizagem-de-máquina.html b/docs/aprendizagem-de-máquina.html
diff --git a/docs/associação.html b/docs/associação.html
diff --git a/docs/bibliografia.html b/docs/bibliografia.html
diff --git a/docs/comparação.html b/docs/comparação.html
diff --git a/docs/computação-estatística.html b/docs/computação-estatística.html
diff --git a/docs/correlação.html b/docs/correlação.html
diff --git a/docs/dados-metadados-e-big-data.html b/docs/dados-metadados-e-big-data.html
diff --git a/docs/dedicatória.html b/docs/dedicatória.html
diff --git a/docs/delineamento-de-estudos.html b/docs/delineamento-de-estudos.html
diff --git a/docs/descrição.html b/docs/descrição.html
diff --git a/docs/desempenho-diagnóstico.html b/docs/desempenho-diagnóstico.html
diff --git a/docs/distribuições-e-parâmetros.html b/docs/distribuições-e-parâmetros.html
diff --git a/docs/ensaios-experimentais.html b/docs/ensaios-experimentais.html
diff --git a/docs/ensaios-quase-experimentais-cap.html b/docs/ensaios-quase-experimentais-cap.html
diff --git a/docs/estudos-observacionais.html b/docs/estudos-observacionais.html
diff --git a/docs/fontes-externas.html b/docs/fontes-externas.html
diff --git a/docs/images/Cover_1.png b/docs/images/Cover_1.png
diff --git a/docs/index.html b/docs/index.html
diff --git a/docs/medidas-e-instrumentos.html b/docs/medidas-e-instrumentos.html
diff --git a/docs/meta-análise.html b/docs/meta-análise.html
diff --git a/docs/modelos.html b/docs/modelos.html
diff --git a/docs/paradoxos-e-falácias.html b/docs/paradoxos-e-falácias.html
diff --git a/docs/parte-1---fundamentos.html b/docs/parte-1---fundamentos.html
diff --git a/docs/parte-2---estatística-básica.html b/docs/parte-2---estatística-básica.html
diff --git a/docs/parte-3---estatística-aplicada.html b/docs/parte-3---estatística-aplicada.html
diff --git a/docs/parte-4---metodologia-da-pesquisa-aplicada.html b/docs/parte-4---metodologia-da-pesquisa-aplicada.html
diff --git a/docs/pensamento-estatístico.html b/docs/pensamento-estatístico.html
diff --git a/docs/pensamento-metodológico.html b/docs/pensamento-metodológico.html
diff --git a/docs/pensamento-probabilístico.html b/docs/pensamento-probabilístico.html
diff --git a/docs/plano-de-análise.html b/docs/plano-de-análise.html
diff --git a/docs/prefácio.html b/docs/prefácio.html
diff --git a/docs/propriedades-psicométricas.html b/docs/propriedades-psicométricas.html
diff --git a/docs/redação-de-resultados.html b/docs/redação-de-resultados.html
diff --git a/docs/redes.html b/docs/redes.html
diff --git a/docs/referências.html b/docs/referências.html
diff --git a/docs/regressão.html b/docs/regressão.html
diff --git a/docs/search_index.json b/docs/search_index.json
diff --git a/docs/seleção-de-testes.html b/docs/seleção-de-testes.html
diff --git a/docs/simulação-computacional.html b/docs/simulação-computacional.html
diff --git a/docs/sobre-o-autor.html b/docs/sobre-o-autor.html
diff --git a/docs/tabulação-de-dados.html b/docs/tabulação-de-dados.html
diff --git a/docs/tamanho-da-amostra.html b/docs/tamanho-da-amostra.html
diff --git a/docs/tamanho-do-efeito-e-p-valor.html b/docs/tamanho-do-efeito-e-p-valor.html
diff --git a/docs/testes-estatísticos.html b/docs/testes-estatísticos.html
diff --git a/docs/variáveis-e-fatores.html b/docs/variáveis-e-fatores.html
diff --git a/docs/vieses-metodológicos.html b/docs/vieses-metodológicos.html
diff --git a/docs/árvore-de-decisão.html b/docs/árvore-de-decisão.html
diff --git a/images/Cover_1.png b/images/Cover_1.png
diff --git a/R/Desempenho diagnostico/.DS_Store → rmd/.DS_Store b/R/Desempenho diagnostico/.DS_Store → rmd/.DS_Store
diff --git a/rmd/efeito-pvalor.Rmd b/rmd/efeito-pvalor.Rmd
@@ -68,6 +68,264 @@ O pacote *pwr*[@pwr] fornece a função [*cohen.ES*](https://www.rdocumentation.
 
 <br>
 
+## Efeito fixo
+
+<br>
+
+### O que é efeito fixo?
+
+-   .[REF]
+
+<br>
+
+## Efeito aleatório
+
+<br>
+
+### O que é efeito aleatório?
+
+-   .[REF]
+
+<br>
+
+## Efeito principal
+
+<br>
+
+### O que é efeito principal?
+
+-   .[@Bours2023]
+
+<br>
+
+## Efeito de modificação
+
+<br>
+
+### O que é um modificador de efeito?
+
+-   .[@Bours2023]
+
+<br>
+
+### O que é efeito de modificação?
+
+-   .[@Bours2023]
+
+<br>
+
+## Efeito de interação
+
+<br>
+
+### O que é efeito de interação?
+
+-   A interação - representada pelo símbolo \* - é o termo estatístico empregado para representar a heterogeneidade de um determinado efeito.[@Altman1996]
+
+-   .[@Bours2023]
+
+```{r efeito-interacao-direta, echo = FALSE, warning = FALSE, message = FALSE, fig.align = 'center', results = "asis", fig.fullwidth = TRUE, fig.cap = "Análise de efeito de interação (direta) entre grupos e tempo. Retas paralelas sugerem ausência de efeito de interação."}
+
+# Simulate data
+set.seed(123)  # For reproducibility
+n <- 5  # Number of observations
+
+# Create a data frame with two time points and different offsets
+data <- data.frame(
+  group = rep(c("A", "B", "B'"), each = n*2),
+  time = rep(c(1, 2), each = n),
+  response = c(
+    5 + rnorm(n, mean = 0, sd = 1),   # Group A at time 1
+    15 + rnorm(n, mean = 0, sd = 1),  # Group A at time 2
+    10 + rnorm(n, mean = 0, sd = 1),  # Group B' at time 1
+    20 + rnorm(n, mean = 0, sd = 1),  # Group B' at time 2
+    rnorm(n, mean = 0, sd = 1),  # Group B at time 1
+    rnorm(n, mean = 0, sd = 1)   # Group B at time 2
+  )
+)
+
+# add offset to group B at 2
+data$response[data$group == "B'" & data$time == 1] <- data$response[data$group == "B" & data$time == 1]
+data$response[data$group == "B'" & data$time == 2] <- data$response[data$group == "B" & data$time == 2] + 5
+
+# Calculate means for plotting
+means <- aggregate(response ~ group + time, data, mean)
+
+# Create the plot
+ggplot2::ggplot(means, ggplot2::aes(x = time, y = response, color = group, group = group)) +
+  ggplot2::geom_line(size = 1) +               # Draw lines for means
+  ggplot2::geom_point(size = 3) +              # Add points for means
+  ggplot2::labs(title = "",
+       x = "Tempo",
+       y = "Resposta") +
+  ggplot2::theme_minimal() +
+  ggplot2::scale_color_manual(values = c("black", "gray", "black")) +  # Custom colors
+  ggplot2::theme(legend.title = ggplot2::element_blank()) + 
+  # minumum theme
+  ggplot2::theme(
+    panel.grid.major = ggplot2::element_blank(),
+    panel.grid.minor = ggplot2::element_blank(),
+    panel.background = ggplot2::element_blank(),
+    axis.line = ggplot2::element_line(colour = "black")
+  ) + 
+  # move legent to the top left corner
+  ggplot2::theme(legend.position = c(0, 1), legend.justification = c(0, 1)) +
+  # annotate plot with "Efeito esperado sem interação"
+  ggplot2::annotate("text", x = 2, y = mean(data$response[data$group == "B" & data$time == 2]), label = "Sem efeito de \n interação", size = 3, color = "gray", hjust = -0.1, vjust = 0.5) + 
+  # annotate plot with "Efeito esperado com interação"
+  ggplot2::annotate("text", x = 2, y = mean(data$response[data$group == "B'" & data$time == 2]), label = "Com efeito de \n interação", size = 3, color = "black", hjust = -0.1, vjust = 0.5) + 
+  # draw dashed arrow of effect from B' to B at time 2
+  ggplot2::geom_segment(ggplot2::aes(x = 2, xend = 2, y = mean(data$response[data$group == "B'" & data$time == 2]), yend = mean(data$response[data$group == "B" & data$time == 2])), arrow = ggplot2::arrow(type = "open", length = ggplot2::unit(0.1, "inches"), ends = "both", angle = 20), color = "black", linetype = "dashed") + 
+  # annotate plot with "Efeito de interação"
+  ggplot2::annotate("text", x = 2, y = mean(data$response[data$group != "A" & data$time == 2]), label = "Tamanho de efeito \n estimado", size = 3, color = "black", hjust = -0.1, vjust = 0.5) + 
+  # augment x axis margins to make room for annotations
+  ggplot2::scale_x_continuous(breaks = c(1, 2), labels = c("Antes", "Depois"), expand = c(0.3, 0.3))
+```
+
+<br>
+
+```{r efeito-interacao-inversa, echo = FALSE, warning = FALSE, message = FALSE, fig.align = 'center', results = "asis", fig.fullwidth = TRUE, fig.cap = "Análise de efeito de interação (inversa) entre grupos e tempo. Retas paralelas sugerem ausência de efeito de interação."}
+
+# Simulate data
+set.seed(123)  # For reproducibility
+n <- 5  # Number of observations
+
+# Create a data frame with two time points and different offsets
+data <- data.frame(
+  group = rep(c("A", "B", "B'"), each = n*2),
+  time = rep(c(1, 2), each = n),
+  response = c(
+    5 + rnorm(n, mean = 0, sd = 1),   # Group A at time 1
+    15 + rnorm(n, mean = 0, sd = 1),  # Group A at time 2
+    10 + rnorm(n, mean = 0, sd = 1),  # Group B' at time 1
+    20 + rnorm(n, mean = 0, sd = 1),  # Group B' at time 2
+    rnorm(n, mean = 0, sd = 1),  # Group B at time 1
+    rnorm(n, mean = 0, sd = 1)   # Group B at time 2
+  )
+)
+
+# add offset to group B at 2
+data$response[data$group == "B'" & data$time == 1] <- data$response[data$group == "B" & data$time == 1]
+data$response[data$group == "B'" & data$time == 2] <- data$response[data$group == "B" & data$time == 2] - 5
+
+# Calculate means for plotting
+means <- aggregate(response ~ group + time, data, mean)
+
+# Create the plot
+ggplot2::ggplot(means, ggplot2::aes(x = time, y = response, color = group, group = group)) +
+  ggplot2::geom_line(size = 1) +               # Draw lines for means
+  ggplot2::geom_point(size = 3) +              # Add points for means
+  ggplot2::labs(title = "",
+       x = "Tempo",
+       y = "Resposta") +
+  ggplot2::theme_minimal() +
+  ggplot2::scale_color_manual(values = c("black", "gray", "black")) +  # Custom colors
+  ggplot2::theme(legend.title = ggplot2::element_blank()) + 
+  # minumum theme
+  ggplot2::theme(
+    panel.grid.major = ggplot2::element_blank(),
+    panel.grid.minor = ggplot2::element_blank(),
+    panel.background = ggplot2::element_blank(),
+    axis.line = ggplot2::element_line(colour = "black")
+  ) + 
+  # move legent to the top left corner
+  ggplot2::theme(legend.position = c(0, 1), legend.justification = c(0, 1)) +
+  # annotate plot with "Efeito esperado sem interação"
+  ggplot2::annotate("text", x = 2, y = mean(data$response[data$group == "B" & data$time == 2]), label = "Sem efeito de \n interação", size = 3, color = "gray", hjust = -0.1, vjust = 0.5) + 
+  # annotate plot with "Efeito esperado com interação"
+  ggplot2::annotate("text", x = 2, y = mean(data$response[data$group == "B'" & data$time == 2]), label = "Com efeito de \n interação", size = 3, color = "black", hjust = -0.1, vjust = 0.5) + 
+  # draw dashed arrow of effect from B' to B at time 2
+  ggplot2::geom_segment(ggplot2::aes(x = 2, xend = 2, y = mean(data$response[data$group == "B'" & data$time == 2]), yend = mean(data$response[data$group == "B" & data$time == 2])), arrow = ggplot2::arrow(type = "open", length = ggplot2::unit(0.1, "inches"), ends = "both", angle = 20), color = "black", linetype = "dashed") + 
+  # annotate plot with "Efeito de interação"
+  ggplot2::annotate("text", x = 2, y = mean(data$response[data$group != "A" & data$time == 2]), label = "Tamanho de efeito \n estimado", size = 3, color = "black", hjust = -0.1, vjust = 0.5) + 
+  # augment x axis margins to make room for annotations
+  ggplot2::scale_x_continuous(breaks = c(1, 2), labels = c("Antes", "Depois"), expand = c(0.3, 0.3))
+```
+
+<br>
+
+::: {.infobox .Rlogo data-latex="{images/Rlogo}"}
+O pacote *nlme*[@nlme] fornece a função [*nlme*](https://www.rdocumentation.org/packages/nlme/versions/3.1-163/topics/nlme) para ajustar um modelo de regressão misto não linear.
+:::
+
+<br>
+
+::: {.infobox .Rlogo data-latex="{images/Rlogo}"}
+O pacote *mmrm*[@mmrm] fornece a função [*mmrm*](https://rdrr.io/cran/mmrm/man/mmrm.html) para ajuste de um modelo de regressão misto linear.
+:::
+
+<br>
+
+::: {.infobox .Rlogo data-latex="{images/Rlogo}"}
+O pacote *emmeans*[@emmeans] fornece a função [*emmeans*](https://www.rdocumentation.org/packages/emmeans/versions/1.8.7/topics/emmeans) para calcular as médias marginais dos fatores e suas combinações de um modelo de regressão misto linear.
+:::
+
+<br>
+
+## Efeito de mediação
+
+<br>
+
+### O que é um mediador de efeito?
+
+-   .[@Baron1986]
+
+-   .[@Bours2023]
+
+<br>
+
+### O que é efeito de mediação?
+
+-   .[@Baron1986]
+
+-   .[@Bours2023]
+
+<br>
+
+### O que é efeito direto?
+
+-   .[@Baron1986]
+
+-   .[@Bours2023]
+
+<br>
+
+### O que é efeito indireto?
+
+-   .[@Baron1986]
+
+-   .[@Bours2023]
+
+<br>
+
+### O que é efeito total?
+
+-   .[@Baron1986]
+
+-   .[@Bours2023]
+
+<br>
+
+## Efeitos brutos e padronizados
+
+<br>
+
+### O que é efeito bruto?
+
+-   .[@greenland1986]
+
+-   .[@greenland1991]
+
+<br>
+
+### O que é efeito padronizado?
+
+-   .[@greenland1986]
+
+-   .[@greenland1991]
+
+<br>
+
 ## P-valor
 
 <br>

diff --git a/rmd/modelos.Rmd b/rmd/modelos.Rmd
@@ -0,0 +1,53 @@
+# **Modelos**
+
+<br>
+
+## Suposições dos modelos
+
+<br>
+
+### Quais suposições são feitas para modelagem de regressão?
+
+-   .[REF]
+
+<br>
+
+### Como avaliar as suposições do modelo?
+
+-   .[REF]
+
+<br>
+
+::: {.infobox .Rlogo data-latex="{images/Rlogo}"}
+O pacote *performance*[@performance] fornece a função [*check_model*](https://www.rdocumentation.org/packages/performance/versions/0.10.4/topics/check_model) para analisar a colinearidade entre variáveis, a normalidade da distribuição das variáveis e a heteroscedasticidade.
+:::
+
+<br>
+
+## Avaliação de modelos
+
+<br>
+
+### O que é qualidade de ajuste de um modelo?
+
+-   .[REF]
+
+<br>
+
+### Como avaliar a qualidade de ajuste de um modelo?
+
+-   .[REF]
+
+<br>
+
+::: {.infobox .Rlogo data-latex="{images/Rlogo}"}
+O pacote *performance*[@performance] fornece a função [*model_performance*](https://www.rdocumentation.org/packages/performance/versions/0.10.4/topics/model_performance) para calcular as métricas de ajuste da regressão adequadas ao modelo pré-especificado.
+:::
+
+<br>
+
+::: {.infobox .Rlogo data-latex="{images/Rlogo}"}
+O pacote *performance*[@performance] fornece a função [*compare_performance*](https://www.rdocumentation.org/packages/performance/versions/0.10.4/topics/compare_performance) para comparar o desempenho e a qualidade do ajuste de diversos modelos de regressão pré-especificados.
+:::
+
+<br>