Привязал функции поиска повторов к сайту

DNA_feature_server.py

@@ -1,8 +1,10 @@
-
 from flask import Flask, render_template, request, redirect, url_for, flash
-from random import randint, choice
-from homopol_tract import polytract_finder # поиск однобуквенных повторов
+from homopol_tract import polytract_finder, format_homopol # поиск однобуквенных повторов
 import gc_graphic as gc
+import random_seq as rs
+from verification_seq import InputDNA
+import tandem_search as ts
+import genebank
 
 
 app = Flask(__name__)
@@ -11,8 +13,13 @@
                 'remove_count': -1,
                 'random_seq':None,
                 'is_random': 0,
-                'tandem_test':0,
-                'redirect_test':None,
+                'genbank_seq_id': None,
+                'genebank_name': None,
+                'genebank_length': None,
+                'genebank_seq': None,
+                'genebank_error':None,
+                'is_genebank': 0,
+                'tandem_list': None,
                 'homopol_tract': None,
                 'homopol_tract_number': 0,
                 'gc_frame_length': 0, 
@@ -22,18 +29,22 @@
 @app.route("/")
 def index(): #обрабатываем главную страницу
     title = "DNA feature finder"
-    return render_template('index.html', page_title=title, querry_length = '', remove_count = test_querry['remove_count'], is_random=test_querry['is_random'] )
+    return render_template('index.html', page_title=title, querry_length = '', remove_count = 0,
+                            is_random=test_querry['is_random'], is_rna = 0,
+                            non_identified = 0, is_genebank = test_querry['is_genebank'],
+                            genebank_error = test_querry['genebank_error'] )
 
 
 @app.route("/", methods=['POST'])
 def input_seq(): #запрос последовательности из окна
     try:
-        dna_query = request.form.get('dna_querry')
-        test_querry['input_seq'] = dna_query.strip() #здесь будет применена функция форматирования, запись в словарь
-        dna_query_lengh = len(test_querry['input_seq'])
-        return render_template('index.html', querry_length = dna_query_lengh, remove_count = test_querry['remove_count'])
+        dna_query = InputDNA(request.form.get('dna_querry'))
+        test_querry['input_seq'] = dna_query.formated_sequence #сохраняем в словарь
+        return render_template('index.html', querry_length = dna_query.input_lenth, remove_count = dna_query.counter,
+                                is_rna = dna_query.is_uracil, non_identified = dna_query.is_non_identified)
     except (TypeError, IndexError):
-        return render_template('index.html', remove_count = test_querry['remove_count'],  querry_length = '')
+        return render_template('index.html', remove_count = dna_query.counter,  querry_length = '')
+
 
 @app.route("/input_report", methods=['POST'])
 def input_report(): #обрабатываем кнопку показа введенной последоваьельности после ввода и форматирования
@@ -43,22 +54,26 @@ def input_report(): #обрабатываем кнопку показа введ
     else:
         return 'No DNA sequence input' #почему то не работает, хотя когда ничего не вводится там сотит пробел (ord=32) 
 
+
 @app.route("/random_gen", methods=['POST'])
 def input_random(): #симуляция рандомной генерации, далее нужно подключать модуль
     try:
         random_length = int(request.form.get('random_length'))
-        if random_length > 0:
-            test_output = ''.join([choice('atgc') for nucleotide in range(random_length)])
-            test_querry['random_seq'] = test_output #запись в словарь
-            test_querry['is_random']  = 1 #для вывода сообщения что прошла генерация
-            return redirect(url_for('index'))
-        else: 
-            test_querry['is_random']  = 0 #убираем сообщение о генерации когда 0
-            return redirect(url_for('index'))
+        #if random_length > 10:
+        test_output = rs.random_seq(random_length)
+        print(test_output)
+        test_querry['random_seq'] = test_output #запись в словарь
+        test_querry['is_random']  = 1 #для вывода сообщения что прошла генерация
+        test_querry['genebank_error'] = None
+        return redirect(url_for('index'))
+    except rs.LengthError:
+        test_querry ['is_random'] = -1 #значит неправильное значение
+        return redirect(url_for('index'))
     except (TypeError, IndexError, ValueError):
         test_querry['is_random']  = 0 #убираем сообщение о генерации если кликнули с пустым полем
         return redirect(url_for('index'))
 
+
 @app.route("/random_report", methods=['POST'])
 def random_report(): #обработки кнопки что за последоватльность сгенерировалася
     if test_querry['random_seq'] is not None:           
@@ -67,33 +82,73 @@ def random_report(): #обработки кнопки что за последо
         return 'No DNA generated'    
 
 
+@app.route('/genebank_download', methods=['POST'])
+def genebank_download(): #запрос для поиска в genbank
+    try:
+        genebank_querry = str(request.form.get('genebank_id')).strip()
+        nucleotide_querry = genebank.Nucleotide(genebank_querry)
+        test_querry['genebank_length'] = nucleotide_querry.length
+        test_querry['genbank_seq_id'] = genebank_querry
+        test_querry['genebank_name'] = nucleotide_querry.dna_name
+        test_querry['genebank_seq'] = nucleotide_querry.sequence
+        test_querry['is_genebank'] = 1
+        try:
+            nucleotide_querry.type_check()
+            return redirect(url_for('index'))
+        except genebank.NonDNAError:
+            test_querry['genebank_error'] = 'NonDNAError'
+            return redirect(url_for('index'))
+    except genebank.NoIDError:
+        test_querry['is_genebank'] = 0
+        test_querry['genebank_error'] = 'NoIDError'
+        return redirect(url_for('index'))
+    except genebank.DNALengthError:
+        test_querry['is_genebank'] = 0
+        test_querry['genebank_error'] = 'DNALenghtError'
+        return redirect(url_for('index'))
+    except genebank.NonDNAError:
+            test_querry['genebank_error'] = 'NonDNAError'
+            return redirect(url_for('index'))
+
+
+
 @app.route("/repeats")
 def repeat_page(): #страница работы с повторами
-    return render_template('repeats.html', tandem_found = test_querry['tandem_test'], tract_number = test_querry['homopol_tract_number'])
+    return render_template('repeats.html', tandem_found = '', tract_number = test_querry['homopol_tract_number'])
+
 
 @app.route("/repeats", methods=['POST'])
 def input_tandem(): #ввод длины повтора, его обработка и вывод
     try:
-        tandem_length = request.form.get('tandem_length')
-        test_querry['tandem_test'] = int(tandem_length)*10 #переменная для тестирвоания кнопки
-        return render_template('repeats.html', tandem_found = test_querry['tandem_test'])
+        tandem_length = int(request.form.get('tandem_length'))
+        sequence_fold = ts.fold(test_querry['input_seq'], tandem_length)
+        test_querry['tandem_list'] = ts.tandem_repeat(sequence_fold)
+        return render_template('repeats.html', tandem_found = len(test_querry['tandem_list']))
     except (TypeError, IndexError, ValueError):
         return render_template('repeats.html', tandem_found = '')
 
-'''   
+
+
 @app. route("/tandem_report")
 def tandem_report_page(): #заготовка странциы с описание найдленых повторов в упододавимой форме
-    return redirect(url_for('repeats')) 
-'''
+    formated_repeats = []
+    return render_template('tandem_report.html', repeats = formated_repeats)
+
+
 
 @app.route("/tandem_report", methods=['POST'])
 def tandem_report(): #обработка кнопки для показа найденых повторов (отчет уже готов когда произведен поиск
-    if test_querry['tandem_test'] > 0:
-            test_querry['redirect_test'] = test_querry['tandem_test']*10 #тестовый вывод обработки
-            return f"{test_querry['redirect_test']}" #пока примитивный вывод       
+    if test_querry['tandem_list'] is not None and test_querry['tandem_list'] != []:
+        formated_repeats = []
+        for (count, repeat) in enumerate(test_querry['tandem_list']):
+            formated_repeats.append(ts.format_seq(repeat, count+1))
+        #return f"{test_querry['tandem_list']}" #пока примитивный вывод 
+        return render_template('tandem_report.html', repeats=formated_repeats, homopol_tracts = test_querry['homopol_tract'])      
     else:
-        return 'No repeats found'
-
+        return render_template('tandem_report.html', repeats=['No repeats found'], homopol_tracts = test_querry['homopol_tract'])   
+
+
+
 @app. route("/poly_tract", methods=['POST'])
 def poly_tract_finder(): #кнопка поиска поиск гомопимерных трактов
     #пока последовательнотсь будет браться из input как разнести последовательности из дургих источнико я пока не знаю
@@ -102,24 +157,21 @@ def poly_tract_finder(): #кнопка поиска поиск гомопиме
     return redirect(url_for('repeat_page'))
 
 
-'''
-@app. route("/poly_tract_report")
-def poly_tract_report_page(): #заготовка странциы с описание найдленых гомополимероных участков в упододавимой форме
-    return render_template('homopolymer_report.html', page_title=title)
-'''
 
 @app. route("/poly_tract_report", methods=['POST'])
 def poly_tract_report(): #кнопка показа найденых повторов
     if test_querry['homopol_tract'] is not None and test_querry['homopol_tract'] != {}:
-        #вызопв тип тракта
-            return f'{test_querry["homopol_tract"]}'
+        formated_tracts = format_homopol(test_querry['homopol_tract'])
+        return render_template('tandem_report.html', homopol_tracts = formated_tracts)
     else:
-        return f'No homopolymer tracts'
-
+        return render_template('tandem_report.html', homopol_tracts = ['No homopolymer tracts found'])
+
+
 @app.route('/gc_content')
 def gc_content(): 
     return render_template('gc_content.html',  total_GC_content = '')
 
+
 @app.route('/gc_content', methods=['POST'])
 def input_frame_gc():  #ввод длины окна поиска
     try:
@@ -131,7 +183,8 @@ def input_frame_gc():  #ввод длины окна поиска
         return render_template('gc_content.html', total_GC_content=total_gc)
     except (TypeError, IndexError, ValueError):
         return render_template('gc_content.html', total_GC_content = '')
-
+
+
 @app.route('/gc_content_min', methods=['POST'])
 def gc_min_report():  #ввод участков с минимальными GC
     if test_querry['gc_content'] is not None:
@@ -140,6 +193,7 @@ def gc_min_report():  #ввод участков с минимальными GC
     else:
         return 'Please calculate content before'
 
+
 @app.route('/gc_content_max', methods=['POST'])
 def gc_max_report():  #ввод участков с минимальными GC
     if test_querry['gc_content'] is not None:

GC_graphic.py

@@ -53,8 +53,8 @@ def draw_gc_content(sequence, frame):
     ax.plot(current_plot[0], current_plot[1])
     ax.yaxis.set_major_locator(ticker.MultipleLocator(10))
     ax.yaxis.set_minor_locator(ticker.MultipleLocator(5))
-    ax.set_xlabel('GC content, %', fontsize = 15)
-    ax.set_ylabel('DNA positnion, bp', fontsize = 15)
+    ax.set_xlabel('DNA positnion, bp', fontsize = 15)
+    ax.set_ylabel('GC content, %', fontsize = 15)
     gc_fig_clearance()
     fig.savefig(os.path.join(fig_path, 'gc_fig.jpg'), dpi=150)
 

genebank.py

@@ -5,23 +5,27 @@
 примеры  ID :NM_018094, NM_001374734.1, NC_052532.1 (1 млн), CM021573.2 (170 млн - может долго грузить)
 '''
 
-from Bio import Entrez, SeqIO        
+from Bio import Entrez, SeqIO
+
 
 class DNALengthError(ValueError): #сделал ошибки чтобы при их возникновении веб быстрее их обрабатывал
     pass
 class NonDNAError(TypeError):
     pass
+class NoIDError(NameError):
+    pass
 
 class Nucleotide:
     def __init__(self,id_seq):
         self.id_seq = id_seq
-        self.dna_description = id_parsing(self.id_seq) 
+        self.dna_description = id_parsing(self.id_seq)['description']
+        self.dna_name = id_parsing(self.id_seq)['name']
         self.length = int(self.dna_description[2])
         self.nuc_type = self.dna_description[4]
-        if self.length <= 100000:
+        if self.length <=1000000:
             self.sequence = genebank_querry(self.id_seq)
         else:
-            raise DNALengthError (f'The lengh of the query:{id_seq} is longer than 100 kb!')
+            raise DNALengthError (f'The lengh of the query:{self.id_seq} is longer than 100 kb!')
 
     def __repr__(self):
         return f'The query contains {self.nuc_type} with length {self.length}'
@@ -34,20 +38,32 @@ def type_check(self):
 
 Entrez.email = 'somemailsomemail@gmail.cpm' #необходим любой email чтобы больше запросов длеать
 
-def id_parsing(id_seq:str) -> str:
-    handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=id_seq, rettype="gb", retmode="text") #хэндрел из другого типа описания, где содержится длин
-    dna_description = handle.readline().split() #первая строка опсиания гена из базы данных Gene bank где через знаки табуляции тип гена, id, длина, тип полимера, топология, дата обновления
-    return dna_description
+def id_parsing(id_seq:str) -> dict:
+    try:
+        result = {'description': None, 'name': None}
+        handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=id_seq, rettype="gb", retmode="text") #хэндрел из другого типа описания, где содержится длин
+        dna_description = handle.readline().split() #первая строка опсиания гена из базы данных Gene bank где через знаки табуляции тип гена, id, длина, тип полимера, топология, дата обновления
+        gene_name= handle.readline().split()[1:-1]
+        result['description'] = dna_description
+        result['name'] = ' '.join(gene_name).strip(',')
+        return result
+    except:
+        raise NoIDError
 
 def genebank_querry(id_seq:str) -> str:
-    handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=id_seq, rettype="fasta", retmode='text') #создается хэндлей который уже содержит информацию о последвоательности и с нип проводятся дальнейшие манипуляции
-    record = SeqIO.read(handle, 'fasta')
-    return str(record.seq)
-
+    try:
+        handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=id_seq, rettype="fasta", retmode='text') #создается хэндлей который уже содержит информацию о последвоательности и с нип проводятся дальнейшие манипуляции
+        record = SeqIO.read(handle, 'fasta')
+        return str(record.seq)
+    except:
+        raise NoIDError    
 
 
 if __name__ == '__main__':
     id = input()
     dna_query = Nucleotide(id)
+    print(dna_query.dna_description)
+    print(dna_query.dna_name)
+    print(dna_query.length)
     print(dna_query.sequence)
     print(dna_query.type_check())

homopol_tract.py

@@ -24,6 +24,13 @@ def polytract_finder(sequence: str) -> dict:
                                         'hpt_type': sequence[-1]}
     return tract_dict
 
+def format_homopol(tract_dict):
+    format_seq = []
+    for item in tract_dict:
+        formated_tract = f'Tract #{item}: type: {tract_dict[item]["hpt_type"]}, length {tract_dict[item]["hpt_lenght"]}, start at {tract_dict[item]["hpt_start"]} nt, end at {tract_dict[item]["hpt_end"]} nt'
+        format_seq.append(formated_tract)
+    return format_seq
+
 if __name__ == '__main__':
     test_1 = 'aaaagct' #длина повтора <5, повтро в начале
     test_2 = 'aaaaagct' #длина повтора >=5, повтор в начале

random_seq.py

@@ -1,11 +1,20 @@
 import random
 
-dna_symbols = ["a", "t", "g", "c"]
+class LengthError(ValueError):
+    pass
 
 def random_seq(size):
-    if size >= 100 and size <= 100000:  # задаём ограничение длины последовательности
-        random_seq = "".join([random.choice(dna_symbols) for symbol in range(size)])  # рандомно набираем допустимые символы согласно требуемой длине
-        random.shuffle(random_seq)  # перемешиваем ещё раз
+    dna_symbols = ["a", "t", "g", "c"]
+    if size >= 10 and size <= 100000:  # задаём ограничение длины последовательности
+        random_seq_list = [random.choice(dna_symbols) for symbol in range(size)]  # рандомно набираем допустимые символы согласно требуемой длине
+        random.shuffle(random_seq_list)  # перемешиваем ещё раз
+        random_seq = ''.join(random_seq_list)
         return random_seq
     else:
-        raise ValueError("Недопустимая длина последовательности")
+        raise LengthError("Недопустимая длина последовательности")
+
+
+if __name__ == '__main__':
+
+    size = int(input())
+    print(random_seq(size))