Merge pull request #505 from OPUS4/4.7.0.8

Patch Release 4.7.0.8

.github/workflows/php.yml

@@ -25,6 +25,9 @@ jobs:
       - name: Install Composer and Dependencies
         run: sudo apt-get update && curl -s http://getcomposer.org/installer | php && php composer.phar self-update && php composer.phar install
 
+      - name: Fix for issue 502
+        run: sudo apt-get --fix-broken install
+
       - name: Install additional Software
         run: sudo apt-get install libxml2-utils
 

CHANGES.md

@@ -1,11 +1,25 @@
 # OPUS 4 Change Log
 
+## Release 4.7.0.8 - 2022-01-25
+
+### Aufgaben
+
+* GH-485 PUBMED URL aktualisiert und konfigurierbar gemacht
+* GH-482 Components Installer Plugin für Composer 2 aktualisiert
+
+### Development Tools
+
+* GH-502 Fixed build problem on GitHub
+
+---
+
 ## Release 4.7.0.7 - 2021-10-19
 
 ### Bugs
 
 * [OPUSVIER-4563] - OAI-PMH: Deklaration von xmlns:xsi XMLSchema-instance fehlt auf Folgeseiten
 * GH-377 - Nach erfolgreicher Änderung eines Passworts erscheint Fehlermeldung und keine Bestätigungsmeldung
+
 ---
 
 ## Release 4.7.0.6 - 2021-09-28

RELEASE_NOTES.md

@@ -2,6 +2,25 @@
 
 ---
 
+## Patch Release 4.7.0.8 2022-01-25
+
+Die Resolver-URL für PUBMED Einträge wurde aktualisiert und konfigurierbar gemacht, 
+damit sie in Zukunft leichter ausgetauscht werden kann.
+
+```
+pubmed.baseUrl = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
+```
+
+Die Installation von Components, JQuery und JQuery-UI, mit Composer 2 wurde gefixt, 
+indem auf ein aktuelles Installer-Plugin umgestiegen wurde. Bei existierenden 
+Instanzen kann es während der Ausführungen von `composer update` zu Fehlermeldungen 
+über fehlende Klassen kommen. Ein nochmaliges ausführen von `composer update` behebt 
+in der Regel das Problem. Im Zweifelsfall können die Verzeichnisse `vendor` und auch 
+`public/assets` gelöscht werden, um dann sämtliche Pakete und auch die Komponenten 
+mit `composer install` frisch zu installieren. 
+
+---
+
 ## Patch Release 4.7.0.7 2021-10-19
 
 Die Deklaration des Namespaces "xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"

application/configs/application.ini

@@ -77,7 +77,7 @@ name = 'OPUS 4'
 logoLink = home
 security = 1
 workspacePath = APPLICATION_PATH "/workspace"
-version = 4.7.0.7
+version = 4.7.0.8
 update.latestVersionCheckUrl = "https://api.github.com/repos/opus4/application/releases/latest"
 ; base URL of your OPUS instance (used for generating absolute URLs, e.g. in email messages)
 url = 'https://web.example.org/opus'
@@ -407,6 +407,9 @@ googleScholar.openInNewWindow = 0
 ; Twitter Settings
 twitter.openInNewWindow = 0
 
+; PubMed Settings
+pubmed.baseUrl = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
+
 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
 ;                                      ;
 ; SWORD related configuration settings ;

composer.json

@@ -22,7 +22,7 @@
     "opus4-repo/opus4-bibtex": "0.1-beta",
     "components/jquery": "3.4.*",
     "components/jqueryui": "1.12.*",
-    "robloach/component-installer": "*"
+    "oomphinc/composer-installers-extender": "^2.0"
   },
   "require-dev": {
     "phpunit/phpunit": "4.8.*",
@@ -42,8 +42,11 @@
   },
   "minimum-stability": "dev",
   "prefer-stable": true,
-  "config": {
-    "component-dir": "public/assets"
+  "extra": {
+    "installer-types": ["component"],
+    "installer-paths": {
+      "public/assets/{$name}": ["type:component"]
+    }
   },
   "scripts": {
     "analysis": [

modules/export/views/scripts/publist/default.xslt

@@ -572,7 +572,7 @@
        <xsl:if test="@Type='pubmed'">
             <xsl:element name="a">
                 <xsl:attribute name="href">
-                    <xsl:text>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/</xsl:text>
+                    <xsl:value-of select="php:functionString('Application_Xslt::optionValue', 'baseUrl', 'pubmed')"/>
                     <xsl:value-of select="@Value" />
                 </xsl:attribute>
                 <xsl:text>PMID</xsl:text>

modules/frontdoor/views/scripts/index/templates/metadata.xslt

@@ -364,10 +364,10 @@
             <td>
                 <xsl:element name="a">
                     <xsl:attribute name="href">
-                        <xsl:text>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=</xsl:text>
+                        <xsl:value-of select="php:functionString('Application_Xslt::optionValue', 'baseUrl', 'pubmed')"/>
                         <xsl:value-of select="@Value" />
                     </xsl:attribute>
-                    <xsl:text>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=</xsl:text>
+                    <xsl:value-of select="php:functionString('Application_Xslt::optionValue', 'baseUrl', 'pubmed')"/>
                     <xsl:value-of select="@Value" />
                 </xsl:element>
             </td>

tests/modules/export/controllers/IndexControllerTest.php

@@ -1014,4 +1014,13 @@ private function removeAccessOnModuleExportForGuest()
     {
         return $this->removeModuleAccess('export', 'guest');
     }
+
+    public function testPublistPubmedRendering()
+    {
+        $this->dispatch('/export/index/publist/role/publists/number/coll_visible');
+
+        $this->assertResponseCode(200);
+
+        $this->markTestIncomplete('Setup collection for publist including document with pubmed-id');
+    }
 }

tests/modules/frontdoor/controllers/IndexControllerTest.php

@@ -1545,4 +1545,18 @@ public function testDuplicateDocIdParameter()
         $this->assertXpathContentContains('//h2[@class="titlemain"]', 'KOBV');
         $this->assertNotXpathContentContains('//h2[@class="titlemain"]', 'Sonderzeichen');
     }
+
+    public function testPubmedRendering()
+    {
+        $this->dispatch('/frontdoor/index/index/docId/146');
+
+        $path = 'table.result-data.frontdoordata th.name';
+
+        $config = $this->getConfig();
+
+        $pubmedUrl = $config->pubmed->baseUrl . '123';
+
+        $this->assertQueryContentContains('table.result-data.frontdoordata td', $pubmedUrl);
+        $this->assertXpath("//table/tr/td/a[@href=\"$pubmedUrl\"]");
+    }
 }