Doc remove bib_noms mentions

docs/admin-manual.rst

@@ -1705,31 +1705,28 @@ Le paramètre ``id_observers_list`` permet de changer la liste d'observateurs pr
 Par défaut, l'ensemble des observateurs de la liste 9 (observateurs faune/flore) sont affichés.
 
 Personnaliser la liste des taxons et habitats saisissables dans le module
-`````````````````````````````````````````````````````````````
+`````````````````````````````````````````````````````````````````````````
 
-Le module est fourni avec une liste restreinte de taxons (8 seulement). C'est à l'administrateur de changer ou de remplir cette liste.
+Il est possible de limiter la liste des taxons saisissables dans Occtax, en renseignant le paramètre ``id_taxon_list``. Celui-ci n'est pas défini par défaut et c'est donc tout Taxref qui est proposé à la saisie par défaut.
 
-Le paramètre ``id_taxon_list = 100`` correspond à un ID de liste de la table ``taxonomie.bib_listes`` (L'ID 100 correspond à la liste "Saisie Occtax"). Vous pouvez changer ce paramètre avec l'ID de liste que vous souhaitez, ou bien garder cet ID et changer le contenu de cette liste.
+Une liste restreinte de taxons (8 seulement) est proposée par défaut (``id_taxon_list = 100``). L'administrateur peut changer, compléter ou supprimer cette liste.
 
-Voici les requêtes SQL pour remplir la liste 100 avec tous les taxons de Taxref à partir du rang ``genre`` :
+Le paramètre ``id_taxon_list = 100`` correspond donc à un ID de liste de la table ``taxonomie.bib_listes`` (L'ID 100 correspond à la liste "Saisie Occtax").
 
-Il faut d'abord remplir la table ``taxonomie.bib_noms`` (table des taxons de sa structure), puis remplir la liste 100, avec l'ensemble des taxons de ``bib_noms`` :
+Voici un exemple de requête SQL pour remplir la liste 100 avec tous les taxons de flore de Taxref à partir du rang ``genre`` :
 
 .. code-block:: sql
 
-    DELETE FROM taxonomie.cor_nom_liste;
-    DELETE FROM taxonomie.bib_noms;
-
-    INSERT INTO taxonomie.bib_noms(cd_nom,cd_ref,nom_francais)
-    SELECT cd_nom, cd_ref, nom_vern
+    INSERT INTO taxonomie.cor_nom_liste (id_liste,id_nom)
+    WITH tx as (select cd_nom, cd_ref, nom_vern
     FROM taxonomie.taxref
     WHERE id_rang NOT IN ('Dumm','SPRG','KD','SSRG','IFRG','PH','SBPH','IFPH','DV','SBDV','SPCL','CLAD','CL',
-      'SBCL','IFCL','LEG','SPOR','COH','OR','SBOR','IFOR','SPFM','FM','SBFM','TR','SSTR');
-
-    INSERT INTO taxonomie.cor_nom_liste (id_liste,id_nom)
-    SELECT 100,n.id_nom FROM taxonomie.bib_noms n;
+      'SBCL','IFCL','LEG','SPOR','COH','OR','SBOR','IFOR','SPFM','FM','SBFM','TR','SSTR') )
+      SELECT 100,tr.cd_nom FROM taxonomie.taxref tr
+      join tx on tx.cd_nom = tr.cd_nom
+      where tr.regne = 'Plantae';
 
-Il est également possible d'éditer des listes à partir de l'application TaxHub.
+Il est également possible de gérer les listes de taxons avec le module TaxHub.
 
 Il est de même possible de restreindre la liste d'habitats proposés dans le module :
 
@@ -1741,7 +1738,7 @@ Avec ``ID_LIST_HABITAT`` faisant référence aux listes définies dans ``ref_hab
 
 .. code-block:: sql
 
-        -- Création d'une liste restreinte d'habitats pour OccTax
+        -- Création d'une liste restreinte d'habitats pour Occtax
         -- (typologie EUNIS de niveau 2)
         INSERT INTO ref_habitats.cor_list_habitat clh(
         	cd_hab,

docs/import-level-1.rst

@@ -138,20 +138,6 @@ Ajouter le champ ``entity_source_pk_value`` dans ton INSERT et ``gid`` dans le S
 On pourrait aussi remplir ``cor_observers_synthese`` si on le veut et si on a les observateurs présents dans les données, 
 en les faisant correspondre avec leurs ``id_role``.
 
-L'intégration de données dans la Synthèse peut faire apparaitre des nouveaux taxons présents sur le territoire. Si vous souhaitez les proposer à la saisie dans Occtax, il faut les ajouter dans ``taxonomie.bib_noms`` puis dans la liste "Saisie Occtax".
-
-.. code:: sql
-
-  -- Remplir taxonomie.bib_noms avec les nouveaux noms présents dans la synthèse 
-  INSERT INTO taxonomie.bib_noms (cd_nom, cd_ref)
-  SELECT DISTINCT s.cd_nom, t.cd_ref
-  FROM gn_synthese.synthese s
-  JOIN taxonomie.taxref t
-  ON s.cd_nom = t.cd_nom
-  WHERE not s.cd_nom IN (SELECT DISTINCT cd_nom FROM taxonomie.bib_noms);
-
-Il faudrait ensuite les ajouter à la liste "Saisie Occtax", pour que ces nouveaux noms soient proposés à la saisie dans le module Occtax de GeoNature.
-
 L'installation de GeoNature intègre les communes de toute la France métropolitaine. Pour alléger la table ``ref_geo.l_areas``, il peut être pertinent de supprimer les communes en dehors du territoire de travail. Par exemple, supprimer toutes les communes en dehors du département. 
 
 Pour retrouver le détail de toutes les communes du département Bouches-du-Rhône : 

docs/import-level-2.rst

@@ -191,67 +191,7 @@ Attention, pgAdmin va tronquer le résultat. Pour obtenir l'ensemble de la requ
 Voir la requête d'import en synthèse à la fin de cette page.
 
 
-7 - On gère les nouveaux taxons vis à vis la saisie
-```````````````````````````````````````````````````
-
-Gestion des taxons dans ``taxonomie.bib_noms`` et de la liste des taxons saisissables dans Occtax.
-
-Cette étape est optionnelle et va permettre de rajouter les nouveaux taxons intégrés dans la synthèse dans la table des taxons de votre territoire (``taxonomie.bib_noms``) et dans la liste des taxons saisissables dans Occtax (``cor_nom_liste``).
-
-**Création d'une table temporaire**
-
-.. code:: sql
-
-    CREATE TABLE gn_imports.new_noms
-    ( 
-      cd_nom integer NOT NULL, 
-      cd_ref integer NOT NULL, 
-      nom_fr character varying, 
-      array_listes integer[],
-      CONSTRAINT new_noms_pkey PRIMARY KEY (cd_nom)
-    );
-
-**Insertion des nouveaux taxons dans cette table et calcul des listes**
-
-.. code:: sql
-
-    TRUNCATE TABLE gn_imports.new_noms;
-    INSERT INTO gn_imports.new_noms
-    SELECT DISTINCT 
-      i.cd_nom, 
-      t.cd_ref, 
-      split_part(t.nom_vern, ',', 1),
-      array_agg(DISTINCT l.id_liste) AS array_listes
-    FROM gn_imports.testimport i
-    LEFT JOIN taxonomie.taxref t ON t.cd_nom = i.cd_nom
-    LEFT JOIN taxonomie.bib_listes l ON id_liste = 100
-    WHERE i.cd_nom NOT IN (SELECT cd_nom FROM taxonomie.bib_noms)
-    GROUP BY i.cd_nom, t.cd_ref, nom_vern;
-
-**Insertion dans ``bib_noms``**
-
-.. code:: sql
-
-    SELECT setval('taxonomie.bib_noms_id_nom_seq', (SELECT max(id_nom) FROM taxonomie.bib_noms), true);
-    INSERT INTO taxonomie.bib_noms(cd_nom, cd_ref, nom_francais)
-    SELECT cd_nom, cd_ref, nom_fr FROM gn_imports.new_noms;
-
-**Insertion dans ``cor_nom_liste``**
-
-.. code:: sql
-
-    INSERT INTO taxonomie.cor_nom_liste (id_liste, id_nom)
-    SELECT unnest(array_listes) AS id_liste, n.id_nom 
-    FROM gn_imports.new_noms tnn
-    JOIN taxonomie.bib_noms n ON n.cd_nom = tnn.cd_nom;
-
-Si on veut nettoyer et qu'on est sur de ne plus en avoir besoin
-
-.. code:: sql
-
-    DROP TABLE gn_imports.new_noms;
-
-8 - Déplacement de la table importée (facultatif)
+7 - Déplacement de la table importée (facultatif)
 `````````````````````````````````````````````````
 
 On peut si on le souhaite déplacer la table vers une destination d'archivage