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Develop > Master / 2.0.0-rc.3.1

VERSION

@@ -1 +1 @@
-2.0.0-rc.3
+2.0.0-rc.3.1

docs/CHANGELOG.rst

@@ -2,6 +2,21 @@
 CHANGELOG
 =========
 
+2.0.0-rc.3.1 (2018-10-21)
+-------------------------
+
+**Corrections**
+
+* Correction du script ``ìnstall_all.sh`` au niveau de la génération de la configuration Apache de TaxHub et UsersHub (#493)
+* Suppression du Servername dans la configuration Apache de TaxHub du script ``install_all.sh``
+* Complément de la documentation de mise à jour de GeoNature (https://geonature.readthedocs.io/fr/latest/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
+
+**Notes de version**
+
+* Si vous migrez depuis une version 2.0.0-rc.2, installez directement cette version corrective plutôt que la 2.0.0-rc.3, mais en suivant les notes de versions de la 2.0.0-rc.3
+* Pour mettre en place la redirection de TaxHub sans ``/``, consultez sa documentation https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#configuration-apache
+* Le script ``install_all.sh`` actuel ne semble pas fonctionner sur Debian 8, problème de version de PostGIS qui ne s'installe pas correctement
+
 2.0.0-rc.3 (2018-10-18)
 -----------------------
 
@@ -62,6 +77,7 @@ CHANGELOG
 * Suivez la procédure standard de mise à jour de GeoNature (https://geonature.readthedocs.io/fr/latest/installation-standalone.html#mise-a-jour-de-l-application)
 * Exécutez l'update de la BDD GeoNature (``data/migrations/2.0.0rc2-to-2.0.0rc3.sql``)
 * Il est aussi conseillé de mettre à jour TaxHub en 1.5.1 (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/releases) ainsi que sa configuration pour qu'il fonctionne sans ``/`` à la fin de son URL
+* Attention, si vous installez cette version avec le script global ``install_all.sh``, il créé un problème dans la configuration Apache de UserHub (``/etc/apache2/sites-available/usershub.conf``) et supprime tous les ``/``. Les ajouter sur la page de la documentation de UsersHub (https://github.com/PnEcrins/UsersHub/blob/master/docs/installation.rst#configuration-apache) puis relancer Apache (``https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas/blob/develop/docs/installation.rst``). Il est conseillé d'installer plutôt la version corrective.
 
 
 2.0.0-rc.2 (2018-09-24)

docs/admin-manual.rst

@@ -97,7 +97,7 @@ Données SIG :
 """""""""""""
 
 - Le schéma ``ref_geo`` permet de gérer les données SIG (zonages, communes, MNT...) de manière centralisée, potentiellement partagé avec d'autres BDD
-- Il contient une table des zonages, des types de zonages, des communes, des grilles (mailles) et un MNT vectorisé (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/235)
+- Il contient une table des zonages, des types de zonages, des communes, des grilles (mailles) et un MNT raster ou vectorisé (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/issues/235)
 - La fonction ``ref_geo.fct_get_area_intersection`` permet de renvoyer les zonages intersectés par une observation en fournissant sa géométrie
 - La fonction ``ref_geo.fct_get_altitude_intersection`` permet de renvoyer l'altitude min et max d'une observation en fournissant sa géométrie
 - L'intersection d'une observation avec les zonages sont stockés au niveau de la synthèse (``gn_synthese.cor_area_synthese``) et pas de la donnée source pour alléger et simplifier leur gestion
@@ -584,9 +584,9 @@ Référentiel géographique
 
 GeoNature est fourni avec des données géographiques de base sur la métropôle (MNT national à 250m et communes de métropôle).
 
-Si vous souhaitez modifier le MNT pour mettre celui de votre territoire : 
+**1.** Si vous souhaitez modifier le MNT pour mettre celui de votre territoire : 
 
-* Videz le contenu de la table ``ref_geo.dem_vector``
+* Videz le contenu des tables ``ref_geo.dem`` et éventuellement ``ref_geo.dem_vector``
 * Uploadez le fichier du MNT sur le serveur
 * Suivez la procédure de chargement du MNT en l'adaptant : https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/install/install_db.sh#L295-L299
 
@@ -621,7 +621,7 @@ Si vous souhaitez vectoriser le raster MNT pour de meilleures performances lors
 
 Si ``ref_geo.dem_vector`` est remplie, cette table est utilisée pour le calcul de l'altitude à la place de la table ``ref_geo.dem``
 
-Si vous souhaitez modifier ou ajouter des zonages administratifs, réglementaires ou naturels : 
+**2.** Si vous souhaitez modifier ou ajouter des zonages administratifs, réglementaires ou naturels : 
 
 * Vérifiez que leur type existe dans la table ``ref_geo.bib_areas_types``, sinon ajoutez-les
 * Ajoutez vos zonages dans la table ``ref_geo.l_areas`` en faisant bien référence à un ``id_type`` de ``ref_geo.bib_areas_types``. Vous pouvez faire cela en SQL ou en faisant des copier/coller de vos zonages directement dans QGIS

docs/installation-all.rst

@@ -165,14 +165,14 @@ Vous pouvez vous connecter avec l'utilisateur intégré par défaut (admin/admin
 
 :Note:
 
-    Ne prenez pas en compte les messages de UsersHub indiqués à la fin de l'installation. Ce sont des restes d'anciennes vers de UsersHub et GeoNature V1.
+    Pour en savoir plus TaxHub, sa configuration et son utilisation, reportez-vous à sa documentation : https://taxhub.readthedocs.io. Idem pour UsersHub et sa documentation : https://usershub.readthedocs.io
 
 :Note:
 
     * **GeoNature-atlas** : Comme dans la V1, le script ``install_all.sh`` permettra d'installer automatiquement GeoNature-atlas (en option)
     * Une première version de GeoNature-atlas compatible avec GeoNature V2 est disponible dans sa branche ``develop`` : https://github.com/PnEcrins/GeoNature-atlas/issues/162
     * Suivez la procédure d'installation classique de GeoNature-atlas mais exécutez le script ``install_db_gn2.sh`` à la place de ``install_db.sh``
-    * Vous pouvez utiliser le schéma ``ref_geo`` de GeoNature pour votre territoire, les communes et les mailles, si vous les avez intégré dans ``ref_geo.l_areas`` au prélable.
+    * Vous pouvez utiliser le schéma ``ref_geo`` de GeoNature pour votre territoire, les communes et les mailles, si vous les avez intégré dans ``ref_geo.l_areas`` au préalable.
 
 :Note:
 

docs/installation-standalone.rst

@@ -191,6 +191,10 @@ Voir la doc d'installation de UsersHub : http://usershub.readthedocs.io/
 Mise à jour de l'application
 ----------------------------
 
+Attention, avec chaque mise à jour, il est important de sauvegarde l'application et sa base de données, ou de faire un snapshot du serveur pour pouvoir revenir à son état antérieure avant mise à jour en cas de problème.
+
+La mise à jour de GeoNature consiste à télécharger sa nouvelle version dans un nouveau répertoire, récupérer les fichiers de configuration et de surcouche depuis la version actuelle et de relancer l'installation dans le répertoire de la nouvelle version. 
+
 * Télécharger la dernière version de GeoNature :
 
   ::

install/install_all/install_all.ini

@@ -31,7 +31,7 @@ usershub_release=1.3.3
 ### CONFIGURATION GEONATURE ###
 
 # Version de GeoNature
-geonature_release=2.0.0-rc.3
+geonature_release=2.0.0-rc.3.1
 # Effacer la base de données GeoNature existante lors de l'installation
 drop_geonaturedb=false
 # Nom de la base de données GeoNature

install/install_all/install_all.sh

@@ -5,20 +5,25 @@ OS_NAME=$ID
 OS_VERSION=$VERSION_ID
 OS_BITS="$(getconf LONG_BIT)"
 
-# test the server architecture
+# Test the server architecture
 if [ !"$OS_BITS" == "64" ]; then
    echo "GeoNature must be installed on a 64-bits operating system ; your is $OS_BITS-bits" 1>&2
    exit 1
 fi
 
 # Format my_url to set a / at the end
-if [ "${my_url: -1}" != '/' ] 
+if [ "${my_url: -1}" != '/' ]
 then
 my_url=$my_url/
 fi
 
+# Remove http:// and remove final / from $my_url to create $my_domain
+# No more used actually but can be useful if we want to create a Servername in Apache configuration
+my_domain=$(echo $my_url | sed -r 's|^.*\/\/(.*)$|\1|')
+my_domain=$(echo $my_domain | sed s'/.$//')
+
 # Check OS and versions
-if [ "$OS_NAME" != "debian" ] && [ "$OS_NAME" != "ubuntu" ] 
+if [ "$OS_NAME" != "debian" ] && [ "$OS_NAME" != "ubuntu" ]
 then
     echo -e "\e[91m\e[1mLe script d'installation n'est prévu que pour les distributions Debian et Ubuntu\e[0m" >&2
     exit 1
@@ -37,8 +42,7 @@ if [ "$(id -u)" == "0" ]; then
    exit 1
 fi
 
-
-
+# Create log folder if it don't already exists
 if [ ! -d 'var' ]
 then
   mkdir var
@@ -59,7 +63,7 @@ touch  var/log/install_app.log
 echo "############### Installation des paquets systèmes ###############"&>>  var/log/install_app.log
 
 
-# Modification de la locale
+# Updating language locale
 sudo apt-get install -y locales
 sudo sed -i "s/# $my_local/$my_local/g" /etc/locale.gen
 sudo locale-gen $my_local
@@ -68,13 +72,13 @@ echo "export LANG=$my_local" >> ~/.bashrc
 echo "export LANGUAGE=$my_local" >> ~/.bashrc
 source ~/.bashrc
 
-# Installation de l'environnement nécessaire à GeoNature et TaxHub
+# Installing required environment for GeoNature and TaxHub
 echo "Installation de l'environnement logiciel..."
 
-sudo apt-get -y install ntpdate 2> var/log/install_app.log 
-sudo ntpdate-debian &>>  var/log/install_app.log 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y curl unzip git &>>  var/log/install_app.log 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y apache2 libapache2-mod-wsgi libapache2-mod-perl2 2> var/log/install_app.log 
+sudo apt-get -y install ntpdate 2> var/log/install_app.log
+sudo ntpdate-debian &>>  var/log/install_app.log 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y curl unzip git &>>  var/log/install_app.log 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y apache2 libapache2-mod-wsgi libapache2-mod-perl2 2> var/log/install_app.log
 sudo apt-get install -y postgresql 2> var/log/install_app.log
 sudo apt-get install -y postgresql-contrib
 if [ "$OS_VERSION" == "9" ]
@@ -84,34 +88,34 @@ then
 fi
 if [ "$OS_VERSION" == "8" ]
 then
-    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-9.4 2> var/log/install_app.log 
+    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-9.4 2> var/log/install_app.log
     sudo apt install -y postgis-2.3 postgis 2> var/log/install_app.log
 fi
 
 if [ "$OS_VERSION" == "18.04" ]
 then
-    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-10 2> var/log/install_app.log 
+    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-10 2> var/log/install_app.log
     sudo apt install -y postgis 2> var/log/install_app.log
 fi
 
 if [ "$OS_VERSION" == "16.04" ]
 then
     sudo apt-get install -y libatlas3-base
-    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-9.5  2> var/log/install_app.log 
+    sudo apt-get install -y postgresql-server-dev-9.5  2> var/log/install_app.log
     sudo apt install -y postgis postgis postgresql-9.5-postgis-2.2 2> var/log/install_app.log
 fi
 sudo sed -e "s/datestyle =.*$/datestyle = 'ISO, DMY'/g" -i /etc/postgresql/*/main/postgresql.conf
 sudo service postgresql restart
 
-sudo apt-get install -y python3 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python3-dev 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python3-setuptools 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python-pip 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y libpq-dev 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y libgdal-dev 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python-gdal 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python-virtualenv 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y build-essential 2> var/log/install_app.log 
+sudo apt-get install -y python3 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python3-dev 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python3-setuptools 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python-pip 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y libpq-dev 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y libgdal-dev 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python-gdal 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python-virtualenv 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y build-essential 2> var/log/install_app.log
 sudo pip install --upgrade pip virtualenv virtualenvwrapper 2> var/log/install_app.log
 
 if [ "$OS_VERSION" == "9" ]
@@ -121,7 +125,7 @@ then
     fi
 if [ "$OS_VERSION" == "8" ]
 then
-    sudo apt-get install -y npm 2> var/log/install_app.log 
+    sudo apt-get install -y npm 2> var/log/install_app.log
 fi
 
 if [ "$OS_VERSION" == "16.04" ] || [ "$OS_VERSION" == "18.04" ]
@@ -130,24 +134,24 @@ then
     sudo apt-get install -y npm
 fi
 
-sudo apt-get install -y supervisor 2> var/log/install_app.log 
+sudo apt-get install -y supervisor 2> var/log/install_app.log
 
 # To make opencv (TaxHub) work on Debian 8
-sudo apt-get install -y libsm6 libxrender1 libfontconfig1 2> var/log/install_app.log 
-sudo apt-get install -y python-qt4 2> var/log/install_app.log 
+sudo apt-get install -y libsm6 libxrender1 libfontconfig1 2> var/log/install_app.log
+sudo apt-get install -y python-qt4 2> var/log/install_app.log
 
-# Création de l'utilisateur PostgreSQL
+# Creating PostgreSQL user
 echo "Création de l'utilisateur PostgreSQL..."
 sudo -n -u postgres -s psql -c "CREATE ROLE $user_pg WITH LOGIN PASSWORD '$user_pg_pass';"
 
-# Configuration Apache
+# Apache configuration
 sudo sh -c 'echo "ServerName localhost" >> /etc/apache2/apache2.conf'
 sudo a2enmod rewrite
 sudo a2dismod mod_pyth
 sudo a2enmod wsgi
 sudo apache2ctl restart
 
-# Installation de GeoNature avec l'utilisateur courant
+# Installing GeoNature with current user
 echo "Téléchargement et installation de GeoNature ..."
 cd /tmp
 wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature/archive/$geonature_release.zip
@@ -158,7 +162,7 @@ sudo chown `whoami` /home/`whoami`/geonature/
 
 cd /home/`whoami`/geonature
 
-# Configuration des settings de GeoNature
+# Updating GeoNature settings
 cp config/settings.ini.sample config/settings.ini
 echo "Installation de la base de données et configuration de l'application GeoNature ..."
 my_url="${my_url//\//\\/}"
@@ -180,23 +184,23 @@ sed -i "s/https_key_path=.*$/https_key_path=$https_key_path/g" config/settings.i
 
 
 cd install/
-# Installation de la base de données GeoNature
+# Installation of GeoNature database
 ./install_db.sh
 
-# Installation et configuration de l'application GeoNature
+# Installation and configuration of GeoNature application
 ./install_app.sh
 
 cd ../
 
-# Configuration Apache de Geonature
+# Apache configuration of GeoNature
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/geonature.conf
 
 sudo sh -c 'echo "# Configuration GeoNature" >> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
 conf="Alias /geonature /home/`whoami`/geonature/frontend/dist"
-echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature.conf 
+echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature.conf
 sudo sh -c 'echo  $conf>> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
 conf="<Directory /home/`whoami`/geonature/frontend/dist>"
-echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature.conf 
+echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature.conf
 sudo sh -c 'echo  "Require all granted">> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
 sudo sh -c 'echo  "</Directory>">> /etc/apache2/sites-available/geonature.conf'
 # Conf Apache du backend de GeoNature
@@ -208,18 +212,18 @@ sudo sh -c '#FIN Configuration GeoNature 2>" >> /etc/apache2/sites-available/geo
 
 sudo a2ensite geonature
 
-# Configuration Apache de la page de maintenance de GeoNature
+# Apache configuration of GeoNature maintenance page
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf
 
 conf="Alias /geonature /home/`whoami`/geonature/frontend/src/app/maintenance"
-echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf 
+echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf
 sudo sh -c 'echo  $conf>> /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf'
 conf="<Directory /home/`whoami`/geonature/frontend/src/app/maintenance>"
-echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf 
+echo $conf | sudo tee -a /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf
 sudo sh -c 'echo  "Require all granted">> /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf'
 sudo sh -c 'echo  "</Directory>">> /etc/apache2/sites-available/geonature_maintenance.conf'
 
-# Installation de TaxHub avec l'utilisateur courant
+# Installing TaxHub with current user
 echo "Téléchargement et installation de TaxHub ..."
 cd /tmp
 wget https://github.com/PnX-SI/TaxHub/archive/$taxhub_release.zip
@@ -229,7 +233,7 @@ mv TaxHub-$taxhub_release /home/`whoami`/taxhub/
 sudo chown -R `whoami` /home/`whoami`/taxhub/
 cd /home/`whoami`/taxhub
 
-# Configuration des settings de TaxHub
+# Setting configuration of TaxHub
 echo "Configuration de l'application TaxHub ..."
 cp settings.ini.sample settings.ini
 sed -i "s/drop_apps_db=.*$/drop_apps_db=false/g" settings.ini
@@ -248,45 +252,36 @@ sed -i "s/enable_https=.*$/enable_https=$enable_https/g" settings.ini
 sed -i "s/https_cert_path=.*$/https_cert_path=$enable_https/g" settings.ini
 sed -i "s/https_key_path=.*$/https_key_path=$enable_https/g" settings.ini
 
-# Configuration Apache de TaxHub
+# Apache configuration of TaxHub
 sudo touch /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf
 sudo sh -c 'echo "# Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-sudo sh -c 'echo "<VirtualHost *:80>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-# Eclater la variable my_url pour supprimer le http://
-IFS='/'
-domain=($my_url)
-domain=(${domain[2]})
-sudo sh -c 'echo "Servername "'$domain' >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-sudo sh -c 'echo "RewriteEngine  on" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-sudo sh -c 'echo "RewriteRule    \"taxhub$\"  \"taxhub/\"  [R]" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "<Location /taxhub>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "ProxyPass  http://127.0.0.1:5000 retry=0" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:5000" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "</Location>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 sudo sh -c 'echo "#FIN Configuration TaxHub" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
-sudo sh -c 'echo "</VirtualHost>" >> /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf'
 
-# Création des fichiers systèmes liés à Taxhub
+# Creation of system files used by TaxHub
 . create_sys_dir.sh
 create_sys_dir
 
 sudo a2ensite taxhub
 sudo a2enmod proxy
 sudo a2enmod proxy_http
 
-# Script d'installation de TaxHub
+# Installation og TaxHub
 ./install_app.sh
 
-# Installation et configuration de l'application UsersHub (si activée)
+# Installation and configuration of UsersHub application (if activated)
 if [ "$install_usershub_app" = true ]; then
     echo "Installation de l'application Usershub"
     os_version=$(cat /etc/os-release |grep VERSION_ID)
-    # Sur Debian 9 : php7. Sur Debian 8 : php5
-    if [ "$OS_VERSION" == "9" ] 
+    # On Debian 9 : PHP7. On Debian 8 : PHP5
+    if [ "$OS_VERSION" == "9" ]
     then
-        sudo apt-get install -y php7.0 libapache2-mod-php7.0 libapache2-mod-php7.0 php7.0-pgsql php7.0-gd 2> var/log/install_app.log 
+        sudo apt-get install -y php7.0 libapache2-mod-php7.0 libapache2-mod-php7.0 php7.0-pgsql php7.0-gd 2> var/log/install_app.log
     else
-        sudo apt-get install -y php5 libapache2-mod-php5 libapache2-mod-php5 php5-pgsql php5-gd 2> var/log/install_app.log 
+        sudo apt-get install -y php5 libapache2-mod-php5 libapache2-mod-php5 php5-pgsql php5-gd 2> var/log/install_app.log
     fi
     cd /tmp
     wget https://github.com/PnEcrins/UsersHub/archive/$usershub_release.zip
@@ -302,10 +297,10 @@ if [ "$install_usershub_app" = true ]; then
     sed -i "s/user_pg=.*$/user_pg=$user_pg/g" config/settings.ini
     sed -i "s/user_pg_pass=.*$/user_pg_pass=$user_pg_pass/g" config/settings.ini
 
-    # Script d'installation de UsersHub
+    # Installation of UsersHub application
     ./install_app.sh
-    
-    # Conf Apache de UsersHub
+
+    # Apache configuration of UsersHub
     sudo touch /etc/apache2/sites-available/usershub.conf
     sudo sh -c 'echo  "#Configuration usershub">> /etc/apache2/sites-available/usershub.conf'
     conf="Alias /usershub /home/`whoami`/usershub/web"