2.5.0 - Manidae

Occtax v2 et médias

🚀 Nouveautés

• Refonte de l'ergonomie et du fonctionnement du module de saisie Occtax (#758 et #860 par @jbrieuclp et @TheoLechemia)
  • Enregistrement continu au fur et à mesure de la saisie d'un relevé
  • Découpage en 2 onglets (Un pour le relevé et un onglet pour les taxons)
  • Amélioration de la liste des taxons saisis sur un relevé (#635 et #682)
  • Amélioration de la saisie au clavier
  • Zoom réalisé dans la liste des relevé conservé quand on saisit un nouveau relevé (#436 et #912)
  • Filtres conservés quand on revient à la liste des relevés (#772)
  • Possibilité de conserver les informations saisies entre 2 taxons ou relevés, désactivable avec le paramètre DISPLAY_SETTINGS_TOOLS (#692)
  • Correction de la mise à jour des dates de début et de fin (#977)
  • Affichage d'une alerte si on saisit 2 fois le même taxon sur un même relevé
  • Fiche d'information d'un relevé complétée et mise à jour
• Passage de la version 1.2.1 à la version 2.0.0 du standard Occurrences de taxon (dans les modules Occtax, Synthèse et Validation) (#516)
  • Ajout des champs "Comportement", "NomLieu", "Habitat", "Méthode de regroupement", "Type de regroupement" et "Profondeur"
  • Ajout du champs "Précision" dans Occtax et suppression de sa valeur par défaut à 100 m
  • Renommage du champs "Méthode d'observation" en "Technique d'observation"
  • Suppression du champs "Technique d'observation" actuel de la synthèse
  • Renommage du champs "Technique d'observation" actuel d'Occtax en "Technique de collecte Campanule"
  • Ajout et mise à jour de quelques nomenclatures
  • Ajout d'un document de suivi de l'implémentation du standard Occurrences de taxon dans GeoNature (docs/implementation_gn_standard_occtax2.0.ods) (#516)
• Passage de la version 1.3.9 à la version 1.3.10 du standard de Métadonnées. Mise à jour des nomenclatures "CA_OBJECTIFS" et mise à jour des métadonnées existantes en conséquence (par @DonovanMaillard)
• Ajout d'un champs addtional_data de type jsonb dans la table gn_synthese.synthese, en prévision de l'ajout des champs additionnels dans Occtax et Synthèse (#1007)
• Mise en place de la gestion transversale et générique des médias (images, audios, vidéos, PDF...) dans gn_commons.t_medias et le Dynamic-Form (#336) et implémentation dans le module Occtax (désactivables avec le paramètre ENABLE_MEDIAS) (#620 par @joelclems)
• Mise en place de miniatures et d'aperçus des médias, ainsi que de nombreux contrôles des fichiers et de leurs formats
• Affichage des médias dans les fiches d'information des modules de saisie, ainsi que dans les modules Synthèse et Validation
• Ajout de la fonctionnalité "Mes lieux" (gn_commons.t_places), permettant de stocker la géométrie de lieux individuels fréquemment utilisés, implémentée dans le module cartographique d'Occtax (désactivable avec le paramètre ENABLE_MY_PLACES) (#246 par @metourneau)
• Tri de l'ordre des modules dans le menu latéral par ordre alphabétique par défaut et possibilité de les ordonner avec le nouveau champs gn_commons.t_modules.module_order (#787 par @alainlaupinmnhn)
• Arrêt du support de l'installation packagée sur Debian 9 et Ubuntu 16 pour passer à Python version 3.6 et plus
• Prise en charge de PostGIS 3 et notamment l'installation de l'extension postgis_raster (#946 par @jpm-cbna)
• Création de compte : Envoi automatique d'un email à l'utilisateur quand son compte est validé. Nécessite la version 2.1.3 de UsersHub (#862 et #1035 par @jpm-cbna)

Ajouts mineurs

• Homogénéisation des styles des boutons (#1026)
• Factorisation du code des fiches infos d'une observation dans les modules Synthèse et Validation (#1053)
• Métadonnées : Ajout d'un paramètre permettant de définir le nombre de CA affichés sur la page (100 par défaut)
• Métadonnées : Tri des CA et JDD par ordre alphabétique
• Métadonnées : Ajout d'un champs id_digitiser dans la table des CA et des JDD, utilisé en plus des acteurs pour le CRUVED des JDD (#921)
• Dynamic-Form : Ajout d'un composant "select" prenant une API en entrée (#1029)
• Dynamic-Form : Ajout de la possibilité d'afficher une définition d'un champs sous forme de tooltip
• CAS INPN : Redirection vers la page de connexion de GeoNature quand on se déconnecte
• Ajout d'une contrainte d'unicité sur schema_name et table_name sur la table gn_commons_bib_tables_location_unique (#962)
• Ajout d'une contrainte d'unicité sur id_organism et parameter_name dans la table gn_commons.t_parameters (#988)
• Ajout de la possibilité de filtrer le composant dataset du Dynamic-Form par module_code pour pouvoir choisir parmis les JDD associées à un module (#964)
• Mise à jour de psycopg2 en version 2.8.5, sqlalchemy en 1.3.19, marshmallow en 2.15.6, virtualenv en 20.0.31 (par @jpm-cbna)
• Mises à jour de sécurité diverses
• Améliorations des scripts install/install_db.sh et install/install_app.sh (par @jpm-cbna)
• Ajout de l'autocomplétion des commandes geonature (#999 par @jpm-cbna)
• Suppression du fichier backend/gunicorn_start.sh.sample
• Amélioration du script install/migration/migration.sh en vérifiant la présence des dossiers optionnels avant de les copier
• Amélioration des fonctions gn_synthese.import_json_row_format_insert_data et gn_synthese.import_json_row pour prendre en charge la génération des geojson dans PostGIS 3
• Documentation administrateur : Précisions sur les labels, pictos et ordres des modules dans le menu de navigation latéral

🐛 Corrections

• Module Validation : Affichage des commentaires du relevé et de l'observation (#978 et #854)
• Module Validation : Ne lister que les observations ayant un UUID et vérification de sa validité (#936)
• Module Validation : Correction et homogénéisation de l'affichage et du tri des observations par date (#971)
• Module Validation : Correction de l'affichage du statut de validation après mise à jour dans la liste des observations (#831)
• Module Validation : Correction de l'affichage du nom du validateur
• Module Validation : Amélioration des performances avec l'ajout d'un index sur le champs uuid_attached_row de la table gn_commons.t_validations (#923 par @jbdesbas)
• Suppression du trigger en double tri_insert_synthese_cor_role_releves_occtax sur pr_occtax.cor_role_releves_occtax (#762 par @jbrieuclp)
• Passage des requêtes d'export de la synthèse en POST plutôt qu'en GET (#883)
• Correction du traitement du paramètre offset de la route synthese/color_taxon utilisé par Occtax-mobile (#994)
• Correction et complément des scripts de migration de données depuis GINCO v1 (data/scripts/import_ginco/occtax.sql)
• Import des utilisateurs depuis le CAS INPN : Activer les utilisateurs importés par défaut et récupérer leur email
• Calcul automatique de la sensibilité : Ajout de la récursivité dans la récupération des critères de sensibilité au niveau de la fonction gn_sensitivity.get_id_nomenclature_sensitivity (#284)
• Typo sur le terme "Preuve d'existence" (par @RomainBaghi)

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour GeoNature :

• Nomenclatures : Commencer par exécuter le script SQL de mise à jour du schéma ref_nomenclatures de la BDD (https://github.com/PnX-SI/Nomenclature-api-module/blob/master/data/update1.3.3to1.3.4.sql)
• Exécuter ensuite le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/data/migrations/2.4.1to2.5.0.sql). Attention, si vous avez customisé les vues des exports Occtax et Synthèse, elles seront supprimées et recrées automatiquement par le script SQL de mise à jour de la BDD de GeoNature pour s'adapter aux évolutions du standard Occtax en version 2.0.0. Révisez éventuellement ces vues avant et/ou après la mise à jour. Le script SQL de mise à jour vérifiera aussi si vous avez d'autres vues (dans le module Export notamment) qui utilisent le champs id_nomenclature_obs_technique qui doit être renommé et l'indiquera dès le début de l'exécution du script, en l'arrêtant pour que vous puissiez modifier ou supprimer ces vues bloquant la mise à jour.
• Les colonnes de l'export de la Synthèse ont été partiellement revus dans la vue fournie par défaut (gn_synthese.v_synthese_for_export). Si vous aviez surcouché le paramètre EXPORT_COLUMNS dans le fichier config/geonature_config.toml, vérifiez les noms des colonnes.
• A partir la version 2.5.0 de GeoNature, la version 3.5 de Python n'est plus supportée. Seules les versions 3.6 et + le sont. Si vous êtes encore sur Debian 9 (fourni par défaut avec Python 3.5), veuillez suivre les instructions de mise à jour de Python sur cette version (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/master/docs/installation-standalone.rst#python-37-sur-debian-9). Il est cependant plutôt conseillé de passer sur Debian 10 pour rester à jour sur des versions maintenues
• Suivez la procédure classique de mise à jour de GeoNature (https://docs.geonature.fr/installation.html#mise-a-jour-de-l-application)
• A noter, quelques changements dans les paramètres du module Occtax. Les paramètres d'affichage/masquage des champs du formulaire ont évolué ainsi :
  • obs_meth devient obs_tech
  • obs_technique devient tech_collect
• A noter aussi que cette version de GeoNature est compatible avec la version 1.1.0 minimum d'Occtax-mobile (du fait de la mise du standard Occurrence de taxons)