restructure section running the analysis

[jacobvjk]

relates to #41

[github-actions]

R CMD check CRAN incoming feasibility check notes found:

Possibly misspelled words in DESCRIPTION:
  PACTA (2:32, 33:14, 35:57, 36:67, 37:36, 39:25)
checking whether startup messages can be suppressed ... NOTE
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It looks like this package (or a package it requires) has a startup
message which cannot be suppressed: see ?packageStartupMessage.