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README.md

File metadata and controls

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Raw

caps16

setup

ほとんどRNA-BRiQのreadmeの記述と同一.
setup_third_parties.sh の以下の部分, FILEPATH=$(pwd)となるようにしてある.

    export BRiQ_DATAPATH=$FILEPATH/RNA-BRiQ/BRiQ_data
    export PATH=$PATH:$FILEPATH/BRiQ/build/bin  ## Change "FILEPATH" to the real path containing the compiled codes

RNA-BRiQ以外は使わないのでコメントアウトしてある.
RNA-BRiQに、 BRiQ_Evaluate というコマンドを使えるようにするために, tmpからRNA-BRiQ/execにcpするようになっている.
動かす際には、

bash setup_third_parties.sh

で諸々入るはず(ほとんどRNA-BRiQのreadmeと同じ).

scripts

scripts
├── calc_rmsd.py
├── check_and_rerun.py
├── eval_scores.py
├── prep_data
│   ├── download_cif_from_file.py
│   ├── extract_chains_from_cif.py
│   └── run_dssr_recursive.py
└── run_briq_refine_batch.sh

eval_scores.py は、src/RNA_BRiQ.py を動かしている.
他のfileは無視してください.

scripts/eval_scores.py

python scripts/eval_scores.py \
    --pdb_dir ./test \
    --out_dir ./test \
    --print \
    --cpu 2

pdb_dirにある全てのpdbファイルに対して, RNA-BRiQを実行する.
out_dir にbriq入力ファイルとその出力が出てくる(.briq.in, .briq.out).
.briq.outの最後の行にエネルギーの記載があるのでそれを読み込んでtxt,csvに書き出す.

scripts/calc_rmsd.py

python scripts/calc_rmsd.py \
    --pdb_dir ./test \
    --cpu 2 \
    --print_every 10

pdb_dir の全てのpdbファイルに対して, (N,N)の距離行列を計算する. print_enery毎にprintする.
pdb_dirに, pdb idでソートされた距離行列がnpy, dfで出力される.

notebooks

targetごとにnotebookを作成して解析している.
各targetに対して, eval_scores.pyとcalc_rmsd.py を動かす.

datasests

datasets/casp16/R12**/pdb の下にpdbファイルがあるようにしてある.
notebookを参照のこと.