LigandDesigner

LigandDesigner: A machine learning-driven system for ligand design integrating pharmacophore modeling, generative models (GAN, LSTM), and molecular dynamics simulations. Includes versions for HomeLab (local) and HPC (high-performance computing).

Enjoyed? Support us: https://pay.vivawallet.com/scibiz

LigandDesigner

LigandDesigner to zestaw narzędzi do projektowania ligandów opartych na technologiach uczenia maszynowego oraz modelowania molekularnego. System zawiera dwie wersje:

• LigandDesigner-HomeLab – zoptymalizowany do pracy w środowiskach o ograniczonych zasobach obliczeniowych.
• LigandDesigner-HPC – zoptymalizowany do pracy w środowiskach klastrowych i superkomputerach z obsługą GPU i obliczeń rozproszonych.

---

📋 Wymagania systemowe

HomeLab:

• Python 3.8+
• CPU (opcjonalnie GPU, np. NVIDIA RTX lub GTX)
• Zainstalowane CUDA (dla GPU)

HPC:

• Python 3.8+
• Klaster obliczeniowy lub superkomputer z:
  • NVIDIA GPU (np. V100/A100)
  • CUDA Toolkit 11.8+
  • OpenMPI do obliczeń rozproszonych

---

🚀 Instalacja

1. Klonowanie repozytorium:

   git clone https://github.com/username/LigandDesigner.git
   cd LigandDesigner
   

2. Utworzenie środowiska wirtualnego: python -m venv venv source venv/bin/activate # Linux/Mac venv\Scripts\activate # Windows

3. Instalacja wymaganych bibliotek: pip install -r requirements.txt

4. Weryfikacja instalacji: python -c "import torch; print(torch.version)"

⚙️ Uruchamianie system

HomeLab: Uruchomienie projektu w lokalnym środowisku:

python ligand_designer_homelab.py --config=config_homelab.yaml

HPC: Uruchamianie na klastrze z obliczeniami rozproszonymi:

mpirun -np 8 python ligand_designer_hpc.py --config=config_hpc.yaml

📂 Struktura projektu

LigandDesigner/ │-- ligand_designer_homelab.py # Kod dla HomeLab │-- ligand_designer_hpc.py # Kod dla HPC │-- configs/ │ ├── config_homelab.yaml # Konfiguracja dla HomeLab │ └── config_hpc.yaml # Konfiguracja dla HPC │-- requirements.txt # Wymagane biblioteki └-- README.md # Dokumentacja

Licencja

Ten projekt jest licencjonowany na zasadach MIT License. Szczegóły znajdziesz w pliku LICENSE.

Powiązane publikacje

1. https://doi.org/10.5281/zenodo.14512310
2. https://biorxiv.org/cgi/content/short/2024.12.01.626243v1
3. https://www.qeios.com/read/1CLGH0
4. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.28038599.v1

✉️ Kontakt

Jeśli masz pytania lub sugestie dotyczące LigandDesigner, skontaktuj się:

Imię i nazwisko: Sławomir Wiśniewski
E-mail: sa.wisniewski@sci4biz.edu.pl