L'objectif du TP est de comparer 5 especes de bactéries entre elles. Vous trouverez les données en suivant ce lien
Vous devez forker ce projet puis compléter ses fonctions. Le rendu sera le dépot git dans lequel vous aurrez forké.
Le but est d'obtenir toutes les distances paire à paire des différentes bactéries. Vous pouvez modifier l'affichage final pour obtenir une matrice d'adjacence si vous les souhaitez.
En observant les distances obtenues, que pouvez-vous dire des espèces présentes dans cet échantillon ?
Pour lancer le script, il vous faut le module 'alive_progress',
et lancer la commande suivante :
python main.py --dir data --k 21