Estimados estudiantes, bienvenidos al repositorio de la clase práctica del curso de Bioinformática para Ingeniería en Biotecnología y Licenciatura en Biología UNAB 2018/2. Aquí van a encontrar las guías de laboratorio que vamos a seguir cada viernes, información sobre los informes de laboratorio, controles de entrada, y lecturas.
Nota: Si alguno de Uds. no está familiarizado con GitHub, nunca es tarde para aprender algo nuevo y útil. En Google hay información en exceso, siendo la más útil la que está en inglés, por ejemplo aquí y aquí. También pueden encontrar información en español, por ejemplo aquí.
Las guías de laboratorio contienen las instrucciones para desarrollar la actividad práctica. Además, incluyen varias preguntas que deben responder. Sus respuestas serán evaluadas, lo que corresponderá a la nota de informes de laboratorio.
El informe de laboratorio debe contener las preguntas indicas en la guía y sus respectivas respuestas. Es una buena idea apoyar tus respuestas con evidencia, por ejemplo, una captura de pantalla que muestre el resultado que obtuviste al ejecutar un programa.
Los informes de laboratorio deben ser enviados en un documento word, PDF, o Markdown por correo electrónico a los profesores ayudantes. El plazo es hasta las 23:59 hrs del día jueves de la semana siguiente.
Beneficio: Si entregas el informe como documento Markdown tendrás 5 décimas adicionales en tu nota. Puedes escribir documentos Markdown (.md) en un editor Markdown como Editor.md y Markdown Editor. Información sobre cómo escribir documentos Markdown está en la web por ejemplo aquí o aquí en inglés.
A partir de la segunda clase (viernes 10 de agosto), se hará un control de entrada al inicio de cada práctico acerca de la lectura indicada una semana antes. El contenido de las lecturas es parte de los aprendizajes esperados del curso, por lo que, también puede ser evaluado en las solemnes. A continuación puedes revisar las lecturas asignadas cada semana.
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Capítulo 2 del libro "Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics". El capítulo se titula "Evolutionary Concept in Genetics and Genomics". Puedes acceder al capítulo gratis a través de NCBI AQUÍ.
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El siguiente artículo científico: Gabaldón, T., & Koonin, E. V. (2013). Functional and evolutionary implications of gene orthology. Nature Reviews Genetics, 14(5), 360-366. Descarga el PDF AQUÍ.
- Capítulo 2 del libro "Sequence Alignment Methods, Models, Concepts, and Strategies" Edited by Michael S. Rosenberg. El capítulo se titula "Insertion and Deletion Events, Their Molecular Mechanisms, and Their Impact on Sequence Alignments". Puedes descargar el PDF del capítulo AQUÍ.
- El siguiente artículo científico: Nagarajan, N., & Pop, M. (2013). Sequence assembly demystified. Nature Reviews Genetics, 14, 157-168 | doi:10.1038/nrg3367. Descarga el PDF AQUÍ.
- El siguiente artículo científico: Yang, Z., & Rannala, B. (2012). Molecular phylogenetics: principles and practice. Nature Reviews Genetics, 13(303), 1-12 | doi:10.1038/nrg3186. Descarga el PDF AQUÍ.
- El siguiente artículo científico: Knight, R., Jansson, J., Field, D., Fierer, N., Desai, N., Fuhrman, J.A., Hugenholtz, P., van der Lelie, D., Meyer, F., Stevens, R., Bailey, M.J., Gordon, J.I., Kowalchuk, G.A., & Gilbert, J.A. (2012). Unlocking the potential of metagenomics through replicated experimental design. Nature Biotechnology. 30(6):513-520 | doi:10.1038/nbt.2235. Descarga el PDF AQUÍ.
Los trabajos de laboratorio están diseñados para que cada estudiante trabaje de manera individual. El profesor y los ayudantes tienen una politica de tolerancia cero con respecto al plagio, copia, apropiación indebida de un trabajo o sus partes, o cualquier tipo de ayuda no contemplada en las conductas aceptables.
Conductas aceptables: Los estudiantes pueden requerir ayuda del profesor y de los ayudantes. También pueden requerir ayuda de sus compañeros en la medida que el trabajo a ser evaluado sea 100% de la autoría del estudiante. Los estudiantes pueden discutir una tarea, artículo científico, o libro.
Conductas inaceptables: Los estudiantes no pueden, bajo ninguna circunstancia, presentar algo como suyo sin que haya sido así, copiar contenidos de un libro, otra tarea o artículo. El plagio es una violación de la honestidad intelectual y consiste en hacer parecer tuyo algo que no es de tu autoría. Está prohibido hacer trampa, es decir, tratar de recibir ayudas o ventajas no contempladas por el profesor. Está prohibido duplicar total o parcialmente el trabajo de otro individuo. En esta clase todos los estudiantes son adultos y responsables. No se necesita más gente deshonesta o moralmente flexible.
